Erfarenheter från övergången till den nya typningsmetodiken MIRU-VNTR
|
|
|
- Ebba Pålsson
- för 9 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Erfarenheter från övergången till den nya typningsmetodiken MIRU-VNTR Ramona Groenheit PhD, Mikrobiolog
2 Med molekylära typningsmetoder kan vi: Upptäcka och övervaka utbrott Övervaka behandlingen (reinfektion/reaktivering) Studera global epidemiologi (geografiskt ursprung) Upptäcka korskontaminationer på laboratorier
3 En idealisk typningsmetod borde: Vara billig Vara enkel att utföra Ha mycket hög upplösning Ge snabba resultat Ge resultat som enkelt kan jämföras mellan andra laboratorier
4 b Exempel på molekylära typningsmetoder RFLP spoligotypning MIRU-VNTR Triplex MIRU-VNTR loci Prov X
5 IS6110 Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) På 1990-talet enades man om att RFLP skulle vara golden standard metoden för typning. Metoden bases på polymorphism i IS6110 som finns i olika antal och på olika positioner på kromosomen. RFLP har en hög upplösning och är väldigt reproducerbar. Men metoden kräver stora mängder DNA, är väldigt arbets- och tidskrävande och därmed olämplig när man behöver snabba resultat.
6 IS6110 Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) DNA-extraktion Klyvning med Pvu II Gelelektrofores Analys BioNumerics Hybridisering IS6110
7 Spoligotypning Metoden baseras på polymorphism i direct repeat regionen. Metoden detekterar och differencierar M. tuberculosis komplexet. Metoden är enkel, snabb och reproducerbar. Tyvärr har metoden en låg upplösning. Metoden ger dock information om vilket lineage stammen tillhör och är den metod som bestämmer om någon stam tillhör familjen Beijing.
8 Spoligotypning DNA-extraktion eller lysering PCR-amplifiering av direct repeat regionen Förekomst av spacers visualiseras efter inkubering med streptavidin-peroxidas och kemisk luminiscens Biotininmärkt PCRprodukt hybridiseras till immobiliserade oligonukleotider på ett membran
9 Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology. Brudey, K. et al, (2006) BMC Microbiology.
10 The Guinea-Bissau Family of Mycobacterium tuberculosis Complex Revisited Groenheit R. et al, PLoS ONE (2011)
11 Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit - Variable Number of Tandem Repeats (MIRU-VNTR) Metoden analyserar olika loci som innehåller varierande antal repeats. Det finns ett kommersiellt typningskit för 24 loci (GenoScreen). Metoden är snabb, reproducerbar och har en ganska hög upplösning. MIRU-VNTR har på de flesta håll i världen ersatt RFLP och anses i dag vara ny golden standard.
12 b Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit - Variable Number of Tandem Repeats (MIRU-VNTR) DNA-extraktion eller lysering 24 loci PCR-amplifieras i åtta separata triplexmixer (sex separata quadruplexmixer) De PCR-amplifierade fragmenten separeras med kapillärelektrofores Triplex MIRU- VNTR loci Prov X Fragmenten analyseras i mjukvaran GeneMapper
13 Vilka typningsalgoritmer har använts? På SMI har RFLP använts sedan För isolat med få (>5) IS6110 kopior så anses RFLP ha för dålig upplösning och därför har dessa isolat även spoligotypats.
14 Vilka typningsalgoritmer används nu? På SMI utförs nu sedan mars 2012 spoligotypning och MIRU- VNTR istället. Klusterdefinition = identiskt mönster i spoligo och MIRU-VNTR. Spoligo definerar vilka stammar som tillhör familjen Beijing. Eftersom MIRU-VNTR har dålig upplösning för Beijing-stammar så typas dessa med RFLP.
15 Vad händer när man byter typningsalgoritm? Ny metod = nytt sätt att se på resultaten = ej direkt jämförbart Vilket material ska vi i fortsättningen jämföra mot? Vad göra med den befintliga RFLP-databasen (ca 5000 isolat)? Typa om isolat (alla isolat från 2011, 2010 samt utvalda kluster). Säg till om misstanke finns om samband med ett äldre fall så typar vi om det gamla isolatet med nya typningsalgoritmen!
