REF MOL2850 Rev. C En realtids-pcr-assay avsedd för in vitro kvalitativ detektion av bakterie-dna från grupp A-streptokocker. För in vitro-diagnostisk användning CLIA måttlig komplexitet Receptbelagt AVSEDD ANVÄNDNING Focus Diagnostics Strep Direct assay är avsedd att användas på 3M Integrated Cycler för in vitro kvalitativ detektion av grupp A-streptokocker (GAS) i pinnprover från hals (halsprover) insamlade från humanpatienter med tecken och symtom på faryngit, såsom halsont. Testet är avsett att användas som ett hjälpmedel vid diagnos av GAS-infektion. Denna assay är avsedd att användas på sjukhus, referenslaboratorier eller statliga laboratorier. Denna produkt är inte avsedd att användas på vårdplatser. SAMMANFATTNING OCH FÖRKLARING pyogenes, även kallad grupp A, är en betahemolytisk bakterie som tillhör Lancefield serogrupp A. 1 Grupp A är huvudorsaken till bakteriell, akut faryngit och svarar för 15-30 % av fallen av akut faryngit hos barn och 5-20 % av fallen hos vuxna. 2,3 Akut faryngit kan även orsakas av virus såsom adenovirus, influensavirus, parainfluensavirus, rhinovirus och respiratoriskt syncytialvirus. 4 Symtomen på bakteriell och viral akut faryngit överlappar varandra till stor del och det kan ofta vara svårt att differentiera mellan dem. Genom att kunna identifiera grupp A-streptokockinfektioner kan sjukdomen effektivt behandlas med antibiotika. Om grupp A-streptokocker inte diagnostiseras eller lämnas obehandlade kan de orsaka ett antal allvarliga komplikationer, däribland akut reumatisk feber, scharlakansfeber, glomerulonefrit och streptokocktoxiskt chocksyndrom. 5,6,7 Den gyllene standarden för diagnos av streptokockfaryngit är odling av halsprover, vilket har en känslighet på 90 95%. 8 Det krävs emellertid 1-2 dagar innan assayen ger ett konklusivt resultat. Snabbtest baserat på antigendetektion (RADT), som riktar sig mot en grupp A-streptokock-kolhydrat på cellytan, kan med halsprover ge testresultat på 10-20 minuter. Immunoassayer av typen RADT har dock under de senaste 10 åren kartlagts noga och visats sig ha god specificitet (95,0-98,7 %) med lägre känslighet (90,6-97,6 %) jämfört med odlingar. Beroende på prestandan varierar kravet att bekräfta negativa resultat från odlingar på halsprover. Realtids-PCR-assayer har framgångsrikt använts för att detektera grupp A-streptokocker i halsprover. 9,10 Vissa av dessa assayer har en känslighets- och specificitetsnivå som är jämförbar med odlingarnas, men slutanvändaren måste utföra en DNA-extraktion. Strep Direct assay är avsedd att förkorta detektionstiden för grupp A-streptokocker betydligt. Strep Direct är en realtids-pcr-assay som amplifierar universellt, pyrogent exotoxin B-DNA från grupp A-streptokocker direkt från halsprover utan att behöva utföra den sedvanliga DNA-extraktionen. Strep Direct assay är enkel att utföra och assayen kan slutföras inom ungefär en timme. Strep Direct gör att man på ett tillförlitligt vis kan detektera grupp A-streptokocker utan att behöver bekräfta resultaten med odlingar. PRINCIPER FÖR FÖRFARANDET Strep Direct assay-systemet är ett realtids-pcr-system som möjliggör direkt amplifiering och kvalitativ detektion av bakterie-dna från grupp A-strep i halsprover utan att någon nukleinsyraextraktion behövs. Systemet består av Strep Direct assay, 3M Integrated Cycler (med programvaran Integrated Cycler Studio), Direct Amplification Disc (DAD) och erforderliga tillbehör. I Strep Direct assay används bifunktionella fluorescerande probe-primrar tillsammans med motsvarande omvända primrar för att amplifiera bakterie-dna från grupp A-strep samt den interna kontrollen (DNA IC). Assayens riktar sig mot en konserverad region i grupp A-strep (genen för pyrogent exotoxin B) för att identifiera denna bakterie i provet. DNA IC används för att påvisa felfunktion hos och/eller hämning av PCR-reaktionen.
