Biochemistry 201 Advanced Molecular Biology (
|
|
- Anton Dahlberg
- för 4 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Biochemistry 201 Advanced Molecular Biology ( cmgm.stanford.edu/biochem201/) Bioinformatics: Discovering Function from Sequence Doug Brutlag Departments of Biochemistry June 4, 1999
2 Discovering Function from Protein Sequence BLOCK, Weight Matrix or Position Specific Scoring Matrix Position A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V Consensus Sequences Zinc Finger (C2H2 type) C.{2,4} C.{12} H.{3,5} H Sequences of Common Structure or Function Sequence Alignments VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF------DLSHGS : : : : : : : : : : : 2 HLTPEEKSAVTALWGKV--NVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGN AA1 Profiles, PSI-BLAST Hidden Markov Models D 2 I 1 I 2 I 3 I 4 I 5 AA2 D 3 AA3 D 4 AA4 D 5 AA5 AA6
3 Sequence Alignment Problem T C A T G C A T T G
4 Sequence Alignment Problem T C A T G C A T T G
5 Sequence Alignment Problem T C A T G C A T T G T C A T G C A T T G
6 Sequence Alignment (exact) X X F--SGGNTHIYMNHVEQCKEILRREPKELCELVISGLPYKFRYLSTKE-QLK-Y GDFIHTLGDAHIYLNHIEPLKIQLQREPRPFPKLRILRKVEKIDDFKAEDFQIEGYN X X
7 Needleman-Wunsch Algorithm (1)
8 Needleman-Wunsch Algorithm (2)
9 Needleman-Wunsch Algorithm (3)
10 Needleman-Wunsch Algorithm (4)
11 Sequence Alignment X X F--SGGNTHIYMNHVEQCKEILRREPKELCELVISGLPYKFRYLSTKE-QLK-Y : :: : : : : : ::::: :: GDFIHTLGDAHIYLNHIEPLKIQLQREPRPFPKLRILRKVEKIDDFKAEDFQIEGYN X X
12 Sequence Alignment and Typical Scoring Function X X F--SGGNTHIYMNHVEQCKEILRREPKELCELVISGLPYKFRYLSTKE-QLK-Y : :: : : : : : ::::: :: GDFIHTLGDAHIYLNHIEPLKIQLQREPRPFPKLRILRKVEKIDDFKAEDFQIEGYN X X Region End Score = Similarity-weights - Penalties Region Start where: Region End Region Start Penalty = Gap-penalty + Size-of-gap x Gap-size-penalty
13 .. Sequence Similarity vs Evolutionary Distance Mutations Introduced per 100 Residues 0
14 Dayhoff s Acceptable Point Mutations Ala A Arg R 30 Asn N Asp D Cys C Gln Q Glu E Gly G His H Ile I Leu L Lys K Met M Phe F Pro P Ser S Thr T Trp W Tyr Y Val V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val
15 Dayhoff s PAM 250 Matrix (Log-Odds Form) A Ala.18 R Arg N Asn D Asp C Cys Q Gln E Glu G Gly H His I Ile L Leu K Lys M Met F Phe P Pro S Ser T Thr W Trp Y Tyr V Val A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val
16 Mutation Data Matrix (MDM-78) Cys C 12 Ser S 0 2 Thr T Pro P Ala A Gly G Asn N Asp D Glu E Gln Q His H Arg R Lys K Met M Ile I Leu L Val V Phe F Tyr Y Trp W C S T P A G N D E Q H R K M I L V F Y W
17 Comparison of Scoring Matrices Sequences Compared Unitary Matrix Genetic Code Matrix Amino Acid Matrix PAM 250 Matrix Antibacterial substance A Streptomyces vs. Neocarzinostatin Streptomyces Ferredoxin Clostridium vs Ferredoxin Spirulina Hemoglobin Human vs. Myoglobin Human Hemoglobin Human vs. Globin CTT-III Midge Cytochrome C Horse vs. Cytochrome C6 Spirulina Cytochrome C Horse vs. Cytochrome C553 Desulfovibrio microglobulin Human vs. IG Human chain C4 region Ig chain C4 region Human vs. Ig chain C4 Human
18 Significance of Alignments vs PAMs
19 Detecting Evolutionary Relationships 300 million years 200 million years 100 years million Today PAM100 PAM100 PAM 100 PAM 100 PAM 200 PAM 150
20 Block Signatures for a Protein Family ( (After Henikoff and Henikoff) INKHIQ VSRVVN ASRALM VSHVIN VSAILN IRRDLN THVRVE GSSELA MTRGSN VGRILK LSHLFR LAHLFR ISRLLG LHRLFK HSGEQLAETLGMSRAAINKHIQ VTLYDVAEYAGVSYQTVSRVVN AMIKDVALKAKVSTATVSRALM ATIKDVAKRAGVSTTTVSHVIN ITIYDLAELSGVSASAVSAILN LHLKDAAALLGVSEMTIRRDLN TAYAELAKQFGVSPGTIHVRVE GSLTEAAHLLGTSQPTVSRELA MSQRELKNELGAGIATITRGSN ITRQEIGQIVGCSRETVGRILK FDIASVAQHVCLSPSRLSHLFR LRIDEVARHVCLSPSRLAHLFR MTRGDIGNYLGLTVETISRLLG VTLEALADQVGMSPFHLHRLFK SRAAINKHIVA VSYQTVSRVVN VSTATVSRALA GVTTTVSHVIN SGVSAVSAILN GVSEMTRRDLN TAYATIHVRVE GSQPTVSRELA MSIATITRGSN ISRETVGRILK FDISRLSHLFR LRPSRLAHLFR MTVETISRLLG TLEFHLHRLFK
