Familjär erytrocytos 4 BCKDHA MSUD EPOR Familjär erytrocytos 1 BCKDHB MSUD ETFA Multipel acyl-coa dehydrogenasbrist

Relevanta dokument
NGS-panel ärftliga förändringar

Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys

UTREDNING AV NEUROMETABOLA SJUKDOMAR

Sjukvårdsperspektivet

Munhälsa och orofacial funktion hos personer med. Rapport från observationsschema. Leukodystrofier

Formulär för informerat samtycke (ICF) för utförande av biokemiska och/eller genetiska analyser av lysosomala lagringssjukdomar

Cystnjursjukdomar och genetik. Carina Frykholm Klinisk genetik Akademiska sjukhuset, Uppsala

Mitokondriella sjukdomar. Gittan Kollberg Avd för klinisk kemi Sahlgrenska Sjukhuset Göteborg

Delprov 3 Vetenskaplig artikel

Järnbestämning med MRT. 21 J Järnbestämning med MRT Röntgenveckan Karlstad Magnus Tengvar Karolinska Solna Centrala Röntgen

Kan man verkligen ha så många röda? Om erytrocytos hos barn. Stefan Jacobsson Hematologiansvarig överläkare Sahlgrenska Universitetssjukhuset

Screening för medfödda sjukdomar hos nyfödda barn. Indikatorer och bakgrundsmått Bilaga

Neonatal screening igår, idag, imorgon

Mitokondrier tillverkar ATP - adenosintrifosfat

Erytrocytenzymsjukdomar. Stefan Jacobsson Överläkare hematologisk diagnostik Sahlgrenska Universitetssjukhuset

Regionala riktlinjer för utredning av patienter med misstänkt ärftlig demens

Göran Solders Karolinska Universitetssjukhuset. Mitokondriella sjukdomar. Behandling

Hemoglobinutredningar på Karolinska. Christin Sisowath Sjukhuskemist Karolinska Universitetslaboratoriet, Klinisk kemi

Orsaker till hörselnedsättning hos barn. Radi Jönsson Överläkare ÖNH/Mottagningen för audiologi SU

Onkogenetisk regionmottagning i Linköping. Marie Stenmark Askmalm Sigrun Liedgren Lilianne Ferraud Madelene Jansson Ann-Charlotte Isaksson

Finns det en korrelation mellan hypotyreos och biokemi? Gay J. Canaris, MD John F. Steiner Chester E. Ridgeway J Gen Intern Med 1997;12:

Klinisk genetik en introduktion

Vad är Fabrys sjukdom? Information om Fabrys sjukdom

Demenssjukdomar och ärftlighet

Hemoglobinsjukdomar. Innehåll. R Zenlander & S Saltvedt


BDD-studien. när forskning blir klinisk rutin. ANDIS-dagen 22 mars Annelie Carlsson

Registret för medfödda metabola sjukdomar RMMS RMMS Årsrapport (12) Innehållsförteckning

Årsrapport Registret för medfödda metabola sjukdomar, RMMS

Hereditär nefrit Alport syndrom

Arytmogen högerkammarkardiomyopati

Registret för medfödda metabola sjukdomar RMMS RMMS Årsrapport 2 (12) Innehållsförteckning

Information och samtyckesformulär inför genomisk utredning av ovanliga sjukdomar och syndrom med metoderna genomisk array och exomanalys

Tiamin (B1) & Biotin (B7) Viktiga Ko-faktorer!

YRSEL. yrsel. Balanssystemet Orsaker diagnostik handläggning Patientfall. Neurologens perspektiv

Genomic Era. Vad är autism? Tvillingstudier. Genetiska Riskfaktorer för neuropsykiatriska funktionshinder

TNM-klassifikation och stadieindelning

Nyföddhetsscreening med PKU provet

Lever: Handläggningsrutin hereditär hemokromatos

Kongenitala muskeldystrofier Rapport från observationsschema

Blödningstillstånd i neonatalperioden. Rolf Ljung Barn- och Ungdomscentrum, U-MAS, Malmö

Regionala riktlinjer för utredning av patienter med misstänkt ärftlig demens i Region Skåne

Munhälsa och orofacial funktion hos personer med. Rapport från frågeformulär. Mukopolysackaridoser (MPS)

Utredningsfall Sjukhistoria/Frågeställning

Ehler Danlos syndrom (EDS)

Neonatal Trombocytopeni

Registret för medfödda metabola sjukdomar RMMS RMMS Årsrapport 2 (14) Innehållsförteckning

Next Generation Sequencing. Anna Gréen, Klinisk Genetik, Linköping

DNA sekvensning Primär Immunbrist Genetik till varje pris?

