Bioinformatik. Marina Axelson-Fisk Matematisk orientering, 30 nov 2015
|
|
- Kristina Ivarsson
- för 8 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Bioinformatik Marina Axelson-Fisk Matematisk orientering, 30 nov 2015
2 Bioinformatik
3 Bioinformatik
4 Var används bioinformatik? DNA analys Medicin DNA-sekvensering och assemblering Sekvensanalys Proteinstruktur och funktion Expression- och nätverksanalys Sjukdomsgener Drug target Lead compound Kliniska försök
5 Grundläggande genetik Cell Kärna Kromosom DNA
6
7
8 Vad är en gen? DNA CCTGAGCCAACTATTGAT transkription RNA CCUGAGCCAACUAUUGAU translation Protein PEPTID
9 Proteinfunktioner Enzym matsmältningssystemet Strukturella komponenter senor, ligament Skydd antikroppar, blodkoagulering Regulatoriska hormon insulin, tillväxt- Rörelse aktin, myosin Transport hemoglobin, albumin
10 Sekvenserings-historia 1977: Phi X174 (5 400 bp) 1995: Två mikrober (1.8, 0.6) 1996: Jästsvamp (12) 1997: E. coli (4.6) 1998: C. elegans (97) 1999: kromosom 22q (33.4) 2000: Bananflugan (180) 2003: Människan (3,200)
11 2001: The human genome
12 Och det kommer mer
13 Genom-analys Sekvensjämförelser Genletning Regulatoriska element
14 Sekvensjämförelser
15 Sekvensjämförelser Är sekvenserna evolutionärt besläktade? Vilka regioner är likartade? Hur stort är det evolutionära avståndet? Hur verkar den evolutionära processen?
16 Mutationer Normal Missense Nonsens Deletion Inversion Insertion THE BIG DOG RAN OUT. THE BIG DAG RAN OUT. THE BIG DOG. THE BGD OGR ANO. THE BIG RAN DOG OUT. THE BIG RED DOG RAN OUT.
17 Tree of life: mammals Edentata (anteaters, sloths, armadillos) Lagomorpha (rabbits) Rodentia (mice, rats, squirrels) Primates New World monkeys Old World monkeys humans, gorilla, chimpanzee, bonobo, orangutan gibbons Mammals Monotremata (platypus, echidnas) Eutheria (placental animals) Marsupialia (opossums, kangaroos) Multituberculata Triconodonts Tree shrews Bats Colugos lemurs, galagos, lorises Artiodactyla (pigs, deer, cattle, goats, sheep, hippopotamuses, camels, etc.) Cetacea (whales, dolphins, porpoises) Perissodactyla (horses, tapirs, rhinoceroses) Proboscidea (elephants, mammoths) Carnivora (dogs, cats, bears, raccoons, weasels, mongooses, hyenas)
18 Sekvens-alignment 50. :. :. :. :. : 247 GGTGAGGTCGAGGACCCTGCA CGGAGCTGTATGGAGGGCA AGAGC : : --: :: GAGTCGGGGGAGGGGGCTGCTGTTGGCTCTGGACAGCTTGCATTGAGAGG 100. :. :. :. :. : 292 TTC CTACAGAAAAGTCCCAGCAAGGAGCCACACTTCACTG :: : :: : :- : 418 TTCTGGCTACGCTCTCCCTTAGGGACTGAGCAGAGGGCT CAGGTCGCGG 150. :. :. :. :. : 332 ATGTCGAGGGGAAGACATCATTCGGGATGTCAGTG : 467 TGGGAGATGAGGCCAATGTCGAGGGGAAGACATCATTTGGGATGTCAGTG 200. :. :. :. :. : 367 TTCAACCTCAGCAATGCCATCATGGGCAGCGGCATCCTGGGACTCGCCTA : : : : : 517 TTCAATCTCAGCAACGCCATCATGGGCAGTGGAATTCTGGGGCTCGCCTA
19 Strängjämförelser Exakt strängsökning Exakt mängdsökning Sökning av delsträngar Längsta gemensamma delsträng Gemensamma delsträngar i fler än två Förorenat DNA
20 Svårigheter Algoritmerna behöver vara: Snabba Robusta Minneseffektiva Hantera omkastningar, dupliceringar, och repetitiva element
21 Genletning
22 Genstruktur TATA promoter transcription start exon1 exon2 translation start exon3 intron exon4 translation stop exon5 transcription stop transkription splicing translation
23 Genletning 5 UTR 3 UTR TATA promoter transcription start exon1 exon2 translation start exon3 intron exon4 translation stop exon5 transcription stop start codon ATG splice sites stop codon TAA/TAG/TGA
24
25
26 Den genetiska koden
27 Splice site detection donor site Position % A C G T
28 Dolda Markov-modeller Hidden Markov models (HMMs)
29 Slumpvandring
30 Markov-kedjor Markov-egenskapen: Sannolikheten för nästa position beror bara på den nuvarande (minneslös process)
31 Stokastiska processer En stokastisk variabel är en variabel som påverkas av slump. Den kan anta vissa värden enligt en sannolikhetsfördelning. En stokastisk process är en utvecklingen av en stokastisk variabel i tid (eller rum)