16 Nationella typningsdatabasen på SMI innehåller i dagsläget RFLP resultat för 4978 svenska isolat Spoligo resultat för 3783 svenska isolat MIRU-VNTR resultat för 1673 svenska isolat
17
18
19 antal nya fall Hittas fortfarande kluster-049? 20 Antal fall tillhörande kluster Svenskfödd Utlandsfödd MIRU-VNTR kluster M-044 ankomstår till SMI
20 Typningsresultaten svaras ut: Till smittskyddsenheterna via SmiNet
21
22
23 Typningsresultaten svaras ut: Till insändande TB-lab i pappersformat via post
24 ERLN-TB European Reference Laboratory Network for Tuberculosis Extern kvalitetskontroll via två olika projekt: Molecular surveillance of MDR-TB in Europe TB-PAN-NET
25 Molecular surveillance of MDR- TB in Europe Deltar i pilotprojekt under 2013 där epidemiologiska data och typningsresultat (spoligo och MIRU-VNTR) för alla MDR-fall kontinuerligt ska rapporteras till ECDC via TESSy för att upptäcka pågående spridning över gränserna. Efter pilotprojektets slut är målet att typningsresultat ska rapporteras för samtliga fall.
26 Tack för att ni lyssnat!
Helgenomsekvensering epidemiologisk typning
Helgenomsekvensering epidemiologisk typning Ramona Groenheit Samordningsansvarig, Mikrobiolog, PhD Enheten för laborativ bakterieövervakning ramona.groenheit@folkhalsomyndigheten.se 2017-09-05 Helgenomsekvensering
Tuberkulos Epidemiologi och resistens. Sven Hoffner
Tuberkulos Epidemiologi och resistens Sven Hoffner Smittskyddsinstitutet Solna Stockholm April 15, 2008. Tuberkulos några obehagliga fakta Tuberkulos är en botbar sjukdom som vi vet hur man kontrollerar,
Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi
Diagnostik VTEC/EHEC Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi SVA Tänker prata om VTEC / EHEC Sjukdomsframkallande faktorer PCR Magnetiska kulor (Immunomagnetisk separation) Diagnostik de vanligaste
NGS för övervakning och utbrottshantering av livsmedelsburna bakterier
NGS för övervakning och utbrottshantering av livsmedelsburna bakterier Informationsdag om NGS Cecilia Jernberg 2016-06-02 Överföring till nya generationen typningsmetodik av de livsmedelsburna smittorna
BCG-utbildningsdag Per Hagstam Lena Melchert-Cacia Smittskydd Skåne
BCG-utbildningsdag 2019-09-26 Per Hagstam Lena Melchert-Cacia Smittskydd Skåne 1 Tuberkulosepidemiologi 2 Tuberkulosincidensen bland svenskfödda i Sverige 1920-2008 700 600 Antal fall per 100,000 500 400
Meningokock-utbrott på scoutläger i Japan
Meningokock-utbrott på scoutläger i Japan Susanne Jacobsson, BMA, PhD Svenska referenslaboratoriet för patogena Neisseria, Laboratoriemedicinska kliniken, Mikrobiologi, Universitetssjukhuset Örebro Nyhetsflödet
Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p.
Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p. Namn: Adress: Resultat: Betyg: Hjälpmedel: Miniräknare. Formelblad med tabell. Skrivtid: 9.00-13.00. Beräkningar och svar ska vara motiverade.
JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND
MPCR Multiplex Polymerase Chain Reaktion JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND Vad är multiplex PCR Variant av PCR Möjliggör samtidigt att amplifiera (masskopiera) många målsekvenser i en enda reaktion.
Molekylär diagnostik av epidemier
Molekylär diagnostik av epidemier Jari Jalava och Laura Lindholm Målet för epidemiologisk utredning av infektionssjukdomar är att få en lägesbild av den infektionsalstrande mikrobens utbredning, smittvägar
Smittspårning utredning av legionellafall och utbrott
Smittspårning utredning av legionellafall och utbrott Ett kapitel i kunskapssammanställningen Legionella i miljön hantering av smittrisker Januari 2015 Innehåll Smittspårning utredning av legionellafall
Tuberkulos 2013. Smittskyddsenheten, Karin Strand 2014-04-02
Tuberkulos 2013 Trend Östergötland Under 2013 rapporterades 28 nya tuberkulosfall i Östergötland, vilket är något färre än 2012 (31 fall). Under ett par år har incidensen i Östergötland varit högre än
Nyheter och pågående arbete EUCAST. Jenny Åhman Erika Matuschek NordicASTs workshop 2015
Nyheter och pågående arbete EUCAST Jenny Åhman Erika Matuschek NordicASTs workshop 2015 Utvärdering av lappar från olika leverantörer Utvärdering av utvalda lappar från 9 leverantörer Leverantörer Abtek
Kopiera DNA med hjälp av PCR-metoden. Niklas Dahrén
Kopiera DNA med hjälp av PCR-metoden Niklas Dahrén Först lite allmän kunskap om kromosomer, DNA, gener etc. Varje kromosom består av en lång DNAmolekyl som är lindad runt histoner En gen är en liten del
Prov kommer inte analyseras om det inte transporteras med en ytterburk som även den märks med patient id!
