Utdrag ur Ackrediteringens omfattning MIK

Transkript

1 (11) 1 Klinisk mikrobiologi Utdrag ur Ackrediteringens omfattning MIK Komponent ystem Metod Enhet Nivå/Mätosäkerhet Ort Bakteriologisk diagnostik Antikroppsbestämning B. pertussis IgG- och IgA-Ak / P EIA IU/ml PT-IgG Immunitet: Ingen mätbar immunitet/ annolikt immun men på låg nivå/ annolikt långvarig immunitet Övriga: Påvisade hög nivå/ Påvisade/ Negativ Borrelia IgG- och IgM-Ak / P/ Csv CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Chlamydophila pneumoniae IgG- och IgM-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Difteri toxin-ak NT IU/ml Ingen mätbar immunitet/ annolikt immun men på låg nivå/ annolikt långvarig immunitet. +/- 1 titersteg elicobacter pylori IgG-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Mycoplasma pneumoniae IgG- och IgM-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ yfilis IgG- och IgM-Ak / P CMIA Påvisade/ Negativ CV <10% yfilis IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ yfilis IgG- och IgM-Ak / P ECLIA Påvisade/ Negativ, yfilis TPPA / P/ Csv AGGL yfilis VDRL / P/ Csv FLOCKN Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ +/- 1 titersteg Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ +/- 1 titersteg

2 2 (11) Komponent ystem Metod Enhet Nivå/Mätosäkerhet Ort Tetanus IgG-Ak EIA IU/ml Immunitet: Ingen mätbar immunitet/ annolikt immun men på låg nivå/ annolikt långvarig immunitet. CV 16 % Blod/ Cerebrospinalvätska Bakterier samt jästsvamp och mögelsvamp Blod ODL AE+AN Växt/ Ingen växt, Bakterier samt jästsvamp och mögelsvamp Csv ODL AE+AN Växt/ Ingen växt, Jästsvamp och mögelsvamp Blod ODL Växt/ Ingen växt, Pneumokock-DNA, aemophilus influenzae-dna, Meningokock-DNA. (Meningitbakterier) Csv/ isolat PCR Positiv/ Negativ, Faeces Clostridium difficile-toxin B-DNA F PCR Positiv/ Negativ, EEC-, EPEC-, ETEC- och EIEC-DNA F PCR Positiv/ Negativ, elicobacter pylori-ag F IMKR Positiv/ Negativ almonella, higella, Yersinia, Campylobacter, Aeromonas, Plesiomonas, Vibrio, Clostridium difficile. (Patogena tarmbakterier) F ODL Växt/ Ingen växt Genitala prov Bakterier och jästsvamp Cervix/ uretra ODL Växt/ Ingen växt, Chlamydia trachomatis- och Neisseria gonorrhoeae-dna Cervix/ uretra/ U/ vaginalsekret/ vaginalsekret i urin NAT; DA Positiv/ Negativ Mycoplasma genitalium-dna U/ cervix- och uretrasekret i urin PCR Positiv/ Negativ Neisseria gonorrhoeae ekret/ cervix/ uretra/ rektum ODL Växt/ Ingen växt Neisseria gonorrhoeae-dna, konfirmation Cervix/ uretra/ U/ vaginalsekret/ vaginalsekret i urin PCR Positiv/ Negativ

3 3 (11) Komponent ystem Metod Enhet Nivå/Mätosäkerhet Ort Luftvägar Arcanobacterium haemolyticum ekret/ svalg ODL Växt/ Ingen växt Bordetella pertussis- och Bordetella parapertussis-dna Chlamydophila pneumoniae-dna Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronk-sekret/ BAL/ sputum Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum PCR **POITIV**/ Negativ PCR **POITIV**/ Negativ Corynebacterium diphtheriae ekret/ svalgsekret/ sårsekret ODL Växt/ Ingen växt Legionella Legionella species-dna Legionella pneumophila-dna Mycoplasma pneumoniae- DNA BAL/ luftvägar/ trakealsekret/ vävnad/ kultur Trakelalsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum Trakealsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronk-sekret/ BAL/ putum ODL Växt/ Ingen växt PCR **POITIV**/ Negativ PCR **POITIV**/ Negativ PCR **POITIV**/ Negativ Patogena luftvägsbakterier ekret/ Nf/ svalgsekret ODL Växt/ Ingen växt, Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp BAL/ borste/ bronk/ gingiva/ sinus Trakelasekret/ Bronksekret/ Trakealtubsekret ODL Växt/ Ingen växt, ODL Växt/ Ingen växt, Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp putum ODL Växt/ Ingen växt, år/ekret Patogena bakterier ekret/ punktat/ dränage/ vävnad/ pleurakateter/ faeces ODL AE+AN Växt/ Ingen växt,

