Användning av PCR i växtodlingen. Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara
|
|
|
- Anders Nilsson
- för 8 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Användning av PCR i växtodlingen Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara
2 Innehåll Introduktion qpcr och andra DNA-metoder Biologisk markkartering av jordburna patogener DNA-baserade diagnos av bladfläckar på vete qpcr-metoder för studier av rotdjup DNA-baserad detektion av åkersniglar?
3 Detektion och identifiering av mikroorganismer i växt och jord Klassisk identifiering Utseende hos koloni, färg, lukt, N och C- källor.. Klassisk mikrobiologi DNA-baserad identifiering Renodling Extraktion av DNA Sekvensering av DNA identifiering av art-specifika DNA-sekvenser Detektion och identifiering direkt ur växt och jord *Extraktion av DNA ur jord Alt 1. PCR-metodik med artspecifika DNA-sekvenser sk. primers och probe. Alt 2. Sekvensering av all DNA efter uppförökning med PCR-teknik av DNA specifikt för olika organismer grupper (bakterier, svamp m. m)
4 Polymerase Chain Reaction (PCR) PCR-enzym (värmestabilt) Thermocycler
5 DNA-sekvensering för mikroflora studier Identifiera specifika DNA-sekvenser - primers ( grupp/ familj/ art specifik sekvens) Sekvensering (454 mfl) Bestämning av större eller mindre delar av hela genomets DNA-sekvens Exempel: Diversity of Wheat Phyllosphere Fungi in Different Agricultural Production Systems Ida Karlsson, VPE, SLU
6 Kostnad för sekvensering av hela det humana genomet Människan ca gener 3,2 miljarder baspar 0,8 gigabyte
7 PCR (Polymerase Chain Reaction) PCR polymerase chain reaction Kopiera specifika DNAsekvenser Cykler med tre temperatursteg Taq polymeras enzymet som gör jobbet Uddevalla konferensen 2008
8 Kvantitativ-PCR (qpcr) Kopieringen kan följas i realtid vid varje cykel Fluorescerande färg Fluorescerande prob Gör det möjligt att kvantifiera Mindre arbetskrävande, snabbare och känsligare Uddevalla konferensen 2008
9 Biologisk markkartering av patogener - ett TEMA-program vid NJ-fakulteten SLU Anders Jonsson mfl Avdelningen för precisionsodling och pedometri Institutionen för mark och miljö, SLU, Skara
10 Utvecklingen av PCR-metod för DNA från Aphanomyces euteiches
11 Kopior av A. euteiches DNA g -1 jord Number of detected A. euteiches target copies g -1 soil Sjukdomsindex Samband mellan antal sporer sjukdomsindex och DNA kopior , Number of A. euteiches oospores g -1 soil Antal sporer av A. euteiches g -1 jord 0 OBS! - tillsatta sporer - 10 sporer approx 1500 DNA kopior Heyman et al.
12 DSI (Disease Severity Index) DNA från A. euteiches och sjukdomsindex från 15 olika svenska gårdar Target copies g -1 soil DNA
13 Sammanfattning Det finns specifik DNA-metod för att kvantifiera organismen som orsakar ärtrotröta I biotester med tillsatta sporer detekteras ca 10 sporer vid lågt index (20-30) Problem med sk falska negativa prov. Dvs ingen detektion av DNA från A.e i jord med höga biotestvärden (DSI > 50-60) Inga falska positiva! Dvs analysen kan användas för att testa fält och avråda vid förekomst!! Fortsatt metodutveckling för att förbättra extraktionen av DNA från jord nödvändig för att helt kunna frikalla fält
14 Utveckling av verktyg för fältanpassad riskbedömning för infektion av bomullsmögel i vårraps Ann-Charlotte Wallenhammar och Charlotta Almquist l
15 Askosporer sprids under optimala ljus och fuktförhållanden från apotecier som gror från sklerotier i jorden.
16 Allmänna uppfattningen är att infektionen i plantan sker när askospor infekterade kronblad fastnar på bladen (Jamaux et al, 1995).
17 Utveckling av verktyg för att bestämma växt- och luftburen smitta med qpcr Kronblad Blad Luftprover
18 Förekomst av Sclerotinia sclerotiorum DNA på kronblad och blad i fältförsök i Örebro län 2010 A. Hidingsta Datum Bladnivå Försöksplats Kronblad juni 35a 42ax 1 42ax 71xa 67ax 28 juni 3b 33 ay 50ay 83axy 92ax 2 juli 8b 25ay 75ay 100ax 100ax 6 juli 0b 17ay 50ay 89ax e.a. B. Åkerby 30 juni 0a 17ax 25ax 67ax 100ax 5 juli 0a 17ax 8ax 17abx e.a. 9 juli 0a 0ax 0ax 8bx 22ax 12 juli 0a 0ax 8ax 22abx e.a. 14 juli 0a 0ax 16ax 0 bx e.a. Olika bokstäver indikerar statistiskt signifikanta skillnader mellan provtagningsdatum inom varje fältförsök (ab) och mellan bladnivåer inom varje fältförsök (xy). E.a. indikerar ej analyserade prover. Almquist och Wallenhammar, Plant Pathology, 2014
19 Förändring i mängd luftburen S. sclerotiorum DNA 2010 First sampling of petals (early flowering)
20 Detektion av bladpatogener i vete med qpcr Anders Jonsson, Charlotta Almquist och Cecilia Lerenius
21 ???
