Enterovirus D68 diagnostik vid utbrott. Malin Grabbe Klinisk mikrobiologi, Solna Karolinska Universitetslaboratoriet

Transkript

1 Enterovirus D68 diagnostik vid utbrott Malin Grabbe Klinisk mikrobiologi, Solna Karolinska Universitetslaboratoriet

2 Bakgrund - Enterovirus D68 (EV-D68) Identifierades första gången i Kalifornien, USA, 1962 Endast mindre utbrottskluster sedan dess, fram till 2014 Spridd över världen Säsong under sommar och höst 2

3 Bakgrund - Enterovirus D68 (EV-D68) Orsakar framförallt luftvägssjukdom Symptombild: Från milda symptom som snuva, hosta, feber, värk, till andningssvårigheter, obstruktivitet vid svårare fall, samt myelit och polioliknande förlamningar i riktigt svåra fall Fall med svår luftvägssjukdom och neurologiska komplikationer har rapporterats, varav några dödsfall Många av de svårare fallen hade underliggande sjukdomar t.ex. astma. 3

4 Utbrott, sommaren och hösten 2014 Nordamerika Mer än 1400 diagnosticerad fall av svår luftvägssjukdom orsakad av EV- D68, varav de flesta hos barn 12 dödsfall i samband med EV-D68 infektion 94 fall av akut slapp myelit som kan ha koppling till EV-D68 Europa Fall från mer än 15 olika länder, främst barn, men inga fall med allvarlig sjukdom eller med dokumenterad akut slapp myelit Fall i Sverige, bland annat 8 st i Stockholm, identifierade med sekvenstypning på Karolinska 4

5 Utbrott 2015 Nordamerika Inga kända fall Europa Fåtal dokumenterade fall Inga konstaterade fall i Stockholm Robert Dyrdak, ST-läkare hos oss, sätter upp en PCR för EV-D68 för forskningsändamål och epidemiologisk övervakning, baserad på Piralla et al J Clin Microbiol

6 Utbrott 2016 Nordamerika Endast sporadiska fall Europa Rapid risk assessment från ECDC aug 2016 Larm om förekomst av allvarliga fall av enterovirusinfektion i flera europeiska länder Två olika enterovirus, med lite olika symptombild, EV-A71 och EV-D68 6

7 Utbrott 2016 Några veckor efter ECDCs rapport har vi en patient där man önskat typning av enterovirus (misstanke om EV-A71) patienten visar sig ha EV-D68 Sammanfaller med ovanligt många enterovirus-positiva luftvägsprover i vår rutindiagnostik Vi beslutar oss för att utreda genom att analysera enteropositiva luftvägsprover med EV-D68 specifik PCR och typa med hjälp av sanger-sekvensering av VP4-VP2 regionen 7

8 Antal positiva prover Enterovirus-positiva luftvägsprover 2016 t.o.m. v Vecka 8

9 Number of positive samples Number of analyzed samples Enterovirus-positiva luftvägsprover 2014 sep 2016 Samples analyzed Enterovirus positive EV-D68 utbrott

10 Utbrott utredning Resultat Under veckorna var en mycket stor andel av de enterovirus-positiva luftvägsproverna positiva för entero D68 Toppveckan, v.35, var 30 prover positiva för entero D68 Tidigare under året hade vi max 10 st enterovirus-positiva luftvägsprover per vecka 10

11 Number of samples positive Number of samples analyzed Jämförelse, antal positiva prover v Samples analyzed Rhinovirus positive Enterovirus positive EV-D68 positive Aug 22 - Aug 28 Aug 29 - Sept 4 Sept 5 - Sept 11 Sept 12 - Sept 18 Sept 19 - Sept

12 Befintlig diagnostik för enterovirus i luftvägar Ingår i vårt stora in house analyspaket för luftvägsvirus Generella singel-pcrer för enterovirus och rhinovirus Korsreagerar kraftigt för en del serotyper av enterovirus och rhinovirus Båda metoderna (entero och rhino) kan detektera EV-D68 med god känslighet Klinikern får veta att patienten har en entero- och/eller rhinovirus-infektion, men ingen indikation på att det kan vara EV-D68 12