4 4 (11) Urin Legionella pneumophila-ag U IMKR Positiv/ Negativ, Pneumokock-Ag U IMKR Positiv/ Negativ, Patogena bakterier U ODL Växt/ Ingen växt, Övrigt, bakteriologisk diagnostik Artbestämning av bakterier Kultur MALDI-TOF, Bestämning av MIC, minsta hämmande koncentration antibiotika Resistensbestämning Kultur RE, mik mg/l, Resistensbestämning Kultur RE; DIK, Mykobakteriologisk diagnostik Artbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier - DNA Isolat EKV Art Artbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier - DNA Isolat PCR/ YBR Art Art- och molekylärbiologisk resistensbestämning av MAC, M. Abcessus-komplexet och M. chelonae Isolat PCR/ YBR Art Molekylärbiologisk resistensbestämning av Mycobacterium tuberculosis-komplexet-dna Isolat PCR/ YBR Påvisad/ Inte påvisad Mycobaterium tuberculosis-komplexet-dna ekret/ vävnader/ kroppsvätskor PCR Positiv/ Negativ Mykobakterier ekret/ vävnader/ kroppsvätskor MIKR Positiv/ Negativ Mykobakterier ekret/ vävnader/ kroppsvätskor ODL Växt/ Ingen växt Mykobacterium tuberculosis-komplexet Isolat RE / R TB-antigen, Interferon-gamma Blod EIA Positiv/ Negativ Mykologisk diagnostik Artbestämning av jästsvamp och mögelsvamp Isolat MALDI-TOF, Aspergillus-Ag / BAL EIA Positiv/ Negativ

5 5 (11) Aspergillus-DNA Blod/ P/ BAL/ vävnad PCR Positiv/ Negativ Cryptococcus-Ag / Csv Lateral Flow Assay Titer, Positiv/ Negativ, Dermatofyter, jästsvamp, mögelsvamp Nagel/ hudskrap/ hår ODL Växt/ Ingen växt Dermatofyt-DNA, Trichophyton interdigitale-dna och Trichophyton rubrum-dna Nagel/ hudskrap (från fötter) PCR Positiv/ Negativ Pneumocystis jiroveci-dna BAL/ sputum PCR Positiv/ Negativ Resistensbestämning av jästsvamp och sporulerande mögelsvamp Resistensbestämning av jästsvamp och Aspergillus mögelsvamp Isolat EUCAT mg/l Isolat RE, mik mg/l, Dermatofyter, jästsvamp, mögelsvamp hudskrap/ hår/ sekret/ vävnader/ kroppsvätskor MIKR Fynd/ Inga fynd Jästsvamp, mögelsvamp sekret/ vävnader/ kroppsvätskor MIKR Fynd/ Inga fynd Jästsvamp, mögelsvamp och endemiska (dimorfa) svampar ekret/ vävnader/ kroppsvätskor ODL Växt/ Ingen växt, Parasitologisk diagnostik Cryptosporidier F MIKR Påvisad/Ej påvisad Cystor och maskägg F MIKR Påvisad/Ej påvisad Leishmania Benmärg/ sår MIKR Påvisad/Ej påvisad Malaria Blod MIKR Påvisad/Ej påvisad, Mikrofilaria Blod MIKR Påvisat/ Inte påvisat Mikrofilaria ud MIKR Påvisat/ Inte påvisat chistosoma U/ biopsi MIKR Påvisat/ Ej påvisad pringmask (Enterobius vermicularis) Tejpprov MIKR Påvisat/ Inte påvisat trongyloides F ODL, MIKR Påvisad/ Ej påvisad

