KI Biobank Instruktion Användarmanual för ELSA Innehållsförteckning Allmänt... 1 Vad är ELSA?... 1 Vad behövs för att använda ELSA?... 2 Felrapportering och support... 2 Att använda ELSA... 2 Viktig information... 3 Logga in... 4 Välja studie... 4 Byta lösenord... 5 Registrera prover... 6 Registrera ett prov per provgivare... 6 Registrera flera prover per provgivare... 11 Validera prover som ej godkänts vid registreringen... 12 Söka efter data... 14 Söka efter prover för en viss provgivare... 15 Se all data för studien... 15 Lathund för att importera CSV i MS Excel 2003... 16 Ändringsmeddelande... 18 Allmänt Vad är ELSA? ELSA (External Logging of Samples Application) är en webbaserad applikation som KI Biobank tillhandahåller för att intressenter som befinner sig utanför Biobankens interna nätverk ska kunna registrera prover. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 1(18) Utfärdad av: Staffan Bergh
Vad behövs för att använda ELSA? För att använda ELSA behövs ett användarkonto. Alla användare skall ha ett personligt konto som kan användas efter inloggning i applikationen med användarnamn och lösenord. Ingen användare skall ha mer än ett konto, även om användaren i fråga använder ELSA för registrering av prover i fler än en studie. Till varje konto finns rättigheter kopplade och dessa rättigheter avgör vilka studier användaren kan komma åt att registrera prover i. För att få ett användarkonto till ELSA kontaktar du KI Biobank via adressen biobank-support@ki.se. För att använda ELSA behövs en webbläsare. Webbläsare som stöds är: Internet Explorer 6 och senare versioner (tillgänglig på de flesta PC) Mozilla Firefox 3 och senare versioner (vanlig på Macintosh) Skulle det uppträda problem vid användningen av någon av ovanstående programvaror, var vänlig rapportera detta till KI Biobank enligt instruktioner i avsnittet Felrapportering och support. Felrapportering och support Om ett problem eller fel uppstår vid användning av ELSA kontaktas supporten på KI Biobank via adressen biobank-support@ki.se. För att underlätta hanteringen av ärendet är det viktigt att du beskriver problemet så tydligt som möjligt. Viktig information är till exempel vad du gjorde när problemet uppstod och tidpunkten då problemet uppstod. Om möjligt, bifoga eventuella felmeddelanden som visas av systemet. Innan du kontaktar supporten, var vänlig och kontrollera att ELSA stödjer den webbläsare du använder. Information om vilka webbläsare som ELSA stödjer finns i avsnittet Vad behövs för att använda ELSA?. Om du har frågor eller behöver hjälp med användandet av ELSA kan du få hjälp genom att kontakta KI Biobank via biobank-support@ki.se. Att använda ELSA ELSA används för registrering av prover. För att kunna använda ELSA måste man logga in med användarnamn och lösenord, se avsnittet Logga in. Efter inloggning får användare som har tillgång till fler än en studie välja en studie att arbeta med. Detta beskrivs under avsnittet Välja studie. Efter lyckad inloggning visas sedan ELSAs startsida, se Bild 1. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 2(18)
Bild 1 ELSAs startsida På startsidan visas information om antal provgivare och antal prover som finns registrerade i aktuell studie. På startsidan finns även en meny där man kan välja vad man vill göra. För att registrera prover väljer man Registrera prov, vilket beskrivs i avsnittet Registrera prover. För att se redan registrerat data väljer man Sök, se mer information under avsnittet Söka efter data. Byt studie används för att välja en annan studie att arbeta med och Byt lösenord används för att välja ett nytt lösenord. Instruktioner för dessa alternativ finns i avsnitten Välja studie och Byta lösenord. För att logga ut från ELSA klickar man på länken Logga ut som finns i den högra delen av fönstret. Viktig information Viktigt att tänka på vid användande av ELSA är att vara försiktig med användande av webbläsarens bakåt-knapp. Det går inte att använda denna knapp för att till exempel ångra registrering eller ändring av ett prov. För att ändra redan sparad information kontakta istället supporten på KI Biobank, se avsnittet Felrapportering och support för mer information om detta. Registrerade prover måste valideras. Syftet med detta är att förhindra att felaktiga data registreras. Provinformationen sparas i ELSA så fort provet registrerats men provet markeras inte som validerat förrän användaren godkänt inmatad data. Detta gör det möjligt att upptäcka och rätta fel som uppstått vid registreringen. Mer om validering Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 3(18)
av registrerade prover beskrivs i avsnittet Registrera prover samt i avsnittet Validera prover som ej godkänts vid registreringen. Logga in När man navigerar till sidan https://elsa.biobank.ki.se visas ELSAs inloggningssida, se Bild 2. Bild 2 ELSAs inloggningssida. För att logga in i ELSA, ange användarnamn och lösenord och klicka på Logga in. Svenska är standardspråket i ELSA, men det går att byta språk till engelska om så önskas. Detta görs innan inloggning genom att klicka på länken English i fönstrets övre del. På inloggningssidan finns även en länk till KI Biobanks hemsida samt information om var frågor och felrapporter skall skickas. Denna adress kan till exempel användas om du glömt ditt användarnamn eller ditt lösenord, eller om ditt konto har låsts. För att höja säkerheten i ELSA låses ett användarkonto när ett felaktigt lösenord angivits tre gånger. Välja studie Användare som har tillgång till mer än en studie får direkt efter inloggning välja en studie att arbeta med, se Bild 3. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 4(18)
Bild 3 Användare som har tillgång till fler än en studie får välja en studie att arbeta med direkt efter inloggning. Välj en studie och klicka på OK. Efter val av studie visas ELSAs startsida, se Bild 1. Användare som enbart har tillgång till en studie kommer direkt till ELSAs startsida efter inloggning. Användare som har tillgång till flera studier kan komma åt sidan där man byter studie genom att välja Byt studie i menyn. Genom att byta studie kan man registrera prover i flera olika studier utan att behöva logga ut från ELSA. Byta lösenord För att byta lösenord, välj Byt lösenord i menyn. Ange sedan ditt gamla lösenord och ett nytt lösenord, se Bild 4. Det nya lösenordet, som måste innehålla minst 8 tecken, måste upprepas för att minimera risken för felskrivningar. Klicka på Spara för att byta lösenordet. Bild 4 Sida för byte av lösenord Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 5(18)
Registrera prover För att registrera prover, välj Registrera prov i menyn. Om du har tillgång till flera studier, var noga med att kontrollera att rätt studie är vald innan du börjar. Namnet för den valda studien står angivet till vänster i fönstrets över del, se Bild 1. Den första sidan som visas vid registrering av prover frågar efter typ av registrering och provtyp, se Bild 5. Bild 5 Denna sida är den första sidan som visas när man ska registrera prover. Registrering av prover där ett prov per provgivare registreras beskrivs i avsnittet Registrera ett prov per provgivare. Registrering av prover där fler än ett prov registreras för varje provgivare beskrivs i avsnittet Registrera flera prover per provgivare. Registrera ett prov per provgivare Om ett prov per provgivare skall registreras, välj detta alternativ på den första sidan som visas efter att alternativet Registrera prov i menyn valts, se Bild 5. Välj sedan provtyp och klicka på OK. En sida där prover kan registreras visas nu, se Bild 6. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 6(18)
Bild 6 Sida för registrering av prover då ett prov per provgivare ska registreras. Ange provgivaridentitet samt providentitet och klicka på OK för att registrera provet. Registrerade prover visas under Inmatad data, se Bild 7. Detta gör det möjligt att kontrollera registrerat data och rätta till eventuella felaktigheter. Om provet inte kan registreras, till exempel om det finns registrerat sedan tidigare, kommer ett felmeddelande visas. Notera att alla tecken i provgivaridentitet och providentitet är signifikanta, alltså även ledande nollor, bindestreck och liknande. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 7(18)
Bild 7 Registrerade prover visas under Inmatad data. För att göra ändringar, klicka på länken Ändra till höger om det prov vars information skall ändras. En sida där provgivaridentitet, streckkod och/eller provtyp kan ändras visas då, se Bild 8. Ändra den felaktiga informationen och klicka på OK för att spara ändringarna. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 8(18)
Bild 8 Sida där provinformation kan redigeras. För att godkänna inmatad data, klicka på Godkänn. Inmatad data behöver inte godkännas efter varje prov utan upp till 15 prover i taget kan registreras. När 15 prover registrerats visas ett meddelande som anger att inmatad data måste godkännas innan fler prover kan registreras, se Bild 9. Kontrollera att inmatad data är korrekt, utför eventuella ändringar och godkänn sedan för att fortsätta registreringen. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 9(18)
Bild 9 Maximalt 15 prover kan registreras innan inmatad data måste godkännas. Det går bra att registrera prover av olika typ. Klicka på knappen Byt till höger om den valda provtypen för att välja en annan provtyp. En sida där det går att välja mellan aktuella provtyper för studien visas då, se Bild 10. Välj en provtyp och klicka på OK. Bild 10 Sida där en ny provtyp kan väljas. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 10(18)
Instruktioner för validering av prover som av någon anledning inte godkänts i samband med registreringen finns under sektionen Validera prover som ej godkänts vid registreringen. Registrera flera prover per provgivare Registrering av flera prover per provgivare skiljer sig endast åt från registrering av ett prov per provgivare genom att man inte behöver ange provgivaridentiteten för varje prov. Detta görs istället innan proverna registreras. Läs igenom avsnitt Registrera ett prov per provgivare innan du fortsätter om du inte redan gjort det. För att registrera flera prover per provgivare, välj detta alternativ på den första sidan som visas efter att alternativet Registrera prov i menyn valts, se Bild 5. Välj sedan provtyp och klicka på OK. En sida där provgivaridentitet för den första provgivaren anges visas, se Bild 11. Bild 11 Sida där provgivaridentitet anges vid registrering av prover där flera prover per provgivare ska registreras. Ange provgivaridentiteten och klicka på OK. En sida där prover registreras visas, se Bild 12. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 11(18)
Bild 12 Sida där prover registreras då fler än ett prov per provgivare ska registreras. Registrera prover genom att ange providentitet och klicka på OK. Precis som för registrering av ett prov per provgivare visas registrerade prover som ännu inte godkänts under Inmatad data. För att byta provtyp klicka på knappen Byt bredvid aktuell provtyp. När alla prover för provgivaren är registrerade, klicka på knappen Byt bredvid provgivaridentiteten och ange provgivaridentiteten för nästa provgivare. När alla prover har registrerats, klicka på knappen Till startsidan för att komma till ELSAs startsida. Ändring och godkännande av inmatad data fungerar på samma sätt som när ett prov per provgivare registreras. Instruktioner för validering av prover som av någon anledning inte godkänts i samband med registreringen finns under avsnittet Validera prover som ej godkänts vid registreringen. Validera prover som ej godkänts vid registreringen I normalfallet godkänns inmatad data direkt vid registrering av prover. Om prover av någon anledning inte godkänts vid registreringen, till exempel på grund av ett strömavbrott, finns det möjlighet att göra detta vid ett senare tillfälle. Notera att även ovaliderade prover kan importeras till KI Biobanks interna system, så det är olämpligt att lämna data ovaliderade länge. När man väljer att registrera prover visas eventuella ej validerade prover som man själv registrerat under Inmatad data på sidan där prover registreras. Detta gör att man kan återuppta registreringen om den av någon anledning avbröts innan man var klar. Om det finns ej validerade prover i den aktuella studien ser man detta på startsidan, där det finns ett meddelande om att det finns prover att validera och en länk till en sida där detta kan göras, se Bild 13. Om det inte finns några prover att validera ser startsidan ut som på Bild 1. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 12(18)
Bild 13 Om det finns prover i studien som inte har validerats visas ett meddelande om detta på ELSAs startsida. Information om ej validerade prover visas så snart det finns ej validerade prover i studien, oberoende av vilken användare som är inloggad. För att komma till en sida där proverna kan valideras, klicka på länken Validera prover. Den sida som visas listar samtliga ej validerade prover i studien, se Bild 14. Bild 14 Sida där ej validerade prover kan godkännas. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 13(18)