21 Smith-Waterman Similarity Search Query: HU-NS1 Maximal Score: 452 PAM Matrix: 200 Gap Penalty: 5 Gap Extension: 0.5 No. Score Match Length DB ID Description Pred. No DBHB_ECOLI DNA-BINDING PROTEIN H 8.74e DBHB_SALTY DNA-BINDING PROTEIN H 1.54e DBHA_ECOLI DNA-BINDING PROTEIN H 1.64e DBHA_SALTY DNA-BINDING PROTEIN H 1.64e DBH_BACST DNA-BINDING PROTEIN I 1.35e DBH_BACSU DNA-BINDING PROTEIN I 1.35e DBH_VIBPR DNA-BINDING PROTEIN H 2.35e DBH_PSEAE DNA-BINDING PROTEIN H 2.14e DBH1_RHILE DNA-BINDING PROTEIN H 1.47e DBH_CLOPA DNA-BINDING PROTEIN H 2.52e DBH_RHIME DNA-BINDING PROTEIN H 3.18e DBH5_RHILE DNA-BINDING PROTEIN H 9.29e DBH_ANASP DNA-BINDING PROTEIN H 3.32e DBH_CRYPH DNA-BINDING PROTEIN H 2.70e DBH_THETH DNA-BINDING PROTEIN I 1.07e IHFA_SERMA INTEGRATION HOST FACT 4.46e IHFA_RHOCA INTEGRATION HOST FACT 3.52e IHFA_SALTY INTEGRATION HOST FACT 5.90e IHFA_ECOLI INTEGRATION HOST FACT 9.87e IHFB_ECOLI INTEGRATION HOST FACT 7.71e IHFB_SERMA INTEGRATION HOST FACT 7.71e TF1_BPSP1 TRANSCRIPTION FACTOR 3.42e DBH_THEAC DNA-BINDING PROTEIN H 2.12e GLGA_ECOLI GLYCOGEN SYNTHASE (EC 3.80e-01
22 GAPPED BLAST Starts with a Two Hit Approach
23 GAPPED BLAST Extension of Two Hit HSP
24 GAPPED BLAST Alignment
25 Decypher Search Engine [ decypher.stanford.edu/]
26 Decypher Database Search Engine (
27 Extreme Value Distribution of Scores
28 Expectation of Extreme Values r r ob(s > X) 1 exp{ Ke X } i =1 here r j =1 is the root of the equation: p i p j exp { s ij } = 1 p i and p j are the probabilities of each esidue in each sequence, ij are the similarity scores of wo residues. f the expected value of he scores for random sequences is 0, i. e. r r p i p j s ij < 0 i =1 j =1 hen there are two solutions for, ero and one other positive root Distribution of Scores > S Score S
29 . Dynamic Programming Query Database G L I V S R A D G I R E M T S P L K S G F V G V I L S K A E G I R D V S T
30 Generalized Dynamic Programming Database Query A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) G L I V S R A D G I R E M T S P L K S G F V
31 Profiles & Hidden Markov Models ( D 2 D 3 D 4 D 5 I 1 I 2 I 3 I 4 I 5 AA1 AA2 AA3 AA4 AA5 AA6
32 Discovering Function from Protein Sequence BLOCK, Weight Matrix or Position Specific Scoring Matrix Position A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V Consensus Sequences Zinc Finger (C2H2 type) C.{2,4} C.{12} H.{3,5} H Sequences of Common Structure or Function Sequence Alignments VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF------DLSHGS : : : : : : : : : : : 2 HLTPEEKSAVTALWGKV--NVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGN AA1 Profiles, PSI-BLAST Hidden Markov Models D 2 I 1 I 2 I 3 I 4 I 5 AA2 D 3 AA3 D 4 AA4 D 5 AA5 AA6
33 Hidden Markov Models (after Haussler) D 2 D 3 D 4 D 5 I 1 I 2 I 3 I 4 I 5 AA1 AA2 AA3 AA4 AA5 AA6
34 Globin HMM Model
35 Decypher Database Search Engine (
36 General DNA Similarity Search Principles Search both Strands Translate ORFs Use most sensitive search possible BLAST for infinite gap penalty Smith Waterman for cdna/genome comparisons cdna =>Zero gap-length penalty Consider transition matrices Ensure that expected value of score is negative Examine results with exp.. between 0.05 and 10 Reevaluate results of borderline significance using limited query Beware of long results Limit query length to 1,000 bases Segment query if 1,000 bases
37 General Protein Similarity Search Principles Chose between local or global search algorithm Use most sensitive search algorithm available Original BLAST for no gaps Smith-Waterman for most flexibility Gapped BLAST for well delimited regions PSI-BLAST for families Initially BLOSUM62 and default gap penalties If no significant results, use BLOSUM30 and lower gap penalties Ensure expected score is negative Examine results between exp and 10 for biological significance Beware of long hits or those with unusual amino acid composition Reevaluate results of borderline significance using limited query Segment long queries 300 amino acids Segments around known motifs
Supplementary Data. Figure S1: EIMS spectrum for (E)-1-(3-(3,7-dimethylocta-2,6-dienyl)-2,4,6-trihydroxyphenyl)butan-1-one (3d) 6'' 7'' 3' 2' 1' 6
Supplementary Data H 9'' ' 1' 1 ' ' '' 7'' 8'' 10'' H H Figure S1: EIMS spectrum for (E)-1-(-(,7-dimethylocta-,-dienyl)-,,-trihydroxyphenyl)butan-1-one (d) H 9'' ' 1' 1 ' ' '' 7'' 8'' 10'' H H Figure S:
Läs merA G M K. Supplemental Figure S1.