Sida: 1 av 5 Provtagning Vid misstanke om aktiv lungtuberkulos hos inneliggande patient skall alltid följande prover skickas om Tuberkulos (TB), screening med PCR beställs: 2 separata prover (sputum eller
Minnesanteckningar referenslaboratorier och fåtalsdiagnostik
1 (7) Ärende/Dnr 2013-03-22 Klinisk mikrobiologi Minnesanteckningar referenslaboratorier och fåtalsdiagnostik 1. Vad behöver vi ha hjälp med av andra laboratorier? a. Övergripande övervakning i. Resistensövervakning
Enköpingsepidemin. Bodil Ardung, Smittskyddsenheten i Uppsala län 2010-03-19
Enköpingsepidemin Bodil Ardung, Smittskyddsenheten i Uppsala län 2010-03-19 Anna född -59. Down s syndrom. Aldrig BCG-vaccinerad. Arbete på Samhall, egen bostad. Dec -06 högersidig pleuravätska. Jan och
Clostridium difficile Epidemiologi virulenta och spridningsbenägna CDstammar
Clostridium difficile Epidemiologi virulenta och spridningsbenägna CDstammar i Sverige och Europa Thomas Åkerlund Barbro Mäkitalo 20150416 Clostridium difficile syfte med presentationen Övervakning och
Huvudlöss, vad gör SMI?
Huvudlöss, vad gör SMI? Epidemiologi Resistensproblematik Råd Information 100517 Epidemiologi, 1 Ingen vetenskaplig undersökning gjord i Sverige. Senaste i Norden gjordes i Norge (Oslo) 2008. Knappt
TBC - hotbilden har förvärrats
Förändrad population nya utmaningar TBC - hotbilden har förvärrats SFOG, Norrköping, 25 augusti 2009 250 200 Tuberkulos Stockholms län 1989-2008 Kvinna Man Totalt 230 Antal rapporterade 150 100 120
Omfattning Campylobacter, Salmonella, Shigella, Yersinia non-pestis, Vibrio cholerae, EHEC. Dessutom ingår Helicobacter.
Huvudansvarigt NRL Klinisk Mikrobiologi och Vårdhygien i Halland Verksamhetschef Arne Kötz Kompletterande NRL Avdelningen för mikrobiologi Avdelningschef Karin Tegmark Wisell Kompletterande NRL Klinisk
Isolering av bakterier Diskdiffusion E-test och utvidgad resistensbestämning Vid multiresistenta fynd - anmälning till vårdhygienen.
Isolering av bakterier Diskdiffusion E-test och utvidgad resistensbestämning Vid multiresistenta fynd - anmälning till vårdhygienen. PCR analys för påvisande av resistensgenen ex: mec-genen (MRSA) Sekvenseringen,
Clostridium difficile årsrapport 2011
Clostridium difficile årsrapport 2011 Förord Denna rapport utgör en årlig sammanfattning avseende Clostridium difficileinfektion i Sverige. Den används av laboratorier och smittskyddsenheter för att kunna
Equalis kvalitetssäkringsprogram 2018
Equalis kvalitetssäkringsprogram 2018 Meticillinresistenta Staphylococcus aureus Christina Welinder Olsson Equalis användarmöte 12 mars 2019 Meticillinresistenta Staphylococcus aureus MRSA 2018:01A-E Molekylärbiologisk
Människor på flykt. En riskbedömning av smittspridning
Människor på flykt En riskbedömning av smittspridning Bindningar och jäv För Folkhälsomyndighetens egna experter och sakkunniga som medverkat i rapporter bedöms eventuella intressekonflikter och jäv inom
Människor på flykt. En riskbedömning av smittspridning. Reviderad version 2015-12-14
Människor på flykt En riskbedömning av smittspridning Reviderad version 2015-12-14 Denna version har reviderats enligt följande: Sid. 5. Informationen i andra stycket under tabellen har kompletterats Sid.
Människor på flykt. En riskbedömning av smittspridning. Reviderad version 2015-11-16
Människor på flykt En riskbedömning av smittspridning Reviderad version 2015-11-16 Bindningar och jäv För Folkhälsomyndighetens egna experter och sakkunniga som medverkat i rapporter bedöms eventuella
Plasmidmedierad kolistinresistens orsakad av mcr-1 av relevans för oss i Sverige?
