Generell detektion av patogen med metagenomik

Storlek: px
Starta visningen från sidan:

Download "Generell detektion av patogen med metagenomik"

Transkript

1 Generell detektion av patogen med metagenomik Maria Lind Karlberg Björn Hallström Avdelningen för mikrobiologi Enheten för laboratorieutveckling

2 Hur identifieras en patogen hos en patient med infektion? Brett spektrum av analysmetoder???? Alternativ metod för det okända provet : Mer robust och ospecifik (generell detektion av patogen) Identifiera låga mängder patogen i en komplex värdbakgrund Sid 2.

3 Vad har alla patogener gemensamt? RNA? protein Sid 3.

4 Next Generation Sequencing (NGS) Fördelar: Detekterar både odlingsbara och icke odlingsbara agens Kräver liten eller ingen a priori kunskap om patogenen Möjligt att analysera komplext prov bestående av nukleinsyror (DNA eller RNA) från flera olika organismer (och virus): Metagenomisk sekvensering Sid 4.

5 Metod för generell detektion av patogen: RNA sekvensering (RNA seq) Metagenomisk dataanalys Metagenomisk sekvensering av isolerat RNA från kliniska prover Sid 5.

6 Metagenomisk sekvensering av RNA RNA (DNA) extraktion Fragmentering Sekvensering Genome A Genome B Genome C Genome D Genome E BLASTn Assembly Reads: >seq1 GCCGTAGCAA N >seq2 TATGCCGGTA N >seq3 CCAGGTCAAT N >seq TAAGCTGCCT N Dataanalys Identifiering Sid 6. 13/06/2016

7 Hur känslig är metoden? Sid 7.

8 RNA seq vs RT-qPCR Okänt RNA Humant RNA RT-qPCR*(Cq) RNAseq (reads) 10% 5% 50% 50% 75% *kräver rätt RT-qPCR metod Sid 8.

9 Detektionsgräns (LoD) för RNA seq Prov Virus Provmaterial Cq/kvantitet NGS. Reads per miljon totala reads* Chik1 Chikungunya virus Spikat serum Chik2 Chikungunya virus Spikat serum Chik3 Chikungunya virus Spikat serum Chik4 Chikungunya virus Spikat serum Chik5 Chikungunya virus Spikat serum 36 0,13 Chik6 Chikungunya virus Spikat serum 38 ND Chik7 Chikungunya virus Spikat serum 40 ND Chik8 Chikungunya virus Spikat serum ND ND Viruspool RSV A Spikat serum Viruspool Enterovirus Spikat serum Viruspool Parvovirus Spikat serum 350 cop/µl 0,57* Viruspool Adenovirus Spikat serum 7900 cop/µl 341* Viruspool CMV Spikat serum 2,6 cop/µl 1,44* Infl_1 Influenza A virus Nasopharynx Infl_3 Influenza B virus Nasopharynx Infl_5 Influenza A virus Nasopharynx Infl_9 Influenza A virus Nasopharynx 33 ND Infl_11 Influenza A virus Nasopharynx 37 ND LASV1 Lassa virus Serum 36 ND LASV2 Lassa virus Urin 35 ND LASV3 Lassa virus Serum Sollentuna 1 Sapovirus Feces ND Sollentuna 2 Sapovirus Feces ND 467 *540 chip ger miljoner reads på bp *DNA seq Sid.

10 Metod för generell detektion av patogen: Art nr 4407 Metagenomik för generell detektion av okänd pathogen Analysen utförs endast efter kontakt med Folkhälsomyndigheten tel RNA sekvensering Ion Total RNA-seq kit for the AB Library Builder System (Thermo Fisher Scientific) Whole transcriptome eller small RNA bibliotek Metagenomisk dataanalys Automatisk dataanalys (Kraken) Sid 10.

11 Dataanalys av metagenomisk sekvensering

12 Problembeskrivning Stora mängder sekvensdata ( miljoner sekvensläsningar) Stor sökrymd ( alla genomsekvenser) Hög känslighet krävs Bråttom! Sid 12.

13 Lösning Kraken Mjukvara för ultrasnabb klassificering av reads mot en stor databas av referensgenom. ~1000x snabbare än Megablast, bättre taxonomisk precision och jämförbar känslighet. Sid 13.

14 Förklaring: K-mer Referensdatabas Människogenomet ~5000 bakteriearter ~5500 virusarter ~100 protozoer ~200 svampar TCGATGGACGGTATGGACGATCG TCGA CGAT GATG ATGG TGGA... Alla 31-merer i referensdatabasen klassificeras till lowest common ancestor (LCA). Exempel: Om en 31-mer finns i någon art av Salmonella och någon art av Escherichia så klassificeras den till Family: Enterobacteriaceae. Sid 14.

15 Analysflöde, sekvensfiltrering Sekvensdata AATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT GATGGCTAAAGTTGCGTACCCAGTTAGAGT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT ACCTGATTAGACCATTAGCGATTGACTGAC Lågkomplexitetsfilter (DUST) Sekvensdata utan lågkomplexa reads AATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT GATGGCTAAAGTTGCGTACCCAGTTAGAGT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT ACCTGATTAGACCATTAGCGATTGACTGAC Sid 15.

16 Analysflöde, klassificering Sekvensdata Lågkomplexitetsfilter (DUST) Sekvensdata utan lågkomplexa GATGGCTAAAGTTGCGTACCCAGTTAGAGT K-mer 1: GATGGCTAA - Unclassified K-mer 2: ATGGCTAAA Species A K-mer 3: TGGCTAAAG - Unclassified K-mer 4: GGCTAAAGT Genus B K-mer 5: GCTAAAGTT Species A... LCA-klassificering (Kraken) Read 1 klassificerat till Species A Upprepa för alla X miljoner reads! Sid 16.

17 Analysflöde, sammanställning Sekvensdata Lågkomplexitetsfilter (DUST) Sekvensdata utan lågkomplexa reads LCA-klassificering (Kraken) Klassificering av alla sekvensläsningar Sammanställning Sid 17.