22 Problem vid gradering. Största variationen vid låga angrepp låg repeterbarhet Överskattar låga angrepp (<10% av bladytan) Signifikanta skillnader i avläsning hos olika observatörer - dvs vi skattar svampangreppen olika Exempel på stor variation vid praktisk avläsning och och det dras helt felaktiga slutsatser - Mkt svårt att skatta angrepp av mjöldagg och brunrost
23 Vilken patogen är det? Hur stora angrepp? Uddevalla konferensen 2008
24 Vilka patogener! Hur stora är angreppen? Septoria nodorum Septoria tritici Dreschlera tritici-repentis Hur många procents bladyta är angripen? Bildanalys!! Uddevalla konferensen 2008
25 Kvantifiering med PCR Två sätt att bestämma kvantiteten Relativ kvantifiering mängden av målgenen normaliseras till en annan gen och uttrycks relativt ett kontrollprov Absolut kvantifiering mängden av målgenen bestäms med hjälp av en standard
26 Log(okulär gradering i %) Resultat - Vete Samband okulär gradering och PCR S. tritici Veteprover uttagna 2006 och ,50 2,00 1,50 y = 0,2678Ln(x) - 0,641 R 2 = 0,6936 1,00 0,50 0,00 0,01 0,10 1,00 10,00 100, , , ,00-0,50-1,00-1,50-2,00-2,50 PCR-analys Uddevalla konferensen 2008
27 Tidig upptäckt av patogen
28 Sortförsök
29 Dags att lanseras i fält? Kostnad jämfört med traditionell teknik? PCR-analysen kräver kvalificerat lab, Vem gör jobbet? Utveckla presentationen av resultat? IPM kräver utveckling av bekämpningströsklar Men det dröjer..nog
30 Bestämning av rotdjup med qpcr Anders Jonsson & Ulf Axelsson Foto: Väderstad
31 Kornrötter qpcr och tvätt
32 Rot-DNA från på olika djup bestämt med qpcr Jonsson & Axelsson
33 Kan åkersnigel räknas med qpcr? På G: SLF-ansökan för utveckling av automatisk räkning Foto: Ulf Axelson HS Skaraborg
34 Åkersniglar i Östergötland augusti Flistad Rökinge Älmtomta Åsmestad Vinnerstad Åkerby Klostergården Hackstad Boberg 5 0 Data: Ulf Axelson
35 Detektion av åkersnigel med qpcr? Tillgång till specifika DNA-sekvenser? Genebank. Sekvensera och söka efter artegna DNA-sekvenser Design av art-specifika DNA sekvenser som primers och probe Designprogram Extraktion av DNA ur sniglar. Problem med DNA- utbytet. Upprening och förluster PCR-körning- Utformning av temperaturcykler. Jordprovtagning!! Hur många stick? Vuxna och ägg? Malning? Med mer..
36 Användning av qpcr Praktiskt idag! förekomst av DNA från klumprotsjuka Praktiskt i morgon? : Ärtrotröta, Verticillium, Klöver rötor Bomullsmögel, Phyth. pisi - Bestämning av bladfläcksvampar! -Rotdjup och rotmassa av grödor -Bestämning av snigelförekomst i fält??
37 Sponsorer: SLF, SLU (NJ-fakulteten), Lantmännensforskningsstiftelse, AgroVäst, Jordbruksverket m fl Medarbetare: Tack! Ann-Charlotte Wallenhammar, Ulf Axelson, Charlota Almquist, Cecilia Lerenius mfl
Nya sätt att upptäcka skadegörare
Nya sätt att upptäcka skadegörare Anders Jonsson 1, Ann-Charlotte Wallenhammar 1,2 och Ulf Axelson 1,3 1 Precisionsodling och pedometri, Institutionen för mark och miljö, SLU, Skara 2 HS Konsult AB, 3
Biologisk markkartering
Biologisk markkartering - för att styra mot rätt odlingsåtgärd - Ann-Charlotte Wallenhammar Anders Jonsson Odling i Balans 20 januari 2010 2004-04-17 Disposition Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor
Disposition. snabb bedömning med ny metod. Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta
Risken för f klumprotsjuka säker och snabb bedömning med ny metod Disposition Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta Ann-Charlotte Wallenhammar HS Konsult AB Örebro Kravet
Metodutveckling för detektion av jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärt och oljeväxter
Metodutveckling för detektion av jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärt och oljeväxter Ann-Charlotte Wallenhammar 1, Charlotta Almquist 2,3 and Anders Jonsson 2,3
Enskilt största orsaken till skördeförluster höstraps i Skåne 2017.
