Optimization of pyrosequencing method for copy number analysis of CYP2D6
|
|
- Viktor Pettersson
- för 6 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Institutionen för kvinnors och barns hälsa Biomedicinska analytikerprogrammet Examensarbete 15 hp Optimization of pyrosequencing method for copy number analysis of CYP2D6 Stefan Carls Examinator: Anneli Stavreus-Evers Adress: Institutionen för Kvinnors och Barns Hälsa, Akademiska sjukhuset, Uppsala Telefon: E-post:
2 ABSTRACT CYP2D6, a member of the cytochrome P450 enzyme system, has a central role in drug metabolism, it metabolizes 25 % of clinically used drugs. The gene that codes for the enzyme displays a high degree of polymorphism, which effects enzyme functions to various degrees. Aside from smaller mutations like SNPs, alleles may also feature duplications or deletion of the whole gene. Due to the clinical relevance of these mutations, a simple and precise method for genotyping is needed. In this study, a method based on pyrosequencing for copy number analysis was evaluated, wherein the copy number was determined by relative quantification to a reference gene CYP2D8P. During evaluation of the method, several adjustments were tried for optimization, including adjustments of annealing temperature and primer concentration. The results showed a difficulty in distinguishing between copy numbers using the method, as well as a high coefficient of variation. Therefore, further optimization is required before the method could be implemented into clinical practice. Keywords: Cytochrome P 450, pharmacogenomics, sequence analysis, alleles, phenotype
3 INTRODUKTION Individuella skillnader i läkemedelseffekter kan bero på en rad faktorer, såsom kön, vikt, ålder och interaktioner med andra läkemedel. Därutöver kan genetiska variationer vara relevanta på samtliga nivåer av läkemedelspassagen genom kroppen, från upptag i t.ex. tarmen till receptorpåverkan och metabolism. Vad gäller metabolism sker detta i regel genom enzymatisk påverkan i levern, och då i huvudsak av enzymer som ingår i superfamiljen Cytokrom P450 (CYP). En av de viktigaste underfamiljerna i detta enzymsystem är CYP2D6, som i sin tur står för metabolismen av ca 25 % av kliniskt använda läkemedel, däribland många psykofarmaka och hjärtmediciner. Enzymet verkar genom att spjälka eller addera funktionella grupper till substratet, vilket möjliggör vidare enzymatisk nedbrytning och utsöndring med urinen. Aktiviteten hos enzymet kan dock av genetiska orsaker variera kraftigt mellan individer, varför genotypning av CYP2D6 kan vara viktigt som ett komplement vid inställningar och justering av läkemedelsdoser. CYP2D6 kodas av en gen med en hög grad av polymorfi, och över hundra olika alleler har hittills identifierats med varierande grad av enzymfunktion. Fenotypen som allelerna ger upphov till kan klassificeras utifrån metabolisk hastighet: långsam metaboliserare (LM), intermediär metaboliserare (IM), snabb metaboliserare (SM) samt ultrasnabb metaboliserare (UM) (S Kimura et al, 1989). Graden av enzymaktivitet får i sin tur klinisk relevans i fråga om biverkningar och terapeutisk dos för de CYP2D6-specifika läkemedlen, särskilt som ett flertal av dessa har ett snävt terapeutiskt intervall. För att exemplifiera detta kan nämnas en studie från 2010, där man fann en förhöjd frekvens av ultrasnabba metaboliserare bland självmordsfall, något som skulle kunna förklaras av utebliven terapeutisk effekt av antidepressiva enligt artikelförfattarna (AL Zackrisson et al, 2010). Ytterligare ett skäl till genotypning kan vara vid misstanke om non-compliance.
4 Genotypning kan då användas för att utesluta genetiska orsaker till otillräcklig terapeutisk effekt. Vidare kan nämnas att förhållandet mellan terapeutisk effekt och enzymfunktion kan vara det omvända i de fall metaboliten är den aktiva substansen. Ett exempel på detta är kodein, en s.k. pro-drug som omvandlas till morfin av CYP2D6, där ultrasnabba metaboliserare har en ökad risk för biverkningar (V Haufroid et al, 2015). De vanligaste skälen till nedsatt enzymfunktion är deletioner, insertioner och punktmutationer. Utöver dessa mutationer är duplikationer och multiplikationer (CYP2D6* 2xN) respektive deletion av hela genen (CYP2D6* 5) kliniskt relevanta. Deletion av genen ger upphov till en nedsatt metabolisk hastighet, medan duplikationer ger ökad hastighet. Den geografiska spridningen av dessa genvarianter är ojämn, med en låg frekvens av t.ex. CYP2D6 * 2xN i Sverige (ca 1%) och relativt hög i t.ex. Etiopien (29 %) och Italien (7-10 %) (E Söderbäck et al, 2005). CYP2D6 är lokaliserad till kromosom 22 tillsammans med pseudogenerna CYP2D7 och CYP2D8P (S Kimura et al, 1989). En pseudogen är ett segment DNA som har en hög grad av homologi med en annan gen men som saknar förmågan att producera ett funktionellt protein. Denna likhet mellan CYP2D6 och dess pseudogener är ett centralt problem vid metodutveckling för genotypning, och måste tas hänsyn till vid utformning av primers för att undvika ospecifik amplifiering (I Meijerman et al, 2007). Som nämnts ovan skiljer sig allelmutationerna av CYP2D6 stort i karaktär, från små punktmutationer till duplikationer och deletion av hela genen. Metoderna som f.n. används för genotypning är begränsade med avseende på vilka alleler som kan påvisas, varför fler än en metod i regel används kliniskt. För analys av punktmutationer, short nucleotide polymorphism (SNP), kan t.ex. PCR-Restriction fragment length polymorphism (RFLP) användas. Restriktionsenzymer används då för att ge allelspecifika fragment som kan påvisas med agarosgel (FJ Gonzalez et al, 1988). En annan metod för att detektera punktmuterade
5 alleler är realtids-pcr, t.ex. med allelspecifika Taqman-prober för varje polymorfi (M Hiratsuka et al, 2000). För att analysera variationer i kopietal kan long-range PCR användas, med primers specifika för ett område i skarven mellan två potentiella kopior av CYP2D6 (I Johansson et al, 1996). Long-range PCR är en metod där extra långa fragment kan amplifieras pga modifikationer av polymerasen. Duplikationer ger i denna metod upphov till ett PCRfragment av en specifik storlek, medan vildtypen inte producerar något fragment. Nackdelar med long-range PCR är dock att metoden är relativt omständlig och osäker, samt att det exakta kopietalet inte kan bestämmas (I Meijerman et al, 2007). Vidare finns även metoder för kopietalsanalys baserade på realtids-pcr beskrivna (L Bodin et al, 2005). Då amplifieringen kan följas i realtid med hjälp av fluoroscerande prober, kan tröskelvärdet användas för att bestämma det ursprungliga antalet kopior. Amplifieringen av CYP2D6 jämförs då med en referensgen som är konstant i kopietal, med avseende på vid vilken cykel tröskelvärdet överskrids. Fördelar med realtids-pcr framför long range-pcr är att metoden är enklare, snabbare och att det exakta kopietalet kan bestämmas (I Meijerman et al, 2007). Ytterligare en metod som kan användas, både för SNP och kopietal, är pyrosekvensering. Pyrosekvensering är en metod där nukleotidsekvensen bestäms genom syntes av komplementära strängar till templatet (M Ronaghi et al, 1998). Efter amplifiering med PCR denatureras den dubbelsträngade DNA-kedjan och hybridiserar med en sekvenseringsprimer. De fyra nukleotiderna adenin (A), guanin (G), cytosin (C) och tymidin (T) tillsätts sedan separat och i en förbestämd ordning, och inkorporeras av ett polymeras om de är komplementära till templatet. Vid inkorporering spjälkas pyrofosfat från nukleotiderna, vilket konverteras till ATP av ATP sulfurylas. Detta driver i sin tur omvandlingen av luciferin till oxyluciferin av enzymet luciferas, vilket ger upphov till ljussignaler som kan detekteras med
6 en charged-coupled device (CCD). Reaktionen sker under kontinuerlig nedbrytning av nukleotider via enzymet apyrase, vilket innebär att fria nukleotider tvättas bort mellan varje nukleotidtillsats. Ljussignalerna som produceras vid inkorporering är proportionerliga till hur många nukleotider som byggts in, vilket i sin tur dels är beroende på nukleotidsekvensen och dels på mängden templat. Pyrosekvensering kan t.ex. användas för att analysera punktmutationer (M Simou et al, 2017), för genomsekvensering (GH Huang et al, 2017) eller analys av allelfrekvenser hos en population i blandade prov (M Esteban-Ballesteros et al, 2017). En generell begränsning med pyrosekvenseirng är dock att ljussignalerna inte ökar linjärt efter inkorporering av mer än 5 nukleotider, något som dock fr.a. är ett problem vid genomsekvensering. Vidare kan även okända polymorfier såsom insertioner och deletioner ge felaktiga resultat vid genotypning av SNP, då tillsatsordningen av nukleotider inte är utformad med hänsyn till dessa. Med dessa begränsningar i åtanke är dock pyrosekvensering en metod med hög precision och relativt enkel vad gäller både utförande och avläsning, varför den kan vara ett alternativ för klinisk rutinverksamhet (M Ronaghi et al, 1998). Syftet med detta projekt var att utvärdera en pyrosekvenseringsmetod beskriven av Söderbäck et al (2005) för analys av CYP2D6 kopietal. I metoden används sekvenseringsprimers som hybridiserar uppströms om en region med sekvensskillnader mellan CYP2D6 och en referensgen CYP2D8P. Tillsatsordningen av nukleotider är utformad så att de resulterande ljustopparna delvis är gemensamma för båda generna och delvis specifika för respektive gen. Ljussignalerna som de CYP2D6-specifika nukleotidtillsatserna ger upphov till jämförs sedan med signalerna från referensgenen, som är konstant i kopietal, vilket ger olika kvoter beroende på antalet kopior av CYP2D6.