Sida 2 MEDFÖLJANDE MATERIAL Strep Direct assay från Focus Diagnostics innehåller reagens som räcker till 24 reaktioner. Vid mottagandet, förvara vid -10 till -30 ºC (använd ej en frostfri frys). Varje provrör innehåller tillräckligt med material för ett användningstillfälle. Använd inom 30 minuter efter det tagits ut från frysen för upptining. Beskrivning av kittet Komponentens namn REF EG-SYMBOL PÅ MÄRKNINGEN Namnförkor tning Lockets färg Antal provrör Reaktioner per provrör/kit Strep Direct Reaction Mix MOL2851 REAG A RM Brun 24 1/24 50 µl Volym per provrör Kit-komponent Beskrivning av komponenter Innehåll DNA-polymeras, buffert, dntp:er, templat-dna för intern kontroll, färgämnesmärkta fluorescerande primrar specifika för detektion av grupp A-strep och intern kontroll. Strep Direct Reaction Mix (RM) (reaktionsmix) Mål Probe Fluorofor (Färgämne) Excitering Emission Målgen grupp A-strep FAM 495 520 Pyrogen Exotoxin B Intern kontroll DNA (IC) Q670 644 670 N/A Streckkodskort för Strep Direct Assayspecifika parametrar och lot-information. MATERIAL SOM TILLHANDAHÅLLS SEPARAT 1. Direct Amplification Disc Kit (REF MOL1455) a) Direct Amplification Discs för användning med Integrated Cycler MATERIAL SOM KRÄVS MEN EJ TILLHANDAHÅLLS 1. 3M Integrated Cycler med Integrated Cycler Studio Software version 6.0 eller senare. 2. Strep Positive Control Pack (REF MOL2860). 3. Pipett med fast volym på 50 µl (VWR Signature Fixed Volume Ergonomic High-Performance Pipettor, modell VWR FE50 eller motsvarande). 4. Sterila, nukleasfria engångsspetsar med filter (extra långa spetsar 91 mm rekommenderas för att pipettera direkt från de primära uppsamlingsrören). 5. En frys (manuell avfrostning) vid -10 till -30 C (för kittets komponenter samt förvaring av frysta prover) 6. Ett kylskåp på 2 till 8 C (för prover). 7. Puderfria engångshandskar. REKOMMENDERADE MATERIAL 1. Liquid Amies medium Buffer för användning som kontroll utan templat (NTC). 2. Replacement Foil Wedges (REF MOL1550). HANTERING OCH FÖRVARING AV REAGENS 1. Förvara reagenserna vid -10 till -30 ºC (använd ej en frostfri frys). 2. Låt reagenserna tina vid rumstemperatur (ungefär mellan 18 och 25 C) före användning. 3. Använd inte kit eller reagenser efter deras utgångsdatum. 4. Påbörja test inom 30 minuter efter att reaktionsmixen har tagits ut ur frysen. 5. Vortexa inte reaktionsmixen. 6. Återfrys inte reaktionsmixen. VARNINGAR OCG FÖRSIKTIGHETSÅTGÄRDER 1. Använd personlig skyddsutrustning, såsom (men inte begränsat till) handskar och labbrock, vid hanteringen av kitreagensen. Tvätta händerna noggrant efter att testet har slutförts.
Sida 3 2. Varken rökning, förtäring av mat eller dryck, hantering av kontaktlinser eller sminkning är tillåten i områden där kitreagens och/eller humana prover används. 3. Kassera oanvända kitreagens och humana prover enligt lokala, kommunala och statliga förordningar. 4. Kontaminering av patientprover eller reaktionsmix kan ge upphov till felaktiga resultat. Använd aseptiska tekniker. 5. Använd endast det protokoll som beskrivs i denna bipacksedel. Avvikelser från protokollet eller användning av tider eller temperaturer andra än de som specifikt angetts kan ge upphov till felaktiga resultat. 6. Assayförberedelserna ska utföras vid rumstemperatur (ungefär mellan 18 och 25 C). 7. Använd kalibrerade pipetter med fast volym eller motsvarande för att överföra prover och reaktionsmix. 8. Undvik att vidröra undersidan av det folie som kommer att vara i kontakt med brunnarna och diskytan. 9. Se till att prov och reagens tillsätts till rätt brunnar för att förhindra potentiellt felaktiga resultat. 10. Avsluta laddandet och sätt på det självhäftande folieskyddet på en sektor innan foliet öppnas på intilliggande sektor. 11. Kör igång assayen inom 30 minuter efter att provröret med reaktionsmix har tagits ut ur frysen. 12. Försök inte att återanvända sektorerna som använts i tidigare körningar eller ta bort det självhäftande folieskyddet från en sektor som har använts. 13. Diskarna kan återanvändas tills alla 8 sektorer har använts. Kassera använda diskar utan att ta av folieskyddet. Kassera använda diskar, utan att ta av folieskyddet, i en behållare för biologiskt riskavfall. 14. Reaktionsmixen innehåller > 1 % glycerol, vilket kan orsaka irritation vid inandning eller hudkontakt. Vid inandning eller hudkontakt ska första hjälpen-åtgärder vidtas. 15. Om kittets förpackning eller innehåll förefaller vara trasigt eller skadat ska det inte användas. Kontakta Focus Diagnostics. Kontaktinformationen finns på sista sidan i detta dokument. 16. Spektralmatrixen måste installeras i varje 3M Integrated Cycler och ska inte bytas ut såvida inte en uppdaterad QR-kod för instrumentet har tillhandahållits Focus Diagnostics. Spektralmatrisen är unik för varje 3M Integrated Cycler. Spektralmatrisen levererades tillsammans med 3M Integrated Cycler-instrumentet, på omslaget till hårdvarumanualen till 3M Integrated Cycler. Om det inte går att skanna matrisetiketten, eller om den har kommit bort, kontakta Focus Diagnostics. Kontaktuppgifterna finns på sista sidan i detta dokument. 