2011 års noro/sapoviruspanel och en tillbakablick på fecesjakten Kjell-Olof Hedlund Equalis Användarmöte 13 mars 2012
Humant calicivirus Små runda strukturerade virus Norwalk-liknande virus Norovirus Klassiskt calicivirus Sapporo-liknande virus Sapovirus
Fecesjakten del I Panelprovet bör likna det som analyseras rutinmässigt. Ospätt är bäst. Tillräcklig mängd för möjlighet till upprepade analyser. Om möjligt aktuella genotyper/stammar. Både vanliga och ovanliga genotyper av Genogrupp I och II.
Fecesjakten del II Målområden: Vårdrelaterade utbrott för GII.4 varianter. Vattenutbrott säkra för GI-stammar. Lokalisera ostronätare i omgivningen, locka med lämplig gåva och berömmelse. Varning för förskolebarn, bättre med föräldrar som anrikat norovirus.
Fecesjakten del III Prov från förskolebarn; en panelmakares mardröm! Prov i rotaviruspanelen: Är fyndet riktigt, betyder det att detta prov (panelprov 2010-40/8) innehåller fyra olika GEvirus, förutom adenovirus och rotavirus påvisades norovirus och astrovirus vid SMI vid en utökad analys i efterhand. På samma sätt påvisades även sapovirus i efterhand i panelprov 2010-40/5, även här ett prov från barn i förskolan.
Fecesjakten
Fecesjakten
Fecesjakten
Primer selection 5 3 ORF 1 ORF 2 ORF 3 (A)n Polymerase gene: JV12/JV13(326bp) JV12Y/JV13I(326bp) JV12BH/Nvp110 (Vinjé et al., 1996 Vennema et al., 2002; Hoebe et al., 2004) Capsid gene: G1SKF/G1SKR (330bp) COG2F/G2SKR (387bp) (Kojima et al. 2002; Shinohara et al., 2002 ) Maria Lysén
Genogrupper/genotyper av humant norovirus baserat på kapsidgenen Genogrupp I Norwalk GI.1 Southampton GI.2 Desert Shield GI.3 Queen s Arms GI.4 Musgrove GI.5 BS 5/98 GI.6 Winchester GI.7 Sindlesham GI.8 GI.9-14 Genogrupp II Hawaii GII.1 Melksham GII.2 Mexico GII.3 Lordsdale GII.4 Hillingdon GII.5 Miami GII.6 Leeds GII.7 Amsterdam GII.8.. GII.9-22
Fördelningen genogrupp/genotyp i europeiska utbrott av norovirus GI GII.4 non-gii.4 97 88 176 43 594 435 874 175 50 63 63 29 2008 2009 2010 2011
Antal lab 30 Caliciviruspanel 2011; resultat per genotyp 25 20 15 10 5 0 Negativ GII.12 GII.4 sapo GI.2 GI.4 GII.6 sapo GIV GII.7 GI.7 GII.3 Immuno-test rätt Immuno-test fel PCR rätt PCR fel
Antal lab 18 Caliciviruspanel 2011; antal rätta svar 16 14 12 10 8 6 4 2 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Immuno-test PCR
Antal lab 30 Caliciviruspanel 2008; resultat per genotyp 25 20 15 10 5 0 sapo GIV GI.4 GII.4-07 GI.2 GII.4-08 GII.3 Negativ Immuno-test rätt Immuno-test fel PCR rätt PCR fel
Antal lab Caliciviruspanel 2008; antal rätta svar 12 10 8 6 4 2 0 1 2 3 4 5 6 7 Immuno-test PCR
2011 års noro/sapoviruspanel 2011-41/11 Tvåårig frisk flicka. 2011-41/12 22-årig kvinna med samhällsförvärvad (cateringmat) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus genotyp GII.12. 2011-41/13 82-årig person med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.4 variant 2010. 2011-41/14 56-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GI.2. 2011-41/15 42-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med elektronmikroskopi. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GI.4. 2011-41/16 62-årig kvinna med samhällsförvärvad (vatten?) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.6. 2011-41/17 88-årig kvinna med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med elektronmikroskopi. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GIV.1. 2010-40/18 37-årig kvinna med samhällsförvärvad (ostron) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.7. 2011-41/19 12-månaders flicka med samhällsförvärvad (barngrupp) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med elektronmikroskopi. Vid typning av kapsidgenen påvisas norovirus GI.7. 2011-41/20 31-årig kvinna med samhällsförvärvad (ostron) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning av kapsidgenen påvisas norovirus GII.3.
2011 års noro/sapoviruspanel 2011-41/11 Tvåårig frisk flicka. 2011-41/12 22-årig kvinna med samhällsförvärvad (cateringmat) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus genotyp GII.12. Rekombinant: kapsid GII.12; polymeras GII.g. Detta polymeras uppträder även med kapsid GII.1. Global spridning de senaste året främst i samhällsutbrott.
2011 års noro/sapoviruspanel 2011-41/11 Tvåårig frisk flicka. 2011-41/12 22-årig kvinna med samhällsförvärvad (cateringmat) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus genotyp GII.12. 2011-41/13 82-årig person med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.4 variant 2010. GII.4 variant 2010 var den gångna vinterns dominerande virusstam. Finns kvar även 2011-2012 men utan att få omfattande spridning inom vården.
