Bakteriologisk diagnostik

Transkript

1 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort Bakteriologisk diagnostik Antikroppsbestämning B. pertussis IgG- och IgA-Ak / P EIA Tecan FreedomEVOlyzer IU/ml Borrelia IgG- och IgM-Ak / P/ Csv CLIA Liaison XL Chlamydophila pneumoniae IgG- och IgM-Ak / P EIA Tecan FreedomEVOlyzer Difteri toxin-ak NT Ljusmikroskop IU/ml Helicobacter pylori IgG-Ak EIA Tecan FreedomEVOlyzer Mycoplasma pneumoniae IgG- och IgM-Ak / P EIA Tecan FreedomEVOlyzer yfilis IgG- och IgM-Ak / P CMIA Architect yfilis IgM-Ak EIA Tecan FreedomEVOlyzer yfilis IgG- och IgM-Ak / P ECLIA cobas 8000 e602 H, yfilis TPPA / P/ Csv AGGL yfilis VDRL / P/ Csv FLOCKN Ljusmikroskop Tetanus IgG-Ak EIA Tecan FreedomEVOlyzer IU/ml Blod/ Cerebrospinalvätska Bakterier samt jästsvamp och mögelsvamp Blod ODL AE+AN BacT/Alert3D H, Bakterier samt jästsvamp och mögelsvamp Csv ODL AE+AN BacT/Alert3D H, 1(15)

2 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort Jästsvamp och mögelsvamp Blod ODL Bactec H, Pneumokock-DNA, Haemophilus influenzae- DNA, Meningokock-DNA. (Meningitbakterier) Csv/ isolat PCR PH, MP96, LC 480 H, Faeces Clostridium difficile-toxin B-DNA F PCR GenomEra CDX H, EHEC-, EPEC-, ETEC- och EIEC-DNA F PCR CA1200/ Qiagility, Quanttudio 6 Flex Helicobacter pylori-ag F IMKR almonella, higella, Yersinia, Campylobacter, Aeromonas, Plesiomonas, Vibrio, Clostridium difficile. (Patogena tarmbakterier) F ODL H Genitala prov Bakterier och jästsvamp Cervix/ uretra ODL WCA (H), TLA (), manuelt H, Chlamydia trachomatis- och Neisseria gonorrhoeae-dna Cervix/ uretra/ U/ vaginalsekret/ vaginalsekret i urin NAT; DA BD Viper H Mycoplasma genitalium-dna U/ cervix- och uretrasekret i urin PCR PH, MP96, LC480 H Neisseria gonorrhoeae ekret/ cervix/ uretra/ rektum ODL H Neisseria gonorrhoeae-dna, konfirmation Cervix/ uretra/ U/ vaginalsekret/ vaginalsekret i urin PCR BD MAX H 2(15)

3 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort Luftvägar Arcanobacterium haemolyticum ekret/ svalg ODL Bordetella pertussis- och Bordetella parapertussis-dna Chlamydophila pneumoniae-dna Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronk-sekret/ BAL/ sputum Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum PCR PH, MP96, CFX96 PCR PH, MP96, CFX96 Corynebacterium diphtheriae ekret/ svalgsekret/ sårsekret ODL Legionella BAL/ luftvägar/ trakealsekret/ vävnad/ kultur ODL Legionella species-dna Trakelalsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum PCR PH, MP96, Quantstudio 6 Flex Legionella pneumophila-dna Trakealsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum PCR PH, MP96, CFX96 Mycoplasma pneumoniae- DNA Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronk-sekret/ BAL/ putum Patogena luftvägsbakterier ekret/ Nf/ svalgsekret ODL Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp BAL/ borste/ bronk/ gingiva/ sinus ODL Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp Trakelasekret/ Bronksekret/ Trakealtubsekret PCR PH, MP96, CFX96 ODL Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp putum ODL WCA (H), TLA (), manuelt WCA (H), TLA (), manuelt WCA (H), TLA (), manuelt WCA (H), TLA (), manuelt H, H, H, H, 3(15)