32 Stokastiska processer Ankomst av kunder i ett kösystem Förändringar i aktiekursen Ledningsväxling under en rösträkning Växling mellan olika tillstånd
33 En Markov-kedja b A (i) 1 / 6 P AB = 1-PAA P BB A P AA Initial fördelning: (, A B ) P BA = 1-PBB b B (i) 1/ 4
34 En dold Markov-modell Observerad sekvens: A B Dold sekvens: B B A A A B
35 DNA-sekvenser A C G T
36 Tillståndssekvenser (durations) p 1-p A p Geometrisk fördelning duration
37 Observerade exoner och introner Intron Start-exon Intern exon Slut-exon
38 HMM i genletning T AA TA T G T C CA C G G G T A T T G AG C AT T G TA CA C G G G G TA T T GA G CA T G TAA T GAA Exon1 Exon2 Exon3
39 Som lattice:
40 Två fundamentala problem Sannolikheten av observerade data, givet modellen. forward-algoritmen Den bästa dolda sekvensen givet observerade data. Viterbi-algoritmen
41 Dynamisk programmering Rekurrens relation Tabulär beräkning Traceback
42 Dynamisk programmering Fibonacci-tal: f (n) = 0 1 f (n-1) + f (n-2) om n = 0 om n = 1 om n > 1
43 Dynamisk programmering f (5) f (4) f (3) f (3) f (2) f (2) f (1) f (2) f (1) f (1) f (0) f (1) f (0) f (1) f (0)
44 Dynamisk programmering Rekurrens-relation f (n) = 0 1 f (n-1) + f (n-2) om n = 0 om n = 1 om n > 1 Tabulär beräkning f (0), f (1), f (2), f (3), Traceback
45 HMM algoritmer t t B B A A A B
46 Tillstånd Dynamisk programmering N 1 1 T Observation
47 Forward-algoritmen N (j) ( (i) p )b (Y ) t t 1 ij j t i 1 (tillstånd j vid tidpunkt t)
48 Forward-algoritmen tillstånd övergångssannolikheter fördelning för utdata j... N t-1 t t 1 (i) t ( j)
49 Tillstånd Forward-algoritmen N 1 1 T Observation
50 Tillstånd Forward-algoritmen N T Observation
51 Viterbi-algoritmen
52 tillstånd 1 2 Viterbi-algoritmen 3 j... N t-1 t
53 Tillstånd Traceback N T-2 T-1 T Observation
54 HMM i sekvens-alignment Human: Mouse: Human: Mouse: Human: Mouse: Human: Mouse: 50. :. :. :. :. : 247 GGTGAGGTCGAGGACCCTGCA CGGAGCTGTATGGAGGGCA AGAGC : : --: :: GAGTCGGGGGAGGGGGCTGCTGTTGGCTCTGGACAGCTTGCATTGAGAGG 100. :. :. :. :. : 292 TTC CTACAGAAAAGTCCCAGCAAGGAGCCACACTTCACTG :: : :: : :- : 418 TTCTGGCTACGCTCTCCCTTAGGGACTGAGCAGAGGGCT CAGGTCGCGG 150. :. :. :. :. : 332 ATGTCGAGGGGAAGACATCATTCGGGATGTCAGTG : 467 TGGGAGATGAGGCCAATGTCGAGGGGAAGACATCATTTGGGATGTCAGTG 200. :. :. :. :. : 367 TTCAACCTCAGCAATGCCATCATGGGCAGCGGCATCCTGGGACTCGCCTA : : : : : 517 TTCAATCTCAGCAACGCCATCATGGGCAGTGGAATTCTGGGGCTCGCCTA
55 Pair HMMs M X Y M = (mis)match X = insert seq1 Y = insert seq2 Utdata: ATCG--G AC-GTCA Observerade sekvenser: ATCGG ACGTCA
56 Pair HMMs Dold sekvens: M M X M Y Y M A A T C C - G G - T - C G A Utdata: ATCG--G AC-GTCA Observerad sekvens: ATCGG ACGTCA
57 Komparativ genletning Human: Mouse: Human: Mouse: Human: Mouse: Human: Mouse: 50. :. :. :. :. : 247 GGTGAGGTCGAGGACCCTGCA CGGAGCTGTATGGAGGGCA AGAGC : : --: :: GAGTCGGGGGAGGGGGCTGCTGTTGGCTCTGGACAGCTTGCATTGAGAGG 100. :. :. :. :. : 292 TTC CTACAGAAAAGTCCCAGCAAGGAGCCACACTTCACTG :: : :: : :- : 418 TTCTGGCTACGCTCTCCCTTAGGGACTGAGCAGAGGGCT CAGGTCGCGG 150. :. :. :. :. : 332 ATGTCGAGGGGAAGACATCATTCGGGATGTCAGTG : 467 TGGGAGATGAGGCCAATGTCGAGGGGAAGACATCATTTGGGATGTCAGTG 200. :. :. :. :. : 367 TTCAACCTCAGCAATGCCATCATGGGCAGCGGCATCCTGGGACTCGCCTA : : : : : 517 TTCAATCTCAGCAACGCCATCATGGGCAGTGGAATTCTGGGGCTCGCCTA
58 Komparativ genletning TATA promoter transcription start exon1 exon2 translation start exon3 intron exon4 translation stop exon5 transcription stop
59 Generalized Pair HMMs T AA TA T G T C CA C G G G T A T T G AG C AT T G TA CA C G G G G TA T T GA G CA T G TAA T GAA Exon1 Exon2 Exon3 C T GA T G TA CA C T G G T T G G T C C T C AG C TT T GA C G G G G T GA G CA T G TAA T G T C
60 Som lattice: tillstånd
61 Beräkningsproblem Modell Tid Minne HMM N 2 T NT PHMM N 2 TU NTU GHMM D 2 N 2 T NT GPHMM D 4 N 2 TU NTU N antal tillstånd D max duration T längd sekv1 U längd sekv2