7 MATERIAL OCH METOD Metoden som beskrivs nedan är utvecklad av Söderbäck et al (2005). Provmaterial Provmaterialen bestod av frysta blodprover i EDTA-rör från svenska patienter. Patientproverna var sedan tidigare analyserade för kopietal av CYP2D6 med två tidigare metoder, en baserad på realtids-pcr och den andra på RFLP. Klinisk kemi UAS (Uppsala Akademiska Sjukhuset) har ett generellt tillstånd att använda avidentifierade patientprover för metodutveckling. DNA-extraktion DNA extraherades manuellt från blodprov med QIAamp DNA Blood MiniKit (51104, Qiagen). DNA-koncentrationen och renheten bestämdes fotometriskt med Nanodrop 1 (ND-ONE-W, Thermo Scientific), varefter extrakten späddes till 5 ng/µl med elueringsbuffert från QIAamp DNA Blood MiniKit. PCR DNA amplifierades med GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems) och reagens från Qiagen (Pyromark PCR Kit), samt primers från BioMers. Sekvensen för primern uppströms (A1058FP) var 5 -GGTGGCTGACCTGTTCTYTG-3 och för primern nedströms (A1051RPB) 5 -GGGCTCACGCTGCACATC-3. A1058FP är en s.k. degenerate primer, dvs en blandning av primers med små sekvensskillnader, i detta fall en variation på positionen Y med antingen C eller T. Dessa primers införskaffades även separata för att kunna justera koncentrationsförhållandet dem emellan.
8 Totalvolymen per rör var 25 µl, där slutkoncentrationen av respektive primer var 200 nm, Q Solution 2 mm, CoralLoad Concentrate x10, PyroMark PCR Mastermix x1 och DNA ca 10 ng/rör. PCR-programmet startade med 15 min enzymaktivering vid 95C, följt av 45 cykler av 95C i 30 sek, 59ºC i 30 sek och 72C i 30 sek. Programmet avslutades med en 10 min elongering i 72C. Kontroll av extraktion och PCR med agarosgelelektrofores DNA-extraktionen och PCR-amplifieringen kontrollerades vid ett tillfälle med agarosgelelektrofores, med avseende på amplifiering av ett förväntat fragment om 100 baspar. DNA infärgades med GelRed ( , Invitrogen), koncentrationen av agarose var 1,5% och gelen kördes ca 90 min vid 112 volt. Därefter avlästes gelen under UV-transilluminering i Chemidoc XRS+ ( , BioRad) Pyrosekvensering De sekvenseringsprimers som användes var A685FP (5 -CGGGATGGTGACCACCTC-3 ) samt A1050FP (5 -GGCCTCCTGCTCATGATCC-3 ). Tillsatsordningen av nukleotider för A685FP var CGACACTC, och för A1050FP CTACATGCT. För pyrosekvenseringen användes Pyromark Q48 autoprep (Qiagen) med tillhörande programvara, samt reagens-kit från samma företag (Pyromark Q48 Advanced CpG Reagents). Dataanalys Resultaten från pyrosekvenseringen kontrollerades i programvaran till pyrosekvenseringsinstrumentet. Signalstyrkan för nukleotidtillsatserna (sammanställt i ett s.k. pyrogram) exporterades till Excel för vidare analys. Kvoterna av signalstyrkan för de CYP2D6- och CYP2D8-specifika nukleotidtillsatserna beräknades och utvärderades vad gäller distinktion mellan olika kopietal.
9 Optimering Utöver de inställningar som beskrivits ovan testades även DNA-koncentrationer på 2,5ng/µL samt 10 ng/µl. Vad gäller PCR-programmet testades annealingtemperaturer från till 61ºC, samt 40 cykler istället för 45. Vidare testades ett antal olika koncentrationsförhållanden av de primersekvenser som utgjorde PCR-primer A1058P. Statistik Beräkningar av medelvärde och variationskoefficient är utförda i Excel. Då metoden inte är optimerad är det inte motiverat med en statistisk verifiering av metoden. RESULTAT I utvärderingen av metoden användes inledningsvis grundinställningar enligt Söderbäck et al. Därefter testades ett antal justeringar i syfte att optimera metoden. Målet med optimeringen var att prov förbestämda för olika kopietal skulle vara möjliga att skilja åt med hjälp av de tillsatskvoter som erhålls från de resulterande pyrogrammen. Tillsatskvoten som visas här och som diskuteras nedan kommer från sekvenseringsprimer A685FP; ljussignalen från nukleotidtillsats 6 dividerat med signalen från nukleotidtillsats 8. Därutöver finns ett antal möjliga tillsatskvoter från båda sekvenseringsprimers, som uppvisade samma mönster vad gäller påverkan av metodjusteringar. Kontroll av extraktion DNA-koncentrationen och renheten mättes fotometriskt med Nanodrop 1. Medelvärdet för DNA-koncentrationen var 18,4 (6,2-41,0) ng/µl och för renhetsgraden 1,9 (1,6-2,4).
