Syfte? Naturliga populationer i Trollsvattnen. Otoliter för åldersbestämning. Vävnadsprover för genetisk analys

Storlek: px

Starta visningen från sidan:

Download "Syfte? Naturliga populationer i Trollsvattnen. Otoliter för åldersbestämning. Vävnadsprover för genetisk analys"

Amanda Lindgren
för 7 år sedan
Visningar:

genetisk variation inom och mellan populationer används inom bevarandebiologin Länsstyrelser får ofta ta del av den här typen av

Man bör veta hur dessa är framtagna och själv ha sett hur data ska tolkas Eko-genetisk långtidsstudie Naturliga och introducerade

1 Syfte? Inblick i vanlig genotypbestämningsmetod Allozymer har ofta använts som genetisk markör vid populationsgenetiska studier Studera genetisk variation inom och mellan populationer används inom bevarandebiologin Länsstyrelser får ofta ta del av den här typen av genetiska data. Man bör veta hur dessa är framtagna och själv ha sett hur data ska tolkas Eko-genetisk långtidsstudie Naturliga och introducerade populationer av öring Tre vattensystem Vävnadsprover för genetisk analys Otoliter för åldersbestämning Naturliga populationer i Trollsvattnen Två sympatriskt existerande kryptiska populationer lika frekvens Undersöka morfologiska skillnader Populationernas utbredning i vattensystemet Statistiska styrka att upptäcka kryptisk populationsstruktur stabil sympatri i 20 år inga uppenbara fenotypiska skillnader 1

Bävervattsprojektet Utplantering 1979 1000 indivder per stam Diagnostiskt locus AGP-2 Lillrörtjärnen (66) E4 (83) Tjärn 2 Östra (57) Stora Bävervattnet 1025) E3 (54) Lilla Bävervattnet (760) E2 (45)

2 Bävervattsprojektet Utplantering indivder per stam Diagnostiskt locus AGP-2 Lillrörtjärnen (66) E4 (83) Tjärn 2 Östra (57) Stora Bävervattnet 1025) E3 (54) Lilla Bävervattnet (760) E2 (45) E1 (55) Identifiering av hybrider Rena stammar och F1 hybrider identifieras i locus AGP-2 Djuptjärnen (57) Stam A Storvuxen Kallsjön Stam B Småvuxen Fälpfjälltjärnarna Haravattnet (588) Haraån (42) Senare generationer svårare att identifiera. E4 (83) Lillrörtjärnen (66) Tjärn 2 Östra (57) NEWHYBRIDS Klassificerar individer till sex grupper. Stora Bävervattnet 1025) E3 (54) Lilla Bävervattnet (760) E2 (45) E1 (55) F1 Djuptjärnen (57) Stam A Stam B F1h F2 Haravattnet (588) Haraån (42) F2h F1hxA Sammanfattade resultat Stam A och B har etablerat sig på olika lokaler i sjösystemet i olika utsträckning. Hybrider går inte att identifiera och klassificera i flera generationer med nuvarande markörer och testade program NewHybrids Structure GeneClass Stammarna kan ha hållits reprodultivt åtskilda i viss utsträckning. Proteinelektrofores (allozymer) Olika varianter av samma enzym (protein) - uttrycks på basis av gener i cellkärnans DNA Olika alleler ger upphov till olika allozymer, vilka vanligtvis har olika elektrisk laddning och därför kan särskiljas genom elektrofores Bandmönster i en gel (med spänning) kan tolkas genetiskt: antal alleler i detta locus (oftast två) homozygot heterozygot Vi studerar alltså inte DNA direkt... 2

Vad händer på lab? 1. Förberedelse av vävnadsprov 4. Körning av gelelekrtofores 2. Gjutning av geler 5. Slicing (uppskärning) av gelen 3.

Infärgning och avläsning ENZYMELEKTROFORES kom i håg-lista Gen = specifik del av en DNA-molekyl Locus = fysiska positionen av genen på DNA-strängen, tex

slags enzym, representerar olika alleler av samma gen Är det någon genetisk skillnad mellan öringar från de tre olika lokalerna?

PEPLT) - Den ena homozygoten har bara den ena varianten av enzymet i cellkärnan - Den andra homozygoten har bara den andra varianten av enzymet i

AGP) Två genprodukter måste sättas ihop för att bilda ett fungerande enzym.

