Equalis panelutskick 2017

Transkript

1 Equalis panelutskick 2017 Expertgruppen för Klinisk mikrobiologi Användarmöte Klinisk mikrobiologi tisdag den 13 mars 2018

2 Equalis panelutskick 2017 MRSA, VRE, HP AG/AK Christina Welinder Olsson Användarmöte Klinisk mikrobiologi

3 Meticillinresistenta Staphylococcus aureus MRSA 2017 Molekylärbiologisk metodik 18 laboratorier (inkl 4 lab mol+odl) Detektion av nuc gen/sa442 S. aureus meca gen - för meticillin-resistens orfx + SCCmec samtidig detektion S.aureus resp. meticillin-resistens Odlingsdiagnostik enbart 2 laboratorier Fenotypisk detektion samt resistensmetodik kompletterat med molekylärbiologi från externt laboratorium

4 Meticillinresistenta Staphylococcus aureus MRSA prov, ampuller, med varierande innehåll MRSA, MSSA, KNS Dag 0 Dag 1 37 C 16 tim + 2ml buljong 100 mikrol Dag 0 Kontroll av sensitivitet PCR Kontroll av anrikningsbuljong

5 Varför analys av prov dag 0? 1. Skilja mellan MRSA och MSSA med PCR 2. Identifiera MRSA 3. Kontrollera sensitivitet av PCR för S. aureus

6 Meticillinresistenta Staphylococcus aureus MRSA 2017 Avsikt Molekylärbiologisk metod Testa hela analyskedjan inklusive anrikningsbuljong, sensitivitet och specificitet för molekylärbiologisk metod kunna ge snabbare ffa negativa svar till vården Med PCR dag 0 (utan anrikning) testas ffa sensitivitet PCR metodik Odling på platta dag 0 (om växt så snabbare isolera koloni) Med PCR/odling dag 1 testas anrikningsbuljongen Närvaro av MSSA: vid för låg antibiotika konc i buljongen svårt skilja MRSA från MSSA vid isolering av koloni dag 1 Närvaro av KNS: finns meca positivitet växer dessa också i buljongen och kan störa vid verifiering av MRSA koloni

7 Meticillinresistenta Staphylococcus aureus MRSA 2017 Molekylärbiologisk metod (tot. 18 laboratorier) Prov 2017:01 A CFU/ml B CFU/ml C CFU/ml D CFU/ml E CFU/ml Konc S.aureus Nuc-gen pos Konc MRSA Nuc-gen pos påvisar dag 0 påvisar dag 1 5x10 3 5x x10 2 5x10 3 2x10 6-2x10 2 3/18 4/18 10/18 18/18 18/18 18/18 3/18 18/18 I alla prov finns dessutom S. simulans + S. epidermidis 3 x10 7 CFU/ml Konc S.aureus dag 0 var 1x10 6 CFU/mL vid spädning av ampull enligt leverant. instr.

8 Meticillinresistenta Staphylococcus aureus MRSA 2017 Summering Metod Molekylär: Dag 0: S. aureus positivitet kunde gärna detekteras av fler lab i prov C Dag 1: Prov A- C +E:18/18 laboratorier hittar MRSA efter anrikning Dag 1: Tre laboratorier detekterar MRSA falsk positivt prov E Metod odling: Båda två laboratorierna detekterar MRSA i alla prov med MRSA

9 Vilken konsekvens får för låg koncentration antibiotika (methicillin) i anrikningsbuljongen? 1. Både MRSA och MSSA växer till svårt skilja dem på agarplatta 2. Bara MSSA växer till och MRSA kan inte identifieras 3. Spelar ingen roll

10 Är det värdefullt ha med analys S. aureus detektion dag 0 för ert laboratorium? 1. Ja, det är bra 2. Nej, det är betydelselöst 3. Ingen åsikt

11 Vankomycinresistenta enterokocker, nukleinsyra 2017 VRE 2017:01/A 2017:01/B 2017:01/C Prov Innehåll Korrekt resultat E. faecium Van B >256 mg/l + E. coli ATCC E. faecium Van B 16 mg/l+ E. coli ATCC E. faecalis Van A >256 mg/l + E. coli ATCC /17 16/17 Ett lab + E. faecalis van A 16/17 Ett lab E. faecalis van B 2017:01/D E. coli ATCC / :01/E E. faecium Van B 128 mg/l+ E. coli ATCC /17

12 Vankomycinresistenta enterokocker, nukleinsyra 2017 VRE Detektion av i svensk sjukvård nu cirkulerande stammar av VRE Summering: 18 deltagande laboratorier (1 laboratorium har ej svarat) Samtliga laboratorier som levererat resultat har rapporterat korrekt resultat på prov A, D och E och de allra flesta hade rätt på de övriga 2 proverna. Bara tre felaktigheter kunde noteras tillhörande prov B och C. Inget laboratorium detekterade VRE i prov D Detta utskick ger stöd för att deltagande laboratorier verkar ha en god förmåga att detektera VRE med de metoder som används.