10 Optimering av DNA-koncentration Optimal DNA-koncentration testades på prov med kopietal 2 med tre olika koncentrationer; 2,5 ng/µl, 5 ng/µl samt 10 ng/µl. Resultaten visade att 5ng/µL producerade de jämnaste värdena, med en variationskoefficient på 8% (tabell 1). Denna koncentration användes därför vid vidare optimeringsförsök. Tabell 1. Spridningsmått och medelvärde för olika DNA-koncentrationer för prov med kopietal 2. Medelvärdet avser kvoten av signalstyrkan från nukleotidtillsats 6/8 för primer A685FP. Medelvärde CV% Antal prov 2,5 ng/µl 0, ng/µl 0, ng/µl 0, Agarosgelelektrofores för kontroll av PCR-amplifiering För att kontrollera spädningen av DNA-extrakt samt PCR-amplifieringen analyserades ett antal prov med kopietal 0-3 med agarosgelelektrofores. Resultatet visade ett förväntat DNAfragment om ca 100 baspar i samtliga brunnar, och en större intensitet av GelRed med högre DNA-koncentration (figur 1).
11 Figur 1. Agarosgel av PCR-fragment. Brunn 1: Storleksmarkör. 2-4: Kopietal 3. Brunn 5-7: Kopietal 2. Brunn 8-10: Kopietal 1. Brunn 11-13: Kopietal 0. Prov med respektive kopietal (0-3 kopior, genotypat sedan tidigare) testades med 3 olika DNAkoncentrationer: 2,5ng/µL (vä), 5ng/µL (mi), 10 ng/µl (hö). Ljusstyrka indikerar DNA-infärgning med GelRed, där röd färg representerar högst intensitet. Optimering av PCR-program I metoden användes en degenerate primer som bestod av två primersekvenser med olika smältpunkter, en CYP2D6-specifik och en CYP2D8P-specifik. Syftet med justeringen av annealingtemperaturen var att uppnå en jämn amplifiering av de båda generna. Detta skulle då ge kvoter om ca 0 för kopietal 0; 0,5 för kopietal 1; 1 för kopietal 2 samt 1,5 för kopietal 3. Annealingtemperaturer från 58-61ºC testades, där 59ºC var grundinställningen (tabell 2). Generellt sågs ökade tillsatskvoter med högre temperaturer, även om resultaten var något spretiga. Vidare sågs även en minskad spridning av värden vid 60ºC och 61ºC, och 61ºC visade den tydligaste skillnaden mellan kopietal 2 och 3. Slutligen testades ett PCR-program med 40 cykler istället för 45, som dock avfärdades pga hög överlappning av tillsatskvoten för kopietal 2 och 3.
12 Tabell 2. Justeringar av annealingtemperatur och antal cykler. Medelvärdet avser kvoten av signalstyrkan från nukleotidtillsats 6/8 för primer A685FP. Kopietalet (0-3 kopior) var genotypat sedan tidigare för proven. 0 kopior 1 kopia 2 kopior 3 kopior x CV% n x CV% n x CV% n x CV% n Standard (59ºC) 0, , , , ºC 0,0-1 0,5-1 1,0 18,4 2 1, ºC 0,1-1 0,8-1 1, , ºC 0,0-1 0,9-1 1, , cykler 0,1-1 0,5-1 0, ,9 8 2 Optimering av PCR-primer AF1058P PCR-primern AF1058 var en s.k. degenerate primer, vilket innebär en blandning av olika primers med små sekvensskillnader. Blandningen i detta fall bestod av en primersekvens avsedd för amplifiering av CYP2D6 (C) och en för CYP2D8P (T). För att testa justeringar av koncentrationsförhållandet dem emellan, införskaffades dessa primers separat. De procentuella förhållandena som testades var inom spannet 40C/60T och 65C/35T. Resultaten från dessa försök visar en högre kvot med högre koncentration av CYP2D6-specifik primer, dock med en stor spridning av dessa värden (tabell 3). För att söka reducera denna spridning blandades därför primers i större kvantiteter för att därefter tillsättas till mastermixen. Som framgår av tabell 3 blev variationskoefficienten avsevärt lägre av detta. Exempel på pyrogram för prov med olika antal kopior av CYP2D6 visas i figur 2. Där kan ses att ljussignalerna från CYP2D6 blir proportionerligt högre med högre kopietal. Tillsatskvoten är från primer A685FP, ljustoppen från nukleotidtillsats 6 dividerat med ljustoppen från nukleotidtillsats 8. I dessa exempel erhålls en kvot på ca 0 för kopietal 0; 0,5 för kopietal 1; 1 för kopietal 2; 1,5 för kopietal 3. Dessa är de förväntade kvoterna som erhölls i originalartikeln.
13 Tabell 3. Koncentrationsjusteringar av PCR-primer AF1058P. Primern var en degenerate primer och bestod av en CYP2D6- specifik sekvens (C) och en CYP2D8-specifik sekvens (T). Dessa primersekvenser blandades separat, i de procentuella förhållanden som anges i tabellen. * indikerar att förhållandet är färdigblandat i större kvantiteter. Standard avser degenerate primer, dvs den primer som användes i originalartikeln. 0 kopior 1 kopia 2 kopior 3 kopior x CV% n x CV% n x CV% n x CV% n Standard 0, , , , C/50T 0, , , , C/50T* 0,1-1 0,4-1 0, , C/45T 0, , , , C/40T 0, , , , C/40T* 0, , , , C/35T 0,0-1 1,6-1 3, , C/60T 0,0-1 0,3-1 0, ,8 3 2
14 Figur 2. Exempel på pyrogram för prov med olika antal kopior av CYP2D6. Y-axeln visar relativ ljusstyrka och x-axeln visar nukleotidtillsatsordningen för primer A685FP. Nukleotidtillsats 1 är en negativ kontroll och ska inte ge upphov till ljussignaler. Tillsats 2-3 är komplementära till både CYP2D6 och referensgenen. Tillsats 4-6 (markerat med rött) är komplementära till endast CYP2D6 och tillsats 7-8 (grönt) är komplementära till endast referensgenen CYP2D8P.