Plasmidmedierad kolistinresistens orsakad av mcr-1 av relevans för oss i Sverige? Karin Tegmark Wisell, Avdelningschef och klinisk mikrobiolog Kolistin Kolistin (polymyxin E) är ett polypeptid-antibiotikum
Digitala tentor - OpenExam
Digitala tentor - OpenExam Utvecklat av Anders Lövgren (BMC-data) 2010 (Ylva Hedeland, Susanne Tingsborg) V2 sjösatt 2014 Finansierat av vetenskapsområdet för medicin och farmaci Kontakt: Anders Lövgren
CSI - Katte DNA-fingerprinting Välkänt från polisarbete. Metoden föddes 1985 i England. Från början krävdes stora mängder DNA, men nu funkar även mycket små mängder. DNA-sekvens Användning Metoden
Invasiva grupp A streptokocker årsrapport Fortsatt ökning av invasiva grupp A streptokocker (igas) under 2013
Invasiva grupp A streptokocker årsrapport 2013 Fortsatt ökning av invasiva grupp A streptokocker (igas) under 2013 Invasiva grupp A streptokocker årsrapport 2013 Fortsatt ökning av invasiva grupp A streptokocker
Vad ska en TB-plan för Sverige innehålla?
Vad ska en TB-plan för Sverige innehålla? Anpassad till nationell situation Politisk förankrad för att säkra finansiering Säker tillgång till läkemedel Riktade åtgärder för att nå våra riskgrupper Vilka
Analys av nukleinsyra. Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls
Analys av nukleinsyra Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Studietips Detta kompendium är INTE en lärobok. Det är inte meningen att man skall kunna läsa kompendiet och förstå innehållet. Ni
Svar på remiss från Socialdepartementet med förslag till ändrade former för Smittskyddsinstitutets (SMI) laborativa verksamhet
Hälso- och sjukvårdsförvaltningen TJÄNSTEUTLÅTANDE 2013-04-04 1 (5) HSN 1302-0251 Handläggare: Åke Örtqvist Hälso- och sjukvårdsnämnden 2013-05-21, p 8 Svar på remiss från Socialdepartementet med förslag
Kartläggning av territoriell mångfald: Nyttan med typologier i regionalt analysarbete. Alexandre Dubois, forskare Institution för Stad och Land
Kartläggning av territoriell mångfald: Nyttan med typologier i regionalt analysarbete Alexandre Dubois, forskare Institution för Stad och Land Komplexiteteni dagens regionalpolitik Utveckling är mångsidig
Klamydia ökar: Kan vi göra något bättre?
Klamydia ökar: Kan vi göra något bättre? Björn Herrmann Klinisk mikrobiologi, Akademiska sjukhuset, Uppsala C. trachomatis i Sverige 1991-2011 Smittsk.lagen 1988 Ungd.mottagn Provtagn ökar AIDS DNA diagnostik
Klimatförändringar, råvattenkvalitet, mikrobiella risker genom hälsostudier. Andreas Tornevi
Klimatförändringar, råvattenkvalitet, rening och distribution bedömning av mikrobiella risker genom hälsostudier Andreas Tornevi Klimatförändringar, råvattenkvalitet, rening och distribution bedömning
Neisseria gonorrhoeae 2007
Magnus Unemo Datum: 2008-03-18 Sidan 1 av 7 Neisseria gonorrhoeae 2007 Årsrapport avseende serologisk karakterisering (serogrupp och serovar) samt antibiotikakänslighet hos insända svenska Neisseria gonorrhoeae
Riksarkivets myndighetsspecifika föreskrifter om gallring och annan arkivhantering
1(2) Riksarkivets myndighetsspecifika föreskrifter om gallring och annan arkivhantering RA-MS 2013:41 Riksarkivets föreskrifter om överlämnande och införlivande av handlingar från Smittskyddsinstitutet
Projekt inom molekylär smittspårning av zoonoser, Robert Söderlund Forskare, Avd. för mikrobiologi, SVA
Projekt inom molekylär smittspårning av zoonoser, 2015-2016 Robert Söderlund Forskare, Avd. för mikrobiologi, SVA Ny teknik för DNA-sekvensering leder till omvälvning av diagnostik och smittspårning -
Hur aktiva är vuxna?
Våra inaktiva barn Daniel Berglind, PhD Departement of Public Health Sciences, Karolinska Institutet Centre for Epidemiology and Community Medicine (CES), Stockholm County's Health Care District (SLSO)
2011 års noro/sapoviruspanel och en tillbakablick på fecesjakten. Kjell-Olof Hedlund Equalis Användarmöte 13 mars 2012
2011 års noro/sapoviruspanel och en tillbakablick på fecesjakten Kjell-Olof Hedlund Equalis Användarmöte 13 mars 2012 Humant calicivirus Små runda strukturerade virus Norwalk-liknande virus Norovirus
Rapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo
KDB 541/11: Rapport 1 Rapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo Jämförelse av två inlämningsmetoder 212-1-26 Innehållsförteckning 1. Bakgrund 3 2. Metod 3 3. Resultat 3 4. Slutsats
DUGGA Molekylärbiologi T2 / VT p (G = 25 p)
KORTSVARSFRÅGOR 1. Restriktionsenzymet BamHI klyver sekvensen 5 -G*GATCC-3 och lämnar 4 basers 5' överhäng. Rita upp det längsta DNA-fragmentet som bildas efter klyvning av nedanstående given sekvens med
ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.