17. Om spektralmatrisen ändras eller inte installeras kan detta leda till falska resultat. BRUKSANVISNING A. PROVINSAMLING Acceptabla typer av prov utgörs av halsprover (pinnprover från hals) i Amies medium. Copan katalognummer 480C och 481C eller motsvarande. Använd den tillhandahållna provpinnen som levereras med transportmediet. Använd inte provpinnar med kalciumalginat, eftersom de kan innehålla ämnen som hämmar PCR-testerna. Halsproverna ska användas inom 72 timmar efter insamling. B. INSTRUMENTFÖRBEREDELSE INFÖR REALTIDS-PCR 1. Se användarmanualen för Integrated Cycler för information om hur Integrated Cycler Studio Software ska konfigureras för att lägga till en definition av en assay samt förbereda och analysera körningar på 3M Integrated Cycler. C. LADDNING AV DIRECT AMPLIFICATION DISC OCH AMPLIFIERING MED REALTIDS-PCR OBS: Ingen provextraktion behövs före steget med PCR-amplifiering. 1. Välj ut de prover som behöver testas. 2. Tina provrören vid rumstemperatur (ungefär mellan 18 och 25 C). Använd ett provrör med reaktionsmix för varje prov som ska testas. 3. Scanna streckkoden på provröret för reaktionsmixen från Strep Direct eller dess streckkodskort. 4. Scanna diskens streckkod på DAD. 5. Scanna eller skriv in varje providentifierare. 6. Dra tillbaka det självhäftande foliet, från en sektor i taget, för att exponera brunnarna för prov (SAMPLE) och reaktion (R) utan att ta av det självhäftande folieskyddet helt och hållet (figur 1 & 2) Undvik att vidröra undersidan av det folie som kommer att vara i kontakt med brunnarna och diskytan. 7. Se till att reaktionsmixen är helt upptinad. Spinn snabbt ner provrören efter behov. (Vortexa inte reaktionsmixen). 8. Använd pipetten för fasta volymer för att överföra 50 µl reaktionsmix till reaktionsbrunnen (R). 9. Använd pipetten för fasta volymer för att överföra 50 µl prov eller kontroll; pipettera prov eller kontroll till provbrunnen (SAMPLE). 10. Täck över sektorn så att du försluter brunnarna med det avdragna självhäftande foliet genom att bestämt trycka neråt nära diskens kant. Om det ursprungliga foliet har rivits sönder ska det bytas ut mot ett ersättningsfolie kallat Replacement Foil Wedge. 11. Riv försiktigt av folieskyddets flik längs med perforeringen. 12. Upprepa steg 6 till 11 för efterföljande prov(er). 13. Ladda den förslutna DAD i 3M Integrated Cycler och starta körningen.
Sida 4 Figur 1 Disk med folie, före användning, som lyfts från prov- och reaktionsbrunnar i sektor #3 Figur 2 Brunnar för prov [Sample] and reaktion [R] ANMÄRKNING (i informationssyfte användaren behöver inte tolka/vidta åtgärd): 1. Kit från Focus Diagnostics kan innehålla versionnummer för definitioner av assayerna. Om versionnummer finns kommer det att bifogas definitionerna av assayerna, t.ex. Sample IVD Assay.2. När flera versioner finns kommer mjukvaran automatiskt att använda den assaydefinition som är kopplad till det scannade batchnumret. KVALITETSKONTROLL Strep Positive Control Pack (MOL2860) kan användas som en extern kontroll för kvalitetskontrolltester (QC), utbildning eller färdighetstester. Varje laboratorium bör fastställa sina egna intervall för QC-kontroller och frekvens för QC-testning baserat på gällande lokala lagar, förordningar samt god laboratoriesed. Se bipacksedeln för Strep Positive Control Pack (PI.MOL2860) för instruktioner om hur den positiva kontrollen testas. Kontrolltyp Förväntade kontrollresultat grupp A- Intern kontroll (DNA IC) Positiv kontroll för Detekterat 1 Ej tillämplig 2 Strep Direct 1 Kontroll utan templat (NTC) Ej detekterat Giltig 1 Typiska Ct-värden för positiva kontroller ligger mellan 25 och 45. 2. Detektion av den interna DNA-kontrollen Simplexa DNA Internal Control (DNA IC) krävs inte för att få ett giltigt resultat. RESULTAT När körningen har slutförts kommer mjukvaran automatiskt att tolka och visa resultaten. 1. För varje åtkomst-id (prov-id) som anges kommer mjukvaran att visa ett resultat ( Detected [Detekterat], Not Detected [Ej detekterat] eller Invalid [Ogiltigt] ) för grupp A-strep. a. Resultatet Detected [Detekterat] pekar på förekomst av grupp A-strep-DNA i patientprovet. b. Resultatet Not Detected [Ej detekterat] pekar på avsaknad av grupp A-strep-DNA i patientprovet. c. Resultatet Invalid [Ogiltigt] pekar på oförmåga att fastställa förekomst eller avsaknad av grupp A-strep-DNA i patientprovet. Detta resultat kan bero på 1) att den interna kontrollen (IC) inte fungerar eller 2) att det inte går att detektera tillräckligt med provvolym. Provet behöver återtestas. Se avsnittet Ogiltiga resultat nedan. d. Resultatet EC500 pekar på ett datakvalitetsfel på den bakteriella analyten. Mjukvaran har inte kunnat fastställa en giltig amplifiering för analyten. e. Resultatet EC505 pekar på ett datakvalitetsfel på den bakteriella analyten. Mjukvaran har inte kunnat fastställa en giltig amplifiering för analyten. Kontakta Teknisk hjälp på Focus Diagnostics, vilket återfinns på sista sidan i detta dokument. 2. Skriv ut rapporten efter behov. a. Exportera resultaten efter behov.
