Detektion av Streptococcus agalactiae (GBS) från selektiv odlingsbuljong med MALDI-TOF och illumigene

Transkript

1 Detektion av Streptococcus agalactiae (GBS) från selektiv odlingsbuljong med MALDI-TOF och illumigene Emma Sjöberg Handledare: Martin Sundqvist, M.D., Ph.D. Avdelningen för Klinisk mikrobiologi Karlskrona, Landstinget Kronoberg Bildkälla:

2 Streptococcus agalactiae (GBS) Gruppspecifikt B-antigen i cellväggen, ett andra cellväggsantigen bestämmer serotypen Kan under tonåren etablera sig vaginalt under tonåren pga. hormonförändringar Ca. 25 % av gravida kvinnor i Sverige är bärare Viktig orsak till infektioner hos nyfödda, early-onset eller late-onset

3 Streptococcus agalactiae (GBS) forts. Årligen drabbas omkring 120 barn varav uppskattningsvis 5 % avlider av infektionen I Sverige används två olika strategier, riskbaserad och screening-baserad Riskfaktorer; förtidsbörd, långvarig vattenavgång, tidigare bärare av GBS IAP

4 Dagens diagnostik För hög sensitivitet förespråkas selektiv anrikningsbuljong, 40-48h Utveckling av PCR-baserade metoder för att korta ner analystiden LAMP; ny metodik för GBS MALDI-TOF

5 Projektet Utveckla en ny metod för direkt artbestämning av GBS med MALDI-TOF från selektiv anrikningsbuljong värderad mot detektionsmetoden med LAMP-teknik på illumigene Värdering av de båda metoderna mot en referensmetod med selektiv såväl som oselektiv GBS-odling

6 Material Prover: 134 vaginal-/cervixprover provtagna inom rutinsjukvården i Blekinge och Kronoberg varav 41 enligt remiss var gravida Material: utodling för oselektiv odling samt inkubering av provpinnen i GBS-buljong Kylförvaring av proverna fram till analys med MALDI-TOF, illumigene samt utodling på blodagarplatta

7 Metoder: MALDI-TOF 1 ml inkuberad selektiv buljong centrifugerades i två omgångar Med tandpetare applicerades pelleten på två provpunkter på target plate för MALDI 1 µl matrix per punkt applicerades Analys med MALDI-TOF, masspektra erhölls i FlexControl 3.0 (Bruker Daltronics)

8 Metoder: illumigene Provbearbetning enligt tillverkaren Meridians anvisningar, 50 µl buljong användes till 200 µl kontrollösning Inkubering vid 95 C i 10 minuter, 50 µl överfördes till ett färdigt rör med reaktionsbuffert 2 x 50 µl överfördes till analysrörets två brunnar TEST och CONTROL Analys på illumipro-10tm (Meridian Bioscience Inc.) Resultatmöjligheter: positiv, negativ eller ogiltig/invalid

9

10 Resultat Tabell I. Antal patientprover, av totala antalet prover (n=134), som var positiva med respektive analysmetod (antal och procent) Tabell II. Antal prover från gravida kvinnor (n=41), som var positiva med respektive analysmetod (antal och procent) 1. Förekomst av GBS tas endast upp vid allmän odling om patienten är gravid alt. om den förekommer i renkultur 2. Endast score value över 2,0 har accepterats 3. Odlingar som bekräftats vara positiva med Streptex

11 Resultat forts. Sensitivitet och specificitet för MALDI-TOF = 58,1 % resp. 100 % Sensitivitet och specificitet för illumigene = 100 % resp. 96,1 % Sensitivitet och specificitet för oselektiv odling = 32,3 % resp. 100 % MALDI-TOF Prover verifierade med selektiv odling - Tre prover med score value under 2,0 dock >1,7 - Tre prover med NRI (<1.7) - Tre prover NPF - Fyra prover >2,0 (L.crispatus, S.pyogenes, 2 E. faecalis)

12 Resultat: Tidsaspekter h till ett negativt resultat kan svaras ut med referensmetoden selektiv/oselektiv odling h med de båda nya metoderna, inklusive provhanteringstid och analystid

13 Diskussion: MALDI-TOF Lättidentifierade bakterier är de som förekommer i hög koncentration samt har ett mycket specifikt spektra, svårigheter att separera streptokocker Lägre sensitivitet än LAMP-metoden dock en hög specificitet Analysstörningar och justering av accepterat lägsta score value

14 Diskussion: illumigene Utmärkt sensitivitet, fyra prover fler än referensmetoden var positiva DNA amplifiering av en, för GBS, specifik sekvens används Analyseras indirekt genom turbiditet, grumling kan uppfattas som positivt resultat Små mängder GBS kan detekteras med genotypisk metod

15 Slutsatser illumigene med sin LAMP-teknik var i denna jämförelse mycket känsligare än den använda för MALDI-TOF En plats för MALDI-TOF som preliminärdiagnostik Tiden för provhantering är något längre än referensmetodens, MALDI-TOF något mer krävande illumigenes LAMP-teknik har en något låg specificitet men i den tänkta kliniska situationen kan detta tolereras

16 Tack! Orion Diagnostica Martin Sundqvist Landstinget Kronoberg, Karlskrona & Växjö

17

18