Endoskopi: Ärftlig kolorektal cancer

Översikt metabolismen

Screening för 24 medfödda sjukdomar hos nyfödda barn. Vetenskapligt underlag Bilaga

Registret för medfödda metabola sjukdomar RMMS RMMS Årsrapport 2 (11) Innehållsförteckning

Sanfilippos syndrom Rapport från observationsschema

BARNBLADET Nr 1 Volym X L V februari 2019

Remiss avseende förslag till föreskrifter om undantag från kravet på tillstånd till genetisk undersökning vid allmän hälsoundersökning och

Hemoglobinsjukdomar. Britta Landin & Sissel Saltvedt

Munhälsa och orofacial funktion hos personer med. Rapport från frågeformulär. Dystrofia myotonika. Synonym: Steinerts sjukdom.

Familjär hyperkolesterolemi

Leverns Struktur. Leverlobulus. Portatrakt. Centralven. V. Porta tillför Näringsämnen Hormoner. A.hepatica Tillför O 2.

Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Gör vi rätt?

PRAC:s rekommendationer om signaler för uppdatering av produktinformationen

Mitokondriell sjukdom Rapport från observationsschema

Genetisk testning av medicinska skäl

Genetik vid polyneuropatier. Christina Jern

Medicinsk genetik del 2: Uppkomst och nedärvning av genetiska sjukdomar. Niklas Dahrén

Familjär hyperkolesterolemi -från 0 till 80 på 10 år

Tentamen i Biokemi 2, 7 juni Hur samverkar katabolismen och anabolismen i en cell? Vad överförs mellan dessa processer?

Munhälsa och orofacial funktion hos personer med. Rapport från frågeformulär. Sallas sjukdom

Framsteg om lysosomala sjukdomar ger hopp om bot och bättring

Anemier. Feb 2016 Kristina Wallman

Fakta om tuberös skleros (TSC)

Mukopolysackaridoser (MPS) Rapport från observationsschema

Munhälsa och orofacial funktion hos personer med

Munhälsa och orofacial funktion hos personer med. Rapport från frågeformulär. Mitokondriell sjukdom

Handläggning av lindrigt sjuka patienter med misstänkt influensasjukdom

Citronsyracykelns reaktioner sker i mitokondriematrix. Mitokondrierna kan sägas vara cellens kraftstationer p g a den stora produktionen av ATP.

Har ni frågor om detta är ni välkomna att kontakta: Ingrid Lidström, telefon alternativt

NATIONELLT CORE CURRICULUM i NEUROLOGI Kunskaper, färdigheter och förhållningssätt efter genomgången grundutbildning i läkarprogrammet

DNA HFE genotyp,taqman alleldiskriminering, Malmö

DUGGA 1. i patologi. för medicine studenter 18/3 2005

Situationen för yngre med demenssjukdom på Åland 2015 & Huntingtons sjukdom - en översikt

Munhälsa och orofacial funktion hos personer med. Rapport från frågeformulär. Spinal muskelatrofi

Anemi i ett kliniskt perspektiv. Stefan Lindgren, Gastrokliniken, SUS Malmö

Myoeloproliferativa sjukdomar - Medicinkliniken Ljungby

Ögonmusklerna: Aldrig trötta och sällan sjuka

Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar. Kerstin Lindblad-Toh

F-Hb och markörer vid anemidiagnostik

Frågelåda för pilotskrivning RDK fortbildningsdagar 2010

Utvecklingskraft Cancer

Metabola sjukdomar på barnklinik. Erik Eklund ST-läkare i pediatrik, SUS, Lund Docent i experimentell pediatrik, LU

Fragil X. Genetik, diagnostik och symptom. A marker X chromosome Am J Hum Genet May;21(3): Fragilt X - Historik. Förekomst av fragilt X

Screening för 24 medfödda sjukdomar hos nyfödda barn. Rekommendation och bedömningsunderlag Remissversion

Proteinersättningar vid medfödda metabola sjukdomar

Screening för 24 medfödda sjukdomar hos nyfödda barn. Rekommendation och bedömningsunderlag

Lathund för handläggning av malignt melanom/dysplastisk naevus i Uppsala-Örebroregionen reviderad

Häftet är översatt och tryckt med finansiellt stöd från Sanofi Genzyme Sverige. Grafisk design: Byråservice AS. Box 30052, Stockholm

OFFENTLIG SAMMANFATTNING AV RISKHANTERINGSPLANEN

Vilka är de vanligaste demenssjukdomarna och hur skiljer man dem åt?