Sida 5 OGILTIGA RESULTAT Om ett resultat skulle vara Ogiltigt eller om en felkod anges, återtesta provet med ett nytt provrör reaktionsmix från samma kit eller ett nytt kit. Om problemet kvarstår, kontakta avdelningen för teknisk hjälp på Focus Diagnostics. Kontaktinformationen finns på sista sidan i detta dokument. BEGRÄNSNINGAR 1. För in vitro-diagnostisk användning. I USA är denna produkt avsedd att användas på vårdinstitutioner med lägsta nivå av CLIA-certifiering för måttlig komplexitet. 2. Alla resultat från dessa tester och andra tester måste tolkas tillsammans med anamnes, epidemiologiska data och andra data som är tillgängliga för den kliniker som bedömer patienten. 3. Ytterligare uppföljningstester med odlingsmetoder krävs om resultatet är negativt och kliniska symtom kvarstår eller vid eventuell epidemi av akut reumatisk feber (ARF). 4. Förekomst av bakteriella infektioner kan påverka testets prediktionsvärde. 5. Som med andra test, utesluter negativa resultat inte en grupp A-strep-infektion. 6. Falskt negativa resultat kan uppkomma om bakterierna har genomiska mutationer, insertioner, deletioner eller omarrangemang eller om testet utförts i ett mycket tidigt sjukdomsstadium. 7. Falskt negativa resultat kan uppkomma om det inte finns tillräckligt många bakterier i provet pga. felaktig insamling, transport eller hantering. Falskt negativa resultat kan också uppkomma om bakterierna förekommer på en nivå som ligger under assayens analyskänslighet. 8. Som med andra test kan falskt positiva resultat förekomma. Upprepade tester eller tester med en annan produkt kan behövas i vissa sammanhang. 9. Testet kan inte utesluta infektioner orsakade av andra virala eller bakteriella patogener. 10. Informationen som finns på kittets streckkod kan endast överföras till Integrated Cycler Studio med hjälp av en streckkodsläsare. Om läsaren inte fungerar eller om du av någon anledning inte kan överföra informationen, kontakta Focus Diagnostics med de telefonnummer som anges på baksidan av detta dokument. 11. Testets prestanda har inte fastställts för användning vid screeningtester av donatorer.
Sida 6 PRESTANDAEGENSKAPER KLINISK PROSPEKTIV STUDIE Ettusentrehundranittiosju (1397) prover samlades in prospektivt från fyra (4) geografiskt skilda orter mellan 6 maj 2014 och 28 oktober 2014 från patienter med tecken och symtom på grupp A-strep-infektioner i farynx. Ettusentrehundrafemtiotvå (1352) prover utvärderades med Strep Direct samt en odlingsmetod, som användes som komparator. Prover testades med Strep Direct på insamlingsställena och den komparerande odlingsmetoden utfördes på ett (1) centrallaboratorium. I den kliniska prospektiva studien där man använde Strep Direct uppgick de ogiltiga proverna till 0,57 % (åtta av ettusentrehundranittiosex, 8/1396, prover). Diskrepansanalys utfördes med en validerad bidirektionell sekvenseringsassay. Resultat från Simplexa Group A Strep Direct Klinisk prospektiv studie: (Totalt) Odlingsmetod Detekterat Ej detekterat Totalt Detekterat 152 57 a 209 Ej detekterat 4 b 1139 1143 Totalt 156 1196 1352 % Känslighet: % Positivt prediktionsvärde (PPV) 97,4 %(152/156) 95 % CI: 93,6 % till 99,0 % 72,7 %(152/209) 95 % CI: 66,3 % till % Specificitet % Negativt prediktionsvärde (NPV) 95,2 %(1139/1196) 95 % CI: 93,9 % till 96,3 % 99,7 %(1139/1143) 95 % CI: 99,1 % till 99,9 % 78,3 % a 46/57 avvikande prover var grupp A-strep-positiva, 9/57 var grupp A-strep-negativa och 2/57 var Obestämbara då de testades med en validerad bidirektionell sekvenseringsassay. b 2/4 avvikande prover var grupp A-strep-positiva, 2/4 var grupp A-strep-negativa då de testades med en validerad bidirektionell sekvenseringsassay. REPRODUCIBILITET Tre (3) studieställen utvärderade produktens reproducibilitet mellan olika ställen, mellan olika dagar och inom/mellan olika assayer. Varje laboratorium testade en panel som bestod av sex (6) typprover. Dessa inkluderade tillblandade prover som var svagt positiva (ungefär 1 X LoD) och måttligt positiva (ungefär 3 X LoD) för serotyperna M1 och M3 i Grupp A. Även en positiv och en negativ kontroll inkluderades i panelen. Assayerna utfördes i triplikat (3) under fem (5) olika dagar. Varje ställe hade två (2) operatörer som vardera utförde assayer på provpanelen en (1) gång per dag för totalt två (2) uppsättningar data per dag. Kombinerade resultat från alla ställen presenteras i tabellerna nedan. Panelens typprover Negativ Positiv kontroll (PC) Grupp A- Strep M1- serotyp, svagt positiv Testställe 1 Testställe 2 Testställe 3 Totalt % Överensstämmelse Genomsn. % CV med Ct förväntade resultat NA NA 29,5 1,4 38,6 4,4 % Överensstämmelse Genomsn. % CV med Ct förväntade resultat 96,7 % (29/30) 83,3 % (25/30) 41,9 NA 29,5 3 39,4 5,6 % Överensstämmelse Genomsn. % CV med Ct Total % 95 % CI förväntade resultat 96,7 % (29/30) NA NA 30 1,2 38 3,5 98,9 % (89/90) (90/90) 93,3 % (84/90) 94,0 till 99,8 % 95,9 till 86,2 till 96,9 %