15 DISKUSSION Syftet med detta projekt var att utvärdera och optimera en metod för kopietalsanalys av CYP2D6 beskriven av Söderbäck et al. Pyrosekvensering, som metoden är baserad på, är relativt väletablerad för kopietalsanalys och har använts för genotypning av ett flertal olika gener i detta syfte (G Pielberg et al 2003, MK Kringen et al 2012). En särskild fördel med pyrosekvensering i detta sammanhang är dess höga precision i att differentiera mellan gener med mycket små sekvensskillnader (A Ahmadian et al, 2000). Detta kan utnyttjas vid förekomst av pseudogener för relativ kvantifiering, vilket är fallet i metoden beskriven av Söderbäck et al. En begränsning med metoden är dock att eventuella duplikationer inte kan preciseras till en specifik allel. Det innebär att fenotypen till viss del blir oklar vid förekomst av både duplikationer och andra mutationer som påverkar enzymfunktionen, eftersom man då inte vet om den muterade allelen eller vildtypen är duplicerad (A Gaedigk et al, 2007). I utvärderingen och optimeringen av Söderbäcks metod var det huvudsakliga målet att uppnå tillräckligt hög specificitet för olika kopietal vad gäller tillsatskvoter av nukleotider. I samband med detta testades flera justeringar av PCR-programmet, främst gällande annealingtemperatur och koncentrationer av primern AF1058FP. De centrala och återkommande problemen i metodutvecklingen var dels den höga variationskoefficienten för tillsatskvoter för ett och samma kopietal, dels distinktionen mellan 2 och 3 kopior. Detta är också anledningen till varför prov förbestämda för dessa kopietal analyserades fler gånger än övriga prov. Prov med kopietal 0 (CYP2D6*5) analyserades av motsatt skäl minst gånger, då ljusmönstren som dessa prov gav upphov till konsekvent var specifika och utan tendenser till överlappning med ljusmönstret för kopietal 1. Vad gäller variationskoefficienten testades först DNA-koncentrationens inverkan på denna med tre olika koncentrationer, där 5 ng/µl sågs producera de jämnaste resultaten (tabell 1). Detta överensstämmer också med DNA-koncentrationen som användes i originalartikeln. Vad
16 gäller kvarstående variation i tillsatskvoter finns flera möjliga förklaringar. En möjlig bidragande faktor är variationer i koncentrationen av magnetpartiklar i lösningen tillhörande pyrosekvenserings-kitet. Då denna reagens krävde blandning med vortex efter var 3:e till 4:e tillsats och koncentrationen endast uppskattades visuellt, kan antagligen en viss varians förklaras av detta. Denna variation torde dock vara liten då instruktionerna till reagenskitet följdes och pyrosekvensering är en etablerad metod. En annan tänkbar förklaring till den höga variationskoefficienten är variationer i tillsatta volymer av primern AF1058P. Som diskuteras nedan bestod denna primer egentligen av två primers, och som framgår av tabell 3 hade variationer i förhållandet mellan dessa två en stor påverkan på tillsatskvoterna. Då volymerna som tillsattes med dessa primers var mellan 1,4 och 2,6 µl, bör därför även små variationer i tillsatta volymer haft en stor påverkan på resultatet. Detta kan dock endast förklara varians mellan analystillfällen, då dessa primers tillsattes i en mastermix och proven i samma analys då får samma primerförhållande. För att testa denna variation som en potentiell felkälla, blandades därför dessa primers i större kvantiteter för att därefter tillsättas till mastermixen. Som framgår av tabell 3 blev spridningen av tillsatskvoter av detta väsentligt lägre, men tendensen till överlappning mellan kopietal kvarstod delvis. Slutligen bör påpekas att den höga variationskoefficienten försvårar tolkningen av påverkan av de olika metodjusteringarna, särskilt de inställningar som prövats med relativt få prov. Vad gäller primern A1058FP, användes i de ursprungliga inställningarna en s.k. degenerate primer, dvs en mixtur av primers med små sekvensskillnader, i detta fall en primer för amplifiering av CYP2D6 och en för CYP2D8P. Denna typ av variabel primer är dock inte okomplicerad att använda för relativ kvantifiering och kan ge upphov till en skev amplifiering av templaten (SJ Green et al, 2015). Primersekvenserna införskaffades därför separata för att testa detta som potentiell felkälla och för att kunna justera
17 koncentrationsförhållandet dem emellan. Resultaten från dessa försök visar som förväntat att tillsatskvoten generellt blir högre då koncentrationen av den CYP2D6-specifika primern förhöjs (tabell 3). Därutöver visade sig distinktionen mellan tillsatskvoterna för 2 och 3 kopior förstärkas vid vissa analystillfällen med en förhöjd CYP2D6-primerkoncentration, vilket dock inte framgår statistiskt ur tabell 1. Detta är alltjämt förklaringen till varför den färdigblandade primermixturen med 60% CYP2D6-primer och 40% CYP2D8-primer har analyserats flest gånger. Vidare testades påverkan av olika annealingtemperaturer på amplifieringen av de båda generna. Som diskuterats av Söderbäck et al, kommer potentiella ojämnheter i amplifieringen av sekvenskillnaden om ett baspar i primern AF1058P, och dessa primersekvenser konvergerar vad gäller effektivitet inom ett fönster av 58-61ºC annealingtemperatur. Enligt samma artikel gynnades amplifieringen av CYP2D6 av temperaturer högre än detta fönster, medan CYP2D8 amplifierades i högre grad vid lägre temperaturer. Resultaten från detta försök var dock delvis motstridiga, då 59ºC visade en lägre amplifiering av CYP2D6 än 58ºC (tabell 2). Fler analyser skulle behövas för att utvärdera detta. Slutligen testades även en justering av PCR-programmet med 40 cykler istället för 45. Resultatet av det programmet visade dock en stor överlappning mellan kopietalskvoter, varför denna inställning avfärdades. Som nämndes inledningsvis var ett centralt problem i metoden låg specificitet av tillsatskvoter för kopietal 2 och 3 och i mindre mån kopietal 1. Vid en jämförelse med resultaten från originalartikeln kan även tendenser till detta ses där, då spridningen av tillsatskvoter för kopietal 2 och 3 var högre än för kopietal 1. Detta tycks dock inte vara ett problem i originalartikeln, då spannet av värden för olika kopietal inte överlappar varann. Det kan även nämnas att denna ökning av varians med kopietalet återfinns i en annan pyrosekvenseringsmetod för kopietalsbestämning av CYP2D6 (T Langaee et al, 2015).
18 Ytterligare en tydlig skillnad från originalartikeln vad gäller tillsatskvoter, var att kvoterna blev betydligt lägre. I originalartikeln erhölls en kvot kring 0,5 för kopietal 1, 1 för kopietal 2 och 1,5 för kopietal 3, vilket är förväntat givet att referensgenen är konstant i kopietal och de båda generna amplifieras i lika hög grad. Försöken i denna artikel gav dock medelkvoter om 0,44 respektive 0,64 och 0,79 vid originalinställningarna (tabell 1-3), vilket indikerar att CYP2D6 har amplifierats i lägre grad än referensgenen. Detta behöver dock inte i sig vara ett problem såvida de olika kopietalen är lätta att särskilja, vilket dock inte var fallet i dessa försök. Sammanfattningsvis kan konstateras att de metodjusteringar som beskrivits ovan inte reducerade problemen med låg specificitet för tillsatskvoter i tillräckligt hög grad. Någon förklaring till detta har inte hittats, och liknande problem diskuteras inte i originalartikeln. Möjliga fortsättningar på optimeringen kan vara fler analyser av de annealingtemperaturer som testats (då resultaten var motstridiga) samt kombinationer av olika inställningar, t.ex. olika primerförhållanden tillsammans med variationer i annealingtemperatur. TILLKÄNNAGIVANDEN Jag vill tacka mina handledare Lena Håkansson och Hugo Kohnke, samt processansvarig Lena Fredriksson för stöd och handledning i såväl det praktiska som teoretiska arbetet.
19 REFERENSER A Ahmadian, Gharizadeh B, Gustafsson AC, et al. Single-nucleotide polymorphism analysis by pyrosequencing. Anal Biochem, (1): A Gaedigk, Ndjountche L, Divakaran K. Cytochrome P4502D6 (CYP2D6) gene locus heterogeneity: characterization of gene duplication events. Clin Pharmacol Ther, (2): AL Zackrisson, Lindblom B, Ahlner J. High frequency of occurrence of CYP2D6 gene duplication/multiduplication indicating ultrarapid metabolism among suicide cases. Clin Pharmacol Ther, (3): E Söderbäck, Zackrisson AL, Lindblom B, Aldeborn A. Determination of CYP2D6 gene copy number by pyrosequencing. Clin Chem, (3): FJ Gonzalez, Skoda RC, Kimura S, et al. Characterization of the common genetic defect in humans deficient in debrisoquine metabolism. Nature, (6155): G Pielberg, Day AE, Plastow, et al. A sensitive method for detecting variation in copy numbers of duplicated genes. Genome Res, (9): GH Huang, Hou DH, Wang M, et al. Genome analysis of Heliothis virescens ascovirus 3h isolated from China. Virol Sin, (2): I Johansson, Lundqvist E, Dahl ML, et al. PCR-based genotyping for duplicated and deleted CYP2D6 genes. Pharmacogenetics, (4): I Meijerman, Sanderson L, Smits P, et al. Pharmacogenetic Screening of the Gene Deletions and Duplications of CYP2D6. Drug Metabol Rev, (1): L Bertilsson, Dahl M, Dalén P, Al-Shurbaji A. Molecular genetics of CYP2D6: Clinical relevance with focus on psychotrpic drugs. Br J Clin Pharmacol, (2): L Bodin, Beaune PH, Loriot MA. Determination of cytochrome P450 2D6 (CYP2D6) gene copy number by real-time quantitative PCR. J Biomed Biotechnol, (3): M Esteban-Ballesteros, Rojo-Vasquez FA, Skuce PJ. Quantification of resistant alleles in the β-tubulin gene of field strains of gastrointestinal nematodes and their relation with the faecal egg count reduction test. BMC Vet Res, (1):71. M Hiratsuka. Agatsuma Y, Omori F, et al. High throughput detection of drug-metabolizing enzyme polymorphisms by allele-specific fluorogenic 5' nuclease chain reaction assay. Biol Pharm Bull, (10): M Ronaghi, Uhlén M, Nyrén P. A sequencing method based on real-time pyrophosphate. Science, (5375):363, 365.