G A G M K F I D I G G G L G Supplementl Figure S1. CADC1 MPALGCCVDATVSPPLGYAFSSDSSLPTPEFFSSGVPPMTNAAAGHSHWSPDLSSALYRVD 61 Tocco ADC MPALGCCVDAAVVSPPLSYAFSRDSSLPAPEFFASGVPPTNSAAASHWSPDLSSALYGVD 6 Aridopsis
Läs merExam Molecular Bioinformatics X3 (1MB330) - 1 March, Page 1 of 6. Skriv svar på varje uppgift på separata blad. Lycka till!!
Exam Molecular Bioinformatics X (MB) - March, - Page of Skriv svar på varje uppgift på separata blad. Lycka till!! Write the answers to each of the questions on separate sheets of paper. ood luck!! ) Sequence
Läs merElektron-absorbtionspektroskopi för biomolekyler i UV-VIS-området
Elektron-absorbtionspektroskopi för biomolekyler i UV-VIS-området Principer Koncentrationsmätning Detektion Kromoforer, kolorimetriska assays DNA Komparativ analys Proteinrening Jonbindning Peptidgruppens
Läs merProtein en livsviktig byggsten
Protein en livsviktig byggsten Ingvar Bosaeus Enheten för klinisk nutrition Sahlgrenska universitetssjukhuset Göteborg KSLA 2015-02-19 Aminosyra Alpha Amino- grupp Fredrik Bertz Karboxyl- grupp 20 aa
Läs merElektron-absorbtionspektroskopi för biomolekyler i UV-VIS-området
Elektron-absorbtionspektroskopi för biomolekyler i UV-VIS-området Principer Koncentrationsmätning Detektion Kromoforer, kolorimetriska assays DNA Komparativ analys Jonbindning Spektroskopisk analys av
Läs merSläktskap mellan människa och några ryggradsdjur
Övning: Släktskap mellan människa och några ryggradsdjur sid 1 Övning Släktskap mellan människa och några ryggradsdjur En manuell jämförelse mellan hemoglobinets aminosyrasekvenser hos några organismer
Läs merProteinsyntesen. Anders Liljas Biokemi och strukturbiologi Lunds universitet
Proteinsyntesen Anders Liljas Biokemi och strukturbiologi Lunds universitet Ett fundament i proteinsyntesen är strukturen av nukleinsyror. F. Crick, J. Watson & Wilkins Nobelpris i medicin 1962 Wikipedia
Läs merProv Genetik. Max: 8G+7VG+2MVG G: 7G VG: 7G+4VG MVG: 8G+4VG+1MVG
Prov Genetik Namn: Max: 8G+7VG+2MVG G: 7G VG: 7G+4VG MVG: 8G+4VG+1MVG 1. Vad kallas den delning som ger upphov till haploida könsceller (G) (a) Mitos (b) Milos (c) Meilos (d) Meios 3. Polymera gener (polygener)
Läs merHidden Markov Models and other Multiple-sequence Profile approaches
Hidden Markov Models and other Multiple-sequence Profile approaches Mount, Chapter 4, pp. 185-192 Durbin et al, Chapter 5 (also earlier chapters) taken from Sean Eddy Dept. of Genetics Washington U., St.
Läs merRoom E3607 Protein bioinformatics Protein Bioinformatics. Computer lab Tuesday, May 17, 2005 Sean Prigge Jonathan Pevsner Ingo Ruczinski
Room E3607 Protein bioinformatics 260.841 Protein Bioinformatics Computer lab Tuesday, May 17, 2005 Sean Prigge Jonathan Pevsner Ingo Ruczinski Outline of today s lab Topic Suggested time 1 Find a protein
Läs merKurskod: TAIU06 MATEMATISK STATISTIK Provkod: TENA 17 August 2015, 8:00-12:00. English Version
Kurskod: TAIU06 MATEMATISK STATISTIK Provkod: TENA 17 August 2015, 8:00-12:00 Examiner: Xiangfeng Yang (Tel: 070 2234765). Please answer in ENGLISH if you can. a. Allowed to use: a calculator, Formelsamling
Läs merVI-1. Proteiner VI. PROTEINER. Källor: - L. Stryer, Biochemistry, 3 rd Ed., Freeman, New York, 1988.
Proteiner VI. PTEINE VI-1 Källor: - L. Stryer, Biochemistry, 3 rd Ed., Freeman, New York, 1988. VI-2 Molekylmodellering VI.1. Aminosyra En aminosyra (rättare: α-aminosyra) har strukturen som visas i figur
Läs merVI MÅSTE PRATA MED VARANDRA CELLENS KOMMUNIKATION
VI MÅSTE PRATA MED VARANDRA CELLENS KMMUNIKATIN CELLENS KMMUNIKATIN MÅL MED DETTA AVSNITT När vi klara med denna lektion skall du kunna: Förklara följande begrepp: replikation, translation, transkription,
Läs merBiologisk enfald. enheten i mångfalden. Anders Liljas Biokemi och Strukturbiologi
Biologisk enfald enheten i mångfalden Anders Liljas Biokemi och Strukturbiologi Naturen har en enorm mångfald av livsformer. I luften, på land och i vattnet Charles Darwin (1809-1882) Darwin studerade
Läs merModule 1: Functions, Limits, Continuity
Department of mathematics SF1625 Calculus 1 Year 2015/2016 Module 1: Functions, Limits, Continuity This module includes Chapter P and 1 from Calculus by Adams and Essex and is taught in three lectures,
Läs merFöreläsning 5. Stereokemi Kapitel 6
Föreläsning 5 Stereokemi Kapitel 6 1) Introduktion 2) Definition av begrepp 3) Stereokemi i verkligheten 4) Nomenklatur 5) Flera stereocenter 6) Ringsystem 7) Kirala molekyler utan stereocentra 1. Introduktion
Läs merTheory 1. Summer Term 2010
Theory 1 Summer Term 2010 Robert Elsässer 1 Introduction Summer Term 2010 Robert Elsässer Prerequisite of Theory I Programming language, such as C++ Basic knowledge on data structures and algorithms, mathematics
Läs merTentamen i Matematik 2: M0030M.