Enskilt största orsaken till skördeförluster höstraps i Skåne 2017. Hur gör vi en säker riskbedömning av bomullsmögel? Ann-Charlotte Wallenhammar ÖSF- konferensen 29-30 november 2017 Innehåll Biologi Symtom
Biologisk markkartering av patogener
Biologisk markkartering av patogener - ett TEMA-program vid NJ-fakulteten SLU- Anders Jonsson Precisionsodling och pedometri Institutionen för mark och miljö, SLU, Skara Biologisk markkartering TEMA-forskning
Bakgrund. Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning. Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år
Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning Rapsarealen i Sverige 2008 Ann-Charlotte Wallenhammar, 2 Charlotta Almquist, Anna Redner och 3 Anki Sjöberg HS Konsult AB, Örebro
Biologiska markkartering av jordburna patogener möjligheter idag och imorgon
Biologiska markkartering av jordburna patogener möjligheter idag och imorgon BioSoM ett TEMA program vid NJ fakulteten SLU 2009 2015 Anders Jonsson Avdelningen för precisionsodling och pedometri Institutionen
Biologisk markkartering av patogener
Biologisk markkartering av patogener - ett TEMA-program vid NL-fakulteten SLU- 2009-2015 Biological Soil Mapping (BioSoM) Innehåll Tema-program på NL-fakulteten Målsättning och bakgrund Resultat från BioSoM
Biologisk markkartering av patogener
Biologisk markkartering av patogener ett TEMA program vid NL fakulteten SLU 2009 2015 Biological Soil Mapping (BioSoM) Innehåll Tema-program på NL-fakulteten Målsättning och bakgrund Resultat från BioSoM
Rotpatogener i åkerböna och ärt
Rotpatogener i åkerböna och ärt Mariann Wikström, Jordbruksverket Ärtrotröta Ett av de allvarligaste problemen i ärtodling är ärtrotröta. Detta orsakas av patogenen Aphanomyces euteiches. Den trivs på
Biologisk markkartering
Biologisk markkartering Ann-Charlotte Wallenhammar Inst. f Mark och miljö, Precisionsodling och Pedometri, SLU, Skara Hushållningssällskapet, HS Konsult AB, Örebro Sveakonferensen - 14 januari 2014 Biologisk
Gradering av patogenangrepp i vete med kvantitativ PCR-metodik
Slutrapport H076004 Gradering av patogenangrepp i vete med kvantitativ PCR-metodik Projektet var en ettårig fortsättning på Bestämning av förekomst av patogena svampar i vete med PCR-teknik (V0648026).
Slutrapport, SLF H0833534, Phytophthora-angrepp i ärt - en ny allvarlig rotsjukdom i Sverige
Slutrapport, SLF H0833534, Phytophthora-angrepp i ärt - en ny allvarlig rotsjukdom i Sverige Inledning och bakgrund Rotröta orsakad av algsvampen Aphanomyces euteiches (Drechsl.) är både globalt och i
Slutrapport - Förstudie om Alternariaförekomst i potatis och behandlingseffekter 2013 i Mellansverige.
1 Slutrapport - Förstudie om Alternariaförekomst i potatis och behandlingseffekter 2013 i Mellansverige. Lisa Andrae, Rådhuset Nordfalan Eva Edin, Institutionen för Skoglig mykologi och växtpatologi, SLU
Polymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction The Polymerase Chain Reaction Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt Från kursplan: Studenten skall kunna: förklara grundläggande principer
Författare Wallenhammar A.C., Almquist C., Redner A., Sjöberg A. Utgivningsår 2008
Bibliografiska uppgifter för Bomullsmögel i oljeväxter - förbättrad riskbedömning med realtids-pcr Författare Wallenhammar A.C., Almquist C., Redner A., Sjöberg A. Utgivningsår 2008 Tidskrift/serie Meddelande
Bibliografiska uppgifter för Bestämning av förekomst av patogena svampar i vete med PCRteknik
Bibliografiska uppgifter för Bestämning av förekomst av patogena svampar i vete med PCRteknik Författare Almquist C., Lerenius C., Filipsson C., Jonsson A. Utgivningsår 2008 Tidskrift/serie Rapport - Sveriges
Hur undviker vi rotpatogener i trindsäd? Finns det sortskillnader? Mariann Wikström Agro Plantarum
Hur undviker vi rotpatogener i trindsäd? Finns det sortskillnader? Mariann Wikström Agro Plantarum Observera att det är en annan art, Aphanomyces cochlioides, som orsakar rotbrand i sockerbetor! Ärtrotröta
Strategier mot skadegörare i ärter
Strategier mot skadegörare i ärter Mariann Wikström, Jordbruksverket Strategier mot skadegörare i ärter Insekter huvudsakligen bladlöss Kemisk bekämpning Ärtrotröta Aphanomyces och Phytophthora Jordprovtagning,växtföljd
Klumprot i korsblomstra vekster Hva med jordforbedrende vekster?