Transkript:

NGS-panel ärftliga förändringar Analysen utförs med nya generationens sekvenseringsteknik, next generation sequencing (NGS). Analysen utförs med avseende på genetiska förändringar associerade med ärftliga tillstånd inom områdena metabola sjukdomar (lysosomala, peroxisomala, pyruvatdehydrogenas-brist och riboflavinsvarande sjukdomar), Wilson/kopparmetabolism, hemokromatos, familjära erytrocytosersamt erytrocytenzymdefekter. Indikation för analysen: Stark misstanke om sjukdom orsakad av genetisk förändring i någon av de ingående generna. Sådan misstanke kan vara baserad på klinisk misstanke och/eller tidigare utredning med biokemiska analyser. Analys kan utföras på flera eller enskilda gener och baseras på frågeställningen. Anlagsbärarskap i ingående gener kan analyseras i vissa fall, efter kontakt med laboratoriet. Gen Sjukdom Gen Sjukdom ABCD1 Adrenoleukodystrofi BLOC1S3 Hermansky-Pudlak syndrom typ 8 Erytrocytos orsakad av BPGM ABCD3 Kongenital gallsyrasyntes defekt bisfosfoglyceratmutasbrist ABCD4 Cbl-J BTD Biotinidas-brist ACADM MCAD-brist CAT Acatalasemia ACADVL VLCAD-brist CBS Homocystinuri ACAT1 Beta-ketothiolas-brist CLN3 Ceroidlipofuscinos typ 3 ACBD5 Defect in VLCFA metabolism CLN5 Ceroidlipofuscinos typ 5 ACOX1 Peroxisomal acyl-coa oxidasbrist CLN6 Ceroidlipofuscinos typ 6 / 4A ADA SCID orsakad av ADA-brist CLN8 Ceroidlipofuscinos typ 8 AGA Aspartylglukosaminuri CP Aceruloplasminemia AGPS Rhizomel kondrodysplasi typ 3 CPS1 CPS-brist AGXT Hyperoxaluri typ 1 CPT1A CPT1-brist AK1 Adenylatkinasbrist CPT2 CPT2-brist ALDOA Aldolas A CTNS Cystinos ALDOB Hereditär fruktosintolerans CTSA Galaktosialidos AMACR Alfa-metylacyl-CoA racemasbrist CTSD Ceroidlipofuscinos typ 10 AP3B1 Hermansky-Pudlak syndrom typ 2 CTSF Ceroidlipofuscinos typ 13 APOA5 Hereditär dyslipidemi CTSK Pyknodysostos APOC2 Hereditär dyslipidemi CYP27A1 Cerebrotendinös xantomatos ARG1 Arginas-brist DBT MSUD ARSA Metakromatisk leukodystrofi DHCR7 Smith-Lemli-Opitz syndrom ARSB Mukopolysackaridos typ VI DLAT Pyruvatdehydrogenas-komplex-brist ASAH1 Mb Farber DLD subenhet pyruvatdehydrogenas ASL ASL-brist DNAJC5 Ceroidlipofuscinos typ 4B ASS1 Citrullinemi typ I DNM1L Dynamin-like protein 1 deficiency ATP13A2 Ceroidlipofuscinos typ 12 DTNBP1 Hermansky-Pudlak syndrom typ 7 ATP7A Menkes sjukdom ECHS1 Sekundär PDH-brist ATP7B Mb Wilson EGLN1 Familjär erytrocytos 3 Bile acid CoA: Amino acid N-acetyltransferase EPAS1 BAAT deficiency Familjär erytrocytos 4 BCKDHA MSUD EPOR Familjär erytrocytos 1 BCKDHB MSUD ETFA Multipel acyl-coa dehydrogenasbrist ID: LMBM100932, Version; 1.0, Publiceringsdatum: 2018-10-10, Sida 1 (7)

