MAX Extended Enteric Bacterial Panel

Transkript

1 MAX Extended Enteric Bacterial Panel Avsedd för in vitro-diagnostik P0221(03) För användning tillsammans med BD MAX-systemet Svenska 4 I AVSEDD ANVÄNDNING BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel (utökad enterisk bakteriell panel) som används i BD MAX-systemet är ett automatiserat in vitro-diagnostiskt test för direkt kvalitativ detektion och differentiering av enteriska bakteriella patogener. Det används tillsammans med BD MAX Enteric Bacterial Panel som en valfri mastermix. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel detekterar nukleinsyror från Plesiomonas shigelloides Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae) gener från enterotoxinbildande Escherichia coli (ETEC), värmekänsligt enterotoxin (LT)/värmestabilt enterotoxin (ST) Yersinia enterocolitica Testning utförs på icke-konserverade mjuka till diarréaktiga eller Cary-Blair-konserverade avföringsprover från symtomatiska patienter med misstänkt akut gastroenterit, enterit eller kolit. Testet utförs direkt på provet genom användning av polymeraskedjereaktion (PCR) i realtid för amplifiering av en relevant gens mål-dna. I testet används fluorogena genspecifika hybridiseringsprober för detektion av det amplifierade DNA:t. Detta test är avsett att användas i kombination med kliniska symtom, laboratorieresultat och epidemiologisk information som en hjälp vid differentialdiagnostik av infektioner från Plesiomonas shigelloides, Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae) enterotoxinbildande Escherichia coli (ETEC) LT/ST och Yersinia enterocolitica. Resultaten av detta test bör inte användas som enda underlag för diagnos, behandling eller andra patientledningsbeslut. Positiva resultat utesluter inte blandinfektion med andra organismer som inte detekteras med detta test och utgör kanske inte den enda eller definitiva orsaken till patientens sjukdom. Negativa resultat vid fastställandet av klinisk sjukdom kompatibel med gastroenterit kan bero på infektion av patogener som inte detekteras med detta test eller icke-infektiösa orsaker, såsom t.ex. ulcerös kolit, kolon irritabile (IBS) eller Crohns sjukdom. SAMMANFATTNING OCH FÖRKLARING AV FÖRFARANDET Organismer som kan orsaka enteriska sjukdomar utgör en signifikant orsak till morbiditet och mortalitet över hela världen. Enteriska patogener kommer in i kroppen via mag-tarmkanalen och sprids vanligtvis via kontaminerat livsmedel och vatten eller via kontakt med uppkastningar eller avföring. CDC (Centers for Disease Control and Prevention) uppskattar att det förekommer 48 miljoner fall av livsmedelsburna sjukdomar i USA varje år, vilket resulterar i sjukhusvistelser och dödsfall. 1 I utvecklingsländerna orsakar dessa sjukdomar cirka 2 miljoner dödsfall årligen bland små barn. 2 De orsakande patogenerna kan ge något olika symptomatologi, inklusive magkramper eller smärta, aptitlöshet, illamående eller kräkningar. Alla resulterar dock i diarré. 3 Upprepade skov av diarré och ihållande diarrésjukdomar stör tarmfunktionen och absorptionen, vilket kan leda till undernäring och tillväxthämning hos barn. 4 Även om de vanligaste gramnegativa bakteriella patogenerna i tarmen är lättodlade på standardiserade selektiva och differentierande medier med toxindetektion med hjälp av antikroppsmedierat sidoflöde är isolering och identifiering tidskrävande. Fastställandet av diagnosen kan ta flera dagar, vilket leder till att patienterna löper risk för en obehandlad infektion och även risk för spridning av infektionen till andra. Alternativt kan empirisk antibakteriell terapi utsätta patienterna för risk för läkemedelsrelaterade biverkningar. Olämplig användning av antibiotika bidrar till uppkomst av antimikrobiell resistens och kräver onödigt utnyttjande av begränsade resurser. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel består av en enda mastermix som måste användas tillsammans med BD MAX Enteric Bacterial Panel. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel som används i BD MAX-systemet kan tillhandahålla resultat för både BD MAX Enteric Bacterial Panel- och BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-mål för 24 prover på cirka 3 timmar jämfört med traditionella odlingsmetoder som kan ta 48 till 96 timmar. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel detekterar samtidigt de patogener som orsakar gastroenterit på grund av Plesiomonas shigelloides, Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae), enterotoxinbildande E. coli (ETEC) LT/ST och Yersinia enterocolitica. Analysen innehåller en provbearbetningskontroll. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel automatiserar testprocessen och minimerar antalet åtgärder från operatören från den tidpunkt då provet placeras i BD MAX-systemet tills resultaten är tillgängliga. 1

2 Ett mjukt till diarréaktigt avföringsprov samlas in och transporteras till laboratoriet, homogeniseras och samlas in i ett BD MAX Enteric Bacterial Panel Sample Buffer Tube (provbuffertrör). Provbuffertröret placeras i BD MAX-systemet och följande automatiserade förfarande utförs: Bakteriecellerna lyseras, DNA extraheras på magnetiska kulor och koncentreras. Sedan tillsätts en alikvot av det eluerade DNA:t till PCR-reagenserna som innehåller de genspecifika primrarna som används för att amplifiera de genetiska målen i BD MAX PCR Cartridge (PCR-kassett), om de finns. I analysen ingår också en provbearbetningskontroll. Provbearbetningskontrollen finns i extraktionsröret och genomgår extraktions-, koncentrations- och amplifieringsstegen för att övervaka förekomsten av inhiberande substanser samt instrument- eller reagensfel. Det behövs inga ytterligare åtgärder från operatören när det kliniska provet, BD MAX Unitized Reagent Strip (sammansatt reagensremsa) och BD MAX PCR-kassetten har laddats i BD MAX-systemet. BD MAX-systemet automatiserar lyseringen av provet, extraktionen och koncentrationen av DNA, reagensrehydreringen, amplifieringen av nukleinsyrorna och detektionen av mål-nukleinsyrasekvensen med användning av polymeraskedjereaktion (PCR) i realtid. Amplifierade mål detekteras med hydrolysprober märkta med dämpade fluoroforer. Amplifieringen, detektionen och tolkningen av signalerna görs automatiskt av BD MAX-systemet. PRINCIPER FÖR METODEN Avföringsprover samlas in från patienter och transporteras till laboratoriet icke-konserverade i en ren behållare eller konserverade i Cary-Blair-transportmedium. En 10 µl ögla förs in till öglans djup i provet och exprimeras med en snurrande rörelse till ett BD MAX Sample Buffer Tube (provbuffertrör) som ingår i BD MAX Enteric Bacterial Panel-kitet. Provbuffertröret försluts med ett membranlock, vortexblandas