Klumprot i korsblomstra vekster Hva med jordforbedrende vekster? 1,2 Ann-Charlotte Wallenhammar 1 Hushållningssällskapet HS Konsult AB, Örebro 2 SLU, Institutionen för växtproduktionsekologi, Uppsala Plantekonferensen,
Klumprotsjuka - ett dolt hot
Klumprotsjuka - ett dolt hot Ann-Charlotte Wallenhammar Hushållningssällskapet HS Konsult AB, Örebro Sveakonferensen, 17-18 januari 2017 Disposition Behovet av att säkerställa skörden BioSoM Spridningspotential
Klumprotsjuka- ett permanent hot i svensk oljeväxtodling
Klumprotsjuka- ett permanent hot i svensk oljeväxtodling Ann-Charlotte Wallenhammar Inst. f Mark och miljö, Precisionsodling och Pedometri, SLU, Skara Hushållningssällskapet, HS Konsult AB, Örebro Växjö
DNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores. Niklas Dahrén
DNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores Niklas Dahrén Användningsområden för DNA-analys Ta reda på vems DNA som har hittats på en brottsplats. Faderskapsanalys. Identifiera
Hushållningssällskapet Skaraborg. Jämförelse mellan okulär gradering och PCR-teknik för att bestämma angrepp av växtpatogener i höstvete.
1 Slutrapport SLF projekt H1060230 Ulf Axelson Hushållningssällskapet Skaraborg Anders Jonsson SLU, Skara Jämförelse mellan okulär gradering och PCR-teknik för att bestämma angrepp av växtpatogener i höstvete.
Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience
Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience Mikrobiologins tekniksprång Den högteknologiska mikrobiologin erbjuder idag nya verktyg för att förebygga smittspridning och öka produktsäkerhet.
SAFEPEA Säker ärtodling - en nyckelfaktor i ekologiskt jordbruk
Årsrapport till SLU EkoForsk för år 3, 2010 SAFEPEA Säker ärtodling - en nyckelfaktor i ekologiskt jordbruk Projektdeltagare: Kerstin Berglund (projektledare, markfysik) Inst f mark och miljö, SLU, kerstin.berglund@slu.se
Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV
Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV Sara Thulin Hedberg, Molekylärbiolog, PhD Lorraine Eriksson, Kerstin Malm, Maria A Demontis*, Paula Mölling, Martin Sundqvist, Graham
SAFEPEAS Säker ärtodling - en nyckelfaktor i ekologiskt jordbruk
Slutrapport 131219 till SLU EkoForsk för projektet SAFEPEAS Säker ärtodling - en nyckelfaktor i ekologiskt jordbruk Projektdeltagare: Kerstin Berglund (projektledare, markfysik) Inst f mark och miljö,
Hestebønnerodråd og bønnefrøbiller - to nye skadegørere i hestebønner. Rotröta och bönsmyg - två nya skadegörare i åkerbönor
Hestebønnerodråd og bønnefrøbiller - to nye skadegørere i hestebønner Rotröta och bönsmyg - två nya skadegörare i åkerbönor Rotröta Vi har en ny och förbisedd aggressiv rotrötepatogen i ärt- och åkerbönodlingen!
Vad är Klinisk forskning
Vad är Klinisk forskning Geografiskt nära sjukhusmiljöer och patienter Sjukdomsproblem eller förlopp i fokus Läkare/vårdpersonal inblandade Nyttan för patienterna tydlig Utmaningen: + Laboratorium Patienter
Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne
Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne α-talassemi 4 genotyper Wild type αα / αα - - α + -talassemi α
Hur behåller vi klövern frisk i vallen? Ann-Charlotte Wallenhammar
Hur behåller vi klövern frisk i vallen? Ann-Charlotte Wallenhammar Hushålllningsällskapet/ HS Konsult AB Örebro Greppa Näringen Linköping 21 november 2013 Disposition Genomgång av sjukdomar och symtom
Forskning och Utveckling på Hushållningssällskapet. Eva Stoltz Sveakonferensen 13 jan 2016
Forskning och Utveckling på Hushållningssällskapet Eva Stoltz Sveakonferensen 13 jan 2016 FoU på HS Konsult AB Ann-Charlotte Wallenhammar Zahra Omer Jens Levenfors Eva Stoltz Ann-Charlotte Wallenhammar
DNA-ordlista. Amplifiera: Att kopiera och på så sätt mångfaldiga en DNA-sekvens med hjälp av PCR.
DNA-ordlista Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra. Detta gör att man kan urskilja var och hur mycket de skiljer sig från varandra, vilket är ett av de mest grundläggande sätten att analysera
Bladsvampar på sockerbetor Vad betyder växtföljder och jordbearbetning för angreppen?
Sockernäringens BetodlingsUtveckling 41 Bladsvampar på sockerbetor Vad betyder växtföljder och jordbearbetning för angreppen? Lars Persson och Åsa Olsson, Sockernäringens BetodlingsUtveckling AB Del 4
Kring blomning var väderleken relativt torr och försöket bevattnades därför vid tre tillfällen med 20 mm vid varje tillfälle.
