Simplexa HSV 1 & 2 Direct REF MOL2150 Rev. E En realtids-pcr-assay avsedd för in vitro kvalitativ detektion och differentiering av viralt DNA från HSV-1 och/eller. För in vitro-diagnostisk användning AVSEDD ANVÄNDNING Focus Diagnostics Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay är avsedd att användas på ett instrument av typen 3M Integrated Cycler för kvalitativ detektion och differentiering av HSV-1 och som finns i pinnprover från ryggmärgsvätska (CSF) eller genitala pinnprover från patienter tecken och symtom på HSV-1- eller -infektion i centrala nervsystemet (CNS) eller genitalierna. Detta test är avsett att underlätta differentialdiagnostik av HSV-1- och -infektioner i CNS och genitalierna. Negativa utesluter inte HSV-1- och/eller -virus och ska inte ensamt stå till grund för beslut om behandling eller annan patientvård. Denna assay är inte avsedd att användas som screeningtest för att testa förekomst av HSV-1 och i blod eller blodprodukter. Denna assay är endast avsedd för yrkesmässigt bruk. SAMMANFATTNING OCH FÖRKLARING HSV-1 och tillhör subfamiljen alfaherpesvirus. HSV är ett höljevirus en kapsid innehållande viralt DNA. Även om HSV-1 och är nära besläktade, är de serologiskt och genetiskt distinkta. Genital herpes, som orsakas av HSV, är en av de vanligaste sexuellt överförbara sjukdomarna. Primär HSV-infektion eller omaktivering av latent sjukdom kan orsaka lesioner i hud och slemhinnor. 1,3 Dessa lesioner är vanligtvis självbegränsande men allvarlig sjukdom kan förekomma hos komprometterade patienter, gravida kvinnor samt spädbarn. Diagnos av herpeslesioner ställs framförallt hjälp av metoder som cellodling eller direktfärgning fluorescerande antikroppar 3,4. Dessa metoder är dock arbetskrävande, tidskrävande och subjektiva. 1,5 Snabba och tillförlitliga tester för HSV-infektion hjälp av molekylär testning kan vara kritiska för beslut om både terapi och infektionskontroll. 4,5 Encefalit är inflammation av hjärnan åtföljt av kliniska fynd av neurologisk dysfunktion. Virus utgör majoriteten av de patogener som har rapporterats orsaka encefalit 6. De mest förekommande identifierade etiologierna i USA är vanligtvis herpes simplexvirus, West Nile-virus och enterovirus följt av andra herpesvirus. 6 HSV orsakar 5 10 % av alla fall av encefalit och är globalt sett en av de vanligaste orsakerna till identifierad sporadisk encefalit. 6 HSV-encefalit förekommer i alla åldrar och under alla årstider. HSV-1-encefalit är vanligare hos vuxna an - encefalit är vanligare hos nyfödda. 6 En studie har rapporterat att förekomsten av herpes hos nyfödda uppgår till 1 fall per 3 200 födslar av levande barn i USA. 7 Kliniska symtom på HSV-encefalit omfattar feber, halvsidig huvudvärk, språk- och beteendeavvikelser, minnesförlust och krampanfall. 6 Användbarheten av nukleinsyraamplifiering (t.ex. PCR) på CSF-prover har kraftigt förbättrat förmågan att diagnostisera CNSinfektioner, särskilt virala infektioner orsakade av herpesvirus. 6 CSF-odlingar har vanligtvis ett begränsat värde vid bestämning av de virala orsakerna till encefalit, men de är mycket viktiga för diagnos av bakterie- och svampinfektioner. 6 Infectious Diseases Society of America (IDSA) rekommenderar tester herpesvirus-pcr på alla CSF-prover hos patienter encefalit. För patienter encefalit ett negativt på herpes simplex-pcr bör man överväga att upprepa testet efter 3-7 dagar hos patienter som uppvisar ett kompatibelt kliniskt syndrom eller som vid neuroavbildning uppvisar lokalisering i temporalloben. 6 The American Congress of Obstetricians and Gynecologists (ACOG) har tillkännagett att HSV-PCR är 1,5-4 gånger känsligare än virusodling, att det är enklare att förvara prover för PCR och att PCR är det test som är att föredra för diagnos av infektioner i det centrala nervsystemet (encefalit och meningit). 8 PRINCIPER FÖR FÖRFARANDET Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay-systemet är en realtids-pcr som möjliggör direkt amplifiering, detektion och differentiering av HSV-1- och/eller -DNA från obehandlad CSF och genitala pinnprover utan nukleinsyraextraktion. Systemet består av Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay, 3M Integrated Cycler ( programvaran 3M Integrated Cycler Studio), Direct Amplification Disc och erforderliga tillbehör.
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 2 I Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay används bifunktionella fluorescerande probe-primrar tillsammans motsvarande omvända primrar för att amplifiera HSV-1, och de interna kontrollerna. Man riktar sig mot välkonserverade regioner i HSV- 1- och -DNA-polymerasgenerna för att identifiera HSV-1- respektive -DNA i proverna. En intern kontroll används för att påvisa felfunktion hos och/eller hämning av PCR-reaktionen. MEDFÖLJANDE MATERIAL Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay från Focus Diagnostics innehåller reagens som räcker till 24 reaktioner. Förvara vid -10 till - 30 ºC (använd ej en frostfri frys) så fort det levererats. Varje provrör innehåller tillräckligt material för en enda reaktion. Använd inom 30 minuter efter upptining. Beskrivning av kittet Komponentens namn REF EG-SYMBOL PÅ MÄRKNINGEN Namnförkortning Lockets färg Antal provrör Reaktioner per provrör/kit Simplexa HSV 1 & 2 Direct Reaction Mix MOL2151 REAG A RM Brun 24 1/24 50 µl Volym per provrör Kit-komponent Beskrivning av komponenter Innehåll DNA-polymeras, buffert, dntp:er, templat-dna (intern kontroll) färgämnesmärkta fluorescerande probe-primrar specifika för detektion av HSV-1 och/eller samt en intern DNA-kontroll. Mål Probe Fluorofor (Färgämne) Excitering (nm) Emission (nm) Målgen Simplexa HSV 1 & 2 Direct Reaction Mix (RM) (reaktionsmix) HSV-1 CFR610 590 610 HSV-1-DNA-polymeras FAM 495 520 -DNA-polymeras Intern DNA-kontroll Q670 644 670 NA Streckkodskort för Simplexa HSV 1 & 2 Kit Assayspecifika parametrar. MATERIAL SOM TILLHANDAHÅLLS SEPARAT 1. Direct Amplification Disc Kit (REF MOL1455) a) Direct Amplification Discs för användning 3M Integrated Cycler MATERIAL SOM KRÄVS MEN EJ TILLHANDAHÅLLS 1. 3M Integrated Cycler 3M Integrated Cycler Studio Software version 6.0 eller senare 2. Simplexa HSV 1 & 2 Positive Control Pack (REF MOL2160) 3. Pipett fast volym på 50 µl (VWR Signature Fixed Volume Ergonomic High-Performance Pipette, modell VWR FE50 eller motsvarande) 4. Sterila, nukleasfria engångsspetsar filter (extra långa spetsar 91 mm rekommenderas för att pipettera direkt från de primära uppsamlingsrören). 5. En frys (manuell avfrostning) vid -10 till -30 C (för kittets komponenter samt förvaring av frysta prover) 6. Ett kylskåp på 2 till 8 C (för prover) 7. Puderfria engångshandskar REKOMMENDERADE MATERIAL 1. Syntetisk CSF, Golden West Biologicals katalognummer OH1030-S, SeraCare katalognummer HSP-515 eller motsvarande för användning som No Template Control (NTC, kontroll utan templat) för testning av CSF-prover. 2. Universal Transport Media (UTM) för användning som kontroll utan templat (NTC) vid testning av genitala pinnprover. HANTERING OCH FÖRVARING AV REAGENS 1. Förvara reagenserna vid -10 till -30 ºC (använd ej en frostfri frys). 2. Låt reagenserna tina vid rumstemperatur (ungefär mellan 18 och 25 C) före användning. 3. Använd inte kit eller reagenser efter deras utgångsdatum.
