Mikrobiologisk diagnostik av faeces vid en vårdcentral

Sidan 1 av 22 SLSO Jordbro vårdcentral Centrum för allmänmedicin 2012-05-04 Mikrobiologisk diagnostik av faeces vid en vårdcentral Kader Benzeguir, ST allmänmedicin Jordbro vårdcentral Vetenskaplig handledare: Lars Agréus, professor, Centrum för allmänmedicin, Huddinge; Klinisk handledare: Roland Morgell, distriktsläkare Jordbro vårdcentral Endolimax nana var den vanligaste parasiten Campylobacter jejuni var den vanligast bakterien

Sidan 2 av 22 Innehållsförteckning Innehållsförteckning... 2 Sammanfattning... 3 Bakgrund... 4-5 Syfte... 5 Frågeställningar... 5 Metod och datainsamling... 5-6 Statistiska metoder... 6 Etiska överväganden... 6 Resultat... 7-9 Diskussion... 9-11 Slutsatser... 11 Referenser... 12 Bilagor... 13-21

Sidan 3 av 22 Sammanfattning Infektiös gastroenterit är relativt vanlig i befolkningen och medför ibland att man behöver söka vård. Syftet med projektet är att beskriva förekomst och utfall av avföringsprover tagna för mikrobiologisk analys vid en vårdcentral, samt beskriva eventuella skillnader mellan patienter med positiva respektive negativa prover avseende diarré som uppstått i samband med utlandsvistelse. Det är en retrospektiv databasstudie där data sammanställts från ett urval av journalanteckningar på en vårdcentral och det mikrobiologiska laboratorium som vårdcentralen anlitar. Under perioden 2007 2009 hade 230 personer (knappt 3 %) av de 7 918 patienter som sökt på en vårdcentral lämnat avföringsprov för mikrobiologisk analys. 14 prover visade parasit och 5 visade patogen bakterie. Man fann olika organismer som skiljer sig åt avseende smittsamhet och risk att drabbas av allvarlig sjukdom. Vanligast var Campylobacter jejuni/coli, Endolimax nana, Entamoeba coli, Blastocystis hominis och Cryptosporidium spp. Enstaka fynd gjordes även av Salmonella infantis, Entamoeba histolytica/dispar, Dientamoeba fragilis, Giardia intestinalis, Trichuris trichiura och Cyclospora cayetanensis. Flertalet patienter med positivt provsvar hade diarré och anamnes på vistelse utomlands, varför provtagningen i dessa fall hade skett enligt regionala riktlinjer, men journaluppgifter ibland ofullständiga. Journaldata för patienter med negativa provsvar visade att det i mindre utsträckning fanns dokumentation av kliniska data som kunde motivera provtagning enligt gällande riktlinjer. I flera fall föreföll provtagningen ha varit en del av utredning av oklara buksmärtor. Provtagning på vida indikationer tycktes ge låg sannolikhet för att patogent agens ska påvisas, även på en vårdcentral med hög andel patienter med utomeuropeisk bakgrund. Resultatet stödjer att riktlinjerna ger bra vägledning för provtagning, men att det på denna vårdcentral fanns behov av bättre följsamhet till riktlinjer och bättre rutiner för dokumentation.

Sidan 4 av 22 Bakgrund Epidemiologi Förekomsten av tarminfektioner är dåligt studerade i industrialiserade länder och i synnerhet saknas studier från patienter som söker primärvård. Man har beräknat att det i USA årligen inträffar 200-375 miljoner diarréepisoder med 73 miljoner läkarbesök, 1,8 miljoner personer sjukhusvårdade och 3 100 dödsfall (1). Rapporter från Nederländerna och England med data från patienter som sökt allmänläkare för infektiös diarré visade stora skillnader i incidens med 8 respektive 33 fall per 1 000 personår (2,3). En populationsbaserad studie från Norge uppgav en incidens avseende akut gastroenterit på 1,2 per personår, 17 % av fallen sökte läkare och 4 % remitterades till sjukhus (4). En studie har visat att varje år drabbades cirka 10 % av befolkningen i Uppsala kommun av tarmsymtom som satts i samband med intag av mat eller vatten (5). Virus anses vare den vanligaste orsaken till gastroenterit. De kan ge uttalade besvär men läker oftast ut inom en vecka utan behandling. Dessa infektioner är ofta mycket smittsamma, varför den kliniska diagnosen ofta är uppenbar och egenvård oftast tillräcklig. Infektion med bakterier eller parasiter kan ge mer uttalade eller långdragna besvär, och kan även vara viktiga att påvisa för personer med nedsatt immunförsvar eller som via sitt yrke eller på annat sätt riskerar sprida smitta vidare. Vissa parasiter som E. histolytica kan även ge leverabscesser. Bakterier som ibland påvisas är Salmonella, Campylobakter, Yersinia, Shigella och EHEC. Antibiotikabehandling är sällan aktuell förutom vid svår sjukdom. Etiologin till samhällsförvärvad diarré i Sverige är ofullständigt känd. De studier som gjorts inkluderar vanligen endast patienter som sökt infektionsklinik (6). På Karolinska Universitetssjukhusets infektionsklinik vårdas varje år cirka 700 patienter med isoleringskrävande smittsam gastroenterit. I en undersökning av 676 gastroenteriutbrott 1994-1998 påvisades calicivirus i 60 %, där sjukhus och sjukhem svarade för 50 % respektive 26 % av fynd av calicivirus (7). Högst frekvens fann man i födoämnesrelaterade utbrott. Infektiös gastroenterit tycks således vara en relativt vanlig sjukdom där flertalet infektioner klaras med egenvård, samtidigt som det är angeläget att inte missa någon allvarlig eller behandlingskrävande infektion. Tarmparasiter har i allmänhet inte ansetts vara en allmän hälsofara i Sverige, med undantag för Giardia intestinalis. Förutom magkramper kan Giardia även ge viktminskning och lokal smittspridning på daghem har upprepade gånger rapporteras i Sverige. Allvarligast är dock infektion med Entamoeba histolytica där även symptomfria bärare riskerar senare utveckla systemsjukdom eller abscesser i lunga eller lever, i synnerhet vid immunosuppressiv behandling (8). Entamoeba histolytica och Giardia intestinalis ska anmälas enligt Smittskyddslagen och patienten får inte arbeta i riskyrke (födoämneshantering och sjukvårdsarbete) så länge besvären pågår. Trichuris trichiura förlöper oftast symptomfritt men vid massiv infektion hos små barn kan rektal prolaps och anemi förekomma (9). Entamoeba coli, Blastocystis hominis, Cryptosporidium spp, Dientamoeba fragilis, och Cyclospora cayetanensis ger oftast lindriga eller måttliga besvär som sällan kräver behandling. Entamoeba coli, Entamoeba dispar, Endolimax nana, betraktas som apotogena organismer. Vårdcentralen Jordbro vårdcentral är belägen i en förort söder om Stockholm med cirka 10 000 invånare, varav flertalet är listade på vårdcentralen. På grund av rekryteringsproblem har flera läkare med varierande kompetens arbetat där under den aktuella perioden. Befolkningen har mycket hög andel av personer födda utomlands, många besöker även sina tidigare hemorter med de risker detta medför för att bli smittad av olika agens. Avföringsprover skickas till Karolinska Universitetslaboratoriet för klinisk mikrobiologi. Vårdcentralen arbetar på uppdrag av Stockholms läns landsting och förväntas följa de riktlinjer för klinisk handläggning som finns tillgängliga på Internet via VISS (10). Dessa riktlinjer anger bland annat att

