Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
|
|
- Karl Magnusson
- för 7 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2004/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
2 Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering av gen med PCR... 4 Restriktionsklyvning... 5 Rening av DNA... 6 Agarosgelelektrofores... 7 Ligering av vektor och PCR fragment... 8 Transformering av vektor efter ligering... 9 Analys av transformanter Appendix
3 Inledning Denna laboration, som omfattar 2 stycken heldagar, syftar till att ge laborativ erfarenhet av några olika moment som används vid kloning såsom t.ex. restriktionsklyvning och ligering. För varje laborationsmoment finns ett standardprotokoll med olika frågeställningar /funderingar som gås igenom innan ni sätter igång labmomentet. Laborationsmässigt kommer ni att arbeta i något större laborationsgrupper (4-5 st i varje grupp) där ni inom gruppen fördelar arbetet som anges för de olika momenten enligt flödesschemat (Figur 1). Varje grupp för noggranna anteckningar för de olika laborationsmomenten. Redovisning sker i form av en muntlig utvärdering av de erhållna resultaten tillsammans med labassistenten. Dag1 Amplifiering av gen med PCR Analys av vektor och PCR produkt på agarosgel Restriktionsklyvning av vektor Rening av PCR produkt Rening av vektor efter restriktionsklyvning Restriktionsklyvning av PCR produkt Rening efter restriktionsklyvning Ligering av vektor och PCR produkt Transformering av ligeringsblandning (görs av lab-assistent) Dag2 Screening av kolonier med PCR Analys av transformanter på agarosgel Figur 1: Flödesschema över de olika momenten i projektlaborationen 3
4 Amplifiering av gen med PCR Frågeställningar/funderingar: Utgående från primersekvensen, ge förslag på lämplig PCR cykel Vad händer om annealingtemperaturen är för hög? Respektive för låg? Uppskatta det molära förhållandet mellan vektor DNA och primer, hur stort är överskottet? Hur beräknas smältpunkten för primers? Vad bör man tänka på vid designen av primers? DNA: 1 µl Primer_forward: 1 µl Primer_reverse: 1 µl 10X dntp-mix: 2 µl 10X Reaktionsbuffert: 2 µl H 2 O: 12 µl Taq polymeras: 1 µl Totalvolym: 20 µl Tag ut 5 µl för analys på agarosgel efter reaktionen, resten används för restriktionsklyvning. T.A Brown Gene Cloning and DNA analysis, 4 th edition, sid Promegas, Protocols and application guide sid
5 Restriktionsklyvning Frågeställningar/funderingar: Vad innebär 1 Unit? Vid vilken temperatur och hur länge ska reaktionen ske? Hur sker inaktivering av enzymerna? Vad händer om man INTE inaktiverar enzymerna? Vad bör man tänka på i val av reaktionsbuffert då man har två olika restriktionsenzymer i blandningen? Vilka kontroller bör ingå för att veta att bägge enzymerna har fungerat? Restriktionsklyvning av vektor/fragment: DNA: (1µg) X µl Restriktionsenzym NcoI: 1 µl Restriktionsenzym HindIII: 1 µl 10X Reaktionsbuffert: 2 µl H 2 O: Y µl Totalvolym: 20 µl Tag ut 5 µl för analys på agarosgel, resterande volym renas med lämpligt reningskit. T.A Brown Gene Cloning and DNA analysis, 4 th edition, sid Promegas, Protocols and application guide sid
6 Rening av DNA Vid all manipulering av DNA såsom PCR amplifiering eller restriktionsklyvning behöver DNA:t renas efter reaktionen. Reningen tjänar flera syften, man blir av med överskott av t.ex. primer och restriktionsenzymer, reaktionsbufferten byts ut mot H 2 O och man får även en koncentrering av sitt prov. I denna projektlaboration kommer vi att använda oss av två olika kommersiella kit för att rena DNA. Både kit:en bygger på att DNA:t binds till en fast matris och sedan elueras ut i liten volym sterilt H 2 O.Anledningen till att man använder två kit är deras olika bindningsförmåga. Det kit som används för PCR produkten (QIAgen minelute PCR purification kit) binder DNA fragment i storleken bp medan det kit som används för rening av vektorn (QBiogene Geneclean II ) endast binder DNA fragment i storleken bp Rening av PCR produkt efter amplifiering och efter klyvning (QIAgen minelute PCR purification kit) 1) Tillsätt 5 volymer av PB-buffert till reaktionsblandningen. 2) Centrifugera 1 min i minelute kolonnen för att binda in DNA. 3) Kasta lösningen och tillsätt 750 µl tvättlösning, centrifugera 1 min och kasta lösningen. 4) Centrifugera kolonnen torr för få bort ev. överflödig tvättlösning. 5) Tillsätt 10 µl H 2 O och låt stå 1 min. Överför minelute kolonnen till ett nytt epp.rör och centrifugera 1 min. 6) Provet finns nu i epp.röret och är klart att användas för ligering. Rening av vektor efter klyning (QBiogene Geneclean II ) 1) Tillsätt 3 volymer NaI. 2) Tillsätt 5 µl väl resuspenderad glassmilk. 3) Centrifugera 5 sek. 4) Tillsätt 3 x 700 µl New wash tvätttlösning. Centrifugera 5-10 sek mellan tvättarna och kasta supernatanten. 5) Låt pelleten torka i 5-10 min efter sista tvätten. 6) Tillsätt 10 µl H 2 O och centrifugera 30 sek. 7) Överför supernatanten till ett nytt epp.rör och provet är nu klart att användas för ligering. T.A Brown Gene Cloning and DNA analysis, 4 th edition, sid Promegas, Protocols and application guide sid
