Gastrointestinala infektioner och PCR-diagnostik. Kristina Nyström och Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska universitetssjukhuset

Transkript

1 Gastrointestinala infektioner och PCR-diagnostik Kristina Nyström och Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska universitetssjukhuset

2 Bakteriella gastroenteriter Dominerande världshälsoproblem Bristande sanitära förhållanden 3 miljoner dödsfall/år övervägande barn < 5 år

3 Entamoeba histolytica Campylobacter Cryptosporidium EHEC Yersinia Giardia intestinalis ETEC Shigella Salmonella spp Salmonella typhi

4 Sjukdomsbild vid infektiös tarmsjukdom Tunntarmspatogener rikliga, vattentunna diarréer utan blod och slem sällan feber, buksmärtor produktion av enterotoxin, t ex Kolera ETEC bakterier hämmad resorption av vätska, t ex rotavirus

5 Sjukdomsbild vid infektiös tarmsjukdom Tjocktarms-, nedre tunntarms-patogener mindre rikliga, ev blod och slem tillblandade diarréer ofta feber och buksmärtor/kramper mikroorganismerna invaderar och inflammerar slemhinnan

6 Toxiner Enterotoxiner (sekretorisk diarré) Cytotoxiner (inflammatorisk kolit) Exotoxiner Endotoxiner (inflammatoriskt tillstånd, diarré och feber)

7 Endotoxiner Endotoxiner utgörs av LipoPolySaccharid, LPS, som finns i gram-negativa bakteriers cellvägg LPS står för antigenvariationen, O-grupp hos E. coli, Salmonella spp, t.ex. Kraftig aktivering av immunsvar med feber och allmänsymtom

8 Patientfall Tidigare frisk man söker på infektionsmottagningen p.g.a. feber och sjukdomskänsla sedan ca tre dagar tillbaka. Han är född utomlands, men har bott i Sverige många år, och har nu varit på en resa till Indien, men kom hem för ungefär 2 veckor sedan. Han har rest rund huvudsakligen på landsbygden i Indien och Nepal, ätit den lokala maten

9 Patientfall forts Vid undersökning har han feber, 40ᵒ C, blodtryck 110/70, puls 70. Diffusa symtom utöver den höga febern, och på bröst och mage ses runda, 3-4 mm stora blekröda utslag. Vår patient läggs in på avdelningen och man tar en blododling på misstanke om sepsis, samt virusserologi med viss oro för mässling Blododling visar växt av gramnegativa stavar som typas till Salmonella typhi

10 S. typhi tyfoid feber Huvudsakligen vattenburen, men kan spridas från person till person Människan är främsta reservoaren Inkubationstid: dagar Sepsis med eller utan tarmsymtom. Relativ bradykardi samt hudutslag (roseoler) tillhör sjukdomsbilden, men kan ge influensaliknande symtom, ffa hos barn

11 S. Typhi forts. Invaderar tarmslemhinnan och vidare in i blodet Vi kapselantigen specifikt för S. typhi och S. paratyphi C Endotoxin (LPS) ger feber och övriga allmänsymtom Kroniskt bärarskap förekommer (ca 3%)

12

13 SALMONELLA Gramnegativ rörlig stav som finns i >2500 serotyper O-antigen och H-antigen Tyfoidfeber S. typhi <25 fall/år S. paratyphi fall/år Salmonella- S. typhimurium fall/år enterit S. enteritidis

14 Diagnostik sker genom odling (E-swab, pinnprov eller faeces) men PCR införs på flera lab Salmonella forts XLD (Xylose-Lysin-Deoxycholat-Agar Med positiv H2S-reaktion Rappaport-buljong för anrikning av salmonella

15 Shigella S. dysenteriae, S. flexneri, S.boydii och S.sonnei Infektionsdos: Mycket låg, bakterier Blodig diarré och buksmärtor Behandling: Antibiotikabehandlas alltid, mycket p.g.a. smittsamheten

16 Shigella Diagnostik av Shigella sker genom odling Agglutination till Serogrupp A-D Maldi-TOF skiljer inte mellan E. coli och Shigella Biokemiska tester krävs än så länge för att skilja Shigella från Enteroinvasiv E.coli (EIEC) Svår att hitta med odling, PCR höjer (sannolikt) känsligheten

17 Campylobacter C. jejuni står för >90% av fallen, C. coli och (mkt sällan) C. lari står för resterande del Verkningsmekanismen dåligt känd, men värdfaktorer troligen av stor vikt Buksmärta och blodig diarré Diagnostik sker genom framodling av bakterier med mikroskopi samt oxidas. MALDI-tof kan användas för att skilja mellan C. coli och C. jejuni

18 EHEC Verotoxin / Shiga-toxin VT1 och VT2 Klinik: varierar från asymptomatisk eller mild diarré blodig diarré med buksmärtor HUS Hemolytiskt Uremiskt Syndrom komplikation som drabbar blod, njurar och CNS. Ff.a barn < 10 år totalt 5 % av EHEC-fallen barn 5-10% dödlighet

19 Enterotoxinbildande E.coli ETEC - turistdiarré Symtomen varierar från lindrig diarré till våldsam kolera-liknande sjukdom Kan bilda ett och/eller två enterotoxiner, St och Lt PCR-diagnostik genom påvisning av en eller båda toxingenerna

20 Yersinia enterocolitica och pseudotuberculosis Symtom kan vara diarré och buk- smärtor s.k. falsk appendicit för Y. enterocolitica Y. pseudotuberculosis ger enterit och svullna lymfkörtlar i mesenteriet Ovanligt fynd, ca 10/år i Göteborg

21 Gastro-PCR Fördelar Högre känslighet Snabba negativa svar Detekterar även EHEC och ETEC Nackdelar Begränsat till förutbestämda fynd Högre känsliget Död eller levande bakterie? Skiljer inte mellan Shigella och EIEC

22 Varför viktigt med snabba svar? Man antibiotikabehandlar ju ändå inte. Patienter i slutenvård - egen toalett - enkelrum - Inga undersökningar utanför avdelningen - Vård på Infektionsklinik (Vårdhygiens rekommendation i Göteborg)

23 Vart ska man börja? Vad vill jag detektera? Vad vill jag INTE detektera? Finns det något publicerat som jag kan använda? Primer och probe sekvenser Gener som är korrelerade med sjukdom Dubbelkolla alltid publicerade sekvenser!

24 Isolering av DNA från faeces Isolering från vätska Faeces innehåller inhibitoriska ämnen Hur fungerar bakterierna ihop? Trial and error Isolering av både DNA och RNA? Hur många bakterier vill jag ska ingå?

25 Översikt av metoden Prov Isolering DNA/RNA Anrikning Salmonella? Spara i -80 C Real-tids PCR besvaras direkt Odling av positiva prover för typning och resistensbestämning

26 Vad behöver vi ta reda på? Hur bra fungerar PCR i förhållande till odling? Behöver vi anrika Salmonella? Vad är bästa lösningen rent praktiskt för att systemet ska fungera? Hur anmäler vi PCR-fynd där det inte gått att typa bakterien? Hur gör vi med uppföljning för personer i riskyrken och förskolebarn?