Sidan 5 av 22 mikrobiologisk utredning kan vara motiverad vid utomlandsvistelse, riskyrken (livsmedelsarbete, immunsupprimerade, arbete med barn/sjukvård) (11), vid uttalade symtom och vid misstänkt association till antibiotikabehandling. Syfte Det primära syftet är beskriva förekomst och utfall av avföringsprover tagna för mikrobiologisk analys vid en vårdcentral, samt att beskriva eventuella skillnader mellan patienter med positiva respektive negativa prover. Ett sekundärt syfte är att se i vilken utsträckning kliniska data finns dokumenterade i dessa patienters journaler på vårdcentralen. Frågeställningar 1. Hur stor andel av vårdcentralens patienter tog avföringsprov för mikrobiologisk diagnostik under tidsperioden? Hur vanlig var provtagning i förhållande till antal patientbesök under perioden? 2. Vilka tarmpatogener kunde påvisas och hur stor andel av proverna visade förekomst av de olika patogenerna? 3. Fanns det någon skillnad mellan patienter med eller utan tarmpatogener avseende förmodad smittort eller andra faktorer som symptombild, kliniska undersökningsfynd, ålder och kön? 4. I vilken utsträckning innehåller patientjournalerna uppgifter om utlandsvistelse och diarré. Metod och datainsamling Studien är en retrospektiv databasstudie där data sammanställs från ett urval av journalanteckningar på en vårdcentral och det mikrobiologiska laboratorium som vårdcentralen anlitar. Insamling och bearbetning av data tog längre tid än förväntat, varför sammanställning av data inte genomfördes i den omfattning som det ursprungligen var planerat. Först sammanställdes en fil med data från det bakteriologiska laboratoriet med uppgifter om resultatet av alla avföringsprover som under den aktuella perioden hade skickats för mikrobiologisk analys. Därefter sammanställdes kliniska journaldata för de patienter som hade lämnat prov. När jag hade sammanställt data för alla patienter med bakterier eller parasit och sedan började sammanställa data för övriga patienter blev det uppenbart att jag inte skulle hinna sammanställa och analysera data även för samtliga patienter med negativa provsvar. Den först påbörjade sammanställningen av data avseende patienter med negativa provsvar gjordes genom att jag tog patienter (n=60) i den ordning registreades när jag sammanställt de olika datafilerna från laboratoriet. Eftersom det fanns risk att dessa patienter inte utgjorde ett representativt urval, och det visade sig att vi inte skulle ha kapacitet inkludera samtliga negativa, så gjorde jag ytterligare en sammanställning av patienter med negativa provsvar. Dessa patienter (n=25) slumpades fram genom att jag för varje patient kastade tärning sedan jag på förhand bestämt att de som fick lägst siffra skulle ingå i det slumpmässiga urvalet. Därefter jämfördes de två grupperna av patienter med negativa provsvar avseende ålder och kön. I samband med genomläsning av patienternas journaler gjorde jag kliniska fallbeskrivningar för alla patienter med bakterier eller parasiter och för den mindre slumpmässigt utvalda gruppen patienter utan fynd. Projektets resultat kom därmed få mer kvalitativt fokus än den kvantitativa ansats som ursprungligen planerades. Studiepopulation Patienter där vårdcentralen under perioden 2007-2009 fått svar på avföringsprover avseende bakteriologisk odling eller parasiter.