13 För att visa på god VRE diagnostik är det tillräckligt med god analytisk förmåga! 1. Ja 2. Nej, antal prov per patient är också viktigt 3. Nej, antal prov per patient tillsammans med tidsspannet mellan varje prov är också viktigt 4. Vet ej

14 Helicobacter pylori antikroppar laboratorier, 14 länder 2 st serum prov från patienter behandlade för Helicobacter pylori infektion IgA markör för 1:a gångs infektion, IgG kommer senare S001: IgG+ IgA- Alla laboratorier svar positiv IgG och de flesta negativ IgA Alla laboratorier svarar: Aktiv eller genomgången infektion S002: IgG+ IgA+/- Alla laboratorier positiv IgG men fifty/fifty IgA ger därför ingen score Alla laboratorier svarar: Aktiv eller genomgången infektion

15 Helicobacter pylori, antigen i feces lab från 21 länder 3 st fecesprov S001: HpAg negativt 97,8% korrekt svar (4 falsk positiva) S002: HpAg positivt 99,5% korrekt svar (1 falsk negativ) S003: HpAg positivt 98,4% korrekt svar (3 falsk negativ) Totalt sett ett bra resultat

16 Equalis panelutskick 2017 UK Neqas Parasiter Therese Bergstrand Användarmöte Klinisk mikrobiologi

17 UK Neqas parasiter i blod feb 2017 jan 2018 Utskick Förväntat resultat Antal lab med förväntat resultat 27 feb P. falciparum 5 (14) /18 8 maj P. falciparum <1,32 % + P. vivax 7/22 5 juni P. knowlesi 2.2 4,8 % 9 (19) /22 31 juli Loa loa 19/22 28 aug P. ovale 17/21 Inga poäng delades ut 25 sep P. malariae 17/20 20 nov P. vivax 14/22 29 jan Inga parasiter 21/22 17

18 Vilken mikrofilaria? Skida, inga kärnor längst ut i svansen 1. Wuchereria bancrofti 2. Brugia malayi 3. Loa loa Foto: CDC

19 UK Neqas parasiter i feces feb 2017 jan 2018 Utskick Förväntat resultat Antal lab med förväntat resultat 27 feb Inga parasiter Cryptosporidium sp. Cyclospora cayetanensis 8 maj Fasciola sp. Entamoeba coli 16/17 15/17 15/17 13/20 19/20 5 juni Diphyllobotrium latum + hakmask Ascaris lumbricoides + Trichuris trichiura 31 juli Taenia sp. Ascaris lumbricoides + Trichuris trichiura + hakmask 14/19 - Inga poäng 19/20 20/20 14/20 19

20 Vilken parasit? 8-10 µm, syrafast, autofluorescerar 1. Cryptosporidium 2. Cyclospora 3. Cystoisospora Foto: CDC, Parasitegal, atlas-protozoa.com

21 UK Neqas parasiter i feces aug 2017 jan 2018 Utskick Förväntat resultat Antal lab med förväntat resultat 28 aug Inga parasiter Toxocara canis 26 sep Schistosoma haematobium Inga parasiter 20 nov Echinococcus granulosus Schistosoma mansoni 29 jan Ascaris lumbricoides + Taenia sp. Fasciola sp. + Taenia sp. 18/19 19/19 18/18 18/18 19/20 19/20 20/20 16/20 21

22 Equalis panelutskick 2017 Urinodling Annika Wistedt Användarmöte Klinisk mikrobiologi

23 Urinodling Utskick Förväntat resultat (CFU/L) Detekterat (antal lab) Kommentar 2017:01/A C.albicans 1x10 7 Allmänsymptom efter S.aureussepsis 2017:01/B S.agalactiae 6x10 7 Diabetes 2017:01/C S.saprophyticus 2x10 7 UVI-symptom 2017:01/D E.coli (två kolonityper) 1+1x10 7 UVI-symptom 21/23 En fel art Två ingen växt Relevans? 23/23 Relevans? 23/23 Relevant 23/23 5 anger mer än en variant Relevant 23