Sida 7 Panelens typprover Grupp A- Strep M1- serotyp, måttligt positiv Grupp A- Strep M3- serotyp, svagt positiv Grupp A- Strep M3- serotyp, måttligt positiv Testställe 1 Testställe 2 Testställe 3 Totalt % Överensstämmelse Genomsn. % CV med Ct förväntade resultat 96,7 % (29/30) 35,9 2,6 38,5 2,9 36,3 2,6 % Överensstämmelse Genomsn. % CV med Ct förväntade resultat 93,3 % (28/30) 90,0 % (27/30) 90,0 % (27/30) 36,3 4,8 39,2 4,8 36,7 3,2 % Överensstämmelse Genomsn. % CV med Ct Total % 95 % CI förväntade resultat 96,7 % (29/30) 36 1,8 39 4,5 37 2,7 Alla 99,4 % (179/180) 92,2 % (166/180) 98,9 % (178/180) 97,8 % (88/90) 94,4 % (85/90) 96,7% (87/90) 96,9 % (523/540) 92,3 till 99,4 % 87,6 till 97,6 % 90,7 till 98,9 % 95,0 till 98,0 % ANALYSKÄNSLIGHET/DETEKTIONSGRÄNS Detektionsgränsen (LoD, Limit of Detection) fastställdes för Strep Direct genom att göra en spädningsserie. LoD-proverna som användes i studien bereddes genom att använda två (2) serotyper från grupp A ; M1 och M3 som var verifierade (omodlade och omtitrerade) stamlösningar av bakterier. För varje serotyp tillsattes åtta (8) olika koncentrationer till simulerade matriser från de verifierade stamlösningarna med bakterier. De bekräftades med hjälp av trettiotvå (32) replikat. Detektionsgränsen (LoD) fastställdes vara följande: Strep Direct Detektionsgräns Grupp A-strep-serotyp Koncentration (cfu/ml) M1 682 M3 2350 ANALYSREAKTIVITET / KORSREAKTIVITET Analysreaktivitet Analysreaktiviteten hos Strep Direct utvärderades för dess förmåga att detektera sextio (60) stammar av grupp A-streptokocker som inte förekommer i LoD-studien. Analysreaktiviteten observerades vid testningar av tjugoen (21) stammar. Alla detekterades som positiva för grupp A-strep vid eller under 5000 cfu/ml. Analysreaktiviteten testades med in silico NCBI BLAST-sekvensanalysmetoder för trettionio (39) GAS-stammar som skilde sig distinkt från de våttestade stammarna. pyogenes, serotyp Koncentration (cfu/ml) Kvalitativt resultat för Strep Direct, % detektion M2 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M4 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M5 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M6 1,50 X 10 3 100 % (3/3)
Sida 8 pyogenes, serotyp Koncentration (cfu/ml) Kvalitativt resultat för Strep Direct, % detektion M9 3,00 X 10 3 100 % (3/3) M12 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M13 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M14 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M18 5,00 X 10 3 100 % (3/3) M22 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M27 3,00 X 10 3 100 % (3/3) M28 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M29 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M49 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M73 3,00 X 10 3 100 % (3/3) M75 3,00 X 10 3 100 % (3/3) M77 3,00 X 10 3 100 % (3/3) M78 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M82 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M87 1,50 X 10 3 100 % (3/3) M89 3,00 X 10 3 100 % (3/3) Korsreaktivitet (analysspecificitet) Analysreaktiviteten hos assayen Strep Direct utvärderades genom att testa förmågan att identifiera uteslutande grupp A utan någon korsreaktivitet med organismer som är närbesläktade eller orsakar liknande kliniska symtom eller förekommer i den normala floran i farynx. Kända koncentrationer av potentiellt korsreaktiva organismer tillsattes till negativa prover. Med Group A Strep Direct undersöktes reaktiviteten hos dessa prover som fått tillsatser. Sextiofyra (64) organismer testades. Bacteroides ovalis och Tremella fuciformis var ej tillgängliga för testning och därför utfördes sekvensanalys av data från in-silico NCBI BLAST. Ingen korsreaktivitet hittades. Korsreaktant Testad koncentration Kvalitativa resultat för Simplexa Group A Strep Direct: % detektion (# detekterade/#testade) Baslinje1 Ej tillämplig 0,0% (0/5) Baslinje2 Ej tillämplig 0,0% (0/5) Adenovirus 1 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Adenovirus 7A 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Arcanobacterium haemolyticum 1,00 X 10 6 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Bacillus cereus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Bacteroides ovatus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Bordetella pertussis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Burkholderia cepacia 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Campylobacter rectus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Candida albicans 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Chlamydia pneumoniae 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3)
Sida 9 Korsreaktant Testad koncentration Kvalitativa resultat för Simplexa Group A Strep Direct: % detektion (# detekterade/#testade) Coronavirus 229E 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Corynebacterium diphtheriae 1,00 X 10 6 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Cytomegalovirus (CMV) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Enterococcus faecalis vanb 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Enterovirus 71 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Epstein-Barr-virus (B95-8) 1,00 X 10 5 kopior/ml 0,0 % (0/3) Escherichia coli 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Fusobacterium necrophorum 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Haemophilus influenzae 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) HSV-1 McIntyre 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) HSV-2 G 