6 6 (11) Cryptosporidium spp-dna, Entamoeba histolytica-dna och Giardia intestinalis-dna Tarmparasiter-DNA F PCR **POITIV**/ Negativ Toxoplasma gondii IgG-Ak CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Toxoplasma gondii IgM-Ak CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Toxoplasma gondii-dna Blod, Csv, fostervatten PCR Positiv/ Negativ Trofozoiter F färsk MIKR Påvisat/ Inte påvisat Trypanosoma Blod MIKR Påvisat/ Inte påvisat Vårdhygienisk diagnostik Geobacillus stearothermophilus och Bacillus atrophaeus porprov från autoklav och torrsterilisator ODL terilt/ Inte sterilt eterotrofa bakterier Bassängvatten ODL CFU/mL Detektionsnivå: 5CFU/mL Pseudomonas aeruginosa Bassängvatten ODL CFU/100mL Detektionsnivå: 1CFU/100mL Viabla mikroorganismer Viabla mikroorganismer Cellsuspension, medium, trombocytkoncentrat och andra blodprodukter utan antibiotika Cellsuspension och medium, med antibiotika ODL CFU/mL Detektionsnivå: 5CFU/mL, ODL CFU/mL Detektionsnivå: 1CFU/mL, Patogena bakterier Bröstmjölk ODL CFU/mL Godkänt/ Ej godkänt Detektionsnivå:10 CFU/mL Bakterier, jästsvamp och mögelsvamp Renat vatten, hemodialysvätska ODL CFU/mL Detektionsnivå: 5CFU/mL Bakterier, jästsvamp och mögelsvamp eterotrofa bakterier, Pseudomonas aeruginosa, Legionella och mykobakterier Renat vatten, hemofiltrationsvätska köljvätska från endoskopdiskdesinfektor, ODL CFU/100mL Detektionsnivå: 1CFU/100mL ODL CFU/100mL Detektionsnivå: 1CFU/100mL Endotoxin Renat vatten, hemodialysvätska, hemofiltrationsvätska och övrigt vatten Endoafe- MC system EU/mL Detektionsnivå 0,05EU/mL EBL (screening) F/ ekret/ U ODL Växt/ Ingen växt,

7 7 (11) Legionella Vatten ODL CFU/100mL Detektionsnivå: 1CFU/100mL MRA-DNA, nucgen (screening) Näsa/ ekret/ U ODL, PCR Växt/ Negativ, MRA-DNA, nucgen- och meca gen (verifiering) Isolat ODL, PCR, MALDI-TOF Positiv/ Negativ, VRE-DNA (screening) F/ ekret/ U PCR, ODL Växt/ Negativ VRE-DNA (verifiering) Isolat ODL, PCR, MALDI-TOF Positiv/ Negativ Virologisk diagnostik Adenovirus-DNA, bocavirus-dna, coronavirus OC43- RNA, coronavirus NL63-RNA, coronavirus KU1-RNA, coronavirus 229E-RNA, enterovirus-rna, metapneumovirus-rna, parainfluensavirus 1, 2 och 3-RNA och rhinovirus-rna Nf/ Nf asp/ BAL/ trakealsekret PCR **POITIV**/ Negativ Luftvägsvirus utvidgad diagnostik Influensa A-virus-RNA, Influensa B-virus-RNA och R-virus-RNA Nf/ Nf asp/ BAL/ trakealsekret PCR **POITIV**/ Negativ,, ö Adenovirus Adenovirus-DNA / P PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <35% Adenovirus-DNA F/ kornea/ konjunktivalsekret/ svalg PCR **POITIV**/ Negativ, CMV CMV-DNA Vävnad PCR **POITIV**/ Negativ CMV-DNA BAL/ P/ U/ / Csv PCR; kvant IU/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <35% CMV IgG-Ak / P CMIA Au/mL Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ <10%

8 8 (11) EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMV IgG-Ak / P ECLIA Negativ /Påvisade/ Positiv, CMV IgM-Ak / P CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMV IgM-Ak /P ECLIA Negativ /Påvisade/ Positiv, EBV EBV-DNA / P PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <35% EBV EBNA IgG-Ak / P CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ EBV VCA IgG-Ak EBV VCA IgM-Ak / P / P ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Enterovirus Enterovirus-RNA Csv/ F PCR **POITIV**/ Negativ, epatit A-, B-, C- och D-virus epatit A IgM-Ak (anti-av IgM) / P ECLIA Positiv/ Negativ, epatit A IgG- och IgM-Ak (anti-av) / P ECLIA Positiv/ Negativ, epatit B core-ak (anti-bc) / P ECLIA Positiv/ Negativ, epatit B core IgM-Ak (anti-bc IgM) / P ECLIA Positiv/ Negativ, epatit B e-ak (anti-be) / P ECLIA Positiv/ Negativ, epatit B yt-ak (anti-bs) / P ECLIA Positiv/ Negativ, epatit B e-ag (BeAg) / P ECLIA Positiv/ Negativ, epatit B yt-ag kvant (BsAg kvant) / P ECLIA IU/mL <0,05 / uppmätt värde, CV <,

9 9 (11) epatit B-DNA / P/ Csv PCR; kvant IU/mL Negativ, <10 - >1.00E9, CV <25% epatit B yt-ag (BsAg) / P ECLIA Positiv/ Negativ, epatit B yt-ag konfirm (BsAg konfirm) / P ECLIA Positiv/ Negativ, epatit C-Ak / P ECLIA Positiv/ Negativ, epatit C-Ak konfirmation INNO-LIA Positiv/ Gränsvärde/ Negativ/, epatit C-RNA / P PCR; kvant IU/mL Negativ, <15 - >1.00E8, CV <25% epatit D-Ak EIA Positiv/ Negativ erpes simplex erpes simplex 1- och 2-DNA Csv, Blåsa, konjunktivalsekret, serum, nf sekret och svalgsekret. PCR Positiv/ Negativ, erpes simplex 1- och 2-DNA Blåsa NAT; DA Positiv/ Negativ erpes simplex 1- och 2-DNA ekret/ kornea/ konjunktivalsekret PCR Positiv/ Negativ erpes simplex 1 och 2 IgG-Ak / P CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ erpes simplexvirus IgG-Ak / P CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ erpesvirus 6 erpesvirus 6 (V-6) -DNA P/ / Benmärg PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <25% IV och TLV IV-1/IV-2-Ag/Ak / P ECLIA Positiv/ Negativ, IV-1-/IV-2-Ak konfirmation / P IMKR Positiv/ Gränsvärde/ Negativ, IV p24 antigen och IV p24 antigen neutralisationstest / P EIA Positiv/ Negativ, TLV-1/TLV-2-Ak / P ECLIA Positiv/ Negativ, IV-1-RNA P PCR; kvant kopior/ml <20 ->1.00E7, CV <25%

10 10 (11) Morbillivirus Morbillivirus IgG-Ak / P EIA miu/ml CV 14% Morbillivirus IgM-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Morbillivirus-RNA / U/ Nf asp/ Nf PCR **POITIV**/ Negativ Norovirus Norovirus GI- och GII- RNA F/ kräkning PCR Positiv/ Negativ,, ö Parechovirus Parechovirus-RNA Csv/ F PCR **POITIV**/ Negativ, Parotitvirus Parotitvirus IgG-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Parotitvirus IgM-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Parvovirus B19 Parvovirus B19-DNA Benmärg PCR **POITIV**/ Negativ Parvovirus B19-DNA / P PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <35% Parvovirus B19 IgG- och IgM-Ak / P CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Rotavirus Rotavirus-RNA F/ kräkning PCR Positiv/ Negativ, Rubellavirus Rubellavirus IgG-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMIA IU/mL CV <12 % Rubellavirus IgG-Ak / P ECLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ,

11 11 (11) Rubellavirus IgM-Ak / P ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ apovirus apovirus-rna F/ kräkning PCR Positiv/ Negativ, TBE-virus TBE-virus IgG-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ TBE-virus IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Varicella zoster-virus Varicella zoster-virus-dna Blåssekret, Csv PCR Positiv/ Negativ, Varicella zoster-virus IgG-Ak / P EIA miu/ml CV 20% ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Varicella zoster-virus IgM-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ ystem: BAL = Bronkoalveolärt lavage, Lkc = Leukocyter, F = Feces, Nf = Nasofarynxsekret, Nf asp = Nasofarynxaspirat, P = Plasma, = erum, Csv = Cerobrospinalvätska, U = Urin, Bi = Biopsi Metoder: AGGL = Agglutination, CLIA/ ChLIA = Chemiluminescent Immuno Assay, CMIA = Chemiluminescent Microparticle Immuno Assay, CYTOTOX = Cytotoxintest, ECLIA = Electrochemiluminescence immunoassay, EIA = Enzyme Immuno Assay, ELFA = enzymelinked fluorescent antibody assay, FLOCKN = Flockning, FPIA = Fluorescence Polarisation Immuno Assay, IF = Immunfluorescens, IMKR = Immunkromatografi, INNO-LIA = Line immunoassay, KB = Komplementbindning, MEIA = Microparticle Enzyme Immuno Assay, RE, mik = Resistensbestämning vid mikrospädningsmetod, MIF = Immunfluorescens, mikro-, MIKR = Mikroskopi, NAAT= Nucleic Acid Amplification Test, DA = trand Displacement Amplification ( Nukleinsyra-amplifieringsteknik), NT = Neutralisationstest, ODL = Odling, ODL AE+AN = Odling aerob och anaerob, PCR = Polymerase Chain Reaction, PCR YBR = Polymerase Chain Reaction ybridisering, PCR; kvant = Realtids-PCR; kvantitativ, RE; DIK = Resistensbestämning, diskdiffusion,, EKV = ekvensering Utrustning: P: Primary ample andling instrument (Roche); MP96: MagNA Pure 96 (Roche); LC480: LightCycler 480 (Roche); ABI7500: Applied biosystems instrument 7500 (Thermo cientific), WCA: Work Cell Automation (BD Kiestra), TLA: Total Lab Automation (BD Kiestra) Nivå/Mätosäkerhet: = sensitiv, R= resistent Ort: = uddinge, = olna, ö = ödersjukhuset