7 Frågeställningar/funderingar: Agarosgelelektrofores Vilka kontroller bör vara med vid elektroforesen Vad händer om du har för låg respektive för hög spänning vid elektroforesen? Vad bör du tänka på vid preparativt agarosgelarbete? Vilken koncentration på agarosgelen ska du använda? Gjutning av agarosgel 1) I en 250 ml flaska tillsätts g agaros och 10ml 10x TBE buffert och spädes med vatten till totalvolymen 100ml. 2) Värm agarosgelen tills den är helt flytande, i ett vattenbad eller i mikrovågsugn. Låt blandningen svalna en stund (till ca 60 o C) och gjut agarosgelen. Låt gelen svalna i minst 30 minuter. Elektroforetisk separation av DNA 1) Blanda 4 µl laddningsbuffert med 5µl DNA och 11µl H 2 O. 2) Blanda också 1µl molekylviktsstandard med 4 µl laddningsbuffert och 15µl vatten. 3) Lägg agarosgelen i elektroforesapparaten och fyll på med 1x TBE buffert, så att det täcker gelen. 4) Applicera sakta och försiktigt proverna i provbrunnarna med en automatpipett (de ska sjunka ned i botten på brunnen). 5) Separera DNA fragmenten genom att lägga på en spänning ~100 Volt. Kom i håg att DNA är negativt laddat. 6) När den blåa markören har nått ca 2/3 ner på gelen avbryts elektroforesen och DNA fragmenten infärgas med etidiumbromid. Etidiumbromid som interkalerat med DNA kan ses genom att gelen belyses med nm ljus på en transluminator. Skydda ögonen genom att använda skyddsglasögon och använd handskar vid arbete med Etidiumbromid. 7) Fotografera av gelen och uppskatta mängden DNA ni har erhållit. T.A Brown Gene Cloning and DNA analysis, 4 th edition, sid
8 Frågeställningar/funderingar: Ligering av vektor och PCR fragment Vilket molärt förhållande mellan vektor och fragment ska det vara vid reaktionen? Hur vet man mängden DNA? Hur lång ligeringstid och vid vilken temperatur? Vad bör man tänka på vid ligering av blunt-ends istället för sticky-ends? Vilka kontroller bör vara med ligeringsreaktionen? Vad innebär 1 Unit? 1) Tag ~50ng vektor och 3-faldigt molärt överskott av PCR produkt. Justera volymen till 10 µl med H 2 O. 2) Tillsätt 10 µl 2 X quick Ligation buffer och blanda. 3) Tillsätt 1 µl Quick T4 DNA ligas och blanda noggrant, centrifugera blandningen några sekunder. 4) Inkubera i rumstemperatur 5-15 min. 5) Ställ blandningen på is. 6) Transformera ligeringsblandningen eller frys ned -20 C för transformering senare. T.A Brown Gene Cloning and DNA analysis, 4 th edition, sid Promegas, Protocols and application guide sid
9 Transformering av vektor efter ligering Frågeställningar/funderingar: Vilka kontroller bör vara med ligeringsreaktionen? 1) Tina de superkompetenta XL1-blue cellerna portionerade i 50µl:s portioner. 2) Till varje 50µl:s portion av superkompetenta celler tillsätts 1-5µl av prov, kontroll eller transformationskontroll. 3) Blanda försiktigt med pipettspetsen och inkubera på is 30 minuter. 4) Värmechocka cellerna genom att placera rören i värmeblock 45 sekunder vid 42 C, placera sedan rören på is i 2 minuter. 5) Tillsätt 200µl av förvärmt (42 C.) NZY + Broth odlingsmedium och inkubera transformationsreaktionen 1 timme i 37 C. 6) Tag µl av den inkuberade blandningen och sprid på agarplatta. 7) Dagen efter transformation (ca 16 timmar) kontrolleras transformationsgraden. Räkna antalet kolonier på de olika agarplattorna. T.A Brown Gene Cloning and DNA analysis, 4 th edition, sid Promegas, Protocols and application guide sid , 51, 174 9
10 Analys av transformanter För att säkert kunna hitta transformanter med klonad gen finns ett antal olika metoder. Den allra bästa är att göra plasmidpreparation på ett antal kolonier och sedan bestämma DNA sekvensen på de olika klonerna. Då denna metod är något omständlig ska vi prova att göra koloni screening med PCR. Denna metod bygger på att ett antal kolonier från agarplattan (1 koloni i varje rör) förs över till ett rör och DNA innehållet amplifieras med PCR. Då vi använder samma primers som vi använde för att isolera genen kommer vi att kunna identifiera de kolonier som har genen insatt i vektorn. 1) Blanda följande lösningar i PCR rör (1 rör för varje koloni, märk rören noggrant) Primer_forward: 1 µl Primer_reverse: 1 µl 10X dntp-mix: 2 µl 10X Reaktionsbuffert: 2 µl H 2 O: 12 µl Totalvolym: ~20 µl 2) Plocka en koloni med tandpetare och ympa ned i PCR röret. 3) Värm PCR röret 95 C i 5 min. 4) Tillsätt 1 µl Taq polymeras, blanda med kort centrifugering. 5) Amplifiera DNA:t med samma PCR cykel som ni använde för att isolera genen. 6) Efter avslutad PCR tillsätts 4 µl laddningsbuffert och proverna analyseras på agarosgel. 10