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 3 4. Påbörja test inom 30 minuter efter att reaktionsmixen har tagits ut ur frysen. 5. Vortexa inte reaktionsmixen. 6. Återfrys inte reaktionsmixen. VARNINGAR OCH FÖRSIKTIGHETSÅTGÄRDER 1. Använd personlig skyddsutrustning, såsom (men inte begränsat till) handskar och labbrock vid hantering av kitreagensen. Tvätta händerna noggrant efter att testet har slutförts. 2. Varken rökning, förtäring av mat eller dryck, hantering av kontaktlinser eller sminkning är tillåten i områden där kitreagens och/eller humana prover används. 3. Kassera oanvända kitreagens och humana prover enligt lokala, kommunala och statliga förordningar. 4. Behandla alla prover och diskar som om de vore kapabla att överföra infektionsämnen. Kontaminering av patientprover eller reagens kan ge upphov till felaktiga. Tillämpa god laboratoriesed och använd kontrollerade arbetsflöden. 5. Använd endast det protokoll som beskrivs i denna bipacksedel. Avvikelser från protokollet eller användning av tider eller temperaturer andra än de som specifikt angetts kan ge upphov till felaktiga. 6. Assayförberedelserna ska utföras vid rumstemperatur (ungefär mellan 18 och 25 C). 7. Använd pipetter fast volym, eller motsvarande, för prover och reaktionsmix. 8. Undvik att vidröra undersidan av det folie som kommer att vara i kontakt brunnarna och diskytan. 9. Se till att provet tillsätts till brunnen Sample input för att förhindra potentiellt felaktiga. 10. Avsluta laddandet och sätt på det självhäftande folieskyddet på en uppsättning prov- och reaktionsbrunnar innan foliet öppnas på intilliggande uppsättning prov- och reaktionsbrunnar. 11. Starta körningen inom 30 minuter efter att reaktionsmixen har tagits ut ur frysen. 12. Försök inte ta bort det självhäftande folieskyddet från de använda sektorerna och försök heller inte återanvända prov- och reaktionsbrunnarna som använts i tidigare körningar. 13. Diskarna kan återanvändas tills alla 8 sektorer har använts. Kassera använda diskar, utan att ta av folieskyddet, i en behållare för biologiskt riskavfall. 14. Efter varje användning ska DAD-diskarna förvaras plant den numrerade foliesidan uppåt. 15. Reaktionsmixen innehåller > 1 % glycerol, vilket kan orsaka irritation vid inandning eller hudkontakt. Vid inandning eller hudkontakt ska första hjälpen-åtgärder vidtas. 16. Om kittets förpackning eller innehåll förefaller vara trasigt eller skadat ska det inte användas. Kontakta Focus Diagnostics. Kontaktinformationen finns på sista sidan i detta dokument. 17. Spektralmatrisen måste installeras i varje 3M Integrated Cycler och ska inte bytas ut såvida inte Focus Diagnostics tillhandahåller en uppdaterad QR-kod för instrumentet. Spektralmatrisen är unik för varje 3M Integrated Cycler. Spektralmatrisen levererades tillsammans 3M Integrated Cycler-instrumentet, på omslaget till hårdvarumanualen till 3M Integrated Cycler. Om det inte går att skanna matrisetiketten, eller om den har kommit bort, kontakta Focus Diagnostics. Kontakuppgifterna finns på sista sidan i detta dokument. 18. Om ni inte installerar spektralmatrisen, eller gör ändringar i den, kan detta leda till felaktiga. BRUKSANVISNING A. PROVINSAMLING CSF-prover Acceptabla typer av prover utgörs av CSF. Proverna ska transporteras på is och förvaras vid 2 till 8 C i upp till 7 dagar efter insamlingen. Om bearbetningen av provet försenas över 7 dagar, förvara provet vid -70 C. Genitala pinnprover Acceptabla typer av prover utgörs av genitala pinnprover som förvaras i BD UVT, Remel M4, Remel M4RT, Remel M5, Remel M6 eller UTM transportium. Beakta tillverkarens bipacksedlar vad gäller insamlingsium och acceptabla typer av provpinnar. Använd inte provpinnar kalciumalginat, eftersom de kan innehålla ämnen som hämmar PCR-testerna. Proverna ska transporteras på is och förvaras vid 2 till 8 C i upp till 7 dagar efter insamlingen. Om bearbetningen av provet försenas över 7 dagar, förvara provet vid -70 C. B. INSTRUMENTFÖRBEREDELSE INFÖR REALTIDS-PCR 1. Se användarmanualen för 3M Integrated Cycler för information om hur 3M Integrated Cycler Studio Software ska konfigureras för att lägga till en definition av en assay samt förbereda och analysera körningar på 3M Integrated Cycler. C. LADDNING AV DIRECT AMPLIFICATION DISC OCH AMPLIFIERING MED REALTIDS-PCR OBS: Ingen provextraktion behövs före steget PCR-amplifiering. 1. Välj ut de prover som behöver testas. 2. Tina provrören vid rumstemperatur (ungefär mellan 18 och 25 C). Tina ett provrör reaktionsmix för varje prov eller kontroll som ska testas. 3. Scanna streckkoden på provröret Simplexa HSV 1 & 2 Direct Reaction Mix eller dess streckkodskort.
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 4 4. Scanna diskens streckkod på Direct Amplification Disc (DAD). 5. Scanna eller skriv in varje providentifierare. 6. Dra tillbaka det självhäftande foliet för att exponera brunnarna för prov (SAMPLE) och reaktion (R) utan att ta av det självhäftande folieskyddet helt och hållet (figur 1 & 2) Undvik att vidröra undersidan av det folie som kommer att vara i kontakt brunnarna och diskytan. 7. Se till att reaktionsmixen är helt upptinad. Spinn snabbt ner provrören efter behov. (Vortexa inte reaktionsmixen). 8. Använd pipetten för fasta volymer för att överföra 50 µl reaktionsmix till reaktionsbrunnen (R). 9. Använd pipetten för fasta volymer för att överföra 50 µl prov eller kontroll; pipettera prov eller kontroll till provbrunnen (SAMPLE). 10. Täck över sektorn så att du försluter brunnarna det avdragna självhäftande foliet genom att bestämt trycka neråt nära sektorns kant. Om det ursprungliga foliet har rivits sönder ska du inte ladda brunnarna i sektorn. Ladda istället en annan sektor. 11. Riv av folieskyddets flik längs perforeringen. 12. Upprepa steg 6 till 11 för efterföljande prov(er). 13. Ladda den förslutna DAD i 3M Integrated Cycler och starta körningen. Figur 1 Disk folie, före användning, som lyfts från Figur 2 Brunnar för prov [Sample] and reaktion [R] prov- och reaktionsbrunnar i sektor #3 ANMÄRKNINGAR (i informationssyfte användaren behöver inte tolka/vidta åtgärd): 1. Kit från Focus Diagnostics kan innehålla versionnummer för definitioner av assayerna. Om versionnummer finns kommer det att bifogas assaydefinitionerna, t.ex. Sample IVD Assay.2. När flera versioner finns kommer mjukvaran automatiskt att använda den assaydefinition som är kopplad till det scannade batchnumret. KVALITETSKONTROLL Simplexa TM HSV 1 & 2 Positive Control Pack (MOL2160) kan användas som en extern kontroll för kvalitetskontrolltester (QC), utbildning eller färdighetstester. Syntetiskt CSF rekommenderas som kontroll utan templat (NTC) vid testning av CSF-prover. UTM rekommenderas som NTC vid testning av genitala pinnprover. Intervall för kvalitetskontrollerna har fastställts enligt uppgifterna i tabellen nedan. Om kontrollerna inte ligger inom dessa parametrar ska patienten anses vara ogiltiga och assayen upprepas. Focus rekommenderar att testa kontrollerna en gång dagligen. Varje laboratorium bör fastställa sina egna intervall för QC-kontroller och frekvens för QC-testning baserat på gällande lokala lagar, förordningar samt god laboratoriesed. Se bipacksedeln för Simplexa TM HSV 1 & 2 Positive Control (PI.MOL2160) för instruktioner om hur den a kontrollen testas. Förväntade kontroll Kontrolltyp HSV-1 Intern DNA-kontroll (DNA IC) Simplexa HSV 1 & 2 1 Positive Control Detekterat Detekterat Ej tillämplig2 Kontroll utan templat (NTC) Ej Ej Giltig 1 Typiska Ct-värden för a kontroller ligger mellan 25 och 40. 2. Detektion av Simplexa DNA Internal Control (DNA IC) krävs inte för att få ett giltigt när HSV detekteras. RESULTAT När körningen har slutförts kommer mjukvaran automatiskt att beräkna och visa en. 1. För varje åtkomst-id (prov-id) som anges kommer mjukvaran att visa ett ( Detected [Detekterat], Not Detected [Ej ], Invalid [Ogiltigt] eller EC500 ) för HSV-1 och. a. Resultatet Detected [Detekterat] pekar på förekomst av HSV-1- och/eller -DNA i patientprovet.