Bruksanvisning revision 6 (December 2008) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning
Tuberkulos. Skolsköterskekongress i Karlstad 7 maj 2015 Per Hagstam Smittskydd Skåne
Tuberkulos Skolsköterskekongress i Karlstad 7 maj 2015 Per Hagstam Smittskydd Skåne 1 2 Tuberkulosincidensen bland svenskfödda i Sverige 1920-2008 700 600 Antal fall per 100,000 500 400 300 200 BCG 100
Nasrin Perskvist, National Coordinator and Director of Clinical Cytology Biobank BBMRI.se Karolinska Institute, Inst LabMed Karolinska University
, National Coordinator and Director of Clinical Cytology Biobank BBMRI.se Karolinska Institute, Inst LabMed Karolinska University Hospital Clinical Pathology Cytology Nasrin.perskvist@karolinska.se, BBMRI.se
Antibiotika Strama. Stephan Stenmark Smittskyddsläkare Ordförande i Strama Västerbotten
Antibiotika Strama Stephan Stenmark Smittskyddsläkare Ordförande i Strama Västerbotten MRSA hos grisar med smitta till människor i Danmark Ten of the 154 cutting boards taken from the hospital kitchen
Hemoglobinutredningar på Karolinska. Christin Sisowath Sjukhuskemist Karolinska Universitetslaboratoriet, Klinisk kemi
Hemoglobinutredningar på Karolinska Christin Sisowath Sjukhuskemist Karolinska Universitetslaboratoriet, Klinisk kemi Analyser på Karolinska för hemoglobinutredningar Hemoglobinfraktioner HPLC (HbA 2 och
Fig 1. Antal TBC-fall mellan 1989-2011 uppdelat på kön
För andra året i följd sjunker antalet rapporterade fall av tbc i Stockholm; 16 % jämfört med 10 och 39 % jämfört med 09 (fig 1). 300 Fig 1. Antal TBC-fall mellan 1989-11 uppdelat på kön 250 Kvinna Man
Clostridium difficile halvårsrapport
Clostridium difficile halvårsrapport 213 Förord Denna rapport utgör en halvårssammanfattning avseende Clostridium difficileinfektion i Sverige. Den används av laboratorier och smittskyddsenheter för att
Henrik Brändén. bioscience explained Vol 3 No 1. Undersökning av influensavirus med hjälp av släktträd. Vetenskapsrådet 103 78 Stockholm Sverige
Henrik Brändén Vetenskapsrådet 103 78 Stockholm Sverige Undersökning av influensavirus med hjälp av släktträd Introduktion Influensavirus delas in i olika stammar beroende på vilka varianter viruset bär
Mässling. primärinfektion eller genombrottsinfektion? -erfarenheter från utbrottet i Göteborg 2017/2018
Mässling primärinfektion eller genombrottsinfektion? -erfarenheter från utbrottet i Göteborg 2017/2018 Nicklas Sundell Infektionskliniken Sahlgrenska Universitetssjukhuset/Östra Introduktion extremt smittsamt
VTEC O157 hos får. en jämförelse av stammar isolerade från får, nötkreatur och människa. Anna Nilsson. Uppsala. Examensarbete inom veterinärprogrammet
Sveriges lantbruksuniversitet Fakulteten för Veterinärmedicin och husdjursvetenskap Institutionen för kliniska vetenskaper VTEC O157 hos får en jämförelse av stammar isolerade från får, nötkreatur och
Realtids-PCR. icycler BioRad, mikrotiterplattor. LightCycler Roche, kapillärer. ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor
Realtids-PCR icycler BioRad, mikrotiterplattor LightCycler Roche, kapillärer ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor Molekylärbiologisk metodik T3 ht 2011 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt
Antibiotikaresistens i Blekinge och Kronoberg Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg
Antibiotikaresistens i Blekinge och Kronoberg - Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg Allmän information Metod En angiven resistens kan påverkas både av en faktiskt ökad resistens i bakteriepopulationen,
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2011-10-22 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-8: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 9-12: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30 poäng =
Stockholms läns landsting 1(2) "
Stockholms läns landsting 1(2) Landstingsradsberedningen SKRIVELSE 2013-01-16 LS 1211-1492 Landstingsstyrelsen LANDSTINGSSTYRELSEN 1 3-01- 29 0001 8 " Yttrande över departementspromemorian En mer samlad
Antibiotikaresistensövervakning
Antibiotikaresistensövervakning Stramautbildning, Långholmen, 2015-03-13 Olle Aspevall 2015-03-13 Syften Underlag empirisk behandling. Underlag för revidering av farmakopé. Kartlägga burden of disease.