11 Appendix Primer_forward: 5 -CGC GCG CGC GCC ATG GGA GTC TTT AGC AAG TGT GAG-3 Primer_reverse: 5 - GCCGGC CGG AAG CTT TCA TCA CAG GTT GCA GCT CGC 3 Figur 2: Primers för PCR amplifiering. Understruket indikerar restriktionssiten och baser i kursiv stil den del av primer som binder till genen. 5 ATGGGAGTCTTTAGCAAGTGTGAGCTGGCCCACAAGCTGAAAGCCCAG GAGATGGATGGATTCGGCGGATACAGCCTGGCCAACTGGGTGTGTATGGC CGAGTACGAGAGTAACTTCAACACCCGAGCTTTCAACGGAAAAAACGCA AACGGGAGCTCAGATTACGGCCTGTTCCAGCTGAACAACAAGTGGTGGTG CAAGGATAACAAGCGAAGCTCCTCGAACGCCTGCAACATCATGTGCTCAA AGCTGCTGGACGAGAACATAGACGATGACATCTCCTGCGCGAAGCGAGTC GTCCGAGATCCAAAGGGCATGAGCGCGTGGAAGGCCTGGGTCAAGCACT GCAAGGACAAGGACCTGAGCGAGTACCTGGCGAGCTGCAACCTGTGATG AAA-3 Figur 3: DNA sekvens av genen som ska amplifieras med PCR. Länkar: 1. New England Biolabs hemsida om restriktionsenzymer: 2. QIAgen minelute PCR purification kit: on/minelute/ _hb_qq_minelute_0604.pdf 3. Geneclean II Qbiogene: 4. New England Biolabs hemsida om quick ligation kit: 11
Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2011/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering
Läs mer/LGM. Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores
2008-01-18/LGM Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores Syfte: Med två olika DNA extraktionsmetoder försöka få fram tillräckligt mycket celler
Läs merLinköpings Universitet. Lägesspecifik Mutagenes av proteiner
IFM/Kemi Linköpings Universitet Augusti 2007/LGM Lägesspecifik Mutagenes av proteiner Lägesspecifik mutagenes Introduktion In vitro lägesspecifik mutagenes är en ovärderlig teknik för att t.ex. studera
Läs merLinköpings Universitet. Laboration i genteknik
IFM/Kemi Linköpings Universitet Maj 2008/LGM Laboration i genteknik Restriktionskarta av pcantab Restriktionsklyvning samt separation av DNA-fragment mha agarosgelelektrofores Material: pcantab (minst
Läs merLinköpings Universitet. Lägesspecifik mutagenes av proteiner
IFM/Kemi Augusti2011/LGM Linköpings Universitet Lägesspecifik mutagenes av proteiner Figur1. Flödesschema över lägesspecifik mutagenes laboration. Lägesspecifik mutagenes Introduktion In vitro lägesspecifik
Läs merTFKE32/TFKI09/9KEA21. Laboration i Genteknik
TFKE32/TFKI09/9KEA21 Laboration i Genteknik Denna laboration består av tre delar: A. Restriktionsklyvning av plasmiden pcantab samt konstruering av restriktionskarta. B. Preparation av plasmiden pcantab
Läs merLAB 12. Preparation och analys av plasmid-dna från E.coli
Institutionen för biokemi och biofysik LAB 12 Preparation och analys av plasmid-dna från E.coli Basåret 2012 (finns på basårshemsida: www.kemi.su.se, välj Basår) INTRODUKTION I denna laboration ska vi
Läs merLaboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR
Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia
Läs merGenkloning och PCR av tetracyklinresistensgen. från pacyc184 till puc19
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184 till puc19 Årskull: Laborationsrapport i Molekylärbiologisk laboratoriemetodik, termin 3
Läs merLaboration DNA. Datum:16/11 20/ Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson
Laboration DNA Datum:16/11 20/11 2015 Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson Material och metod Materiallista hänvisas till labhandledning s.3 (BIMA15 ht 2015, Lab III: DNA.) Uppsamling
Läs merGenkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184 Årskull: Laborationsrapport i molekylärbiologisk labmetodik, termin 4 Laborationsdatum: Inlämnad:
Läs merDNA-labb / Plasmidlabb
Översikt DNA-labb Plasmidlabb Preparation och analys av -DNA från Escherichia coli Varför är vi här idag? Kort introduktion till biokemi och rekombinant DNA- teknologi Vad skall vi göra idag? Genomgång
Läs merPolymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction The Polymerase Chain Reaction Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt Från kursplan: Studenten skall kunna: förklara grundläggande principer
Läs merExpression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis
UNIVERSITETET I LINKÖPING Proteinkemi Kemiavdelningen 2011-02-04 Expression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis Produktion av FABP i E. coli bakterier
Läs merLaboratoriemetod för att manuellt rena DNA från ett prov på 0,5 ml
Laboratoriemetod för att manuellt rena DNA från ett prov på 0,5 ml För att rena genomiskt DNA från insamlingssatser tillhörande Oragene och ORAcollect -familjerna. Besök vår hemsida, www.dnagenotek.com,
Läs merChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.
Bruksanvisning revision 7 (Februari 2009) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning
Läs merChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.
Bruksanvisning revision 6 (December 2008) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning
Läs merInstitutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3
Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3 Laborationsdatum: 17 22 november 2010 Grupp: 2 Projekt: Rening och
Läs merMångfaldigande av mänskligt mitokondrie-dna
John Schollar och Andy Harrison NCBE, The University of Reading Mångfaldigande av mänskligt mitokondrie-dna Syfte Med denna procedur kan du mångfaldiga ett 460 baspar långt stycke DNA, som finns i kontrollregion
Läs merLadokkod: TK151C Tentamen ges för: Bt3. Namn: Person nummer: Tentamensdatum: 17/12 2012. Tid: 09:00-13:00. Hjälpmedel
Molekylärbiologi 7.5 ECTS Ladokkod: TK151C Tentamen ges för: Bt3 Namn: Person nummer: Tentamensdatum: 17/12 2012 Tid: 09:00-13:00 Hjälpmedel Tillåtna hjälpmedel är lexikon. Dock EJ elektroniskt lexikon
Läs merLaborationer i Cellbiologi med biokemi Lab 6-10
Laborationer i Cellbiologi med biokemi Lab 6-10 Biomedicinprogrammet, termin 2 VT 2013 2 Innehållsförteckning Ordnings- och säkerhetsföreskrifter 3 6: Odling av bakterier 4 7: Polymerase Chain Reaction
Läs merBIOLOGISK SYNTES AV PROTEIN
UMEÅ UNIVERSITET LABORATIONSHANDLEDNING Biokemi Farmaceutisk kemi 1 Lars Backman 2011-09-09 BIOLOGISK SYNTES AV PROTEIN Utblick Våra gener innehåller all information som behövs för att tillverka en ny
Läs merExpression of recombinant protein including an. His-tag to facilitate purification for diagnosis of. CCHF and Lassa viruses
Examensarbete 10 poäng C-nivå Vt. 2006 Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi Biomedicinska analytikerprogrammet Expression of recombinant protein including an His-tag to facilitate purification
Läs merKonstruktion av reporterplasmider innehållande möjliga promotorregioner för kloratreduktas respektive kloritdismutas från Ideonella dechloratans
1 Faculty of Technology and Science Chemistry David Ölund Konstruktion av reporterplasmider innehållande möjliga promotorregioner för kloratreduktas respektive kloritdismutas från Ideonella dechloratans
Läs merPreparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin
Datum på laborationen: 2010-11-16 Handledare: Alexander Engström Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin Namn/Laborant: Jacob Blomkvist Medlaborant: Emmi Lindgren Antonia Alfredsson
Läs merUndersökning av förekomst av okända virus hos svenska fjällrävar med encefalit
Undersökning av förekomst av okända virus hos svenska fjällrävar med encefalit Helena Thörnvall Handledare: Mikael Berg Inst. för Biomedicin och Veterinär Folkhälsovetenskap, avdelningen för Parasitologi
Läs merSammanställning över alternativ till etidiumbromid
1 (6) Sammanställning över alternativ till etidiumbromid I nedanstående tabeller har leverantörerna VWR, Invitrogen och Sigma-Aldrich lämnat uppgifter om produkter/n de saluför som alternativ till etidiumbromid.
Läs merC V C. Bruksanvisning till Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01. Revision 3. Juli 2014
Dot159v1 Instructions for Use for Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01 Sidan 1 av 8 Bruksanvisning till Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01 Revision 3 Juli 2014 Dot159v1 Instructions for Use
Läs merDNA FRÅN BLOD & KINDCELLER
EQUALIS Användarmöte, Molekylärdiagnostik 2012 Quality Hotel, Ekoxen, Linköping 7 8 november, 2012 DNA FRÅN BLOD & KINDCELLER Majid Osman, kemist, PhD Klinisk kemi, Linköping DNA stabilitet Provtagning
Läs merKloning och rening av GFP
Kloning och rening av GFP Ida Harila Projektarbete 100p Luleå 2012 Handledare: Marcus Wallgren Sammanfattning Upptäckten och användningsområden för det grönt fluorescerande proteinet, GFP har visat ha
Läs merInstuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB
Instuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB Molekylärgenetikdelen 1. Vad är DNA? 2. Vad heter byggstenarna i DNA? 3. Vad är RNA? 4. Vad är en bas, nukleosid, nukleotid
Läs merSverigefinal EUSO 2018: Biologi
Sverigefinal : A. Praktiskt arbete i grupp (1h) Det praktiska arbetet består av laborationerna 1 och 2. Diskutera och fundera tillsammans i gruppen. Fastna inte på någon uppgift för länge! Varje gruppmedlem
Läs merGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCC CTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACC TACGGCGGT TGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGA CCACATGAAGCAGCCGACTTCTTCAAGT CCGCCATTT -35
TAGTTATTAATAGTAATCAATTACG GGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGG AGTTCCGCG TTACAACTTACGGTAAATGGCCGCC TGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCA TTGACGTCA ATATGACGTATGTTCCCATAGTAAC GCCAATAGGGAC TTGACA TTGACGTCAATGGGTGGAG TATAAT
Läs merIsolering och rening av proteinet tiopurinmetyltransferas
Isolering och rening av proteinet tiopurinmetyltransferas Inledning och syfte Proteinet tiopurinmetyltransferas (TPMT) är ett humant enzym vars naturliga funktion ännu är okänd. Proteinet katalyserar överföring
Läs merBIMA15 HT Säkerhetsföreskrifter och kompletterande laborationer 1
BIMA15 HT 2015. Säkerhetsföreskrifter och kompletterande laborationer 1 Innehåll: 1. Säkerhet på labbet 2. Övning: spädning och spektrofotometer 3. Övning: att väga och ställa ph 4. Labrapport Laborationerna
Läs merKopiera DNA med hjälp av PCR-metoden. Niklas Dahrén
Kopiera DNA med hjälp av PCR-metoden Niklas Dahrén Först lite allmän kunskap om kromosomer, DNA, gener etc. Varje kromosom består av en lång DNAmolekyl som är lindad runt histoner En gen är en liten del
Läs merUndersökning av Ammoniumoxiderande Arkéer i reningsverks slam
MÄLARDALENS HÖGSKOLA Akademin för hållbar samhälls- och teknikutveckling Undersökning av Ammoniumoxiderande Arkéer i reningsverks slam Nuha Moses Matti Examensarbete, 15 poäng, 2009 Handledare vid Mälardalens
Läs merLärarhandledning gällande sidorna 6-27 Inledning: (länk) Läromedlet har sju kapitel: 5. Celler och bioteknik
Senast uppdaterad 2012-12-09 55 Naturkunskap 1b Lärarhandledning gällande sidorna 6-27 Inledning: (länk) Celler och bioteknik C apensis Förlag AB Läromedlet har sju kapitel: 1. Ett hållbart samhälle 2.