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 5 b. Resultatet Not Detected [Ej ] pekar på avsaknad av HSV-1- och/eller -DNA i patientprovet. c. Resultatet Invalid [Ogiltigt] pekar på oförmåga att fastställa förekomst eller avsaknad av HSV-1- och/eller -DNA i patientprovet. Detta kan bero på 1) att den interna DNA-kontrollen (DNA IC) inte fungerar eller 2) att det inte går att detektera tillräckligt prov. Provet behöver återtestas. Se avsnittet Ogiltiga nedan. d. Resultatet EC500 pekar på ett datakvalitetsfel på gällande viral(a) analyt(er). Mjukvaran har inte kunnat fastställa en giltig amplifiering för analyten/analyterna ifråga. Provet bör testas om. e. Resultatet EC505 pekar på ett datakvalitetsfel på den virala analyten. Mjukvaran har inte kunnat fastställa en giltig amplifiering för analyten. Kontakta Teknisk hjälp på Focus Diagnostics, vilket hittas på sista sidan i detta dokument. 2. Skriv ut rapporten efter behov. a. Exportera en efter behov. OGILTIGA RESULTAT Om ett skulle vara Ogiltigt, återtesta provet ett nytt provrör reaktionsmix från samma kit eller ett nytt kit. Om problemet kvarstår, kontakta avdelningen för teknisk support på Focus Diagnostics. BEGRÄNSNINGAR 1. För in vitro-diagnostisk användning. 2. Användes endast för export. 3. Resultaten från dessa tester måste tolkas tillsammans anamnes, epidemiologiska data och andra laboratorieuppgifter som är tillgängliga för den kliniker som bedömer patienten. 4. För att kunna detektera viral nukleinsyra måste insamling av prover, transport, hantering och förvaring ske på korrekt sätt. Underlåtelse att under något av dessa steg utföra förfarandena på korrekt vis kan leda till felaktiga. 5. Förekomst av virala infektioner kan påverka testets prediktionsvärde. 6. Negativa utesluter inte HSV-infektioner i CNS och ska inte ensamt stå till grund för beslut om behandling eller annan patientvård. 7. Falskt negativa kan uppkomma om virusen förekommer på en nivå som ligger under assayens analyskänslighet eller om viruset har genomiska mutationer, insertioner, deletioner eller omarrangemang eller om testet utförts i ett mycket tidigt sjukdomsstadium. 8. För patienter encefalit ett negativt på herpes simplex-pcr bör man överväga att upprepa testet efter 3-7 dagar hos patienter som uppvisar ett kompatibelt kliniskt syndrom eller som vid neuroavbildning uppvisar lokalisering i temporalloben. 3 9. Som andra test kan falskt a förekomma. Upprepade tester eller tester en annan produkt kan behövas i vissa sammanhang. 10. Ett t från detta test kan inte utesluta infektioner orsakade av andra virala eller bakteriella patogener. Virala nukleinsyror kan finnas kvar in vivo oberoende av virusets viabilitet. Detektion av målanalyten/målanalyterna innebär inte att motsvarande virus är infektiöst eller är orsaksfaktor till kliniska symtom. 11. När mycket höga nivåer av HSV-1 förekommer mycket låga nivåer av, kan eventuellt signalen från - reaktionen vara för svag för att detekteras pga. kompetitiv interferens. 12. Förekomst av virala infektioner kan påverka testets prediktionsvärde. 13. Detta test är ett kvalitativt test och ger inget kvantitativt värde för det virus som s. 14. Testets prestanda har inte fastställts för screening för HSV-förekomst i blod eller blodprodukter eller för användning av prover andra än pinnprover från CSF eller genitala pinnprover. 15. Testets prestanda har inte fastställts för immunkomprometterade individer. 16. Testets prestanda har inte fastställts för behandlingsövervakning av HSV-infektion i CNS. 17. Informationen som finns på provröret Simplexa HSV 1 & 2 Direct Reaction Mix kan endast överföras till 3M Integrated Cycler Studio hjälp av en streckkodsläsare. Om läsaren inte fungerar eller om du av någon anledning inte kan överföra informationen, kontakta teknisk support på Focus Diagnostics.