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Influensa A/Hong Kong/8/68 H3N2 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Influensa B/Panama/45/90 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Klebsiella pneumoniae 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Lactobacillus acidophilus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Legionella pneumophila 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Metapneumovirus-9 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Moraxella catarrhalis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Mycoplasma pneumoniae 1,00 X 10 6 CCU/ml 0,0 % (0/3) Neisseria gonorrhoeae 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Neisseria meningitidis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Parainfluensa 1 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Parainfluensa 2 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Parainfluensa 3 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Peptostreptococcus micros 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/6) Pseudomonas aeruginosa 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Rhinovirus 1A 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) RSV-B 9320 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0,0 % (0/3) Staphylococcus aureus (MRSA), ATCC 43300 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Staphylococcus epidermidis (MRSE), ATCC 29887 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Stenotrophomonas maltophilia 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) agalactiae 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) anginosus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) canis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) constellatus subsp. constellatus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3)
Sida 10 Korsreaktant Testad koncentration Kvalitativa resultat för Simplexa Group A Strep Direct: % detektion (# detekterade/#testade) cristatus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) dysgalactiae 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) equi subsp. zooepidemicus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) equinus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) gallolyticus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) gordonii 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) intermedius 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) mitis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) mutans 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) oralis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) parasanguinis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) pneumoniae 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) salivarius 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) sanguinis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) sobrinus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) uberis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) vestibularis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) Treponema denticola 1,00 X 10 6 spiroketer/ml 0,0 % (0/3) Veillonella parvula 1,00 X 10 6 cfu/ml 0,0 % (0/3) INTERFERENS Prestandan för Strep Direct utvärderades med potentiellt interfererande ämnen som kan förekomma i farynx. De potentiellt interfererande ämnena utvärderades i ett tillblandat prov som innehöll Grupp A i svagt positiva koncentrationer (ungefär 1 X LoD) och måttligt positiva koncentrationer (ungefär 3 X LoD) av Grupp A med serotyperna M1 och M3. Det fanns inga bevis på interferens orsakad av ämnena vid de testade koncentrationerna. Potentiella interferenter Aktiv beståndsdel Interferentens koncentration GAS-serotyp Kvalitativt resultat för Strep Direct (# detekterade/# testade) Baslinje Ej tillämplig Ej tillämplig M1 (5/5) Baslinje Ej tillämplig Ej tillämplig M3 (5/5) Afrin nässpray Oximetazolinhydroklorid 15 % v/v M1 (3/3) Afrin nässpray Oximetazolinhydroklorid 15 % v/v M3 (3/3) Antibiotika Amoxicillin 0,5 mg/ml M1 (3/3) Antibiotika Amoxicillin 0,5 mg/ml M3 (3/3) Antibiotika Cefalexin 0,04 mg/ml M1 (3/3) Antibiotika Cefalexin 0,04 mg/ml M3 (3/3) Antibiotika Klindamycin 0,06 mg/ml M1 (5/5) Antibiotika Klindamycin 0,06 mg/ml M3 (3/3) Antibiotika Erytromycin 1 mg/ml M1 (3/3) Antibiotika Erytromycin 1 mg/ml M3 (3/3)
Sida 11 Potentiella interferenter Aktiv beståndsdel Interferentens koncentration GAS-serotyp Kvalitativt resultat för Strep Direct (# detekterade/# testade) Antibiotika Penicillin 1200 U/ml M1 (3/3) Antibiotika Penicillin 1200 U/ml M3 (3/3) Aspirin Aspirin 0,62 mg/ml M1 (3/3) Aspirin Aspirin 0,62 mg/ml M3 (3/3) Benadryl Difenhydramin HCl 10 µl/pinnprov M1 (3/3) Benadryl Difenhydramin HCl 10 µl/pinnprov M3 (3/3) Blod Blod 10 % (v/v) M1 (3/3) Blod Blod 10 % (v/v) M3 (3/3) Chloraseptic, spray mot halsont Chloraseptic, spray mot halsont Fenol 10 % (v/v) M1 (3/3) Fenol 10 % (v/v) M3 (3/3) Contac, tablett mot förkylning och influensa Acetaminofen Klorfenaminmaleat Fenylefrin HCl 16,2 mg/ml 0,06 mg/ml 0,16 mg/ml M1 (3/3) Contac, tablett mot förkylning och influensa Acetaminofen Klorfenaminmaleat Fenylefrin HCl 16,2 mg/ml 0,06 mg/ml 0,16 mg/ml M3 (3/3) Kortikosteron Kortikosteron 4 mg/pinnprov M1 (3/3) Kortikosteron Kortikosteron 4 mg/pinnprov M3 (3/3) Crest Complete, tandkräm Natriumfluorid 0,1 mg/ml M1 (3/3) Crest Complete, tandkräm Natriumfluorid 0,1 mg/ml M3 (3/3) Finafta, oralt anestetikum/analgesik um Finafta, oralt anestetikum/ analgesikum Etylalkohol Salicylsyra Benzokain Etylalkohol Salicylsyra Benzokain 1/10 X spädning M1 (3/3) 1/10 X spädning M3 (3/3) Listerine Eukalyptol Mentol Metylsalicylat Tymol 10 µl/pinnprov M1 (3/3) Listerine Eukalyptol Mentol Metylsalicylat Tymol 10 µl/pinnprov M3 (3/3) Mucin Renat mucinprotein 60 µg/ml M1 (3/3) Mucin Renat mucinprotein 60 µg/ml M3 (3/3) Neo-Synephrine Fenylefrin HCl 15 % v/v M1 (3/3) Neo-Synephrine Fenylefrin HCl 15 % v/v M3 (3/3) Nyquil Dextrometorfanhydrobr omid Doxylaminsuccinat 1/200 X spädning M1 (3/3)