18 Analysflöde, validering Sekvensdata Mappning av klassificerade reads till referensgenom Lågkomplexitetsfilter (DUST) Sekvensdata utan lågkomplexa reads LCA-klassificering (Kraken) BLASTa reads/assembly mot NCBI NT Klassificering av alla sekvensläsningar Sammanställning Validering Sid 18.

19 Fallgropar Falska positiva Inkorrekta sekvenser i referensdatabasen Kontamination??? Falska negativa Referenssekvens saknas i databas Hög divergens från referenssekvens Sid 19.

20 Tack till MI-LU: Erik Alm Gunnel Lindegren Gabriel Östlund Reza Advani Anna-Lena Hammarin Mattias Mild MI Nina Lagerqvist Thomas Tolfvenstam Kerstin Falk Andreas Bråve Åsa Wiman Tove Samuelsson Per Sikora Steve Glavas Sid 20.

Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience

Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience Mikrobiologins tekniksprång Den högteknologiska mikrobiologin erbjuder idag nya verktyg för att förebygga smittspridning och öka produktsäkerhet.

Läs mer

Analys av råvatten och dricksvatten vid oväntad mikrobiologisk förorening

Analys av råvatten och dricksvatten vid oväntad mikrobiologisk förorening Analys av råvatten och dricksvatten vid oväntad mikrobiologisk förorening Anette Hansen, Folkhälsomyndigheten 171130 Svenskt Vatten Forskning och innovation för säkert dricksvatten Anette.Hansen@folkhalsomyndigheten.se

Läs mer

Varför vill vi veta något om vilka patogener som finns i avloppsvattnet och hur gör vi?

Varför vill vi veta något om vilka patogener som finns i avloppsvattnet och hur gör vi? Varför vill vi veta något om vilka patogener som finns i avloppsvattnet och hur gör vi? Per-Eric Lindgren Inst för klinisk och experimentell medicin Linköpings universitet Linköping Grupper av humanpatogener

Läs mer

Next Generation Sequencing. Anna Gréen, Klinisk Genetik, Linköping

Next Generation Sequencing. Anna Gréen, Klinisk Genetik, Linköping Next Generation Sequencing Anna Gréen, Klinisk Genetik, Linköping Vad är Next Generation sequencing? First Generation sequencing- ex Sanger och pyrosekvensering 2005-massiv parallell sekvensering Stora

Läs mer

Next generation sequencing hur kan hygienläkare använda detta? Anders Johansson

Next generation sequencing hur kan hygienläkare använda detta? Anders Johansson Next generation sequencing hur kan hygienläkare använda detta? Anders Johansson 2016-11-11 Många användningsområden några få är färdiga för kliniskt bruk Inom klinisk genetik och klinisk patologi används

Läs mer

Cirkulerande cellfritt DNA

Cirkulerande cellfritt DNA Cirkulerande cellfritt DNA - en introduktion Anne Ricksten Equalismöte 2016-11-14 Vad är cirkulerande fritt DNA (cfdna)? Extracellulärt DNA som finns i cirkulationen Fragmenterat DNA, medelstorlek på ca

Läs mer

Utvärdering av BD MAX enteric parasite panel på ett kliniskt laboratorie

Utvärdering av BD MAX enteric parasite panel på ett kliniskt laboratorie Utvärdering av BD MAX enteric parasite panel på ett kliniskt laboratorie Georgina Isak a, Leigh Davidsson a, Stina Boräng b, Silvia Botero-Kleiven b a Enhet för parasitologi och vattenburen smitta, Folkhälsomyndigheten

Läs mer

MSB PROJEKT: MOBIL RESURS VID MISSTÄNKT FARLIG SMITTA. Tobias Lilja

MSB PROJEKT: MOBIL RESURS VID MISSTÄNKT FARLIG SMITTA. Tobias Lilja MSB PROJEKT: MOBIL RESURS VID MISSTÄNKT FARLIG SMITTA Tobias Lilja ÖVERBLICK AV PROJEKTET Projektet löper under två år. 2017-2018 Motsvarande 1 1/10 heltidstjänst delat på tre personer på SVA Mikhayil

Läs mer

Varför vill vi veta något om vilka patogener som finns i avloppsvattnet och hur gör vi?

Varför vill vi veta något om vilka patogener som finns i avloppsvattnet och hur gör vi? Varför vill vi veta något om vilka patogener som finns i avloppsvattnet och hur gör vi? Per-Eric Lindgren Inst för klinisk och experimentell medicin Linköpings universitet Linköping Grupper av humanpatogener

Läs mer

Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys

Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys Equalis användarmöte Molekylär diagnostik Birgitta Kjellström Sektionen för Genanalys, Klinisk kemi 2017-11-16 Familjär hyperkolesterolemi Familjär hyperkolesterolemi

Läs mer

Diagnostik av luftvägsinfektioner i Umeå. Urban Kumlin Klinisk mikrobiologi Umeå 2016

Diagnostik av luftvägsinfektioner i Umeå. Urban Kumlin Klinisk mikrobiologi Umeå 2016 Diagnostik av luftvägsinfektioner i Umeå Urban Kumlin Klinisk mikrobiologi Umeå 2016 Ökande behov av diagnostik vid luftvägsinfektion behandlingsmöjligheter ökande antibiotikaresistens allt fler immunsupprimerade

Läs mer

FilmArray - helautomatiserad multiplex likvordiagnostik

FilmArray - helautomatiserad multiplex likvordiagnostik FilmArray - helautomatiserad multiplex likvordiagnostik Sara Thulin Hedberg, Molekylärbiolog, PhD David Nestor, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling & Martin Sundqvist Laboratoriemedicinska Länskliniken,

Läs mer

Analys av det okända vattenprovet

Analys av det okända vattenprovet Analys av det okända vattenprovet Anette Hansen, Folkhälsomyndigheten Enheten för parasitologi och vattenburen smitta Anette.Hansen@folkhalsomyndigheten.se 072-3707798 Bakgrund Förorening eller misstanke

Läs mer

Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier

Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier Paula Mölling, Molekylärbiolog, Docent Bianca Törös, Daniel Golparian, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling Laboratoriemedicinska länskliniken, Molekylärdiagnostik

Läs mer

Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV

Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV Sara Thulin Hedberg, Molekylärbiolog, PhD Lorraine Eriksson, Kerstin Malm, Maria A Demontis*, Paula Mölling, Martin Sundqvist, Graham

Läs mer

Utveckling av multiplex realtids PCR metod för detektion av kalvdiarrévirus hos nöt

Utveckling av multiplex realtids PCR metod för detektion av kalvdiarrévirus hos nöt Utveckling av multiplex realtids PCR metod för detektion av kalvdiarrévirus hos nöt Bakgrund Diarré hos nötkreatur är ett av de viktigaste sjukdomskomplexen i industrialiserade länder, inklusive Sverige.