Tentamen i Matematik 2: M0030M. Datum: 203-0-5 Skrivtid: 09:00 4:00 Antal uppgifter: 2 ( 30 poäng ). Examinator: Norbert Euler Tel: 0920-492878 Tillåtna hjälpmedel: Inga Betygsgränser: 4p 9p = 3; 20p 24p
Läs mer1. Compute the following matrix: (2 p) 2. Compute the determinant of the following matrix: (2 p)
UMEÅ UNIVERSITY Department of Mathematics and Mathematical Statistics Pre-exam in mathematics Linear algebra 2012-02-07 1. Compute the following matrix: (2 p 3 1 2 3 2 2 7 ( 4 3 5 2 2. Compute the determinant
Läs merTentamen Molekylärbiologi X3 (1MB608) 10 March, 2008 Page 1 of 5. Skriv svaren på varje fråga på SEPARATA blad.
Tentamen Molekylärbiologi X3 (1MB608) 10 March, 2008 Page 1 of 5 Skriv svaren på varje fråga på SEPARATA blad. Skriv namn på VARJE blad. Du kan svara på engelska eller svenska. Motivera eller förklara
Läs mer8 < x 1 + x 2 x 3 = 1, x 1 +2x 2 + x 4 = 0, x 1 +2x 3 + x 4 = 2. x 1 2x 12 1A är inverterbar, och bestäm i så fall dess invers.
MÄLARDALENS HÖGSKOLA Akademin för utbildning, kultur och kommunikation Avdelningen för tillämpad matematik Examinator: Erik Darpö TENTAMEN I MATEMATIK MAA150 Vektoralgebra TEN1 Datum: 9januari2015 Skrivtid:
Läs merFöreläsning 17. Karbonylkolets kemi II Kapitel 17 F17
Föreläsning 17 Karbonylkolets kemi II Kapitel 17 1) Introduktion 2) Addition av starka nukleofiler 3) Estrar 4) Amider 5) Nitriler 6) Syraklorider 7) Praktisk användning 1. Introduktion Aldehyder och ketoner
Läs merModule 6: Integrals and applications
Department of Mathematics SF65 Calculus Year 5/6 Module 6: Integrals and applications Sections 6. and 6.5 and Chapter 7 in Calculus by Adams and Essex. Three lectures, two tutorials and one seminar. Important
Läs merKurskod: TAMS28 MATEMATISK STATISTIK Provkod: TEN1 05 June 2017, 14:00-18:00. English Version
Kurskod: TAMS28 MATEMATISK STATISTIK Provkod: TEN1 5 June 217, 14:-18: Examiner: Zhenxia Liu (Tel: 7 89528). Please answer in ENGLISH if you can. a. You are allowed to use a calculator, the formula and
Läs merP-U-Csv-Aminosyror på Biochrom 30+
1(6) P-Aminosyror (NPU09011) U-Aminosyror/Krea (NPU14178) Csv-Aminosyror (NPU09013) Bakgrund, indikation och tolkning Bakgrund: Medfödda metabola sjukdomar är ovanliga genetiska sjukdomar men eftersom
Läs merSannolikhetsteori. Tentamenskrivning: TMS145 - Grundkurs i matematisk statistik och bioinformatik,
Tentamenskrivning: TMS145 - Grundkurs i matematisk statistik och bioinformatik, 5p. Tid: Lördag den 29 mars, 2008 kl 14.00-18.00 i V-huset. Examinator: Olle Nerman, tel 7723565. Jour: Alexandra Jauhiainen,
Läs merKurskod: TAMS11 Provkod: TENB 28 August 2014, 08:00-12:00. English Version
Kurskod: TAMS11 Provkod: TENB 28 August 2014, 08:00-12:00 Examinator/Examiner: Xiangfeng Yang (Tel: 070 2234765) a. You are permitted to bring: a calculator; formel -och tabellsamling i matematisk statistik
Läs merLabokha AA et al. xlnup214 FG-like-1 xlnup214 FG-like-2 xlnup214 FG FGFG FGFG FGFG FGFG xtnup153 FG FGFG xtnup153 FG xlnup62 FG xlnup54 FG FGFG
xlnup214 FG-like-1 (aa 443-69) TSVSAPAPPASAAPRSAAPPPYPFGLSTASSGAPTPVLNPPASLAPAATPTKTTSQPAAAATSIFQPAGPAAGSLQPPSLPAFSFSSANNAANASAPSSFPFGA AMVSSNTAKVSAPPAMSFQPAMGTRPFSLATPVTVQAATAPGFTPTPSTVKVNLKDKFNASDTPPPATISSAAALSFTPTSKPNATVPVKSQPTVIPSQASVQP
Läs merStatistical modelling and alignment of protein sequences
Statistical modelling and alignment of protein sequences Martin Weigt Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative Université Pierre et Marie Curie Paris ENS Paris 11 July 2016 What is the
Läs merand u = och x + y z 2w = 3 (a) Finn alla lösningar till ekvationssystemet
Kursen bedöms med betyg,, 5 eller underkänd, där 5 är högsta betyg. För godkänt betyg krävs minst poäng från uppgifterna -7. Var och en av dessa sju uppgifter kan ge maximalt poäng. För var och en av uppgifterna
Läs merGradientbaserad Optimering,
Gradientbaserad Optimering, Produktfamiljer och Trinitas Hur att sätta upp ett optimeringsproblem? Vad är lämpliga designvariabler x? Tjockleksvariabler (sizing) Tvärsnittsarean hos stänger Längdmått hos
Läs merdenna del en poäng. 1. (Dugga 1.1) och v = (a) Beräkna u (2u 2u v) om u = . (1p) och som är parallell
Kursen bedöms med betyg, 4, 5 eller underänd, där 5 är högsta betyg. För godänt betyg rävs minst 4 poäng från uppgifterna -7. Var och en av dessa sju uppgifter an ge maximalt poäng. För var och en av uppgifterna
Läs merThe cornerstone of Swedish disability policy is the principle that everyone is of equal value and has equal rights.