Läs merSyntes av acetylsalicylsyra (aspirin)
1 Syntes av acetylsalicylsyra (aspirin) Acetylsalicylsyra har länge varit ett av de mest använda läkemedlen och marknadsförs under många handelsnamn. Det lanserades 1899 under namnet Aspirin av det tyska
Läs merMolekylärgenetiskt verktyg för diagnos av T- resp. B-cellslymfom i vävnad/paraffin Diagnostik av Lymfom. Olika ingångar för B-, resp. T-cellslymfom Metodiker: - Morfologi (Mikroskopi) - Immunohistokemi
Läs merAnalys av nukleinsyra. Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls
Analys av nukleinsyra Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Studietips Detta kompendium är INTE en lärobok. Det är inte meningen att man skall kunna läsa kompendiet och förstå innehållet. Ni
Läs merPreparation av hemoglobin med hjälp av gelfiltrering
Preparation av hemoglobin med hjälp av gelfiltrering Teori Vid preparation av ett protein används en rad olika metoder för att specifikt rena fram det önskade proteinet. I vårt fall ska hemoglobin från
Läs merIdentifiering av en genetisk markör för könsbestämning av Gasterosteus aculeatus
Identifiering av en genetisk markör för könsbestämning av Gasterosteus aculeatus 1 Sammanfattning Arbetets uppgift var att identifiera en DNA-sekvens som skulle kunna finnas hos storspiggens könsbestämningsregion.
Läs merDetektion av Streptococcus agalactiae (GBS) från selektiv odlingsbuljong med MALDI-TOF och illumigene
Detektion av Streptococcus agalactiae (GBS) från selektiv odlingsbuljong med MALDI-TOF och illumigene Emma Sjöberg Handledare: Martin Sundqvist, M.D., Ph.D. Avdelningen för Klinisk mikrobiologi Karlskrona,
Läs merDNA-LABORATION Southern blot / PCR
Författare: xxx, yyy, zzzz, nnn Grupp: NR, DFM1, termin??? Namn och OBS student e-mail för de medlemmar i gruppen som godkänt rapporten skall stå på framsidan. DNA-LABORATION Southern blot / PCR Stockholm
Läs merBiologi breddning (mikrobiologi och immunologi) Kurskod: BI 1203-A Poäng: 50 Program: Förkunskapskrav: Biologi A och Biologi B
KURSBESKRIVNING Ämne: Biologi Kurs: Biologi breddning (mikrobiologi och immunologi) Kurskod: BI 1203-A Poäng: 50 Program: NV Förkunskapskrav: Biologi A och Biologi B Mål Kurserna Biologi breddning A och
Läs merPersonnummer. DUGGA Molekylärbiologi T3 / HT p (G = 24 p)
KORTSVARSFRÅGOR 1. Restriktionsenzymet HindIII klyver sekvensen 5 -AAGCTT-3 och lämnar ett fyra basers 5 -överhäng. Rita ut hur DNA-ändarna ser ut på ett fragment som klyvts med HindIII. (2p) SV: 5 -A
Läs merProjektarbete 100p Carl Jaede 2010-05-07
[Type text] [Type text] [Type text] Abstract This report describes the procedure and result of a laboratory experiment where GFP has been cloned inside living bacteria. It also contains a large theoretical
Läs merStrain or plasmid Genotype Reference or source 2 Salmonella enterica 1 TR6583; formerly SA2929 mete205 ara-9 K. Sanderson via J.
SUPPLEMENTAL INFORMATION Structure and Mutational Analysis of the Archaeal GTP:AdoCbi-P Guanylyltransferase (CobY) from Methanocaldococcus jannaschii: Insights into GTP Binding and Dimerization. Sean A.
Läs merGlukosdehydrogenas. Laktos och Galaktos. Enzymatisk bestämning i livsmedel
Glukosdehydrogenas Laktos och Ga. Enzymatisk bestämning i livsmedel Innehållsförteckning 1. Ändamål och Användningsområde...1 2. Princip...1 3. Reagens...1 3.1 Citratbuffert...1 3.2 NAD-Citratbuffert...2
Läs merOptimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier
Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier Paula Mölling, Molekylärbiolog, Docent Bianca Törös, Daniel Golparian, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling Laboratoriemedicinska länskliniken, Molekylärdiagnostik
Läs merTentamen i Cellbiologi med Biokemi
Del 1, Del 2, Totalt Tentamen i Cellbiologi med Biokemi 5 juni 2013 CMB 22,5 hsp Biomedicinarprogrammet U / G / VG Instruktioner: Märk alla papper med din tentamenskod. Ev extrablad dessutom med datum,
Läs merKloning av möjlig promotorsekvens uppströms kloritdismutas i Ideonella dechloratans.
