Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Gör vi rätt?

HTML
DOWNLOAD

Storlek: px

Starta visningen från sidan:

Download "Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Gör vi rätt?"

Lars Lundgren
för 8 år sedan
Visningar:

1 Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Gör vi rätt? Camilla Valtonen-André Tisdagen den 10 nov 2015

2 Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Nomenklatur vad är det? Vad är rätt nomenklatur? Guidelines Varför är det viktigt med standardiserad nomenklatur? Exempel 2

3 Nomenklatur (DNA) vad är det? Standardiserad benämning av våra fynd Så enkel som möjligt och otvetydig! Alla skall göra lika baspar Ca gener 3

4 Nomenklatur genom hela kedjan! ÖVERGRIPANDE KVALITETSPARAMETRAR Ex. NPU-koder, gemensamma riktlinjer för nomenklatur, enhetliga enhetssystem osv PREANALYS ANALYS POSTANALYS ANALYS SVAR BESTÄLLARE OCH LAB LAB LAB SVARSMOTTAGARE Provtagningsanvisning Provhantering Logistik och beställningsrutiner Remissuppgifter (anamnes) Nomenklatur NPU-kod Externkontroller Equalis kontrollprogram Internkontroller Metodbeskrivning och övrig kvalitetsdokumentation Nomenklatur Spårbarhet Svar som följer internationella guidelines Svarslogistik Kompetensutveckling Nomenklatur IT-system för kvalitativa svar och textsvar Uppfattar beställaren svaret rätt? NPU-koder IT-system för kvalitativa svar och textsvar Nomenklatur NPU-kod IT-system Ex. Swedac, annan extern granskning GRANSKNING AV VERKSAMHETEN 4

5 Nomenklatur vad vill vi beskriva? 5 Art Vilken gen? Vilken isoform? Vilken referenssekvens? NP_ (protein) NM_ (coding DNA) NG_ (genomisk sekvens) Vilken allel? Var i genen? Vilka basförändring ex A>G? Vilken typ av förändring? Deletion? Insertion? Heterozygot eller homozygot?

6 HGVS - Human Genome Variation Society 6

HGVS - Human Genome Variation Society http://www.hgvs.

7 HGVS - Human Genome Variation Society Members of the Society have formulated Guidelines & Recommendations on a number of topics, but especiailly for nomenclature of gene variations and guidelines on variation databases 7

8 Guidelines 8 Innehåll, nomenklatur och dispositionen i det genetiska svaret bör i görligaste mån styras av rådande guidelines Tre exempel på nationella och internationella guidelines Best practice guidelines on reporting in molecular genetic diagnostic laboratories in Switzerland 2003 ( rting_guidelines.pdf). OECD guidelines for quality assuarance in molecular genetic testing 2007 ( Riktlinjer för kvalitetssäkring i klinisk genetisk verksamhet, Svensk förening för klinisk genetik

9 Nomenklatur vad beskriver HGVS? Beskriver DNA RNA Protein 9

10 Nomenklatur (DNA) hur vill HGVS ha det? Mutationer i HBB-genen NM_ * 1. Heterozygot-exempel 1 SNP NM_000518:c.[1A>G];[=] NP_ :p.[Met1Val];[=] 2. Homozygot-exempel 1 SNP NM_000518:c.[1A>G];[1A>G] 3. Heterozygot-exempel 2 SNP på samma allel NM_000518:c.[1A>G;2T>C];[=] 4. Heterozygot-exempel 1 bp del NM_000518:c.[1delA];[=] 5. Heterozygot-exempel 1 bp del 5 UTR NM_000518:c.[-1delC;[=] 6. Heterozygot-exempel 1 SNP 3 UTR NM_000518:c.[*1G>C];[=] Vilken gen? Vilken isoform? Vilken referenssekvens? NP_ (protein) NM_ (coding DNA) NG_ (genomisk sekvens) Vilken allel? Var i genen? Vilka basförändring ex A>G? Vilken typ av förändring? Deletion? Insertion? Heterozygot eller homozygot? Heterozygot-exempel 1 SNP intron2 NM_000518:c.[316-1G>C];[=]

11 Exempel på behovet av standardisering F5 Remissförfrågan! APC-resistens? Faktor-V-Leiden-mutationen? DNA-FV? Faktor V 1691G>A? Arg506Gln? c.1691g>a, finns inte i denna refseq, (A i exon 11) Protein Gen Spårbarhet? Referenssekvens HGVS Faktor V F 5 c.1691g>a p.arg506gln Ej HGVS! Oklart vilken refseq denna numrering är baserad på?? HGVS c.1601g>a NM_ NM_ :c.[1601G>A];[=] g.41721g>a NG_ NG_ :g.[41721G>A];[=] 11 p.arg534gln NP_ NP_ :p.[Arg534Gln];[=]

Exempel på behovet av standardisering F2 Remissförfrågan! Protrombingen-mutationen? DNA-FII? Faktor II c.20210g>a? c.20210g>a, finns inte i dessa refseq Två isoformer NM_000506.3 samt NM_001311257.

12 Exempel på behovet av standardisering F2 Remissförfrågan! Protrombingen-mutationen? DNA-FII? Faktor II c.20210g>a? c.20210g>a, finns inte i dessa refseq Två isoformer NM_ samt NM_ Protein Gen Spårbarhet? Referenssekvens HGVS Faktor II F 2 c.20210g>a Ej HVGS! Oklart vilken refseq denna numrering är baserad på?? HGVS c.*97g>a NM_ NM_ :c.[*97G>A];[=] 12 g.25313g>a NG_ NG_ :g.[25313G>A];[=] NP_ _

13 Isoform - varför är det viktigt? Samma gen kan tex ha olika långa exon i de olika isoformerna. Påverkar c-nomenklaturen Olika isoformer i olika organ Ex MODY1 (HNF4A-genen) Olika former i pancreas och lever Pancreas-formen viktigt vid dibetesdiagnostik Förskjuter aminosyranumreringen 22 nummer. Fel i rapportering Fel om man letar i litteratur och databaser 13

[1601G>A];[=] Alla lab gör nog lite fel Vi känner inte till HGVS

14 VAD SVARAR VI? Väljer vi rätt nomenklatur? Enkel anlagsbärare för APC-resistens eller NM_ :c.[1601G>A];[=] Alla lab gör nog lite fel Vi känner inte till HGVS Pedagogiska skäl - klinikerna skall känna igen sig IT-mässiga skäl - våra eller beställarens IT-system stödjer inte nomenklaturen 14

15 Hur arbetar vi vidare? Kontinuerligt kvalitetsarbete gällande standardisering av nomenklatur! Lokalt Nationellt Internationellt 15

Relevanta dokument

DNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct

1(6) DNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct Bakgrund, indikation och tolkning Proteinet alfa-1-antitrypsin (A1AT, AAT) är en av kroppens viktigaste proteashämmare och tillhör proteinsuperfamiljen