DNA-analyser: Diagnosticera cystisk fibros och sicklecellanemi med DNA-analys. Niklas Dahrén

Transkript

1 DNA-analyser: Diagnosticera cystisk fibros och sicklecellanemi med DNA-analys Niklas Dahrén

2 Diagnosticera cystisk fibros med DNA-analys

3 Cystisk fibros Vad innebär sjukdomen?: Sjukdomen innebär att de epitelceller som bekläder kroppens ytor (inkl. luftvägarna och matsmältningssystemet) producerar ett alldeles för tjockt och trögflytande slem. Detta leder till infektioner i luftvägarna, till andningssvårigheter och kraftig hosta. Kan även leda till försämrad matsmältning då kanalerna mellan bukspottkörteln och tunntarmen täpps igen så att matsmältningsenzymer inte kan ta sig till tunntarmen. Cystisk fibros är en ovanlig sjukdom: I Sverige finns det närmare 700 personer med cystisk fibros. Det föds runt barn med sjukdomen varje år. En person av cirka 35 beräknas vara anlagsbärare i Sverige. Monogen recessiv sjukdom: Cystisk fibros är en monogen recessiv genetisk sjukdom vilket innebär att sjukdomen orsakas av en enda gen (monogen) men båda allelerna av genen måste vara muterade för att sjukdomen ska bryta ut (recessiv).

4 Cystisk fibros innebär att kloridkanaler i cellmembranen inte fungerar som de ska Bild 1: Kloridkanalen fungerar som den ska. Kloridjonerna åker till cellens utsida och vatten följer med genom osmos. Bild 2: Kloridkanalen fungerar ej och det innebär att både kloridjoner och vatten stannar kvar på insidan. Problemet med cystisk fibros är att slemmet som kroppens epitelceller bildar blir väldigt tjockt och segt p.g.a. låg vattenhalt. Får väldigt allvarliga följder i framförallt lungorna och i bukspottkörteln. Bildkälla: By Lbudd14 (Own work) [CC BY-SA 3.0 ( via Wikimedia Commons

5 Vid cystisk fibros har CF-genen blivit kortare p.g.a. en mutation (deletion) Vanlig CF-gen: Muterad CF-gen: Vid cystisk fibros har en deletion skett i CF-genen (cystisk-fibrosgenen). En triplett kvävebaser som kodar för aminosyran fenylalanin har försvunnit och det gör att proteinet som bildas från CF-genen inte fungerar som det ska.

6 Varje gen finns alltid i 2 upplagor (genvarianter/alleler) Alla gener finns i 2 upplagor: Den ena upplagan (allelen) får vi från vår mamma och den andra upplagan (allelen) får vi från vår pappa. Ibland är de båda generna identiska. Ibland kan dock generna skilja sig åt (t.ex. kan en gen vara normal medan en gen är muterad). För att bli sjuk krävs det att båda generna är muterade eftersom detta är en recessiv sjukdom. När vi diagnosticerar cystisk fibros med gelelektrofores måste vi därför ha i beaktande att vi kan få 1 eller 2 band i gelen beroende på om båda generna är friska, om båda generna är muterade eller om en av generna är muterad.

7 Tillvägagångssättet för att diagnosticera cystisk fibros med DNA-analys Extrahera DNA från celler Kopiera CFgenerna med PCR Separera CFgenerna med gelelektrofores Färga CFgenerna och analysera resultatet

8 Bandmönstret hos helt friska, anlagsbärare resp. personer med cystisk fibros Frisk individ: Ingen av allelerna är muterad Anlagsbärare: En av allelerna är muterad Sjuk individ: Båda allelerna är muterade STR STR Båda allelerna är normala (långa) och vandrar lika långt. En av allelerna är muterad (kort) och vandrar därför längre. Båda allelerna är muterade (korta) och vandrar lika långt. Dominant homozygot Heterozygot Recessiv homozygot

9 Bandmönstret hos helt friska, anlagsbärare resp. personer med cystisk fibros Frisk individ: Ingen av allelerna är muterad Anlagsbärare: En av allelerna är muterad Sjuk individ: Båda allelerna är muterade STR Båda allelerna är normala (långa) och vandrar lika långt. En av allelerna är muterad (kort) och vandrar därför längre. STR Båda allelerna är muterade (korta) och vandrar lika långt. Dominant homozygot Heterozygot Recessiv homozygot

10 Diagnosticera sicklecellanemi med DNA-analys

11 Sicklecellsanemi Erytrocyterna ser ut som skäror : Sjukdomen innebär att de röda blodkropparna (erytrocyterna) ser ut som skäror (eng. sickle) istället för att ha normal form. Anledningen till den ovanliga formen är att hemoglobin-molekylerna (som finns inuti erytrocyterna) har klibbat ihop med varandra och bildat långa trådar. Monogen recessiv sjukdom: Sicklecellsanemi är en monogen recessiv genetisk sjukdom vilket innebär att sjukdomen orsakas av en enda gen (monogen) men båda allelerna av genen måste vara muterade för att sjukdomen ska bryta ut (recessiv). Sjukdomen ger försämrad cirkulation och syrebrist: Erytrocyter med denna ovanliga form har svårt att passera genom vissa blodkärl, klibbar ihop med varandra, fastnar i kärlväggarna och de är också extra känsliga för att förstöras i mjälten. Sjukdomen ger en försämrad cirkulation vilket ökar risken för vävnadshypoxi (syrebrist i vävnader) och cellnekros (celldöd). Detta kallas för kärlocklusiv sjukdom. Detta kan vara väldigt allvarligt för viktiga organ som kräver en hög syretillförsel.