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 6 PRESTANDAEGENSKAPER FÖRVÄNTADE VÄRDEN CSF-prover The observerade värdena för HSV-1 och i den prospektiva populationen i den kliniska studien av Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay varierade mellan olika institutioner och visas i tabellen nedan. Provpopulation Prospektiv Provinsamlingsställe Antal prover 1 31 7 24 8 94 9 15 Alla 164 Förväntade värden baserat på Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay HSV-1 0,0 % (0/31) 4,2 % (1/24) 4,3 % (4/94) 0,0 % (0/15) 3,0 % (5/164) 6,5 % (2/31) 0,0 % (0/24) 5,3 % (5/94) 0,0 % (0/15) 4,3 % (7/164) Ej 93,5 % (29/31) 95,8 % (23/24) 90,4 % (85/94) (15/15) 92,7 % (152/164) Ålderskategori HSV-1 Prospektiv - Antal prover i Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay Kombinerat Kvinna Man Ej Alla HSV-1 Ej Alla HSV-1 Ej Alla Från födseln till 1 månaders ålder - 1 9 10 - - 6 6-1 3 4 >1 månad till 2 års ålder - 1 25 26 - - 8 8-1 17 18 >2 år till 12 års ålder - - 9 9 - - 6 6 - - 3 3 >12 år till 21 års ålder - 1 11 12-1 4 5 - - 7 7 >21 år till 60 års ålder 4 4 65 73 3 1 35 39 1 3 30 34 >60 års ålder 1-33 34 1-20 21 - - 13 13 Alla 5 7 152 164 4 2 79 85 1 5 73 79
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 7 FÖRVÄNTADE VÄRDEN Genitala pinnprover The observerade värdena för HSV-1 och i den prospektiva populationen i den kliniska studien av Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay varierade mellan olika institutioner och visas i tabellen nedan. ELVIS odlings (prevalens) Simplexa- ( värden) Sekvenserings ( värden) Provinsamlingsställets ID Alla HSV 1&2 Ej HSV-1, ej HSV-1 ej testat & Ej utvärderbart HSV 1&2 HSV 1 &2 ej HSV-1 & ej HSV-1 ej & Ej utvärderbart HSV-1 HSV 1&2 ej Ej utvärderbart 1 256 64,5 % (165/256) 14,1 % (36/256) 20,3 % (52/256) 1,2 % (3/256) 0,4 % (1/256) 53,9 % (138/256) 16,0 % (41/256) 28,5 % (73/256) 1,2 % (3/256) 16,0 % (41/256) 54,3 % (139/256) 27,3 % (70/256) 2,3 % (6/256) 2 74 78,4 % (58/74) 6,8 % (5/74) 6,8 % (5/74) 8,1 % (6/74) 1,4 % (1/74) 73,0 % (54/74) 9,5 % (7/74) 12,2 % (9/74) 4,1 % (3/74) 6,8 % (5/74) 74,3 % (55/74) 9,5 % (7/74) 9,5 % (7/74) 3 78 59,0 % (46/78) 6,4 % (5/78) 32,1 % (25/78) 2,6 % (2/78) 1,3 % (1/78) 51,3 % (40/78) 19,2 % (15/78) 26,9 % (21/78) 1,3 % (1/78) 16,7 % (13/78) 51,3 % (40/78) 28,2 % (22/78) 3,8 % (3/78) 5 140 51,4 % (72/140) 12,1 % (17/140) 24,3 % (34/140) 12,1 % (17/140) 1,4 % (2/140) 47,1 % (66/140) 20,0 % (28/140) 27,1 % (38/140) 4,3 % (6/140) 18,6 % (26/140) 47,1 % (66/140) 28,6 % (40/140) 5,7 % (8/140) 9 89 58,4 % (52/89) 11,2 % (10/89) 29,2 % (26/89) 1,1 % (1/89) 0,0 % (/89) 51,7 % (46/89) 21,3 % (19/89) 25,8 % (23/89) 1,1 % (1/89) 22,5 % (20/89) 49,4 % (44/89) 25,8 % (23/89) 2,2 % (2/89) 10 81 64,2 % (52/81) 6,2 % (5/81) 23,5 % (19/81) 6,2 % (5/81) 0,0 % (/81) 56,8 % (46/81) 16,0 % (13/81) 23,5 % (19/81) 3,7 % (3/81) 17,3 % (14/81) 48,1 % (39/81) 22,2 % (18/81) 12,3 % (10/81) Alla 718 62,0 % (445/718) 10,9 % (78/718) 22,4 % (161/718) 4,7 % (34/718) 0,7 % (5/718) 54,3 % (390/718) 17,1 % (123/718) 25,5 % (183/718) 2,4 % (17/718) 16,6 % (119/718) 53,3 % (383/718) 25,1 % (180/718) 5,0 % (36/718)
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 8 Kön Åldersgrupp Alla Kvinna Man Provernas demografi enligt Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay HSV 1&2 Resultat för Simplexa HSV 1 & 2 Direct HSV 1&2 ej HSV1 & HSV2 ej HSV1 ej & HSV2 Ej utvärderbart Från över 1 månad till 2 års ålder 2 0,0 % (0/2) 50,0 % (1/2) 50,0 % (1/2) 0,0 % (0/2) 0,0 % (0/2) Från över 2 år till 12 års ålder 10 0,0 % (0/10) 90,0 % (9/10) 0,0 % (0/10) 10,0 % (1/10) 0,0 % (0/10) Från över 12 års ålder till 18 års ålder 56 0,0 % (0/56) Från över 18 års ålder till 21 års ålder 61 0,0 % (0/61) Över 21 års ålder 503 0,8 % (4/503) Alla 632 0,6 % (4/632) 62,5 % (35/56) 29,5 % (18/61) 54,3 % (273/503) 53,2 % (336/632) 10,7 % (6/56) 32,8 % (20/61) 16,9 % (85/503) 17,7 % (112/632) 25,0 % (14/56) 34,4 % (21/61) 25,8 % (130/503) 26,3 % (166/632) 1,8 % (1/56) 3,3 % (2/61) 2,2 % (11/503) 2,2 % (14/632) Från över 1 månad till 2 års ålder 1 0,0 % (0/1) 0,0 % (0/1) (1/1) 0,0 % (0/1) 0,0 % (0/1) Från över 2 års ålder till 12 års ålder 2 0,0 % (0/2) (2/2) 0,0 % (0/2) 0,0 % (0/2) 0,0 % (0/2) Från över 12 års ålder till 18 års ålder 3 0,0 % (0/3) (3/3) 0,0 % (0/3) 0,0 % (0/3) 0,0 % (0/3) Från över 18 års ålder till 21 års ålder 12 0,0 % (0/12) 33,3 % (4/12) 25,0 % (3/12) 41,7 % (5/12) 0,0 % (0/12) Över 21 års ålder 66 1,5 % (1/66) Alla 84 1,2 % (1/84) 68,2 % (45/66) 64,3 % (54/84) 10,6 % (7/66) 13,1 % (11/84) 18,2 % (12/66) 20,2 % (17/84) 1,5 % (1/66) 1,2 % (1/84) Okänt Okänt 2 0,0 % (0/2) 0,0 % (0/2) 0,0 % (0/2) 0,0 % (0/2) (2/2) Alla 718 0,7 % (5/718) 54,3 % (390/718) 17,1 % (123/718) 25,5 % (183/718) 2,4 % (17/718)
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 9 KLINISK ÖVERENSSTÄMMELSE CSF-prover Sammanlagt 219 CSF-prover samlades in prospektivt eller retroprospektivt från patienter tecken och symtom på infektion av herpes simplex-virus (HSV) i centrala nervsystemet (CNS) på åtta externa ställen. Alla ställen skickade de frysta proverna till Focus Diagnostics. Två alikvoter bereddes från varje prov och proverna blindades sedan inför testningen. En alikvot skickades till ett extern testställe an den andra alikvoten behölls på Focus Diagnostics för att sekvenseras. Fem externa ställen, vilka inkluderade fyra av insamlingsställena, utförde tester Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay. Focus Diagnostics testade proverna PCR följt av analys två assayer för bidirektionell sekvensering. Resultaten från Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay jämfördes en från de två assayerna för bidirektionell sekvensering (komparator). Patientens behandlande läkare dokumenterade från neuroavbildning/klinisk avbildning dokumenterades i ett formulär för fallrapporter. Annan klinisk information, såsom kemlabsvar, bakterieodling, MR-/CT-undersökningar och interna PCR-undersökningar samlades in för alla patienter. Slutdiagnosen tar hänsyn till alla laboratorie, från lokalt utförda PCR-test samt patientens kliniska bild. Inga dubbela (både HSV-1- och -) prover hittades. Tabellen nedan visar fördelningen av de olika kliniska parametrarna som samlades in från patienter som enligt komparatorn bekräftades vara a respektive negativa. Parameter Patienter som enligt komparatorn är a för HSV (antal och %) Patienter som enligt komparatorn är