Motsvarade kursen dina förväntningar?/did the course live up to your expectations?

Transkript

1 Kursutvärdering/Course evaluation: Species trees from gene trees Motsvarade kursen dina förväntningar?/did the course live up to your expectations? 1: Jag tyckte att kursen var bra, det började dock ganska tungt med mycket matte. Tror att det hade varit bättre att lägga Dennis Pearls föreläsning först. Den gav en bra överblick. 2: Ja, även om jag är mer inriktad på populationsgenetik än fylogeni, tyckte jag att kursen var bra. 3: Ja absolut, jag tycker att den var mycket givande! 4: Ganska väl 5: Absolut, jag är jättenöjd med kursen. 6: Kursen motsvarade mina förväntningar och lite till. Jag lärde mig mycket. 7: Ja. Jag hade i och för sig hoppats mer på att kunna använda BEST på mina data, men det verkar som om metoden inte klarar mina dataset. Vad tycker du om omfattningen av kursen (för lång, lagom lång, för kort)?/was the course long enough/too long/to short? 1: För att ta in så mycket information och smälta det hela så tror jag att kursen kunde varit lite längre. 2: En vecka var kanske i kortaste laget. Två eftermiddagar för projektet var för kort. Och den sista föreläsningen om PrIme programmet kunde varit mer intressant om det inte varit så ont om tid. Men kursen var tillräckligt lång för att ge ett hum. 3: Alldeles lagom. 4: Lagom. 5: Kursen var lagom lång. En aning för intensiv för min del, hann inte smälta all ny teori. 6: Lagom eller kanske lite för kort. 7: Lagom Något speciellt som saknades?/was there anything particular that you missed? 1: I inläsningsanvisningarna till kursboken tycker jag även att vissa delar av kapitel 1 borde vara med, där finns lite om Coalescence theory som även togs upp på kursen, handlar iofs bara om någon sida men det kan alltid vara bra. 2: Jag vet inte. Jag är mer intresserad av parametrar i populationshistoria än av trädtopologi. Så jag vet inte vad som saknades vad gäller fylogeni. Det skulle varit perfekt om mer om coalescens kunnat presenteras. 3: Tycker jag inte. 4: Nej. 5: Känner att jag saknade en tillräcklig statisktisk bakgrund, vilket gjorde att saknade mer grundläggande statistik. 6: Vet ej. 7: Kan inte komma på något just nu. Något som kändes onödigt?/was there anything you thought unnecessary or took to much time? 1: PRime momentet var en enda röra som var svårt att hänga med i. Det hade varit mycket bättre med ett kompendium med övningar som man kunde jobbat efter och med lite mer introduktion till UNIX för de som inte jobbat med det innan.

2 2: Nej, ämnena var intressanta. 3: Nej 4: Prime övningen. 5: Nej 6: Tvärtom, det var mycket bra upplägg på kursen. 7: Njae. Vad tyckte du om föreläsningarna generellt?/what did you think about the lectures? 1: Pearls var utmärkta, Sagitovs vara svåra men han gjorde så gott han kunde. Tror att problemet ligger hos mig som kanske inte är lysande på matte, och det var ett tag sedan man läste det sist. 2: Föreläsningarna var ganska bra, särskilt de om matematik och om BEST. Föreläsningen om Prime skulle ha behövt mer tid för att ge bättre möjlighet att förklara. 3: Mycket bra. Svårt att förstå matematiken, men jag tyckte ändå att Serik lyckades förmedla den på ett mycket bra sätt. 4:. Bra. 5: Bra 6: Mycket bra. 7: Bra, speciellt Seriks föreläsningar. Vad tyckte du om övningarna och projekten?/what did you think about exercises and the projects? 1: Jättebra, kul att kunna se hur man använder de olika programmen. 2: Jag har ett hum om hur man kör BEST och det var intressant. Jag behöver mer tid för att komma underfund med Prime. 3: Det sista kursmomentet, om PrIME, kändes onödigt. Jag tror inte att någon i salen förstod vad vi höll på med. Det var säkert intressant i teorin, men inte så pedagogiskt upplagt. Sedan så var informationen väldigt luddig angående vad våra egna projekt skulle innefatta. Det vore kanske bättre till nästa gång att ha ett syfte med projektet från början, i stället för att hitta på ett allt eftersom. Förutom det tyckte jag att projektdelen var den absolut mest givande på hela kursen. 4: Övningarna var ofta dåligt förbereda och det saknades ofta handledning. Om övningarna hade inletts av en väl förbered och övning med en noggrann manual som förklarade vad och varför man skulle göra varje steg så hade man fått ut mer av de enskilda projekten. Nu gick mycket tid åt att få igång körningarna och lite åt att reflektera över hur man gör dem så bra som möjligt. Ett exempel är att nästan all glömde/inte visste att man skall ställa in mitokondrie-generna på haploid i BEST. För mycket tid gick också till själva körningarna men det enda sättet jag kan se att skulle kunna undvikas är att man hade haft ett dator cluster eller ett flertal snabba datorer vilket jag förstår kan vara svårt att ordna. 5: Mycket bra. Bra med ordentliga övningar och tid framför datorn. Också bra med upplägget att fokus inte var på presentationerna som avslutade kursen utan att ta del av teori och praktik. 6: Uppskattar att vi fick tid att prova själva och att det var elevernas egna data. Övningarna var bra och generellt väl genomtänkta. 7: Generellt bra. Lyssnade bara med ett halvt öra på det som jag redan kunde om mrbayes, och lyckades också snappa upp en hel del nya grejer. Det hade varit bra om Dennis varit tillgänglig mer när vi skulle göra i ordning våra dataset.

3 Det var synd om Bengt Sennblad att ingen hade ork att testa hans program eftersom alla satt och brottades med att få klart BEST-körningarna. Var det något särskilt inslag på kursen som du vill kommentera?/ Is there any particular part of the course that you would like to comment on? 1: Se ovan 2: Lärarna var bra. 3: Nej 4: Se ovan. 5: Prime-övningarna var lite svåra att genomföra och tillgodogöra sig 6: Sista övningen med PRime gick inte lika bra som med Matlab, MrBayes och BEST, pga tekniska bekymmer och dylikt, vilket var synd. Denna övning kanske dessutom krävt mer tid än lagt på schemat. 7: Nej. Fungerade lokalerna bra?/ How were the localities? 1: Lokalerna fungerade utmärkt. 2. Miljön var trevlig, men resan dit var lite krånglig särskilt för folk som inte varit där tidigare. 3: Ja, väldigt bra! 4: Ja 5: Mycket bra. 6: Lokalerna fungerade bra. 7: Jättenöjd! Schyssta rum, nära mellan mat, logi och föreläsnings- och labbsalar. Gratis internet och underbar utsikt. Hur var information före kursen/how was the information before the course? 1: Hyfsad, kanske lite dålig information av vilken typ av presentation vi skulle hålla i slutet men det löstes på ett bra sätt. 2: Tillräcklig. 3: Bra 4: Fullt tillräcklig. 5: Bra gällande logistik, teori att läsa in och schema. Information om vilka program som behövdes och egna dataset att arbeta med kom lite sent. 6: Den var bra. Vi fick schema, litteraturlista och vägbeskrivning i god tid. Inga problem att hitta. Övriga uppmaningar och information, skickades också ut på epost. 7: Saknade lite information om hur man skulle betala för maten, och en del info om program kom väldigt sent. Annars var det bra med läslista och annan info i god tid innan. Fast sluttiden stämde inte alls med det som stod i informationen. Övriga praktiska arrangemang - några synpunkter?/other practical arrangements - any comments? 2: För långväga resenärer hade det varit bra om logi var tillgängligt natten före och efter kursen. Det var svårt att hitta en resa som passade perfekt med kursens start och slut. 3: Kanske skulle haft mer sociala aktiviteter på kvällar (frivilliga då förstås). Det finns inte så mycket att göra på Kristineberg...

4 4: Den sociala kvällen kunde varit bättre förberedd, men det funkade ju ändå så det kanske inte hade varit värt jobbet. 5: Bra med att vara på Kristineberg eftersom att det beredde tid att fokusera på kursen till 100% (till skillnad om man varit hemma då det alltid är en massa annat som ska hinnas med). Dessutom blev det en bra stämning och tid att lära känna de andra deltagarna vilket är värdefullt. 6: Nej, allt fungerade bra. 7: Jag som inte är vegetarian var mycket nöjd med maten. Vad känns som det viktigaste som du fick med dig från kursen?/ What do you feel was the most important thing (things) that you brought with you after the course? 1: Fin introduktion till Mr Bayes och BEST. Att det är viktigt att tänka på att species trees inte alltid är samma sak som gene trees om det skett duplicering 2: Det var intressant och viktigt att känna till skillnaden mellan genträd och artträd och hur den kan uppstå. 3: En förståelse av matematiken bakom fylogenianalyser. 4: En ny syn på möjligheterna i trädmodulering. 5: Teorin och användningen av metoderna vi gick igenom samt mer kritiskt tolka mina resultat med avseende på genetiska processer och konvergensdiagnostik. 6: Skrev en lista på 'bra punkter från kursen' och den blev ganska lång. Jag tyckte vi lärde oss mycket och i och med att vi satt och övade på de olika programmen. Det viktigaste var nog att inte acceptera normal inställningarna utan fundera vad man vill att programmet ska göra med den data man har framför sig. Och låta analyserna ta tid. Plus att genträd och släktträd kan skilja sig från varandra av olika anledningar. 7: 1. Insikt i att jag börjar förstå bayesianska tankar och programmet mrbayes, 2. Börjar äntligen förstå coalescens, 3. Att ha träffat de andra kursdeltagarna Något som du skulle vilja att Svenska artprojektets forskarskola ordnade en doktorandkurs om?/ Any particular subject/area that you would like to see future courses on within the STI's research school? 1: Vi pratade lite om det på kursen, kan nog vara bra med något om hur man alignar sekvenser, något lite mer praktiskt tillsammans med detta, t. ex. olika program etc. 3: Något som påverkar resultaten i fylogenianalys mer än vad vi vågar tänka på är hur vi alignar våra DNA-sekvenser. För detta finns dock inga riktlinjer utan alla har sin egen metod. Jag tycker det vore mycket bra att ha en kurs (eller en del av en kurs) som går ut på olika bra metoder för alignment. Helst med en föreläsare som vet vad han pratar om, t.ex de som har gjort det mest använda alignmentprogrammet idag, ClustalX: Thompson,J.D., Gibson,T.J., Plewniak,F., Jeanmougin,F. and Higgins,D.G. (1997) The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research, 25: : Möjligtvis en en veckors kurs i livets träd och organismdiversitet. Ibland känns det som vi har dålig koll på varandras organismer och att detta ger ett dåligt perspektiv på våra egna. Jag menar då inte en kurs bara om de fylogenetiska sambanden utan även de olika organismernas särdrag och även exempel på specialfall och hur dessa hanteras fylogenetiskt och taxonomiskt. Bara en sån sak som vilka gener som används inom olika grupper och vilken betydelse det har är ju intressant.

5 5: 1) Mer avancerad kurs om Bayesian inferens. (Potential med metoden och hur man kan använda sig av den output man får från körning), 2) Grundkurs i programmering (ex PERL) och användande av Linux 6: Vet ej. Förslagen som Per Sundberg lät bra. Något annat särskilt du vill framföra till oss?/anything else you would like to say to us? 1: Ett tack! 3: Tack för en fin kurs! 4: Trevlig sommar. 5: Kursen var mycket uppskattad och jag hoppas att det blir fler kurser. Tack! 6: Vill bara säga att detta var en toppenkurs! Tack för att jag fick delta. 7: Tack! /Sammanställt av Rikard Sundin