Sidan 6 av 22 Datakällor 1. Karolinska Universitetslaboratoriet för klinisk mikrobiologis databas som använder systemet MBIS. 2. Journaluppgifter på Jordbro vårdcentral som under den aktuella tiden använde journaldatasystemet Profdoc III. 3. Sökprogrammet RAVE har använts till att ta fram besökstatistik för den aktuella perioden. Sammanställning av data 1. Från Karolinska Universitetslaboratoriet för klinisk mikrobiologi erhölls uppgifter om vilka patienter som lämnat prov för undersökning samt resultatet av dessa prover. Dessa filer innehöll uppgift om personnummer, provtagningsdatum, analys och resultat. Dessutom hade laboratoriet ett specifikt nummer för varje prov. 2. För varje patient sammanställdes uppgifter i en Excelfil. 3. För tre urval av patienter kompletteras datafilen med uppgifter från vårdcentralens journaler med variabler enligt tabell 1. De tre urvalen av patienter utgjordes av: Alla patienter med positivt provsvar för parasiter och/eller bakterier 60 konsekutiva patienter med negativa prover. Dessa patienter utgjorde som beskrivits ovan inte ett slumpmässigt urval. 25 slumpmässigt utvalda patienter bland de övriga med negativa prover. I syfte att få en bättre representativet gjorde jag därför ett slumpmässigt mindre urval beskrivet ovan av patienterna med negativa svar. 4. I datafilen ersattes personnummer med löpnummer. Kodnyckel som länkar kodnummer till personnummer sparades i en separat datafil. Statistiska metoder Fisher s exact test och Chi-2 test används för analys av kategoriserade nominaldata. P-värden är tvåsidiga och med signifikans sattes till 0,05. En powerberäkning med samma förutsättning har 80 % power att hitta skillnad mellan två grupper (här beräknat som misstänkt smittade utomlands jämfört med inhemsk smittort på 50 % respektive 20 %). Man behöver då 50 individer i varje grupp. Projektets omfattning samt de etiska förutsättningarna, som hindrar involverande av andra vårdcentraler, gör att detta inte beräknades kunna uppnås.. Etiska överväganden Verksamhetschefen på Jordbro VC har gett tillstånd till journalgranskningen. Analyser gjordes enbart med avidentifierade data. Endast jag själv har tillgång till kodnyckel som länkar datafilens löpnummer med personnummer. Materialet kommer att försvaras inlåst på vårdcentralen. Efter avslutad studie kommer materialet att förstöras. Det finns risk för att studiedeltagarna utsätts för integritetsintrång då journaler genomlästes av studieledaren, som inte är behandlade läkare till alla studiedeltagare. Det finns också risk för integritetsintrång gentemot de läkarkollegor på vårdcentralen som skrivit journalerna. Läkarkollegor på vårdcentralen informeras muntligt om studie. Patienterna blir inte kontaktade vare sig för information eller för att erbjudas vård eller kontakt. För vårdcentralen innebär projektet en kvalitetskontroll med utvärdering av rutiner som kan komma framtida patienter till godo. Vinsterna med studien bedöms överstiga de etiska nackdelarna.

Sidan 7 av 22 Resultat Under perioden 2007 2009 analyserades 316 avföringsprover som lämnades av 230 patienter. Positivt provsvar erhölls för 19 patienter, dvs. 6 % av de patienter som lämnade prov. Flertalet patienter hade lämnat prov endast för bakterier eller parasit. 67 patienter hade lämnat prov för både bakteriologisk odling och parasitprov, av dessa var ingen var positiv för både bakterier och parasiter, 6 visade enbart parasit, 2 enbart bakterie. Påvisade parasiter och bakterier Vanligast var Campylobacter jejuni/coli, Endolimax nana, Entamoeba coli, Blastocystis hominis och Cryptosporidium spp. Enstaka fynd gjordes även av Salmonella infantis, Entamoeba histolytica/dispar, Dientamoeba fragilis, Giardia intestinalis, Trichuris trichiura och Cyclospora cayetanensis. Patienter med positiva provsvar I detta material sågs ingen signifikant åldersskillnad, barn och vuxna var infekterad med parasiter i 17 % respektive 12 % (p=0,55). Bakterieinfektion förelåg i 3 % respektive 6 % (p=0,65). Inte heller sågs några statistiskt signifikanta könsskillnader: kvinnor var infekterade i 22% och män i 15% (p=0,45). Av de 19 patienterna med positivt provsvar uppgavs 8 varit utomlands. Av patienter med parasiter fanns för 5 av 14 uppgift att patienten varit utomlands, för 2 saknades uppgift om eventuellt utlandsvistelse. Av 5 patienter med bakterier hade 3 varit utomlands och för en saknades uppgift (tabell 1). Tabell 1 Utfall provtagningar bland patienter (n=104) efter ålder kön, diarresymptom och utlandsvistelse. N=104 Bakterie påvisad (5 patienter) Ålder Parasit påvisad (14 patienter) Varken bakterie eller parasit påvisad (85 patienter) 0-15 1 6 29 16-4 8 56 Kön Kvinnor 5 6 38 Män 0 8 47 Utomlands Ja 3 5 18 Nej 1 2 34 uppgift saknas 1 7 33 Diarree ja 5 9 23 nej 0 2 30 uppgifter saknas 0 3 32 Utredning och behandling enligt riktlinjer 5 14 10

Sidan 8 av 22 Det finns ingen signifikant samband mellan om patienter har varit utomland eller inte (utlandsvistelse negerad eller uppgift saknas) vid positiv testresultat, (p=0,78), se tabell 2. Tabell 2. Vistelse utrikes.fördelning av positiva och negativa prover bland patienter med journaluppgift att patienten vistats utrikes jämfört med patienter där uppgift saknas eller med uppgift att patienten inte varit utrikes. n=104 Utrikes Ej utrikes Positiva prover (19) 8 11 Negativa prover (85) 18 67 Parasiter Av totalt 164 avföringsprover för parasit var 14 positiva. Av de 97 patienter som endast undersöktes för parasit visade 9 positivt prov. Fem patienter var positiva för två eller flera parasiter, se fallbeskrivningar. De parasiter som påvisades var Endolimax nana (fem fall), Entamoeba coli (fyra fall), Cryptosporidier och Blastocystis hominis (vardera tre fall) samt Entamoeba histolytica/dispar, Dientamoeba fragilis, Giardia intestinalis, Trichuris trichiura och Cyclospora cayetanensis med vardera ett fall. De påvisade parasiterna skiljer sig åt avseende patogenitet (tabell 3). Tabell 3. Påvisade bakterier och parasiter Bakterie/parasit fynd antal bakterie/parasit Bakt Campylobakter jejuni 4 Salmonella infantis 1 Parasiter Maskar T. trichiura 1 Patogena Protozoa Cryptosporidium spp 3 Cyclospora cayetanensis 1 Entamoeba histolytica/dispar 1 Giardia intestinalis, 1 Potentiella patogena protozoa Blastocystis hominis 3 Dientamoeba fragilis 1 Apatogena protozoa) Entamoeba coli 3 Endolimax nana 5