20 M Simou, Kouskouni E, Vitoratos N, et al. Polymorphisms of Platelet Glycoprotein Receptors and Cell Adhesion Molecules in Fetuses with Fetal Growth Restriction and Their Mothers As Detected with Pyrosequencing. In Vivo, (2): MK Kringen, Stormo C, Grimholt RM, et al. Copy number variations of the ATP-binding cassette transporter ABCC6 gene and its pseudogenes. BMC Res Notes, (5):425. S Kimura, Umeno M, Skoda RC, et al. The human debrisoquine 4-hydroxylase (CYP2D) locus: sequence and identification of the polymorphic CYP2D6 gene, a related gene, and a pseudogene. Am J Hum Genet, (6): SJ Green, Venkatramanan R, Naqib A. Deconstructing the polymerase chain reaction: understanding and correcting bias associated with primer degeneracies and primer-template mismatches. PLoS One, (5):e T Langaee, Hamadeh I, Chapman AB, et al. A novel simple method for determining CYP2D6 gene copy number and identifying allele(s) with duplication/multiplication. PLoS, (1):e TE Murter, Schroth W, Bacchus-Gerybadze, et al. Activity levels of tamoxifen metabolites at the estrogen receptor and the impact of genetic polymorphisms of phase I and II enzymes on their concentration levels in plasma. Clin Pharmacol Ther, (5): V Haufroid, Hantson P. CYP2D6 genetic polymorphisms and their relevance for poisoning due to amfetamines, opioid analgesics and antidepressants. Clin Toxicol (Phila), (6):
Bestämning av antalet aktiva CYP2D6 genkopior (CNV) med Pyrosequencing. Anna-Lena Zackrisson PhD. anna-lena.zackrisson@rmv.se
Bestämning av antalet aktiva CYP2D6 genkopior (CNV) med Pyrosequencing Anna-Lena Zackrisson PhD INTRODUKTION LINKÖPINGSENHETEN RÄTTSMEDICIN RÄTTSKEMI RÄTTSGENETIK INTRODUKTION Sammanställa genetisk information
Polymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction The Polymerase Chain Reaction Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt Från kursplan: Studenten skall kunna: förklara grundläggande principer
Realtids-PCR. icycler BioRad, mikrotiterplattor. LightCycler Roche, kapillärer. ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor
Realtids-PCR icycler BioRad, mikrotiterplattor LightCycler Roche, kapillärer ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor Molekylärbiologisk metodik T3 ht 2011 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt
Farmakogenetik/genomik
Farmakogenetik/genomik HT-2013 Lars Westberg Institutionen för neurovetenskap och fysiologi Sektionen för farmakologi Göteborgs universitet lars.westberg@pharm.gu.se Översikt Introduktion Definitioner
Cirkulerande cellfritt DNA
Cirkulerande cellfritt DNA - en introduktion Anne Ricksten Equalismöte 2016-11-14 Vad är cirkulerande fritt DNA (cfdna)? Extracellulärt DNA som finns i cirkulationen Fragmenterat DNA, medelstorlek på ca
Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2011/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering
DNA FRÅN BLOD & KINDCELLER
EQUALIS Användarmöte, Molekylärdiagnostik 2012 Quality Hotel, Ekoxen, Linköping 7 8 november, 2012 DNA FRÅN BLOD & KINDCELLER Majid Osman, kemist, PhD Klinisk kemi, Linköping DNA stabilitet Provtagning
DNA-LCT -13910 C>T, Taqman alleldiskriminering, Malmö
1(5) DNA-LCT -13910 C>T, Taqman alleldiskriminering, Malmö Bakgrund, indikation och tolkning Enzymet laktas finns i tunntarmens enterocyter och möjliggör digestionen av diasackariden laktos/mjölksocker
Laboration DNA. Datum:16/11 20/ Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson
Laboration DNA Datum:16/11 20/11 2015 Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson Material och metod Materiallista hänvisas till labhandledning s.3 (BIMA15 ht 2015, Lab III: DNA.) Uppsamling
Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR
Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter Vad, När, Var och Hur? Jessica Ögren Länssjukhuset Ryhov Juni 2012 Molekylärbiologiska metoder De senaste två decennierna har molekylärbiologiska tekniker
Genvägen till bättre läkemedelsanvändning
Genvägen till bättre läkemedelsanvändning Magnus Ingelman-Sundberg, PhD, BScM Section of Pharmacogenetics Department of Physiology and Pharmacology, Karolinska Institutet Stockholm, Sweden magnus.ingelman-sundberg@ki.se
DNA-ordlista. Amplifiera: Att kopiera och på så sätt mångfaldiga en DNA-sekvens med hjälp av PCR.
DNA-ordlista Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra. Detta gör att man kan urskilja var och hur mycket de skiljer sig från varandra, vilket är ett av de mest grundläggande sätten att analysera
Farmakogenetik/genomi k. Översikt. Farmakogenetik / farmakogenomik. Introduktion. Farmakogenetik: Vad testar man? Klinisk praxis idag?
Farmakogenetik/genomi k HT-2009 Jonas Melke Institutionen för neurovetenskap och fysiologi Sektionen för farmakologi Göteborgs universitet jonas.melke@pharm.gu.se Översikt Introduktion Definitioner Genetisk
TaqMan Sample-to-SNP Kit - evaluation of kit for low-cost and fast preparing of DNA-samples before genotype analysis
Institutionen för Biokemi och Mikrobiologi Biomedicinska analytikerprogrammet Examensarbete 15 hp, vt 2009 TaqMan Sample-to-SNP Kit - evaluation of kit for low-cost and fast preparing of DNA-samples before
Farmakogenetik för individualiserad läkemedelsbehandling
Farmakogenetik för individualiserad läkemedelsbehandling AV MARJA-LIISA DAHL Interindividuell variation i läkemedelssvar Det föreligger stora skillnader mellan individer med avseende på vilken effekt en
JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND
MPCR Multiplex Polymerase Chain Reaktion JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND Vad är multiplex PCR Variant av PCR Möjliggör samtidigt att amplifiera (masskopiera) många målsekvenser i en enda reaktion.
Molekylärgenetiskt verktyg för diagnos av T- resp. B-cellslymfom i vävnad/paraffin Diagnostik av Lymfom. Olika ingångar för B-, resp. T-cellslymfom Metodiker: - Morfologi (Mikroskopi) - Immunohistokemi
/LGM. Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores
2008-01-18/LGM Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores Syfte: Med två olika DNA extraktionsmetoder försöka få fram tillräckligt mycket celler
Immunteknologi, en introduktion. Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser.