Skörderestens etydelse för fusarium i höstvete, SJV001 Rapport mars 2011 Michaela Baumgardt, HIR Malmöhus AB Cecilia Lerenius, Jordruksverkets växtskyddscentral, Skara Lars Persson, Brandserga gård Inledning
edna paradigmskifte för inventering av biologisk mångfald Micaela Hellström Johan Näslund Johan Spens
edna paradigmskifte för inventering av biologisk mångfald Micaela Hellström Johan Näslund Johan Spens AquaBiota 2018-11-21 Micaela Hellström Johan Spens Johan Näslund Kartering och analyser i GIS Traditionella
Patogena svampar (och närbesläktade)
Patogena svampar (och närbesläktade) Förutsättningar för svampangrepp Smittan=svampen Spridningen Infektionsförhållanden Viktiga grupper: Rotsvampar (inkl. algsvampar) gråmögel Phytophthora mjöldagg rost
Vitsenap -användes som fånggröda vid tidigt vallbrott av gröngödslingsvall. Vitsenap. Viktiga sjukdomar som kan uppförökas. av gröngödslingsvall
Mellngrödor i växtföljder med oljeväxter Vitsenp -nvändes som fånggröd vid tidigt vllrott v gröngödslingsvll Ann-Chrlotte Wllenhmmr HS Konsult AB Örero Ultun, novemer 23 Örero, oktoer 22 Vitsenp -nvändes
KOMIN Kompetenscentrum för Inomhusmiljö och Hälsa som samlar ett nätverk av praktisk och forskningsmässig kompetens under ett tak med uppgift att
KOMIN Kompetenscentrum för Inomhusmiljö och Hälsa som samlar ett nätverk av praktisk och forskningsmässig kompetens under ett tak med uppgift att bistå näringslivet och allmänheten med information, råd
CSI - Katte DNA-fingerprinting Välkänt från polisarbete. Metoden föddes 1985 i England. Från början krävdes stora mängder DNA, men nu funkar även mycket små mängder. DNA-sekvens Användning Metoden
Generell detektion av patogen med metagenomik
Generell detektion av patogen med metagenomik Maria Lind Karlberg Björn Hallström Avdelningen för mikrobiologi Enheten för laboratorieutveckling Hur identifieras en patogen hos en patient med infektion?
Metodutveckling för detektion av svårbekämpade jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärter och oljeväxter
Slutrapport projekt H533149 och H633273 Metodutveckling för detektion av svårbekämpade jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärter och oljeväxter Nya produktionsmål -
Detaljerade jordartskartor med fjärranalys (från flyg- och satellit)
Detaljerade jordartskartor med fjärranalys (från flyg- och satellit) Kristin Piikki & Mats Inst för mark o miljö, SLU Skara kristin.piikki@slu.se mats.soderstrom@slu.se Detaljerade jordartskartor med fjärranalys
Biologisk markkartering
Biologisk markkartering 2009-2015 Jordburna patogener kan orsaka stora skördeförluster. Klumprotsjuka och ärtrotröta är exempel på sjukdomar som producerar vilsporer med lång överlevnad, 10-20 år, i marken.
Foton; Creative Commons, Jacob Berggren, Naturforskarna. edna paradigmskifte för inventering av akvatisk biologisk mångfald
Foton; Creative Commons, Jacob Berggren, Naturforskarna edna paradigmskifte för inventering av akvatisk biologisk mångfald Biologisk mångfald och edna Ofta problematiskt att mäta biologisk mångfald - hur
Realtids-PCR. icycler BioRad, mikrotiterplattor. LightCycler Roche, kapillärer. ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor
Realtids-PCR icycler BioRad, mikrotiterplattor LightCycler Roche, kapillärer ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor Molekylärbiologisk metodik T3 ht 2011 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt
Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi
Diagnostik VTEC/EHEC Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi SVA Tänker prata om VTEC / EHEC Sjukdomsframkallande faktorer PCR Magnetiska kulor (Immunomagnetisk separation) Diagnostik de vanligaste
Djurmaterialets betydelse i ekologisk grisproduktion
C2. Framtidsfrågorna för ekologisk grisproduktion Wallenbeck, A., Lundeheim, N. och Rydhmer, L., Institutionen för husdjurs-genetik, SLU, tel: 018-67 45 04, e-post: Anna.Wallenbeck@hgen.slu.se Djurmaterialets
Tentamen i Systemteknik/Processreglering
Institutionen för REGLERTEKNIK Tentamen i Systemteknik/Processreglering 22 augusti 2011 kl 14 19 Poängberäkning och betygssättning Lösningar och svar till alla uppgifter skall vara klart motiverade. Tentamen
Typning av Legionella på Folkhälsomyndigheten
Typning av Legionella på Folkhälsomyndigheten Görel Allestam & Caroline Schönning, Folkhälsomyndigheten Hygiendagarna i Umeå, 17 april 2015 Familjen Legionellaceae - 59 arter varav 26 har associerats med
Kopiera DNA med hjälp av PCR-metoden. Niklas Dahrén
Kopiera DNA med hjälp av PCR-metoden Niklas Dahrén PCR-metoden PCR= Polymerase chain reac/on. Kopiera upp specifika DNA-sekvenser: Med hjälp av PCR kan vi välja ut de områden i DNA:t (t.ex. STRområden