Kloning av möjlig promotorsekvens uppströms kloritdismutas i Ideonella dechloratans. Cloning of a possible promoter sequence upstream of chlorite dismutase in Ideonella dechloratans. Lisa Ljungberg Faculty
Läs merFörordning nr 765/2002, benfria styckningsdelar av nötkött, exportbidrag [2241]
Förordning nr 765/2002, benfria styckningsdelar av nötkött, exportbidrag [2241] Kommissionens förordning (EG) nr 765/2002 av den 3 maj 2002 om provtagning och antagande av vissa föreskrifter för fysisk
Läs merKloning och expression av arsr från Ideonella dechloratans
Kloning och expression av arsr från Ideonella dechloratans - Cloning and expression of arsr from Ideonella dechloratans Bartal Fimti Mikladal Fakulteten för Hälsa, Natur- och teknikvetenskap Biovetenskapliga
Läs merEn studie över förekomsten av genuttryck för enzym i biosyntesen av malarialäkemedlet artemisinin hos Artemisia vulgaris och Artemisia absinthium
Fakulteten för hälso- och livsvetenskap Examensarbete En studie över förekomsten av genuttryck för enzym i biosyntesen av malarialäkemedlet artemisinin hos Artemisia vulgaris och Artemisia absinthium 1
Läs merRapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo
KDB 541/11: Rapport 1 Rapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo Jämförelse av två inlämningsmetoder 212-1-26 Innehållsförteckning 1. Bakgrund 3 2. Metod 3 3. Resultat 3 4. Slutsats
Läs merProv Genetik. Max: 8G+7VG+2MVG G: 7G VG: 7G+4VG MVG: 8G+4VG+1MVG
Prov Genetik Namn: Max: 8G+7VG+2MVG G: 7G VG: 7G+4VG MVG: 8G+4VG+1MVG 1. Vad kallas den delning som ger upphov till haploida könsceller (G) (a) Mitos (b) Milos (c) Meilos (d) Meios 3. Polymera gener (polygener)
Läs merBASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. GENETISK INFORMATION 191-210 (sid. 157-177)
BASÅRET KEMI B BIOKEMI GENETISK INFORMATION 191-210 (sid. 157-177) DNA/RNA, Transkription, Translation VAR I CELLEN SKER DETTA? Replikation - kopiering av DNA, sker i cellkärnan Transkription - avläsa
Läs merDNA-ordlista. Amplifiera: Att kopiera och på så sätt mångfaldiga en DNA-sekvens med hjälp av PCR.
DNA-ordlista Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra. Detta gör att man kan urskilja var och hur mycket de skiljer sig från varandra, vilket är ett av de mest grundläggande sätten att analysera
Läs merfå se en naturvetenskaplig forskningsmiljö och träffa människorna i den miljön.
Martin Andersson 780920-1978 Kurs 3, Professionen Lärarutbildningen Malmö högskola NO-relaterat studiebesök Jag tänkte att mina gymnasieelever skulle få göra ett studiebesök på en universitetsavdelning
Läs merJANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND
MPCR Multiplex Polymerase Chain Reaktion JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND Vad är multiplex PCR Variant av PCR Möjliggör samtidigt att amplifiera (masskopiera) många målsekvenser i en enda reaktion.
Läs merAnrikning med Illumina Nextera XT sekvenseringsbibliotek. Jesper Aspelin
Anrikning med Illumina Nextera XT sekvenseringsbibliotek Jesper Aspelin Examensarbete, 15 hp Biomedicinsk analytikerprogrammet, 180 hp VT 2017 Institutionen för Klinisk mikrobiologi Biomedicinsk laboratorievetenskap
Läs merLeucosep-rör LTK.615 BIPACKSEDEL. För in vitro-diagnostik PI-LT.615-SE-V3
Leucosep-rör LTK.615 BIPACKSEDEL För in vitro-diagnostik PI-LT.615-SE-V3 Bruksanvisning Avsedd användning Leucosep-rör är avsedda att användas vid insamling och separation av perifera mononukleära celler
Läs merPersonnummer. DUGGA Molekylärbiologi T3 / HT p (G = 28 p)
KORTSVARSFRÅGOR 1. Restriktionsenzymet KpnI klyver sekvensen 5 -GGTACC-3 och lämnar ett fyra basers 3 -överhäng. Enzymet BamHI klyver sekvensen 5 -GGATCC-3 och lämnar ett fyra basers 5 överhäng. Ange det
Läs mer18-19 december 2006 Christina Fjæraa Doktorand, avd för kemi och biomedicinsk vetenskap Karlstads Universitet
18-19 december 2006 Christina Fjæraa Doktorand, avd för kemi och biomedicinsk vetenskap Karlstads Universitet Christina.fjaeraa@kau.se 054-7001687 Immunologi Laboration; Epstein Barr Virus (EBV) serologi.
Läs merRening av proteiner: hur och varför?
Rening av proteiner: hur och varför? (och lite biologiska grunder) Joakim Norbeck! norbeck@chalmers.se! Grunder! Plasmider! Protein-rening! Detektion!!!!! Mest relevanta sidor i "Cell" är 510-518 & 532-552!
