Bestämning av antalet aktiva CYP2D6 genkopior (CNV) med Pyrosequencing. Anna-Lena Zackrisson PhD.

Transkript

1 Bestämning av antalet aktiva CYP2D6 genkopior (CNV) med Pyrosequencing Anna-Lena Zackrisson PhD

2 INTRODUKTION LINKÖPINGSENHETEN RÄTTSMEDICIN RÄTTSKEMI RÄTTSGENETIK

3 INTRODUKTION Sammanställa genetisk information för att förstå läkemedels verkan, respons och biverkningar pharmacogenetics pharmacogenomics Inkluderar analys av polymorfier i: - Transportörer - Metaboliseringsenzymer - Receptorer

4 INTRODUKTION Enzymet - Debrisoquine 4-hydroxylas CYP2D6 genen - Kromosom 22q % av Kaukasier saknar CYP2D6 PMs 1 7 % av Kaukasier bär på en aktiv genduplicering UMs Metaboliserar många psykiatriska och smärtstillande läkemedel

5 INTRODUKTION Kliniskt kan kunskapen om en patients genotyp vara till hjälp för att skräddarsy behandlingen Rätt läkemedel i rätt dos till rätt patient

6 INTRODUKTION Inom forensisk toxikologi kan kunskapen om en individs genotyp vara en pusselbit vid utredningen av fall av läkemedelsförgiftning. Överdos eller reducerad förmåga att bryta ned läkemedel? Båda kan leda till dödliga koncentrationer i kroppen.

7 METOD Allel *6 *4 *3 Exon CYP2D6 and CYP2C19 genetic variant alleles bp CYP2D6 and CYP2C19 genetic variant alleles Allele Nucleotide change, cdna RefSNP ID Effect on protein Enzyme activity CYP2D6*1 wild-type normal CYP2D6*1xN Allele wild-type Nucleotide and change, gene duplication cdna RefSNP ID xn Effect active on genes protein increased Enzyme activity CYP2D6*2 CYP2D6*1 2850C>T wild-type rs16947 R296C normal CYP2D6*2xN CYP2D6*1xN 2850C>T wild-type and gene duplication xn active genes increased CYP2D6*3 CYP2D6*2 2549delA 2850C>T rs rs16947 frameshift R296C none normal CYP2D6*4 CYP2D6*2xN 1846G>A 2850C>T and gene duplication rs splicing xn active defect genes none increased CYP2D6*4xN CYP2D6*3 1848G>A 2549delA and gene duplication rs xn frameshift inactive genes none CYP2D6*5 CYP2D6*4 gene 1846G>A deletion rs CYP2D6 splicing defect deleted none CYP2D6*6 CYP2D6*4xN 1707delT 1848G>A and gene duplication rs frameshift xn inactive genes none CYP2D6*5 gene deletion CYP2D6 deleted none CYP2C19*1 CYP2D6*6 wild-type 1707delT rs frameshift normal none CYP2C19*2 681G>A rs splicing defect none CYP2C19*3 CYP2C19*1 636G>A wild-type rs premature stop codon none normal

8 METOD wild-type D8 D7 D6 *5, deletion D8 D7 CYP2D6 and CYP2C19 genetic variant alleles duplikation D8 D7 D6 D6 CYP2D6 and CYP2C19 genetic variant alleles Allele Nucleotide change, cdna RefSNP ID Effect on protein Enzyme activity CYP2D6*1 wild-type normal CYP2D6*1xN Allele wild-type Nucleotide and change, gene duplication cdna RefSNP ID xn Effect active on genes protein increased Enzyme activity CYP2D6*2 CYP2D6*1 2850C>T wild-type rs16947 R296C normal CYP2D6*2xN CYP2D6*1xN 2850C>T wild-type and gene duplication xn active genes increased CYP2D6*3 CYP2D6*2 2549delA 2850C>T rs rs16947 frameshift R296C none normal CYP2D6*4 CYP2D6*2xN 1846G>A 2850C>T and gene duplication rs splicing xn active defect genes none increased CYP2D6*4xN CYP2D6*3 1848G>A 2549delA and gene duplication rs xn frameshift inactive genes none CYP2D6*5 CYP2D6*4 gene 1846G>A deletion rs CYP2D6 splicing defect deleted none CYP2D6*6 CYP2D6*4xN 1707delT 1848G>A and gene duplication rs frameshift xn inactive genes none CYP2D6*5 gene deletion CYP2D6 deleted none CYP2C19*1 CYP2D6*6 wild-type 1707delT rs frameshift normal none CYP2C19*2 681G>A rs splicing defect none CYP2C19*3 CYP2C19*1 636G>A wild-type rs premature stop codon none normal

9 METOD

10 METOD SNPs CNVs Zackrisson et al Eur J Clin Pharmacol 2003 Soderback et al Clin Chem 2005

11 METOD D6 D8

12 METOD CYP2D6 *1/*4, 3 genkopior två möjliga genotyper *1xN/*4 EM (normal metabolism) *1/*4xN IM (något sämre metabolism) *1 CAGGAC *1 CAGGAC *1/*1/*4 *4 CAAGAC *1 CAGGAC *4 CAAGAC *1/*4/*4 *4 CAAGAC 0 C A G T A C 0 C A G T A C

13 FRÅGOR?