4 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort år/ekret Patogena bakterier ekret/ punktat/ dränage/ vävnad/ pleurakateter/ faeces ODL AE+AN WCA (H), TLA (), manuelt H, Urin Legionella pneumophila-ag U IMKR H, Pneumokock-Ag U IMKR H, Patogena bakterier U ODL WCA (H), TLA (), manuelt H, Övrigt, bakteriologisk diagnostik Artbestämning av bakterier Kultur MALDI-TOF Maldi Biotyper 3.0, Microflex LT/H, Bruker H, Art-/Resistensbestämning VITEK2 H, Resistensbestämning RE; DIK Diskdiffusion H, Resistensbestämning, MIC RE Gradienttester mg/l H, Resistensbestämning, MIC RE, mik ensititre Vizion, ensititre Autoinoculator AIM mg/l Resistensbestämning av anaeroba bakterier, MIC RE; Agarspädning mg/l 4(15)

5 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort Mykobakteriologisk diagnostik Artbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier - DNA EKV Termocykler, ABI Prism 3130 Avant Genetic Analyzer Artbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier - DNA PCR/ HYBR Termocykler, Twincubator Art- och molekylärbiologisk resistensbestämning av MAC, M. Abcessus-komplexet och M. chelonae PCR/ HYBR Termocykler, Twincubator Molekylärbiologisk resistensbestämning av Mycobacterium tuberculosis-komplexet-dna PCR/ HYBR Termocykler, Twincubator Mycobaterium tuberculosis-komplexet-dna ekret/ vävnader/ kroppsvätskor PCR Mykobakterier ekret/ vävnader/ kroppsvätskor MIKR NorDiag Arrow cobas TaqMan 48 Aerospray TB Fluorescensmikroskop Mykobakterier ekret/ vävnader/ kroppsvätskor ODL BACTEC MGIT960 Mykobacterium tuberculosis-komplexet RE BACTEC MGIT960 TB-antigen, Interferon-gamma Blod EIA Tecan FreedomEVOlyzer Mykologisk diagnostik Artbestämning av jästsvamp och mögelsvamp MALDI-TOF Maldi Biotyper 3.0, Microflex LT/H, Bruker H, Aspergillus-Ag / BAL EIA Fotometer Aspergillus-DNA Blod/ P/ BAL/ vävnad PCR MagNA Pure LC, LC480 H 5(15)

6 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort Cryptococcus-Ag / Csv Lateral Flow Assay H, Dermatofyter, jästsvamp, mögelsvamp Nagel/ hudskrap/ hår ODL Dermatofyt-DNA, Trichophyton interdigitale-dna och Trichophyton rubrum-dna Nagel/ hudskrap (från fötter) PCR PH, MP96, ABI7500 Pneumocystis jiroveci-dna BAL/ sputum PCR MagNA Pure LC, ABI7500 H Resistensbestämning av jästsvamp och sporulerande mögelsvamp EUCAT mg/l Resistensbestämning av jästsvamp och Aspergillus mögelsvamp RE, mik ensititre Autoinoculator AIM mg/l H, Dermatofyter, jästsvamp, mögelsvamp hudskrap/ hår/ sekret/ vävnader/ kroppsvätskor MIKR Fluorescensmikroskop, Ljusmikroskop Jästsvamp, mögelsvamp sekret/ vävnader/ kroppsvätskor MIKR Fluorescensmikroskop, Ljusmikroskop H Jästsvamp, mögelsvamp och endemiska (dimorfa) svampar ekret/ vävnader/ kroppsvätskor ODL H, Parasitologisk diagnostik Cryptosporidier F MIKR Ljusmikroskop H Cystor och maskägg F MIKR Ljusmikroskop H Leishmania Benmärg/ sår MIKR Ljusmikroskop H Malaria Blod MIKR Ljusmikroskop H, Mikrofilaria Blod MIKR Ljusmikroskop H 6(15)

7 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort Mikrofilaria Hud MIKR Ljusmikroskop H chistosoma U/ biopsi MIKR Ljusmikroskop H pringmask (Enterobius vermicularis) Tejpprov MIKR Ljusmikroskop H trongyloides F ODL, MIKR Ljusmikroskop H Cryptosporidium spp-dna, Entamoeba histolytica-dna och Giardia intestinalis-dna Tarmparasiter-DNA F PCR BD MAX H Toxoplasma gondii IgG-Ak CMIA Architect Toxoplasma gondii IgM-Ak CMIA Architect Toxoplasma gondii-dna Blod, Csv, fostervatten PCR MagNA Pure 96, ABI 7500 H Trofozoiter F färsk MIKR Ljusmikroskop H Trypanosoma Blod MIKR Ljusmikroskop H Vårdhygienisk diagnostik Heterotrofa bakterier Bassängvatten ODL CFU/mL Pseudomonas aeruginosa Bassängvatten ODL CFU/100mL Viabla mikroorganismer Viabla mikroorganismer Cellsuspension, medium, trombocytkoncentrat och andra blodprodukter utan antibiotika Cellsuspension och medium, med antibiotika ODL CFU/mL H, ODL CFU/mL H, Patogena bakterier Bröstmjölk ODL CFU/mL H 7(15)

8 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort Bakterier, jästsvamp och mögelsvamp Renat vatten, hemodialysvätska ODL CFU/mL Bakterier, jästsvamp och mögelsvamp Heterotrofa bakterier, Pseudomonas aeruginosa, Legionella och mykobakterier Renat vatten, hemofiltrationsvätska köljvätska från endoskopdiskdesinfektor, ODL CFU/100mL ODL CFU/100mL Endotoxin Renat vatten, hemodialysvätska, hemofiltrationsvätska och övrigt vatten Endoafe- MC system EU/mL EBL (screening) F/ ekret/ U ODL H, Legionella Vatten ODL CFU/100mL MRA-DNA, nucgen (screening) Näsa/ ekret/ U ODL, PCR Xiril, ABI7500 H, MRA-DNA, nucgen- och meca gen (verifiering) ODL, PCR, MALDI-TOF LC 2.0 (H)/ Quantstudio 6 Flex (), Maldi Biotyper 3.0, Microflex LT/H, Bruker H, VRE-DNA (screening) F/ ekret/ U PCR, ODL Bullet, ABI7500 H VRE-DNA (verifiering) ODL, PCR, MALDI-TOF ABI7500, Maldi Biotyper 3.0, Microflex LT/H, Bruker H 8(15)

9 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort Virologisk diagnostik Adenovirus-DNA, bocavirus-dna, coronavirus OC43-RNA, coronavirus NL63-RNA, coronavirus HKU1-RNA, coronavirus 229E-RNA, enterovirus- RNA, metapneumovirus-rna, parainfluensavirus 1, 2 och 3-RNA och rhinovirus- RNA Nf/ Nf asp/ BAL/ trakealsekret PCR PH, MP96, LC480 Luftvägsvirus utvidgad diagnostik Influensa A-virus-RNA, Influensa B-virus-RNA och Nf/ Nf asp/ BAL/ trakealsekret PCR Integrated Cycler H,, ö R-virus-RNA Adenovirus Adenovirus-DNA / P PCR; kvant PH, MP96, ABI7500 Kopior/mL H Adenovirus-DNA F/ kornea/ konjunktivalsekret/ svalg PCR PH, MP96, ABI7500 (H)/ LC480 () H, CMV CMV-DNA Vävnad PCR PH, MP96, ABI7500 H CMV-DNA BAL/ P/ U/ / Csv PCR; kvant PH, MP96, ABI7500 IU/mL H 9(15)

10 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort CMV IgG-Ak / P CMIA Architect Au/mL EIA BEPIII CMV IgG-Ak / P ECLIA cobas 8000 H, CMV IgM-Ak / P CMIA Architect EIA BEP III CMV IgM-Ak /P ECLIA cobas 8000 H, EBV EBV-DNA / P PCR; kvant PH, MP96, ABI 7500 Kopior/mL H EBV EBNA IgG-Ak / P CMIA Architect EBV VCA IgG-Ak EBV VCA IgM-Ak / P / P ELFA Vidas CMIA Architect ELFA Vidas CMIA Architect Enterovirus Enterovirus-RNA Csv/ F PCR PH, MP96, ABI7500 H, Hepatit A-, B-, C- och D-virus Hepatit A IgM-Ak (anti-hav IgM) / P ECLIA cobas 8000 e602 H, Hepatit A IgG- och IgM-Ak (anti-hav) / P ECLIA cobas 8000 e602 H, 10(15)

11 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort Hepatit B core-ak (anti-hbc) / P ECLIA cobas 8000 e602 H, Hepatit B core IgM-Ak (anti-hbc IgM) / P ECLIA cobas 8000 e602 H, Hepatit B e-ak (anti-hbe) / P ECLIA cobas 8000 e602 H, Hepatit B yt-ak (anti-hbs) / P ECLIA cobas 8000 e602 H, Hepatit B e-ag (HBeAg) / P ECLIA cobas 8000 e602 H, Hepatit B yt-ag kvant (HBsAg kvant) / P ECLIA cobas 8000 e602 IU/mL H, Hepatit B-DNA / P/ Csv PCR; kvant cobas 6800 ystem IU/mL H Hepatit B yt-ag (HBsAg) / P ECLIA cobas 8000 e602 H, Hepatit B yt-ag konfirm (HBsAg konfirm) / P ECLIA cobas 8000 e602 H, Hepatit C-Ak / P ECLIA cobas 8000 e602 H, Hepatit C-Ak konfirmation INNO-LIA AutoBlot 3000 H, Hepatit C-RNA / P PCR; kvant cobas 6800 ystem IU/mL H Hepatit D-Ak EIA Fotometer H Herpes simplex Herpes simplex 1- och 2-DNA Csv, Blåsa, konjunktivalsekret, serum, nf sekret och svalgsekret. PCR Intregrated Cycler H, Herpes simplex 1- och 2-DNA Blåsa NAT; DA BD Viper H Herpes simplex 1- och 2-DNA ekret/ kornea/ konjunktivalsekret PCR PH, MP96, LC480 Herpes simplex 1 och 2 IgG-Ak / P CLIA Liaison XL 11(15)

12 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort Herpes simplexvirus IgG-Ak / P CLIA Liaison XL Herpesvirus 6 Herpesvirus 6 (HHV-6) -DNA P/ / Benmärg PCR; kvant PH, MP96, ABI 7500 Kopior/mL H HIV och HTLV HIV-1/HIV-2-Ag/Ak / P ECLIA cobas 8000 H, HIV-1-/HIV-2-Ak konfirmation / P IMKR Geenius H, HIV p24 antigen och HIV p24 antigen neutralisationstest / P EIA pektrofotometer H, HTLV-1/HTLV-2-Ak / P ECLIA cobas 8000 H, HIV-1-RNA P PCR; kvant cobas 6800 ystem kopior/ml H Morbillivirus Morbillivirus IgG-Ak / P EIA BEP III miu/ml Morbillivirus IgM-Ak / P EIA BEP III Morbillivirus-RNA / U/ Nf asp/ Nf PCR PH, MP96, Quantstudio 6 Flex Norovirus Norovirus GI- och GII- RNA F/ kräkning PCR GeneXpert H,, ö 12(15)