och överförs till BD MAX-systemet. När arbetslistan har genererats och provet laddats på BD MAX-instrumentet tillsammans med en BD MAX Enteric Bacterial Panel Unitized Reagent Strip och en PCR-kassett startas körningen och inga ytterligare åtgärder från operatören behövs. BD MAX-systemet automatiserar provberedningen, inklusive lysering av målorganism, extraktion och koncentration av DNA, reagensrehydrering, amplifiering av målnukleinsyrasekvensen och detektion med hjälp av PCR i realtid. Tolkningen av signalen utförs automatiskt av BD MAX-systemet. Analysen inkluderar också en provbearbetningskontroll som ingår i extraktionsröret och som genomgår extraktions-, koncentrations- och amplifieringssteg. Provbearbetningskontrollen övervakar eventuell förekomst av potentiella inhiberande substanser samt system- eller reagensfel. Efter enzymatisk bakterielysering vid förhöjd temperatur fångas de frigjorda nukleinsyrorna med magnetiska affinitetskulor. Kulorna, tillsammans med de bundna nukleinsyrorna, tvättas och nukleinsyrorna elueras. Eluerat DNA neutraliseras och överförs till mastermixrören för att rehydrera PCR-reagenserna. Efter rehydrering dispenserar BD MAX-systemet en bestämd volym PCR-färdig lösning i BD MAX PCR-kassetten. Mikroventiler i BD MAX PCR-kassetten försluts av systemet innan PCR initieras så att amplifieringsblandningen bibehålls, vilket förebygger avdunstning och amplikonkontaminering. De amplifierade DNA-målen detekteras med hydrolysprober (TaqMan) som är märkta med ett fluorescerande färgämne (fluorofor) i ena änden och med ett inhiberande fragment i den andra änden. Prober märkta med olika fluoroforer används för att detektera amplikonerna för de bakteriella målen (Plesiomonas shigelloides, Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae), enterotoxinbildande Escherichia coli (ETEC) LT/ST och Yersinia enterocolitica) och provbearbetningskontrollamplikonerna i fem olika optiska kanaler på BD MAX-systemet. När proberna är i sitt ursprungliga tillstånd inhiberas fluorescensen i fluoroforen på grund av dess närhet till inhiberaren. I närvaro av mål-dna hybridiseras dock proberna till sina komplementära sekvenser och hydrolyseras av DNA-polymerasens 5 3 -exonukleasaktivitet när den syntetiserar den begynnande strängen längs cdna-mallen. Till följd av detta separeras fluoroforerna från inhiberarmolekylerna och fluorescens avges. BD MAX-systemet övervakar dessa signaler vid varje cykel och tolkar data i slutet av programmet för att rapportera de slutliga resultaten. REAGENSER Innehåll BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel Master Mix (mastermix för utökad enterisk bakteriell panel) (D8) Torkad PCR Master Mix som innehåller DNA-polymeras, nukleotider samt primrar och prober som är specifika för provbearbetningskontrollen och målen. Kvantitet 24 test (2 x 12 rör) UTRUSTNING OCH MATERIAL SOM KRÄVS MEN EJ MEDFÖLJER BD MAX Enteric Bacterial Panel (BD Diagnostic Systems katalognr ) BD MAX PCR Cartridges (BD Diagnostic Systems katalognr ) VWR Multi-Tube Vortexer eller motsvarande (VWR, kat. nr ) Vortex Genie 2 eller motsvarande (VWR, kat. nr ) Nalgene Cryogenic Vial Holder (kryogen flaskhållare) (VWR, Kat. nr ) Ställ kompatibelt med en vortexblandare för flera rör (t.ex. Cryogenic Vial Holder eller motsvarande) 10 µl ympöglor för engångsbruk (BD Diagnostic Systems katalognr ) Labbrock och handskar för engångsbruk, utan talk Tidur eller timer För avföringsprover av icke-konserverad typ: Torra, rena behållare för insamling av prover av flytande eller lös avföring. För avföringsprover av konserverad typ: Cary-Blair-transportmedium (15 ml). Föreslaget medium för odling av kontrollisolat (se avsnittet Kvalitetskontroll): BD Trypticase Soy Agar with 5% Sheep Blood (tryptikassojaagar med 5 % fårblod) (för Plesiomonas shigelloides, Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae), ETEC och Yersinia enterocolitica) (t.ex. BD BBL Trypticase Soy Agar with 5% Sheep Blood (tryptikassojaagar med 5 % fårblod) [TSA II], BD Diagnostic Systems katalognr ) 2

3 VARNINGAR OCH FÖRSIKTIGHETSBEAKTANDEN BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel är endast avsedd för in vitro-diagnostik. Kommunala och statliga regler och riktlinjer för anmälan om anmälningspliktiga sjukdomar uppdateras kontinuerligt och omfattar en rad organismer som det är viktigt att övervaka och undersöka utbrott av. 5, 6 Laboratorier är ansvariga för att följa det statliga och/eller lokala regelverket angående anmälningspliktiga patogener och bör vända sig till lokala och/eller statliga folkhälsolaboratorier när det gäller riktlinjer för inlämning av isolat och/eller kliniska prover. Denna produkt får endast användas på BD MAX-systemet tillsammans med BD MAX Enteric Bacterial Panel. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel får användas med valfria partier av BD MAX Enteric Bacterial Panel. Använd inte utgångna reagenser och/eller material. Använd inte kitet om etiketten som förseglar ytterkartongen är bruten vid mottagandet. Använd inte reagenserna om skyddspåsarna är öppna eller trasiga vid mottagandet. Använd inte reagenserna om torkmedel saknas eller är trasigt inuti reagenspåsarna. Ta inte bort torkmedlet ur reagenspåsarna. Förslut reagensskyddspåsar med blixtlåset omedelbart efter varje användning. Tryck ut eventuell överflödig luft ur påsarna innan de försluts. Skydda reagenserna mot värme och fukt. Långvarig exponering för fukt kan påverka produktens prestanda. Använd inte reagenser om folien har öppnats eller skadats. Blanda inte reagenser från olika påsar och/eller kit eller loter. Alternera inte och återanvänd inte lock eftersom kontamination som kan påverka testresultaten kan uppstå. Kontrollera att de sammansatta reagensremsorna är korrekt fyllda (se till att vätskorna finns på rörens botten [se figur 1]). Undersök de sammansatta reagensremsorna för att säkerställa att alla pipettspetsar finns på plats (se figur 1). Hantera kemiska lösningar försiktigt eftersom de kan göra streckkoden på mastermix- och extraktionsrören oläslig. God laboratorieteknik är avgörande för att den här analysen ska fungera korrekt. På grund av den höga analytiska sensitiviteten hos detta test ska extrem försiktighet iakttas för att bevara renheten hos alla material och reagenser. I de fall där andra PCR-test genomförs i samma generella område i laboratoriet måste försiktighet iakttas för att säkerställa att BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel, eventuella ytterligare reagenser som krävs för testningen och BD MAX-systemet inte kontamineras. Undvik alltid mikrobiell kontamination och kontamination med deoxyribonukleas (DNas) av reagenserna. Byt handskar innan reagenser och kassett hanteras. Förebygg kontaminering av miljön med målamplikoner genom att inte bryta isär BD MAX PCR-kassetten efter användning. Förseglingarna på BD MAX PCR-kassetterna är utformade för att förebygga kontaminering. Laboratoriet ska rutinmässigt bedriva miljöövervakning för att minimera risken för korskontaminering. Om BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel används utanför de tids- och temperaturintervall som rekommenderas för transport och förvaring av prov kan detta ge ogiltiga resultat. Analyser som inte utförts inom de angivna tids- och temperaturområdena bör upprepas. Ytterligare kontroller kan testas i enlighet med riktlinjer eller krav i lokala, regionala och/eller nationella bestämmelser eller från ackrediteringsorganisationer. Hantera alltid prover som om de vore smittförande och i enlighet med säkra laboratorieförfaranden, till exempel de som beskrivs i CLSI Document M29 7 och i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories. 