62 Approximate alignment Reduces TU -factor to ht
63 Jämförelse: människa mus Feb 2001 Dec 2002
64 Why mouse?
65 Varför mus?
66 Människa Mus
67 RNA folding
68 Tillstånd Multi-branched loop Single-branched loop Helix Hairpin
69 Viterbi-algoritmen
70 Hur många gener har vi? 27,462
Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes. Bilder från McMurry
Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes Bilder från McMurry Namn Efternamn 26 februari 2011 2 Varje DNA molekyl är uppbyggd av många gener induviduella DNA segmant som innehåller instruktioner för syntes
Läs merRNA-syntes och Proteinsyntes
RNA-syntes och Proteinsyntes Jenny Flygare (jenny.flygare@ki.se) Genexpression - översikt 5 (p) A T G T C A G A G G A A T G A 3 (OH) T A C A G T C T C C T T A C T 3 (OH) 5 (p) VAD TRANSLATERAS DEN HÄR
Läs merHundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar. Kerstin Lindblad-Toh
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar Kerstin Lindblad-Toh Målsättning med min forskning Att hitta människors sjukdomsgener via: - djurmodeller - en bättre förståelse av arvsmassan - storskalig
Läs merFrån DNA till protein, dvs den centrala dogmen
Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 5 samt kapitel 29 31. Kapitel 2 5 samt 29 31 berörs även i kommande föreläsningar. Transkription och translation Informationsflödet
Läs merNomenklatur för vanliga SNP-analyser Gör vi rätt?
Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Gör vi rätt? Camilla Valtonen-André Tisdagen den 10 nov 2015 Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Nomenklatur vad är det? Vad är rätt nomenklatur? Guidelines Varför
Läs merTranskription och translation. DNA RNA Protein. Introduktion till biomedicin 2010-09-13. Jan-Olov Höög 1
Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 (delvis), kapitel 2 (ingående) samt kapitel 3 (delvis, kommer att behandlas mer) Transkription och translation Informationsflödet
Läs merDelprov l, fredag 11/11,
Delprov l, fredag 11/11, 14.00-17.00 Fråga 1 (5 p). Ringa in ett av alternativen (endast ett): A. Vilket påstående är falskt? l. Aminosyror är byggstenar till proteiner 2. Membraner består av peptidoglykan
Läs merInstuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB
Instuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB Molekylärgenetikdelen 1. Vad är DNA? 2. Vad heter byggstenarna i DNA? 3. Vad är RNA? 4. Vad är en bas, nukleosid, nukleotid
Läs merHundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar. Kerstin Lindblad-Toh
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar Kerstin Lindblad-Toh Målsättning med min forskning Att hitta människors sjukdomsgener via: - djurmodeller - en bättre förståelse av arvsmassan - storskalig
Läs merFrån DNA till protein, dvs den centrala dogmen
Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 5 samt kapitel 29 31. Kapitel 2 5 samt 29 31 berörs även i kommande föreläsningar. ph, kapitel 1, gås igenom i separata
Läs merFarmakogenetik/genomik
Farmakogenetik/genomik HT-2013 Lars Westberg Institutionen för neurovetenskap och fysiologi Sektionen för farmakologi Göteborgs universitet lars.westberg@pharm.gu.se Översikt Introduktion Definitioner
Läs merMolekylärbiologins centrala dogma
Molekylärbiologins centrala dogma m Replikation:Bassekvensen i DNA står för den genetiska informationen. När en cell ska delas måste DNA:tdupliceras man måste få nytt DNA med exakt samma bassekvens som
Läs merGenetik II. Jessica Abbott
Genetik II Jessica Abbott Nukleosid Sockergrupp + kvävebas Kvävebaser: Puriner (adenin, guanin) Pyrimidiner (cytosin, thymin i DNA, uracil i RNA) Basparning A=T G C Packning av DNA i eukaryot cellkärna
Läs merTranskriptionen. Niklas Dahrén
Transkriptionen Niklas Dahrén Innehållet i denna undervisningsfilm: Översikt över proteinsyntesen Transkrip1onen Modifiering (bearbetning) av mrna Fler filmer på samma tema: Från gen 1ll protein Den gene1ska
Läs merEn bioinformatisk genjakt
En bioinformatisk genjakt Efter en ide från: CUSMOBIO, Milano, Italien. Hur man kan söka i databaser efter information om en gen som kan ge ökad risk för bröstcacer. Bakgrund Människor utan symptom men
Läs merProteiner. Biomolekyler kap 7
Proteiner Biomolekyler kap 7 Generna (arvsanlagen) (och miljön) bestämmer hur en organism skall se ut och fungera. Hur? En gen är en ritning för hur ett protein skall se ut. Proteiner får saker att hända
Läs merFrån gen till protein. Niklas Dahrén
Från gen till protein Niklas Dahrén Innehållet i denna undervisningsfilm: Vad är skillnaden mellan kromosom, DNA- molekyl, gen och protein? Hur kan vårt DNA avgöra hur vi ser ut och fungerar? Proteinernas
Läs merAntikroppar:Från gen till protein skapande av diversitet. Kursbok: The immune system Peter Parham
Antikroppar:Från gen till protein skapande av diversitet. Kursbok: The immune system Peter Parham Kapitel 2.6-2.15 Vilken substans som helst kan ge upphov till ett antikroppssvar. Som svar på närvaron
Läs merDelprov 3 Vetenskaplig artikel
Delprov 3 Vetenskaplig artikel # of Questions: 15 Question #: 1 I denna uppgift ska du läsa en vetenskaplig artikel (CHCHD2 mutations in autosomal dominant late-onset Parkinson s disease: a genome-wide
Läs mer52 onkologi i sverige nr 5 13
52 onkologi i sverige nr 5 13 Genreglerande DNA-element EN OUTFORSKAD ORSAK TILL CANCER Utvecklingen av cancer är starkt kopplad till uppkomsten av genetiska förändringar. Dessa förändringar omfattar allt
Läs merÄgg till embryo Dugga 120305 Platsnummer VIKTIGT ATT DU FYLLER I OCH LÄMNAR IN! TEXTA TACK. Efternamn. Förnamn. Personnummer
IDENTITETSBLAD VIKTIGT ATT DU FYLLER I OCH LÄMNAR IN! TEXTA TACK Efternamn Förnamn Personnummer Gruppnummer (Grupp 1-40 på kursen) Enligt KI:s utbildningsstyrelses beslut skall skrivningar rättas anonymt.