Immunteknologi, en introduktion Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser. Antikroppar genereras av b-lymphocyter, som är en del av de vita blodkropparna Varje ursprunglig
Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne
Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne α-talassemi 4 genotyper Wild type αα / αα - - α + -talassemi α
Bestämning av FTO (Fat mass and obesity associated gene) polymorfism
Bestämning av FTO (Fat mass and obesity associated gene) polymorfism Dzenan Smajlovic Biomedicinska analytiker programmet 180 högskolepoäng Högskolan i Kalmar, Naturvetenskapliga institutionen Examensarbete
Tidiga erfarenheter av arvets mysterier
Cellens genetik Cellen Växtcellen Växtcellen Tidiga erfarenheter av arvets mysterier Artförädling genom riktad avel Religiösa förbud mot syskongiftemål Redan de gamla grekerna.. Aristoteles ~350 år före
Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys
Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys Equalis användarmöte Molekylär diagnostik Birgitta Kjellström Sektionen för Genanalys, Klinisk kemi 2017-11-16 Familjär hyperkolesterolemi Familjär hyperkolesterolemi
Farmakogenetik. Problem med läkemedel. Typ A biverkning. Problem med läkemedel. Typ B biverkning. Problem med läkemedel.
Problem med läkemedel Farmakogenetik Regionmöte för Laboratoriemedicin 8 november 2013 Mia Wadelius typ A biverkning Mannheimer & Eliasson. Drug-drug interactions to reduce the formation of pharmacologically
HT 2011. En farmakologs syn på. Biologisk variation. Orsaker & konsekvenser Läkemedelsanvändning. I Nylander. Medicin & Farmaci
HT 2011 En farmakologs syn på Biologisk variation Orsaker & konsekvenser Läkemedelsanvändning I Nylander Medicin & Farmaci Individrelaterade faktorer Vad händer i veckan? Introduktion Miljöns inverkan
DNA-ordlista. 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur.
DNA-ordlista 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur. Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra.
Genetik II. Jessica Abbott
Genetik II Jessica Abbott Nukleosid Sockergrupp + kvävebas Kvävebaser: Puriner (adenin, guanin) Pyrimidiner (cytosin, thymin i DNA, uracil i RNA) Basparning A=T G C Packning av DNA i eukaryot cellkärna
Personnummer. DUGGA Molekylärbiologi T3 / HT p (G = 24 p)
KORTSVARSFRÅGOR 1. Restriktionsenzymet HindIII klyver sekvensen 5 -AAGCTT-3 och lämnar ett fyra basers 5 -överhäng. Rita ut hur DNA-ändarna ser ut på ett fragment som klyvts med HindIII. (2p) SV: 5 -A
Genotypning av laktostolerans (LCT-13910C>T) direkt på blod med realtids-pcr
Genotypning av laktostolerans (LCT-13910C>T) direkt på blod med realtids-pcr Utvärdering av Kapa Probe Force HUVUDOMRÅDE: Biomedicinsk laboratorievetenskap FÖRFATTARE: Carl Folkesson, Ola Christensson
DNA-labb / Plasmidlabb
Översikt DNA-labb Plasmidlabb Preparation och analys av -DNA från Escherichia coli Varför är vi här idag? Kort introduktion till biokemi och rekombinant DNA- teknologi Vad skall vi göra idag? Genomgång
NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra
NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra Monomererna som bygger upp nukleinsyrorna kallas NUKLEOTIDER. En nukleotid består av tre delar: en kvävebas
CMV/EBV Molekylär diagnostik. Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus
CMV/EBV Molekylär diagnostik Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus De flesta CMV infektioner hos immunkompetenta individer är asymtomatiska eller ger bara en mkt mild
Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier
Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier Paula Mölling, Molekylärbiolog, Docent Bianca Törös, Daniel Golparian, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling Laboratoriemedicinska länskliniken, Molekylärdiagnostik
Rapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo
KDB 541/11: Rapport 1 Rapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo Jämförelse av två inlämningsmetoder 212-1-26 Innehållsförteckning 1. Bakgrund 3 2. Metod 3 3. Resultat 3 4. Slutsats
Erfarenheter från övergången till den nya typningsmetodiken MIRU-VNTR
Erfarenheter från övergången till den nya typningsmetodiken MIRU-VNTR Ramona Groenheit PhD, Mikrobiolog 2012-12-05 Med molekylära typningsmetoder kan vi: Upptäcka och övervaka utbrott Övervaka behandlingen
Next Generation Sequencing. Anna Gréen, Klinisk Genetik, Linköping
Next Generation Sequencing Anna Gréen, Klinisk Genetik, Linköping Vad är Next Generation sequencing? First Generation sequencing- ex Sanger och pyrosekvensering 2005-massiv parallell sekvensering Stora
LÄKEMEDELSMETABOLISM: MEKANISMER FÖR INTERINDIVIDUELL VARIABILITET
LÄKEMEDELSMETABOLISM: MEKANISMER FÖR INTERINDIVIDUELL VARIABILITET Maria Norlin LÄKEMEDELSMETABOLISM: MEKANISMER FÖR INTERINDIVIDUELL VARIABILITET 1 Varför reagerar vi olika på läkemedel? MILJÖ GENER NutriJon
Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p.
Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p. Namn: Adress: Resultat: Betyg: Hjälpmedel: Miniräknare. Formelblad med tabell. Skrivtid: 9.00-13.00. Beräkningar och svar ska vara motiverade.
Centrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2015
RAPPORT Datum Dnr 1(7) 2017-11-07 4.1-628-2015 Centrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2015 Postadress: Besöksadress: Telefon: 08-519 540 00 Box 50007 Frescativägen
Immunometoder för serum digoxin analys
Immunometoder för serum digoxin analys Hur exakta och mätsäkra är de? Michèle Masquelier, Klinisk Pharmakologi CHEM: /DGNI Metoder Kemi Digoxin analys jämförelse 2 lab 3 metoder 6 5 4 y = 1,1318x - 0,3691
DNA-analyser: Diagnosticera cystisk fibros och sicklecellanemi med DNA-analys. Niklas Dahrén
DNA-analyser: Diagnosticera cystisk fibros och sicklecellanemi med DNA-analys Niklas Dahrén Diagnosticera cystisk fibros med DNA-analys Cystisk fibros Vad innebär sjukdomen?: Sjukdomen innebär att de epitelceller
ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.
Bruksanvisning revision 6 (December 2008) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning
Screening av fetalt RHD i maternell plasma. Åsa Hellberg BMA, PhD Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Labmedicin Skåne
Screening av fetalt RHD i maternell plasma Åsa Hellberg BMA, PhD Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Labmedicin Skåne När används blodgruppsgenomisk typning? oberoende analys vid oklara serologiska
CSI - Katte DNA-fingerprinting Välkänt från polisarbete. Metoden föddes 1985 i England. Från början krävdes stora mängder DNA, men nu funkar även mycket små mängder. DNA-sekvens Användning Metoden
Genetik vid polyneuropatier. Christina Jern
Genetik vid polyneuropatier Christina Jern Information lagras i DNA 2 m DNA i varje cell Bara 3 cm kodar för protein Det humana genomet februari 2001 The International Human Genome Mapping Consortium
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar. Kerstin Lindblad-Toh
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar Kerstin Lindblad-Toh Målsättning med min forskning Att hitta människors sjukdomsgener via: - djurmodeller - en bättre förståelse av arvsmassan - storskalig
Sammanställning över alternativ till etidiumbromid
1 (6) Sammanställning över alternativ till etidiumbromid I nedanstående tabeller har leverantörerna VWR, Invitrogen och Sigma-Aldrich lämnat uppgifter om produkter/n de saluför som alternativ till etidiumbromid.
Slutrapport - Förstudie om Alternariaförekomst i potatis och behandlingseffekter 2013 i Mellansverige.