Gen Sjukdom Gen Sjukdom ETFB Multipel acyl-coa dehydrogenasbrist IDS Mukopolysackaridos typ II ETFDH Multipel acyl-coa dehydrogenasbrist IDUA Mukopolysackaridos typ I FAH Tyrosinemi typ I IVD Isovaleriansyremi FAR1 RCDP (Rhizomelic chondrodysplasia punctata type?) KCTD7 Ceroidlipofuscinos typ 14 FBP1 Fruktos 1,6-bisfosfatas-brist LAMP2 Mb Danon FLAD1 Riboflavin metabolic pathway/fad Synthetase LIAS Pyruvatdehydrogenas-komplex-brist FUCA1 Fukosidos LIPA Mb Wolman G6PD Glukos-6-fosfat-dehydrogenasbrist LMBRD1 Cbl-F GAA Mb Pompe LMF1 Hereditär dyslipidemi GALC Mb Krabbe LPL Hereditär dyslipidemi GALNS Mukopolysackaridos typ IVa MAN2B1 α-mannosidos GBA Mb Gaucher MANBA β-mannosidos GCDH Glutarsyrauri typ I MCOLN1 Mucolipidos typ IV GCH1 Hyperfenylalaninemi (HPA) MFF Peroxisomal fission GK Glycerolkinas-brist MFSD8 Ceroidlipofuscinos typ 7 GLA Mb Fabry MMAA Cbl-A GLB1 GM1 gangliosidos, Mukopolysackaridos typ IVb MMAB Cbl-B GM2-gangliosidos, AB variant (Activator protein GM2A MMACHC deficiency) Cbl-C GNE Sialuri MMADHC Cbl-D GNPAT Rhizomel kondrodysplasi typ 2 MTHFR MTHFR-brist GNPTAB Mukolipidos typ II/III MTR Cbl-G GNPTG Mukolipidos typ IIIc MUT Metymalonsyremi GNS Mukopolysackaridos typ IIId MVK Mevalonatkinas-brist GPI Glukos-6-fosfatisomerasbrist NAGA Mb Schindler GPIHBP1 Hereditär dyslipidemi NAGLU Mukopolysackaridos typ IIIb GRN Ceroidlipofuscinos typ 11 NAGS NAGS-brist GSR Glutationreduktasbrist NEU1 Sialidos GSS Glutationsyntetasbrist NPC1 Niemann-Pick C1 GUSB Mukopolysackaridos typ VII NPC2 Niemann-Pick C2 HADHA LCHAD-brist NT5C3A P5N Pyrimidin 5'-nukleotidas HADHB TFP-brist OTC OTC-brist HAMP Hemokromatos typ 2B PAH Hyperfenylalaninemi (HPA) HEXA Mb Tay-Sachs PCBD1 Hyperfenylalaninemi (HPA) HEXB Mb Sandhoff PCCA Propionsyremi HFE Hemokromatos typ 1 / Hereditär hemokromatos PCCB Propionsyremi HFE2 Hemokromatos typ 2A / Juvenil hemokromatos PDHA1 Pyruvatdehydrogenas-komplex-brist HGSNAT Mukopolysackaridos typ IIIc PDHB Pyruvatdehydrogenas-komplex-brist HIBCH Sekundär PDH-brist PDHX Pyruvatdehydrogenas-komplex-brist HK1 Hexokinasbrist PDP1 Pyruvatdehydrogenas-komplex-brist HPS1 Hermansky-Pudlak syndrom typ 1 PEX1 Peroxisomal biogenesstörning HPS3 Hermansky-Pudlak syndrom typ 3 PEX10 Peroxisomal biogenesstörning HPS4 Hermansky-Pudlak syndrom typ 4 PEX11B Peroxisomal biogenesstörning HPS5 Hermansky-Pudlak syndrom typ 5 PEX12 Peroxisomal biogenesstörning HPS6 Hermansky-Pudlak syndrom typ 6 PEX13 Peroxisomal biogenesstörning HSD17B4 D-bifunktionell proteinbrist PEX14 Peroxisomal biogenesstörning ID: LMBM100932, Version; 1.0, Publiceringsdatum: 2018-10-10, Sida 2 (7)

Gen Sjukdom Gen Sjukdom PEX19 Peroxisomal biogenesstörning SGSH Mukopolysackaridos typ IIIa PEX2 Peroxisomal biogenesstörning SLC17A5 Mb Salla PEX26 Peroxisomal biogenesstörning SLC22A5 CUD PEX3 Peroxisomal biogenesstörning SLC25A13 Citrullinemi typ II PEX5 Peroxisomal biogenesstörning SLC25A20 CACT-brist PEX6 Peroxisomal biogenesstörning SLC25A32 mitokondriell riboflavintransportör PEX7 Peroxisomal biogenesstörning SLC40A1 Hemokromatos typ 4 PFKL Fosfofruktokinasbrist SLC52A1 Riboflavinbrist PFKM Fosfofruktokinasbrist SLC52A2 Brown-Vialetto-Van Laere syndrom 2 PGK1 Fosfoglyceratkinasbrist SLC52A3 Brown-Vialetto-Van Laere syndrom 1 PHYH Refsums sjukdom SMPD1 Niemann-Pick A / B PKLR Pyruvatkinasbrist SUMF1 Multipel Sulfatasbrist PPT1 Ceroidlipofuscinos typ 1 TFR2 Hemokromatos typ 3 PSAP Saposinbrist TMPRSS6 IRIDA (järnresistent järnbrist-anemi) PTS Hyperfenylalaninemi (HPA) TPI1 Triosfosfatisomerasbrist QDPR Hyperfenylalaninemi (HPA) TPP1 Ceroidlipofuscinos typ 2 RFK Riboflavin kinas TRIM37 Mulibrey nanism SCARB2 LIMP2 deficiency UGT1A1 Gilberts sjukdom / Crigler-Najjars syndrom SCP2 Sterol-carrier-protein X deficiency VHL Familjär erytrocytos 2 HYAL1 Hyaluronidasbrist PEX16 Peroxisomal biogenesstörning Remiss Metabola sjukdomar: Remiss 8 Neurometabola sjukdomar Hematologiska sjukdomar: Remiss 4 Hematologi Medicinsk information metabola sjukdomar Lysosomala sjukdomar Analysen görs som led i utredning av medfödda lysosomala sjukdomar som beror på olika ärftliga förändringar i den lysosomala funktionen. De lysosomala sjukdomarna indelas i olika grupper baserad på typ av ansamlad substans (Lipidoser, Mukopolysackaridoser, Glykoproteinoser, Neuronal ceroidlipofuscinoser, Multipla enzymdefekter och Transportdefekter). Ett drygt 50-tal lysosomala sjukdomar är idag kända. De flesta är orsakade av förändringar i något enzymprotein, alternativt frånvaro av någon co-faktor eller förändrad lysosomal membranfunktion. De beskrivna förändringarna leder till upplagring av icke nedbrytbara naturligt förekommande substanser i organ och utsöndring i kroppsvätskor, vilket i sin tur leder till fortskridande fysiska och/eller intellektuella försämringar. Analys kan utföras av enskild gen i gruppen om mycket stark klinisk/biokemisk misstanke Följande gener ingår i analyspanelen: AGA, AP3B1, ARSA, ARSB, ASAH1, ATP13A2, BLOC1S3, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CTNS, CTSA, CTSD, CTSF, CTSK, DNAJC5, DTNBP1, FUCA1, GAA, GALC, GALNS, GBA, GLA, GLB1, GNE, GNPTAB, GNPTG, GRN, GNS, GUSB, HEXA, HEXB, HGSNAT, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, HYAL1, IDS, IDUA, KCTD7, LAMP2, LIPA, MAN2B1, MANBA, MCOLN1, MFSD8, NAGA, NAGLU, NEU1, NPC1, NPC2, PPT1, PSAP, SGSH, SLC17A5, SMPD1, SUMF1, TPP1. ID: LMBM100932, Version; 1.0, Publiceringsdatum: 2018-10-10, Sida 3 (7)