24 Behöver vi kontrollera artbestämning i EQUALIS utskick? 1x10 7 7

25 Vi behöver kontrollera artbestämning i EQUALIS utskick! 1x10 7 7

26 Equalis panelutskick 2017 Calici-, adeno- och rotavirus Annika Allard Användarmöte Klinisk mikrobiologi

27 Gastro och lite annat

28 Adenovirus i feces 2017 Adenovirus generellt räknas som ett endemiskt virus som alltid cirkulerar i samhället. Det finns idag mer än olika typer, men det är främst typ 40 och 41 som ger gastroenterit och det är dessa två typer som vi vill detektera när en individ har diarré inte alla övriga typer som ger luftvägssymtom, ögoninfektioner, njurproblem, mm. Problemet är att väldigt många adenovirustyper utsöndras i feces oavsett symtom och bidrar till falskt alarm om man letar specifikt efter en orsak till gastroenterit. Studie gjord i Umeå: 18% av friska vuxna utsöndrar adenovirus i feces 50% av friska barn under 2 år utsöndrar adenovirus i feces. Årets panel: Ett prov rotavirus + icke enteriskt adenovirus (typ 1,2,5,6) Ad 52 räknas som enteriskt, ny mkt ovanlig typ som inte detekteras med Ad40/41 specifika metoder.

29 Adenovirus i feces 2017 Ett starkt prov Ad41, ett svagt prov Ad41 samt ett medelstarkt prov Ad52 + ett bifynd av icke-enteriskt adenovirus i ett rotavirus positivt prov. Metod Antal utförda paneler Antal (andel) korrekta analyssvar Förväntat negativt. Antal (andel) falskt positiva eller ej bedömbara provsvar Förväntat positivt. Antal (andel) falskt negativa eller ej bedömbara svar PCR 13 97/104 (93%) 0/78 (0%) 7/26 (27%) Immunokromatografi 12 84/96 (88%) 0/72 (0%) 12/24 (50%) CLIA (chemiluminescence immunoassay) 1 4/8 (50%) 3/6 (50%) 1/2 (50%) Här har vi räknat bort falskt positiva svar där PCR-metoder använts som inte kan skilja på enteriska adenovirus (Ad 40, 41) och icke-enteriska typer.

30 Rotavirus i feces 2017 (olika genotyper) De immunokromatografiska metoderna bättre resultat denna gång. Metod Antal utförda paneler Antal (andel) korrekta analyssvar Förväntat negativt. Antal (andel) falskt positiva eller ej bedömbara provsvar Förväntat positivt. Antal (andel) falskt negativa eller ej bedömbara svar PCR /120 (87%) 14/45 (31%) 2/75 (3%) Immunokromatografi 11 79/88 (90%) 0/33 (0%) 9/55 (16%) CLIA (chemiluminescence immunoassay) 1 7/8 (88%) 1/8 (12%) 0/8 (12%) Fler som gått över till PCR från immunokromatografi 2017 Många falskt positiva med PCR teknik!? Konsekvent samma lab som får denna avvikelse på olika prov Fel på panel? Kontamination på lab?

31 Calicivirus i feces, nukleinsyra 2017 norovirus Prov nr Genotyp C T - värde Antal positiva prov/ antal analyserade prov 2017:01/1 GII.4 recombinant 23 28/ :01/2 GII.2 recombinant 33 17/ :01/4 GII.2 recombinant 19 29/ :01/6 GI / :01/7 GII.2 recombinant 25 26/29 15 kommersiella kit och 14 in-house. 12 st falskt negativa resultat med in-house, 4 med kommersiella kit. 1 negativt prov icke bedömbart med in-house.

32 Calicivirus i feces, nukleinsyra 2017 sapovirus Prov nr Genotyp C T -värde Antal positiva prov/antal analyserade prov 2017:01/5 GII /16 1 kommersiellt kit, 15 in-house metoder. 4 falskt negativa med in-house.