8 Använd skyddskläder och engångshandskar vid hantering av alla reagenser. Tvätta händerna noggrant efter utförande av testet. Pipettera inte med munnen. Rök, drick eller ät inte i områden där prover eller kitreagenser hanteras. Kassera oanvända reagenser och avfall enligt nationella, statliga och lokala bestämmelser. Se BD MAX-systemets användarhandbok 9 för ytterligare varningar, försiktighetsbeaktanden och förfaranden. FÖRVARING OCH STABILITET Insamlade prover, antingen icke-konserverad avföring eller avföring som lagras i 15 ml Cary-Blair-transportmedium, ska förvaras mellan 2 C och 25 C under transport. Skydda mot exponering för stark värme. Prover kan förvaras i upp till 120 timmar (5 dagar) vid 2 8 C eller i upp till 24 timmar vid 2 25 C före testning. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel Master Mix är stabilt vid 2 25 C fram till det angivna utgångsdatumet. Använd inte utgångna komponenter. BD MAX Extended Enteric Bacterial Master Mix Tubes (rör för utökad enterisk bakteriell mastermix) levereras i förseglade påsar. Skydda produkten från fukt genom att omedelbart återförsluta påsarna efter att de öppnats. Mastermixrör är stabila i upp till 14 dagar vid 2 25 C efter första öppnandet och återförslutningen av påsen. Orekonstituerade mastermixrör är stabila i upp till 24 timmar vid 2 25 C efter att de tagits ur sina skyddspåsar. 3

4 BRUKSANVISNING Provtagning och transport För att erhålla ett tillfredsställande prov måste provtagningsförfarandet följas noggrant. Flytande eller mjuka avföringsprover samlas in med hjälp av en torr och ren behållare enligt följande procedur: 1. Prover utan konserveringsmedel: Överför det flytande eller mjuka avföringsprovet till en torr och ren behållare. Undvik kontamination med vatten eller urin och undvik att få med toalettpapper eller tvål i provet. Märk behållaren och transportera den till laboratoriet i enlighet med institutionens standardförfaranden (se avsnittet Förvaring och stabilitet). 2. Cary-Blair-konserverade prover: Överför det flytande eller mjuka avföringsprovet till en transportanordning om 15 ml i enlighet med tillverkarens instruktioner. Undvik kontamination med vatten eller urin och undvik att få med toalettpapper eller tvål i provet. Märk behållaren och transportera den till laboratoriet i enlighet med institutionens standardförfaranden (se avsnittet Förvaring och stabilitet). Provberedning OBS! Ett (1) provbuffertrör, ett (1) membranlock, två (2) mastermixrör [ett från BD MAX Enteric Bacterial Panel (B5) och det andra från BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel (D8)], ett (1) extraktionsrör (B2) och en (1) sammansatt reagensremsa krävs för varje prov och varje extern kontroll som ska testas. Ta ut det antal komponenter som krävs ur respektive skyddspåsar eller kartonger. Avlägsna överskottsluft och försegla med hjälp av zip-förseglingen för att lagra öppnade påsar med mastermix eller extraktionsrör. 1. Märk ett streckkodat BD MAX-provbuffertrör (genomskinligt lock) med lämplig providentifiering. Täck inte, skriv inte eller sätt någon etikett över 2D-streckkoden. 2. Vortexblanda icke-konserverade eller Cary-Blair-konserverade prover vid hög hastighet under 15 sekunder. 3. Ta bort det genomskinliga locket från provbuffertröret och ympa på följande sätt: a. För in en inympningsögla på 10 μl för engångsbruk tills hela slingan är nedsänkt i provet. För inte in den längre än öglans längd eftersom ytterligare avföring som finns på skaftet kan överbelasta PCR-reaktionen. b. För in den laddade öglan i provbuffertröret och exprimera provet med en snurrande rörelse. OBS! Hela provet behöver inte avlägsnas från öglan. Den resulterande lösningen i provbuffertröret bör vara tefärgad. 4. Försegla på det ympade provbuffertröret med ett membranlock. 5. Placera provbuffertröret i ett ställ som är kompatibelt med en vortexblandare för flera rör, om en sådan finns tillgänglig (t.ex. kryogen flaskhållare eller motsvarande). 6. Förbered eventuella ytterligare prover för testning genom att upprepa steg 1 till 5 och säkerställ att dina handskar är rena innan du hanterar ytterligare prover. 7. Vortexblanda alla beredda prover samtidigt vid maximal hastighet under en (1) minut med en vortexblandare för flera rör. 8. Fortsätt till avsnittet Användning av BD MAX-systemet för att utföra testning av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel på BD MAX-systemet. Användning av BD MAX-systemet OBS! Se Användarhandbok för BD MAX-systemet 9 för detaljerade anvisningar (se avsnittet Användning ). OBS! Testning av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel måste utföras omedelbart efter vortexblandningssteget ovan (se Provberedning, steg 7). Ifall omtestning krävs måste provet/proverna vortexblandas på nytt. 1. Starta BD MAX-systemet (om det inte redan är på) och logga in genom att ange <user name> (användarnamn) och <password> (lösenord). 2. Byt handskar innan reagenser och kassetter hanteras. 3. Avlägsna önskat antal reagensremsor från BD MAX Enteric Bacterial Panel-kitet. Knacka försiktigt varje sammansatt reagensremsa mot en hård yta för att säkerställa att alla vätskor finns på rörens botten. 4. Ta ut önskat antal av följande ur skyddspåsarna: a. Extraktionsrör och mastermixrör från BD MAX Enteric Bacterial Panel-kitet. b. Mastermixrör från BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-kitet. 5. Tryck ut överflödig luft och förslut påsarna med blixtlåset. 6. För varje prov som ska testas ska en (1) sammansatt reagensremsa placeras i BD MAX System Rack (systemställ) med början i position 1 i ställ A. 7. Kläm fast ett (1) extraktionsrör (B2) (vit folie) i varje sammansatt reagensremsa i position 1 enligt figur Kläm fast ett (1) BD MAX Enteric Bacterial Panel Master Mix Tube (mastermixrör för enterisk bakteriell panel) (B5) (grön folie) i varje sammansatt reagensremsa i position 2 enligt figur Kläm fast ett (1) BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel Master Mix Tube (mastermixrör för utökad enterisk bakteriell panel) (D8) (blå folie) i varje sammansatt reagensremsa i position 4 enligt figur 1. 4