Neisseria gonorrhoeae 2005
Magnus Unemo Datum: 2006-03-27 Sidan 1 av 8 Neisseria gonorrhoeae 2005 Årsrapport avseende serologisk karakterisering (serogrupp och serovar) samt antibiotikakänslighet hos insända svenska Neisseria gonorrhoeae
Risk- och sårbarhetsanalys
Smittskydd Västra Götaland 2015-05-19 Dnr: 00025-2015 Smittskydd Västra Götaland har analyserat om det finns sådan sårbarhet, eller sådana hot och risker inom sitt ansvarsområde, som synnerligen allvarligt
Karbapenemasdetektion med MALDI-TOF. Martin Sundqvist MD, PhD Laboratoriemedicinska länskliniken, Klinisk Mikrobiologi Universitetssjukhuset Örebro
Karbapenemasdetektion med MALDI-TOF Martin Sundqvist MD, PhD Laboratoriemedicinska länskliniken, Klinisk Mikrobiologi Universitetssjukhuset Örebro Hur funkar det? Vad gör mass-spektrometern? Laser bombarderar
Neisseria meningitidis 2014
Susanne Jacobsson Datum: 2015-02-18 Sidan 1 av 7 Neisseria meningitidis 2014 Årsrapport avseende serogruppering, genosubtypning och antibiotikakänslighet hos svenska Neisseria meningitidis isolat samt
Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier
Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier Paula Mölling, Molekylärbiolog, Docent Bianca Törös, Daniel Golparian, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling Laboratoriemedicinska länskliniken, Molekylärdiagnostik
Listeria bland gravida kvinnor i Sverige
Dec 2010 SMITTSKYDDSINSTITUTETS RAPPORTSERIE NR 3 2010 Listeria bland gravida kvinnor i Sverige Vaksamhet viktigt hos både blivande mödrar, mödrahälsovården och myndigheter AV SOFIE IVARSSON SMITTSKYDDSINSTITUTET
Clostridium difficile diagnostik. Lucía Ortega Klinisk Mikrobiologi Växjö
Clostridium difficile diagnostik Lucía Ortega Klinisk Mikrobiologi Växjö Clostridium difficile Anaerob, gram positiv stav Sporbildande Producerar toxiner som A och B Orsakar diarré/kolit Indikation: Diarre
Hepatit B Statistik. Smittskydd, , Eva Lundmark
Hepatit B 2016 Statistik Smittskydd, 2017-01-31, Eva Lundmark Trend och analys Virushepatit har blivit en ledande orsak till dödsfall i världen enligt en artikel i The Lancet (1). Sjukdomarna orsakar fler
MYKOBAKTERIER INFORMATION
MYKOBAKTERIER INFORMATION Svarsfrekvens: Mikroskopi - Utförs vardagar. Svar inom 1-2 arbetsdagar DNA-påvisning - Utförs vardagar. Svar inom 2-4 arbetsdagar Odling - Utförs vardagar. Negativa odlingar besvaras
Hur stort är problemet med mikroplast
Hur stort är problemet med mikroplast Anna Kärrman, MTM Forskningscentrum Örebro universitet 1 2 1 Flytande plast i världshaven, Ericsen et al PLOS One 2014 5,25 miljarder plastbitar 268,940 ton 3 Mikroplaster
Övervakning av fosterskador och kromosomavvikelser 2008
Epidemiologiskt centrum/register 2009-12-15 1(7) Övervakning av fosterskador och kromosomavvikelser 2008 I denna beskrivning redovisas först allmänna och legala uppgifter om undersökningen samt dess syfte
Legionella i miljön Hantering av smittrisker
Legionella i miljön Hantering av smittrisker En kunskapssammanställning Caroline Schönning & Görel Allestam, Folkhälsomyndigheten Hygiendagar Umeå, 17 april 2015 Legionella på Folkhälsomyndigheten Övervakning
MYKOBAKTERIER INDIKATION
MYKOBAKTERIER INDIKATION Mycobacterium tuberculosis (tuberkelbakterien) och andra mykobakterier s.k icketuberkulösa mykobakterier påvisas med mikroskopi, odling och DNA-tekniker. Mängden mykobakterier
Jan Schyllander
Jan Schyllander 4-9- Olyckor genom explosioner, antändning av eldfängda ämnen mm. Olyckor genom explosioner, antändning av eldfängda ämnen mm. Uppgifterna i nedanstående redovisning är hämtade från de
Invasiva grupp A streptokocker, säsongsrapport Incidensen av igas och typ emm1 ökar i landet