Sidan 9 av 22 Bakterier Av sammanlagt 133 avföringsprover för bakterieodling visade 5 (4 %) växt av patogena bakterier, varav 4 visade Campylobacter jejuni/coli och ett prov visade Salmonella infantis. Av de 66 patienter som endast undersöktes för bakteriologisk odling hade 3 positivt svar. Ingen patient hade växt av flera bakterier. Patienter med negativa provsvar Av de totalt 230 patienter som lämnat prov kunde för 211 personer (94 %) inte något patogent agens påvisas. Bland patienter med negativa provsvar kunde inte någon skillnad avseende studerade faktorer ses vid jämförelse av 60 konsekutiva patienterna och de 25 som var slumpmässigt valda. Dessa två grupper utgör tillsammans 85 patienter med negativa provsvar, varav det för 18 patienter fanns uppgift om vistelse utomlands, för 33 saknades uppgift om eventuell utlandsvistelse. Påfallande många av de genomgångna patienterna med negativa provsvar saknade uppgift om diarré (32 av 85 patienter) eller hade fått lämna prov trots att det fanns uppgift att patienten inte hade diarré (30 av 85 patienter). Endast 23 av de 85 genomgångna patienterna med negativt provsvar hade uppgift om patienten hade diarré. Dokumentation och uppföljning Av de 19 patienter med positivt provsvar uppgavs 14 patienter ha diarré. För 2 patienter fanns uppgift att patienten inte hade diarré medan uppgift saknades för 3 patienter. Bland de 85 granskade patienterna med negativt provsvar uppgavs 23 ha diarré, för 30 fanns uppgift att patienten inte hade diarré, för 32 patienter saknades uppgift. Det va statistikst signifikant skillnad mellan patienter med diaree med positivt respektive negativt provsvar (χ² test= 12,76, p<0,05). Uppgift om riskyrke (födösämneshantering och sjukvårdsarbete) saknades hos både patienter med positiva och negativa prover.. Diskussion Förekomsten av tarminfektioner i primärvården är dåligt studerat. Virus anses vare den vanligaste orsaken till gastroenterit. De kan ge uttalade besvär men läker oftast ut inom en vecka utan annan behandling än egenvård. Bakterier och parasiter kan ge mer uttalade eller långdragna besvär, och kan även vara viktiga att påvisa bland annat för personer som via sitt yrke riskerar sprida smitta vidare. Faecesprov för Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia och parasit kan då vara motiverat liksom vid debut i samband med utlandsvistelse. Projektets genomförande I mitt projekt har jag retrospektivt sammanställt samtliga svar för mikrobiologisk analys av avföringsprover som under en period på tre år har lämnats till en vårdcentral med hög andel patienter med utländsk bakgrund. För samtliga patienter med positiva provsvar och ett urval av patienter med negativa svar har kliniska data sammanställts från vårdcentralens journalanteckningar. Den valda metoden innebär att det kan finnas patienter som ordinerats provtagning, men som sedan inte lämnat prov, dessa patienter blev i så fall inte inkluderade i denna undersökning. Det bedömdes vara förenat med mycket stora svårigheter att söka fram samtliga patienter via journalsystemet. En tänkbar möjlighet skulle kunna vara att använda besöksdiagnoser för att söka fram patienter som skulle kunna vara aktuella för provtagning, men denna möjlighet utnyttjades inte, då vi visste att vårdcentralen under denna period hade relativt låg kvalitet på de besöksdiagnoser som sattes (personligt meddelande av min handledare). Perioden tre år valdes i syfte att inte få ett för lågt antal positiva prov och för att minska risken för påverkan av en tillfällig epidemi. Under perioden tjänstgjorde flera olika läkare med varierande grad av kompetens och som också kan förväntas skilja sig åt avseende rutiner för provtagning och behandling. Alla läkare på vårdcentralen förväntas följa landstingets regionala riktlinjer i VISS, men det har under den aktuella perioden inte gjorts någon särskild insats med information eller utbildning kring handläggning av patienter med diarré, utan samtliga patienter har erhållit den behandling som beslutats av respektive läkare i det enskilda fallet. Den valda perioden

Sidan 10 av 22 på tre år syftade därför också till att minska effekterna av enskilda läkares praxis. Resultatet visar hur det kan se ut vid en vårdcentral med svårighet få fullgod bemanning med ordinarie läkare. Insamling och bearbetning av data tog längre tid än förväntat, varför sammanställning av data inte genomfördes i den omfattning som det ursprungligen var planerat. När jag hade sammanställt kliniska data för 60 konsekutiva patienter med negativa provsvar, så blev det uppenbart att jag inte skulle hinna gå igenom samtliga 230 patienter med negativt svar. Bland de återstående 170 patienterna gjorde jag därför ett slumpmässigt urval med 25 patienter. Vid jämförelser mellan de 60 konsekutivt utvalda och de 25 slumpmässigt utvalda patienterna fanns ingen skillnad beträffande ålder, kön eller kliniska data, varför dessa sammanlagt 85 patienter kan förväntas vara rimligt representativa för hela gruppen 230 patienter med negativa prover. Vid den statistiska sammanställningen begränsades även de kliniska variablerna till ålder, kön, diarré och uppgift om vistelse utomlands Kliniska journaluppgifter för samliga patienter med positivt prov sammanställdes i tabell för jämförelse med patienter med negativt. Under den studerade perioden på tre år visade endast 19 prover patologiskt fynd, varför dessa patienter även redovisas i form av fallbeskrivningar. Ett för mig oväntat fynd var att flertalet patienter, 163 av 230, endast hade lämnat prov för endera bakterier eller parasit. Det kan innebära att det inom denna grupp kan finnas patienter med negativt odlingsprov som skulle ha varit positiva för parasit och tvärtom. En svaghet i studien är därför att gruppen patienter med negativa provsvar således består av tre skilda grupper: 66 patienter med negativt prov för bakterie men ej undersökt förekomst av parasit, 97 patienter med negativt prov för parasit men ej undersökt avseende förekomst av bakterie samt 67 patienter med negativt prov för både bakterier och parasiter. Dessa grupper skulle kunna redovisas och analyseras separat, vilket jag inte gjort i detta projekt på grund av begränsad tid. Utfall i förhållande till antal besök och provtagningar Under den studerade perioden 2007-2009 har 7 918 patienter gjort 31 604 läkarbesök. Liksom vid övriga vårdcentraler avser flertalet besök övre luftvägsinfektion, besvär från rygg eller leder och andra smärttillstånd samt kontroll av hypertoni och andra kroniska sjukdomar. Av de patienter som sökt vårdcentralen dessa tre år hade 230 (knappt 3 %) lämnat sammanlagt 316 avföringsprover, där 133 avsåg avföringsodlingar och 183 avsåg avföringsparasiter. 14 patienter var positiva för någon parasit och för 5 påvisades patogen bakterie. Ett oväntat fynd var således att flertalet patienter som lämnat prov endast hade lämnat prov för endera bakterier eller parasiter. Fokus för detta projekt var att studera utfall av provtagningarna och jämförelse av klinisk sjukdomsbild hos patienter med positiva respektive negativa provsvar. Det skulle förstås vara intressant studera varför man valt det ena eller andra provet, men det har inte gjorts i denna studie. Statistiska överväganden Projektet har en deskriptiv del med beskrivning av vilka patogener som påvisats samt kliniska beskrivningar av patienter där bakterier eller parasit påvisats. Projektet planerades även med en kvantitativ ansats, där patienter med positiva och negativa provsvar skulle jämföras avseende bakgrundsfaktorer och kliniska data med fokus på följsamhet till regionala riktlinjer. Det visade sig dock att flertalet patienter endast hade tagit prov för endera bakterie eller parasit, varför en statistisk analys i så fall fick bestå av två delar, där man för bakterier och parasit fick göra separata jämförelser av patienter med eller utan provtagningsfynd. Ett sådant förfarande skulle samtidigt medföra att antalet patienter med positivt fynd skulle bli väldigt litet i vardera gruppen. Eftersom vi inte fann några skillnader för de positiva mellan ålder och kön gjordes ingen logistisk regression. På grund av det stora antal patienter med missing data avseende diareeförekomst och utlandsvistelse med negativa provsvar analyserades inte förekomsten av diaree hos de med positivt och negativt utfall mot dessa variabler.

Sidan 11 av 22 Påvisade parasiter och bakterier Svaren visar att det finns många olika organismer som kan ge upphov till infektiös gastroenterit hos patienter man möter i primärvården. Det finns bland dessa agens stora skillnader avseende smittsamhet och risken att drabbas av allvarlig sjukdom. Giardia intestinalis och Entamoeba histolytica/dispar är potentiellt farliga infektioner som vardera påvisades i ett fall. Campylobacter jejuni/coli som påvisades i fyra fall kan ge upphov till uttalade besvär men sällan någon komplikation. Patienter med negativa provsvar Journaldata för patienter med negativa provsvar visade att det i dessa fall inte i lika stor utsträckning fanns dokumentation av kliniska data som skulle motivera provtagning enligt gällande riktlinjer. I flera fall föreföll provtagningen ha varit en del av utredning av oklara buksmärtor. Provtagning på vida indikationer tycktes ge låg sannolikhet för att patogent agens ska påvisas, även på en vårdcentral med hög andel patienter med utomeuropeisk bakgrund. Hos patienter med diarré och eller utlandsvistelse vars provsvar är negativa kan diagnostiska säkerhet påverkas av flera faktorer så som optimal provtagning, tid för provtagning i relation till symptomdebut, antal prover, känslighet i diagnostiken, okända agens, icke infektiös diarre. Dokumentation och uppföljning Projektets resultat talar för att det funnits brister när det gäller handläggning och dokumentation när det gäller patienter där läkare bedömt att avföringsprov för mikrobiologisk analys varit motiverad. Under den studerade perioden hade vårdcentralen problem med läkarbemanning. Någon analys om sådana faktorer haft betydelse i detta fall har inte gjorts inom ramen för detta projekt. Stöd för riktlinjer Vid jämförelse av patienter med eller utan journaluppgift om diarré eller utlandsvistelse framkom tydliga skillnader. Även om det inte går att dra alltför stor slutsats av denna begränsade undersökning så kan man notera att tarmpatogen kunde påvisas för 6 av 10 patienter där det fanns journaluppgift om både diarré och utlandsvistelse, medan endast 5 av 52 patienter utan uppgift om diarre eller utlandsvistelse hade påvisad patogen. Med endast uppgift om diarré hade 7 av 27 patienter patologiskt fynd, jämfört med 1 av 15 patienter med uppgift om utlandsvistelse men inte diarré. I alla grupperna kan det ha varit en underdiagnostik, eftersom flertalet patienter endast tog prov för endera bakterie eller parasit. Projektets resultat stödjer regionala riktlinjer att det finns starka skäl ta avföringsprov vid uppgift om diarré och utlandsvistelse, och att det åtminstone på en vårdcentral med hög andel patienter med utländsk bakgrund kan finnas skäl för provtagning vid diarré som medfört läkarbesök. Slutsatser Infektiös gastroenterit är relativt vanlig i befolkningen men medför sällan att man behöver söka vård. Projektets resultat stödjer landstingets riktlinjer, som anger att avföringsprov kan vara motiverad vid diarré som uppstått i samband med utlandsvistelse. Indikation för provtagning kan vid denna vårdcentral föreligga även vid diarré utan utlandsvistelse och eventuellt vara starkare för barn. Vid magbesvär som inte är förenade med diarré eller utlandsvistelse tycks mikrobiologisk analys vara av tveksamt värde, även när proverna tagits på en vårdcentral med hög andel patienter med utomeuropeisk bakgrund. På den studerade vårdcentralen tycktes finnas behov av bättre följsamhet till riktlinjerna och bättre rutiner för dokumentation, inte minst när det gälle uppgift om vuxna patienter hade riskyrke eller inte.

Sidan 12 av 22 Referenser 1. Guerrant RL, van Gilder TV, Steiner TS, et al. Practice guidelines for the management of infectious diarrhea. Clin Infect Dis 2001;32:331-350. 2. de Wit MAS, Koopmans MPG, Kortbeek LM, et al. Gastroenteritis in sentinel general practices, the Netherlands Emerg Infect Dis 2001;7:82-91. 3. Wheeler JG, Sethi D, Cowden JM, et al. Study of infectious intestinal disease in England: rates in the community, presenting to general practice, and reported to national surveillance. BMJ 1999;318:1046-1050. 4. Kuusi M, Aavitsland P, Gondrosen B, et al. Incidence of gastroenteritis in Norway a population-based survey. Epidemiol Infect 2003;131:591-7 5. Lindqvist R, Andersson Y, Lindbäck J, et al. A one-year study of foodborne illnesses in the municipality of Uppsala, Sweden. Emerg Infect Dis 2001;3:588-592. 6. Uhnoo I, Wadell G, Svensson L, et al. Aetiology and epidemiology of acute gastroenteritis in Swedish children. J Infect 1986;13:73-89. 7. Hedlund KO, Rubilar-Abreu E, Svensson L. Epidemiology of calicivirus infections in Sweden, 1994-1998. J Infect Dis 2000;181 (Suppl 2):275-280. 8.Iralu JV, MaguireJH. Pulmonary infections in immigrants and refugees. Semin. Respir Infect Dis1991; 6:235-46 9. Internetmedicin. http://www.internetmedicin.se 10. VISS vårdinformation Storstockholm http://www.viss.nu 11. Smittskydd Stockholm. Stockholms läns ländsting. Muntligt meddelande 2012-04-26

Sidan 13 av 22 Bilagor Biaga 1. Datainsamling och analys Från mikrobiologiska laboratoriet vid Karolinska universitetssjukhuset erhölls 12 stycken datafiler där svar för avföringsprov lämnats till Jordbro vårcentral under åren 2007, 2008 och 2009. Dessa filer var: 1. 2007 avföringsodling med negativt provsvar med uppgift om personnummer och provtagningsdatum 2. 2008 avföringsodling med negativt provsvar med uppgift om personnummer och provtagningsdatum 3. 2009 avföringsodling med negativt provsvar med uppgift om personnummer och provtagningsdatum 4. 2007 avföringsodling med positivt provsvar med uppgift om personnummer, provatningsdatum och påvisade bakterier 5. 2008 avföringsodling med positivt provsvar med uppgift om personnummer, provatningsdatum och påvisade bakterier 6. 2009 avföringsodling med positivt provsvar med uppgift om personnummer, provatningsdatum och påvisade bakterier 7. 2007 mikroskopiskt parasitprov med negativt provsvar med uppgift om personnummer och provtagningsdatum 8. 2008 mikroskopiskt parasitprov med negativt provsvar med uppgift om personnummer och provtagningsdatum 9. 2009 mikroskopiskt parasitprov med negativt provsvar med uppgift om personnummer och provtagningsdatum 10. 2007 mikroskopiskt prov med positivt svar med uppgift om personnummer, provtagningsdatum och påvisade parasiter 11. 2008 mikroskopiskt prov med positivt svar med uppgift om personnummer, provtagningsdatum och påvisade parasiter 12. 2009 mikroskopiskt prov med positivt svar med uppgift om personnummer, provtagningsdatum och påvisade parasiter

Sidan 14 av 22 Data sammanställdes och bearbetades i en Excelfil så att varje patient och provtagningsdatum fick en rad i Excelfilen Tre patienturval gjordes för komplettering med kliniska data: 1. Samtliga patienter där avföringsprov visade bakterie och/eller parasit 2. 60 patienter där avföringsprov inte visade bakterie eller parasit. Dessa patienter var inte utvalda på annat sätt än att de i Excelfilen hamnade överst bland patienter med negativa provsvar. 3. 25 slumpmässigt utvalda patienter med negativa provsvar. Detta sedan jag märkt att jag inte skulle hinna gå igenom samtliga 211 patienter med negativt provsvar. För de patienter som ingick i dessa tre urval lästes de journalanteckningar som var införda det datum då provet ordinerats. Om orsak till provtagning då inte framgick lästes även de närmast föregående anteckningarna. Denna information sammanställdes och införs i datafilen med fasta svarsalternativ. För dessa patienter kompletterades filen med uppgifter om ålder och kön, varefter personnummer ersattes med löpnummer. Endast jag själv har tillgång till den fil där dessa löpnummer är kopplade till personnummer. Data bearbetades statistiskt och analyserades endast i filen med avidentifierade data. All redovisning av data sker avidentifierat.

Sidan 15 av 22 Bilaga 2. Fallbeskrivningar: Provsvar 1. Kliniska beskrivningar av patienter med positivt provsvar Kliniska beskrivningar och mina kommentarer 1 Campylobact jejuni 78 årig kvinna med KOL, hjärtsvikt och recidiverande divertikulit. Sökte med sju dygns anamnes vattnig avföring 10 ggr/dag, illamående feber, smärta höger sida buken. Ej varit utomlands. Inget annat sjukfall i omgivningen. Vid undersökning opåverkad, buk mjuk men öm nedre delen vänster sida. Anmäldes enligt SML. Behandlad med ciproxin. Ej besvärsfri med diarré troligtvis pga återkommande divertikulit. Kommentar: adekvat provtagning. Tveksam behandling. 2 Campylobact jejuni 74 årig kvinna som hade varit på Mallorca. Sökte med 2-3 dagars anamnes diarrée, huvudvärk, feber, hosta och halsont. Vid undersökning opåverkad, buk ua. Anmäldes enligt SML. Utan behandling helt besvärsfri efter 2-3 veckor. Kommentar: adekvat provtagning. Adekvat handläggning. 3 Campylobact jejuni 56 årig kvinna med diarre sedan hon varit i Indien.Mådde bra i övrigt. Hanterade inte livsmedel. Handlades via telefon. Anmäldes enligt SML. Utan behandling besvärsfri efter 2-3 veckor. Kommentar: 4 Campylobact jejuni 22 årig kvinna som insjuknat med diarré under Thailandsvistelse. Ont och uppblåst i magen, trött och seg. Hade använt Imodium med dålig effekt. Vid undersökning opåverkad och buk ua. Anmäldes enligt SML. Utan specifik behandling besvärsfri efter 2 veckor.

Sidan 16 av 22 Kommentar: 5 Salmonella infantis 3 årig flicka. Född i Sverige, föräldrar från Kongo. Insjuknat med hög feber, vattnig diarrée, buksmärta, kräkningar och försämrat allmäntillstånd. Inlagd barnklinik. Hem med fortsatt behandlad Azitromax. Blev bra. Familjen remitterad till vårdcentral för smittspårning. Mådde bra vid klinisk kontroll. Flera i familjen matförgiftade i samband med att flickans bröder tog med mat hem från Kongo. Enligt journal hade flera barn på daghemmet liknande besvär. Kommentar: 6 Dientamöba fragilis 77 årig kvinna med anamnes depression, ångest, KOL och förmaksflimmer. Ej varit utomlands. Vattentunn diarre sedan längre tid. Buksmärta. Ej blod eller slem i avföringen. Koloskopi ua. Opåverkad. Buk ua. Behandlades med Flagyl. Efter behandling.kvarstående diarre men negativa avföringsprover. Diarren bedömdes som läkemedelbiverkan alternativt funktionella besvär. Kommentar: 7 Cyclospora cayetanensis 50 årig man. Sökte med en veckas anamnes på vattentunn diarrée och nedsatt aptit. Hade inte varit utomlands och hade inte ätit antibiotika. Detaljerad anamnes saknas. Uppgift om status saknades. Insatt behandling med Bactrim som avslutades efter några dagar pga utslag. Ingen uppföljning. Kommentar: Adekvat provtagning men ofullständig dokumentation. 8 Entamöba histolytica/dispar + Entamöba col + Blastocystis hominis 56 årig man med somalisk ursprung. Tidigare TBC, hepatit B positiv, tidigare återkommande UVI. Sökte pga besvär från urinvägarna, värk suprapubis och nedre delen av buken samt återkommande diarre. Magtarm-utredning ua. Var opåverkad och buk status ua. Behandlades med Flagyl. Mått bra därefter och kontrollprover ua. Obs: framgår ej om E. histolytica (patogen) eller Dispar (apatogen) Kommentar: Adekvat provtagning. Tveksam handläggning. 9 Cryptosporidier 41 årig man sökte med diarrer sedan tre veckors. Ingen buksmärta. Opåverkad vid undersökning. Fick ingen behandling utöver råd och information. Anmäldes enligt SML. Ingen uppföljning. Kommentar: 10 Entamöba coli 31 årig kvinna med en månads anamnes på buksmära, trötthet och yrsel. Ingen diarre. Opåverkad vid undersökning. Fick Flagyl behandling. Fick råd och information. Anmäldes enligt SML. Ingen uppföljning. Kommentar: Adekvat provtagning. Tveksam handläggning. 11 Entamöba coli + Endolimax nana 29 årig man nyflyttad från Bolivia. Sökte pga viktnedgång, trötthet, sjukdomskänsla, yrsel, diarre och diffus obehagskänsla från buken. Opåverkad vid undersökning.

Sidan 17 av 22 Behandlades med Flagyl. Ingen uppföljning. Kommentar: 12 Blastocystis hominis + Endolimax nana 31 årig kvinna nyinflyttat från Marocko. Sökte pga långvarig buksmärta. Bosatt i Sverige sedan ett par veckor. Hade diarre. Opåverkad vid undersökning. Ingen behandling förutom råd och information. Förbättrades Kommentar: 13 Blastocystis hominis + Endolimax nana 22 årig kvinna gravid i femte månad. Sökte pga vattentunn diarree, illamående och magknip. Opåverkad vid undersökning. Ingen beh insatt. Förbättrad vid uppföljning. Kommentar: 14 Endolimax nana 12 årig pojke från Irak, bosatt Sverige sedan ett år. Sökte pga långvariga buksmärtor, nedsatt aptit och knäsmärta. Ej illamående, kräkningar, diarre eller feber. Opåverkad vid undersökning. Ingen behandling. Förbättrad efter 2 veckor. Kommentar: 15 Giardia intestinalis + Trichuris trichiura (piskmask) 12 årig flicka från Somalia. Bosatt Sverige sedan ett år. Sökte pga illamående och periodvis kräkningar sedan ett par år. Behandlades med Flagyl behandling. Fick råd och information. Anmäldes enligt SML. Pat planerades för återbesök men kom ej. Kommentar: 16 Entamöba coli 8 årig flicka från Gambia som sökte med en veckas anamnes på övre luftvägssymptom och intermittent buksmärta. Opåverkad vid undersökning. Ingen behandling. Ingen uppföljning. Kommentar: 17 Cryptosporidier 4 årig pojke som två veckor tidigare i Turkiet insjuknat med feber, diarre, hosta och snuva. Opåverkad vid undersökning. Fick råd och information. Anmäldes enligt SML. Var besvärsfri efter en vecka, dvs totalt tre veckor efter insjuknande. Bror till nr 18. Kommentar: 18 Cryptosporidier 2 årig pojke som två veckor tidigare i Turkiet insjuknat med diarre, trötthet och nedsatt aptit. Opåverkad vid undersökning. Fick råd och information. Anmäldes enligt SML. Var besvärsfri efter ytterligare en vecka, dvs totalt tre veckor efter insjuknande. Bror till nr 17. Kommentar: 19 Endolimax nana 7 årig pojke nyinflyttad från Peru. Sökte med två månader anamnes på nedsatt aptit och förstoppning. Opåverkad vid undersökning. Ingen behandling. Hänvisades till flygtningsmedicinskt centrum i Fittja.

Sidan 18 av 22 Kommentar: 2. Kliniska beskrivningar av patienter med negativt provsvar Klinik och kommentar 1 35 årig kvinna med diabetes. Två veckors anamnes på utslag och förstoppnig. Vid undersökning opåverkad, Ingen uppgift om bukstatus. Hudkostym: utslag över hela kroppen. Provtagning pga misstänkt sekundär allergi reaktion. Ingen uppföljning. Tveksam provtagning. Tveksam handläggning. 2 35 årig man med en veckas anamnes diarree, buksmärta och illamående. Hade inte varit utomlands. Kände sig i övrigt helt bra. Var opåverkad.. Lätt palpationsömhet i nedre delen av buken. Ingen behandling utöver råd och information. Ingen uppföljning. 3 32-årig man med analklåda och sveda sedan två månader. Obstipation ibland. Xyloproct utan effekt. Uppgift om status saknades. Rektoskopi misslyckades pga förekommande skybala. Planerades för ny rektoskopi. Ingen dokumentation om rektoskopikontroll gjort eller ej. Adekvat provtagning. Tveksam handläggning. 4 33 årig kvinna med astma, sökte akut med huvudvärk, illamående, kräkningar. Ej varit utomlands. Opåverkad och buk status ua. Ingen behandling. Ingen uppföljning Tveksam provtagning. Tveksam handläggning. 5 34-årig kvinna med psykiska besvär samt långdragen buksmärta och hemorrojder. Sedan en månad diarree, nattliga trängningar till defekation, blod per rectum. Opverkad.Kraftig palpationsöm i nedre delen av buken. Rektalundersökning ej möjlig pga analsmärta. Inga synliga ytliga hemorrojder eller irritation om kring analöppningen. Remitterades till gastroenterolog. Pat uteblev från koloskopi. 6 28 årig kvinna. Tidigare magsår. Noggrann matintag. Vattentunn diarrée och feber 37,8 sedan en vecka, kräktes vid ett par tillfällen. Status trött och tagen. Buk lätt öm diffust, något mer i epigastriet. Ingen behandling utöver råd och information. Mådde bra vid klinisk kontroll efter en vecka. 7 29 årig man med diarree, knipsmärta och svullnadskänsla buken samt klåda över kroppen. Hade varit i spanien. Inga sura uppstötningar eller halsbränna. Var opåverkad och buk status ua. Ingen behandling. Ingen uppföljning. 8 26 årig man med blodtillblandad diarré sedan några dagar. Ej varit utomlands. Åt kebab innan sjukdomsepisoden som pat misstänker ngt. Opåverkad. Buk öm diffust i vä fossa. PR: Blodblandad avföring på handsken. Rektoskopi generellt rodnad tarmslemhinna och färsk blod ej rikligt, ingen säker blödningskälla. Ingen behandling. Mådde bra vid klinisk kontroll efter två veckor.