5 Figur 1: Kläm fast BD MAX Enteric Bacterial Panel Extraction Tubes (extraktionsrör för enterisk bakteriell panel) och BD MAX Enteric Bacterial Panel och BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel Master Mix Tubes (mastermixrör för enterisk bakteriell panel och utökad enterisk bakteriell panel) i de sammansatta reagensremsorna 10. Klicka på fliken Run (Kör) och sedan på underfliken Inventory (Förteckning) och skriv in partinumret för BD MAX Enteric Bacterial Panel-kitet och partinumret för BD MAX Extended Bacterial Panel-mastermixen (för spårbarhet av partiet) genom att antingen skanna streckkoden med skannern eller genom manuell inmatning. OBS! Upprepa steg 10 varje gång en ny kit-lot används. OBS! Det är obligatoriskt att använda 2000 Sample Mode (Läge med prover) för denna analys. Se till att kitets och mastermixens partinummer kontrolleras på fliken Configuration/System (Konfiguration/System). 11. Navigera till arbetslistan. Använd rullgardinsmenyn och välj <BD MAX EX ENT BAC 26>. 12. Välj rätt partinummer för kitet (finns på ytterkartongen till BD MAX Enteric Bacterial Panel) samt partinumret för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-mastermixen i rullgardinsmenyn. 13. Ange ID för BD MAX Enteric Bacterial Panel Sample Buffer Tube, patient-id och accessionsnummer (i förekommande fall) i Worklist (Arbetslistan), antingen genom att skanna streckkoden med skannern eller genom manuell inmatning. 14. Upprepa steg 13 för alla återstående provbuffertrör. 15. Sätt provbuffertrören i det eller de BD MAX-systemställ som motsvarar de sammansatta reagensremsorna som sattes samman i steg 6 till 9. OBS! Sätt provbuffertrören i provstället med 1D-streckkodsetiketterna vända utåt (det underlättar skanning av provbuffertrören vid inloggning av proverna). 16. Placera tillämpligt antal BD MAX PCR-kassetter i BD MAX-systemet (se figur 2). När BD MAX Enteric Bacterial Panel och BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel används samtidigt: Varje BD MAX PCR-kassett kan användas till 1 körning med upp till 12 prover, alltså sammanlagt 12 prover. BD MAX-systemet kommer automatiskt att välja plats och rad på BD MAX PCR-kassetten inför varje körning. BD MAX PCR-kassetterna används baserat på körningar OCH ställ (1 körning per kassett och 1 kassett per ställ). För att maximera användningen av BD MAX PCR-kassetter vid användning av 2000 Sample Mode (2 000 provläge), välj Run Wizard (Körningsguiden) under fliken Worklist (Arbetslista) för tilldelning av banor. Se BD MAX-systemets användarhandbok 9 för mer information. Figur 2: Ladda BD MAX PCR-kassetter 5

6 17. Ladda ställ i BD MAX-systemet (se figur 3). Sida A Sida B Figur 3: Ladda ställ i BD MAX-systemet. 18. Stäng BD MAX-systemets lock och klicka på <Start> (Starta) för att påbörja bearbetningen. 19. Kontrollera resultaten omedelbart efter körningen eller förvara provbuffertrören vid 2 8 C i upp till 5 dagar (120 timmar) ELLER vid 25 ± 2 C i högst 48 timmar tills resultaten har kontrollerats. OBS! Om ett membranlock skadas under körningen ska det bytas ut mot ett nytt innan provet förvaras. OBS! Beredda BD MAX-provbuffertrör kan förvaras vid 2 8 C i högst 120 timmar (5 dagar) ELLER vid 25 ± 2 C i högst 48 timmar. Om resultatet är Indeterminate (IND) (Obestämt), Unresolved (UNR) (Olöst) eller Incomplete (INC) (Ofullständigt), eller om ett externt kontrollfel inträffar, måste ett test från det beredda provbuffertröret upprepas inom denna tidsram (se avsnittet Upprepa testförfarande). KVALITETSKONTROLL Förfaranden för kvalitetskontroll används för att övervaka analysens prestanda. Laboratorier måste fastställa antal, typ av och intervall för tester av kontrollmaterial i enlighet med riktlinjer eller krav utfärdade av lokala, landstings-, statliga och/eller kommunala bestämmelser eller från ackrediteringsorganisationer. Allmänna riktlinjer för kvalitetskontroll finns i dokumenten MM3 10 och EP12 11 från Clinical Laboratory Standards Institute. 1. Externa kontrollmaterial tillhandahålls inte av BD. Externa positiva och negativa kontroller används inte av BD MAX-systemets programvara för tolkning av testresultat. Externa kontroller behandlas som om de vore patientprover. (Se tabell 2 för tolkning av den externa kontrollens analysresultat.) 2. En (1) extern positiv kontroll och en (1) extern negativ kontroll bör köras minst dagligen tills adekvat processvalidering uppnås på BD MAX-systemet i varje laboratoriemiljö. Minskad frekvens av kontrolltestning ska göras i enlighet med tillämpliga föreskrifter. 3. Den externa positiva kontrollen används för att övervaka förekomsten av större reagensfel. Den externa negativa kontrollen är avsedd för att detektera reagens- eller miljökontamination (eller överföring) av målnukleinsyror. 4. Olika typer av externa kontroller rekommenderas så att användaren kan välja den som passar kvalitetskontrollprogrammet i deras laboratorium bäst. a. Extern negativ kontroll: Kommersiellt tillgängligt kontrollmaterial eller ett sedan tidigare karakteriserat prov som fastställts vara negativt. BD rekommenderar att den externa negativa kontrollen bereds före den externa positiva kontrollen i syfte att minska risken för kontamination till följd av kontrollberedningen. b. Extern positiv kontroll: Kommersiellt tillgängliga kontrollmaterial, t.ex. ATCC-stammarna som anges nedan (se tabell 1), eller sedan tidigare karakteriserade prover som fastställts vara positiva. Stam för extern positiv kontroll Yersinia enterocolitica (ATCC 9610) Vibrio cholerae (ATCC 14033) Vibrio parahaemolyticus (ATCC 17802) ETEC (ATCC 35401) Plesiomonas shigelloides (ATCC 14029) Tabell 1. Kommersiellt tillgängliga stammar för extern positiv kontroll Odlingsbetingelse Tryptikassojaagar med 5 % fårblod, timmar vid 35 C 6 Slutlig utspädning från 0,5 McFarland (1 x 10 8 CFU/mL) 1,1 x 10 5 CFU/mL 1,3 x 10 5 CFU/mL 6,2 x 10 4 CFU/mL 6,9 x 10 4 CFU/mL 1,3 x 10 5 CFU/mL För beredning av extern kontrollsuspension rekommenderas att isolaten återsuspenderas i en koksaltlösning till en grumlighet på 0,5 McFarland (~1 x 10 8 CFU/mL). Utför seriella spädningar med koksaltlösning för att erhålla en suspension med den koncentration som anges i tabell 1. Ympa 10 μl av bakteriesuspensionen i motsvarande provbuffertrör. Bearbeta och testa som ett prov (se avsnitten Provberedning och Användning av BD MAX-systemet).