Invasiva grupp A streptokocker, säsongsrapport 2016-2017 Incidensen av igas och typ emm1 ökar i landet Invasiva grupp A streptokocker, säsongsrapport 2016-2017 Incidensen av igas och typ emm1 ökar i landet
Vård för psykisk ohälsa inom primärvården: register studier
1 Vård för psykisk ohälsa inom primärvården: register studier Kyriaki Kosidou, MD, PhD Christina Dalman, MD PhD, professor Psykisk Hälsa, Centrum för Epidemiologi och Samhällsmedicin (CES) kyriaki.kosidou@sll.se
Campylobacter är fortfarande aktuella. Eva Olsson Engvall Avd för bakteriologi, SVA EURL- Campylobacter
Campylobacter är fortfarande aktuella Eva Olsson Engvall Avd för bakteriologi, SVA EURL- Campylobacter Campylobacter Ger akut diarrésjukdom på människa allvarliga komplikationer, t.ex reaktiv artrit, och
Välkomna till webbinarium om Clostridium difficile-infektion
Välkomna till webbinarium om Clostridium difficile-infektion Kunskapsunderlag och rekommendationer för övervakning, prevention och hantering av utbrott Arbetsgruppen Olov Aspevall, läkare, Folkhälsomyndigheten
Invasiva grupp A streptokocker, säsongsrapport Något minskat antal fall jämfört med föregående säsong
Invasiva grupp A streptokocker, säsongsrapport 2014-2015 Något minskat antal fall jämfört med föregående säsong Invasiva grupp A streptokocker, säsongsrapport 2014-2015 Något minskat antal fall jämfört
En bioinformatisk genjakt
En bioinformatisk genjakt Efter en ide från: CUSMOBIO, Milano, Italien. Hur man kan söka i databaser efter information om en gen som kan ge ökad risk för bröstcacer. Bakgrund Människor utan symptom men
Antibiotikaresistensövervakning
Antibiotikaresistensövervakning Stramautbildning, Långholmen, 2016-03-17 Olle Aspevall Olov.aspevall@folkhalsomyndigheten.se Aktiviteter och presentation av statistik Epidemiologisk övervakning i SmiNet
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter Vad, När, Var och Hur? Jessica Ögren Länssjukhuset Ryhov Juni 2012 Molekylärbiologiska metoder De senaste två decennierna har molekylärbiologiska tekniker
DNA FRÅN BLOD & KINDCELLER
EQUALIS Användarmöte, Molekylärdiagnostik 2012 Quality Hotel, Ekoxen, Linköping 7 8 november, 2012 DNA FRÅN BLOD & KINDCELLER Majid Osman, kemist, PhD Klinisk kemi, Linköping DNA stabilitet Provtagning
Extended-Spectrum Beta-Lactamases (ESBL)
Extended-Spectrum Beta-Lactamases (ESBL) -ett kunskapsunderlag om ESBL-resistens hos tarmbakterier Omslagsbild: Odlingsplattor med ESBL-bildande bakteriestam. Den vänstra plattan visar synergi mellan klavulansyra
Antibiotikaresistens 2017 Blekinge och Kronoberg. Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg
Antibiotikaresistens 217 Blekinge och Kronoberg Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg Allmän information Metod En angiven resistens kan påverkas både av en faktiskt ökad resistens i bakteriepopulationen,
NGS-teknik för rutinmässig epidemiologisk typning Pilotförsök
NGS-teknik för rutinmässig epidemiologisk typning Pilotförsök Smittskydd Stockholm 2016-11-11 Aina Iversen, mikrobiolog Karolinska Universitetslaboratoriet Disposition Rutinmässig epidemiologisk typning
Antibiotikaresistens 2018 Blekinge och Kronoberg. Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg
Antibiotikaresistens 18 Blekinge och Kronoberg Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg Allmän information Metod En angiven resistens kan påverkas både av en faktiskt ökad resistens i bakteriepopulationen,
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar. Kerstin Lindblad-Toh
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar Kerstin Lindblad-Toh Målsättning med min forskning Att hitta människors sjukdomsgener via: - djurmodeller - en bättre förståelse av arvsmassan - storskalig
Calicivirus och andra virus. Kjell-Olof Hedlund Enheten för Speciell Diagnostik Smittskyddsinstitutet