13 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort Parechovirus Parechovirus-RNA Csv/ F PCR PH, MP96, ABI7500 H, Parotitvirus Parotitvirus IgG-Ak / P EIA BEP III Parotitvirus IgM-Ak / P EIA BEP III Parvovirus B19 Parvovirus B19-DNA Benmärg PCR PH, MP96, ABI 7500 H Parvovirus B19-DNA / P PCR; kvant PH, MP96, ABI 7500 Kopior/mL H Parvovirus B19 IgG- och IgM-Ak / P CLIA Liaison XL Rotavirus Rotavirus-RNA F/ kräkning PCR PH, MP96, ABI7500 (H)/ LC480 () H, Rubellavirus Rubellavirus IgG-Ak / P EIA BEP III CMIA Architect IU/mL Rubellavirus IgG-Ak / P ECLIA cobas 8000 H, Rubellavirus IgM-Ak / P 13(15) ELFA Vidas EIA BEP III

14 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Komponent ystem Metod Utrustning Enhet Ort apovirus apovirus-rna F/ kräkning PCR PH, MP96, ABI7500 (H)/ LC480 () H, TBE-virus TBE-virus IgG-Ak / P EIA TBE-virus IgM-Ak EIA BEP III, Tecan FreedomEVOclean BEP III, Tecan FreedomEVOclean Varicella zoster-virus Varicella zoster-virus-dna Blåssekret, Csv PCR PH, MP96, LC480 H, Varicella zoster-virus IgG-Ak / P EIA BEP III miu/ml ELFA Vidas Varicella zoster-virus IgM-Ak / P EIA BEP III ystem: BAL = Bronkoalveolärt lavage, Lkc = Leukocyter, F = Feces, Nf = Nasofarynxsekret, Nf asp = Nasofarynxaspirat, P = Plasma, = erum, Csv = Cerobrospinalvätska, U = Urin, Bi = Biopsi Metoder: AGGL = Agglutination, ChLIA = Chemiluminescent Immuno Assay, CMIA = Chemiluminescent Microparticle Immuno Assay, CYTOTOX = Cytotoxintest, EIA = Enzyme Immuno Assay, ELFA = enzymelinked fluorescent antibody assay, FLOCKN = Flockning, FPIA = Fluorescence Polarisation Immuno Assay, IF = Immunfluorescens, IMKR = Immunkromatografi, INNO-LIA = Line immunoassay, KB = Komplementbindning, MEIA = Microparticle Enzyme Immuno Assay, RE, mik = Resistensbestämning vid mikrospädningsmetod, MIF = Immunfluorescens, mikro-, MIKR = Mikroskopi, NAAT= Nucleic Acid Amplification Test, DA = trand Displacement Amplification ( Nukleinsyraamplifieringsteknik), NT = Neutralisationstest, ODL = Odling, ODL AE+AN = Odling aerob och anaerob, PCR = Polymerase Chain Reaction, PCR HYBR = Polymerase Chain Reaction Hybridisering, PCR; kvant = Realtids-PCR; kvantitativ, RE; DIK = Resistensbestämning, diskdiffusion,, EKV = ekvensering 14(15)

15 Karolinska Universitetslaboratoriet, tockholm Utrustning: PH: Primary ample Handling instrument (Roche); MP96: MagNA Pure 96 (Roche); LC480: LightCycler 480 (Roche); ABI7500: Applied biosystems instrument 7500 (Thermo cientific) Ort: H = Huddinge, = olna, Ö = ödersjukhuset Provtagning omfattas inte av ackrediteringen. Om laboratoriet ändå själv utför provtagning omfattas provningen inte av ackrediteringen. Verksamhet utanför de egna laboratorielokalerna, s.k. fältverksamhet, ingår inte i ackrediteringen. Ackrediteringsomfattningen är flexibel enligt vad som anges i detta beslut. Det ackrediterade organet skall alltid kunna tillhandahålla en uppdaterad lista över den aktuella omfattningen för sin ackreditering. 15(15)