7 5. Alla externa kontroller ska ge förväntade resultat (positivt för extern positiv kontroll och negativt för extern negativ kontroll) och inga misslyckade externa kontroller (olösta, obestämda, ofullständiga resultat). 6. En extern negativ kontroll som ger ett positivt testresultat tyder på en incident med provhantering och/eller kontamination. Granska provhanteringstekniken för att undvika sammanblandning och/eller kontamination. En extern positiv kontroll som ger ett negativt resultat är indikativt för felaktig provhantering/beredning. Granska provhanterings-/beredningstekniken. 7. En extern kontroll som ger ett olöst, obestämt eller ofullständigt testresultat tyder på ett reagens- eller BD MAX-systemfel. Kontrollera om några felmeddelanden visas på BD MAX-systemets bildskärm. Se avsnittet Översikt över systemfel i Användarhandbok för BD MAX-systemet 9 för tolkning av varnings- och felkoder. Om problemet kvarstår ska du använda reagenser från en oöppnad påse eller använda nya BD MAX Enteric Bacterial Panel- och BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-kit. 8. Varje BD MAX Enteric Bacterial Panel Extraction Tube innehåller en provbearbetningskontroll som är en plasmid med en syntetisk mål-dna-sekvens. Provbearbetningskontrollen extraheras, elueras och amplifieras tillsammans med eventuellt DNA i det bearbetade provet, vilket säkerställer analysens förutsägbarhet. Med hjälp av provbearbetningskontrollen övervakas effektiviteten i insamling, tvättning och eluering av DNA under provbearbetningen, samt effektiviteten i amplifiering och detektion av DNAmålet under PCR-analysen. Om resultatet av provbearbetningskontrollen inte uppfyller kriterierna för godkännande rapporteras provresultatet som olöst. Eventuella positiva (POS) analysresultat rapporteras dock och inga mål anges som negativa (NEG). Detta rapporteras per mastermix. Ett olöst resultat är indikativt för en provrelaterad inhibering eller ett reagensfel. Upprepa eventuellt prov som rapporterats som olöst enligt avsnittet Upprepa testförfarande nedan. RESULTATTOLKNING Resultat finns på fliken <Results> (Resultat) i fönstret <Results> (Resultat) på BD MAX-systemets bildskärm. Testresultaten tolkas automatiskt av BD MAX-systemets programvara. Resultaten rapporteras för var och en av analyterna och för provbearbetningskontrollen. Ett testresultat kan kallas NEG (negativt), POS (positivt) eller UNR (olöst) baserat på målets amplifieringsstatus och provbearbetningskontrollen. IND (obestämt) eller INC (ofullständigt) resultat beror på ett BD MAX-systemfel. Vid ett partiellt UNR-resultat, där ett eller flera mål har ett POS-resultat och alla andra mål har ett UNR-resultat, anges inga mål som NEG. Detta rapporteras per mastermix. Se bipacksedeln för BD MAX Enteric Bacterial Panel för tolkning av resultat. Tolkningen av resultat för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel beskrivs nedan i tabell 2. Tabell 2. Tolkning av resultat för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel RAPPORTERAT ANALYSRESULTAT Plesio POS Vibrio POS ETEC POS Yersi POS Plesio NEG Vibrio NEG ETEC NEG Yersi NEG Plesio UNR Vibrio UNR ETEC UNR Yersi UNR Indeterminate (IND) (Obestämt) Incomplete (INC) (Ofullständigt) TOLKNING AV RESULTAT DNA från Plesiomonas shigelloides detekterat DNA från Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och/eller V. cholerae) detekterat DNA från enterotoxinbildande E. coli (ETEC), värmekänsligt och/eller värmestabilt (LT/ST), detekterat DNA från Yersinia enterocolitica detekterat Inget DNA från Plesiomonas shigelloides detekterat och provbearbetningskontroll detekterad Inget DNA från Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae) detekterat och provbearbetningskontroll detekterad Inget DNA från enterotoxinbildande E. coli (ETEC), värmekänsligt och värmestabilt (LT/ST), detekterat och provbearbetningskontroll detekterad Inget DNA från Yersinia enterocolitica detekterat och provbearbetningskontroll detekterad Inget DNA från Plesiomonas shigelloides detekterat och ingen provbearbetningskontroll detekterad (tyder på inhiberande prov eller reagensfel) Inget DNA från Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae) detekterat och ingen provbearbetningskontroll detekterad (tyder på inhiberande prov eller reagensfel) Inget DNA från enterotoxinbildande E. coli (ETEC), värmekänsligt och värmestabilt (LT/ST), detekterat och ingen provbearbetningskontroll detekterad (tyder på inhiberande prov eller reagensfel) Inget DNA från Yersinia enterocolitica detekterat och ingen provbearbetningskontroll detekterad (tyder på inhiberande prov eller reagensfel) Obestämt resultat på grund av BD MAX-systemfel (med varnings- eller felkoder a ) Ofullständig körning (med varnings- eller felkoder a ) a Tolkningar av varnings- och felkoder finns i avsnittet Felsökning i Användarhandbok för BD MAX-systemet 9. 7

8 UPPREPA TESTFÖRFARANDE OBS! Det finns endast tillräckligt med provvolym i provbuffertröret för en upprepad körning. Provbuffertrör som förvaras i 25 ± 2 C måste testas om inom 48 timmar efter den första ympningen av provbuffertröret med provet. Alternativt kan provbuffertrör som förvaras i 2 8 C testas om inom 120 timmar (5 dagar) efter den första ympningen av provbuffertröret med provet. Återstående avföringsprov kan också användas för upprepat test inom 120 timmar (5 dagar) efter insamlingen om det förvaras vid 2 8 C eller inom 24 timmar om det förvaras vid 25 ± 2 C. OBS! Nya prover kan testas i samma körning som de upprepade proverna. Olöst resultat Olösta resultat kan uppstå om en provrelaterad inhibering eller ett reagensfel förhindrar att målet eller provbearbetningskontrollen amplifieras korrekt. Om provbearbetningskontrollen inte amplifieras rapporteras provet som UNR, medan positiva (POS) analysresultat rapporteras och alla andra mål anges som UNR. BD MAX-systemet rapporterar resultat för varje mål för sig och ett UNR-resultat kan erhållas för ett eller flera BD MAX Enteric Bacterial Panel- eller BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-mål. Vid ett fullständigt UNR-resultat där alla mål har ett UNR-resultat måste testet upprepas. Vid ett