Läs merMaxwell 16 Blood DNA Purification System
Teknisk manual Maxwell 16 Blood DNA Purification System Varning - hantera kassetterna med försiktighet, förseglingens kanter kan vara vassa. 2800 Woods Hollow Rd. Madison, WI USA Medicinsk utrustning för
Läs merBruksanvisning till Biofortuna SSPGo TM HLA Typing Kits. CE revision 5, januari 2014
DOT119v8: Bruksanvisning till Biofortuna SSPGo TM HLA Typing Kits. CE revision 5 Sida 1 av 12 1. Användningsområde Bruksanvisning till Biofortuna SSPGo TM HLA Typing Kits CE revision 5, januari 2014 Biofortuna
Läs merIntroduktion till laboration Biokemi 1
Introduktion till laboration Biokemi 1 Annica Blissing IFM Biochemistry Upplägg Laborationen sträcker sig över flera tillfällen Isolering, gelfiltrering, absorbansmätning och påvisande av sulfat Provberedning,
Läs merEtylacetat är lättantändligt, ingen öppen låga eller elplatta i närheten.
1 Isolering av koffein Koffein är en organisk förening som finns i bl.a. kaffe och te. Den hör till gruppen alkaloider. Kaffets uppiggande verkan beror på koffeinet. I en kopp medelstarkt kaffe finns 80-100
Läs merTentamen i Molekylär Cellbiologi
Tentamen i Molekylär Cellbiologi 1 juni 2007 MCB 13p Biomedicinarprogrammet Märk alla papper med din tentamenskod. Extrablad ska dessutom märkas med MCB och frågans nummer. Frågorna skall besvaras på frågebladet.
Läs merEXPERIMENTELLT PROV
EXPERIMENTELLT PRV 2010-03-17 Provet omfattar 2 uppgifter som redovisas enligt anvisningarna. Provtid: 180 minuter. jälpmedel: Miniräknare. BS! EJ tabell- och formelsamling Börja redovisningen av varje
Läs merGRÅÄRTERS BLOMNING - En studie i hur geografiskt ursprung påverkar den genetiska variationen
PROJEKTARBETESRAPPORT Läsåret 2010/2011 GRÅÄRTERS BLOMNING - En studie i hur geografiskt ursprung påverkar den genetiska variationen Projektgrupp: Louise Dahlin, Sanna Renius och Frida Ulander, NV3E Handledare:
Läs merBIMA12/13 ht 2012, Introduktionslab. 1. Teoretisk introduktion till laborativt arbete
BIMA12/13 ht 2012, Introduktionslab Innehåll: 1. Teoretisk introduktion till laborativt arbete 2. Praktisk labintroduktion 3. Labrapport 4. Bilaga: Kemiska hälsorisker i dagens laborativa arbete inom området
Läs merCirkulerande cellfritt DNA
Cirkulerande cellfritt DNA - en introduktion Anne Ricksten Equalismöte 2016-11-14 Vad är cirkulerande fritt DNA (cfdna)? Extracellulärt DNA som finns i cirkulationen Fragmenterat DNA, medelstorlek på ca
Läs merFramställning av M1-protein med hjälp av E. coli-bakterier
Framställning av M1-protein med hjälp av E. coli-bakterier Serhat Aktay SerhatAktay@gmail.com Sebastian Valenzuela Sebastian.Valenzuela@live.se Forskningsmentor Robert Daniels, Forskarassistent Institutionen
Läs merCellcykel/Celldöd. Laborationsrapport 20/2-14. Basgrupp 1
Cellcykel/Celldöd Laborationsrapport 20/2-14 Basgrupp 1 Louise Andersson Alexander Barhebreus Pontus Boberg Amanda Dahl Simon Ingves Christina Larsson Kajsa Lethin Thea Wennman Syfte Se skillnad på hur
Läs mer30. Undersökning av aminosyror i surkål
30. Undersökning av aminosyror i surkål VAD GÅR LABORATIONEN UT PÅ? Du ska l ära dig tekniken vid tunnskiktskromatografi, TLC undersöka vad som händer med proteinerna och polysackariderna vid mjölksyrajäsning
Läs merMaxwell 16 Viral Total Nucleic Acid Purification System BRUKSANVISNING FÖR PRODUKTEN AS1155.