1 Slutrapport - Förstudie om Alternariaförekomst i potatis och behandlingseffekter 2013 i Mellansverige. Lisa Andrae, Rådhuset Nordfalan Eva Edin, Institutionen för Skoglig mykologi och växtpatologi, SLU
DUGGA Molekylärbiologi T2 / VT p (G = 25 p)
KORTSVARSFRÅGOR 1. Restriktionsenzymet BamHI klyver sekvensen 5 -G*GATCC-3 och lämnar 4 basers 5' överhäng. Rita upp det längsta DNA-fragmentet som bildas efter klyvning av nedanstående given sekvens med
Molecular marker application in breeding of self- and cross- compatible sweet cherry ( (P. P. avium L.) varieties. Silvija Ruisa, Irita Kota
Molecular marker application in breeding of self- and cross- compatible sweet cherry ( (P. P. avium L.) varieties Gun rs L cis, Silvija Ruisa, Irita Kota Introduction Sweet cherry (Prunus avium L.) collection
DNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores. Niklas Dahrén
DNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores Niklas Dahrén Användningsområden för DNA-analys Ta reda på vems DNA som har hittats på en brottsplats. Faderskapsanalys. Identifiera
Kombinerad träning kan muskeln bli snabb, stark och uthållig på samma gång?
OMT/FYIM Kongress/Årsmöte 20-21 mars 2015 Kombinerad träning kan muskeln bli snabb, stark och uthållig på samma gång? Tommy Lundberg Karolinska Institutet Acknowledgements Inst. för hälsovetenskap, Mittuniversitetet
Farmakogene*k/genomik
Farmakogene*k/genomik HT- 2009 Jonas Melke Ins2tu2onen för neurovetenskap och fysiologi Sek2onen för farmakologi Göteborgs universitet jonas.melke@pharm.gu.se Översikt Introduk*on Defini2oner Gene2sk varia2on.
Bakgrund. Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning. Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år
Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning Rapsarealen i Sverige 2008 Ann-Charlotte Wallenhammar, 2 Charlotta Almquist, Anna Redner och 3 Anki Sjöberg HS Konsult AB, Örebro
Mutationer. Typer av mutationer
Mutationer Mutationer är förändringar i den genetiska sekvensen. De är en huvudorsak till mångfalden bland organismer och de är väsentliga för evolutionen. De här förändringarna sker på många olika nivåer
Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi
Diagnostik VTEC/EHEC Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi SVA Tänker prata om VTEC / EHEC Sjukdomsframkallande faktorer PCR Magnetiska kulor (Immunomagnetisk separation) Diagnostik de vanligaste
Delprov 3 Vetenskaplig artikel
Delprov 3 Vetenskaplig artikel # of Questions: 15 Question #: 1 I denna uppgift ska du läsa en vetenskaplig artikel (CHCHD2 mutations in autosomal dominant late-onset Parkinson s disease: a genome-wide
Hemoglobinutredningar på Karolinska. Christin Sisowath Sjukhuskemist Karolinska Universitetslaboratoriet, Klinisk kemi
Hemoglobinutredningar på Karolinska Christin Sisowath Sjukhuskemist Karolinska Universitetslaboratoriet, Klinisk kemi Analyser på Karolinska för hemoglobinutredningar Hemoglobinfraktioner HPLC (HbA 2 och
Bio_kemi_intern_110110, 2011-01-13 1/8
Bio_kemi_intern_110110, 2011-01-13 1/8 Innehåll Organismen Bakterieidentifiering Mikroorganismer Cellen Genetik/DNA Genetik med bananflugor Kriminalteknologi med Pyrosekvensering (kort) Kriminalteknologi
Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2004/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering
Ärftliga sjukdomar och egenskaper hos hund
Engelsk bulldog Tibetansk terrier Västgötaspets Dvärgpinscher Chow chow Foto: Pleple2000 Foto: Flickr user skaty222 Foto: Sören T Eriksson Foto: Entheta Foto:Jurriaan Schulman Alla bilder Wikimedia commons
MHC Centrum av Hästens Immunsystem
Slutrapport (juni 2016) MHC Centrum av Hästens Immunsystem (Projektnummer H1147283) Tomas Bergström Sofia Mikko Göran Andersson BAKGRUND Major histocompatibilty complex (MHC) är en region i hästens genom
Illustrerad noggrannhet
Illustrerad noggrannhet riktighet och precision med mål och mening Equalis Allmän klinisk kemi 15-16 november 2012 Mikaela Norman, Sjukhuskemist, Klinisk kemi, Falu Lasarett mikaela.norman@ltdalarna.se
Tentamen i Biomedicinsk laboratoriemetodik 2, 7 hp (kod 0800)
Tentamen i Biomedicinsk laboratoriemetodik 2, 7 hp (kod 0800) Kursens namn: BMLVA II 22,5 högskolepoäng Kurskod: BL1004 Kursansvarig: Charlotte Sahlberg Bang Datum: 14 januari -2012 Skrivtid: 240 min Totalpoäng:
) / (c l) -A R ) = (A L. -ε R. Δε = (ε L. Tentamen i Biomätteknik (TFKE37), 9 januari Uppgift 1 (10p)
Tentamen i Biomätteknik (TFKE37), 9 januari 2014. Uppgift 1 (10p) För akronymerna FT- IR, AUC, AFM, UV och MALDI: a) Skriv ut förkortningen! b) Föreslå för varje metod två egenskaper hos biomolekyler som
Rättningstiden är i normalfall 15 arbetsdagar, annars är det detta datum som gäller:
Molekylärbiologi Provmoment: Ladokkod: Tentamen ges för: Tentamen TK151C Bt3 7,5 högskolepoäng TentamensKod: Tentamensdatum: 2016-01-12 Tid: 14:00 18:00 Hjälpmedel: Tillåtna hjälpmedel är lexikon. Dock
Omtentamen Medicinsk vetenskap Kurs: M0052H
Institutionen för hälsovetenskap Röntgensköterskerogrammet Omtentamen Medicinsk vetenskap Kurs: M0052H Lärare Delmoment Fråga Max G % VG % Anders Eriksson Läkemedelsräkning 1 7 20 18 90 Zandra Öberg Allmän
Mitokondriella sjukdomar. Gittan Kollberg Avd för klinisk kemi Sahlgrenska Sjukhuset Göteborg
Mitokondriella sjukdomar Gittan Kollberg Avd för klinisk kemi Sahlgrenska Sjukhuset Göteborg Mitokondriell sjukdom Definition Oxidativ fosforylering Genetik och ärftlighet Biokemisk utredning av mitokondriefunktion
En bioinformatisk genjakt
En bioinformatisk genjakt Efter en ide från: CUSMOBIO, Milano, Italien. Hur man kan söka i databaser efter information om en gen som kan ge ökad risk för bröstcacer. Bakgrund Människor utan symptom men
Internationella erfarenheter: Publicerade resultat kring cut off- värden för jordnöt
Internationella erfarenheter: Publicerade resultat kring cut off- värden för jordnöt Jenny van Odijk Leg. Dietist, Med dr. Sahlgrenska Universitetssjukhuset Referenser Codreanu F et al. A novel immunoassay
Cirkulerande tumör-dna för cancerdiagnostik
Cirkulerande tumör-dna för cancerdiagnostik -Behandlingsstyrande tester av EGFR hos patienter med icke småcellig lungcancer Gisela Helenius Laboratoriemedicinska kliniken Universitetssjukhuset Örebro Sökning
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar. Kerstin Lindblad-Toh
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar Kerstin Lindblad-Toh Målsättning med min forskning Att hitta människors sjukdomsgener via: - djurmodeller - en bättre förståelse av arvsmassan - storskalig
Långvarig smärta hos barn och ungdomar Farmakologisk behandling. Olaf Gräbel Smärtcentrum An/Op/IVA Sahlgrenska Universitetssjukhuset/Östra
Långvarig smärta hos barn och ungdomar Farmakologisk behandling Olaf Gräbel Smärtcentrum An/Op/IVA Sahlgrenska Universitetssjukhuset/Östra Långvarig smärta En kontinuerlig icke tumorrelaterad smärta som
Tentamen DX Klinisk farmakologi. Maxpoäng 30
1/8 Tentamen DX5 160511 Klinisk farmakologi Maxpoäng 30 Tentan består av 21 frågor. Den första delen av frågorna rör en läkemedelsvärdering/studiegranskning. MEQ = max 15 p, dina poäng Om vi efterfrågar
Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen. från pacyc184 till puc19
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184 till puc19 Årskull: Laborationsrapport i Molekylärbiologisk laboratoriemetodik, termin 3
Bilaga III. Ändringar till berörda avsnitt i produktinformation
Bilaga III Ändringar till berörda avsnitt i produktinformation Observera: Dessa ändringar till berörda avsnitt i produktresumé och bipacksedel är resultatet av hänskjutningsförfarandet. Produktinformationen
Utveckling av multiplex realtids PCR metod för detektion av kalvdiarrévirus hos nöt
Utveckling av multiplex realtids PCR metod för detektion av kalvdiarrévirus hos nöt Bakgrund Diarré hos nötkreatur är ett av de viktigaste sjukdomskomplexen i industrialiserade länder, inklusive Sverige.