Läs merGener, genom och kromosomer , 6.6 och sid
Gener, genom och kromosomer 6.1-6.3, 6.6 och sid 263-265 En gen är en DNA-sekvens som kan.. En kromosom är en DNA-molekyl. I cellen finns det lika mycket protein som DNA i kromosomerna, se fig6-1. Ett
Läs merMÅL MED DETTA AVSNITT
DÄGGDJUR SYSTEMATIK MÅL MED DETTA AVSNITT När vi klara med djursystematiken skall du kunna: Förklara grunderna för uppdelningen av djurriket Beskriva utmärkande karaktärer för de grupper som beskrivs här
Läs merBestämning av antalet aktiva CYP2D6 genkopior (CNV) med Pyrosequencing. Anna-Lena Zackrisson PhD. anna-lena.zackrisson@rmv.se
Bestämning av antalet aktiva CYP2D6 genkopior (CNV) med Pyrosequencing Anna-Lena Zackrisson PhD INTRODUKTION LINKÖPINGSENHETEN RÄTTSMEDICIN RÄTTSKEMI RÄTTSGENETIK INTRODUKTION Sammanställa genetisk information
Läs merGENETIK - Läran om arvet
GENETIK - Läran om arvet Kroppens minsta levande enheter är cellerna I cellkärnorna finns vår arvsmassa - DNA (DNA - Deoxiribonukleinsyra) Proteiner Transportproteiner Strukturproteiner Enzymer Reglerande
Läs merMolekylärbiologi: Betygskriterier
Molekylärbiologi: Betygskriterier De obligatoriska momenten laboration och presentationsövningar examineras separat (endast G). Se separat utdelade anvisningar. Betygskriterier för teoridelen (se nedan).
Läs merArv + miljö = diabetes?
Arv + miljö = diabetes? Kristina Lejon universitetslektor, immunologi, Institutionen för klinisk mikrobiologi Vad är det som gör att vi får diabetes? Anna Möllsten var nyss inne på den frågan och visade
Läs merMutationer. Typer av mutationer
Mutationer Mutationer är förändringar i den genetiska sekvensen. De är en huvudorsak till mångfalden bland organismer och de är väsentliga för evolutionen. De här förändringarna sker på många olika nivåer
Läs merTräd, binära träd och sökträd. Koffman & Wolfgang kapitel 6, avsnitt 1 4
Träd, binära träd och sökträd Koffman & Wolfgang kapitel 6, avsnitt 1 4 1 Träd Träd är ickelinjära och hierarkiska: i motsats till listor och fält en trädnod kan ha flera efterföljare ( barn ) men bara
Läs merTentamen Reproduktion och utveckling, 2011-12- 10. Åke Strids frågor:
Tentamen Reproduktion och utveckling, 2011-12- 10 Åke Strids frågor: Inför celldelning måste DNA:t kopieras. 1. Redogör för hur kopieringen går till och vilka huvudkomponenter som ingår i kopieringsmaskineriet
Läs merPåminnelse: en datatyp för bilder. Programmering. En datatyp för bilder. Spegelbild. hh.se/db2004
Programmering hh.se/db2004 Föreläsning 10: Objektorienterad programmering - datatyper Verónica Gaspes www2.hh.se/staff/vero www2.hh.se/staff/vero/programmering Påminnelse: en datatyp för bilder Vad är
Läs merRNA och den genetiska koden
RNA och den genetiska koden Table of Contents Struktur... 1 DNA och RNA... 2 Puriner och Pyrimidiner... 2 Watson-Crick baspar... 2 RNA som molekyl... 2 Primär struktur... 2 Sekundära strukturer... 2 Typer
Läs merTentamen Biologi BI1112 Termin och år: Klockan:
Tentamen Biologi BI1112 Termin och år: 120312 Klockan: 0800-13.15 Betygsgränser:!!! 50-66%! Betyg 3!!!!! 67-83%! Betyg 4!!!!! 84-100%! Betyg 5 Fråga 1-4 Cellbiologi Fråga 5-7 Genetik Fråga 8-10 Växtfysiologi!!!!
