MSB PROJEKT: MOBIL RESURS VID MISSTÄNKT FARLIG SMITTA. Tobias Lilja

Transkript

1 MSB PROJEKT: MOBIL RESURS VID MISSTÄNKT FARLIG SMITTA Tobias Lilja

2 ÖVERBLICK AV PROJEKTET Projektet löper under två år Motsvarande 1 1/10 heltidstjänst delat på tre personer på SVA Mikhayil Hakhverdyan, Molekylärbiologi Tobias Lilja, Molekylärbiologi, bioinformatik Mikael Leijon, Bioinformatik Referensgrupp från berörda myndigheter Länstyrelsen, Östergötland och Skåne Smittskydd Skåne FOI Umeå Universitet

3 HANTERING AV MISSTÄNKT SMITTA Vilka provmaterial är vanligast? Vilken utbildning har den som tar provet? Vilken hantering av provet sker idag? Vilken hantering skulle kunna göras på plats? Hur skyddar sig provtagaren? Hur lång tid tar det att få provsvar idag? Vilken effekt skulle ett snabbare provsvar ha för smittskyddsarbetet?

4 PROJEKTMÅL Projektet ska utveckla protokoll för enklare övervakning av smittor så som fågelinfluensa, Afrikansk svinpest och vektorburna smittor som West-Nile feber. Snabbare provsvar kan uppnås genom att använda ny DNA sekvenseringsteknik. Analyser kan genomföras på plats av lokal personal med support. Resultat och sekvensdata blir tillgängliga för nationella experter i realtid.

5 MINION SEKVENSERING Relativt ny DNA sekvenator. Portabel Lågt inköpspris Snabb Genererad data går att nå i realtid via internet Från from-ebola-to-zika-tiny-mobile-lab-gives-real-time-dna-data-on-outbreaks Photograph: Tommy Trenchard/EMLabs

6 PROTOKOLL ATT UTVECKLA Protokoll för processen från provtagning till resultat ska tas fram för utvalda smittämnen och provmatriser. Hur ska DNA renas fram och förberedas för sekvensering? Hur ska sekvensdata hanteras för att ge så mycket information som möjligt? Vilka prover är mest informativa för varje smittoämne? Hur hanterar vi potentiellt farliga prover på ett säkert sätt.

7 VIKTIGA SMITTÄMNEN ATT HITTA Aviär Influensa Afrikansk svinpest West-Nile feber virus Bestämning av virus vid okänd smitta

8 AVIÄR INFLUENSA SVA använder redan metoder för att rena fram, amplifiera och helgenomsekvensera AIV med Illumina sekvensering. Vi kombinerar dessa metoder med minion sekvensering för att se om det kan möjliggöra snabbare typning. Ett prov från en havsörn som tidigare bestämts till H5N8 testades. 1 h Rening av prov, RNA extraktion 3 h 20 min rtpcr, amplifiering av virusgenom rening av PCR produkt 1,5 h 39 h 1 h Upparbetning inför sekvensering Illumina sekvensering. Analys sker efter avslutad sekvensering 1-48 h minion sekvensering. Analys kan ske i realtid

9 AVIÄR INFLUENSA DETEKTERAS MEN TYPNINGEN ÄR BRISTFÄLLIG Nya analysmetoder kan eventuellt få ut tillförlitlig data från sekvensen på ett snabbt sätt.

10 DETEKTION AV VEKTOR BURNA FLAVI VIRUS SVA har tidigare utarbetat protokoll för detektion av WNV, TBE och andra flavi virus. Plexor baserad rtpcr metod Kan gå att omarbeta för att möjliggöra sekvensering direkt på plats.

11 UTVÄRDERING AV PLEXOR METOD Sample Virus Host Reference method Brain (11) WNV Bird None 10 Brain (3) WNV Horse None 1 Plexor method Urine (2) WNV Human None 1 18 samples JEV Mosquito's samples TBE Ticks 8 8 Sera (23) Dengue V Human Total (65) Chao. D.Y. et al J Clin Microbiol 45(2) Brinkley C. et al IJMM 298: Unpublished data

12 DETEKTION AV VEKTOR BURET SINDBIS VIRUS Diagnostisering av fall med serologi. Detektion i myggvektorer har gjorts med rtpcr och sanger-sekvensering. Kan ny metod göra detektion i mygg lättare?

13 SNABB ANALYS AV OKÄNDA VIRUS Ett prov från skadad fisk där virussjukdom misstänktes. PCR-analys för kända virus var negativ. Sekvensering kan ge information om vilket virus som orsakat sjukdomen. Parallellt med etablerad Illumina sekvensering förbereddes också prov för sekvensering med minion.

14 RÄTT VIRUS DETEKTERAS SNABBT

15 UPPFÖLJNING Projektet rapporteras hösten 2018 Metodbeskrivningar för detektion av smittämnen Möte för kunskapsspridning Eventuellt uppföljningsprojekt för implementering av metoder

16 Vi är Sveriges ledande veterinärmedicinska laboratorium. Vi forskar och utvecklar nya metoder. Våra experter har unik spetskompetens. Vi följer sjukdomsläget. Om något händer är vi beredda. Vi delar med oss av vår kunskap. I Sverige och i många andra länder.