negativa för HSV (antal och %) MR-en tyder på HSV-infektion 18/65 (27,7 %) 9/154 (5,8 %) MR-en tyder inte på HSV-infektion 43/65 (66,2 %) 121/154 (78,6 %) MR- ej tillgängliga 4/65 (6,2 %) 24/154 (15,6 %) Slutlig diagnos för HSV-infektion 61/65 (93,8 %) 33/154 (21,4 %) Slutlig diagnos negativ för HSV-infektion 4/65 (6,2 %) 121/154 (78,6 %) Bakterieodling 2/65 (3,1 %) 4/154 (2,6 %) Bakterieodling negativ 63/65 (96,9 %) 145/154 (94,2 %) Bakterieodling ej utförd 0/65 (0,0 %) 5/154 (3,2 %) Följande tabeller sammanfattar överenstämmelsen mellan en från Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay och komparatorn (en från de två assayerna för sekvenserings-pcr). Trehundra (300) baspar-dideoxy-dna-sekvenseringsassayer validerades för två olika målgener för HSV. SYBR Green PCR extraherat DNA från patientprover användes för att testa alla prover. Amplikon från a prover användes för bidirektionell sekvensering. Sekvenskraven var en Phred-kvalitetspoäng på 20 (för varje bas) och en kontinuerlig läslängd på 200 och en 2x täckning 180. Sekvenslinjeringar analyserades mot databasen GenBank hjälp av en sökningsprogrammet BLAST för att fastställa om patientprovet var t för HSV-1 eller. Resultat från Simplexa HSV-1: Prospektiva prover : Prospektiva prover Komparator: Två PCR/SEQ Resultat från Komparator: Två PCR/SEQ Detekterat Ej Totalt Simplexa Detekterat Ej Totalt Detekterat 3 2* 5 Detekterat 6 1 ## 7 Ej 0 159 159 Ej 1 # 156 157 Totalt 3 161 164 Totalt 7 157 164 PPA (3/3) 95 % CI: 43,8 till PPA 85,7 %(6/7) 95 % CI: 48,7 till 97,4 % NPA 98,8 %(159/161) 95 % CI: 95,6 till 99,7 % NPA 99,4 %(156/157) 95 % CI: 96,5 till 99,9 % # Provet samlades in från patient som fick slutdiagnosen meningit enligt patientjournalen. *1/2 Provet fick slutdiagnosen meningit enligt patientjournalen. ## Provet samlades in från patient som fick slutdiagnosen meningit enligt patientjournalen. OBS: PPA: Positive Percent Agreement ( procentuell överensstämmelse); NPA: Negative Percent Agreement (negativ procentuell överensstämmelse)
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 10 Femtiofem (55) retrospektiva/förvalda HSV-a (enligt vad insamlingsställena fastställt) prover från fyra ställen samlades in mellan 2004 och 2013. De bekräftades vara a enligt komparatorn och användes för att komplettera den prospektiva studien för att utvärdera känsligheten hos Simplexa HSV 1 & 2 Direct. Resultaten visas i tabellen nedan. Retrospektiva/förvalda a prover procentuell överensstämmelse (PPA) Resultat från Simplexa HSV-1 Komparator: Två PCR/SEQ HSV-1 13 0 0 42 Ej 0 0 Totalt 13 42 PPA HSV-1 (13/13) 95 % CI: 77,2 till (42/42) 95 % CI: 91,6 till KLINISK ÖVERENSSTÄMMELSE Genitala pinnprover Sammanlagt 718 genitala pinnprover samlades in prospektivt från patienter tecken och symtom på genital herpes simplexvirus (HSV) på 6 geografiskt skilda orter. Alla ställen samlade in och testade de genitala pinnproverna och skickade proverna till ett centrallaboratorium för odlingstester. Inför odlingarna testades först varje prov för. Om ett prov var t för utfördes inga fler tester. Prover som var odlingsnegativa för testades vidare för att se om de var odlingsa för HSV-1. Dubbela identifierades inte i assayen. De prover som behölls skickades till Focus Diagnostics och testades i en validerad bidirektionell sekvenseringsassay och dubbela detekterades. Resultat från bidirektionell sekvensering av HSV-1 Klinisk överensstämmelse - (Totalt sett för HSV-1) Resultat för Simplexa HSV 1 & 2 Direct Validerad sekvenseringsmetod Detekterat Ej Totalt Detekterat 114 11 a 125 Ej 3 b 546 549 Totalt 117 557 674 %PPA 97,4 %(114/117) 95 % CI: 92,7 till 99,1% %PPV 91,2 %(114/125) 95 % CI: 84,9 till 95,0 % %NPA 98,0 %(546/557) 95 % CI: 96,5 till 98,9 % %NPV 99,5 %(546/549) 95 % CI: 98,4 till 99,8 % a Av de elva (11) icke överensstämmande proverna, fick två (2) prover Detekterat för HSV-1, sex (6) fick Ej för både HSV-1 och och tre (3) prover fick Detekterat för och testades inte för HSV-1 när de testades odlingsmetoden. b Av de tre (3) icke överensstämmande proverna, fick två (2) Ej för både HSV-1 och och ett (1) prov fick Detekterat för när det testades odlingsmetoden.
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 11 Resultat från bidirektionell sekvensering av Klinisk överensstämmelse - (Totalt sett för ) Resultat från Simplexa Validerad sekvenseringsmetod Detekterat Ej Totalt Detekterat 174 11 c 185 Ej 3 d 486 489 Totalt 177 497 674 %PPA 98,3 %(174/177) 95 % CI: 95,1 till 99,4 % %PPV 94,1 %(174/185) 95 % CI: 89,7 till 96,6 % %NPA 97,8 %(486/497) 95 % CI: 96,1 till 98,8 % %NPV 99,4 %(486/489) 95 % CI: 98,2 till 99,8 % c Av de elva (11) icke överensstämmande proverna, fick ett (1) prov Detekterat för och testades inte för HSV-1 och tio (10) fick Ej för både HSV-1 och när de testades odlingsmetoden. d Av de tre (3) icke överensstämmande proverna, fick tre (3) prover Ej för både HSV- 1 och när de testades odlingsassayen. REPRODUCIBILITET CSF-prover Reproducibiliteten för Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay utvärderades. Tre studieställen utvärderade produktens reproducibilitet mellan olika ställen, mellan olika dagar och inom/mellan olika assayer. Varje laboratorium testade en kontroll och en panel av fem tillblandade provpooler varav en var låg (ungefär 1 gånger LoD), en elstarkt (ungefär 4 gånger LoD) för varje analyt samt en starkt negativ. Det starkt negativa provet innehöll en liten mängd HSV-1 och och den var tillblandad så att den skulle bli negativ i ungefär 95 % av fallen. Assayerna utfördes i triplikat under fem olika dagar. Varje ställe hade två operatörer som sedan utförde assayer på hela provpanelen samt en kontroll en gång per dag, för totalt två uppsättningar data per dag. Kombinerade från alla ställen presenteras i tabellerna nedan. Prov Ställe 1 Ställe 2 Ställe 3 Total % % Överensstämmelsstämmelsstämmelsstämmelse % Överens- % Överens- överens- Genomsn. Total Genomsn. Total Genomsn. Total Ct % CV Ct % CV Ct % CV 95 % CI HSV-1 svagt 36,9 2,0 35,4 2,2 36,6 2,7 HSV- 1 elstarkt 34,6 1,6 33,2 1,2 34,3 1,8 svagt a NA NA a NA NA a NA NA a Resultat HSV-1 elstarkt Starkt negativ Positiv kontroll a NA NA a NA NA 30,7 1,5 a NA NA a NA NA a a NA NA a NA NA a 30,6 1,2 30,2 1,4 Total överensstämmelse (180/180) (180/180) (180/180) (540/540) 99,3 till a) Förväntade för prover som är svagt a för, elstarkt a respektive starkt negativa för är negativa för HSV-1.