Läs merProteiner. Biomolekyler kap 7
Proteiner Biomolekyler kap 7 Generna (arvsanlagen) (och miljön) bestämmer hur en organism skall se ut och fungera. Hur? En gen är en ritning för hur ett protein skall se ut. Proteiner får saker att hända
Läs merNUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra
NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra Monomererna som bygger upp nukleinsyrorna kallas NUKLEOTIDER. En nukleotid består av tre delar: en kvävebas
Läs merI. Flersekvensjämförelser, sekvensmotiv och profiler. II. Fylogenetisk analys
I. Flersekvensjämförelser, sekvensmotiv och profiler II. Fylogenetisk analys I. Flersekvensjämförelser (multiple sequence alignments, MSA) Jämföra tre eller fler sekvenser samtidigt (homologer eller funktionellt
Läs merHUGO-projektet. Kartläggningen av det mänskliga genomet
Vem är HUGO? HUGO-projektet Kartläggningen av det mänskliga genomet Kartläggning av genom Genom= allt DNA hos en organism. Kartläggningen sker genom att man bestämmer DNA-sekvensen för hela genomet och
Läs mer(Maxp.4 p, 1p per celltyp som är helt korrekt markerad, annars 0p för raden.)
B1 (Maxp.4 p, 1p per celltyp som är helt korrekt markerad, annars 0p för raden.) Cellkärna Cellvägg Mitokondrier Kloroplaster Växtcell + + + + Svampcell + + + - Djurcell + - + - Bakteriecell - + - - B2.1
Läs merLycka till! Tentamen. Kursens namn: Medicin C, Tumörbiologi Kursens kod: MC1728 Kursansvarig: Anna Göthlin Eremo
Tentamen Kursens namn: Medicin C, Tumörbiologi Kursens kod: MC1728 Kursansvarig: Anna Göthlin Eremo Datum: 2012-06-01 Skrivtid: 4 timmar 08:15-12:15 (P245) Poängfördelning: Karin Franzén Pia Wegman Sabina
Läs merTranskription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens
Transkription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens OBS! Grova drag för prokaryota system! Mycket mer komplicerat i eukaryota system! RNA: Tre huvudtyper: trna transfer RNA
Läs merGrundläggande molekylära genetiska mekanismer Kap 4,
Grundläggande molekylära genetiska mekanismer Kap 4, 4.1-4.6. DNA tinnehåller den genetiska informationen. I en prokaryotcell finns DNA ti cytosolen, i en eukaryotcell finns det i. För att DNA t ska kunna
Läs merAnalys av DNA-kopietal med dolda markovmodeller
-kopietal Analys av -kopietal med dolda markovmodeller Lund, 8 juni 2011 -kopietal Disputerade den 22 oktober 2010 i matematisk statistik vid Matematikcentrum, Lunds Universitet Modelling Allelic and Copy
Läs merTvå fall: q Tom sekvens: () q Sekvens av element: (a b c) ; (sum-rec '(2 4 6)) = 12. q Första elementet uppfyller vissa villkor: (2 a b c)
Programmönster: # Listan som sekvens, Rekursiv process Enkel genomgång av sekvens (element på toppnivån i en lista)) TDDC60 Programmering: abstraktion och modellering Föreläsning 5 Rekursiva och iterativa
Läs merDNA-molekylen. 1869 upptäcktes DNA - varken protein, kolhydrat eller lipid.
Genetik Ärftlighetslära - hur går det till när egenskaper går i arv? Molekylär genetik - information i DNA och RNA Klassisk genetik - hur olika egenskaper ärvs Bioteknik - Hur DNA flyttas mellan olika
Läs merSläktträd med hjälp av databaser och program från Internet
Övning: Släktträd sid 1 Övning i bioinformatik Släktträd med hjälp av databaser och program från Internet Det finns databaser som är fritt tillgängliga och innehåller nukleotid- och amino-syrasekvenser
Läs merMedicinsk genetik del 1: Introduktion till genetik och medicinsk genetik. Niklas Dahrén
Medicinsk genetik del 1: Introduktion till genetik och medicinsk genetik Niklas Dahrén Vad menas med genetik och medicinsk genetik? Genetik: Genetik är det samma som ärftlighetslära och handlar om hur
Läs merTentamen. Kurskod: MC1004. Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 130814 Skrivtid 4h
Tentamen Medicin A, Molekylär cellbiologi Kurskod: MC1004 Kursansvarig: Christina Karlsson Datum 130814 Skrivtid 4h Totalpoäng: 86p Poängfördelning Johanna Sundin (fråga 1 8): 18p Ignacio Rangel (fråga
Läs merAbD Serotec Focus Immunohistokemi. Sydsvenska Immunogruppens möte, Malmlö 22/3 2007
AbD Serotec Focus Immunohistokemi Sydsvenska Immunogruppens möte, Malmlö 22/3 2007 10 minuters presentation om ô Om oss ô CD3 ô CD19 ô Cd4 ô S-100 och ER-beta ô HISTAR Vilka är AbD Serotec? É Serotec É
Läs mertisdag 8 oktober 13 Carl Von Linné
Carl Von Linné Carl Von Linné Svensk Botanikprofessor. Carl Von Linné Svensk Botanikprofessor. Utformade ett taxonomi system. Carl Von Linné Svensk Botanikprofessor. Utformade ett taxonomi system. Taxonomi:
Läs merMänniskans genom Databaser ger kunskap om genetiska sjukdomar
Nationellt resurscentrum för biologi och bioteknik Övning i bioinformatik Människans genom Databaser ger kunskap om genetiska sjukdomar Många molekylärbiologiska databaser och program är fritt tillgängliga
Läs merDNA sekvensning Primär Immunbrist Genetik till varje pris?