Swedish disability policy -service and care for people with funcional impairments The cornerstone of Swedish disability policy is the principle that everyone is of equal value and has equal rights. The
Läs merTentamen i Matematik 2: M0030M.
Tentamen i Matematik 2: M0030M. Datum: 2010-01-12 Skrivtid: 09:00 14:00 Antal uppgifter: 6 ( 30 poäng ). Jourhavande lärare: Norbert Euler Telefon: 0920-492878 Tillåtna hjälpmedel: Inga Till alla uppgifterna
Läs merSUPPLEMENTARY FIGURE LEGENDS
SUPPLEMETARY FIGURE LEGEDS Supplementary Fig. 1. Flow cytometric analysis of wildtype, mutant and chimeric protein surface expression. Cells transduced with the individual constructs indicated were stained
Läs merIsometries of the plane
Isometries of the plane Mikael Forsberg August 23, 2011 Abstract Här följer del av ett dokument om Tesselering som jag skrivit för en annan kurs. Denna del handlar om isometrier och innehåller bevis för
Läs merMapping sequence reads & Calling variants
Universitair Medisch Centrum Utrecht Mapping sequence reads & Calling variants Laurent Francioli 2014-10-28 l.francioli@umcutrecht.nl Next Generation Sequencing Data processing pipeline Mapping to reference
Läs merPre-Test 1: M0030M - Linear Algebra.
Pre-Test : M3M - Linear Algebra. Test your knowledge on Linear Algebra for the course M3M by solving the problems in this test. It should not take you longer than 9 minutes. M3M Problem : Betrakta fyra
Läs merINTRODUKTION - TYP 1 DIABETES
INTRODUKTION - TYP 1 DIABETES Erik Moberg Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge 160122 Diagnoskriterier - Diabetes fp-glukos 7,0 mmol/l (8 tim fasta) eller P-glukos (kapillärt) 12,2 mmol/l (venöst
Läs merP-U-Csv-Aminosyror på Biochrom 30+
1(5) P-Aminosyror (NPU09011) U-Aminosyror/Krea (NPU14178) Csv-Aminosyror (NPU09013) Bakgrund, indikation och tolkning Bakgrund: Medfödda metabola sjukdomar är ovanliga genetiska sjukdomar men eftersom
Läs merTentamen del 2 SF1511, , kl , Numeriska metoder och grundläggande programmering
KTH Matematik Tentamen del 2 SF1511, 2018-03-16, kl 8.00-11.00, Numeriska metoder och grundläggande programmering Del 2, Max 50p + bonuspoäng (max 4p). Rättas ast om del 1 är godkänd. Betygsgränser inkl
Läs merViktig information för transmittrar med option /A1 Gold-Plated Diaphragm
Viktig information för transmittrar med option /A1 Gold-Plated Diaphragm Guldplätering kan aldrig helt stoppa genomträngningen av vätgas, men den får processen att gå långsammare. En tjock guldplätering
Läs merSannolikhetsteori. Tentamenskrivning: TMS145 - Grundkurs i matematisk statistik och bioinformatik,
Tentamenskrivning: TMS145 - Grundkurs i matematisk statistik och bioinformatik, 7,5p. Tid: Tisdag den 15 december, 2009 kl 8.30-12.30, Hörsalsvägen. Examinator: Olle Nerman, tel 7723565. Jour: Frank Eriksson,
Läs merGrafisk teknik IMCDP IMCDP IMCDP. IMCDP(filter) Sasan Gooran (HT 2006) Assumptions:
IMCDP Grafisk teknik The impact of the placed dot is fed back to the original image by a filter Original Image Binary Image Sasan Gooran (HT 2006) The next dot is placed where the modified image has its
Läs merf(x) =, x 1 by utilizing the guidance given by asymptotes and stationary points. cos(x) sin 3 (x) e sin2 (x) dx,
MÄLARDALEN UNIVERSITY School of Education, Culture and Communication Department of Applied Mathematics Examiner: Lars-Göran Larsson EXAMINATION IN MATHEMATICS MAA151 Single Variable Calculus, TEN2 Date:
Läs merf(x) = x2 + 4x + 6 x 2 4 by utilizing the guidance given by asymptotes and stationary points.