partiellt UNR-resultat för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel, där ett eller flera mål har ett POS-resultat och alla andra mål har ett UNR-resultat, bör testet upprepas enligt beskrivningen ovan. Vid ett partiellt UNR-resultat för BD MAX Enteric Bacterial Panel, där ett eller flera mål har ett POS-resultat och alla andra mål har ett UNR-resultat, bör testet upprepas enligt beskrivningen i bipacksedeln till BD MAX Enteric Bacterial Panel. I sällsynta fall kan avvikande resultat observeras när ett upprepat test körs för de mål som inledningsvis rapporterades som POS. I så fall bibehålls eventuellt positivt resultat. Prover kan upprepas från sina motsvarande provbuffertrör inom de tidsramar som anges ovan. Vortexblanda proverna under en (1) minut och börja om från avsnittet Användning av BD MAX-systemet. Återstående avföringsprov kan också användas för upprepade test med ett nytt provbuffertrör inom de tidsramar som anges ovan. Starta om från avsnittet Provberedning. Obestämt resultat Obestämda resultat kan uppstå i händelse av systemfel. Prover kan upprepas från sina motsvarande provbuffertrör inom de tidsramar som anges ovan. Vortexblanda proverna i en (1) minut och börja om enligt avsnittet Användning av BD MAX-systemet. Återstående avföringsprov kan också användas för upprepade test med ett nytt provbuffertrör inom den tidsram som anges ovan. Starta om från avsnittet Provberedning. Tolkningar av varnings- och felkodsmeddelanden finns i Användarhandbok för BD MAX-systemet 9 (se avsnittet Felsökning ). Ofullständigt resultat Ofullständiga resultat kan erhållas om provberedningen eller PCR inte kunde slutföras. Prover kan upprepas från sina motsvarande provbuffertrör inom de tidsramar som anges ovan. Vortexblanda proverna i en (1) minut och börja om enligt avsnittet Användning av BD MAX-systemet. Återstående avföringsprov kan också användas för upprepade test med ett nytt provbuffertrör inom den tidsram som anges ovan. Starta om från avsnittet Provberedning. Tolkningar av varnings- och felkodsmeddelanden finns i Användarhandbok för BD MAX-systemet 9 (se avsnittet Felsökning ). Externt kontrollfel Externa kontroller ska ge förväntade resultat när de testas. Om prover måste upprepas p.g.a. ett felaktigt resultat från extern kontroll ska de upprepas från sina provbuffertrör tillsammans med nyberedda externa kontroller inom de tidsramar som anges ovan. Vortexblanda proverna i en (1) minut och börja om enligt avsnittet Användning av BD MAX-systemet. ODLING AV PROVMATERIAL Odling och identifiering av organismer från positiva prover bör utföras i enlighet med laboratorieprocedurerna. PROCEDURENS BEGRÄNSNINGAR Denna produkt bör endast användas med BD MAX-systemet och tillsammans med BD MAX Enteric Bacterial Panel. Se bipacksedeln för BD MAX Enteric Bacterial Panel för begränsningar som gäller BD MAX Enteric Bacterial Panel. Denna produkt är endast avsedd för användning med icke-konserverade och Cary-Blair-konserverade humana avföringsprover. Avföringsprover från rektala provtagningspinnar eller fast avföring har inte validerats med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. Felaktiga testresultat kan uppstå till följd av felaktig provtagning, hantering, förvaring, tekniskt fel, sammanblandning av prover eller på grund av att antalet organismer i provet är lägre än testets analytiska sensitivitet. Om resultatet för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel är IND (Obestämt), INC (Ofullständigt) eller UNR (Olöst) (för ett eller flera mål) bör testet upprepas. Ett positivt BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-resultat behöver inte nödvändigtvis indikera förekomst av livskraftiga organismer. Det indikerar dock förekomst av mål-dna. Mutationer eller polymorfismer i primer- eller probbindande regioner kan påverka detektionen av nya eller okända målvarianter, vilket kan ge ett falskt negativt resultat med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel detekterar Vibrio vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae samtidigt och skiljer inte mellan arterna. Som med alla PCR-baserade test kan extremt låga nivåer av målet under analysens detektionsgräns detekteras utan att resultaten är reproducerbara. Falskt negativa resultat kan uppstå på grund av förlust av nukleinsyra till följd av felaktig provtagning, transport eller förvaring av proverna, eller på grund av inadekvat lysering av bakterier. Provbearbetningskontrollen har lagts till i testet för att bidra till identifiering av prover som innehåller inhiberare av PCR-amplifiering och som en kontroll för att reagenserna är felfria och för analyssystemet i sin helhet. Provbearbetningskontrollen indikerar inte om nukleinsyra har gått förlorad på grund av felaktig provtagning, transport eller förvaring av proverna, eller om bakterieceller har lyserats adekvat. 8

9 Resultat från BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel bör användas som ett komplement till kliniska observationer och annan information som finns tillgänglig för läkaren. Som med alla in vitro-diagnostiska test beror positiva och negativa prediktiva värden i hög grad på prevalens. Prestanda hos BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel kan variera beroende på prevalens och den population som testas. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-resultat kan eventuellt påverkas av samtidig medicinsk behandling, vilket kan minska mängden närvarande mål. Provbuffertröret har inte utformats för att stödja organismers livsduglighet. Om odling krävs måste denna göras från det ursprungliga provet. Prestanda för detta test har inte fastställts för övervakning av behandling av infektioner med Yersinia enterocolitica, Plesiomonas shigelloides, ETEC LT/ST, Vibrio cholerae, V. parahaemolyticus eller V. vulnificus. Detta test är ett kvalitativt test och det tillhandahåller inte kvantitativa värden och anger inte mängden närvarande organismer. Utförandet av detta test har inte utvärderats för personer med nedsatt immunförsvar eller för patienter utan symtom på mag-tarminfektion. Effekten av interferens orsakad av andra substanser har endast utvärderats för de substanser som anges i denna information. Potentiell interferens har inte utvärderats för andra substanser än de som beskrivs i avsnittet om interferens nedan. Interferens av andra substanser än de som beskrivs i avsnittet om interferens nedan kan leda till felaktiga resultat. V. mimicus och en okategoriserad Vibrio-art förknippad med infektioner hos människa, nämligen Vibrio HENC, har visat sig ha potential att korsreagera med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-analysen. Korsreaktivitet med andra organismer än de som anges i avsnittet Analytisk specificitet nedan har inte utvärderats. FÖRVÄNTADE VÄRDEN I prövningen av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel erhölls rapporterbara resultat från sex (6) geografiskt skilda kliniska center. Studien utfördes med två typer av avföringsprover, Cary-Blair-konserverade och icke-konserverade. Antalet och procentandelen positiva fall per mål, som fastställdes i prövningen av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel, presenteras i tabell 3. Tabell 3. Positivitetsfrekvens per institution för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel Provtyp Institution Vibrio P. shigelloides Y. enterocolitica ETEC Cary-Blair-konserverade Icke-konserverade 1 0,3% (1/302) 0,0% (0/302) 0,3% (1/302) 1,0% (3/302) 2 0,5% (3/635) 0,2% (1/635) 0,2% (1/635) 0,3% (2/635) 3 6,7% (1/15) 6,7% (1/15) 6,7% (1/15) 0,0% (0/15) 4 0,5% (2/413) 0,2% (1/413) 0,0% (0/413) 1,9% (8/413) 1 0,0% (0/58) 0,0% (0/58) 0,0% (0/58) 0,0% (0/58) 3 0,3% (1/295) 0,0% (0/295) 0,0% (0/295) 1,0% (3/295) 4 0,0% (0/1) 0,0% (0/1) 0,0% (0/1) 0,0% (0/1) 5 0,3% (1/301) 0,3% (1/301) 0,0% (0/301) 3,0% (9/302) 6 0,0% (0/217) 0,0% (0/217) 0,0% (0/217) 2,3% (5/217) KLINISKA PRESTANDA Kliniska prestandaegenskaper för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel fastställdes i en undersökande studie på flera anläggningar. I studien ingick totalt sex (6) geografiskt skilda kliniska centra där avföringsprover samlades in som en del av den rutinmässiga vården, skrevs in i försöket och testades med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. Prover erhölls från barn eller vuxna patienter med misstänkt akut bakteriell gastroenterit, enterit eller kolit, för vilka avföringsodling hade beställts av en vårdgivare. Referensmetoden för identifiering av Yersinia enterocolitica, Vibrio och Plesiomonas shigelloides i färska och frysta prospektiva prover var odling på odlingsmedier för att identifiera potentiella kolonier baserat på utseende och oxidastest följt av en alternativ PCR-analys och dubbelriktad sekvensering av potentiella kolonier för definitiv identifiering. För ETEC var jämförelsemetoden två alternativa PCR-analyser som utfördes på avföringsprover följt av dubbelriktad sekvensering. För retrospektiva prover noterades de historiska resultaten på insamlingsstället. De historiska resultaten bekräftades med hjälp av en alternativ PCR-analys och dubbelriktad sekvensering som en del av den sammansatta jämförelsemetoden för att bekräfta förekomsten av mål-dna. 9

10 Totalt prospektiva prover (882 icke-konserverade och Cary-Blair-konserverade) samt 146 retrospektiva prover (87 icke-konserverade och 59 Cary-Blair-konserverade) ingick i den kliniska utvärderingen, alltså sammanlagt prover. Alla testresultat från BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel och referensmetoden eller jämförelsemetoden var singelresultat, inga blandinfektioner detekterades. I tabell 4 beskrivs antalet godkända prover som ingick utifrån patientens ålder och provtyp, med sammanlagt godkända prover. I tabell 5 till 13 beskrivs de kliniska prestanda för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel som observerades under den kliniska prövningen. Tabell 4. Sammanfattning av godkända prover i den kliniska prövningen efter åldersgrupp och provtyp Åldersgrupp Cary-Blair-konserverade Icke-konserverade Kombinerade 0 1 månad månad till 2 år Över Okänd Totalt Prestandaresultat för Vibrio För den Cary-Blair-konserverade provtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel % respektive 99,6 % av de positiva och negativa prospektiva proverna för Vibrio, och % av de positiva och negativa retrospektiva proverna. För den ickekonserverade provtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 99,8 % av de Vibrio-negativa proverna. Inga ickekonserverade prospektiva positiva prover hittades för Vibrio, och därför kan prestanda inte uppskattas. % respektive 97,8 % av de positiva och negativa retrospektiva proverna identifierades (se tabell 5). Eftersom prevalensen för Vibrio är låg utfördes en utvärdering av konstruerade prover för att komplettera data som samlats in i studien. Dessa bereddes genom att man tillsatte fyra olika stammar för varje Vibrio-art som detekteras av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel i negativ avföringsmatris. Stammarna tillsattes i olika kliniskt relevanta koncentrationer och fördelades slumpvis mellan tre (3) kliniska institutioner för testning med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. En positiv överensstämmelse på % erhölls med de testade koncentrationerna. Resultaten visas i tabell 6. Tabell 5. Vibrio övergripande prestanda Referensmetod Provtyp Provets ursprung BD MAX Totalt P N P Prospektivt Cary-Blair-konserverade N (färskt + fryst) Totalt PPA : % (34,2 %, %) NPA : 99,6 % (99,1 %, 99,8 %) P Retrospektivt Cary-Blair-konserverade N (fryst) Totalt PPA : % (34,2 %, %) NPA : % (80,6 %, %) P Prospektivt Icke-konserverade N (färskt + fryst) Totalt Inga data för PPA-beräkning NPA : 99,8 % (99,2 %, 99,9 %) Icke-konserverade Retrospektivt (fryst) PPA : % (34,2 %, %) NPA : 97,8 % (88,7 %, 99,6 %) P N Totalt BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel är utformad för att detektera V. parahaemolyticus, V. cholerae och V. vulnificus, men panelen rapporterar inte resultat på artnivå. Identifieringen av Vibrio-species erhölls genom sekvensering av den alternativa PCR-analysen som utfördes med hjälp av ett förmodat positivt isolat från referensmetoden. Under studien erhölls samma antal V. cholerae och V. parahaemolyticus och inga V. vulnificus erhölls. Tre (3) V. parahaemolyticus och (3) V. cholerae erhölls. 10