DNA sekvensning Primär Immunbrist Genetik till varje pris? Ola Winqvist Professor, Överläkare Kandidatgensekvensning 100 baspar/körning 1 Lite historia 1962: Nobel priset till Watson och Crick för DNA
Läs merExempel ode45 parametrar Miniprojekt 1 Rapport. Problemlösning. Anastasia Kruchinina. Uppsala Universitet. Januari 2016
Problemlösning Anastasia Kruchinina Uppsala Universitet Januari 2016 Anastasia Kruchinina Problemlösning 1 / 16 Exempel ode45 parametrar Miniprojekt 1 Rapport Anastasia Kruchinina Problemlösning 2 / 16
Läs merDatorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar
GA N AT ION ALCTAC ATCA G ENOMI CSGT INFR A S T RU CTURE Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar Adam Ameur Bioinformatiker SciLifeLab Uppsala, 13e Maj 2014 Introduktion till bioinformatik
Läs merÄgg till embryo Dugga 130318 Platsnummer VIKTIGT ATT DU FYLLER I OCH LÄMNAR IN! TEXTA TACK. Efternamn. Förnamn. Personnummer
IDENTITETSBLAD VIKTIGT ATT DU FYLLER I OCH LÄMNAR IN! TEXTA TACK Efternamn Förnamn Personnummer Gruppnummer (Grupp 1-40 på kursen) Enligt KI:s utbildningsstyrelses beslut skall skrivningar rättas anonymt.
Läs merTidiga erfarenheter av arvets mysterier
Cellens genetik Cellen Växtcellen Växtcellen Tidiga erfarenheter av arvets mysterier Artförädling genom riktad avel Religiösa förbud mot syskongiftemål Redan de gamla grekerna.. Aristoteles ~350 år före
Läs merWienerprocesser. Finansiell statistik, vt-05. Enkel slumpvandring. Enkel slumpvandring. Varför: model för aktiekurs (dock med aber...
Varför: model för aktiekurs dock med aber... exempel: Black-Scholes jfr Binomialoptionsmodellen Johan Koskinen Statistiska institutionen Stockholms universitet Finansiell statistik vt-05 F5 Tidsserieanalys
Läs merEvolution i molekylärbiologiskt perspektiv
Nutidens upptäcktsfärder går till organismernas minsta beståndsdelar. Evolution i molekylärbiologiskt perspektiv En viktig milstolpe i vetenskapens historia är sekvenseringen av det mänskliga genomet.
Läs merTentamen. Lycka till! Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kurskod: MC1004. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 120512 Skrivtid 4h
Tentamen Medicin A, Molekylär cellbiologi Kurskod: MC1004 Kursansvarig: Christina Karlsson Datum 120512 Skrivtid 4h Totalpoäng: 88p Poängfördelning Johanna Sundin: fråga 1-10: 18p Ignacio Rangel: fråga
Läs merGenetik. - cellens genetik - individens genetik. Kap 6
Genetik - cellens genetik - individens genetik Kap 6 Vad bestämmer hur en organism (cell) ser ut och fungerar? Generna (arvsanlagen) och miljön Hur går det till? En gen är en ritning för hur ett protein
Läs merPersonnummer. DUGGA Molekylärbiologi T3 / HT p (G = 24 p)
KORTSVARSFRÅGOR 1. Restriktionsenzymet HindIII klyver sekvensen 5 -AAGCTT-3 och lämnar ett fyra basers 5 -överhäng. Rita ut hur DNA-ändarna ser ut på ett fragment som klyvts med HindIII. (2p) SV: 5 -A
Läs merTotalt finns det alltså 20 individer i denna population. Hälften, dvs 50%, av dem är svarta.
EVOLUTION Tänk dig att det på en liten ö i skärgården finns 10 st honor av den trevliga insekten långvingad muslus. Fem av dessa är gula med svarta fläckar och fem är helsvarta. Det är samma art, bara
Läs merSläktskap mellan människa och några ryggradsdjur
Övning: Släktskap mellan människa och några ryggradsdjur sid 1 Övning Släktskap mellan människa och några ryggradsdjur En manuell jämförelse mellan hemoglobinets aminosyrasekvenser hos några organismer
Läs merMarkovkedjor. Patrik Zetterberg. 8 januari 2013
Markovkedjor Patrik Zetterberg 8 januari 2013 1 / 15 Markovkedjor En markovkedja är en stokastisk process där både processen och tiden antas diskreta. Variabeln som undersöks kan både vara numerisk (diskreta)
Läs merGenetisk forskning nyckeln till framtidens behandlingar
Genetisk forskning nyckeln till framtidens behandlingar Irina Golovleva Sjukhusgenetiker Inst. för medicinsk biovetenskap, klinisk genetik Många gener är involverade i ögonsjukdomar, men med tanke på hur
Läs merSammanfattning Arv och Evolution
Sammanfattning Arv och Evolution Genetik Ärftlighetslära Gen Information om ärftliga egenskaper. Från föräldrar till av komma. Tillverkar proteiner. DNA (deoxiribonukleinsyra) - DNA kan liknas ett recept
Läs merGenetik I. Jessica Abbott
Genetik I Jessica Abbott Att kunna/förstå efter föreläsningarna i genetik: DNA och RNA Packning av DNA Replikation Transkription och translation Cellcykeln Mitos och meios Översikt över genetiska verktyg
Läs merCellen och biomolekyler
Cellen och biomolekyler Alla levande organismer är uppbyggda av celler!! En prokaryot cell, typ bakterie: Saknar cellkärna Saknar organeller En eukaryot djurcell: Har en välavgränsad kärna (DNA) Har flera
Läs merMolecular Biology Primer
Molecular Biology Primer Starting 19 th century Cellular biology: Cell as a fundamental building block 1850s+: ``DNA was discovered by Friedrich Miescher and Richard Altmann Mendel s experiments with garden
Läs merDNA-sekvenserings utskick Carola Andersson KMP-lab Sahlgrenska Universitetssjukhuset
DNA-sekvenserings utskick 2012 Carola Andersson KMP-lab Sahlgrenska Universitetssjukhuset Meningen med utskicket Kvalitets kontroll av: Längd läsbar sekvens Detektion av mutationer/variationer Namngivning
Läs merFöreläsning 6: Introduktion av listor
Föreläsning 6: Introduktion av listor Med hjälp av pekare kan man bygga upp datastrukturer på olika sätt. Bland annat kan man bygga upp listor bestående av någon typ av data. Begreppet lista bör förklaras.