Sida 12 Potentiella interferenter Nyquil Smärtstillande läkemedel Smärtstillande läkemedel Smärtstillande läkemedel Smärtstillande läkemedel Robitussin, hostmedicin för hosta/tilltäppta andningsvägar Robitussin, hostmedicin för hosta/tilltäppta andningsvägar Koksaltlösning, nässpray Aktiv beståndsdel Dextrometorfanhydrobr omid Doxylaminsuccinat Interferentens koncentration GAS-serotyp Kvalitativt resultat för Strep Direct (# detekterade/# testade) 1/200 X spädning M3 (3/3) NSAID 0,1 mg/ml M1 (3/3) NSAID 0,1 mg/ml M3 (3/3) Paracetamol 1 mg/ml M1 (3/3) Paracetamol 1 mg/ml M3 (3/3) Dextrometorfan-HBr Guaifenesin Dextrometorfan-HBr Guaifenesin Natriumklorid med konserveringsmedel 2,0 mg/ml M1 (3/3) 2,0 mg/ml M3 (3/3) 15 % v/v M1 (3/3) Koksaltlösning, nässpray Saliv Saliv Natriumklorid med konserveringsmedel Vatten, elektrolyter, slem etc. Vatten, elektrolyter, slem etc. 15 % v/v M3 (3/3) 50 µl/pinnprov M1 (3/3) 50 µl/pinnprov M3 (3/3) Scope Glycerin Natriumsackarin Natriumbenzoat Cetylpyridinklorid Bensoesyra Blue 1 Yellow 5 10 µl/pinnprov M1 (3/3) Scope Glycerin Natriumsackarin Natriumbenzoat Cetylpyridinklorid Bensoesyra Blue 1 Yellow 5 10 µl/pinnprov M3 (3/3) Sugtablett mot halsont Mentol 1,7 mg/ml M1 (3/3) Sugtablett mot halsont Mentol 1,7 mg/ml M3 (3/3) Sugtablett mot halsont Pektin 0,34 mg/ml M1 (3/3) Sugtablett mot halsont Pektin 0,34 mg/ml M3 (3/3) Sugtablett mot halsont Zinkglukonat-glycin 0,1 mg/ml M1 (3/3) Sugtablett mot halsont Zinkglukonat-glycin 0,1 mg/ml M3 (3/3) Tymol Tymol 400 mg/pinnprov M1 (3/3) Tymol Tymol 400 mg/pinnprov M3 (3/3)
Sida 13 Potentiella interferenter Aktiv beståndsdel Interferentens koncentration GAS-serotyp Kvalitativt resultat för Strep Direct (# detekterade/# testade) Zicam, oral dimspray Zicam, oral dimspray Zinkacetat Zinkglukonat Zinkacetat Zinkglukonat 0,625 % v/v M1 (3/3) 0,625 % v/v M3 (3/3) HÄMNING AV ANDRA MIKROORGANISMER Strep Direct utvärderades genom att testa förmågan att identifiera grupp A Strep när potentiellt hämmande organismer är närvarande. En panel av femtioen (64) potentiellt hämmande organismer tillsattes individuellt i en pool med låg koncentration (ungefär 1 gånger LoD) och måttlig koncentration (ungefär 3 X LoD) av Grupp A med M1- eller M3- serotyper. Om ingen signal detekterades för grupp A-strep i någon av de tre (3) replikaten testades ytterligare fem (5) replikat för att bekräfta resultatet. Bacteroides ovalis och Tremella fuciformis var ej tillgängliga för testning och därför utfördes sekvensanalys av data från in-silico NCBI BLAST. För Strep Direct kunde inga hämningseffekter bekräftas för de testade koncentrationerna. Organism Testad koncentration GAS-serotyp: M1 Kvalitativa resultat för Strep Direct: %Detektion (#detekterade/#testade) GAS-serotyp: M3 Kvalitativa resultat för Strep Direct: %Detektion (#detekterade/#testade) Baslinje Ej tillämplig (11/11) (10/10) Adenovirus 1 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Adenovirus 7A 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Arcanobacterium haemolyticum 1,00 X 10 6 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Bacillus cereus Bacteroides ovatus Bordetella pertussis Burkholderia cepacia Campylobacter rectus Candida albicans Chlamydia pneumoniae Coronavirus 229E 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Corynebacterium diphtheriae 1,00 X 10 6 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Cytomegalovirus (CMV) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Enterococcus faecalis vanb Enterovirus 71 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Epstein-Barr-virus (B95-8) 1,00 X 10 5 kopior/ml (3/3) (3/3) Escherichia coli Fusobacterium necrophorum Haemophilus influenzae HSV-1 McIntyre 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) HSV-2 G 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3)
