Generell detektion av patogen med metagenomik
|
|
- Roger Håkansson
- för 7 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Generell detektion av patogen med metagenomik Maria Lind Karlberg Björn Hallström Avdelningen för mikrobiologi Enheten för laboratorieutveckling
2 Hur identifieras en patogen hos en patient med infektion? Brett spektrum av analysmetoder???? Alternativ metod för det okända provet : Mer robust och ospecifik (generell detektion av patogen) Identifiera låga mängder patogen i en komplex värdbakgrund Sid 2.
3 Vad har alla patogener gemensamt? RNA? protein Sid 3.
4 Next Generation Sequencing (NGS) Fördelar: Detekterar både odlingsbara och icke odlingsbara agens Kräver liten eller ingen a priori kunskap om patogenen Möjligt att analysera komplext prov bestående av nukleinsyror (DNA eller RNA) från flera olika organismer (och virus): Metagenomisk sekvensering Sid 4.
5 Metod för generell detektion av patogen: RNA sekvensering (RNA seq) Metagenomisk dataanalys Metagenomisk sekvensering av isolerat RNA från kliniska prover Sid 5.
6 Metagenomisk sekvensering av RNA RNA (DNA) extraktion Fragmentering Sekvensering Genome A Genome B Genome C Genome D Genome E BLASTn Assembly Reads: >seq1 GCCGTAGCAA N >seq2 TATGCCGGTA N >seq3 CCAGGTCAAT N >seq TAAGCTGCCT N Dataanalys Identifiering Sid 6. 13/06/2016
7 Hur känslig är metoden? Sid 7.
8 RNA seq vs RT-qPCR Okänt RNA Humant RNA RT-qPCR*(Cq) RNAseq (reads) 10% 5% 50% 50% 75% *kräver rätt RT-qPCR metod Sid 8.
9 Detektionsgräns (LoD) för RNA seq Prov Virus Provmaterial Cq/kvantitet NGS. Reads per miljon totala reads* Chik1 Chikungunya virus Spikat serum Chik2 Chikungunya virus Spikat serum Chik3 Chikungunya virus Spikat serum Chik4 Chikungunya virus Spikat serum Chik5 Chikungunya virus Spikat serum 36 0,13 Chik6 Chikungunya virus Spikat serum 38 ND Chik7 Chikungunya virus Spikat serum 40 ND Chik8 Chikungunya virus Spikat serum ND ND Viruspool RSV A Spikat serum Viruspool Enterovirus Spikat serum Viruspool Parvovirus Spikat serum 350 cop/µl 0,57* Viruspool Adenovirus Spikat serum 7900 cop/µl 341* Viruspool CMV Spikat serum 2,6 cop/µl 1,44* Infl_1 Influenza A virus Nasopharynx Infl_3 Influenza B virus Nasopharynx Infl_5 Influenza A virus Nasopharynx Infl_9 Influenza A virus Nasopharynx 33 ND Infl_11 Influenza A virus Nasopharynx 37 ND LASV1 Lassa virus Serum 36 ND LASV2 Lassa virus Urin 35 ND LASV3 Lassa virus Serum Sollentuna 1 Sapovirus Feces ND Sollentuna 2 Sapovirus Feces ND 467 *540 chip ger miljoner reads på bp *DNA seq Sid.
10 Metod för generell detektion av patogen: Art nr 4407 Metagenomik för generell detektion av okänd pathogen Analysen utförs endast efter kontakt med Folkhälsomyndigheten tel RNA sekvensering Ion Total RNA-seq kit for the AB Library Builder System (Thermo Fisher Scientific) Whole transcriptome eller small RNA bibliotek Metagenomisk dataanalys Automatisk dataanalys (Kraken) Sid 10.
11 Dataanalys av metagenomisk sekvensering
12 Problembeskrivning Stora mängder sekvensdata ( miljoner sekvensläsningar) Stor sökrymd ( alla genomsekvenser) Hög känslighet krävs Bråttom! Sid 12.
13 Lösning Kraken Mjukvara för ultrasnabb klassificering av reads mot en stor databas av referensgenom. ~1000x snabbare än Megablast, bättre taxonomisk precision och jämförbar känslighet. Sid 13.
14 Förklaring: K-mer Referensdatabas Människogenomet ~5000 bakteriearter ~5500 virusarter ~100 protozoer ~200 svampar TCGATGGACGGTATGGACGATCG TCGA CGAT GATG ATGG TGGA... Alla 31-merer i referensdatabasen klassificeras till lowest common ancestor (LCA). Exempel: Om en 31-mer finns i någon art av Salmonella och någon art av Escherichia så klassificeras den till Family: Enterobacteriaceae. Sid 14.
15 Analysflöde, sekvensfiltrering Sekvensdata AATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT GATGGCTAAAGTTGCGTACCCAGTTAGAGT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT ACCTGATTAGACCATTAGCGATTGACTGAC Lågkomplexitetsfilter (DUST) Sekvensdata utan lågkomplexa reads AATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT GATGGCTAAAGTTGCGTACCCAGTTAGAGT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT ACCTGATTAGACCATTAGCGATTGACTGAC Sid 15.