MÄLARDALEN UNIVERSITY School of Education, Culture and Communication Department of Applied Mathematics Examiner: Lars-Göran Larsson EXAMINATION IN MATHEMATICS MAA5 Single Variable Calculus, TEN2 Date:
Läs merREHAB BACKGROUND TO REMEMBER AND CONSIDER
Training in water REHAB BACKGROUND TO REMEMBER AND CONSIDER PHASE I: PROLIFERATION PROTECTION, 0-6 WEEKS PHASE II: TRANSITION PROGRESSION, 7-12 WEEKS PHASE III: REMODELLING FUNCTION, 13-32 WEEKS PHASE
Läs merGrafisk teknik IMCDP. Sasan Gooran (HT 2006) Assumptions:
Grafisk teknik Sasan Gooran (HT 2006) Iterative Method Controlling Dot Placement (IMCDP) Assumptions: The original continuous-tone image is scaled between 0 and 1 0 and 1 represent white and black respectively
Läs merNO NEWS ON MATRIX MULTIPLICATION. Manuel Kauers Institute for Algebra JKU
NO NEWS ON MATRIX MULTIPLICATION Manuel Kauers Institute for Algebra JKU ( ) ( ) ( ) a1,1 a 1,2 b1,1 b 1,2 c1,1 c = 1,2 a 2,1 a 2,2 b 2,1 b 2,2 c 2,1 c 2,2 c 1,1 = a 1,1 b 1,1 + a 1,2 b 2,1 c 1,2 = a 1,1
Läs merAuthentication Context QC Statement. Stefan Santesson, 3xA Security AB stefan@aaa-sec.com
Authentication Context QC Statement Stefan Santesson, 3xA Security AB stefan@aaa-sec.com The use case and problem User identities and user authentication is managed through SAML assertions. Some applications
Läs mer(D1.1) 1. (3p) Bestäm ekvationer i ett xyz-koordinatsystem för planet som innehåller punkterna
Högsolan i Sövde (SK) Tentamen i matemati Kurs: MA4G Linjär algebra MAG Linjär algebra för ingenjörer Tentamensdag: 4-8-6 l 4.-9. Hjälpmedel : Inga hjälpmedel utöver bifogat formelblad. Ej ränedosa. Tentamen
Läs merGrafisk teknik. Sasan Gooran (HT 2006)
Grafisk teknik Sasan Gooran (HT 2006) Iterative Method Controlling Dot Placement (IMCDP) Assumptions: The original continuous-tone image is scaled between 0 and 1 0 and 1 represent white and black respectively
Läs merBÄNKVÅG / BENCH SCALE Modell : SW-III / Model : SW-III ANVÄNDARMANUAL / USER MANUAL SW-III WWW.LIDEN-WEIGHING.SE 2014-03-26 OBS! Under vågen sitter en justerbar skruv (se bild). Standardinställning är
Läs merKurskod: TAMS11 Provkod: TENB 07 April 2015, 14:00-18:00. English Version
Kurskod: TAMS11 Provkod: TENB 07 April 2015, 14:00-18:00 Examiner: Xiangfeng Yang (Tel: 070 2234765). Please answer in ENGLISH if you can. a. You are allowed to use: a calculator; formel -och tabellsamling
Läs merStyrteknik: Binära tal, talsystem och koder D3:1
Styrteknik: Binära tal, talsystem och koder D3:1 Digitala kursmoment D1 Boolesk algebra D2 Grundläggande logiska funktioner D3 Binära tal, talsystem och koder Styrteknik :Binära tal, talsystem och koder
Läs merSammanfattning hydraulik
Sammanfattning hydraulik Bernoullis ekvation Rörelsemängdsekvationen Energiekvation applikationer Rörströmning Friktionskoefficient, Moody s diagram Pumpsystem BERNOULLI S EQUATION 2 p V z H const. Quantity
Läs merStudenters erfarenheter av våld en studie om sambandet mellan erfarenheter av våld under uppväxten och i den vuxna relationen
Studenters erfarenheter av våld en studie om sambandet mellan erfarenheter av våld under uppväxten och i den vuxna relationen Silva Bolu, Roxana Espinoza, Sandra Lindqvist Handledare Christian Kullberg
Läs merSchenker Privpak AB Telefon VAT Nr. SE Schenker ABs ansvarsbestämmelser, identiska med Box 905 Faxnr Säte: Borås
Schenker Privpak AB Interface documentation for web service packageservices.asmx 2012-09-01 Version: 1.0.0 Doc. no.: I04304b Sida 2 av 7 Revision history Datum Version Sign. Kommentar 2012-09-01 1.0.0
Läs merPreschool Kindergarten
Preschool Kindergarten Objectives CCSS Reading: Foundational Skills RF.K.1.D: Recognize and name all upper- and lowercase letters of the alphabet. RF.K.3.A: Demonstrate basic knowledge of one-toone letter-sound
Läs merChapter 2: Random Variables
Chapter 2: Random Variables Experiment: Procedure + Observations Observation is an outcome Assign a number to each outcome: Random variable 1 Three ways to get an rv: Random Variables The rv is the observation
Läs merSUPPLEMENTARY DATA Data in the Relational Database
Probability-Based Scoring Function as a Software Tool Used The Open Bioinformatics Journal, 2009, Volume 3 i SUPPLEMENTARY DATA Data in the Relational Database Table B.1. Amino Acid Information Amino ID
Läs merDet här med levels.?
Det här med levels.? Eller: När ska det vara praktik i Modulen? 1 Appendix I Basic knowledge requirements 1. KNOWLEDGE LEVELS CATEGORY A, B1, B2 AND C AIRCRAFT MAINTENANCE LICENCE Basic knowledge for categories
Läs mer12.6 Heat equation, Wave equation
12.6 Heat equation, 12.2-3 Wave equation Eugenia Malinnikova, NTNU September 26, 2017 1 Heat equation in higher dimensions The heat equation in higher dimensions (two or three) is u t ( = c 2 2 ) u x 2
Läs merHydroxyquinone O-Methylation in Mitomycin. Biosynthesis
Supporting Information Hydroxyquinone O-Methylation in Mitomycin Biosynthesis Sabine Grüschow, Leng-Chee Chang, Yingqing Mao, and David H. Sherman Life Sciences Institute, Department of Medicinal Chemistry,
Läs merTechnique and expression 3: weave. 3.5 hp. Ladokcode: AX1 TE1 The exam is given to: Exchange Textile Design and Textile design 2.