2011 års noro/sapoviruspanel 2011-41/11 Tvåårig frisk flicka. 2011-41/12 22-årig kvinna med samhällsförvärvad (cateringmat) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus genotyp GII.12. 2011-41/13 82-årig person med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.4 variant 2010. 2011-41/14 56-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med RT- PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GI.2. 2011-41/15 42-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med elektronmikroskopi. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GI.4. Trolig smitta från förskolan. Sapovirus vanlig bland riktigt unga och norovirus Genogrupp I uppträder regelbundet vid samhällssmitta.
2011 års noro/sapoviruspanel 2011-41/11 Tvåårig frisk flicka. 2011-41/12 22-årig kvinna med samhällsförvärvad (cateringmat) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus genotyp GII.12. 2011-41/13 82-årig person med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.4 variant 2010. 2011-41/14 56-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med RT- PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GI.2. 2011-41/15 42-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med elektronmikroskopi. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GI.4. 2011-41/16 62-årig kvinna med samhällsförvärvad (vatten?) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.6. Trolig vattensmitta i Sälen; rekombinant där kapsiden var GII.6 och polymeraset GII.7, relativt vanlig duo.
2011 års noro/sapoviruspanel 2011-41/11 Tvåårig frisk flicka. 2011-41/12 22-årig kvinna med samhällsförvärvad (cateringmat) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus genotyp GII.12. 2011-41/13 82-årig person med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.4 variant 2010. 2011-41/14 56-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med RT- PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GI.2. 2011-41/15 42-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med elektronmikroskopi. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GI.4. 2011-41/16 62-årig kvinna med samhällsförvärvad (vatten?) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.6. 2011-41/17 88-årig kvinna med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med elektronmikroskopi. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GIV.1. Sapovirus relativt vanlig inom äldrevården. Genogrupp GIV.1 dök första gången upp vintern 2002-2003.
2011 års noro/sapoviruspanel 2011-41/11 Tvåårig frisk flicka. 2011-41/12 22-årig kvinna med samhällsförvärvad (cateringmat) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus genotyp GII.12. 2011-41/13 82-årig person med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.4 variant 2010. 2011-41/14 56-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med RT- PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GI.2. 2011-41/15 42-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med elektronmikroskopi. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GI.4. 2011-41/16 62-årig kvinna med samhällsförvärvad (vatten?) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.6. 2011-41/17 88-årig kvinna med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med elektronmikroskopi. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GIV.1. 2010-40/18 37-årig kvinna med samhällsförvärvad (ostron) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.7. Ostronätare, där är dubbelinfektioner förmodligen vanliga. I detta fall påvisades endast en stam.
2011 års noro/sapoviruspanel 2011-41/11 Tvåårig frisk flicka. 2011-41/12 22-årig kvinna med samhällsförvärvad (cateringmat) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus genotyp GII.12. 2011-41/13 82-årig person med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.4 variant 2010. 2011-41/14 56-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med RT- PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GI.2. 2011-41/15 42-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med elektronmikroskopi. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GI.4. 2011-41/16 62-årig kvinna med samhällsförvärvad (vatten?) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.6. 2011-41/17 88-årig kvinna med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med elektronmikroskopi. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GIV.1. 2010-40/18 37-årig kvinna med samhällsförvärvad (ostron) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.7. 2011-41/19 12-månaders flicka med samhällsförvärvad (barngrupp) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med elektronmikroskopi. Vid typning av kapsidgenen påvisas norovirus GI.7. Återigen smitta från förskolan.
2011 års noro/sapoviruspanel 2011-41/11 Tvåårig frisk flicka. 2011-41/12 22-årig kvinna med samhällsförvärvad (cateringmat) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus genotyp GII.12. 2011-41/13 82-årig person med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.4 variant 2010. 2011-41/14 56-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med RT- PCR. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GI.2. 2011-41/15 42-årig kvinna med samhällsförvärvad (familj) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med elektronmikroskopi. Vid typning med sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GI.4. 2011-41/16 62-årig kvinna med samhällsförvärvad (vatten?) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.6. 2011-41/17 88-årig kvinna med vårdrelaterad gastroenterit. Vid SMI påvisas sapovirus med elektronmikroskopi. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas sapovirus GIV.1. 2010-40/18 37-årig kvinna med samhällsförvärvad (ostron) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid sekvensering av kapsidgenen påvisas norovirus GII.7. 2011-41/19 12-månaders flicka med samhällsförvärvad (barngrupp) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med elektronmikroskopi. Vid typning av kapsidgenen påvisas norovirus GI.7. 2011-41/20 31-årig kvinna med samhällsförvärvad (ostron) gastroenterit. Vid SMI påvisas norovirus med RT-PCR. Vid typning av kapsidgenen påvisas norovirus GII.3. Ostronätare där kapsiden var GII.3 och polymeraset GII.6, ingen känd rekombinant utan troligen dubbelinfektion. Maken positiv med GI.4!
Slutligen: Hur noga skall man undersöka panelproverna inför utskicket; vilka metoder? Vad är frågeställningen? Kliniska prov? Extraherat RNA/DNA alternativt klonat? Kvantifiering önskvärd?
Margareta Thorhagen, en fecesspridare av rang och mästertypare. Fecesjakten