13 Ny, EV-D68 specifik diagnostik In house metod baserad på artikel av Piralla et al 2015 Piralla A, Girello A, Premoli M, Baldanti F A new real-time reverse transcription-pcr assay for detection of human enterovirus 68 in respiratory samples. J Clin Microbiol 53: doi: /jcm Specifik realtids-pcr för enterovirus D68 I rutindrift sedan 31 oktober Utförs endast på begäran från kund, beställs via vår kundtjänst Utförs endast på luftvägsprover som blivit positiva för enterovirus i luftvägs-pcr 13

14 Epidemiologisk övervakning Validering Det som från början var tänkt som forskning och epidemiologisk övervakning har vi kunnat använda för validering av metoden eftersom vi analyserat proverna både med EV-D68 specifik PCR och med sekvensering 22 resp 23 patientprover från 2014 och patientprover från st patientprover från , tidigare sekvenserade i en studie på prover från ECMO-patienter 14

15 Valideringsresultat Kategori Antal prover Antal positiva EV-D68 Totalt Typningsbara med sekvensering Entydigt EV-D68 i typning 50 15

16 Valideringsresultat De resterande 14 prover som inte blev entydigt typade till EV- D68 kan delas in i fyra kategorier: Troliga dubbelinfektioner, D68 dominerande Möjliga dubbelinfektioner, rhinovirus dominerande Troliga dubbelinfektioner, rhinovirus dominerande Mycket svaga prover 16

17 Valideringsresultat Troliga dubbelinfektioner, D68 dominerande Säkerställd förekomst av D68 i provet, men dubbeltoppar i sekvens indikerar förekomst av annat entero- eller rhinovirus också Troliga dubbelinfektioner, rhinovirus dominerande Säkerställd förekomst av annat virus (rhinovirus A55, B72, C12 resp C22), men dubbeltoppar indikerar förekomst av annat entero- eller rhinovirus också, tex EV-D68. Två fall utredda med limiting dilution cloning, där kunde vi påvisa både rhinovirus och EV-D68!! Möjliga dubbelinfektioner, rhinovirus dominerande Säkerställd förekomst av annat virus (rhinovirus C6 resp A12), förekomst av EV-D68 möjlig då dessa prover hade starkare Ct-värde för rhinovirus Mycket svaga prover Säkerställd förekomst av annat virus (rhinovirus B70, B104 resp C6), förekomst av EV- D68 osäker då dessa prover hade mycket svaga Ct-värden för EV-D68 17

18 Lila text = D68-prover från Karolinska De prover som hamnat i clade B3 kommer alla från 2016 De prover som hamnat i clade B1 kommer alla från

19 Patienter med allvarlig sjukdom Patient code Age Gender Symptoms Underlying disease ICU days Outcome 1 6 y M 2 6 y M Acute flaccid myelitis Respiratory insufficiency Upper-lower respiratory infection Metabolic crisis Rhabdomyolysis Multi organ failure Previously healthy 17 Congenital disorder of metabolism 3 Fatal Not yet fully recovered Still deglutition problem 3 8 y M Respiratory failure Previously healthy 3 Total recovery 4 1 y M Respiratory failure Asthma 2 Total recovery 5 8 m M Respiratory failure Congenital muscle disease 11 Recovered to original state of health. 6 4 m F Respiratory failure Tracheobroncheomalacia 2 Recovered to original state of health. 7 6 m F Respiratory failure Congenital chromosomal abnormality 5 Recovered to original state of health y F 9 29 y F Acute flaccid myelitis Bulbar symptoms Upper respiratory infection Septic Respiratory symptoms Exanthema Previously healthy >6 weeks Ongoing ICU-care Limited improvement Still paretic Previously healthy 0 Total recovery 10 9 y M Acute liver failure Exanthema Previously healthy 0 Total recovery No other cause of the liver failure has been found. Elevated levels of copper in urine in the acute phase to be followed up 11 a 2 y F Acute flaccid myelitis Bulbar symptoms Respiratory insufficiency Upper-lower respiratory infection Previously healthy Ongoing ICU-care Still complete tetraparesis 19

20 Tack till Alla kollegor som varit involverade i det här projektet: Robert Dyrdak, ST-läkare Annelie Bjerkner, utvecklings-bma Anders Jonsson, laboratorieingenjör Berit Hammas, medicinskt ansvarig, bitr överläkare Jan Albert, överläkare och professor Maria Rotzén Östlund, överläkare och områdeschef och till er, kära publik! :) 20