Equalis (55) CMV och EBV virusantikroppar 2014

CNS och lite annat

Equalis (55) CMV och EBV virusantikroppar 2014 Prov 2014-01 /11 /12 /13 /14 /15 CMV EBV CMV EBV CMV EBV CMV EBV CMV EBV Förväntat B B A B C C C B B B Deltagarna 18/19 17/19 19/19 19/19 19/19 18/19 19/19 19/19 19/19 18/19 Facit CMV EBV A = Aktuell/nyligen genomgången infektion 1 0 B = Tidigare genomgången primär infektion 2 4 C = Saknar påvisbara antikroppar 2 1 D = Ej säkert bedömbar (ange orsak) 0 0 2 Name and Date of the Lecture

Bra resultat! Några få missar. Prov Facit Rapporterat Kommentar 11 - CMV B = tidigare infektion A ; IgM +, IgG + IgM (2,2/0,9) 11 - EBV B D; EBNA -, IgG+, IgM - Kommenterat troligen tidigare inf D; EBNA +/-, IgG -, IgM + Begärt nytt prov för att påvisa serokonversion. Upptäcker resultatförväxling IgG/IgM 13 - EBV C = saknar antikroppar D; EBNA -, IgG +, IgM - Felaktigt IgGresultat 15 - EBV B C; EBNA +, IgG +, IgM - Feltolkning/ felrapportering 3 Föreläsningens namn

Borreliaantikroppar Prov A p-igg p-blot IgG p-igm p-blot IgM Csv-IgG Csv-IgM Index IgG Index IgM Positiv 41 5 1 0 6 0 1 0 Negativ 3 0 36 4 23 28 28 * 28 * Totalt antal 44 5 37 4 29 28 29 28 * = negativ eller ej utförd pga att inga antikroppar påvisats i csv. Relativt hög grad av samstämmighet avseende p-igg. De negativa resultaten förekommer i kit från två tillverkare där majoriteten av de som använder samma kit påvisat IgG- antikroppar och ibland i höga nivåer. Konfirmerande blot-tester är samtliga positiva med flera band. God samstämmighet avseende p-igm. Det laboratorium som påvisar IgM har ett värde 9 gånger över angiven cut off och bör analysera avvikelsen. De flesta laboratorierna påvisar inga antikroppar i csv. Av de som påvisar antikroppar i csv har ett laboratorium redovisat index talande för intratekal IgG-antikroppsproduktion.

Borrelianatikroppar prov B p-igg p-blot IgG p-igm p-blot IgM Csv-IgG Csv-IgM Index IgG Index IgM Positiv 42 5 2 0 19 7 1 2 Gränsvärde 0 0 0 0 1 2 0 0 Negativ 2 0 35 4 8 18 28* 26* Totalt antal 44 5 37 4 28 27 29 28** * = negativ eller ej utförd pga att inga antikroppar påvisats i csv. ** = Negativ kvotberäkning men svarad positiv utifrån Reiberdiagram. Hög samstämmighet avseende förekomst av IgG- och avsaknad av IgM-antikroppar i plasma. Majoriteten påvisar IgG-antikroppar i csv. De flesta laboratorier redovisar indexberäkning som ej talar för intratekal antikroppsproduktion. Två laboratorier redovisar positivt IgM-index.

Borreliaantikroppar prov C p-igg p-blot p-igm p-blot Csv-IgG Csv-IgM IgG IgM Positiv 38 5 35 4 27 26 Gränsvärde 2 0 1 0 0 0 Negativ 4 0 1 0 0 0 Totalt antal 44 5 37 4 27 26 Relativt hög samstämmighet avseende p-igg och IgM. Alla påvisar både IgG- och IgM-antikroppar i csv. Samtliga som utfört indexberäkningar har fått dessa positiva för både IgG och IgM. Alla utom 1 avvikande resultat är analyserade med kit från samma leverantör. Alla lämnar samma tolkning av resultaten.

Borreliaantikroppar prov D Sammanfattning Prov D Alla laboratorier utom 1 får negativa resultat i IgG- och IgM-analyserna för både plasma och csv. Det laboratorium som avviker har redovisat ett gränsvärde för p-igg. Sammanfattning I huvudsak bra resultat i detta utskick. Det är fortfarande problem med att fylla i svarsresultaten på ett adekvat sätt så att resultaten går att databearbeta. Många fyller inte i uppgifter om cut off-värden. Någon har inte ens angivet vilket kit man använder! De av EQUALIS givna tolkningskommentarerna är fortfarande inte riktigt bra och upplevs av vissa deltagare som inadekvata eller svåra att använda. Expertgruppen kommer att arbeta med att förbättra svarsblanketten och kommentarerna.

Bakteriell meningit Av 11 deltagande laboratorier rapporterade 10 förväntat resultat för alla rapporterade prover. 2 laboratorier rapporterade inte analyser för H. influenzae Ett laboratorium påvisade inte panelens 2 prover med H. influenzae. Detta laboratorium använde ett kommersiellt kit som även användes av annat laboratorium där H. influenzae påvisades. Två laboratorier redovisade avsevärt lägre CT-värden (7 11 CT-steg) än övriga laboratorier, men DNA-extraktionsmetodik (plattform, extraktionsvolym, eluatvolym), provvolym till PCR eller PCR-apparat kunde inte kopplas till de två laboratorierna med låga CT-värden. Inställningar av tröskelgränser för positiv signal eller analysalgoritm kan eventuellt förklara skillnaderna.

VZV-, Morbilli- och Parotit-ak 1 VZV: I prov 1 får 3 av 9 lab gränsvärde för IgG som förväntats vara negativt. Detta gäller prov som analyserats med Enzygnost och Liaison. Kan detta skapa problem vid immunitetsfrågeställning? Morbilli: Ett prov med 1 negativ, 7 gränsvärde och 3 positivt. Slumpmässig fördelning mellan kit. Parotit: 2 prov med avvikelser.

Morbilli- och Parotit-ak Folhälsomyndigheten vill ha in serumprov prov på alla som blir IgM-positiva. Om möjligt gärna också saliv-, nasofarynxoch/eller urinprov för att genotypning ska kunna utföras (kostnadsfritt).

Blododling 2014:01/ A Capnocytophaga canimorsus 14/23 detekterade och artbestämde korrekt. Ytterligare 4 rapporterade växt av annan bakterieart. Bactec växt i 2/6. Artbestämning med Maldi-TOF 12/23. Referensmetodiken rekommenderar 10 dygns inkubation och utodling av flaskor som ej larmat. Funderingar: Indikationer för att inkubera 10 dagar? Indikationer för att odla ut negativa flaskor?

Blododling 2014:01/B Candida parapsilosis 19/23, 4 rapporterade växt av jästsvamp.

Blododling 2014:02/A och B A: Streptococcus pneumoniae 25/25. Kommentar: Maldi-TOF bör kombineras med optochin-lapp. B: Enterococcus faecium 25/25 (ca 40 CFU/ ampull) Bacteroides fragilis 6/25 (ca 200 cfu/ampull) Kommentar: Förlängd inkubationstid vid bukabscesser rekommenderas.

Blododling 2014:03/A och B A: Serratia marcescens 24/26 (2/26 påvisade Klebisella oxytoca). B: Klebsiella oxytoca 23/26, 1/26 K species, 2/26 Serratia marcescens. Kommentar: 2 laboratorier tycks ha förväxlat proven vilket inte är acceptabelt. Artbestämning för K oxytoca knepig oavsett vilken metod som används med flera näraliggande arter. Flera lab angav inte vilket odlingssystem som användes.

Blododling 2014:04/A och B A: Staphylococcus lugdunensis 24/24 18/23 använde Maldi-TOF för artdiagnostik. B: Bacteroides thetaiotaomicron 12/24, annan Bacteroides-art 5/24, ingen växt 6/24, KNS 1/24. Ampullen innehöll ca 50 CFU.

Noro- och Sapovirus Syfte: Genetisk variation, analytisk sensitivitet och specificitet 17 av 27 laboratorier analyserade för sapo Många falskt negativa, primer och probe? Sapovirus Prov nr Genotyp CT-värde Antal positiva prov/antal analyserade prov 2014:01/4 GV.1 19 11/17 2014:01/7 GII.1 26 15/17 6 2

Norovirus Alla labb påvisade den vanligaste genotypen GII.4 Primer/probe för mindre vanliga genotyper? Ett labb erhöll fel genotype för 3 av 4 prover Norovirus Prov nr Genotyp CT-värde Antal positiva prov/antal analyserade prov 2014:01/2 GII.3 26 24/27 recombinant 2014:01/3 GII.4 15 27/27 2014:01/5 GI.6 31 22/27 2014:01/8 GII.4 27 27/27 3 5

Adeno och rotavirus Syfte: Genetisk variation, analytisk sensitivitet och specificitet Prov 2014:01/ Typ Adeno, antal rätt 1 Rotavirus typ G1P8, Ct-värde 22.0* 25/25 26/26 2 Adenovirus typ 40, Ct-värde 20.7 16/25 17/26 3 Rotavirus typ G9P8, Ct-värde 33.1 24/25 17/26 4 Negativ 22/25 25/26 5 Adenovirus typ 41, Ct-värde 21.2 23/25 17/26 6 Rotavirus typ G2P4, Ct-värde 21.6 Bifynd: svagt positiv för Sapovirus 24/25 23/26 7 Rotavirus typ G12P8, Ct-värde 28.7 24/25 21/26 8 Rotavirus typ G3P8, Ct-värde 25.5 24/25 23/26 Rota, antal rätt

Adeno i feces Metod Antal utförda paneler Antal (andel) korrekta analyssvar Antal (andel) falskt positiva provsvar Antal (andel) falskt negativa eller ej bedömbara svar ELISA 1 8/8 (100%) 0/6 (0%) 0/2 (0%) PCR 10 76/80 (95%) 4/60 (7%) 0/20 (0%) Immunokrom atografi 14 98/112 (88%) 3/84 (5%) 11/28 (39%) Fyra prov (7%) kontaminerade i PCR Immunokromatografi, 39% falskt negativa och 5% falskt positiva.

Rota i feces Metod Antal utförda paneler Antal (andel) korrekta analyssvar Antal (andel) falskt positiva provsvar Antal (andel) falskt negativa svar ELISA 1 6/8 (75%) 0/3 (0%) 2/5 (40%) PCR 11 82/88 (93%) 0/33 (0%) 6/55 (11%) Immunokroma tografi 14 81/112 (72%) 19/42 (45%) 12/70 (17%) Sex prov (11%) falskt negativa i PCR (primer/probe?) Immunokromatografi, 17% falskt negativa och 45% falskt positiva. -Merparten av falskt negativa erhölls med Diarlex MB. -Merparten av falskt positiva erhölls med VIKIA Rota-Adeno.

EHEC-panelen 2014 pilotutskick O157:H7, eae+, stx1-, stx2+ 16 labb fecessuspension 8 X10 5 4 x10 3 40 0 7 X10 8 2015-03-18 22

EHEC-panelen 2014 resultat 8 X10 5 4 x10 3 40 0 15/16 labb 2st stx1 CT: 17-40,5 13/16 labb 2st stx1 CT: 17-36,5 0/16 labb 0/16 labb 2015-03-18 23

Fecesdiagnostik bakterier - Yersinia Falldefinitionen: Y enterocolitica utom typ 1A samt Y pseudotuberculosis 2015-03-18 24

Fecesdiagnostik bakterier - Yersinia 24 deltagare målbakterier i spädningsserie tillsatta till bakgrundsflora, dvs kontaminanter Målbakterie Koncentration Y enterocolitica typ 3 Y enterocolitica typ 3 Y enterocolitica typ 3 Y enterocolitica typ 1A Y enterocolitica typ 1A 2 x 10 5 cfu/ml 2 x 10 4 cfu/ml 2 x 10 3 cfu/ml 4 x 10 5 cfu/ml 2 x 10 4 cfu/ml 2015-03-18 25

Resultat Yersinia enterocolitica Typ 3 (cfu/ml) 2 x 10 5 2 x 10 4 2 x 10 3 Antal med korrekt resultat 23/24 21/24 16/24 2st: växt/misstänkt växt avyersinia i negativa provet Y. enterocolitica typ 1A- alla påvisade men Många olika svarsalternativ: - Typ 1A - Ej 3 eller 9 - Eskulinpositiv bakterie - Ej humanpatogen Y. enterocolitica biotyp 1A. Vanligen ej humanpatogen men kan i bland orsaka gastroenteritsymptom. Fyndet är inte anmälningspliktigt enligt smittskyddslagen. 2015-03-18 26

Helicobacter pylori-antigen Den deltagare som har svarat prov B som positivt bör undersöka orsaken. Undantaget detta resultat ses total överenstämmelse för 3 av proven (A,B,D). Reagens från 6 olika leverantörer används av deltagarna. Analys av det svagt reaktiva provet (C) illustrerar den högre prestandan hos EIA-tester jämfört med immunkromatografiska tester.

Helicobacter pylori, antikroppar Bra resultat överlag. Prov B: Rent statistiskt kan man förvänta sig en fördelning med resultat från negativt till positivt när provet är lågpositivt, men om den test man använder får upprepat negativt i lågpositiva prov kan detta innebära att testen har lägre sensitivitet.

STI och blod

Mycoplasma genitalium (Mg) utskick 2014 Tillhör sexuellt överförbara infektioner Mål: att extrahera nukleinsyra samt påvisa Mg med PCR Prov nr Spädningar Resultat lev Resultat deltagarna 2014:01/A 1x10-2 Positiv 19/26 2014:01/B 1x10-4 Gräns (neg) 26/26 neg 2014:01/C 1x10-3 Positiv 5/26 2014:01/D neg negativ 26/26 2014:01/E 1x10-5 negativ 26/26 2014:01/F 1x10-1 Positiv stark 24/26

31.Blodsmitta (screening) 2014, 35 deltagare Bra resultat! Prov nr 2014-01 Spädning HIV 1/2- Ak HIV-Ag HTLV 1/2 HBsAg HBc-Ak HCV-Ak /1 1/60 N N N N* N Pos /2 Osp N N N N Pos N /3 1/300 Pos N N N N N /4 Osp N N N N N N** /5 1/100 Pos*** N Pos N N N /6 1/40+ 1/1000 N N Pos Pos Pos N /7 1/5000 Pos*** N N N N N *Falskt reaktivt med Architect (Abbott), låga värden, 32/32 användare **Falskt reaktivt/gråzon med Architect, reaktiv 1/32, gråzon 3/32 ***HIV 2-positiva prov, missas med ett test (antikroppstest) (1 lab)

Luftvägar och urin

Chlamydophila pneumoniaeantikroppar EIA-testerna uppvisar förväntade reaktiviteter och korrekta resultat. MIF-testerna uppvisar varierande resultat. Dessa analyser är beroende av subjektiv bedömning vid avläsning i mikroskop, vilket kan vara orsak till variationerna.

Sputumodling De flesta laboratorier detekterar förväntade patogener. Stora skillnader i mängdbedömningen. Många underskattar mängderna inte bra med tanke på rapportering av fynd och relevans! Många laboratorier redovisar arter som ingår i normal munflora (S anginosus, H parainfluenzae, Neisseria sicca).