12 Sjukdomen beror på en punktmutation Sjukdomen beror på en punktmutation i genen för hemoglobin. Den genen finns på kromosom nummer 11. Punktmutationen har ändrat nukleotidsekvensen på ett ställe i genen vilket får följden att aminosyra nr. 6 i hemoglobinet är utbytt från glutaminsyra till valin. Hemoglobinet får lägre löslighet: Punktmutationen innebär att hemoglobinet blir mycket mindre lösligt i vatten vilket får följden att olika hemoglobinmolekyler klibbar ihop med varandra istället och bildar långa trådar när syre inte är bundet. Erytrocyterna blir då mindre formbara.

13 Tillvägagångssätt för att diagnosticera sicklecellsanemi med DNA-analys Extrahera DNA från celler Kopiera sicklecellgenen med PCR Klippa i genen med ett restriktionsenzym Separera genfragmenten med gelelektrofores Färga genfragmenten och analysera resultatet

14 För att kunna diagnosticera sicklecellsanemi behövs ett restriktionsenzym Restriktionsenzymer har förmågan att klippa/klyva DNA på specifika ställen. Det finns många restriktionsenzymer och varje enzym har specifika nukleotidsekvenser (bassekvenser) de känner igen och vid dessa klyvs DNA:t. Restriktionsenzymerna kommer ursprungligen från bakterier och används i bakterier som ett skydd mot angripande virus. Forskare har dock isolerat dessa enzymer och de används nu flitigt inom molekylärbiologisk och medicinsk forskning och diagnosticering. Vissa restriktionsenzym klyver DNA med s.k. blunt ends medan vissa klyver med s.k. sticky ends (klistriga ändar). Blunt ends Sticky ends

15 Restriktionsenzymet klipper i den friska genen men inte i den muterade Frisk gen Muterad gen Efter behandling med restriktionsenzymet bildas 2 fragment av genen. Restriktionsenzymet känner igen denna kvävebassekvens och klipper genen här. En punktmutation har förändrat sekvensen vilket innebär att restriktionsenzymet ej känner igen sekvensen. Genen klipps därför inte. Vid behandling med restriktionsenzymet sker ingenting. Genen är fortfarande intakt.

16 Resultatet av restriktionsenzymets påverkan kan vi sedan se med hjälp av gelelektrofores Den friska genens restriktionsmönster Den muterade genens restriktionsmönster Den friska genen har klippts i 2 DNAfragment; ett medellångt och ett kort. Det korta fragmentet vandrar längst i gelen. Den muterade genen har ej klippts vilket innebär att genen är intakt. Vi får därför enbart ett DNAfragment i gelen. Detta fragment är långt och vandrar därför enbart en kort bit i gelen.

17

18 Varje gen finns alltid i 2 upplagor (2 alleler) Alla gener finns i 2 upplagor: Den ena upplagan (allelen) får vi från vår mamma och den andra upplagan (allelen) får vi från vår pappa. Ibland är de båda generna identiska. Ibland kan dock generna skilja sig åt (t.ex. kan en gen vara normal medan en gen är muterad). För att bli sjuk krävs det att båda generna är muterade eftersom detta är en recessiv sjukdom. När vi diagnosticerar sicklecellsanemi med gelelektrofores måste vi därför ha i beaktande att vi kan få fler än 2 band i gelen!

19 Bandmönstret hos helt friska, anlagsbärare resp. personer med sicklecellsanemi Frisk individ: Ingen av generna är muterad Anlagsbärare: En av generna är muterad Sjuk individ Båda generna är muterade Båda generna är normala och klipps därför i 2 delar vardera= 2 band i gelen. Sjuk gen En av generna är muterad och klipps ej= 1 band i gelen. Den andra genen är normal och klipps därför i 2 delar= 2 band i gelen. Sjuk gen Dominant homozygot Heterozygot Recessiv homozygot Båda generna är muterade och därför klipps ingen= 1 band i gelen.

20

21 Exempel på andra genetiska sjukdomar som kräver restriktionsenzym vid analys Hemokromatos: Sjukdomen kallas även för bronsdiabetes eller jämtlandssjuka. Hemokromatos är en genetisk sjukdom som innebär att kroppen tar upp för mycket järn i tunntarmen. Nivåerna i kroppens vävnader och organ blir därmed för höga. Akondroplasi: Den vanligaste formen av dvärgväxt.

22 Se gärna fler filmer av Niklas Dahrén: