Fecesdiagnostik i multiplexeran 180313 Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska Universitetssjukhuset
En kort resumé Odling standard sedan labbet bygdes på 60-talet Två lab med något olika rutiner Tropiklab på Östra sjukhuset med närheten till infektionsmottagningen Bakteriologiska laboratoriet i anslutning till Sahlgrenska sjukhuset Sammanslagning av båda avdelningarna ca 10 år sedan på Sahlgrenska
Utöver SSYC gjordes bedömningar av tarmflorans sammansättning - kraftigt reducerad aerob Gram-negativ tarmflora - riklig växt av Proteus mirabilis/klebsiella/enterobacter 1998-99 (ca?) EHEC-PCR -barn <10 år -blodig diarré -utlandsvistelse -diarré > 1 vecka -på begäran Snudd på alla redan här
2015 dags att införa panel Sex månader och ca 1200 prov senare: PCR + Odling PCR enbart Odling enbart Campylobacter 88 7 5 Salmonella 55 2 2 Shigella/EIEC 30 15* 0 Yersinia enterocolitica 2 12 21 April 2016 dags för start 966 prov negativa i både odling och PCR
Entamoeba histolytica Cryptosporidium Yersinia EHEC Giardia intestinalis Campylobacter Salmonella typhi Salmonella spp Shigella ETEC
Tre separata beställningar Virus, bakterier och parasiter Bakterier/parasiter Virus
Provtagningsmaterial: För bakteriell gastroenterit: E-swab För parasitdagnostik: Faeces i burk utan tillsats Provet delas vid behov och SAF-behandlas för mikroskopi
Prov till lab DAG 1 Provmaterial till lysbuffert samt Rapaportrör och peptonbuljong för Salmonella- och EHEC anrikning DAG 2 Material från Rappaportbuljong till lysbuffert Prov till extraktionsrobot och PCR Avläsning av kurvor DAG 2 DAG 2-3 Negativa prov svaras ut Positiva prov svaras ut och lämnas till utodling Prov där PCR:en inte blivit godkänd lämnas till odling, och besvaras på odlingsfynd
Anmälningspliktiga bakterier/infektioner Salmonella Campylobacter (jejuni/coli) Yersinia enterocolitica EHEC Shigella/EIEC -> Odlingsförsök görs för samtliga fynd -> Salmonella typas till grupp (A-E), resistensbestämning görs på alla men svaras bara på begäran -> Campylobacter görs resistensbestämning på begäran. -> Yersinia agglutination 3 och 9 samt API -> EHEC aggl. för O157, övriga görs på FoHM
Parasit-PCR Infördes maj 2017 Utförs på faeces utan tillsats av SAF-lösning Ingående agens: Giardia intestinalis Cryptosporidium spp Entamoeba histolytica Mikroskopi utförs fortfarande på begäran, vid andra frågeställningar samt som komplement på immunsupprimerade patienter
Icke anmälningspliktiga agens ETEC (Lt och St). Aeromonas hydrophila/sobriae -> Svaras direkt på PCR-fynd. Inga odlingsförsök görs.
Hur ska vi göra med uppföljning? Odlingsnegativitet traditionellt använt för friskrivning Misstro mot PCR som diagnostik av tarmpatogener Jämförande metodstudier fokuserar mest på så hög känslighet som möjligt vid första provtagningen Dåligt med dokumentation hur länge man kan detektera döda bakterier, men är det så länge som man tror, eller är det ett asymtomatiskt bärarskap vi fångar?
Hur väl stämmer PCR och odling överens?
Jämförelse PCR och odling 160421-180308 Antal prov 17448 Negativa 14861 Fynd PCR-positiva (antal patienter) Odlingspositiva/ Bekräftade Salmonella 351 (288) 346 Campylobacter 1344 (1187) 1200 EHEC 189 (126) 73 VT1 49 VT2 41 VT1+VT2 36 Y. enterocolitica 59 30 BT1A 6 typ 3 21 typ 9 3 EIEC(??) Shigella/EIEC 163 (128) 66 43 Aeromonas 132 ETEC 349
Odlingspositivitet i upprepade odlingar Provtagningstillfälle Salmonella Campylobacter 1 195/198 918/1033 2 22/23 103/125 3 9 av 10 14/17 4 5 av 5 4 av 4 5 1 av 3 6 2 av 2 # 7 1 av 1 8 1 av 1 9 1 av 1 10 1 av 1 11 1 av 1 12 1 av 1 # en av dessa odlingsnegativ prov 5
Salmonella och Campylobacter god överensstämmelse odling och O-typning av Salmonella fortsatt snabbt och enkelt sätt att tidigt upptäcka samband mellan fallen EHEC problem vid uppföljning av asymtomatiskt bärarskap. Kan ge långvarig avstängning Viktigt med rätt provtagningsindikation hur når vi ut till behandlande läkare? Kan man titta ännu mer på riskfaktorer för spridning är man redan gör? Sprider ett barn med förstoppning verkligen EHEC?
Shigella/EIEC är ett större problem -hur blir det med anmälan -vad händer med antibiotikaförskrivningen -hur gör man med uppföljning odling eller PCR? -vad säger smittskyddslagen? Shigella bör nästan alltid antibiotikabehandlas eftersom smittsamheten är hög Personer inom riskyrken ska lämna minst ett negativt fecesprov innan återgång till arbete förutsatt att patienten fullföljt en antibiotikabehandling med preparat som bakterien efter resistensbestämning visat känslighet för. Utan adekvat antibiotikabehandling krävs tre negativa fecesprover i följd och högst ett prov per dag.
Tack för uppmärksamheten