SLULRAPPORT AVSEENDE PROJEKTET:
SLULRAPPORT AVSEENDE PROJEKTET: Inventering av förekomst av Alternaria ssp. på potatis och i jord Projektnummer : H0842015 Projektansvarig: Eva Edin (fd Blixt), medsökande Björn Andersson Institutionen
Mellangrödor i växtföljden växtskyddsperspektiv
Mellangrödor i växtföljden växtskyddsperspektiv 1,2 Ann-Charlotte Wallenhammar 1 Hushållningssällskapet HS Konsult AB, Örebro 2 SLU, Institutionen för växtproduktionsekologi, Uppsala FoU-dagar ekologisk
Slutrapport angående projektet Järn, en stödfaktor för effektivare bekämpning med Binab i slutna odlingssystem med (projektnr 586/11/FoG
Slutrapport angående projektet Järn, en stödfaktor för effektivare bekämpning med Binab i slutna odlingssystem med (projektnr 586/11/FoG Projekt ansvarig: Sammar Khalil Institution för Biosystem och Teknologi,
RISKER MED SMÅSKALIGT SLAM bakterier, virus och läkemedelsrester. Annika Nordin
RISKER MED SMÅSKALIGT SLAM bakterier, virus och läkemedelsrester Kiladalen, 7 februari 2009 Annika Nordin Institutionen för Energi och Teknik, SLU, Ultuna RISKER MED ÅTERFÖRING AV AVLOPP Sjukdomsframkallande
Hjälp från Syngenta till effektivare. Jordgubbsodling
Hjälp från Syngenta till effektivare Jordgubbsodling Största hoten mot en hög skörd med god kvalitet Gråmögel Gråmögel kan ha kraftig påverkan på bärkvaliteten. Inspektera fälten noga från början av blomning
Provsvar: Analys av DNA från mikroorganismer i rumsdamm
Provsvar: Analys av DNA från mikroorganismer i rumsdamm Prov från Ånässkolan uttaget av Olle Wedenmark Ergo-Tek Provplatsen var 401 och provet var märkt 401. Provnummer 08-260-016. Provet togs ut 2008-02-18
HUGO-projektet. Kartläggningen av det mänskliga genomet
Vem är HUGO? HUGO-projektet Kartläggningen av det mänskliga genomet Kartläggning av genom Genom= allt DNA hos en organism. Kartläggningen sker genom att man bestämmer DNA-sekvensen för hela genomet och
Kontrollhandbok Provtagning. Del 4 Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov
Kontrollhandbok Provtagning Del 4 Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov Innehåll Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov... 3 Vem ska bedöma livsmedelsprov?... 3 Bedömningsterminologi... 4 Hur
Växtfysiologi VT 2013
Växtfysiologi VT 2013 Kurstid: 21 januari 13 februari (START kl 10:00) Kurslokaler: Botaniska Institutionen - Föreläsningar: föreläsningssal 321 Laborationer: lab 1, lab 2, lab 4 Lärare Assistenter: Ulla
DuPont. Talius lansering Talius. Fungicid. Unless indicated, trademarks with, or are trademarks of DuPont or affiliates DuPont.
Talius lansering 20170403 DuPont Talius Fungicid SM Unless indicated, trademarks with, or are trademarks of DuPont or affiliates. 2017 DuPont. Talius produktinformation Talius är: En ny aktiv subtsans:
Baldersbrå i ekologisk odling av vallfrö. Råd i praktiken
Baldersbrå i ekologisk odling av vallfrö Råd i praktiken Jordbruksinformation 17 2006 Baldersbrå i ekologisk odling av vallfrö De baldersbråplantor som ger problem i ekologiskt vallfrö har grott på sensommaren
Effekten av raps och mellangrödor i sockerbetväxtföljden - försöksplatserna Ädelholm 2 och Skegrie 1 Inledning och bakgrund
Slutrapport för forskningsprogrammet: Effekten av raps och mellangrödor i sockerbetväxtföljden - försöksplatserna Ädelholm 2 och Skegrie 1 Inledning och bakgrund En välplanerad växtföljd lägger grunden
Virus i förändrat klimat risker och motåtgärder. Anders Kvarnheden Institutionen för växtbiologi
Virus i förändrat klimat risker och motåtgärder Anders Kvarnheden Institutionen för växtbiologi Tre virussjukdomar har orsakat omfattande skador i stråsäd - Vetedvärgsjuka - Dvärgskottsjuka (havre) - Rödsotsjuka
GULROST I VETE. Oscar Díaz och Jan Ö. Jönsson Svalöf Weibull AB, Stråsädesavdelning, 268 81 Svalöv E-post: oscar.diaz@swseed.se
GULROST I VETE Oscar Díaz och Jan Ö. Jönsson Svalöf Weibull AB, Stråsädesavdelning, 268 81 Svalöv E-post: oscar.diaz@swseed.se Sammanfattning Dominerande svampsjukdomar i södra Sverige och Danmark var
Analys av råvatten och dricksvatten vid oväntad mikrobiologisk förorening
Analys av råvatten och dricksvatten vid oväntad mikrobiologisk förorening Anette Hansen, Folkhälsomyndigheten 171130 Svenskt Vatten Forskning och innovation för säkert dricksvatten Anette.Hansen@folkhalsomyndigheten.se
Möjligheter till lokal energiproduktion från lantbruket
Energiplanering i kommuner Energisession i Trollhättan 9/2 2006 Möjligheter till lokal energiproduktion från lantbruket Kent-Olof Söderqvist, projektledare, KanEnergi Mats Emilson, VD Agroväst Stor energipotential
Rhizoctonia solani i. grönsakskulturer. Rapport från projektet Integrerat växtskydd i grönsaker på friland. Agrios, G. 2005.