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 12 Prov HSV-1 svagt HSV- 1 elstarkt % Överensstämmelse Ställe 1 Ställe 2 Ställe 3 Genomsn. Ct Total % CV % Överensstämmelse Genomsn. Ct Total % CV % Överensstämmelse Genomsn. Ct Total % CV Total % överensstämmelse 95 % CI b NA NA b NA NA b NA NA b b NA NA b NA NA b NA NA b svagt 96,7 % (29/30) 38,1 2,9 90,0 % (27/30) 38,4 3,2 83,3 % (25/30) 38,3 2,4 90,0 % (81/90) 82,1 till 94,6 % Resultat elstarkt 35,0 1,3 34,6 1,8 35,0 1,4 Starkt negativ 93,3 % (28/30) b 39,7 0,2 96,7 % (29/30) b 38,4 NA 96,7 % (29/30) b 39,1 NA 95,6 % 89,1 till (86/90) b 98,3 % Positiv kontroll 30,1 0,9 30,6 1,1 30,0 1,2 Total överensstämmelse 98,3 % (177/180) 97,8 % (176/180) 96,7 % (174/180) 97,6 % (527/540) 95.9 till 98,6 % b) Förväntade för HSV-1-prover som är svagt a, elstarkt a respektive starkt negativa är negativa för. Prov % Överensstämmelse Ställe 1 Ställe 2 Ställe 3 Genomsn. Ct Total % CV % Överensstämmelse Genomsn. Ct Total % CV % Överensstämmelse Genomsn. Ct Total % CV Total % överensstämmelse 95 % CI HSV-1 svagt 29,6 0,7 30,0 1,7 29,1 0,6 HSV- 1 elstarkt 29,6 0,8 30,1 1,2 29,1 0,6 svagt 29,4 0,7 30,1 1,0 29,1 0,7 Resultat DNA IC elstarkt Starkt negativ Positiv kontroll 29,4 0,9 29,4 0,8 29,6 1,0 30,0 1,3 30,1 1,3 30,0 1,1 29,2 1,6 29,2 1,3 29,2 0,8 Total överensstämmelse (180/180) (180/180) (180/180) (540/540) 99,3 till
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 13 REPRODUCIBILITET Genitala pinnprover Reproducibiliteten för Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay utvärderades. Tre studieställen utvärderade produktens reproducibilitet mellan olika ställen, mellan olika dagar som inom/mellan olika assayer. Varje laboratorium testade en kontroll och en panel av fem tillblandade provpooler varav en var låg (ungefär 1-2 gånger LoD), en elstarkt (ungefär 2-4 gånger LoD) för varje analyt samt en starkt negativ. Det starkt negativa provet innehöll en liten mängd HSV-1 och och den var tillblandad så att den skulle bli negativ i ungefär 95 % av fallen. Assayerna utfördes i triplikat under fem olika dagar. Varje ställe hade två operatörer som sedan utförde assayer på hela provpanelen samt en kontroll en gång per dag, för totalt två uppsättningar data per dag. Kombinerade från alla ställen presenteras i tabellerna nedan. Prov % Överensstämmelse Ställe 1 Ställe 2 Ställe 3 Genomsn. Ct Total % CV % Överensstämmelse Genomsn. Ct Total % CV % Överensstämmelse Genomsn. Ct Total % CV Total % överensstämmelse 95 % CI HSV-1 svagt 36,0 2,2 36,1 2,6 36,3 2,7 HSV- 1 elstarkt 34,4 1,7 34,8 1,2 34,6 1,9 svagt c NA NA a NA NA 96,7 % (29/30) c NA NA 98,9 % 94,0 till (89/90) c 99,8 % Resultat HSV-1 elstarkt c NA NA 96,7 % (29/30) c NA NA c NA NA 98,9 % 94,0 till (89/90) a 99,8 % Starkt negativ 96,7 % (29/30) a 38,8 0,0 93,3 % (28/30) c 38,7 0,5 90,0 % (27/30) c 38,0 4,1 93,3 % 86,2 till (84/90) c 96,9 % Positiv kontroll 29,9 0,8 30,4 1,3 (29/29) 29,9 2,8 (89/89) Total överensstämmelse 99,4 % (179/180) 98,3 % (177/180) 97,8 % (175/179) 98,5 % (531/539) 97,1 till 99,2 % c) Förväntade för -prover som är svagt a, elstarkt a respektive starkt negativa är negativa för HSV-1.
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 14 Prov HSV-1 Svagt % Överensstämmelse Ställe 1 Ställe 2 Ställe 3 Genomsn. Ct Total % CV d NA NA % Överensstämmelse Genomsn. Ct Total % CV d NA NA % Överensstämmelse Genomsn. Ct Total % CV 96,7 % (29/30) b 41,1 0,0 Total % överensstämmelse 95 % CI 98,9 % 94,0 till (89/90) d 99,8 % HSV- 1 elstarkt d NA NA d NA NA b NA NA d Resultat Svagt elstarkt 37,4 2,9 35,5 1,9 90,0 % (27/30) 37,5 3,5 35,6 2,0 93,3 % (28/30) 37,1 2,8 35,3 1,6 94,4 % (85/90) 87,6 till 97,6 % Starkt negativ 96,7 % (29/30) d 39,5 0,0 86,7 % (26/30) b 38,6 2,9 b NA NA 94,4 % 87,6 till (85/90) d 97,6 % Positiv kontroll 30,2 1,3 30,1 0,6 (29/29) 29,9 1,2 (89/89) Total överensstämmelse 99,4 % (179/180) 96,1 % (173/180) 98,9 % (176/179) 98,0 % (528/539) 96,4 till 98,9 % d) Förväntade för HSV-1-prover som är svagt a, elstarkt a respektive starkt negativa är negativa för.
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 15 Prov % Överensstämmelse Ställe 1 Ställe 2 Ställe 3 Genom sn. Ct Total % CV % Överensstämmelse Genom sn. Ct Total % CV % Överensstämmelse Genom sn. Ct Total % CV Total % överensstämmelse 95 % CI HSV-1 svagt 29,6 0,7 29,8 1,2 29,7 1,0 HSV- 1 elstarkt 29,6 0,8 29,8 1,4 29,7 0,9 svagt 29,6 0,8 29,8 1,2 29,7 1,0 Resultat DNA IC elstarkt 29,5 0,6 29,7 1,4 29,8 1,4 Starkt negativ 29,6 0,6 29,8 1,2 29,7 1,0 Positiv kontroll 29,5 0,5 29,7 1,4 (29/29) 29,7 0,9 (89/89) Total överensstämmelse (180/180) (180/180) (179/179) (539/539) 96,4 % till 98,9 % ANALYSKÄNSLIGHET/DETEKTIONSGRÄNS CSF-prover Detektionsgränsen (LoD, Limit of Detection) fastställdes för Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay hjälp av kvantifierade stamlösningar av HSV-1 och på vilka det gjordes spädningsserier i matriser av negativt, humant CSF. LoD fastställdes vara den lägsta koncentrationen som kan detekteras som > 95 % av tiden. Virusstam LoD-koncentration (TCID 50/ml) Kvalitativa (#Detekterade/#Totalt) Medelvärde Ct ± SD (endast från detekterade replikat) HSV- 1 McIntyre 5 31/32 37,1 ± 1,17 HSV-1 HF 40 31/32 36,9 ± 0,90 G 1,25 31/32 38,3 ± 0,74 MS 20 32/32 37,2 ± 1,03
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 16 ANALYSKÄNSLIGHET/DETEKTIONSGRÄNS Genitala pinnprover Detektionsgränsen (LoD, Limit of Detection) fastställdes för Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay hjälp av kvantifierade stamlösningar av HSV-1 och på vilka det gjordes spädningsserier i matriser av negativt, genitalt pinnprov. LoD fastställdes vara den lägsta koncentrationen som kan detekteras som > 95 % av tiden. Virusstam LoD-koncentration (TCID 50/ml) Kvalitativa (#Detekterade/#Totalt) Medelvärde Ct ± SD (endast från detekterade replikat) HSV- 1 McIntyre 4 32/32 36,4 ± 1,16 HSV-1 HF 160 32/32 35,2 ± 1,03 G 2 32/32 37,5 ± 1,08 MS 10 31/32 37,9 ± 1,15 ANALYSREAKTIVITET/KORSREAKTIVITET Analysreaktivitet CSF-prover Analysreaktiviteten för Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay utvärderades hjälp av olika stammar av HSV-1 som inte användes för att fastställa assayens detektionsgräns (LoD). Inga ytterligare stammar var tillgängliga för. Kvantifierat viralt material tillsattes till negativ CSF hjälp av en enda spädning och assayen kördes triplikat. Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay kunde detektera andra stammar av HSV-1-viruset. Analysreaktivitet ytterligare virusstammar HSV-stam Koncentration vid tillsats [TCID 50/ml] Kvalitativa (#Detekterade/#Totalt) HSV-1 HSV-1 KOS 20 3/3 0/3 20 2/3 0/3 HSV-1 F 40 3/3 0/3 80 3/3 0/3 Analysreaktivitet Genitala pinnprover Analysreaktiviteten för Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay utvärderades hjälp av olika stammar av HSV-1 som inte användes för att fastställa assayens detektionsgräns (LoD). Inga ytterligare stammar var tillgängliga för. Kvantifierat viralt material tillsattes till ett negativ matris av genitalt pinnprov hjälp av enda spädning och assayen kördes triplikat. Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay kunde detektera andra stammar av HSV-1-viruset. Analysreaktivitet ytterligare virusstammar HSV-stam Koncentration vid tillsats [TCID 50/ml] Kvalitativt (#Detekterade/#Totalt) HSV-1 HSV-1 KOS 16 3/3 0/3 HSV-1 F 32 3/3 0/3