För varje prov visas all information om provet samt vem som registrerat provet. Det går bra att validera data som en annan användare i studien har registrerat, men man bör i sådant fall försäkra sig om att man vet att de data man validerar är korrekta. Markera proverna som du vill validera, kontrollera att informationen är korrekt och godkänn sedan genom att klicka på OK. Om det fortfarande finns prover kvar att validera visas valideringssidan igen. I annat fall informeras användaren om att det inte finns ytterligare prover att validera. För att avsluta valideringen, klicka på Avbryt. Om du upptäcker fel när du kontrollerar registrerat data går det bra att göra ändringar. För att ändra ett prov, klicka på länken Ändra till höger om provet. En sida där provgivaridentitet, providentitet och provtyp kan ändras visas, se Bild 8. Ändra det som är felaktigt, och klicka på OK för att spara. Notera att de ändringar som sparas kommer att sparas även om du väljer att inte validera provet. Om du önskar ta bort provet, klicka länken Ta bort. En sida visas där du får bekräfta ditt val. Detta steg är det enda där det är möjligt för en användare att ta bort prover från ELSA. Övriga raderingar kan endast utföras av en administratör. Om du vill ta bort ett prov eller ändra ett prov som redan godkänts, kontakta supporten på KI Biobank enligt beskrivning i avsnitt Felrapportering och support. All information för prover som ännu inte validerats kan dock ändras och detta bör om möjligt användas för att rätta till felaktigheter. Söka efter data I ELSA finns en söksida där man kan se data som är registrerat för den aktuella studien. Hur man byter studie finns beskrivet i avsnittet Välja studie. För att komma till söksidan, välj Sök i menyn. Söksidan gör det möjligt att söka efter alla prover för en viss provgivare, se avsnitt Söka efter provgivare för en viss provgivare, samt att se allt data som finns registrerat för studien, se avsnitt Se all data för studien. Bild 15 visar ELSAs söksida. Bild 15 ELSAs söksida. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 14(18)
Söka efter prover för en viss provgivare För att söka efter alla prover för en viss provgivare anger man provgivaridentiteten och klickar på Sök. Resultatet visar samtliga prover för provgivaren, se Bild 16. Om inga prover hittas för provgivaren visas ett meddelande om detta. Bild 16 Resultat från sökning efter alla prover för en provgivare. Se all data för studien För att se all data som finns registrerat för studien, klicka på Sök all data för aktuell studie på söksidan. En sida med information om antal prover i studien, samt en lista med registrerade prover visas, se Bild 17. Tabellrubrikerna kan användas för att sortera visat data. Klicka en gång på rubriken för stigande sortering och ytterligare en gång för fallande. De prover som inte laddats upp till KI Biobank visas med en gul varningstriangel i kolumnen längst till höger. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 15(18)
Bild 17 Resultat av sökning efter allt data för en studie. Allt data för studien går att exportera till en CSV-fil. Denna kan sedan importeras i Excel för lättare hantering, se avsnittet Lathund för att importera CSV i MS Excel 2003. Lathund för att importera CSV i MS Excel 2003 Följande avsnitt är en kort lathund för hur man importerar den ELSA-genererade CSV-filen i MS Excel 2003 i engelsk version. Samtliga Excel-fält kommer att vara i textformat. Observera att KI Biobank i normalfallet inte kan ge någon support för användningen av MS Excel och att import i andra versioner av MS Excel kan avvika från nedanstående instruktioner. 1. Starta MS Excel. Om inget tomt Excelblad visas, skapa ett nytt genom att välja menyn File New 2. Öppna den ELSA-genererade filen elsa-data.csv genom att välja meny Data Import External Data Import Data 3. En dialog visas (se Bild 18) där radioknappen Delimited skall vara vald. Fältet File origin skall lämnas i sitt förvalda läge. Klicka Next> Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 16(18)
Bild 18 4. I nästa dialog (se Bild 19Bild 19) skall Comma väljas som avgränsare (Delimiter). Klicka Next Bild 19 5. I den tredje dialogrutan (Bild 20) väljer man importformat genom att klicka i den vänstra kolumnen i ruta Data preview, hålla ner Shift-tangenten och klicka i kolumnen allra längst till höger. Därefter skall radioknappen Text väljas i rutan Column data format. Klicka Finish. Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 17(18)
Bild 20 6. I den sista dialogen (Bild 21) skall Existing worksheet vara vald. Klicka OK och spar filen under önskat namn. Bild 21 Ändringsmeddelande Version Punkt Beskrivning av ändring Sign 01 NA Nytt dokument IP 02 NA Uppdatering för release 2.1.1 AB 0245-1 NA Infört i Centuri CR 0245-2 NA Uppdatering för version 2.1.3. BEF Tillagd lathund för Excelimport 0245-3 NA Tagit bort referenser till 2.1. SB Formatering. 0245-4 NA Formatering. Lagt till en kommentar om signifikanta siffror i streckkoder och CDK SB Dok.namn: Användarmanual för ELSA Gäller fr.o.m: 2013-01-22 Dok.nr.-utgåva: 0245-3 18(18)