Agrios, G. 2005. Plant pathology Rhizoctonia solani i grönsakskulturer Rapport från projektet Integrerat växtskydd i grönsaker på friland Skaraborg Rapport 3_2013 Christina Marmolin, Stina Andersson och
PROVSVAR: ANALYS AV DNA FRÅN MIKROORGANISMER I RUMSDAMM
PROVSVAR: ANALYS AV DNA FRÅN MIKROORGANISMER I RUMSDAMM Objekt Provtagare Provplats Märkning Provnummer Provtagningsdatum Analysdatum Norra Sorgenfrids Gymnasium Tomas Abrahamson, Avonova Hälsa Syd L129,
MYKOBAKTERIER INFORMATION
MYKOBAKTERIER INFORMATION Svarsfrekvens: Mikroskopi - Utförs vardagar. Svar inom 1-2 arbetsdagar DNA-påvisning - Utförs vardagar. Svar inom 2-4 arbetsdagar Odling - Utförs vardagar. Negativa odlingar besvaras
Det finns två huvudgrupper av ogräs: fröogräs och rotogräs.
OGRÄS 2013 05 18 Vad är ett ogräs? Ogräs är egentligen ett orättvist namn på växter som många gånger är väldigt vackra men som råkar växa på, för oss människor, fel plats Ogräs är alltså en växt som finns
MYKOBAKTERIER INDIKATION
MYKOBAKTERIER INDIKATION Mycobacterium tuberculosis (tuberkelbakterien) och andra mykobakterier s.k icketuberkulösa mykobakterier påvisas med mikroskopi, odling och DNA-tekniker. Mängden mykobakterier
CMV/EBV Molekylär diagnostik. Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus
CMV/EBV Molekylär diagnostik Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus De flesta CMV infektioner hos immunkompetenta individer är asymtomatiska eller ger bara en mkt mild
Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR
Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia
1. Berätta om de växtsjukdomar som angriper morötter under lagringen. Hur kan man påverka morötternas lagerhållbarhet?
Essäsvaren 1-4: För essäsvaren 1-4 kan den sökande få högst 6 poäng/fråga. Vid poängsättningen beaktas de sakuppgifter som den sökande gett i sitt svar. För dessa sakuppgifter kan den sökande få högst
Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar
Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar Adam Ameur Bioinformatiker Lund, 26e November 2014 Introduktion till bioinformatik Bioinformatik - en tvärvetenskaplig disciplin där algoritmer
Aktuella försöksresultat, betning mot utsädesburna svampsjukdomar
Flera utsädesburna skadegörare finns på var och en av våra grödor Aktuella försöksresultat, betning mot utsädesburna svampsjukdomar Sammanställda av Lars Wiik, HUSEC Skadegörare som redan finns på fröet
Baljväxters sjukdomar - betrakta alla baljväxter som en och samma gröda vid planering av en växtföljd
Baljväxters sjukdomar - betrakta alla baljväxter som en och samma gröda vid planering av en växtföljd Växjö möte 2018 12 04 Gunnel Andersson Jordbruksverket gunnel.andersson@jordbruksverket.se Odla aldrig
Precisionsodling Sverige
Verksamhet i AGROVÄST-projektet Precisionsodling Sverige, POS, 2012 Christina Lundström (red) Institutionen för mark och miljö Precisionsodling Sverige Precisionsodling och Pedometri Teknisk Rapport nr
Pythium kan angripa de flesta ogräs och kulturväxter (Middleton, 1943).
3.4.6 Svamp Hans Larsson, SLU Introduktion Rotbrandssvampar Till kategorin jordburna rotbrandssvampar hör främst Aphanomyces cochlioides och Pythium men även Rhizoctonia solani kan vara en svår skadegörare.
Resultat. Ekvivalentnivå. dba Innenivå efter korrektion för fasadisolering (-29,0 dba): 29 Utenivå med korrektion för fasadreflexer (0,0 dba) 58
Stationsvägen Dygn Buller II Stationsvägen dygn.vbx Innenivå efter korrektion för fasadisolering (-29,0 ): 29 Utenivå med korrektion för fasadreflexer (0,0 ) 58 Maxnivå, Max 5% överskridanden per dygn
Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p.
Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p. Namn: Adress: Resultat: Betyg: Hjälpmedel: Miniräknare. Formelblad med tabell. Skrivtid: 9.00-13.00. Beräkningar och svar ska vara motiverade.