Calicivirus och andra virus Kjell-Olof Hedlund Enheten för Speciell Diagnostik Smittskyddsinstitutet Tarmen kan liknas vid ett kärl som lämpar sig mycket väl för virusodling Ryhovs sjukhus drabbat av vinterkräksjukan
Cykling i ett folkhälsoperspektiv
Cykling i ett folkhälsoperspektiv Peter Schantz Mittuniversitetet, Östersund & FoU-gruppen för rörelse, hälsa och miljö, GIH, Stockholm Changes in Prevalence of Adult Obesity >= 25% 20-24% 15-19% 10-14%
Epidemiologisk årsrapport 2006
Epidemiologisk årsrapport 2006 2006 ökade antalet fall av vibrioinfektion exkl. kolera (badsårsfeber) med 71 procent jämfört med året innan. Dessa bakterier är vanligt förekommande i bräckt vatten och
Arbetsgruppsmöte 22/3
Arbetsgruppsmöte 22/3 Agenda Referenslaboratorier och fåtalsdiagnostik 10:00-10:15 Samling med kaffe och fralla 10:15-10:45 Introduktion (Lena Dillner -Hans Gaines) 10:45-12:30 Grupparbete Efterfrågan
DNA-labb / Plasmidlabb
Översikt DNA-labb Plasmidlabb Preparation och analys av -DNA från Escherichia coli Varför är vi här idag? Kort introduktion till biokemi och rekombinant DNA- teknologi Vad skall vi göra idag? Genomgång
Cryptosporidium (och Giardia) vad är det för något? Kan det finnas i min vattentäkt? Anette Hansen Smittskyddsinstitutet Livsmedel och Vatten
Cryptosporidium (och Giardia) vad är det för något? Kan det finnas i min vattentäkt? Anette Hansen Smittskyddsinstitutet Livsmedel och Vatten Cryptosporidium Cryptosporidium Cryptosporidium och Giardia
Analys av tandmaterial
Uppdragsrapport Konfidentiell Analys av tandmaterial 2016-04-21 Utredare: David Malmström David.Malmstrom@swerea.se, 070-305 40 45 Avdelning: Materialanalys och processövervakning Vårt referensnr: K-16030
Vad är MHC? MHC och TCR struktur. Antigen processering och presentation. Kursbok: The immune system Peter Parham
Vad är MHC? MHC och TCR struktur. Antigen processering och presentation. Kursbok: The immune system Peter Parham Kapitel 3; hela Lite Historia: 1953: George Snell upptäcker en grupp av gener som bestämmer
Kunde vi ha undgått Östersundsutbrottet. riskvärdering? Norsk vannförening 30 jan 2013. Anette Hansen Smittskyddsinstitutet Stockholm
Kunde vi ha undgått Östersundsutbrottet 2011 med bättre riskvärdering? Norsk vannförening 30 jan 2013 Anette Hansen Smittskyddsinstitutet Stockholm JA Östersund november 2010 Östersund nov 2010-feb 2011
Social position och hälsa. Sara Fritzell och Janne Agerholm
Social position och hälsa Sara Fritzell och Janne Agerholm Vad vi ska gå igenom idag: Varför är social position intressant? Vad är social position? Hur mäts det? Social position och hälsa, exempel Varför
MSB PROJEKT: MOBIL RESURS VID MISSTÄNKT FARLIG SMITTA. Tobias Lilja
MSB PROJEKT: MOBIL RESURS VID MISSTÄNKT FARLIG SMITTA Tobias Lilja ÖVERBLICK AV PROJEKTET Projektet löper under två år. 2017-2018 Motsvarande 1 1/10 heltidstjänst delat på tre personer på SVA Mikhayil
Vinterkräksjuka. Säsongen 2010. Fredrik Idving Hygiensjuksköterska
Vinterkräksjuka Säsongen 2010 Fredrik Idving Hygiensjuksköterska Allmänt om vinterkräksjuka Årets säsong Historik Hur vi hanterar ett utbrott Virus som orsakar magsjuka Calicivirus Norovirus, vinterkräksjuka
Ackrediteringens omfattning Klinisk mikrobiologi. Metod/ Mätprincip. Komponent/Undersökning. Bilaga 2a /536
Klinisk bakteriologi Clostridium difficile ribotypning Isolat från: feces PCR Sekvenator Ribotyp lika/olika Corynebacterium diphtheriae typning och toxinbestämning Isolat från: svalg, sår Biokemi Toxintest
Riskfaktorer för förekomst av E.coli O157: H7 (EHEC) i mjölkkobesättningar samt möjligheter till ett organiserat bekämpande, år 1 och 2.
Slutrapport S0730324 Riskfaktorer för förekomst av E.coli O157: H7 (EHEC) i mjölkkobesättningar samt möjligheter till ett organiserat bekämpande, år 1 och 2. Bakgrund Blodig diarré hos människor orsakad