Peroxisomala sjukdomar Analysen görs som led i utredning av medfödda peroxisomala sjukdomar. Idag är ca 20 sjukdomar kända, som beror på störningar i den peroxisomala funktionen. Peroxisomala sjukdomar kan indelas i två undergrupper; 1. Peroxisomal biogenesstörning (PBD) 2. Isolerad peroxisomal enzymdefekt. Peroxisomal biogenesstörning orsakas av ärftliga förändringar i olika PEX-gener som i sin tur kodar för komponenter som medverkar vid proteinimport över det peroxisomala membranet. Den mest uttalade fenotypen inom denna grupp är klassisk Mb Zellweger. Inom gruppen isolerade peroxisomala enzymdefekter ingår Adrenoleukodystrofi/adrenomyeloneuropati (ALD/AMN), som är den vanligaste peroxisomala sjukdomen (2-5 per 100000 födda pojkar). Analys kan utföras av enskild gen i gruppen om mycket stark klinisk/biokemisk misstanke Följande gener ingår i analyspanelen: ABCD1, ACOX1, AGPS, AGXT, AMACR, BAAT, CAT, DNM1L, GNPAT, HSD17B4, MVK, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PHYH, TRIM37. Neurometabolasjukdomar Analysen görs som led i utredning av medfödda neurometabolasjukdomar(i första hand med peroxisomaleller lysosomal dysfunktion).utöver gener kopplade till lysosomala och peroxisomala sjukdomar (för medicinsk bakgrund se information ovan), innehåller panelen gener associerade med defekter i kolesterolmetabolism(smith-lemli-opitz (SLO) samt Cerebrotendinös Xantomatos (CTX)). SLO orsakas av brist på enzymet 7- dehydrokolesterolreduktas som omvandlar 7-dehydrokolesterol till kolesterol. Kliniskt har Smith- Lemli-Opitz sjukdom indelats i två former, en försvagad med långsammare förlopp (typ I) och en snabb under neonatalperioden letal form med allvarliga multipla missbildningar (typ II). Vanligt förekommande är syndaktyli mellan 2:a och 3:e tån. CTX orsakas av brist på enzymet sterol-27- hydroxylas och därmed en sekundär ackumulering av kolestanol. Bristen av enzymet leder till ackumulering av steroler i xantom i olika senor samt lunga, skelett och CNS. CTX är en långsamt fortskridande sjukdom där det första symtomet oftast är kronisk diarré. Analys kan utföras av enskild gen i gruppen om mycket stark klinisk/biokemisk misstanke Följande gener ingår i analyspanelen: AGA, AP3B1, ARSA, ARSB, ASAH1, ATP13A2, BLOC1S3, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CTNS, CTSA, CTSD, CTSF, CTSK, DNAJC5, DTNBP1, FUCA1, GAA, GALC, GALNS, GBA, GLA, GLB1, GNE, GNPTAB, GNPTG, GRN, GNS, GUSB, HEXA, HEXB, HGSNAT, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, HYAL1, IDS, IDUA, KCTD7, LAMP2, LIPA, MAN2B1, MANBA, MCOLN1, MFSD8, NAGA, NAGLU, NEU1, NPC1, NPC2, PPT1, PSAP, SGSH, SLC17A5, SMPD1, SUMF1, TPP1, ABCD1, ACOX1, AGPS, AGXT, AMACR, BAAT, CAT, DNM1L, GNPAT, HSD17B4, MVK, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PHYH, TRIM37, CYP27A1, DHCR7. Pyruvatdehydrogenas-brist Analys utförs efter klinisk/biokemisk misstanke om pyruvatdehydrogenas-brist (PDH-brist). Sjukdomen orsakas av bristande funktion hos enav tre subenheter (E1, E2 och E3) i pyruvatdehydrogenaskomplexet (PDHc). PDHc omvandlar pyruvat till acetyl-coa i mitokondria och spelar en viktig roll i oxidationen av kolhydrater. Den vanligaste orsaken till PDH-brist (ca 90%) är mutationer i PDHA1, som kodar för E1 subenheten, men sjukdomen kan också orsakas av mutationer i någon av fem andra gener som alla kodar för proteiner av betydelse för PDH funktion. ID: LMBM100932, Version; 1.0, Publiceringsdatum: 2018-10-10, Sida 4 (7)