3 Vad händer på lab? 1. Förberedelse av vävnadsprov 4. Körning av gelelekrtofores 2. Gjutning av geler 5. Slicing (uppskärning) av gelen 3. Applicering av enzymextrakt på gel 6. Infärgning och avläsning ENZYMELEKTROFORES kom i håg-lista Gen = specifik del av en DNA-molekyl Locus = fysiska positionen av genen på DNA-strängen, tex AGP-locus Allel = varianter av en gen Protein Enzym = protein som katalyserar reaktioner, tex AGP Aminosyrakedjor = bygger upp enzym Allozym = en viss slags enzym, representerar olika alleler av samma gen Är det någon genetisk skillnad mellan öringar från de tre olika lokalerna? MONOMERT ENZYM består av 1 aminosyrasekvens (t.ex. PEPLT) - Den ena homozygoten har bara den ena varianten av enzymet i cellkärnan - Den andra homozygoten har bara den andra varianten av enzymet i cellkärnan - Heterozygoten har båda varianterna av enzym i cellkärnan får därför två band DIMERT ENZYM består av 2 aminosyrasekvenser (t.ex. AGP) Två genprodukter måste sättas ihop för att bilda ett fungerande enzym. Om enzymet består av två likadana genprodukter homodimer Om enzymet består av två olika genprodukter heterodimer Ex. med 2 alleler Ex. med 3 alleler - Den ena homozygoten bildar bara dubletter av den ena varianten - Den andra homozygoten bildar bara dubletter av den andra varianten - Heterozygoten har båda varianterna i cellkärnan och bildar därför alla slags dubletter Hos en heterozygot finns homo- respektive heterodimererna i mängdförhållandet 1:2:1 Ex. med 2 alleler (kan också finnas med fler alleler) A 1 A 3 A 2 A 3 A 3 A 3 3

TETRAMERT ENZYM består av 4 aminosyrasekvenser (LDH-1) kodande icke-kodande Hos en heterozygot finns de olika enzymvarianterna i mängdförhållandet 1:4:6:4:1 Ex.

4 TETRAMERT ENZYM består av 4 aminosyrasekvenser (LDH-1) kodande icke-kodande Hos en heterozygot finns de olika enzymvarianterna i mängdförhållandet 1:4:6:4:1 Ex. med 2 alleler (kan också finnas med fler alleler) Exoner rdna histoner Introner Regulatoriska regioner Mini- och mikrosatellit DNA icke-repetetivt (ex....gcatactagga...) repetetivt (ex. ATT ATT ATT ATT ATT...) Kärn-DNA Annat repetitivt DNA mtdna AGG - mikrosatellit Separation och visualisering (sekvensator) Mikrosatelliter - tolkning Infärgning av primers - visualisering LOCUS 1 Ind 1 Ind 2 Ind 3 Heterozygot 93/99 Homozygot 103/103 Heterozygot 99/103 F-statistik kom-ihåg lista H o Observerad heterozygositet H e Förväntad heterozygositet enligt Hardy Weinberg F ST Genetisk differentiering mellan populationer, 0=ingen differentiering, 1=fixering för olika alleler. F IT Avvikelser från Hardy-Weinberg i totalpopulationen F IS Avvikelser från Hardy-Weinberg i subpopulationerna 4

Lokal Locus Genepop on the Web Polymorfigrad Heterozygositet

Populationsgenetiska analyser Ladda upp filer med

alternativ Svar som HTML Ladda upp fil med genotyper

5 Lokal Locus Genepop on the Web Polymorfigrad Heterozygositet Individ Skillnader mellan lokaler (F ST ) Hardy-Weinberg Populationsgenetiska analyser Ladda upp filer med genotypdata Allozymer Microsatelliter Klicka i önskade alternativ Svar som HTML Ladda upp fil med genotyper Resultat: Scrolla ner! Den intressanta informationen finns oftast längst ner i filen 5

Relevanta dokument

Datorlaboration 5: Genetisk populationsstruktur

Datorlaboration 5: Genetisk populationsstruktur Syftet med denna laboration är att ni ska få prova på några vanligt förekommande statistiska analysmetoder som används vid studier av genetisk populationsstruktur.