Läs merInformation för patienter och föräldrar
12 Västra Götalandsregionen: Klinisk Genetik Sahlgrenska Universitetssjukhuset/Sahlgrenska 413 45 Göteborg Tel: 031-343 44 14 / 031-343 42 06 (sekr); Fax: 031-84 21 60 Stockholmsregionen: Kliniskt genetiska
Läs merGen Transkripterbar del. promotor exon intron exon intron exon Slut på transkription. av transkription, fixar rätt tid och rätt mängd.
Gener är viktiga i biologin och idag ett aktuellt ämne. Genetik = läran om arvbarhet. Startade på 1860-talet med munken Gregor Mendel, som påvisade det som vi kallar gener. Genetik = läran om gener. Gen
Läs merMHC Centrum av Hästens Immunsystem
Slutrapport (juni 2016) MHC Centrum av Hästens Immunsystem (Projektnummer H1147283) Tomas Bergström Sofia Mikko Göran Andersson BAKGRUND Major histocompatibilty complex (MHC) är en region i hästens genom
Läs merCrafoordpriset i biovetenskaper 2015
RAFOORDPRISE I BIOVEENSKAPER 2015 POPULÄRVEENSKAPLI INFORMAION rafoordpriset i biovetenskaper 2015 rafoordpriset i biovetenskaper 2015 går till genetikerna Richard Lewontin, USA, och omoko Ohta, Japan,
Läs merBiochemistry 201 Advanced Molecular Biology (
Biochemistry 201 Advanced Molecular Biology (http://cmgm cmgm.stanford.edu/biochem201/) Bioinformatics: Discovering Function from Sequence Doug Brutlag Departments of Biochemistry June 4, 1999 Discovering
Läs merKARLSTADS UNIVERSITET KEMI
KARLSTADS UNIVERSITET KEMI TENTAMEN I BIOKEMI KEGAB0, KEGAH0, KEGABB, KEGAAK DATUM: 2016 08 22 TID: 8.15 13.15 Examinator: Maria Rova, tel. 054 700 1732 Hjälpmedel: Inga Kontrollera att Du fått rätt skrivning
Läs merInstuderingsfrågor till Cellbiologi av Charlotte Erlanson-Albertsson och Urban Gullberg
Instuderingsfrågor till Cellbiologi av Charlotte Erlanson-Albertsson och Urban Gullberg Den levande cellen, kapitel 1 Svara på frågorna 1 Nämn två viktiga skillnader mellan bakterier och djurceller. 2
Läs merSituationen för yngre med demenssjukdom på Åland 2015 & Huntingtons sjukdom - en översikt
Situationen för yngre med demenssjukdom på Åland 2015 & Huntingtons sjukdom - en översikt Christian Andersson specialist i geriatri överläkare, medicinsk chef Rehabiliterings- och geriatrikliniken Ålands
Läs merTranskrip1on och transla1on
Transkrip1on och transla1on Den centrala dogmen De.a gäller för alla celler Ø De har DNA som ärhlighetsmaterial Ø DNA:t läses av 1ll mrna och deca i sin tur läses av 1ll protein Transkrip1on = avskrivning
Läs merDel Vad kan vi lära av familjehistoria? Scion Publishing Oct 2010 Paperback - 442pp ISBN Price:
Scion Publishing Oct 2010 Paperback - 442pp ISBN 9781904842804 Price: 29.99 Del 1 Vad kan vi lära av familjehistoria www.scionpublishing.com Index case Mer än en åkomma i en familj inte ovanligt... Man
Läs merNext Generation Sequencing. Anna Gréen, Klinisk Genetik, Linköping
Next Generation Sequencing Anna Gréen, Klinisk Genetik, Linköping Vad är Next Generation sequencing? First Generation sequencing- ex Sanger och pyrosekvensering 2005-massiv parallell sekvensering Stora
Läs merInformation och samtyckesformulär inför genomisk utredning av ovanliga sjukdomar och syndrom med metoderna genomisk array och exomanalys
Information och samtyckesformulär inför genomisk utredning av ovanliga sjukdomar och syndrom med metoderna genomisk array och exomanalys Detta informationsblad och samtyckesformulär är riktat till dig
Läs merStamceller För att få mer kött på benen
Stamceller För att få mer kött på benen Av Nicole Loginger Populärvetenskaplig sammanfattning av självständigt arbete i biologi 2013, Institutionen för biologisk grundutbildning, Uppsala. Hunger, miljöproblem
Läs merLärarhandledning gällande sidorna 6-27 Inledning: (länk) Läromedlet har sju kapitel: 5. Celler och bioteknik
Senast uppdaterad 2012-12-09 55 Naturkunskap 1b Lärarhandledning gällande sidorna 6-27 Inledning: (länk) Celler och bioteknik C apensis Förlag AB Läromedlet har sju kapitel: 1. Ett hållbart samhälle 2.