Sjukdomen finns i olika svårighetsgrader. Hos de flesta visar sig symtomen under de första levnadsmånaderna i form av nedsatt muskeltonus och försenad utveckling. Andra vanliga symtom, som kommer något senare, är ataxi, spasticitet, muskelsvaghet och epilepsi. Det finns också lindrigare former av sjukdomen som visar sig först hos äldre barn och vuxna. Följande gener ingår i analyspanelen: DLAT, PDHA1, PDHB, PDP1, LIAS, PDHX. Riboflavinsvarande metabola sjukdomar Analys utförs efter klinisk/biokemisk misstanke om multipel acyl-coa dehydrogenas-brist (MADD) eller riboflavintransportördefekter (RTD). MADD kan presenteras i olika svårighetsgrader. Svåra neonatala former har dålig prognos, men milda former, som kan debutera hos äldre barn och även i vuxen ålder, svarar på riboflavinbehandling och har därmed mycket bättre prognos. Vanliga symptom hos milda former är cykliska kräkningar och muskelsvaghet. RTD (gammal benämningen: Brown-Vialetto-Van Laere/Fazio Londe sjukdom) påverkar nervsystemet i form av progredierande bulbar palsy och en sjukdomsbild som liknar amyotrofisk lateralskleros. Sensorineural hörselnedsättning kan också förekomma. Debutåldern kan variera mellan 4 månader och 27 år, och riboflavinbehandling har lyckats förhindra sjukdomsprogressen eller förbättra patientens tillstånd hos alla publicerade fall. Följande gener ingår i analyspanelen: ETFA, ETFB, ETFDH, SLC52A1, SLC52A2, SLC52A3.. Intermediär metabolism Syftet med den här panelen är att erbjuda genetisk karakterisering av de sjukdomarna som ingår i nyföddhetsscreeningen och som verifieras biokemisk i vårt laboratorium, nämligen hyperfenylalaninemi, MCAD-brist, LCHAD-brist, TFP-brist, CPT1-brist, CPT2-brist, CACTbrist, CUD, glutarsyrauri typ I, metylmalonsyrauri, propionsyremi, isovaleriansyremi, betaketotiolas-brist, citrullinemi typ 1 och 2, ASL-brist, arginas-brist, tyrosinemi typ 1, MSUD och homocystinuri. Panelen innehåller även gener kopplade till ureacykeldefekter, som inte ingår i nyföddhetscreeningen men som upptäcks relativt ofta med våra biokemiska screeningstester (OTC-brist, NAGS-brist och CPS-brist). Ytterligare en subpanel innehåller tre gener som tidigare har sekvenserats med Sanger-teknik, men har nu överförts till aktuell NGS-panel. Två av generna är kopplade till sjukdomar som biokemiskt presenterar med glyceroluri (glycerolkinasbrist och fruktos 1,6-bisfosfatas-brist) och den tredje är kopplad till hereditär fruktosintolerans.. Wilson/Kopparmetabolism Analysen utförs vid klinisk/biokemisk misstanke om Mb Wilson, Mb Menkes eller aceruloplasminemi. Analys kan utföras av enskild gen i gruppen om specifik misstanke Patienter med Mb Wilson presenterar sig med lever-eller neurologisk påverkan. Debutåldern varierarfrån 3 till över 50 år. Mb Menkes brukar debutera vid några månaders ålder med kramper och nedsatt muskeltonus och drabbar framför allt pojkar (X-bundetärftlighet). Klassiskasymptom är vridna hår (pili torti). Aceruloplasminemi debuterar i vuxen åldern med neurologisk bild i form av chorea, cerebellar ataxi, dystoni, parkinsonism och psykiatriska symptom, degeneration av retina och diabetes mellitus. Analys av S-koppar, S-ceruloplasmin och U-koppar är centralt för diagnostik av de tre sjukdomarna. Följande gener ingår i analyspanelen: ATP7A, ATP7B, CP. ID: LMBM100932, Version; 1.0, Publiceringsdatum: 2018-10-10, Sida 5 (7)