33 procent rätt svar Calicivirus i feces, nukleinsyra C T 23 C T C T 23 C T C T 33 C T provnummer Orsaker till problem: Val av primer och probe senaste uppdatering? Hur extraherar man sitt prov? Uppslamning av prov innan extraktion/analys? Vilken spädning och i vilken buffert? Används IPC / inhibitorkontroll? Norovirus GII Norovirus GI Sapovirus Negativt

34 Vilka adenovirus räknas som klassiska enteriska typer som orsakar gastroenterit främst hos små barn? 1. Alla adenovirus ger upphov till gastroenterit 2. Ad typer 51/52 3. Ad typ 1 och typ 2 4. Ad typer 40/41

35 Om PCR fecesdiagnostik körs på ditt lab; använder ni er av internkontroll / inhibitorkontroll i ert prov? 1. Ja, alltid 2. För vissa analyser 3. Nej aldrig 4. Vi har ej PCR fecesdiagnostik uppsatt 5. Vet ej inhibitorer

36 Varifrån har Sapovirus fått sitt namn? 1. Från Homo Sapiens virus som endast infekterar människa 2. Viruset isolerades för första gången i Sapporo, Japan 3. Sapori Italiano, betyder italienska smaker viruset isolerades för första gången i Italien efter utbrott på en känd restaurang 4. Viruset binder till sockerarten saponin som uttrycks i tarmepitelet och ger därmed upphov till diarré

37 Equalis panelutskick 2017 EHEC, Bakterier i feces Cecilia Jernberg Användarmöte Klinisk mikrobiologi

38 Enterohemorragisk Escherichia coli diagnostik 2017 Olika stammar i en fecessuspension Prov nr Serotyp stx-typ Antal positiva prov/ antal analyserade prov 2017:01/A O80:H2 stx2a 15/ :01/B O26:H11 x två stx1a resp. stx2a 15/ :01/C O157:H7 stx1a + stx2a 15/ :01/D O166:H15 stx2d 15/15 A: HUS-relaterad, ovanlig eae-gen. B: Vanlig i Sverige. Tre st angav att stx-generna fanns i två olika stammar C: Mer vanlig vid utlandssmitta. >HUS till symtomfri. 6 angav O157:H7 D: Stammen innehöll även ETEC-gen som en deltagare angav. Växte ej på STEC chrom-agar

39 Enterohemorragisk Escherichia coli diagnostik 2017 C T -värde PCR Prov nr Serotyp primärstryk direkt-pcr 2017:01/A O80:H :01/B O26:H11 x två :01/C O157:H :01/D O166:H

40 Enterohemorragisk Escherichia coli diagnostik 2017 PCR-approach? Stx-målgenerna i samma reaktion? Dvs måste lämna minst ett negativt kontrollprov före återgång till förskola eller arbete i riskyrke, medan övriga kan återgå när de är stabilt symtomfria och utan föregående kontrollprovtagning.

41 Enterohemorragisk Escherichia coli diagnostik 2017 Hur påverkas antal fynd vid förändrad metodik/screeeningsapproach? EHEC: övergång till multiplex-pcr. Påverkan anmälda fall över tid i en region antal incidens

42 Bakterier i feces 2017 panel med målbakterier i en fingerad bakgrundsflora Prov nr Målbakterier cfu/ml Målbakterier cfu/ml Bakgrundsflora 2017:01/A Monofasisk Salmonella Typhimurium 2,6 x x :01/B Yersinia enterocolitica serovar O:5, 27 8,6 x x :01/C Shigella flexneri serotyp 2a 2,8 x x :01/D Monofasisk Salmonella Typhimurium 3,3 x x :01/E Shigella flexneri serotyp 2a 8,4 x x :01/F Yersinia enterocolitica serovar O:5, 27 3,4 x x 10 6

43 Bakterier i feces 2017 Prov nr 2017:01/A Målbakterier cfu/ml Monofasisk Salmonella Typhimurium Antal positiva prov/ antal analyserade prov 22/ :01/B Yersinia enterocolitica serovar O:5, 27 19/ :01/C Shigella flexneri serotyp 2a *14/ :01/D 2017:01/E Monofasisk Salmonella Typhimurium Shigella flexneri serotyp 2a 22/22 *10/ :01/F Yersinia enterocolitica serovar O:5, 27 20/22 *Ytterligare två deltagare pos i PCR Shig/EIEC

44 Hur hanterar vi shigella/eiec-påvisning i multiplexeran? 1. De borde buntas ihop till en diagnos så är alla problem lösta! 2. Som tidigare, dvs isolering krävs för att skilja dem åt. En EIEC är inte en Shigella! 3. Hitta fler markörgener för att kunna separera dem i PCR. 4. Jag vet inte dessa patogena enterobacteriaceae är en enda röra!