Läs mer

ANALYS AV KVARVARANDE SJUKDOM VID AKUT MYELOISK LEUKEMI NÄR, VAR OCH HUR?

ANALYS AV KVARVARANDE SJUKDOM VID AKUT MYELOISK LEUKEMI NÄR, VAR OCH HUR? ANALYS AV KVARVARANDE SJUKDOM VID AKUT MYELOISK LEUKEMI NÄR, VAR OCH HUR? LINDA FOGELSTRAND DOCENT, SPECIALISTLÄKARE KLINISK KEMI & AVDELNINGEN FÖR KLINISK KEMI OCH TRANSFUSIONSMEDICIN, INSTITUTIONEN FÖR

Läs mer

DNA-ordlista. Amplifiera: Att kopiera och på så sätt mångfaldiga en DNA-sekvens med hjälp av PCR.

DNA-ordlista. Amplifiera: Att kopiera och på så sätt mångfaldiga en DNA-sekvens med hjälp av PCR. DNA-ordlista Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra. Detta gör att man kan urskilja var och hur mycket de skiljer sig från varandra, vilket är ett av de mest grundläggande sätten att analysera

Läs mer

Nya virus påvisade hos gris pilotundersökningar om deras kliniska betydelse

Nya virus påvisade hos gris pilotundersökningar om deras kliniska betydelse Slutrapport H0850396 Nya virus påvisade hos gris pilotundersökningar om deras kliniska betydelse Bakgrund I samband med att den nya grissjukdomen postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) konstaterades

Läs mer

Pilotstudie NGS: E. coli ESBL från patienter med misstänkt sepsis

Pilotstudie NGS: E. coli ESBL från patienter med misstänkt sepsis Pilotstudie NGS: E. coli ESBL från patienter med misstänkt sepsis Helena Enroth, Med Dr (PhD), Klinisk molekylärbiologi, Unilabs, Skövde och Adj. Professor, Systems Biology Research Group, Inst. för biovetenskap,

Läs mer

Ackrediteringens omfattning Klinisk mikrobiologi

Ackrediteringens omfattning Klinisk mikrobiologi Hepatit A virus (HAV) Hepatit A virus IgMak Serum/plasma CMIA ARCHITECT Hepatit B virus (HBV) Hepatit B virus s-ag Serum/plasma CMIA ARCHITECT Hepatit B virus c-ak Serum/plasma CMIA ARCHITECT Hepatit B

Läs mer

Kvalitetssäkring och Validering Molekylära Metoder. Susanna Falklind Jerkérus Sektionen för Molekylär Diagnostik Karolinska Universitetslaboratoriet

Kvalitetssäkring och Validering Molekylära Metoder. Susanna Falklind Jerkérus Sektionen för Molekylär Diagnostik Karolinska Universitetslaboratoriet Kvalitetssäkring och Validering Molekylära Metoder Susanna Falklind Jerkérus Sektionen för Molekylär Diagnostik Karolinska Universitetslaboratoriet Vem/Vad styr oss? 98/79/EG - IVD direktivet Lagen (1993:584)

Läs mer

Användning av PCR i växtodlingen. Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara

Användning av PCR i växtodlingen. Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara Användning av PCR i växtodlingen Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara Innehåll Introduktion qpcr och andra DNA-metoder Biologisk markkartering av jordburna patogener DNA-baserade diagnos av bladfläckar på vete

Läs mer

5/201. Från Unilabs Laboratoriemedicin, Stockholm gällande fr.o.m (om inget annat datum anges i texten)

5/201. Från Unilabs Laboratoriemedicin, Stockholm gällande fr.o.m (om inget annat datum anges i texten) Datum 2016-04-05 Meddelande 5/201 2016 Från Unilabs Laboratoriemedicin, Stockholm gällande fr.o.m. 2016-04-20 (om inget annat datum anges i texten) Klinisk kemi S- Reumatoid faktor Vi övergår till nytt

Läs mer

UTBILDNINGSBOK FÖR SPECIALISTUTBILDNING I KLINISK MIKROBIOLOGI

UTBILDNINGSBOK FÖR SPECIALISTUTBILDNING I KLINISK MIKROBIOLOGI UTBILDNINGSBOK FÖR SPECIALISTUTBILDNING I KLINISK MIKROBIOLOGI Inledning Den här utbildningsboken utges av Föreningen för Klinisk Mikrobiologi (FKM) och är ett komplement till Socialstyrelsens föreskrifter

Läs mer

Kontrollhandbok Provtagning. Del 4 Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov

Kontrollhandbok Provtagning. Del 4 Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov Kontrollhandbok Provtagning Del 4 Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov Innehåll Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov... 3 Vem ska bedöma livsmedelsprov?... 3 Bedömningsterminologi... 4 Hur

Läs mer

Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi

Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi Komponent/Undersökning System Metod/Mätprincip Utrustning Enhet Klinisk bakteriologi Clostridium difficile ribotypning Corynebacterium diphtheriae typning

Läs mer

Innehåll. Förord... 7. Inledning... 11. Tack... 195 Vidare läsning... 197 Illustrationer... 203 Register... 205. kapitel 1 Ursprung...

Innehåll. Förord... 7. Inledning... 11. Tack... 195 Vidare läsning... 197 Illustrationer... 203 Register... 205. kapitel 1 Ursprung... Innehåll Förord.... 7 Inledning.... 11 kapitel 1 Ursprung... 13 kapitel 2 Evolution.... 21 kapitel 3 Upptäckt... 33 kapitel 4 Miljö och civilisation... 49 kapitel 5 Bakteriell patogenes... 69 kapitel 6

Läs mer

Biosäkerhet för nya virus och lite annat lokala erfarenheter. Maria Rotzén Östlund Områdeschef, Klinisk mikrobiologi, Karolinska, Solna

Biosäkerhet för nya virus och lite annat lokala erfarenheter. Maria Rotzén Östlund Områdeschef, Klinisk mikrobiologi, Karolinska, Solna Biosäkerhet för nya virus och lite annat lokala erfarenheter Maria Rotzén Östlund Områdeschef, Klinisk mikrobiologi, Karolinska, Solna Vad ska jag tala om? Inledning Nya luftvägsvirus Exempel på samarbeten

Läs mer

Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar

Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar GA N AT ION ALCTAC ATCA G ENOMI CSGT INFR A S T RU CTURE Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar Adam Ameur Bioinformatiker SciLifeLab Uppsala, 13e Maj 2014 Introduktion till bioinformatik

Läs mer

Metodutveckling för detektion av jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärt och oljeväxter

Metodutveckling för detektion av jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärt och oljeväxter Metodutveckling för detektion av jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärt och oljeväxter Ann-Charlotte Wallenhammar 1, Charlotta Almquist 2,3 and Anders Jonsson 2,3

Läs mer

Bakgrund. Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning. Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år

Bakgrund. Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning. Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning Rapsarealen i Sverige 2008 Ann-Charlotte Wallenhammar, 2 Charlotta Almquist, Anna Redner och 3 Anki Sjöberg HS Konsult AB, Örebro

Läs mer

ENERGIDEKLARATION. Johannesbergsplan 10, 191 38 Sollentuna Sollentuna kommun. sammanfattning av. Nybyggnadsår: 2012 Energideklarations-ID: 638883

ENERGIDEKLARATION. Johannesbergsplan 10, 191 38 Sollentuna Sollentuna kommun. sammanfattning av. Nybyggnadsår: 2012 Energideklarations-ID: 638883 Johannesbergsplan 10, 191 38 Sollentuna Johannesbergsplan 12, 191 37 Sollentuna Johannesbergsplan 8, 191 38 Sollentuna Margreteborgsvägen 21, 191 38 Sollentuna Johannesbergsplan 2, 191 38 Sollentuna Johannesbergsplan

Läs mer

LIVSMEDELS MIKROBIOLOGI

LIVSMEDELS MIKROBIOLOGI LIVSMEDELS MIKROBIOLOGI Sven-Olof Enfors Institutionen för Bioteknologi KTH Stockholm 2003 Innehåll Kap 1 Introduktion...1 Kap 2. Kemiska reaktioner vid förskämning av livsmedel...4 2.1 Förutsättningar

Läs mer

Tentamen 3p mikrobiologi inom biologi 45p, Fråga 1 (2p) Fråga 2 (2p) Fråga 3 (2p)

Tentamen 3p mikrobiologi inom biologi 45p, Fråga 1 (2p) Fråga 2 (2p) Fråga 3 (2p) Tentamen 3p mikrobiologi inom biologi 45p, 050308 Fråga 1 Du har isolerat en bakterie och vill titta på om den kan förflytta sig, vilken/vilka metoder använder du? a Elektronmikroskopi b Gramfärgning c

Läs mer

DNA-baserad identifiering av invasiva arter i akvatisk miljö

DNA-baserad identifiering av invasiva arter i akvatisk miljö DNA-baserad identifiering av invasiva arter i akvatisk miljö Per Sundberg SEAN ALYTICS AB Species and Ecosystem Analyses Invasiva arter hur kommer dom hit Övervakning hamnar/farleder Hur upptäcker vi dom

Läs mer

MHC Centrum av Hästens Immunsystem

MHC Centrum av Hästens Immunsystem Slutrapport (juni 2016) MHC Centrum av Hästens Immunsystem (Projektnummer H1147283) Tomas Bergström Sofia Mikko Göran Andersson BAKGRUND Major histocompatibilty complex (MHC) är en region i hästens genom

Läs mer

DNA sekvensning Primär Immunbrist Genetik till varje pris?

DNA sekvensning Primär Immunbrist Genetik till varje pris? DNA sekvensning Primär Immunbrist Genetik till varje pris? Ola Winqvist Professor, Överläkare Kandidatgensekvensning 100 baspar/körning 1 Lite historia 1962: Nobel priset till Watson och Crick för DNA

Läs mer

Hur sätter man ihop en kvalitetspanel? Annika Allard, Klinisk Mikrobiologi, NUS

Hur sätter man ihop en kvalitetspanel? Annika Allard, Klinisk Mikrobiologi, NUS Hur sätter man ihop en kvalitetspanel? Annika Allard, Klinisk Mikrobiologi, NUS Arbetsgång- Equalis Förslag: Det finns ett behov av ett nytt program/panel Förslag: En redan befintlig panel behöver förändras

Läs mer

Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar

Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar Adam Ameur Bioinformatiker Lund, 26e November 2014 Introduktion till bioinformatik Bioinformatik - en tvärvetenskaplig disciplin där algoritmer

Läs mer

Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi 2010. EQUALIS-representanter Eva Burman, Karin Dahlin-Robertsson och Keng-Ling Wallin.

Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi 2010. EQUALIS-representanter Eva Burman, Karin Dahlin-Robertsson och Keng-Ling Wallin. Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi 2010 Kåre Bondesson Uppsala Maria Brytting Stockholm (SMI) Eva Hedvall Malmö Torbjörn Kjerstadius Karlstad Ilona Lewensohn-Fuchs Stockholm Inger Ljungström Stockholm

Läs mer

Screening av fetalt RHD i maternell plasma. Åsa Hellberg BMA, PhD Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Labmedicin Skåne

Screening av fetalt RHD i maternell plasma. Åsa Hellberg BMA, PhD Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Labmedicin Skåne Screening av fetalt RHD i maternell plasma Åsa Hellberg BMA, PhD Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Labmedicin Skåne När används blodgruppsgenomisk typning? oberoende analys vid oklara serologiska

Läs mer

Ackrediteringens omfattning

Ackrediteringens omfattning Landstinet i Kalmar län, Dianostiskt Centrum, Klinisk bioloi - 1423 Bakterioloen Bakterier, jästsvamp/ Bakterier Bakterier/ Neisseria onorrhoeae Patoena Patoena Salmonella, Shiella, Campylobacter, Yersinia,

Läs mer

Växt/ Ingen växt Respektive Bakterier/ Ej. bakterier - CFU <15 CFU 15-100 CFU >100 CFU. - CFU/mL 1x10 3-1x10 4 1x10 4-1x10 5 >1x10 5

Växt/ Ingen växt Respektive Bakterier/ Ej. bakterier - CFU <15 CFU 15-100 CFU >100 CFU. - CFU/mL 1x10 3-1x10 4 1x10 4-1x10 5 >1x10 5 Godkänd av: Annika Wistedt Datum: 2013-09-02 Sidan 1 av 6 Ackrediterade metoder Komponent/ undersökning System Metod/ Mätprincip Utrustning Enhet Nivå/ Mätosäkerhet Lab/ Ort Klinisk bakteriologi Bakterier,

Läs mer

Växt/ Ingen växt Respektive Bakterier/ Ej. bakterier - CFU <15 CFU 15-100 CFU >100 CFU. - Växt/ Ingen växt - Kalmar

Växt/ Ingen växt Respektive Bakterier/ Ej. bakterier - CFU <15 CFU 15-100 CFU >100 CFU. - Växt/ Ingen växt - Kalmar Godkänd av: Annika Wistedt Datum: 2014-06-19 Sidan 1 av 7 Ackrediterade metoder Komponent/ undersökning System Metod/ Mätprincip Utrustning Enhet Nivå/ Mätosäkerhet Lab/ Ort Klinisk bakteriologi Bakterier,

Läs mer

2015-09-24. Urinprover. Urinstickor. Urin-, avförings- och sekretprover

2015-09-24. Urinprover. Urinstickor. Urin-, avförings- och sekretprover Urin-, avförings- och sekretprover SJSE12 OMVÅRDNADENS TEKNIK OCH METOD ANNELIE AUGUSTINSSON 2015-09-28 Urinprover Kvantitativ provtagning = urin samlas under ett dygn (07:00 07:00) och mäts därefter.

Läs mer

Förbättrad bekämpning av HIV resistens i Afrika och Sverige. Professor Anders Sönnerborg

Förbättrad bekämpning av HIV resistens i Afrika och Sverige. Professor Anders Sönnerborg Förbättrad bekämpning av HIV resistens i Afrika och Sverige Professor Anders Sönnerborg 2 MSB:s kontaktpersoner: Sara Brunnberg 010-240 4087 Publikationsnummer: MSB1000 - april 2016 3 Förord Humant immunbrist

Läs mer

Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi

Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi Komponent/Undersökning System Metod/Mätprincip Utrustning Enhet Klinisk bakteriologi Clostridium difficile ribotypning Corynebacterium diphtheriae toxinbestämning

Läs mer

Från Unilabs Laboratoriemedicin, Stockholm gällande fr.o.m (om inget annat datum anges i texten)

Från Unilabs Laboratoriemedicin, Stockholm gällande fr.o.m (om inget annat datum anges i texten) Datum 2016-11-02 Meddelande 12/201 2016 Från Unilabs Laboratoriemedicin, Stockholm gällande fr.o.m. 2016-11-23 (om inget annat datum anges i texten) Gällande för kunder inom Capio S:t Görans sjukhus Klinisk

Läs mer

Disposition. snabb bedömning med ny metod. Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta

Disposition. snabb bedömning med ny metod. Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta Risken för f klumprotsjuka säker och snabb bedömning med ny metod Disposition Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta Ann-Charlotte Wallenhammar HS Konsult AB Örebro Kravet

Läs mer

BRÅDSKANDE: SÄKERHETSMEDDELANDE ÅTERKALLANDE Simplexa Flu A/B & RSV Direct assay MOL2650

BRÅDSKANDE: SÄKERHETSMEDDELANDE ÅTERKALLANDE Simplexa Flu A/B & RSV Direct assay MOL2650 2014-02-04 BRÅDSKANDE: SÄKERHETSMEDDELANDE ÅTERKALLANDE Simplexa Flu A/B & RSV Direct assay MOL2650 , Syftet med detta

Läs mer

Polymerase Chain Reaction

Polymerase Chain Reaction Polymerase Chain Reaction The Polymerase Chain Reaction Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt Från kursplan: Studenten skall kunna: förklara grundläggande principer

Läs mer

Laboratoriemedicin VL LabNytt nr 3-Version

Laboratoriemedicin VL LabNytt nr 3-Version Laboratoriemedicin VL LabNytt nr 3-Version 2-2018 1 Laboratorienytt Nr: 3 April 2018 Version 2 Tillägg: Klinisk mikrobiologi Innehåll: Sid 2 Sid 3-7 Laboratoriemedicin Medicinska chefsgruppen - Inbjudan

Läs mer

Next Generation (high throughput) Sequencing (NGS)

Next Generation (high throughput) Sequencing (NGS) Next Generation (high throughput) Sequencing (NGS) Willem de Leeuw, PhD Verksamhetsutvecklare Centrumledning Diagnostikcentrum Diagnostikcentrum Region Östergötland Universitetssjukhuset Linköping SE-581

Läs mer

Ansvarig utgivare: Verksamhetschefer 1(6) Redaktör: Carina Wallner Labnytt nr 11, december 2017

Ansvarig utgivare: Verksamhetschefer 1(6) Redaktör: Carina Wallner Labnytt nr 11, december 2017 Ansvarig utgivare: Verksamhetschefer 1(6) LABORATORIEMEDICIN DALARNA PATOLOGI OCH CYTOLOGI DALARNA Labnytt. INNEHÅLLSFÖRTECKNING AKTUELLT FRÅN KLINISK KEMI... 2 Proteinfraktionering, analys i serum istället

Läs mer

AMPLIRUN DNA/RNA AMPLIFICATION CONTROLS

AMPLIRUN DNA/RNA AMPLIFICATION CONTROLS AMPLIRUN DNA/RNA AMPLIFICATION CONTROLS TAKE CONTROL, MOLECULAR CONTROL AMPLIRUN FEATURES Quantitated PCR controls for viruses, bacteria and protozoa. Purified nucleic acid, complete microbial genome.

Läs mer

Ackrediteringens omfattning Klinisk mikrobiologi. Metod/ Mätprincip. Komponent/Undersökning. Bilaga 2a /536

Ackrediteringens omfattning Klinisk mikrobiologi. Metod/ Mätprincip. Komponent/Undersökning. Bilaga 2a /536 Klinisk bakteriologi Clostridium difficile ribotypning Isolat från: feces PCR Sekvenator Ribotyp lika/olika Corynebacterium diphtheriae typning och toxinbestämning Isolat från: svalg, sår Biokemi Toxintest

Läs mer

CMV/EBV Molekylär diagnostik. Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus

CMV/EBV Molekylär diagnostik. Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus CMV/EBV Molekylär diagnostik Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus De flesta CMV infektioner hos immunkompetenta individer är asymtomatiska eller ger bara en mkt mild

Läs mer

Seminarie: orala (virus) infektioner

Seminarie: orala (virus) infektioner Seminarie: orala (virus) infektioner! Diagnostik! Behandling Peter Lundholm, övertandläkare Sektionschef Käkkirurgi peter.lundholm@akademiska.se Virusinfektioner i munhålan!destruerande virus!producerande

Läs mer

Kvalitativa undersökningar. uppskattning och kontroll av. osäkerhet inom Laboratoriemedicin

Kvalitativa undersökningar. uppskattning och kontroll av. osäkerhet inom Laboratoriemedicin SWEDAC DOC 05:2 ISSN 1400-6138 Kvalitativa undersökningar uppskattning och kontroll av osäkerhet inom Laboratoriemedicin () - Tillämpningsområde: Laboratoriemedicin Kvalitativa undersökningar uppskattning

Läs mer

Verktygslåda för fekal källspårning på laboratorium och i fält

Verktygslåda för fekal källspårning på laboratorium och i fält Vattenburna smittor hur kan vi hjälpas åt för att bedöma och hantera risker? Verktygslåda för fekal källspårning på laboratorium och i fält Avlopps? rening Vattentäkt Bakgrund Förorenat råvatten är ofta

Läs mer

KOMMENTARER TILL KAPITEL 9 OCH KAPITEL 16

KOMMENTARER TILL KAPITEL 9 OCH KAPITEL 16 1 KOMMENTARER TILL KAPITEL 9 OCH KAPITEL 16 Vad är virus? Förpackat genetiskt material Obligata intracellulära parasiter Virus kan bara förökas i levande celler. Som värdceller fungerar människor, djur,

Läs mer

FilmArray i praktiken

FilmArray i praktiken FilmArray i praktiken NMMD 2016 Anna Ryberg Klinisk mikrobiologi Kronoberg och Blekinge Uppsättning Nu två instrument på varje laboratorium 3 paneler Luftvägspanel Gastroenteritpanel Meningit-/encefalitpanel

Läs mer

Fisk, kräftor & musslor som edna Patrik Bohman, SLU Aqua Sötvattenslaboratoriet

Fisk, kräftor & musslor som edna Patrik Bohman, SLU Aqua Sötvattenslaboratoriet Fisk, kräftor & musslor som edna 2014-2016 Patrik Bohman, SLU Aqua Sötvattenslaboratoriet edna projekt (2014-2016) Fisk, musslor och kräftor som edna Frågeställningar: 1. Kan vi upptäcka arter DNA kvalitativt

Läs mer

Equalis kvalitetssäkringsprogram 2018

Equalis kvalitetssäkringsprogram 2018 Equalis kvalitetssäkringsprogram 2018 HIV/HTLV-diagnostik, HIV-antigen, Blodsmitta Margareta Nordin Equalis användarmöte 12 mars 2019 HIV/HTLV-diagnostik (screening och konfirmation) (58) 2018 Förväntat

Läs mer

NGS i sjukvård next generation sequencing. Jan Söderman Medicinsk diagnostik Länssjukhuset Ryhov Jönköping

NGS i sjukvård next generation sequencing. Jan Söderman Medicinsk diagnostik Länssjukhuset Ryhov Jönköping NGS i sjukvård next generation sequencing Jan Söderman Medicinsk diagnostik Länssjukhuset Ryhov Jönköping CREDIT: Peter & Maria Hoey / www.peterhoey.com The ultimate genetic test, Science 336: 1110-1112,

Läs mer

Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR

Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia

Läs mer

Fekal källspårning i ytråvatten

Fekal källspårning i ytråvatten Kunskapsseminarium om mikrobiologiska dricksvattenrisker 20161025, Hotel Clarion WINN, Gävle Fekal källspårning i ytråvatten Rikard Dryselius Varför källspåra? Vid inrapporterade dricksvattenburna sjukdomsutbrott

Läs mer

RSV-rapport för vecka 18-19, 2017

RSV-rapport för vecka 18-19, 2017 RSV-rapport för vecka 18-19, 2017 Denna rapport publicerades den 18 maj 2017 och redovisar RSV-läget vecka 18-19 (1 14 maj). Lägesbeskrivning Aktiviteten för RSV ligger på en mycket låg nivå och passerade

Läs mer

RSV-rapport för vecka 11, 2018

RSV-rapport för vecka 11, 2018 RSV-rapport för vecka 11, 2018 Denna rapport publicerades den 22 mars 2018 och redovisar RSV-läget vecka 11 (12-18 mars). Lägesbeskrivning Aktiviteten för respiratory syncytial virus (RSV) är på en låg

Läs mer

Universell detektion av biologiska högriskorganismer

Universell detektion av biologiska högriskorganismer Universell detektion av biologiska högriskorganismer 2 MSB:s kontaktpersoner: Sara Brunnberg, 010-240 40 87 Susanna Ekströmer, 010-240 4352 Publikationsnummer MSB 895-juni 2015 3 Förord Denna rapport utgör

Läs mer

DNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct

DNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct 1(6) DNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct Bakgrund, indikation och tolkning Proteinet alfa-1-antitrypsin (A1AT, AAT) är en av kroppens viktigaste proteashämmare och tillhör proteinsuperfamiljen

Läs mer

Gene$sk diagnos$k av AML. Thoas Fioretos, professor, överläkare Genetiska kliniken och Avd för klinisk genetik

Gene$sk diagnos$k av AML. Thoas Fioretos, professor, överläkare Genetiska kliniken och Avd för klinisk genetik Gene$sk diagnos$k av AML Thoas Fioretos, professor, överläkare Genetiska kliniken och Avd för klinisk genetik 2016-10- 03 WHO klassifikationen Major principle: Classification relies on a combination of

Läs mer

RSV-rapport för vecka 13, 2017

RSV-rapport för vecka 13, 2017 RSV-rapport för vecka 13, 2017 Denna rapport publicerades den 6 april 2017 och redovisar RSV-läget vecka 13 (27 mars - 2 april). Lägesbeskrivning Antalet fall av respiratory syncytial virus (RSV) fortsatte

Läs mer

RSV-rapport för vecka 13, 2018

RSV-rapport för vecka 13, 2018 RSV-rapport för vecka 13, 2018 Denna rapport publicerades den 5 april 2018 och redovisar RSV-läget vecka 13 (26 mars 1 april). Lägesbeskrivning Aktiviteten för respiratory syncytial virus (RSV) avtog under

Läs mer

/2011. Från Unilabs Laboratoriemedicin, Västra Götaland - gällande fr.o.m. 2011-11-23 (om inget annat datum anges)

/2011. Från Unilabs Laboratoriemedicin, Västra Götaland - gällande fr.o.m. 2011-11-23 (om inget annat datum anges) Datum 2011-11-07 Meddelande 9/20 /2011 Från Unilabs Laboratoriemedicin, Västra Götaland - gällande fr.o.m. 2011-11-23 (om inget annat datum anges) Kundtjänst informerar Informationen angående remissanvisningarna

Läs mer

Chlamydophila pneumoniaeantikroppar

Chlamydophila pneumoniaeantikroppar Luftvägar och urin Chlamydophila pneumoniaeantikroppar Resultaten är bättre än vid 2015 års utskick. Det föreligger en fortsatt variation framför allt vad gäller IgM, men även för IgG, mellan de olika

Läs mer

Tentamen i Biomedicinsk laboratoriemetodik 2, 7 hp (kod 0800)

Tentamen i Biomedicinsk laboratoriemetodik 2, 7 hp (kod 0800) Tentamen i Biomedicinsk laboratoriemetodik 2, 7 hp (kod 0800) Kursens namn: BMLVA II 22,5 högskolepoäng Kurskod: BL1004 Kursansvarig: Rolf Pettersson, Charlotte Sahlberg Bang Datum: 2/5-2011 Skrivtid:

Läs mer

Fecesdiagnostik i multiplexeran Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska Universitetssjukhuset

Fecesdiagnostik i multiplexeran Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska Universitetssjukhuset Fecesdiagnostik i multiplexeran 180313 Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska Universitetssjukhuset En kort resumé Odling standard sedan labbet bygdes på 60-talet Två lab med något olika rutiner

Läs mer

Bilaga 2A 2015-06-15 2014/149. System Metod/mätprincip Utrustning Enhet Lab/Ort Sekret, aspirat, vävnad, genitalia m.m.

Bilaga 2A 2015-06-15 2014/149. System Metod/mätprincip Utrustning Enhet Lab/Ort Sekret, aspirat, vävnad, genitalia m.m. Beteckni Ackrediteriens omfattni Bakteriologi undersökni Actinomyces spp System Metod/mätprincip Utrustni Enhet Lab/Ort Sekret, aspirat, vävnad, genitalia m.m. Specifik odli Aeromonas Faeces Specifik odli

Läs mer

Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne

Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne α-talassemi 4 genotyper Wild type αα / αα - - α + -talassemi α

Läs mer

Cirkulerande tumör-dna för cancerdiagnostik

Cirkulerande tumör-dna för cancerdiagnostik Cirkulerande tumör-dna för cancerdiagnostik -Behandlingsstyrande tester av EGFR hos patienter med icke småcellig lungcancer Gisela Helenius Laboratoriemedicinska kliniken Universitetssjukhuset Örebro Sökning

Läs mer

RSV-rapport för vecka 9, 2018

RSV-rapport för vecka 9, 2018 RSV-rapport för vecka 9, 2018 Denna rapport publicerades den 8 mars 2018 och redovisar RSV-läget vecka 9 (26 februari 4 mars). Lägesbeskrivning Aktiviteten för respiratory syncytial virus (RSV) är på en

Läs mer

Sören Andersson. Professor, prefekt, överläkare. Institutionen för medicinska vetenskaper Örebro universitet & Laboratoriemedicin, Region Örebro län

Sören Andersson. Professor, prefekt, överläkare. Institutionen för medicinska vetenskaper Örebro universitet & Laboratoriemedicin, Region Örebro län Konfirmation av HIV och HTLV Sören Andersson Professor, prefekt, överläkare Institutionen för medicinska vetenskaper Örebro universitet & Laboratoriemedicin, Region Örebro län Diagnostiska principer HIV

Läs mer

HUGO-projektet. Kartläggningen av det mänskliga genomet

HUGO-projektet. Kartläggningen av det mänskliga genomet Vem är HUGO? HUGO-projektet Kartläggningen av det mänskliga genomet Kartläggning av genom Genom= allt DNA hos en organism. Kartläggningen sker genom att man bestämmer DNA-sekvensen för hela genomet och

Läs mer

RSV-rapport för vecka 8, 2018

RSV-rapport för vecka 8, 2018 RSV-rapport för vecka 8, 2018 Denna rapport publicerades den 1 mars 2018 och redovisar RSV-läget vecka 8 (19-25 februari). Lägesbeskrivning Aktiviteten för respiratory syncytial virus (RSV) är fortsatt

Läs mer

Virusinfektioner hos immunsupprimerade. Infektionsläkareföreningens Vårmöte Maj 2012 Maria Rotzén Östlund Malin Ackefors