Sidan 19 av 22 9 22 årig man ursprungligen från Afganistan med viktnedgång, buksmärta och nedsatt aptit. Status opåverkad, mager, buk öm i den nedre vänstra kvadranten. Ultraljud buk ua. Gastroskopi hiatusbråck. Behandlad med Pantoloc men fortsatt buksmärta av och till. 10 18-årig kvinna med diarré sedan en vecka. Initialt 4-5 ggr per dag, därefter 2-3 ggr dagligen. noggran med mat. Opåverkad. Buk ua. Ingen behandling. Ingen uppföljning. 11 15 årig flicka ursprungligen från Afghanistan. Trötthet, yrsel och hjärtklappning. Några kilo viktnedgång på två månader. Ibland magont med halsbränna och sura uppstötningar. Opåverkad. Mager. Lätt palpömhet i epigastriet och hö sida av nedre delen av buken. Lab järnbristanemi. Insatt Duroferon. Fortsatta magbesvär. DNA-prov visade trolig laktosintolerant.. Remitterades till dietist. Uteblev. Ingen ytterligare uppföljning. Adekvat provtagning. Tveksam handläggning. 12 13 årig flicka med krampliknande smärta centralt i buken av och till sedan cirka 3-4 månader. Då även får lös avföring. Ingen relation till mjölkprodukter eller gluteninnehåll. Varit i Syrien sex månader tidigare. Opåverkad. Öm centralt nedre delen av buken. Ingen behandling. Ingen uppföljning. 13 11-årig pojke med 2 veckors anamnes på buksmärta,diarrée, förstoppnig ibland. Opåverkad. Buk ua. Bedömdes som laktosintolerant. Remitterade till dietist. 14 11-årig flicka med diarrée och buksmärta sedan en månad. Opåverkad. Buk ua. Behandlad med Kåvepenin. Ingen uppföljning. Adekvat provtagning. Tveksam handläggning. 15 8 årig pojke. Periodvis magbesvär och analklåda sedan fem månader. Opåverkad. Buk ua. Remitterades till barnmott. Ingen uppgift om remissvar. Tveksam provtagning. Tveksam handläggning. 16 6 årig pojke med intermittenta besvär med diarréer omväxlat förstoppning sedan tre veckor. Opåverkad. Uppgift bukstatus saknas. Lab troligen ej laktosintolerant. Ingen uppföljning därefter. Adekvat provtagning. Tveksam handläggning. 17 4 årig flicka hänvisad för salmonellaprov efter akut besök Södersjukhuset. Opåverkad. Buk ua. Ingen behandling. Ingen uppföljning. 18 2 årig flicka med en veckas anamnes tunn, illaluktande diarree. Hade varit i Egypten. Opåverkad. Buk ua

Sidan 20 av 22 19 2 årig pojke med en veckas anamnes vattentunn diarrée, nedsatt aptit, ont magen. Ej varit utomlands. Opåverkad. Buk ua. Förbättrad vid kontroll. Adekvat provtagning.. Tveksam handläggning. 20 61 årig kvinna med diarreer, trötthet och viktnedgång 5 kg sedan veckor. Opåverkad. Öm under höger arcus.. Ingen behandling utöver rådgivning. Förbättrad vid kliniskt kontroll. 21 76 årig kvinna med diarre efter vistelse Turkiet. Lämnade prov via maken. Blev besvärsfri. 22 67 årig kvinna med munsår och gasbildning. Har varit i Indien en månad tidigare..opåverkad. Uppgift om bukstatus saknades. Förbättrad vid kontroll. 23 59 årig man med buksmärta, viss gasbildning och diarrée sedan två veckor. Tidigare liknande besvär i Irak. Opåverkad. Öm nedre delen av buken. Insatt på Papaverin och Dimetikon. Ingen uppföljning. Adekvat provtagning. Tveksam handläggning. 24 42årig man med diarreer. Har ett barn som haft springmask (Enterobius vermicularis). Var orolig och ville ta prov. Opåverkad. Buk ua. Ingen behandling. Adekvat provtagning. Tveksam handläggning. 25 39-årig man med lösa avföring sedan två månader. Från och till buksmärta., sura uppstötningar och halsbränna. Opåverkad. Öm i epigastriet. Behandlad som gastroesofagial reflux med Omeprazol. Ingen uppföljning. Adekvat provtagning. Tveksam handläggning.

Sidan 21 av 22 Bilaga 3. Tabell. Andel patienter med positiva provsvar i relation till journaluppgift om diarré och utlandsvistelse Andel patienter med positivt provsvar Uppgift diarré men ej uppgift utlandsvistelse Uppgift utlandsvistelse men ej uppgift diarré Uppgift både diarré och utlandsvistelse Barn 1/7 0/1 2/3 4/25 Vuxna 6/20 1/14 4/7 1/27 ALLA 7/27 1/15 6/10 5/52 Ej uppgift om diarré, ej uppgift utlandsvistelse

Sidan 22 av 22