Technique and expression 3: weave 3.5 hp Ladokcode: AX1 TE1 The exam is given to: Exchange Textile Design and Textile design 2 ExamCode: February 15 th 9-13 Means of assistance: Calculator, colorpencils,
Läs merTABELLSAMLING ATT ANVÄNDA I SAMBAND MED PROV I KEMI B
TABELLSAMLIG ATT AVÄDA I SAMBAD MED PRV I KEMI B ågra fysikaliska konstanter Atommassenheten 1u = 1,66 10 27 kg Elektronens massa m = 9,1096 10 31 kg Protonens massa m p = 1,6726 10 27 kg eutronens massa
Läs merLUNDS TEKNISKA HÖGSKOLA Institutionen för Elektro- och Informationsteknik
LUNDS TEKNISKA HÖGSKOLA Institutionen för Elektro- och Informationsteknik SIGNALBEHANDLING I MULTIMEDIA, EITA50, LP4, 209 Inlämningsuppgift av 2, Assignment out of 2 Inlämningstid: Lämnas in senast kl
Läs merSläktträd med hjälp av databaser och program från Internet
Övning: Släktträd sid 1 Övning i bioinformatik Släktträd med hjälp av databaser och program från Internet Det finns databaser som är fritt tillgängliga och innehåller nukleotid- och amino-syrasekvenser
Läs merTENTAMEN I STRUKTURBIOLOGI
Molekylär Cellbiologi TENTAMEN I STRUKTURBIOLOGI MÅNDAGEN DEN 26 MARS 2001 EFTERNAMN:... FÖRNAMN:... PERSONNUMMER:... POÄNGSUMMA: RESULTAT: Skriv namn och personnummer på ev. lösa blad. Tentamen innehåller
Läs merSolutions to exam in SF1811 Optimization, June 3, 2014
Solutions to exam in SF1811 Optimization, June 3, 14 1.(a) The considered problem may be modelled as a minimum-cost network flow problem with six nodes F1, F, K1, K, K3, K4, here called 1,,3,4,5,6, and
Läs merx 2 2(x + 2), f(x) = by utilizing the guidance given by asymptotes and stationary points. γ : 8xy x 2 y 3 = 12 x + 3
MÄLARDALEN UNIVERSITY School of Education, Culture and Communication Department of Applied Mathematics Examiner: Lars-Göran Larsson EXAMINATION IN MATHEMATICS MAA151 Single Variable Calculus, TEN2 Date:
Läs merTentamen i 2D1396 Bioinformatik, 2 juni 2006
Tentamen i 2D396 Bioinformatik, 2 juni 2006 Kursansvarig: Lars Arvestad Inga hjälpmedel förutom skrivmedel är tillåtna. Skriv tydligt! Skriv bara på en sida av pappret och behandla bara en uppgift per
Läs mer1. Find for each real value of a, the dimension of and a basis for the subspace
MÄLARDALEN UNIVERSITY School of Education, Culture and Communication Department of Applied Mathematics Examiner: Lars-Göran Larsson EXAMINATION IN MATHEMATICS MAA53 Linear Algebra Date: 208-0-09 Write
Läs merINTRODUKTION - TYP 1 DIABETES
INTRODUKTION - TYP 1 DIABETES Erik Moberg Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge 140903 Diagnoskriterier - Diabetes fp-glukos 7,0 mmol/l (minst 2 ggr, 8 tim fasta) eller P-glukos (kapillärt) 12,2 mmol/l
Läs merKurskod: TAIU06 MATEMATISK STATISTIK Provkod: TENA 15 August 2016, 8:00-12:00. English Version
Kurskod: TAIU06 MATEMATISK STATISTIK Provkod: TENA 15 August 2016, 8:00-12:00 Examiner: Xiangfeng Yang (Tel: 070 0896661). Please answer in ENGLISH if you can. a. Allowed to use: a calculator, Formelsamling
Läs merFind an equation for the tangent line τ to the curve γ : y = f(4 sin(xπ/6)) at the point P whose x-coordinate is equal to 1.
MÄLARDALEN UNIVERSITY School of Education, Culture and Communication Department of Applied Mathematics Examiner: Lars-Göran Larsson EXAMINATION IN MATHEMATICS MAA5 Single Variable Calculus, TEN Date: 207--06
Läs merF ξ (x) = f(y, x)dydx = 1. We say that a random variable ξ has a distribution F (x), if. F (x) =
Problems for the Basic Course in Probability (Fall 00) Discrete Probability. Die A has 4 red and white faces, whereas die B has red and 4 white faces. A fair coin is flipped once. If it lands on heads,
Läs merMolecular Biology Primer
Molecular Biology Primer Starting 19 th century Cellular biology: Cell as a fundamental building block 1850s+: ``DNA was discovered by Friedrich Miescher and Richard Altmann Mendel s experiments with garden
Läs merIs it worth to parameterize sequence alignment with an explicit evolutionary model?
Is it worth to parameterize sequence alignment with an explicit evolutionary model? Sean Eddy & E.R. p. 1/33 Channelrhodopsin-1 adapted from www.calvin.edu p. 2/33 Bacterial Rhodopsins BACS2_HALSA.TWFWVGAVGMLAGTVLPI..RD
Läs merTentamen i Matematik 3: M0031M.