Virusinfektioner hos immunsupprimerade. Infektionsläkareföreningens Vårmöte Maj 2012 Maria Rotzén Östlund Malin Ackefors Virusinfektioner hos immunsupprimerade Infektionsläkareföreningens Vårmöte Maj 2012 Maria Rotzén Östlund Malin Ackefors Disposition Luftvägsvirus: fall och diagnostik Reaktivering herpesgruppen: fall och

Läs mer

Datum Diarienr: SkaS

Datum Diarienr: SkaS Datum 2016-11-02 Diarienr: SkaS 38-2016 Meddelande 17/20 /2016 Från Unilabs Laboratoriemedicin, Västra Götaland gällande fr.o.m. 2016-11-23 (om inget annat datum anges i texten) Till kunder inom Skaraborgs

Läs mer

Analys av nukleinsyra. Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls

Analys av nukleinsyra. Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Analys av nukleinsyra Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Studietips Detta kompendium är INTE en lärobok. Det är inte meningen att man skall kunna läsa kompendiet och förstå innehållet. Ni

Läs mer

RSV-rapport för vecka 16-17, 2018

RSV-rapport för vecka 16-17, 2018 RSV-rapport för vecka 16-17, 2018 Denna rapport publicerades den 3 maj 2018 och redovisar RSV-läget vecka 16-17 (16-29 april). Lägesbeskrivning Aktiviteten för respiratory syncytial virus (RSV) nådde sin

Läs mer

Enterovirus D68 diagnostik vid utbrott. Malin Grabbe Klinisk mikrobiologi, Solna Karolinska Universitetslaboratoriet

Enterovirus D68 diagnostik vid utbrott. Malin Grabbe Klinisk mikrobiologi, Solna Karolinska Universitetslaboratoriet Enterovirus D68 diagnostik vid utbrott Malin Grabbe Klinisk mikrobiologi, Solna Karolinska Universitetslaboratoriet Bakgrund - Enterovirus D68 (EV-D68) Identifierades första gången i Kalifornien, USA,

Läs mer

Meddelande 1/2013. U-Proteinprofil ersätter Pt(U)-Proteinfraktioner fr o m 2012-02-13

Meddelande 1/2013. U-Proteinprofil ersätter Pt(U)-Proteinfraktioner fr o m 2012-02-13 Datum 2013-01-28 Meddelande 1/2013 Från Unilabs Laboratoriemedicin Sörmland. Klinisk kemi U-Proteinprofil ersätter Pt(U)-Proteinfraktioner fr o m 2012-02-13 U-Proteinprofil är, liksom den hittills använda

Läs mer

Datum /2016. Från Unilabs Laboratoriemedicin, Sörmland gällande fr.o.m (om inget annat datum anges i texten)

Datum /2016. Från Unilabs Laboratoriemedicin, Sörmland gällande fr.o.m (om inget annat datum anges i texten) Datum 2016-11-02 Meddelande 7/20 /2016 Från Unilabs Laboratoriemedicin, Sörmland gällande fr.o.m. 2016-11-23 (om inget annat datum anges i texten) Klinisk kemi Justering av referensintervall för S-1,25-OH-Vitamin

Läs mer

DNA-ordlista. 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur.

DNA-ordlista. 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur. DNA-ordlista 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur. Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra.

Läs mer

Prislista 2014 Klinisk mikrobiologi för invånarna i Blekinge och Kronoberg 140101

Prislista 2014 Klinisk mikrobiologi för invånarna i Blekinge och Kronoberg 140101 Prislista 2014 Klinisk mikrobiologi för invånarna i Blekinge och Kronoberg 140101 Priset baserat på kostnader för material och arbetstid, men inkluderar också overheadkostnader. Det betyder att priset

Läs mer

Folkhälsomyndighetens beredskap mot hälsohot

Folkhälsomyndighetens beredskap mot hälsohot Folkhälsomyndighetens beredskap mot hälsohot Annika Elmgart EC, Beredskap och krishantering Tomas Tolfvenstam EC, Beredskap och smittskyddsdiagnostik Kort om Folkhälsomyndigheten Den 1 januari 2014 gick

Läs mer

Ackrediteringens omfattning Unilabs AB, Laboratoriemedicin, molekylärbiologi 1329

Ackrediteringens omfattning Unilabs AB, Laboratoriemedicin, molekylärbiologi 1329 MRSA konfirmation Nuc / MecA/ MecC/PVL-gen MRSA konfirmation Nuc/MecA Dermatofyt PCR Detektion av plasmidmedierad AmpC (pampc) Isolat från allmänna prover såsom: sår, näsa, svalg vestibulum, perineum,

Läs mer

Foton; Creative Commons, Jacob Berggren, Naturforskarna. edna paradigmskifte för inventering av akvatisk biologisk mångfald

Foton; Creative Commons, Jacob Berggren, Naturforskarna. edna paradigmskifte för inventering av akvatisk biologisk mångfald Foton; Creative Commons, Jacob Berggren, Naturforskarna edna paradigmskifte för inventering av akvatisk biologisk mångfald Biologisk mångfald och edna Ofta problematiskt att mäta biologisk mångfald - hur

Läs mer

artus EBV QS-RGQ Kit Prestandaegenskaper Maj 2012 Sample & Assay Technologies Analytisk sensitivitet plasma artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1,

artus EBV QS-RGQ Kit Prestandaegenskaper Maj 2012 Sample & Assay Technologies Analytisk sensitivitet plasma artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1, artus EBV QS-RGQ Kit Prestandaegenskaper artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1, 4501363 Verificar a disponibilidade de novas revisões de rotulagem electrónica em www.qiagen.com/products/artuscmvpcrkitce.aspx

Läs mer

Allmän mikrobiologi. Inledning. Mikrobiologi Människan: biologi och hälsa SJSE11

Allmän mikrobiologi. Inledning. Mikrobiologi Människan: biologi och hälsa SJSE11 Allmän mikrobiologi Människan: biologi och hälsa SJSE11 2014-10-27 Annelie Augustinsson Inledning Den sjuksköterska som förstår hur infektioner uppkommer, hur immunförsvaret fungerar, hur infektioner kan

Läs mer