Sida 14 Organism Influensa A/Hong Kong/8/68 H3N2 Influensa B/Panama/45/90 Testad koncentration GAS-serotyp: M1 Kvalitativa resultat för Strep Direct: %Detektion (#detekterade/#testade) GAS-serotyp: M3 Kvalitativa resultat för Strep Direct: %Detektion (#detekterade/#testade) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Klebsiella pneumoniae Lactobacillus acidophilus Legionella pneumophila Metapneumovirus-9 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Moraxella catarrhalis Mycoplasma pneumoniae 1,00 X 10 6 CCU/ml (3/3) (3/3) Neisseria gonorrhoeae Neisseria meningitidis Parainfluensa 1 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Parainfluensa 2 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Parainfluensa 3 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Peptostreptococcus micros *** 1,00 X 106 cfu/ml (6/6) (6/6) Pseudomonas aeruginosa Rhinovirus 1A 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) RSV-B 9320 1,00 X 10 5 TCID 50/ml (3/3) (3/3) Staphylococcus aureus (MRSA), ATCC 43300 Staphylococcus epidermidis (MRSE), ATCC 29887 Stenotrophomonas maltophilia agalactiae anginosus* 1,00 X 10 6 cfu/ml (5/5) (3/3) canis constellatus subsp. constellatus cristatus dysgalactiae equi subsp. zooepidemicus equinus gallolyticus gordonii intermedius mitis
Sida 15 Organism Testad koncentration GAS-serotyp: M1 Kvalitativa resultat för Strep Direct: %Detektion (#detekterade/#testade) GAS-serotyp: M3 Kvalitativa resultat för Strep Direct: %Detektion (#detekterade/#testade) mutans oralis parasanguinis pneumoniae salivarius sanguinis** 1,00 X 10 6 cfu/ml (5/5) (3/3) sobrinus uberis vestibularis Treponema denticola 1,00 X 10 6 spiroketer/ml (3/3) (3/3) Veillonella parvula *1/3 av de första replikaten hade en låg volym (inget fel vid vätskekontroll), så ytterligare tre replikat testades. Därför utvärderades totalt 5 replikat. **1/3 av de första replikaten var ogiltiga på grund av IC-fel, så ytterligare tre replikat testades. Därför utvärderades totalt 5 replikat. ***Provet testades två gånger eftersom samma organismer hade listats under olika namn. Därför utvärderades totalt 6 replikat. ÖVERFÖRINGSKONTAMINERING Överföringen av amplikon för Simplexa assayer, inklusive Strep Direct assay, utvärderades med Simplexa Flu A/B & RSV Direct REF MOL2650 (K120413) assay, som återfinns på FDA:s webbplats. Studien är tillämplig för Strep Direct assay, eftersom studien inte är analytspecifik. I studien av amplifieringsöverföring med Simplexa Flu A/B & RSV Direct REF MOL2650 (K120413), söktes förekomst av kontamination i negativa prover. Studien var utformad så att starkt positiva och negativa prover placerades växelvis på varje disk. Inga bevis på överföringskontaminering noterades. FÖRVÄNTADE VÄRDEN Förekomsten av Grupp A påverkas av patientpopulationen och epidemiologin. I den prospektiva studien av Simplexa TM Group A Strep Direct var tvåhundranio (209) av de ettusentrehundrafemtiotvå (1352) proverna eller 15,2 % av proverna positiva vid testerna från fyra (4) geografiskt skilda orter mellan 6 maj 2014 och 28 oktober 2014. REFERENSER 1. Lancefield RC. 1993. A serological differentiation of human and other groups of hemolytic streptococci. J. Exp. Med. 57 (4): 571 95. 2. Poses RM, Cebul RD, Collins M, Fager SS. 1985. The accuracy of experienced physicians' probability estimates for patients with sore throats: implications for decision making. JAMA 254:925-929. 3. Komaroff AL, Pass TM, Aronson MD, Ervin CT, Cretin S, Winikoff RN, and Branch WT Jr. 1986. The prediction of streptococcal pharyngitis in adults. J. Gen. Intern. Med. 1:1-7. 4. Marx, John. 2010. Rosen's emergency medicine: concepts and clinical practice (7th ed.). Chapter 30. 5. Brook I, and Dohar JE. 2006. Management of group A beta-hemolytic streptococcal pharyngotonsillitis in children. J. Fam. Pract. 55 (12): S1 11. 6. Stevens DL, Tanner MH, Winship J, Swarts R, Ries KM, Schlievert PM, and Kapalan E. 1989. Severe group A streptococcal infections associated with a toxic shock-like syndrome and scarlet fever toxin A. N. Engl. J. Med. 321 (1): 1 7. 7. Hahn RG, Knox LM, and Forman TA. 2005. Evaluation of post streptococcal illness. Am. Fam. Physician. 71 (10): 1949 54. 8. Choby BA. 2009. Diagnosis and treatment of streptococcal pharyngitis. Am. Fam. Physician. 79 (5): 383 90.
Sida 16 9. Lintges M, Sabine S, Uciechowski P, Plümäkers B, Reinert RR, Al-Lahham A, Lütticken R, and Rink L. 2007. A new closedtube multiplex real-time PCR to detect eleven super antigens of pyogenes identifies a strain without super antigen activity. International Journal of Medical Microbiology (297): 471-478. 10. Twagira1 MFN, Wade1 JJ, Eltringham1 I, and Smith M. 2005. Development of a real-time PCR assay on the Roche Light- Cycler for the detection of erm and mef erythromycin resistance genes in ß-haemolytic streptococci. JAC. 56 (4): 793-794. Användningen av proberna Scorpions för human in vitro-diagnostik täcks av en licens till Focus Diagnostics, Inc. från Qiagen Manchester, Storbritannien. Scorpions är ett registrerat varumärke som tillhör Qiagen Manchester, Storbritannien. Färgämnena Black Hole Quencher, CAL Fluor, Quasar är varumärken som tillhör Biosearch Technologies, Inc. ( BTI ). Färgämnesteknologierna Black Hole Quencher, CAL Fluor and Quasar är licensierade i enlighet med ett avtal med BTI och dessa produkter säljs uteslutande för kliniska, diagnostiska eller forskningsrelaterade syften samt i utvecklingssyften. AUKTORISERAD REPRESENTANT mdi Europa GmbH, Langenhagener Str. 71 30855, Langenhagen-Hannover, Tyskland BESTÄLLNINGSINFORMATION Telefon: Fax: (800) 838-4548 (endast USA) (714) 243-4703 (562) 240-6500 (utomlands) PI.MOL2850.IVD Rev. C Skrivelsedatum: 17 juni 2015 TEKNISK HJÄLP Telefon: Fax: (800) 838-4548 (endast USA) (562) 240-6526 (562) 240-6500 (utomlands) Besök vår webbplats på www.focusdx.com Cypress, California 90630, USA