Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Gör vi rätt? Camilla Valtonen-André Tisdagen den 10 nov 2015
Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Nomenklatur vad är det? Vad är rätt nomenklatur? Guidelines Varför är det viktigt med standardiserad nomenklatur? Exempel 2
Nomenklatur (DNA) vad är det? Standardiserad benämning av våra fynd Så enkel som möjligt och otvetydig! Alla skall göra lika 3 000 000 000 baspar Ca 25 000 gener 3
Nomenklatur genom hela kedjan! ÖVERGRIPANDE KVALITETSPARAMETRAR Ex. NPU-koder, gemensamma riktlinjer för nomenklatur, enhetliga enhetssystem osv PREANALYS ANALYS POSTANALYS ANALYS SVAR BESTÄLLARE OCH LAB LAB LAB SVARSMOTTAGARE Provtagningsanvisning Provhantering Logistik och beställningsrutiner Remissuppgifter (anamnes) Nomenklatur NPU-kod Externkontroller Equalis kontrollprogram Internkontroller Metodbeskrivning och övrig kvalitetsdokumentation Nomenklatur Spårbarhet Svar som följer internationella guidelines Svarslogistik Kompetensutveckling Nomenklatur IT-system för kvalitativa svar och textsvar Uppfattar beställaren svaret rätt? NPU-koder IT-system för kvalitativa svar och textsvar Nomenklatur NPU-kod IT-system Ex. Swedac, annan extern granskning GRANSKNING AV VERKSAMHETEN 4
Nomenklatur vad vill vi beskriva? 5 Art Vilken gen? Vilken isoform? Vilken referenssekvens? NP_000121.2 (protein) NM_000130.4 (coding DNA) NG_011806.1 (genomisk sekvens) Vilken allel? Var i genen? Vilka basförändring ex A>G? Vilken typ av förändring? Deletion? Insertion? Heterozygot eller homozygot?
HGVS - Human Genome Variation Society http://www.hgvs.org/ 6
HGVS - Human Genome Variation Society http://www.hgvs.org/ Members of the Society have formulated Guidelines & Recommendations on a number of topics, but especiailly for nomenclature of gene variations and guidelines on variation databases 7
Guidelines 8 Innehåll, nomenklatur och dispositionen i det genetiska svaret bör i görligaste mån styras av rådande guidelines Tre exempel på nationella och internationella guidelines Best practice guidelines on reporting in molecular genetic diagnostic laboratories in Switzerland 2003 (http://www.sgmg.ch/user_files/images/sgmg_repo rting_guidelines.pdf). OECD guidelines for quality assuarance in molecular genetic testing 2007 (http://www.oecd.org/science/biotech/38839788.pdf) Riktlinjer för kvalitetssäkring i klinisk genetisk verksamhet, Svensk förening för klinisk genetik 2011-01-27
Nomenklatur vad beskriver HGVS? Beskriver DNA RNA Protein 9
Nomenklatur (DNA) hur vill HGVS ha det? Mutationer i HBB-genen NM_000518.4 * 1. Heterozygot-exempel 1 SNP NM_000518:c.[1A>G];[=] NP_000509.1:p.[Met1Val];[=] 2. Homozygot-exempel 1 SNP NM_000518:c.[1A>G];[1A>G] 3. Heterozygot-exempel 2 SNP på samma allel NM_000518:c.[1A>G;2T>C];[=] 4. Heterozygot-exempel 1 bp del NM_000518:c.[1delA];[=] 5. Heterozygot-exempel 1 bp del 5 UTR NM_000518:c.[-1delC;[=] 6. Heterozygot-exempel 1 SNP 3 UTR NM_000518:c.[*1G>C];[=] Vilken gen? Vilken isoform? Vilken referenssekvens? NP_000509.1 (protein) NM_000518.4 (coding DNA) NG_000007.3 (genomisk sekvens) Vilken allel? Var i genen? Vilka basförändring ex A>G? Vilken typ av förändring? Deletion? Insertion? Heterozygot eller homozygot? 10 7. Heterozygot-exempel 1 SNP intron2 NM_000518:c.[316-1G>C];[=]
Exempel på behovet av standardisering F5 Remissförfrågan! APC-resistens? Faktor-V-Leiden-mutationen? DNA-FV? Faktor V 1691G>A? Arg506Gln? c.1691g>a, finns inte i denna refseq, (A i exon 11) Protein Gen Spårbarhet? Referenssekvens HGVS Faktor V F 5 c.1691g>a p.arg506gln Ej HGVS! Oklart vilken refseq denna numrering är baserad på?? HGVS c.1601g>a NM_000130.4 NM_000130.4:c.[1601G>A];[=] g.41721g>a NG_011806.1 NG_011806.1:g.[41721G>A];[=] 11 p.arg534gln NP_000121.2 NP_000121.2:p.[Arg534Gln];[=]
Exempel på behovet av standardisering F2 Remissförfrågan! Protrombingen-mutationen? DNA-FII? Faktor II c.20210g>a? c.20210g>a, finns inte i dessa refseq Två isoformer NM_000506.3 samt NM_001311257.1 Protein Gen Spårbarhet? Referenssekvens HGVS Faktor II F 2 c.20210g>a Ej HVGS! Oklart vilken refseq denna numrering är baserad på?? HGVS c.*97g>a NM_000506.3 NM_000506.3:c.[*97G>A];[=] 12 g.25313g>a NG_008953.1 NG_008953.1:g.[25313G>A];[=] NP_000497.1 _
Isoform - varför är det viktigt? Samma gen kan tex ha olika långa exon i de olika isoformerna. Påverkar c-nomenklaturen Olika isoformer i olika organ Ex MODY1 (HNF4A-genen) Olika former i pancreas och lever Pancreas-formen viktigt vid dibetesdiagnostik Förskjuter aminosyranumreringen 22 nummer. Fel i rapportering Fel om man letar i litteratur och databaser 13
VAD SVARAR VI? Väljer vi rätt nomenklatur? Enkel anlagsbärare för APC-resistens eller NM_000130.4:c.[1601G>A];[=] Alla lab gör nog lite fel Vi känner inte till HGVS Pedagogiska skäl - klinikerna skall känna igen sig IT-mässiga skäl - våra eller beställarens IT-system stödjer inte nomenklaturen 14
Hur arbetar vi vidare? Kontinuerligt kvalitetsarbete gällande standardisering av nomenklatur! Lokalt Nationellt Internationellt 15