Inger Åhman Inst. för växtförädling BLADLUS/RÖDSOTVIRUS- RESISTENS I HÖSTVETE BLADFLÄCKSJUKE- RESISTENS I KORN
Inger Åhman Inst. för växtförädling BLADLUS/RÖDSOTVIRUS- RESISTENS I HÖSTVETE BLADFLÄCKSJUKE- RESISTENS I KORN Grundläggande växtförädlingsforskning Pre-breeding Nya rön Nya metoder Förbättrat växtmaterial
Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar
GA N AT ION ALCTAC ATCA G ENOMI CSGT INFR A S T RU CTURE Datorer och matematik hjälper oss att motverka sjukdomar Adam Ameur Bioinformatiker SciLifeLab Uppsala, 13e Maj 2014 Introduktion till bioinformatik
Effekt av senap och oljerättika som mellangrödor för sanering av rotröta i ärter, spenat och sockerbetor samt betcystnematoden
416 2013 Rapport Effekt av senap och oljerättika som mellangrödor för sanering av rotröta i ärter, spenat och sockerbetor samt betcystnematoden Effect of oilseed cover crops on Aphanomyces root rot of
Hur undviker vi problem med skadegörare i åkerböna?
Hur undviker vi problem med skadegörare i åkerböna? Temadag ekologisk odling Linköping 1 februari 2007 Cecilia Lerenius Jordbruksverkets växtskyddscentral, Åkerbönor Grästorp 2006 20 juli 2006 Chokladfläcksjuka
Mikrobiologisk kunskap
Mikrobiologisk kunskap Ett verktyg för förbättrad drift? Anna Schnürer a och Jan Moestedt a,b a Institutionen för Mikrobiologi, Sveriges Lantbruks Universitet b Svensk Biogas FoU, Tekniska Verken i Linköping
DNA-LCT -13910 C>T, Taqman alleldiskriminering, Malmö
1(5) DNA-LCT -13910 C>T, Taqman alleldiskriminering, Malmö Bakgrund, indikation och tolkning Enzymet laktas finns i tunntarmens enterocyter och möjliggör digestionen av diasackariden laktos/mjölksocker
Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi 2010. EQUALIS-representanter Eva Burman, Karin Dahlin-Robertsson och Keng-Ling Wallin.
Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi 2010 Kåre Bondesson Uppsala Maria Brytting Stockholm (SMI) Eva Hedvall Malmö Torbjörn Kjerstadius Karlstad Ilona Lewensohn-Fuchs Stockholm Inger Ljungström Stockholm
Redovisning av projekt: Hur påverkar ympning växtnäringsupptagning och avkastning i ekologisk växthusgurka?
Redovisning av projekt: Hur påverkar ympning växtnäringsupptagning och avkastning i ekologisk växthusgurka? Diarienummer: 25-14077/08 Sammanfattning Odlingssäsongen 2009 undersöktes hur ympning påverkar
Kliniskt forskningscentrum. Laborativ verksamhet
Kliniskt forskningscentrum Laborativ verksamhet Vid Kliniskt forskningscentrum (KFC) finns möjlighet att få laborativ hjälp i olika forskningsprojekt samt möjlighet för egen laborativ verksamhet. Laboratoriet
Integrerat växtskydd SJV, Uppsala 2014 11 19. Sjukdomar i skogsplantskolor mm. Elna Stenström
Integrerat växtskydd SJV, Uppsala 2014 11 19 Sjukdomar i skogsplantskolor mm. Elna Stenström Spridningsmöjligheter för svampsjukdomar Direkt från planta till planta; Rotkontakt, kontakt mellan barr, blad
Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen. från pacyc184 till puc19
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184 till puc19 Årskull: Laborationsrapport i Molekylärbiologisk laboratoriemetodik, termin 3
Flera kvantifierare Bevis Direkt bevis Motsägelse bevis Kontrapositivt bevis Fall bevis Induktionsprincipen. x y (x > 0) (y > 0) xy > 0 Domän D = R
Föreläsning Flera kvantifierare Bevis Direkt bevis Motsägelse bevis Kontrapositivt bevis Fall bevis Induktionsprincipen För att göra ett påstående av en öppen utsaga med flera variabler behövs flera kvantifierare.
MJÖLLÖSS ( VITA FLYGARE ) I VÄXTHUS
Växtskydd - Växthusodlingar Barbro Nedstam 2007-11-06 MJÖLLÖSS ( VITA FLYGARE ) I VÄXTHUS Arter och värdväxter Sedan växthusodlingens barndom i Sverige har växthusmjöllusen Trialeurodes vaporariorum varit
En bioinformatisk genjakt
En bioinformatisk genjakt Efter en ide från: CUSMOBIO, Milano, Italien. Hur man kan söka i databaser efter information om en gen som kan ge ökad risk för bröstcacer. Bakgrund Människor utan symptom men
Baljväxtrika växtföljder i ekologisk odling konsekvenser för framtida ärt- och bönodlingar.
Vetenskaplig rapport för projektet: Baljväxtrika växtföljder i ekologisk odling konsekvenser för framtida ärt- och bönodlingar. Studiernas omfattning Projektets viktigaste frågeställning gällde ärtrotrötans
RESULTATREDOVISNING AV MIKROBIOLOGISKA ANALYSER
Provsvar till Hifab AB Mikael Strandberg Smedjegatan 1 972 33 LULEÅ SVERIGE Faktura till Hifab AB FE 238 838 80 HACKÅS RESULTATREDOVISNING AV MIKROBIOLOGISKA ANALYSER Denna rapport med bilagor får endast