Tentamen i Matematik 3: M0031M. Datum: 2009-10-26 Skrivtid: 09:00 14:00 Antal uppgifter: 6 ( 30 poäng ). Jourhavande lärare: Norbert Euler Telefon: 0920-492878 Tillåtna hjälpmedel: Inga Till alla uppgifterna
Läs merEn bioinformatisk genjakt
En bioinformatisk genjakt Efter en ide från: CUSMOBIO, Milano, Italien. Hur man kan söka i databaser efter information om en gen som kan ge ökad risk för bröstcacer. Bakgrund Människor utan symptom men
Läs merRobust och energieffektiv styrning av tågtrafik
1 Robust och energieffektiv styrning av tågtrafik - CATO - Forskning inom OnTime - Vidareutveckling och möjligheter KAJT, temadag om punktlighet 2014-11-13 Tomas Lidén Transrail Sweden AB Dagens trafikledning
Läs merService och bemötande. Torbjörn Johansson, GAF Pär Magnusson, Öjestrand GC
Service och bemötande Torbjörn Johansson, GAF Pär Magnusson, Öjestrand GC Vad är service? Åsikter? Service är något vi upplever i vårt möte med butikssäljaren, med kundserviceavdelningen, med företagets
Läs merBÄNKVÅG / BENCH SCALE ANVÄNDARMANUAL / USER MANUAL SW-III www.liden-weighing.com Svenska OBS! Under vågen sitter en justerbar skruv (se bild). Standardinställning är den för vägning. Om ni vill rengöra
Läs merGU / Chalmers Campus Lindholmen Tentamen Programutveckling LEU 482 / TIG167
GU / Chalmers Campus Lindholmen Tentamen Programutveckling 2016-01-13 LEU 482 / TIG167 Examinator: Henrik Sandklef (0700-909363) Tid för tentamen: 2016-01-13, 08.30 12.30 Ansvarig lärare: Henrik Sandklef,
Läs merTeknik och diabetes från EASD och ADA 2016
Teknik och diabetes från EASD och ADA 2016 Karin Filipsson Med dr, Specialistläkare VE Endokrin, Skånes universitetssjukhus Teknik och diabetes Blodsockermätning Insulinpumpar ITCA för GLP-1 Blodsockermätning
Läs merASSEMBLY INSTRUCTIONS SCALE SQUARE - STANDARD
ASSEMBLY INSTRUCTIONS ALL COMPONENTS Metal profile 0 mm Gripper Ceiling attachments Screws for ceiling attachements (not included) Wires Metal profile 60 mm Metal profile 00 mm Felt - Full Felt - Half
Läs merI. Flersekvensjämförelser, sekvensmotiv och profiler. II. Fylogenetisk analys
I. Flersekvensjämförelser, sekvensmotiv och profiler II. Fylogenetisk analys I. Flersekvensjämförelser (multiple sequence alignments, MSA) Jämföra tre eller fler sekvenser samtidigt (homologer eller funktionellt
Läs merALGEBRA I SEMESTER 1 EXAM ITEM SPECIFICATION SHEET & KEY
ALGEBRA I SEMESTER EXAM ITEM SPECIFICATION SHEET & KEY Constructed Response # Objective Syllabus Objective NV State Standard Identify and apply real number properties using variables, including distributive
Läs merRastercell. Digital Rastrering. AM & FM Raster. Rastercell. AM & FM Raster. Sasan Gooran (VT 2007) Rastrering. Rastercell. Konventionellt, AM
Rastercell Digital Rastrering Hybridraster, Rastervinkel, Rotation av digitala bilder, AM/FM rastrering Sasan Gooran (VT 2007) Önskat mått * 2* rastertätheten = inläsningsupplösning originalets mått 2
Läs merHur fattar samhället beslut när forskarna är oeniga?
Hur fattar samhället beslut när forskarna är oeniga? Martin Peterson m.peterson@tue.nl www.martinpeterson.org Oenighet om vad? 1.Hårda vetenskapliga fakta? ( X observerades vid tid t ) 1.Den vetenskapliga
Läs merSUPPORTING INFORMATION
SUPPORTING INFORMATION Combining Mass Spectrometric Metabolic Profiling with Genomic Analysis: A Powerful Approach for Discovering Natural Products in Cyanobacteria Karin Kleigrewe, Jehad Almaliti, Isaac
Läs merSäkerhetsfunktioner rstå varandra? Finns behov av att avvika från normal säkerhetsfunktion s vissa betingelser under uppstart, ändringar i processen
Säkerhetsfunktioner Hur förstf rstå varandra? Finns behov av att avvika från normal säkerhetsfunktion s under vissa betingelser under uppstart, ändringar i processen eller under drift? enligt 61511 Sida
Läs merTentamen MMG610 Diskret Matematik, GU
Tentamen MMG610 Diskret Matematik, GU 2017-01-04 kl. 08.30 12.30 Examinator: Peter Hegarty, Matematiska vetenskaper, Chalmers/GU Telefonvakt: Peter Hegarty, telefon: 0766 377 873 Hjälpmedel: Inga hjälpmedel,
Läs mer2. Let the linear space which is spanned by the functions p 1, p 2, p 3, where p k (x) = x k, be equipped with the inner product p q = 1
MÄLARDALEN UNIVERSIY School of Education, Culture and Communication Department of Applied Mathematics Examiner: Lars-Göran Larsson EXAMINAION IN MAHEMAICS MAA15 Linear Algebra Date: 017-06-09 Write time:
Läs merTunga metaller / Heavy metals ICH Q3d & Farmakope. Rolf Arndt Cambrex Karlskoga
Tunga metaller / Heavy metals ICH Q3d & Farmakope Rolf Arndt Cambrex Karlskoga Tunga metaller / Heavy metals Rolf Arndt -Quality Assurance Cambrex Karlskoga - Svenska Farmakopekommitten / Working Party
Läs merProtected areas in Sweden - a Barents perspective
Protected areas in Sweden - a Barents perspective Olle Höjer Swedish Environmental Protection Agency Naturvårdsverket Swedish Environmental Protection Agency 2013-04-03 1 The fundamental framework for
Läs mer2. Förklara vad en egenfrekvens är. English: Explain what en eigenfrequency is.
Linköpings Universitet, Hållfasthetslära, IEI/IKP TENTAMEN i Mekaniska svängningar och utmattning, TMMI09 2007-10-16 kl 14-18 L Ö S N I N G A R ---- SOLUTIONS 1. Ange sambanden mellan vinkelfrekvens ω,
Läs mer1. Find the volume of the solid generated by rotating the circular disc. x 2 + (y 1) 2 1
MÄLARDALEN UNIVERSITY School of Education, Culture and Communication Department of Applied Mathematics Examiner: Lars-Göran Larsson EXAMINATION IN MATHEMATICS MAA11 Single Variable Calculus, TEN Date:
Läs mer