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 17 Korsreaktivitet (analysspecificitet) CSF-prover Analysspecificiteten hos assayen Simplexa utvärderades genom att testa förmågan att identifiera uteslutande HSV-1- och -virus utan någon korsreaktivitet organismer som är närbesläktade eller orsakar liknande kliniska symtom eller som kan förekomma i CSF. Femtioen (51) potentiella korsreaktanter tillsattes till negativ CSF och assayen kördes triplikat. Ingen korsreaktivitet observerades. Nr Korsreaktanter Testad koncentration Kvalitativt (#Detekterade/#Totalt) HSV-1 1 Baslinje Ej tillämplig 0/20 0/20 2 Adenovirus (typ 1) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 3 Adenovirus (typ 7A) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 4 BKV 1,00 X 10 5 kopior/ml 0/3 0/3 5 Citrobacter freundii 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 6 Citrobacter koseri 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 7 Cryptococcus neoformans 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 8 Cytomegalovirus (AD169) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 9 Dengue (Typ 1) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 10 Encefalomyokarditvirus 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 11 Enterobacter aerogenes 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 12 Enterovirus 71 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 13 Epstein-Barr-virus (B95-8) 1,00 X 10 5 kopior/ml 0/3 0/3 14 Escherichia coli 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 15 Haemophilus influenza 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 16 Haemophilus influenzae typ b (MinnA) 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 17 Hepatit B 1,00 X 10 5 IU/ml 0/3 0/3 18 Hepatit C 1,00 X 10 5 IU/ml 0/3 0/3 19 HIV1 (typ IIIB) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 20 HIV2 (typ NIHZ) Ej tillgängligt* 0/3 0/3 21 Humant herpesvirus 6 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 22 Humant herpesvirus 7 (Typ SB) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 23 Humant herpesvirus 8 1,00 X 10 5 kopior/ml 0/3 0/3 24 Influenza A/California/7/2009 NYMC x- 179-A 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 25 Influenza B/Florida/02/2006 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 26 JCV (MAD-4) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 27 Klebsiella pneumonia 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 28 La Crosse-encefalit 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 29 Listeria monocytogenes 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 30 Mässling 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 31 Påssjuka 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 32 Mycobacterium tuberculosis (genomiskt DNA) 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 33 Naegleria fowleri 1,00 X 10 4 cells/ml 0/3 0/3 34 Neisseria meningitides (serogrupp A) 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 35 Parainfluensavirus 1 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 36 Parainfluensavirus 2 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 18 Nr Korsreaktanter Testad koncentration Kvalitativt (#Detekterade/#Totalt) HSV-1 37 Parainfluensavirus 3 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 38 Parvovirus B19 1,00 X 10 5 IU/ml 0/3 0/3 39 Poliovirus (Typ 3) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 40 Proteus mirabilis (Z050) 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 41 Pseudomonas aeruginosa 1,00 X 10 6 kopior/ml 0/3 0/3 42 Rabies 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 43 Rhinovirus (Typ 1A) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 44 Rotavirus (Typ Wa) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 45 Rubella 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 46 St. Louis-encefalit 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 47 Staphylococcus aureus KOL 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 48 Streptococcus agalactiae 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 49 Streptococcus pneumoniae Z022; 19F 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 50 Toxoplasma gondii 1,00 X 10 6 takyzoiter/ml 0/3 0/3 51 Varicella zoster-virus 1,00 X 10 5 kopior/ml 0/3 0/3 52 West Nile-virus 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 *Kvantifierat material var ej tillgängligt för testning. Istället tillhandahöll återförsäljaren en odlingsvätska ett känt Ctvärde. Teststället fick instruktioner om att späda stamlösningen till ett relevant Ct-värde; spädningsfaktor 1:200. Korsreaktivitet (analysspecificitet) Genitala pinnprover Analysspecificiteten hos assayen Simplexa utvärderades genom att testa förmågan att identifiera uteslutande HSV-1- och -virus utan någon korsreaktivitet organismer som är närbesläktade eller orsakar liknande kliniska symtom eller som kan förekomma i pinnprover från det genitala området. Trettiosex (36) potentiella korsreaktanter tillsattes till en negativ matris av genitala pinnprov och assayen kördes triplikat. Ingen korsreaktivitet observerades. Nr Potentiella korsreaktanter Testad koncentration Kvalitativt (#Detekterade/#Totalt) HSV-1 1 Ingen (baslinje) Ej tillämplig 0/15 0/15 2 Bacteroides fragilis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 3 Bacteroides ureolyticus** Ej tillämplig Ej tillämplig Ej tillämplig 4 Candida albicans 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 5 Chlamydia trachomatis 1,00 X 10 6 IFU/ml 0/3 0/3 6 Clostridium sordellii 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 7 Corynebacterium genitalium 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 8 Cytomegalovirus, stam AD169 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 9 Enterococcus faecalis vanb 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 10 Enterovirus 71 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/8 1/8 11 Epstein-Barr-virus (B95-8) 1,00 X 10 5 kopior/ml 0/3 0/3 12 Escherichia coli O157H7 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 13 Gardnerella vaginalis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 14 Hepatit B 1,00 X 10 5 IU/ml 0/3 0/3 15 Hepatit C 1,00 X 10 5 IU/ml 0/3 0/3 16 HHV-6 (stam Z29) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 19 Nr Potentiella korsreaktanter Testad koncentration Kvalitativt (#Detekterade/#Totalt) HSV-1 17 HHV-7 SB 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 18 HIV-1 IIIB 1,00 X 10 5 kopior/ml 0/3 0/3 19 HIV-2 NIHZ* Ej tillgänglig 0/3 0/3 20 HPV18 rekombinant 1,00 X 10 5 pfu/ml 0/3 0/3 21 Lactobacillus acidophilus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 22 Mobiluncus mulieris 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 23 Mycoplasma genitalium** Ej tillämplig Ej tillämplig Ej tillämplig 24 Mycoplasma hominis 1,00 X 10 6 CCU/ml 0/3 0/3 25 Neisseria gonorrhoeae 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 26 Proteus vulgaris 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 