Maxwell 16 Viral Total Nucleic Acid Purification System BRUKSANVISNING FÖR PRODUKTEN AS1155. Varning - hantera kassetterna med försiktighet, förseglingens kanter kan vara vassa. 2800 Woods Hollow Rd. Madison,
Läs merMolekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter Vad, När, Var och Hur? Jessica Ögren Länssjukhuset Ryhov Juni 2012 Molekylärbiologiska metoder De senaste två decennierna har molekylärbiologiska tekniker
Läs merSTOCKHOLMS UNIVERSITET INSTITUTIONEN FÖR BIOLOGISK GRUNDUTBILDNING
STOCKHOLMS UNIVERSITET INSTITUTIONEN FÖR BIOLOGISK GRUNDUTBILDNING TENTAMEN Kurs: Prokaryot cell- och molekylärbiologi (PCMB) Datum: 2006-10-07 kl. 9-12 Visat betald terminsräkning och legitimation signatur
Läs merCentrum för genetisk identifiering Fisk, kräftor och musslor som edna metod och fältprover
RAPPORT Datum Dnr 1(11) 2016-12-31 4.1-33-2015, 4.1-728-2015 (NRM). SLU.aqua.2015.5.1-188 (SLU) Centrum för genetisk identifiering Fisk, kräftor och musslor som edna metod och fältprover Postadress: Besöksadress:
Läs merNUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra
NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra Monomererna som bygger upp nukleinsyrorna kallas NUKLEOTIDER. En nukleotid består av tre delar: en kvävebas
Läs merSeparation av plasmaproteiner med elektrofores, HYDRAGEL PROTEIN(E) K20
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Separation av plasmaproteiner med elektrofores, HYDRAGEL PROTEIN(E) K20 Årskull: Laborationsrapport i Klinisk laboratoriemetodik 1, termin 4 Laborationsdatum:
Läs mer1. Tvålframställning Kemikalie/formel:
1. Tvålframställning Kemikalie/formel: A: NaOH Natriumhydroxid B: Cocosfett C: Gasol A B C D Aggregationstillstånd flytande fast gas koncentration/mängd Farosymbol/-klass Informationskälla 2M Frätande
Läs merImmunologi. Laboration; Epstein Barr Virus (EBV) serologi. Oxblodshemolysat test (OCH) Epstein Barr Virus ELISA (EBNA)
Immunologi Laboration; Epstein Barr Virus (EBV) serologi. Oxblodshemolysat test (OCH) Epstein Barr Virus ELISA (EBNA) 1 OCH Referenser. Jawas et al: Medical Microbiology. Delves, Martin, Burton and Roitt:
Läs merDNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores. Niklas Dahrén
DNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores Niklas Dahrén Användningsområden för DNA-analys Ta reda på vems DNA som har hittats på en brottsplats. Faderskapsanalys. Identifiera
Läs merPROGENSA PCA3 Urine Specimen Transport Kit
Läkaranvisningar PROGENSA PCA3 Urine Specimen Transport Kit För in vitro-diagnostiskt bruk. Endast för USA-export. Anvisningar 1. Det kan underlätta att be patienten dricka rikligt med vatten (cirka 500
Läs merTENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2012-10-23 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-9: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 10-11: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30 poäng =
Läs merImport och exportföreskrifter/jordbruksverkets licensområde m.m. 1
Import och exportföreskrifter/jordbruksverkets licensområde m.m. 1 Kommissionens förordning (EG) nr 765/2002 av den 3 maj 2002 om provtagning och antagande av vissa föreskrifter för fysisk kontroll av
Läs merSnabb DNA extraktion för Point-of-Care sekvensering och analys
Snabb DNA extraktion för Point-of-Care sekvensering och analys Johanna Saedén Examensarbete, 15 hp Biomedicinsk analytikerprogrammet, 180 hp VT 2017 Institutionen för Klinisk mikrobiologi Biomedicinsk
Läs merRiskbedömning avdelningen för Evolutionsbiologi Uppsala Universitet, EBC Norbyvägen 18 D, Uppsala
1 (16) Riskbedömning avdelningen för Evolutionsbiologi Uppsala Universitet, EBC Norbyvägen 18 D, Uppsala Risk-undersökning utförd -03-18 Deltagare: Malin Johansson Gunilla Kärf -05-03 Malin Johansson Gunilla
Läs merBruksanvisning för SURVEYOR Scan NRAS Kit Exons 2, 3 & 4 CE IVD
1 Tillverkare Bruksanvisning för SURVEYOR Scan NRAS Kit Exons 2, 3 & 4 CE IVD för DHPLC-system Läs dessa anvisningar noga innan du använder produkten. Spara denna bruksanvisning för framtida bruk. Denna
Läs merErik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi
Diagnostik VTEC/EHEC Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi SVA Tänker prata om VTEC / EHEC Sjukdomsframkallande faktorer PCR Magnetiska kulor (Immunomagnetisk separation) Diagnostik de vanligaste
Läs merUTVECKLING AV EN PCR METOD FÖR IDENTIFIERING AV NYUPPTÄCKTA MJÖLKSYRABAKTERIER
Hälsa och samhälle UTVECKLING AV EN PCR METOD FÖR IDENTIFIERING AV NYUPPTÄCKTA MJÖLKSYRABAKTERIER MARIA CELANDER Examensarbete Biomedicinsk Laboratorievetenskap Malmö högskola 15 hp Hälsa och samhälle
Läs merDetektion av Endosymbionter hos insekter via PCR, kloning och sekvensering
MÄLARDALENS HÖGSKOLA Akademin för hållbar samhälls- och teknikutveckling Detektion av Endosymbionter hos insekter via PCR, kloning och sekvensering Shaheen Rahman Examensarbete, 15 hp Handledare: Carl
Läs merCSI - Katte DNA-fingerprinting Välkänt från polisarbete. Metoden föddes 1985 i England. Från början krävdes stora mängder DNA, men nu funkar även mycket små mängder. DNA-sekvens Användning Metoden
Läs merMordet i salladsdisken - utveckling av en PCR-baserad laboration för Gymnasiet
Beteckning: Institutionen för matematik, natur- och datavetenskap Mordet i salladsdisken - utveckling av en PCR-baserad laboration för Gymnasiet Niklas Hedqvist Ht-2008 10p C-nivå Lärarprogrammet 180p
Läs merNya avtal biomedicinska produkter FRÅN 1 APRIL 2018
Nya avtal biomedicinska produkter FRÅN 1 APRIL 2018 Gemensam upphandling Upphandlingen gjordes tillsammans med: Chalmers tekniska högskola Göteborgs universitet Linköpings universitet Avtal inom fem olika
Läs mer