Läs merTENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2012-10-23 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-9: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 10-11: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30 poäng =
Läs merIntegration av matematik och teknik på ingenjörsutbildningar
Integration av matematik och teknik på ingenjörsutbildningar BTH, Sektionen för teknik: Anders Hultgren Wlodek Kulesza Magnus Nilsson Lunds universitet, Matematikcentrum Björn Walther m m v2(t) 2 k2 b2
Läs merÄgg till embryo Dugga Platsnummer VIKTIGT ATT DU FYLLER I OCH LÄMNAR IN! TEXTA TACK. Efternamn. Förnamn. Personnummer
IDENTITETSBLAD VIKTIGT ATT DU FYLLER I OCH LÄMNAR IN! TEXTA TACK Efternamn Förnamn Personnummer Gruppnummer (Grupp 1-40 på kursen) Enligt KI:s utbildningsstyrelses beslut skall skrivningar rättas anonymt.
Läs merTomat och banan hur är de släkt?
Bildkälla: https://pixabay.com/ Alignment Introduktion Tomat och banan hur är de släkt? I denna övning studeras släktskapet mellan olika växtarter genom att jämföra DNA-sekvenser från olika växtarter (s
Läs merIDENTITETSBLAD Dugga 081013
IDENTITETSBLAD Dugga 081013 VIKTIGT ATT DU FYLLER I OCH LÄMNAR IN! TEXTA TACK Efternamn Förnamn Personnummer Gruppnummer Platsnummer (i skrivsalen) Enligt KI:s utbildningsstyrelses beslut skall skrivningar
Läs merFöreläsning 11. Giriga algoritmer
Föreläsning 11 Giriga algoritmer Föreläsning 11 Giriga algoritmer Användning Växelproblemet Kappsäcksproblemet Schemaläggning Färgläggning Handelsresandeproblemet Uppgifter Giriga algoritmer (Greedy algorithms)
Läs merSluttentamen Bke2/KE0003, 29:e Oktober 2003, 09 00-15 00 Max poäng = 94 p. Preliminär gräns för godkänd = 50 p (53 %).
Sluttentamen Bke2/KE0003, 29:e Oktober 2003, 09 00-15 00 Max poäng = 94 p. Preliminär gräns för godkänd = 50 p (53 %). Besvara varje fråga på separat papper! Ange tydligt längst upp på varje papper både
Läs merChapter 5-7. Introduction. Content. Double helix, Watson and Crick + Maria Bolin + fig 5-2
Chapter 5-7 Introduction Double helix, Watson and Crick + Maria Bolin + fig 5-2 On Feb. 28, 1953, Francis Crick walked into the Eagle pub in Cambridge, England, and, as James Watson later recalled, announced
Läs merBIOLOGISK SYNTES AV PROTEIN
UMEÅ UNIVERSITET LABORATIONSHANDLEDNING Biokemi Farmaceutisk kemi 1 Lars Backman 2011-09-09 BIOLOGISK SYNTES AV PROTEIN Utblick Våra gener innehåller all information som behövs för att tillverka en ny
Läs merGrafer och grannmatriser
Föreläsning 2, Linjär algebra IT VT2008 Som avslutning på kursen ska vi knyta samman linjär algebra med grafteori och sannolikhetsteori från första kursen. Resultatet blir så kallade slumpvandringar på
Läs merSkrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p.
Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p. Namn: Adress: Resultat: Betyg: Hjälpmedel: Miniräknare. Formelblad med tabell. Skrivtid: 9.00-13.00. Beräkningar och svar ska vara motiverade.
Läs merTENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2012-01-12 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-8: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 9-12: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30 poäng =
Läs merProtein prediktion, homologi och protein engineering
Protein prediktion, homologi och protein engineering Alignment Alignment D-E-A-L-V-S-V-A-F-T-S-I-V-G-G D-E-A---------------F-T-S-I-V-G-G D-E-A-F-T-S-I-V-G-G-M-D-D-P-G Prediktion Prediktion
Läs merPreliminär elmarknadsstatistik per månad för Sverige 2013
jan feb mar apr maj jun GWh GWh GWh GWh GWh GWh 7 272,1 6 462,7 6 116,8 4 575,2 5 211,6 3 621,7 764,6 561,7 889,7 889,4 696,7 541,5 6 319,3 5 844,7 6 405,3 6 241,9 4 070,0 4 686,4 608,1 545,0 617,1 534,3
Läs merÖvningstentafrågor i Biokemi, Basåret VT 2012
Övningstentafrågor i Biokemi, Basåret VT 2012 1. Förklara kortfattat följande ord/begrepp. (4p) - gen - genom - proteom - mutation - kofaktor - prostetisk grupp - ATP - replikation Celler: 2. Rita en eukaryot
Läs merGenetik en sammanfattning
Genetik en sammanfattning Pär Leijonhufvud $\ BY: 3 februari 2015 C Innehåll Inledning 2 Klassisk genentik 2 Gregor Mendel munken som upptäckte ärftlighetens lagar....... 2 Korsningsrutor, ett sätt att
Läs mer