Medicinsk information hematologiska sjukdomar Erytrocytenzymdefekt/hyperbilirubinemi Analys kan utföras som led i utredning av misstänkt erytrocytenzymdefekt. Biokemisk utredning avseende aktivitet av glukos 6-fosfatdehydrogenas (G6PD) och pyruvatkinas (PK) ska vara utförd. Analysen används också för att verifiera biokemiskt diagnosticerad PK-brist. Erytrocytenzymdefekt kan misstänkas baserat på familjehistoria och vid nyfödd oförklarad bilirubinstegring eller icke-immunmedierad icke-sfärocytisk hemolytisk anemi utan förklaring. Följande gener ingår i analyspanelen: GPI, PKLR, PFKM, PFKL, TPI1, ALDOA, HK1, PGK1, GSR, GSS, NT5C3A, AK1, ADA, TMPRSS6, G6PD, UGT1A1. Kontakt för konsultation: Sofia Grund Erytrocytoser Analysenutförs vid primär erytrocytos där misstanke om familjär form finns. Tillståndet kan misstänkas baserat på insjuknandeålder och familjehistoria. Polycytemia vera, tumörsjukdom med EPO-produktion samt hemoglobinvariant med ändrad syrgasaffinitetbör ha uteslutits, liksom sekundär erytrocytos. Följande gener ingår i analyspanelen: EPOR, VHL, EGLN1, EPAS1, BPGM. Kontakt för konsultation: Sofia Grund Hereditär hemokromatos Analys kan utföras i fall avpåvisad hemokromatosdär sekundär hemokromatos samt hereditär hemokromatos (HH)typ 1 har uteslutits.) HH finns i ett flertal typer, därtyp 1 är den i Sverige särklass vanligaste formen. Genotypning av HFE-genen för diagnos av HH typ 1 utförs som separat analys. Övriga former av HH ger i de flesta fall järninlagring i yngre åldrar än vad som ses vid typ 1, men insjuknandeåldern varierar mellan de olika typerna. HH kan föreliggavid S- Transferrinmättnad >45% (hos både kvinnor och män) i kombination med förhöjts-ferritin (>200 g/lhos män och >130 g/l hos kvinnor) alternativt vid histologiskt eller MRI-påvisad järninlagring.s-hepcidin är lågt.vid Ferroportinsjukdom (HH typ 4) ses vanligen inte förhöjd transferrinmättnad eller lågt S-Hepcidin.Observera att andra former av genetiskt orsakad hemokromatos som ej täcks av denna genpanel finns,såsom hypotransferrinemi, defekt DMT1, aceruloplasminemi med flera. Följande gener ingår i analyspanelen: HFE, HFE2, HAMP, TFR2, SLC40A1. Kontakt för konsultation: Sofia Grund Teknisk information Analysen baseras på riktad sekvensering med NGS-teknik (Next Generation Sequencing) av kodande exon samt närliggande splice sites (enligt RefSeq-databas och assembly Feb. 2009 (GRCh37/hg19)), hos nedan angivna gener. För provupparbetning används hybridiseringsbaserad anrikning med hjälp av SureSelectQXT Target Enrichment teknologi (Agilent ). Sekvensering utförs med MiSeq instrument (Illumina ). Genetiska förändringar i form av punktmutationer samt mindre insertioner och deletioner (max 8 baspar) detekteras genom variant calling. Varianterna filtreras för att identifiera de förändringar som möjligen kan vara sjukdomsorsakande. Förändringar med en allelfrekvens över 3% hos den globala befolkningen filtreras bort. Därefter exkluderas även varianter som inte påverkar det protein som genen kodar för, dvs. tysta mutationer (synonymous) samt varianter i intron som inte annoteras som splice sites. Copy number analys, baserat på variation i sekvenseringsdjup, används för att möjliggöra detektion av större deletioner (>1 Kb). Detektion av alla stora deletioner kan dock inte garanteras. Alla fynd kontrolleras avseende ärftlighetsmönster och jämförs med information tillgänglig i databaser. Endast varianter som bedöms vara av relevans för den kliniska frågeställningen rapporteras i svaret, enligt riktlinjer från SFMG (Svensk förening för medicinsk genetik). ID: LMBM100932, Version; 1.0, Publiceringsdatum: 2018-10-10, Sida 6 (7)

Anlagsbärarskap för autosomalt recessiva sjukdomar rapporteras inte. Information om detta finns tillgänglig vid behov. Kontakt Tekniska frågor Emma Samuelsson, Genanalys tel 031-3427891 Konsultation För metabola sjukdomar: Jorge Asin Cayuela, docent, överläkare, tel 031-3428822 För hematologi-associerade tillstånd: Sofia Grund, med.dr., överläkare, tel 031-3428412 Övergripande medicinskt ansvarig Linda Fogelstrand, docent, specialistläkare, tel 031-3429296 ID: LMBM100932, Version; 1.0, Publiceringsdatum: 2018-10-10, Sida 7 (7)