Virtuell sputummikroskopi 1 Prov 1 kom från patient på akutmottagningen. Odlingen visade signifikant mängd av Pseudomonas aeruginosa. Prov 2 kom från patient på lungmottagningen. Odlingen visade signifikant mängd av Haemophilus influenzae Prov 3 Från IVA. Därifrån brukar vi vanligen få BAL-prov eller andra typer av trakeala prov. Vår bedömning var att provet inte härrörde från de nedre luftvägarna (ej representativt) och företagen odling visade inga luftvägspatogener. Bland deltagarna har två bedömt provet som tveksamt representativt, övriga som ej representativt. Prov 4 kom från patient på lungavdelningen. Vår primära bedömning var att provet var tveksamt representativt. Att det troligen inte rört sig om ett prov från nedre luftvägarna kan möjligen stärkas av att odlingen endast visade normal övre luftvägsflora utan inslag av potentiella luftvägspatogener. Åtta deltagare gjorde samma bedömning som materialleverantören, medan fyra ansåg provet vara representativt.

Virtuell sputummikroskopi 2 Deltagarna inte hade problem att identifiera representativa prov. Olika uppfattningar fortfarande gäller vid bedömningen i de fall epitel dominerar eller när relationen av epitel/inflammatoriska celler inte är helt säker. Med hänsyn till att nya avläsare kan tillkomma på labben och att avläsningarna på många håll utförs av andra än läkare är det av värde för labben att delta i utskicket för att säkerställa att inte glidningar i bedömningarna sker över tid.

Urinodling De flesta laboratorier påvisar rätt arter. Vissa svårighet vid flera arter i samma odling. Mängdbedömningen varierar och ger avvikelser i relevansbedömningen. Anamnes viktig för relevansbedömning t ex prov B från patient med ryggmärgsskada.

Procent RSV - 25 analyssvar från 22 olika laboratorier 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 100 78 0 IF Imunokromatografi PCR Uppodlade prov RSVA och RSVB på Ma104 celler Antal IF-analyserade paneler med helt korrekt svar: 8/8 100% Antal Immunokromatografi-analyserade paneler med helt korrekt svar: 0/8 0% Antal PCR-analyserade paneler med helt korrekt svar: 7/9 78% Immunkromatografi Directigen QuickVue TRU RSV Klarar ej Ct-värde >27.0 ca 10 6 RNA kopior/ml IF direkt Imagen PathoDx Alla rätt PCR, in-house Realtids PCR, in-house RSV A missades se över primer och probe

Ct-värden Influensa A/B nukleinsyra Svårare panel än tidigare år lågpositiva prov. 21 laboratorier deltog 52% hade alla rätt 50 40 30 20 Ct värden prov 1-10 alla 21 deltagande lab 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 10 14 15 16 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 provnummer 17 18 19 20 21 medel

Ct-värden Missar på svaga prov, där också typning A/B fallerade. PCR assay riktad mot NS2 genen för Influensa A samt segment 5 för influensa B gav sämst resultat. Qiagens M48 och Roche Magnapure, presterade sämre. 45 40 35 30 MagNA Pure = blå BDMax = röd 25 20 14 20 15 10 5 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

Ct-värden Jämförelse Ct-värden Simplexa kod 2, GeneXpert kod 18 samt BD-MAX kod 14 De två nya snabbtesterna som förekommit i årets panel (Simplexa direct Flu, Cepheid GeneXpert) klarar utmaningen bra vilket även BD-MAX gör som bygger på ett färdigt walk-away koncept men tar längre tid än de två snabbtesterna.

Panelresultat Resistens /parasitologi

Meticillin resistenta Staphylococcus aureus MRSA 2014:01A-E Molekylärbiologisk metodik 14 laboratorier Detektion av nuc gen/sa442 S. aureus meca gen - för meticillin-resistens orfx+ SCCmec samtidig detektion S.aureus och meticillin-resistens Odlingsdiagnostik 7 laboratorier Fenotypisk detektion samt resistensmetodik kompletterat med molekylärbiologi i vissa fall

5 prov, ampuller, med varierande innehåll MRSA, MSSA, KNS Dag 0 Dag 1 37 C 16 tim + 2ml buljong 100 mikrol Kontroll av sensitivitet PCR Kontroll av anrikningsbuljong

Molekylärbiologisk metod för MRSA screening (14 laboratorier) Prov 2014:01A-E A CFU/ml B CFU/ml C CFU/ml D CFU/ml E CFU/ml Konc S.aureus Nuc-gen pos Konc MRSA Nuc-gen pos påvisar dag 0 påvisar dag 1 1x10 5 1x10 5 5x10 4 4x10 2 1x10 4 1x10 3 1x10 3 6 1 5 5 1 14/14 13/14 12/14 11/14 9/14 I alla prov finns dessutom S. epidermidis + S. warneri 4 x 10 7 CFU/ml MRSA konc: A, C, D, E, B

Resultat odlingsdiagnostik MRSA 7 st laboratorier 2014:01A-E MRSA A 5x10 4 B 4x10 2 C 1x10 4 D 1x10 3 E 1x10 3 CFU/ml CFU/ml CFU/ml CFU/ml CFU/ml Konc MSSA Nuc-gen pos 1x10 5 1x10 5 Dag 1 7/7 7/7 7/7 7/7 7/7 Alla lab med screening via odling påvisade korrekt MRSA i alla prov!

Parasitmorfologi UK Neqas Fecesparasiter mars - augusti 2014 Mån Prov Förväntat fynd Resultat Mar 1 2 3 Oocystor av Cryptosporidium sp. Inget fynd Oocystor av Cryptosporidium sp. 1 16/16 alla rätt! 2 15/16 3 16/16 alla rätt! Maj 1 2 Juni 1 2 Ägg av Diphyllobotrium latum Inget fynd Trofozoiter av Giardia intestinalis Ägg av Ascaris lumbricoides och Taenia sp 20/21 20/21 18/18 alla rätt! 14/19 Trofozoiter av G. intestinalis Foto: Anders Magnusson Folkhälsomyndigheten Aug 1 2 Ägg av Hakmask och cystor av Entamoeba coli Protoscolices och hakar av Echinococcus granulosus 14/20 19/19 alla rätt! 2015-03-12 47

Parasitmorfologi UK Neqas Fecesparasiter sept 2014 feb 2015 Mån Prov Förväntat fynd Resultat Sep 3 1 2 Sep 30 1 2 Nov 1 2 Feb 1 2 Trofozoiter av Giardia intestinalis Dientamoeba fragilis och Blastocystis hominis Ägg av A. lumbricoides, Trichuris trichiura Schistosoma japonicum Cystor av Giardia intestinalis Ägg av Heterophyes heterophyes Ägg av Toxocara canis Ägg av A. lumbricoides Ägg av Capillaria philippinensis 15/15 alla rätt! 0/10 19/21 (3/21) 20/20 alla rätt! 1/19 (2/19) 19/20 18/21 16/21 Ägg av S. japonicum Foto: CDC 2015-03-12 48

Parasitmorfologi UK Neqas Blodparasiter mars aug 2014 Mån Förväntat fynd Resultat Mar Mikrofilarier av Loa loa 12/17 Maj Plasmodium falciparum < 1 % Juni Plasmodium falciparum < 1 %, Plasmodium ovale 14/22 4/20 Aug Plasmodium vivax 19/21 Mikrofilaria av Loa loa Foto: CDC 2015-03-12 49

Parasitmorfologi UK Neqas Blodparasiter sept 2014 feb 2015 Mån Förväntat fynd Resultat Sep 3 Plasmodium malariae 20/22 Sep 30 Inget fynd 16/21 Nov Plasmodium falciparum 1 4 % 18/22 Feb Plasmodium ovale 1/21 Trofozoiter av P. falciparum i tjock droppe Foto: CDC 2015-03-12 50

Vad bra det gick! HIV/HTLV-diagnostik, 2014:01/1-6 HIV antigen, 2014:01/11-12 HSV 1 och 2 antikroppar, 2015:01/1-5 C trachomatis nukleinsyra 2014:01/A-F Molekylärbiologisk detektion av VRE 2014:01/A-E