Tunga metaller / Heavy metals ICH Q3d & Farmakope. Rolf Arndt Cambrex Karlskoga
Tunga metaller / Heavy metals ICH Q3d & Farmakope Rolf Arndt Cambrex Karlskoga Tunga metaller / Heavy metals Rolf Arndt -Quality Assurance Cambrex Karlskoga - Svenska Farmakopekommitten / Working Party
Centrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2016
RAPPORT Datum Dnr 1(8) 2017-11-14 4.1-17-2017 Centrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2016 Naturhistoriska riksmuseet Postadress: Besöksadress: Telefon: 08-519 540
DNA HFE genotyp,taqman alleldiskriminering, Malmö
1(5) 2017 01 DNA HFE genotyp,taqman alleldiskriminering, Malmö Bakgrund, indikation och tolkning Sjukdomstillstånd på grund av järnöverskott kan ses vid primära eller sekundära störningar i järnomsättningen.
Karl Holm Ekologi och genetik, EBC, UU. ebc.uu.se. Nick Brandt. Populationsgenetik
Karl Holm Ekologi och genetik, EBC, UU karl.holm@ ebc.uu.se Nick Brandt Populationsgenetik Kursens upplägg Föreläsningar 24/4, 10:15-16:00 Friessalen Introduktion, HWE 27/4, 10:15-16:00 Inavel 28/4, 10:15-16:00
Centrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2015
RAPPORT Datum Dnr 1(7) 2017-11-07 4.1-628-2015 Centrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2015 Naturhistoriska riksmuseet Postadress: Besöksadress: Telefon: 08-519 540
KEMI-NYTT. Nummer 2, 2011-05-01
, www.kliniskkemi.se KEMI-NYTT Nummer 2, Titlar: Ny analys: FUT2 genotyp, test av resistens mot vinterkräksjukan Nya provtagningsrör med lägre citratkoncentration till koagulationsanalyser Ny koagulationsremiss
Klassificering av brister från internaudit
Klassificering av brister från internaudit Del-21G seminarium 2015 Jukka Salo Slou Klassificering av brister från internaudit Vid VK har det visat sig att Procedurer för klassificering av brister finns,
Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV
Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV Sara Thulin Hedberg, Molekylärbiolog, PhD Lorraine Eriksson, Kerstin Malm, Maria A Demontis*, Paula Mölling, Martin Sundqvist, Graham
Tentamen. Kurskod: MC1004. Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 130814 Skrivtid 4h
Tentamen Medicin A, Molekylär cellbiologi Kurskod: MC1004 Kursansvarig: Christina Karlsson Datum 130814 Skrivtid 4h Totalpoäng: 86p Poängfördelning Johanna Sundin (fråga 1 8): 18p Ignacio Rangel (fråga
Hardy-Weinberg jämnvikt Processer som minskar genetisk variation: Inavel Genetisk drift
Populationsgenetik Hardy-Weinberg jämnvikt Processer som minskar genetisk variation: Inavel Genetisk drift Processer som ökar genetisk variation: Mutationer Migration Miljömässiga förändringar Balancen
Program: Biomedicinska analytikerprogrammet, inriktning laboratoriemedicin. Kurs: BMLV C, Biomedicinsk laboratorievetenskap, Examensarbete, BL1701
Örebro Universitet Institutionen för hälsovetenskap och medicin Enheten för klinisk medicin Program: Biomedicinska analytikerprogrammet, inriktning laboratoriemedicin Kurs: BMLV C, Biomedicinsk laboratorievetenskap,
Centrum för genetisk identifiering Fisk, kräftor och musslor som edna metod och fältprover
RAPPORT Datum Dnr 1(11) 2016-12-31 4.1-33-2015, 4.1-728-2015 (NRM). SLU.aqua.2015.5.1-188 (SLU) Centrum för genetisk identifiering Fisk, kräftor och musslor som edna metod och fältprover Postadress: Besöksadress:
Lite basalt om enzymer
Enzymer: reaktioner, kinetik och inhibering Biokatalysatorer Reaktion: substrat omvandlas till produkt(er) Påverkar reaktionen så att jämvikten ställer in sig snabbare, dvs hastigheten ökar Reaktionen
DNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct
1(6) DNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct Bakgrund, indikation och tolkning Proteinet alfa-1-antitrypsin (A1AT, AAT) är en av kroppens viktigaste proteashämmare och tillhör proteinsuperfamiljen
Sara Ekvall, doktorand Inst. för immunologi, genetik & patologi Uppsala universitet Handledare: Marie-Louise Bondeson & Göran Annerén
Sara Ekvall, doktorand Inst. för immunologi, genetik & patologi Uppsala universitet Handledare: Marie-Louise Bondeson & Göran Annerén Celler & DNA Vår kropp är uppbyggd av ~100 000 miljarder celler I cellen
SUPPLEMENTARY FIGURE LEGENDS
SUPPLEMETARY FIGURE LEGEDS Supplementary Fig. 1. Flow cytometric analysis of wildtype, mutant and chimeric protein surface expression. Cells transduced with the individual constructs indicated were stained
Läkemedelsupptäckt och utveckling (Drug discovery and development)
BIMA43 Patobiologi och farmakologi Läkemedelsupptäckt och utveckling (Drug discovery and development) 2017-04-07 Johan Andersson Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap Föreläsningens innehåll!
QIAsymphony DSP DNA Kits
QIAsymphony DSP DNA Kits QIAsymphony DSP DNA Kits är avsedda att endast användas i kombination med QIAsymphony SP. QIAsymphony DSP DNA Mini Kits tillhandahåller reagenser för automatiserad rening av totalt
Optimization and validation of the method lactose intolerance genotyping with real-time PCR
Institutionen för Medicinsk Biokemi och Mikrobiologi Biomedicinska analytikerprogrammet Examensarbete 15 hp, ht 2010 Optimization and validation of the method lactose intolerance genotyping with real-time
Farmakokinetik. Farmakokinetik och farmakodynamik 2011-11-06. Ernst Brodin, Institutionen för Fysiologi och Farmakologi, Karolinska Institutet
Farmakokinetik och farmakodynamik Ernst Brodin, Institutionen för Fysiologi och Farmakologi, Karolinska Institutet KUT HT 2011 Farmakokinetik 1 Farmakokinetik = att matematiskt försöka beskriva tidsförloppet
Methods to increase work-related activities within the curricula. S Nyberg and Pr U Edlund KTH SoTL 2017
Methods to increase work-related activities within the curricula S Nyberg and Pr U Edlund KTH SoTL 2017 Aim of the project Increase Work-related Learning Inspire theachers Motivate students Understanding
Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes. Bilder från McMurry
Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes Bilder från McMurry Namn Efternamn 26 februari 2011 2 Varje DNA molekyl är uppbyggd av många gener induviduella DNA segmant som innehåller instruktioner för syntes