11 Tabell 6. Resultat för konstruerade Vibrio-prover per provtyp Provtyp Cary-Blair-konserverade Icke-konserverade BD MAX Förväntade resultat P N Totalt P N Totalt PPA: % (92,6 %, %) NPA: % (97,4 %, %) P N Totalt PPA: % (92,6 %, %) NPA: % (97,4 %, %) Prestandaresultat för Plesiomonas shigelloides För den Cary-Blair-konserverade provtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 99,9 % av de negativa prospektiva proverna för Plesiomonas shigelloides, och % av de positiva och negativa retrospektiva proverna. Inga Cary-Blair-konserverade positiva prospektiva prover identifierades för P. shigelloides, och därför kan prestanda inte uppskattas. För den icke-konserverade provtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 99,9 % av de P. shigelloides-negativa proverna. Inga positiva prospektiva prover identifierades för P. shigelloides, och därför kan prestanda inte uppskattas. % respektive 97,9 % av de positiva och negativa retrospektiva proverna identifierades (se tabell 7). Eftersom prevalensen för P. shigelloides är låg utfördes en utvärdering av konstruerade prover för att komplettera data som samlats in i studien. Dessa bereddes genom att man tillsatte 12 olika stammar av P. shigelloides i negativ avföringsmatris. Stammarna tillsattes i olika kliniskt relevanta koncentrationer och fördelades slumpvis mellan tre (3) kliniska institutioner för testning med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. En positiv överensstämmelse på % erhölls med de testade koncentrationerna. Resultaten visas i tabell 8. Tabell 7. Plesiomonas shigelloides övergripande prestanda Referensmetod Provtyp Provets ursprung BD MAX Totalt P N P Prospektivt Cary-Blair-konserverade N (färskt + fryst) Inga data för PPA-beräkning NPA: 99,9 % (99,5 %, %) P Retrospektivt Cary-Blair-konserverade N (fryst) PPA: % (51 %, %) NPA: % (90,8 %, %) P Prospektivt Icke-konserverade N (färskt + fryst) Inga data för PPA-beräkning NPA: 99,9 % (99,3 %, %) P Retrospektivt Icke-konserverade N (fryst) PPA: % (43,9 %, %) NPA: 97,9 % (88,9 %, 99,6 %) 11

12 Tabell 8. Resultat för konstruerade Plesiomonas shigelloides-prover per provtyp Provtyp Cary-Blair-konserverade Icke-konserverade BD MAX Förväntade resultat Positiva Negativ Totalt Positiva Negativ Totalt PPA: % (92,6 %, %) NPA: % (97,4 %, %) Positiva 48 1 a 49 Negativ Totalt PPA: % (92,6 %, %) NPA: 99,3 % (96,2 %, 99,9 %) a Prov XW0007C befanns initialt vara positivt för Plesiomonas shigelloides, men visade sig vara negativt för detta mål när det testats om från provbuffertröret (SBT) (avvikande analys). Prestandaresultat för Yersinia enterocolitica För den Cary-Blair-konserverade provtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 99,9 % av de negativa prospektiva proverna för Yersinia enterocolitica, och % av de negativa retrospektiva proverna. Inga Cary-Blair-konserverade positiva prospektiva och retrospektiva prover identifierades för Y. enterocolitica, och därför kan prestanda inte uppskattas. För den icke-konserverade provtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel % av de Y. enterocolitica-negativa prospektiva proverna. Inga positiva prospektiva prover identifierades för Y. enterocolitica, och därför kan prestanda inte uppskattas. % av de positiva och negativa retrospektiva proverna identifierades (se tabell 9). Eftersom prevalensen för Y. enterocolitica är låg utfördes en utvärdering av konstruerade prover för att komplettera data som samlats in i studien. Dessa bereddes genom att man tillsatte 12 olika stammar av Y. enterocolitica i negativ avföringsmatris. Stammarna tillsattes i olika kliniskt relevanta koncentrationer och fördelades slumpvis mellan tre (3) kliniska institutioner för testning med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. En positiv överensstämmelse på % erhölls för alla de testade koncentrationerna, utom för en Cary-Blairkonserverad provtyp vid klinisk koncentration, för vilken erhållen överensstämmelse var 97,9 % (resultaten visas i tabell 10). Tabell 9. Yersinia enterocolitica övergripande prestanda Referensmetod Provtyp Provets ursprung BD MAX Totalt P N P Prospektivt Cary-Blair-konserverade N (färskt + fryst) Inga data för PPA-beräkning NPA: 99,9 % (99,6 %, %) P Retrospektivt Cary-Blair-konserverade N (fryst) Inga data för PPA-beräkning NPA: % (89,3 %, %) P Prospektivt Icke-konserverade N (färskt + fryst) Inga data för PPA-beräkning NPA: % (99,6 %, %) P Retrospektivt Icke-konserverade N (fryst) PPA: % (70,1 %, %) NPA: % (92,4 %, %) 12

13 Provtyp Cary-Blair-konserverade Icke-konserverade Tabell 10. Resultat för konstruerade Yersinia enterocolitica-prover per provtyp BD MAX Förväntade resultat Positiva Negativ Totalt Positiva Negativ 1 a Totalt PPA: 97,9 % (89,1 %, 99,6 %) NPA: % (97,4 %, %) Positiva Negativ Totalt PPA: % (92,6 %, %) NPA: % (97,4 %, %) a Prov XW0351C befanns initialt vara negativt för Yersinia enterocolitica, men visade sig vara positivt för detta mål när det testats om från provbuffertröret (SBT) (avvikande analys). Prestandaresultat för enterotoxinbildande E. coli (ETEC LT/ST) För den Cary-Blair-konserverade provtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel % respektive 99,8 % av de positiva och negativa prospektiva proverna för ETEC, och % av de positiva och negativa retrospektiva proverna. För den icke-konserverade provtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel % respektive 99,9 % av de positiva och negativa prospektiva proverna för ETEC, och 90 % respektive 96,3 % av de positiva och negativa retrospektiva proverna identifierades (se tabell 11). Tabell 11. Enterotoxinbildande E. coli (ETEC LT/ST) övergripande prestanda Jämförelsemetod Provtyp Provets ursprung BD MAX Totalt P N P Prospektivt Cary-Blair-konserverade N (färskt + fryst) PPA: % (72,2 %, %) NPA: 99,8 % (99,3 %, 99,9 %) P Retrospektivt Cary-Blair-konserverade N (fryst) PPA: % (56,6 %, %) NPA: % (87,9 %, %) P Prospektivt Icke-konserverade N (färskt + fryst) PPA: % (80,6 %, %) NPA: 99,9 % (99,3 %, %) P Retrospektivt Icke-konserverade N (fryst) PPA: 90 % (59,6 %, 98,2 %) NPA: 96,3 % (81,7 %, 99,3 %) 13