Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys

HTML
DOWNLOAD

Storlek: px

Starta visningen från sidan:

Download "Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys"

Stefan Olofsson
för 6 år sedan
Visningar:

1 Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys Equalis användarmöte Molekylär diagnostik Birgitta Kjellström Sektionen för Genanalys, Klinisk kemi

2 Familjär hyperkolesterolemi Familjär hyperkolesterolemi (FH) är ett samlingsbegrepp för genetisk sjukdom som karaktäriseras av förhöjda nivåer av lipoproteinet LDL (Low Density Lipoprotein) i blodet. LDL leder till kraftigt ökad risk för hjärt-och kärlsjukdomar i tidig ålder (< 55 år för män och < 60 år för kvinnor). Vanligaste orsaken till FH är mutationer i generna LDLR, PCSK9 och APOB. Enstaka ovanliga mutationer i generna APOE, STAP1 samt LDLRAP1 har också associerats med sjukdomen. 2

3 Förekomst och målsättning Förekomsten av FH är 1 på i västvärlden (Europa och Nordamerika), men tyvärr går många odiagnosticerade, och därmed obehandlade. Nationellt är målsättningen att 85% av alla individer med FH skall vara diagnosticerade I dagsläget bedöms endast ca 10% av alla patienter med FH i Västra Götalandsregionen vara identifierade 3

4 Metodik Metoden som används, är i sin helhet (reagens samt analysmjukvara) CE-IVD-märkt och kommersiellt tillgänglig under namnet SEQPRO LIPO IS (Progenika Biopharma). Fem olika PCR-reaktioner amplifieras 58 regioner (ca 20kb) från generna LDLR, PCSK9, APOB, STAP1, APOE och LDLRAP1 för att sedan sekvenseras på MiSeq-instrument (Illumina). Analysen kan detektera medfödda sekvensvarianter samt mindre insertioner och deletioner upp till 150 bp, i kodande områden. För genen LDLR görs också kopietalsanalys, vilket möjliggör detektion av deletioner och duplikationer större än 150 bp. 4

5 Arbetsflöde 5

6 PointMutationResults.csv ofiltrerad filtrerad 6

7 CNV LDLR 7

8 Rapportblad 8

9 Verifiering och svarsrapport Verifiering av fynd detekterade med NGS kommer i vissa fall att utföras. Punktmutationer verifieras genom Sangersekvensering och kopietalsavvikelser med MLPA. Alla fynd som rapporteras anges med nomenklatur enligt HGVS och specificerad referenssekvens enligt RefSeq databas. Patogenicitet för varianter rapporteras enligt Progenikas bedömning men klassificeringen översätts och modifieras till de nivåer som ACMG förordar. 9

10 Svarsrapport allmän info REMISSINFORMATION XXX Provet utgörs av blod. TEKNISK INFORMATION Analysen baseras på riktad amplikonsekvensering med NGS-teknik (Next Generation Sequencing) av utvalda exon samt flankerade sekvens i sex gener involverade i Familjär Hyperkolesterolemi (FH). Autosomal Dominant Familjär Hyperkolesterolemi (ADH); LDLR, alla 18 exon (NM_ ), APOB delar av exon 26 och 29 (NM_ ), PCSK9 alla 12 exon (NM_ ), APOE exon 4 (NM_ ), STAP1 alla 9 exon (NM_ ), och Autosomal Recessiv Familjär Hyperkolesterolemi (ARH); LDLRAP1 alla 9 exon (NM_ ). Ett negativt analysresultat utesluter inte eventuell förekomst av varianter i amplikonen PCSK9; exon 6 och 9 samt APOB; exon 29, då dessa består av komplexa gensekvenser. För provupparbetning används SEQPRO LIPO IS (Progenika Biopharma). Sekvensering utförs med MiSeqinstrument (Illumina). Minsta godkända sekvenseringsdjup är 50x. Detekterade genetiska förändringar bedöms avseende patogenicitet baserat på uppgifter från Progenika Biopharma och/eller information i tillgängliga databaser. Endast varianter som bedöms vara av relevans/möjlig relevans för den kliniska frågeställningen eller ger information om anlagsbärarskap rapporteras i svaret. Observera att cirka 10-40% av individer med Familjär Hyperkolestrolemi har mutationer i andra gener än de gener som analyserats här. Ett negativt resultat betyder inte att diagnosen FH kan uteslutas. Analysen är utförd på Sektionen för Genanalys, Enhet 5, Klinisk Kemi, tel

11 Svarsrapport resultat RESULTAT Följande variant, som bedöms som kliniskt relevant, har påvisats: Gennamn:c N>N p.(aaaxxxaaa) i heterozygot form. Genetisk klassificering: Patogen/Sannolikt patogen/oklar signifikans. För detaljerad information se. Fyndet har verifierats med Sangersekvensering/MLPA. 11

12 Bedömning BEDÖMNING OCH SLUTSATS Varianten är associerad med familjär hyperkolesterolemi. Anlaget är ärftligt och kan överföras till kommande generation. Vårt laboratorium kan tillhandahålla specifik analys av den påvisade genetiska förändringen vid utredning av anlagsbärarskap i familjen. Vidare uppföljning via lipidmottagning eller motsvarande rekommenderas. 12

13 Anlagsbärare Patienter med diagnostiserad FH erbjuds att kindskrapsborstar att dela ut till släktingar för att enkelt kunna ta prov för anlagsbärarskap. Borstarna skickas med post för analysering med Sangersekvensering eller MLPA. 13

14 Begränsningar Eftersom exon 6 och 9 i PCSK9 samt exon 29 i APOB, innehåller regioner med komplexa nukleotidsekvenser som kan försvåra korrekt amplifiering, kan Progenika inte garantera korrekt identifiering av varianter i dessa exon. Information om metodens begränsningar inkluderas i svarsrapporten. Personer med trisomi 22 kan inte analyseras i CNVanalysen 14

15 Slutsats Från och med oktober 2017 kan Klinisk kemi erbjuda en känslig, effektiv och säker metod för genetisk analys av Familjär Hyperkolesterolemi. Därmed finns möjligheten för Västra Götalandsregion att nå upp till den nationellt är målsättningen att 85% av alla individer med FH skall vara diagnosticerade

Relevanta dokument

Delprov 3 Vetenskaplig artikel

Delprov 3 Vetenskaplig artikel # of Questions: 15 Question #: 1 I denna uppgift ska du läsa en vetenskaplig artikel (CHCHD2 mutations in autosomal dominant late-onset Parkinson s disease: a genome-wide