16 Analysflöde, klassificering Sekvensdata Lågkomplexitetsfilter (DUST) Sekvensdata utan lågkomplexa GATGGCTAAAGTTGCGTACCCAGTTAGAGT K-mer 1: GATGGCTAA - Unclassified K-mer 2: ATGGCTAAA Species A K-mer 3: TGGCTAAAG - Unclassified K-mer 4: GGCTAAAGT Genus B K-mer 5: GCTAAAGTT Species A... LCA-klassificering (Kraken) Read 1 klassificerat till Species A Upprepa för alla X miljoner reads! Sid 16.
17 Analysflöde, sammanställning Sekvensdata Lågkomplexitetsfilter (DUST) Sekvensdata utan lågkomplexa reads LCA-klassificering (Kraken) Klassificering av alla sekvensläsningar Sammanställning Sid 17.
18 Analysflöde, validering Sekvensdata Mappning av klassificerade reads till referensgenom Lågkomplexitetsfilter (DUST) Sekvensdata utan lågkomplexa reads LCA-klassificering (Kraken) BLASTa reads/assembly mot NCBI NT Klassificering av alla sekvensläsningar Sammanställning Validering Sid 18.
19 Fallgropar Falska positiva Inkorrekta sekvenser i referensdatabasen Kontamination??? Falska negativa Referenssekvens saknas i databas Hög divergens från referenssekvens Sid 19.
20 Tack till MI-LU: Erik Alm Gunnel Lindegren Gabriel Östlund Reza Advani Anna-Lena Hammarin Mattias Mild MI Nina Lagerqvist Thomas Tolfvenstam Kerstin Falk Andreas Bråve Åsa Wiman Tove Samuelsson Per Sikora Steve Glavas Sid 20.
Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience
Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience Mikrobiologins tekniksprång Den högteknologiska mikrobiologin erbjuder idag nya verktyg för att förebygga smittspridning och öka produktsäkerhet.
Läs merAnalys av råvatten och dricksvatten vid oväntad mikrobiologisk förorening
Analys av råvatten och dricksvatten vid oväntad mikrobiologisk förorening Anette Hansen, Folkhälsomyndigheten 171130 Svenskt Vatten Forskning och innovation för säkert dricksvatten Anette.Hansen@folkhalsomyndigheten.se
Läs merVarför vill vi veta något om vilka patogener som finns i avloppsvattnet och hur gör vi?
Varför vill vi veta något om vilka patogener som finns i avloppsvattnet och hur gör vi? Per-Eric Lindgren Inst för klinisk och experimentell medicin Linköpings universitet Linköping Grupper av humanpatogener
Läs merNext Generation Sequencing. Anna Gréen, Klinisk Genetik, Linköping
Next Generation Sequencing Anna Gréen, Klinisk Genetik, Linköping Vad är Next Generation sequencing? First Generation sequencing- ex Sanger och pyrosekvensering 2005-massiv parallell sekvensering Stora
Läs merNext generation sequencing hur kan hygienläkare använda detta? Anders Johansson
Next generation sequencing hur kan hygienläkare använda detta? Anders Johansson 2016-11-11 Många användningsområden några få är färdiga för kliniskt bruk Inom klinisk genetik och klinisk patologi används
Läs merCirkulerande cellfritt DNA
Cirkulerande cellfritt DNA - en introduktion Anne Ricksten Equalismöte 2016-11-14 Vad är cirkulerande fritt DNA (cfdna)? Extracellulärt DNA som finns i cirkulationen Fragmenterat DNA, medelstorlek på ca
Läs merUtvärdering av BD MAX enteric parasite panel på ett kliniskt laboratorie
Utvärdering av BD MAX enteric parasite panel på ett kliniskt laboratorie Georgina Isak a, Leigh Davidsson a, Stina Boräng b, Silvia Botero-Kleiven b a Enhet för parasitologi och vattenburen smitta, Folkhälsomyndigheten
Läs merMSB PROJEKT: MOBIL RESURS VID MISSTÄNKT FARLIG SMITTA. Tobias Lilja
MSB PROJEKT: MOBIL RESURS VID MISSTÄNKT FARLIG SMITTA Tobias Lilja ÖVERBLICK AV PROJEKTET Projektet löper under två år. 2017-2018 Motsvarande 1 1/10 heltidstjänst delat på tre personer på SVA Mikhayil
Läs merVarför vill vi veta något om vilka patogener som finns i avloppsvattnet och hur gör vi?
Varför vill vi veta något om vilka patogener som finns i avloppsvattnet och hur gör vi? Per-Eric Lindgren Inst för klinisk och experimentell medicin Linköpings universitet Linköping Grupper av humanpatogener
Läs merFamiljär hyperkolesterolemi med NGS-analys
Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys Equalis användarmöte Molekylär diagnostik Birgitta Kjellström Sektionen för Genanalys, Klinisk kemi 2017-11-16 Familjär hyperkolesterolemi Familjär hyperkolesterolemi
Läs merDiagnostik av luftvägsinfektioner i Umeå. Urban Kumlin Klinisk mikrobiologi Umeå 2016
Diagnostik av luftvägsinfektioner i Umeå Urban Kumlin Klinisk mikrobiologi Umeå 2016 Ökande behov av diagnostik vid luftvägsinfektion behandlingsmöjligheter ökande antibiotikaresistens allt fler immunsupprimerade
Läs merFilmArray - helautomatiserad multiplex likvordiagnostik
FilmArray - helautomatiserad multiplex likvordiagnostik Sara Thulin Hedberg, Molekylärbiolog, PhD David Nestor, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling & Martin Sundqvist Laboratoriemedicinska Länskliniken,
Läs merAnalys av det okända vattenprovet
Analys av det okända vattenprovet Anette Hansen, Folkhälsomyndigheten Enheten för parasitologi och vattenburen smitta Anette.Hansen@folkhalsomyndigheten.se 072-3707798 Bakgrund Förorening eller misstanke
Läs merOptimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier
Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier Paula Mölling, Molekylärbiolog, Docent Bianca Törös, Daniel Golparian, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling Laboratoriemedicinska länskliniken, Molekylärdiagnostik
Läs merDroplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV
Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV Sara Thulin Hedberg, Molekylärbiolog, PhD Lorraine Eriksson, Kerstin Malm, Maria A Demontis*, Paula Mölling, Martin Sundqvist, Graham
Läs merUtveckling av multiplex realtids PCR metod för detektion av kalvdiarrévirus hos nöt
Utveckling av multiplex realtids PCR metod för detektion av kalvdiarrévirus hos nöt Bakgrund Diarré hos nötkreatur är ett av de viktigaste sjukdomskomplexen i industrialiserade länder, inklusive Sverige.
Läs merANALYS AV KVARVARANDE SJUKDOM VID AKUT MYELOISK LEUKEMI NÄR, VAR OCH HUR?
ANALYS AV KVARVARANDE SJUKDOM VID AKUT MYELOISK LEUKEMI NÄR, VAR OCH HUR? LINDA FOGELSTRAND DOCENT, SPECIALISTLÄKARE KLINISK KEMI & AVDELNINGEN FÖR KLINISK KEMI OCH TRANSFUSIONSMEDICIN, INSTITUTIONEN FÖR
Läs merDNA-ordlista. Amplifiera: Att kopiera och på så sätt mångfaldiga en DNA-sekvens med hjälp av PCR.
DNA-ordlista Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra. Detta gör att man kan urskilja var och hur mycket de skiljer sig från varandra, vilket är ett av de mest grundläggande sätten att analysera
Läs merNya virus påvisade hos gris pilotundersökningar om deras kliniska betydelse
Slutrapport H0850396 Nya virus påvisade hos gris pilotundersökningar om deras kliniska betydelse Bakgrund I samband med att den nya grissjukdomen postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) konstaterades
Läs merPilotstudie NGS: E. coli ESBL från patienter med misstänkt sepsis
Pilotstudie NGS: E. coli ESBL från patienter med misstänkt sepsis Helena Enroth, Med Dr (PhD), Klinisk molekylärbiologi, Unilabs, Skövde och Adj. Professor, Systems Biology Research Group, Inst. för biovetenskap,
Läs merAckrediteringens omfattning Klinisk mikrobiologi
Hepatit A virus (HAV) Hepatit A virus IgMak Serum/plasma CMIA ARCHITECT Hepatit B virus (HBV) Hepatit B virus s-ag Serum/plasma CMIA ARCHITECT Hepatit B virus c-ak Serum/plasma CMIA ARCHITECT Hepatit B
Läs merKvalitetssäkring och Validering Molekylära Metoder. Susanna Falklind Jerkérus Sektionen för Molekylär Diagnostik Karolinska Universitetslaboratoriet
Kvalitetssäkring och Validering Molekylära Metoder Susanna Falklind Jerkérus Sektionen för Molekylär Diagnostik Karolinska Universitetslaboratoriet Vem/Vad styr oss? 98/79/EG - IVD direktivet Lagen (1993:584)
Läs merAnvändning av PCR i växtodlingen. Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara
Användning av PCR i växtodlingen Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara Innehåll Introduktion qpcr och andra DNA-metoder Biologisk markkartering av jordburna patogener DNA-baserade diagnos av bladfläckar på vete
Läs mer5/201. Från Unilabs Laboratoriemedicin, Stockholm gällande fr.o.m (om inget annat datum anges i texten)
Datum 2016-04-05 Meddelande 5/201 2016 Från Unilabs Laboratoriemedicin, Stockholm gällande fr.o.m. 2016-04-20 (om inget annat datum anges i texten) Klinisk kemi S- Reumatoid faktor Vi övergår till nytt
Läs merUTBILDNINGSBOK FÖR SPECIALISTUTBILDNING I KLINISK MIKROBIOLOGI
UTBILDNINGSBOK FÖR SPECIALISTUTBILDNING I KLINISK MIKROBIOLOGI Inledning Den här utbildningsboken utges av Föreningen för Klinisk Mikrobiologi (FKM) och är ett komplement till Socialstyrelsens föreskrifter
Läs merKontrollhandbok Provtagning. Del 4 Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov
Kontrollhandbok Provtagning Del 4 Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov Innehåll Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov... 3 Vem ska bedöma livsmedelsprov?... 3 Bedömningsterminologi... 4 Hur
Läs merAckrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi
Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi Komponent/Undersökning System Metod/Mätprincip Utrustning Enhet Klinisk bakteriologi Clostridium difficile ribotypning Corynebacterium diphtheriae typning
Läs merInnehåll. Förord... 7. Inledning... 11. Tack... 195 Vidare läsning... 197 Illustrationer... 203 Register... 205. kapitel 1 Ursprung...
Innehåll Förord.... 7 Inledning.... 11 kapitel 1 Ursprung... 13 kapitel 2 Evolution.... 21 kapitel 3 Upptäckt... 33 kapitel 4 Miljö och civilisation... 49 kapitel 5 Bakteriell patogenes... 69 kapitel 6
Läs merBiosäkerhet för nya virus och lite annat lokala erfarenheter. Maria Rotzén Östlund Områdeschef, Klinisk mikrobiologi, Karolinska, Solna
Biosäkerhet för nya virus och lite annat lokala erfarenheter Maria Rotzén Östlund Områdeschef, Klinisk mikrobiologi, Karolinska, Solna Vad ska jag tala om? Inledning Nya luftvägsvirus Exempel på samarbeten
Läs merDatorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar
GA N AT ION ALCTAC ATCA G ENOMI CSGT INFR A S T RU CTURE Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar Adam Ameur Bioinformatiker SciLifeLab Uppsala, 13e Maj 2014 Introduktion till bioinformatik
Läs merMetodutveckling för detektion av jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärt och oljeväxter
Metodutveckling för detektion av jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärt och oljeväxter Ann-Charlotte Wallenhammar 1, Charlotta Almquist 2,3 and Anders Jonsson 2,3
Läs merBakgrund. Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning. Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år
Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning Rapsarealen i Sverige 2008 Ann-Charlotte Wallenhammar, 2 Charlotta Almquist, Anna Redner och 3 Anki Sjöberg HS Konsult AB, Örebro
Läs merENERGIDEKLARATION. Johannesbergsplan 10, 191 38 Sollentuna Sollentuna kommun. sammanfattning av. Nybyggnadsår: 2012 Energideklarations-ID: 638883
Johannesbergsplan 10, 191 38 Sollentuna Johannesbergsplan 12, 191 37 Sollentuna Johannesbergsplan 8, 191 38 Sollentuna Margreteborgsvägen 21, 191 38 Sollentuna Johannesbergsplan 2, 191 38 Sollentuna Johannesbergsplan
Läs merLIVSMEDELS MIKROBIOLOGI
LIVSMEDELS MIKROBIOLOGI Sven-Olof Enfors Institutionen för Bioteknologi KTH Stockholm 2003 Innehåll Kap 1 Introduktion...1 Kap 2. Kemiska reaktioner vid förskämning av livsmedel...4 2.1 Förutsättningar
Läs merTentamen 3p mikrobiologi inom biologi 45p, Fråga 1 (2p) Fråga 2 (2p) Fråga 3 (2p)
Tentamen 3p mikrobiologi inom biologi 45p, 050308 Fråga 1 Du har isolerat en bakterie och vill titta på om den kan förflytta sig, vilken/vilka metoder använder du? a Elektronmikroskopi b Gramfärgning c
Läs merDNA-baserad identifiering av invasiva arter i akvatisk miljö
DNA-baserad identifiering av invasiva arter i akvatisk miljö Per Sundberg SEAN ALYTICS AB Species and Ecosystem Analyses Invasiva arter hur kommer dom hit Övervakning hamnar/farleder Hur upptäcker vi dom
Läs merMHC Centrum av Hästens Immunsystem
Slutrapport (juni 2016) MHC Centrum av Hästens Immunsystem (Projektnummer H1147283) Tomas Bergström Sofia Mikko Göran Andersson BAKGRUND Major histocompatibilty complex (MHC) är en region i hästens genom
Läs merDNA sekvensning Primär Immunbrist Genetik till varje pris?
DNA sekvensning Primär Immunbrist Genetik till varje pris? Ola Winqvist Professor, Överläkare Kandidatgensekvensning 100 baspar/körning 1 Lite historia 1962: Nobel priset till Watson och Crick för DNA
Läs merHur sätter man ihop en kvalitetspanel? Annika Allard, Klinisk Mikrobiologi, NUS
Hur sätter man ihop en kvalitetspanel? Annika Allard, Klinisk Mikrobiologi, NUS Arbetsgång- Equalis Förslag: Det finns ett behov av ett nytt program/panel Förslag: En redan befintlig panel behöver förändras
Läs merDatorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar
Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar Adam Ameur Bioinformatiker Lund, 26e November 2014 Introduktion till bioinformatik Bioinformatik - en tvärvetenskaplig disciplin där algoritmer
Läs merExpertgruppen för medicinsk mikrobiologi 2010. EQUALIS-representanter Eva Burman, Karin Dahlin-Robertsson och Keng-Ling Wallin.
Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi 2010 Kåre Bondesson Uppsala Maria Brytting Stockholm (SMI) Eva Hedvall Malmö Torbjörn Kjerstadius Karlstad Ilona Lewensohn-Fuchs Stockholm Inger Ljungström Stockholm
Läs merScreening av fetalt RHD i maternell plasma. Åsa Hellberg BMA, PhD Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Labmedicin Skåne
Screening av fetalt RHD i maternell plasma Åsa Hellberg BMA, PhD Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Labmedicin Skåne När används blodgruppsgenomisk typning? oberoende analys vid oklara serologiska
Läs merAckrediteringens omfattning
Landstinet i Kalmar län, Dianostiskt Centrum, Klinisk bioloi - 1423 Bakterioloen Bakterier, jästsvamp/ Bakterier Bakterier/ Neisseria onorrhoeae Patoena Patoena Salmonella, Shiella, Campylobacter, Yersinia,
Läs merVäxt/ Ingen växt Respektive Bakterier/ Ej. bakterier - CFU <15 CFU 15-100 CFU >100 CFU. - CFU/mL 1x10 3-1x10 4 1x10 4-1x10 5 >1x10 5
Godkänd av: Annika Wistedt Datum: 2013-09-02 Sidan 1 av 6 Ackrediterade metoder Komponent/ undersökning System Metod/ Mätprincip Utrustning Enhet Nivå/ Mätosäkerhet Lab/ Ort Klinisk bakteriologi Bakterier,
Läs merVäxt/ Ingen växt Respektive Bakterier/ Ej. bakterier - CFU <15 CFU 15-100 CFU >100 CFU. - Växt/ Ingen växt - Kalmar
Godkänd av: Annika Wistedt Datum: 2014-06-19 Sidan 1 av 7 Ackrediterade metoder Komponent/ undersökning System Metod/ Mätprincip Utrustning Enhet Nivå/ Mätosäkerhet Lab/ Ort Klinisk bakteriologi Bakterier,
Läs mer2015-09-24. Urinprover. Urinstickor. Urin-, avförings- och sekretprover
Urin-, avförings- och sekretprover SJSE12 OMVÅRDNADENS TEKNIK OCH METOD ANNELIE AUGUSTINSSON 2015-09-28 Urinprover Kvantitativ provtagning = urin samlas under ett dygn (07:00 07:00) och mäts därefter.
Läs merFörbättrad bekämpning av HIV resistens i Afrika och Sverige. Professor Anders Sönnerborg
Förbättrad bekämpning av HIV resistens i Afrika och Sverige Professor Anders Sönnerborg 2 MSB:s kontaktpersoner: Sara Brunnberg 010-240 4087 Publikationsnummer: MSB1000 - april 2016 3 Förord Humant immunbrist
Läs merAckrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi
Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi Komponent/Undersökning System Metod/Mätprincip Utrustning Enhet Klinisk bakteriologi Clostridium difficile ribotypning Corynebacterium diphtheriae toxinbestämning
Läs merFrån Unilabs Laboratoriemedicin, Stockholm gällande fr.o.m (om inget annat datum anges i texten)
Datum 2016-11-02 Meddelande 12/201 2016 Från Unilabs Laboratoriemedicin, Stockholm gällande fr.o.m. 2016-11-23 (om inget annat datum anges i texten) Gällande för kunder inom Capio S:t Görans sjukhus Klinisk
Läs merDisposition. snabb bedömning med ny metod. Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta
Risken för f klumprotsjuka säker och snabb bedömning med ny metod Disposition Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta Ann-Charlotte Wallenhammar HS Konsult AB Örebro Kravet
Läs merBRÅDSKANDE: SÄKERHETSMEDDELANDE ÅTERKALLANDE Simplexa Flu A/B & RSV Direct assay MOL2650
2014-02-04 BRÅDSKANDE: SÄKERHETSMEDDELANDE ÅTERKALLANDE Simplexa Flu A/B & RSV Direct assay MOL2650 , Syftet med detta
Läs merPolymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction The Polymerase Chain Reaction Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt Från kursplan: Studenten skall kunna: förklara grundläggande principer
Läs merLaboratoriemedicin VL LabNytt nr 3-Version
Laboratoriemedicin VL LabNytt nr 3-Version 2-2018 1 Laboratorienytt Nr: 3 April 2018 Version 2 Tillägg: Klinisk mikrobiologi Innehåll: Sid 2 Sid 3-7 Laboratoriemedicin Medicinska chefsgruppen - Inbjudan
Läs merNext Generation (high throughput) Sequencing (NGS)
Next Generation (high throughput) Sequencing (NGS) Willem de Leeuw, PhD Verksamhetsutvecklare Centrumledning Diagnostikcentrum Diagnostikcentrum Region Östergötland Universitetssjukhuset Linköping SE-581
Läs merAnsvarig utgivare: Verksamhetschefer 1(6) Redaktör: Carina Wallner Labnytt nr 11, december 2017
Ansvarig utgivare: Verksamhetschefer 1(6) LABORATORIEMEDICIN DALARNA PATOLOGI OCH CYTOLOGI DALARNA Labnytt. INNEHÅLLSFÖRTECKNING AKTUELLT FRÅN KLINISK KEMI... 2 Proteinfraktionering, analys i serum istället
Läs merAMPLIRUN DNA/RNA AMPLIFICATION CONTROLS
AMPLIRUN DNA/RNA AMPLIFICATION CONTROLS TAKE CONTROL, MOLECULAR CONTROL AMPLIRUN FEATURES Quantitated PCR controls for viruses, bacteria and protozoa. Purified nucleic acid, complete microbial genome.
Läs merAckrediteringens omfattning Klinisk mikrobiologi. Metod/ Mätprincip. Komponent/Undersökning. Bilaga 2a /536
Klinisk bakteriologi Clostridium difficile ribotypning Isolat från: feces PCR Sekvenator Ribotyp lika/olika Corynebacterium diphtheriae typning och toxinbestämning Isolat från: svalg, sår Biokemi Toxintest
Läs merCMV/EBV Molekylär diagnostik. Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus
CMV/EBV Molekylär diagnostik Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus De flesta CMV infektioner hos immunkompetenta individer är asymtomatiska eller ger bara en mkt mild
Läs merSeminarie: orala (virus) infektioner
Seminarie: orala (virus) infektioner! Diagnostik! Behandling Peter Lundholm, övertandläkare Sektionschef Käkkirurgi peter.lundholm@akademiska.se Virusinfektioner i munhålan!destruerande virus!producerande
Läs merKvalitativa undersökningar. uppskattning och kontroll av. osäkerhet inom Laboratoriemedicin
SWEDAC DOC 05:2 ISSN 1400-6138 Kvalitativa undersökningar uppskattning och kontroll av osäkerhet inom Laboratoriemedicin () - Tillämpningsområde: Laboratoriemedicin Kvalitativa undersökningar uppskattning
Läs merVerktygslåda för fekal källspårning på laboratorium och i fält
Vattenburna smittor hur kan vi hjälpas åt för att bedöma och hantera risker? Verktygslåda för fekal källspårning på laboratorium och i fält Avlopps? rening Vattentäkt Bakgrund Förorenat råvatten är ofta
Läs merKOMMENTARER TILL KAPITEL 9 OCH KAPITEL 16
1 KOMMENTARER TILL KAPITEL 9 OCH KAPITEL 16 Vad är virus? Förpackat genetiskt material Obligata intracellulära parasiter Virus kan bara förökas i levande celler. Som värdceller fungerar människor, djur,
Läs merFilmArray i praktiken
FilmArray i praktiken NMMD 2016 Anna Ryberg Klinisk mikrobiologi Kronoberg och Blekinge Uppsättning Nu två instrument på varje laboratorium 3 paneler Luftvägspanel Gastroenteritpanel Meningit-/encefalitpanel
Läs merFisk, kräftor & musslor som edna Patrik Bohman, SLU Aqua Sötvattenslaboratoriet
Fisk, kräftor & musslor som edna 2014-2016 Patrik Bohman, SLU Aqua Sötvattenslaboratoriet edna projekt (2014-2016) Fisk, musslor och kräftor som edna Frågeställningar: 1. Kan vi upptäcka arter DNA kvalitativt
Läs merEqualis kvalitetssäkringsprogram 2018
Equalis kvalitetssäkringsprogram 2018 HIV/HTLV-diagnostik, HIV-antigen, Blodsmitta Margareta Nordin Equalis användarmöte 12 mars 2019 HIV/HTLV-diagnostik (screening och konfirmation) (58) 2018 Förväntat
Läs merNGS i sjukvård next generation sequencing. Jan Söderman Medicinsk diagnostik Länssjukhuset Ryhov Jönköping
NGS i sjukvård next generation sequencing Jan Söderman Medicinsk diagnostik Länssjukhuset Ryhov Jönköping CREDIT: Peter & Maria Hoey / www.peterhoey.com The ultimate genetic test, Science 336: 1110-1112,
Läs merLaboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR
Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia
Läs merFekal källspårning i ytråvatten
Kunskapsseminarium om mikrobiologiska dricksvattenrisker 20161025, Hotel Clarion WINN, Gävle Fekal källspårning i ytråvatten Rikard Dryselius Varför källspåra? Vid inrapporterade dricksvattenburna sjukdomsutbrott
Läs merRSV-rapport för vecka 18-19, 2017
RSV-rapport för vecka 18-19, 2017 Denna rapport publicerades den 18 maj 2017 och redovisar RSV-läget vecka 18-19 (1 14 maj). Lägesbeskrivning Aktiviteten för RSV ligger på en mycket låg nivå och passerade
Läs merRSV-rapport för vecka 11, 2018
RSV-rapport för vecka 11, 2018 Denna rapport publicerades den 22 mars 2018 och redovisar RSV-läget vecka 11 (12-18 mars). Lägesbeskrivning Aktiviteten för respiratory syncytial virus (RSV) är på en låg
Läs merUniversell detektion av biologiska högriskorganismer
Universell detektion av biologiska högriskorganismer 2 MSB:s kontaktpersoner: Sara Brunnberg, 010-240 40 87 Susanna Ekströmer, 010-240 4352 Publikationsnummer MSB 895-juni 2015 3 Förord Denna rapport utgör
Läs merDNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct
1(6) DNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct Bakgrund, indikation och tolkning Proteinet alfa-1-antitrypsin (A1AT, AAT) är en av kroppens viktigaste proteashämmare och tillhör proteinsuperfamiljen
Läs merGene$sk diagnos$k av AML. Thoas Fioretos, professor, överläkare Genetiska kliniken och Avd för klinisk genetik
Gene$sk diagnos$k av AML Thoas Fioretos, professor, överläkare Genetiska kliniken och Avd för klinisk genetik 2016-10- 03 WHO klassifikationen Major principle: Classification relies on a combination of
Läs merRSV-rapport för vecka 13, 2017
RSV-rapport för vecka 13, 2017 Denna rapport publicerades den 6 april 2017 och redovisar RSV-läget vecka 13 (27 mars - 2 april). Lägesbeskrivning Antalet fall av respiratory syncytial virus (RSV) fortsatte
Läs merRSV-rapport för vecka 13, 2018
RSV-rapport för vecka 13, 2018 Denna rapport publicerades den 5 april 2018 och redovisar RSV-läget vecka 13 (26 mars 1 april). Lägesbeskrivning Aktiviteten för respiratory syncytial virus (RSV) avtog under
Läs mer/2011. Från Unilabs Laboratoriemedicin, Västra Götaland - gällande fr.o.m. 2011-11-23 (om inget annat datum anges)
Datum 2011-11-07 Meddelande 9/20 /2011 Från Unilabs Laboratoriemedicin, Västra Götaland - gällande fr.o.m. 2011-11-23 (om inget annat datum anges) Kundtjänst informerar Informationen angående remissanvisningarna
Läs merChlamydophila pneumoniaeantikroppar
Luftvägar och urin Chlamydophila pneumoniaeantikroppar Resultaten är bättre än vid 2015 års utskick. Det föreligger en fortsatt variation framför allt vad gäller IgM, men även för IgG, mellan de olika
Läs merTentamen i Biomedicinsk laboratoriemetodik 2, 7 hp (kod 0800)
Tentamen i Biomedicinsk laboratoriemetodik 2, 7 hp (kod 0800) Kursens namn: BMLVA II 22,5 högskolepoäng Kurskod: BL1004 Kursansvarig: Rolf Pettersson, Charlotte Sahlberg Bang Datum: 2/5-2011 Skrivtid:
Läs merFecesdiagnostik i multiplexeran Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska Universitetssjukhuset
Fecesdiagnostik i multiplexeran 180313 Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska Universitetssjukhuset En kort resumé Odling standard sedan labbet bygdes på 60-talet Två lab med något olika rutiner
Läs merBilaga 2A 2015-06-15 2014/149. System Metod/mätprincip Utrustning Enhet Lab/Ort Sekret, aspirat, vävnad, genitalia m.m.
Beteckni Ackrediteriens omfattni Bakteriologi undersökni Actinomyces spp System Metod/mätprincip Utrustni Enhet Lab/Ort Sekret, aspirat, vävnad, genitalia m.m. Specifik odli Aeromonas Faeces Specifik odli
Läs merFramtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne
Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne α-talassemi 4 genotyper Wild type αα / αα - - α + -talassemi α
Läs merCirkulerande tumör-dna för cancerdiagnostik
Cirkulerande tumör-dna för cancerdiagnostik -Behandlingsstyrande tester av EGFR hos patienter med icke småcellig lungcancer Gisela Helenius Laboratoriemedicinska kliniken Universitetssjukhuset Örebro Sökning
Läs merRSV-rapport för vecka 9, 2018
RSV-rapport för vecka 9, 2018 Denna rapport publicerades den 8 mars 2018 och redovisar RSV-läget vecka 9 (26 februari 4 mars). Lägesbeskrivning Aktiviteten för respiratory syncytial virus (RSV) är på en
Läs merSören Andersson. Professor, prefekt, överläkare. Institutionen för medicinska vetenskaper Örebro universitet & Laboratoriemedicin, Region Örebro län
Konfirmation av HIV och HTLV Sören Andersson Professor, prefekt, överläkare Institutionen för medicinska vetenskaper Örebro universitet & Laboratoriemedicin, Region Örebro län Diagnostiska principer HIV
Läs merHUGO-projektet. Kartläggningen av det mänskliga genomet
Vem är HUGO? HUGO-projektet Kartläggningen av det mänskliga genomet Kartläggning av genom Genom= allt DNA hos en organism. Kartläggningen sker genom att man bestämmer DNA-sekvensen för hela genomet och
Läs merRSV-rapport för vecka 8, 2018
RSV-rapport för vecka 8, 2018 Denna rapport publicerades den 1 mars 2018 och redovisar RSV-läget vecka 8 (19-25 februari). Lägesbeskrivning Aktiviteten för respiratory syncytial virus (RSV) är fortsatt
Läs merVirusinfektioner hos immunsupprimerade. Infektionsläkareföreningens Vårmöte Maj 2012 Maria Rotzén Östlund Malin Ackefors
Virusinfektioner hos immunsupprimerade Infektionsläkareföreningens Vårmöte Maj 2012 Maria Rotzén Östlund Malin Ackefors Disposition Luftvägsvirus: fall och diagnostik Reaktivering herpesgruppen: fall och
Läs merDatum Diarienr: SkaS
Datum 2016-11-02 Diarienr: SkaS 38-2016 Meddelande 17/20 /2016 Från Unilabs Laboratoriemedicin, Västra Götaland gällande fr.o.m. 2016-11-23 (om inget annat datum anges i texten) Till kunder inom Skaraborgs
Läs merAnalys av nukleinsyra. Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls
Analys av nukleinsyra Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Studietips Detta kompendium är INTE en lärobok. Det är inte meningen att man skall kunna läsa kompendiet och förstå innehållet. Ni
Läs merRSV-rapport för vecka 16-17, 2018
RSV-rapport för vecka 16-17, 2018 Denna rapport publicerades den 3 maj 2018 och redovisar RSV-läget vecka 16-17 (16-29 april). Lägesbeskrivning Aktiviteten för respiratory syncytial virus (RSV) nådde sin
Läs merEnterovirus D68 diagnostik vid utbrott. Malin Grabbe Klinisk mikrobiologi, Solna Karolinska Universitetslaboratoriet
Enterovirus D68 diagnostik vid utbrott Malin Grabbe Klinisk mikrobiologi, Solna Karolinska Universitetslaboratoriet Bakgrund - Enterovirus D68 (EV-D68) Identifierades första gången i Kalifornien, USA,
Läs merMeddelande 1/2013. U-Proteinprofil ersätter Pt(U)-Proteinfraktioner fr o m 2012-02-13
Datum 2013-01-28 Meddelande 1/2013 Från Unilabs Laboratoriemedicin Sörmland. Klinisk kemi U-Proteinprofil ersätter Pt(U)-Proteinfraktioner fr o m 2012-02-13 U-Proteinprofil är, liksom den hittills använda
Läs merDatum /2016. Från Unilabs Laboratoriemedicin, Sörmland gällande fr.o.m (om inget annat datum anges i texten)
Datum 2016-11-02 Meddelande 7/20 /2016 Från Unilabs Laboratoriemedicin, Sörmland gällande fr.o.m. 2016-11-23 (om inget annat datum anges i texten) Klinisk kemi Justering av referensintervall för S-1,25-OH-Vitamin
Läs merDNA-ordlista. 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur.
DNA-ordlista 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur. Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra.
Läs merPrislista 2014 Klinisk mikrobiologi för invånarna i Blekinge och Kronoberg 140101
Prislista 2014 Klinisk mikrobiologi för invånarna i Blekinge och Kronoberg 140101 Priset baserat på kostnader för material och arbetstid, men inkluderar också overheadkostnader. Det betyder att priset
Läs merFolkhälsomyndighetens beredskap mot hälsohot
Folkhälsomyndighetens beredskap mot hälsohot Annika Elmgart EC, Beredskap och krishantering Tomas Tolfvenstam EC, Beredskap och smittskyddsdiagnostik Kort om Folkhälsomyndigheten Den 1 januari 2014 gick
Läs merAckrediteringens omfattning Unilabs AB, Laboratoriemedicin, molekylärbiologi 1329
MRSA konfirmation Nuc / MecA/ MecC/PVL-gen MRSA konfirmation Nuc/MecA Dermatofyt PCR Detektion av plasmidmedierad AmpC (pampc) Isolat från allmänna prover såsom: sår, näsa, svalg vestibulum, perineum,
Läs merFoton; Creative Commons, Jacob Berggren, Naturforskarna. edna paradigmskifte för inventering av akvatisk biologisk mångfald
Foton; Creative Commons, Jacob Berggren, Naturforskarna edna paradigmskifte för inventering av akvatisk biologisk mångfald Biologisk mångfald och edna Ofta problematiskt att mäta biologisk mångfald - hur
Läs merartus EBV QS-RGQ Kit Prestandaegenskaper Maj 2012 Sample & Assay Technologies Analytisk sensitivitet plasma artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1,
artus EBV QS-RGQ Kit Prestandaegenskaper artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1, 4501363 Verificar a disponibilidade de novas revisões de rotulagem electrónica em www.qiagen.com/products/artuscmvpcrkitce.aspx
Läs merAllmän mikrobiologi. Inledning. Mikrobiologi Människan: biologi och hälsa SJSE11
Allmän mikrobiologi Människan: biologi och hälsa SJSE11 2014-10-27 Annelie Augustinsson Inledning Den sjuksköterska som förstår hur infektioner uppkommer, hur immunförsvaret fungerar, hur infektioner kan
Läs mer