27 Rubella 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 0/3 0/3 28 Staphylococcus aureus (MRSA), ATCC 700699 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 29 Staphylococcus epidermidis (MRSE), ATCC 29887 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 30 Staphylococcus saprophyticus 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 31 Streptococcus mitis 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 32 Streptococcus pyogenes, M1 1,00 X 10 6 cfu/ml 0/3 0/3 33 Toxoplasma gondii 1,00 X 10 6 takyzoiter/ml 0/3 0/3 34 Treponema pallidum** Ej tillämplig Ej tillämplig Ej tillämplig 35 Trichomonas vaginalis 1,00 X 10 6 trofozoiter/ml 0/3 0/3 36 Ureaplasma urealyticum 1,00 X 10 6 CCU/ml 0/3 0/3 37 VZV 1,00 X 10 5 kopior/ml 0/3 0/3 *Kvantifierat material var ej tillgängligt för testning. Istället tillhandahöll återförsäljaren en odlingsvätska ett känt Ct-värde. Teststället fick instruktioner om att späda stamlösningen till ett relevant Ct-värde; spädningsfaktor 1:50. **Mikroorganismen var ej tillgänglig för testning. Därför utfördes analys in-silico NCBI BLAST och ingen korsreaktivitet kunde hittas. INTERFERENS CSF-prover Prestandan för Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay utvärderades potentiellt interfererande ämnen som kan förekomma i CSF-prover i de koncentrationer som anges nedan. Sammanlagt sju (7) potentiellt interfererande ämnen testades i ett svagt t HSV-1- och -prov (4 gånger LoD) i CSF-matris och assayen kördes triplikat. Ingen interferens observerades. Potentiella interferenter Interferentens koncentration Kvalitativt (#detekterade/#totalt) HSV-1 DNA IC Albumin (protein) 10 mg/ml 3/3 3/3 3/3 Kasein (protein) 10 mg/ml 3/3 3/3 3/3 Hemoglobin 0,625 mg/ml 3/3 3/3 3/3 Vita blodkroppar 5,5 x 10 8 WBC/ml 3/3 3/3 3/3 Antiviralt läkeel (aciklovir) 2,5 mg/ml 3/3 3/3 3/3 Lokalt antiseptikum (Betadine) 5 % (v/v) 3/3 3/3 3/3 Helt blod 10 % (v/v) 3/3 3/3 3/3
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 20 INTERFERENS Genitala pinnprover Prestandan för Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay utvärderades potentiellt interfererande ämnen som kan förekomma i pinnprover från genitala områden i de koncentrationer som anges nedan. Sammanlagt fem (5) potentiellt interfererande ämnen testades i ett svagt t HSV-1- och -prov (4 gånger LoD) i en negativ matris av genitala pinnprover och assayen kördes triplikat. Ingen interferens observerades. Potentiella interferenter Interferentens koncentration # detekterade/# totalt HSV-1 IC Albumin 10 mg/ml 3/3 3/3 3/3 Kasein 10 mg/ml 3/3 3/3 3/3 Helt blod 10 % (v/v) 3/3 3/3 3/3 Urin 10 % (v/v) 3/3 3/3 3/3 KY Jelly (glidel) 5 % v/v 3/3 3/3 3/3 KOMPETITIV INTERFERENS CSF-prover Kompetitiv interferens studerades för att utvärdera effekterna av kliniskt relevanta saminfektioner varje analyt som s av Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay. Med studien utvärderades om en hög koncentration av ett virus i provet potentiellt kunde påverka prestandan hos Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay vad gäller andra mål som förekommer i låga nivåer. Man blandade till ett lågt prov på ungefär 4 gånger LoD för varje mål (stammen HSV-1 McIntyre och stammen G) och en baslinje för Ct fastställdes för varje prov. Varje potentiellt, samtidigt infekterande virus tillsattes till provet låg nivå och assayen kördes triplikat. Kompetitiv interferens observerades i prover mycket hög koncentration av HSV-1-virus och en låg koncentration av -virus. Resultaten för baslinjeproven visas också nedan. Baslinje (Låg koncentration) Kompetitiv interferent (Hög koncentration) Kvalitativa (#detekterade/#totalt) Stam Koncentration [TCID 50/ml] Stam Koncentration [TCID 50/ml] HSV-1 HSV-1 McIntyre 20 - - 5/5 0/5 HSV-1 McIntyre 20 G 10 000 3/3 3/3 G 5 - - 0/5 5/5 G 5 HSV-1 McIntyre 20 000 8/8 1/8 G 5 HSV-1 McIntyre 10 000 8/8 6/8 G 5 HSV-1 McIntyre 5 000 3/3 3/3
Simplexa HSV 1 & 2 Direct kit, Sidan 21 KOMPETITIV INTERFERENS Genitala pinnprover Kompetitiv interferens studerades för att utvärdera effekterna av kliniskt relevanta saminfektioner varje analyt som s av Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay. Med studien utvärderades om en hög koncentration av ett virus i provet potentiellt kunde påverka prestandan hos Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay vad gäller andra mål som förekommer i låga nivåer. Man blandade till ett lågt prov på ungefär 4 gånger LoD för varje mål (stammen HSV-1 McIntyre och stammen G) och en baslinje för Ct fastställdes för varje prov. Varje potentiellt, samtidigt infekterande virus tillsattes till provet låg nivå och assayen kördes triplikat. Resultaten för baslinjeproven visas också nedan. Stam Baslinje (låg nivå) Koncentration (TCID 50/ml) Kompetitiv interferent (Hög koncentration) Koncentration Stam (TCID 50/ml) Kvalitativa (#Detekterade/#Totalt) HSV-1 HSV1 McIntyre 16 HSV2 G 0 5/5 0/5 HSV1 McIntyre 16 HSV2 G 1,00 X 10 6 3/3 3/3 HSV2 G 8 HSV1 McIntyre 0 0/5 5/5 HSV2 G 8 HSV1 McIntyre 1,71 X 10 3 3/3 3/3 HÄMNING AV ANDRA MIKROORGANISMER CSF-prover Simplexa HSV 1 & 2 Direct assay utvärderades genom att testa förmågan att identifiera HSV-1- och -virus när andra potentiellt hämmande organismer är närvarande. En panel av femtioen (51) potentiellt hämmande organismer tillsattes individuellt i en pool låg koncentration (ungefär 4 gånger LoD) av HSV-1 och i CSF. Varje prov av mikroorganismer testades först i triplikat och om något av triplikaten fick Ej, för antingen HSV-1- eller -målen, testades ytterligare fem replikat för att bekräfta om någon hämning orsakades av mikroorganismen. Om majoriteten (>4/8) av replikaten fick Ej kunde man fastställa att det fanns en hämmande effekt. Ingen av mikroorganismerna orsakade >4/8 av replikaten att få Ej. 1/8 replikat av JCV (MAD-4) och rabies fick Ej för och 2/8 replikat av Dengue (Typ 1) fick Ej Detekterat för. Ingen hämning av andra organismer observerades, varken för HSV-1 eller. Nr Mikroorganism Testad koncentration Kvalitativt (#detekterade/#totalt) HSV-1 1 Baslinje Ej tillämplig 20/20 20/20 2 Adenovirus (typ 1) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 3/3 3/3 3 Adenovirus (typ 7A) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 3/3 3/3 4 BKV 1,00 X 10 5 kopior/ml 3/3 3/3 5 Citrobacter freundii 1,00 X 10 6 cfu/ml 3/3 3/3 6 Citrobacter koseri 1,00 X 10 6 cfu/ml 3/3 3/3 7 Cryptococcus neoformans 1,00 X 10 6 cfu/ml 3/3 3/3 8 Cytomegalovirus (AD169) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 3/3 3/3 9 Dengue (Typ 1) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 8/8 **6/8 10 Encefalomyokarditvirus 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 3/3 3/3 11 Enterobacter aerogenes 1,00 X 10 6 cfu/ml 3/3 3/3 12 Enterovirus 71 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 3/3 3/3 13 Epstein-Barr-virus (B95-8) 1,00 X 10 5 kopior/ml 3/3 3/3 14 Escherichia coli 1,00 X 10 6 cfu/ml 3/3 3/3 15 Haemophilus influenzae 1,00 X 10 6 cfu/ml 3/3 3/3 16 Haemophilus influenzae typ b (MinnA) 1,00 X 10 6 cfu/ml 3/3 3/3 17 Hepatit B 1,00 X 10 5 IU/ml 3/3 3/3 18 Hepatit C 1,00 X 10 5 IU/ml 3/3 3/3 19 HIV1 (typ IIIB) 1,00 X 10 5 TCID 50/ml 3/3 3/3