Referensmetodik för laboratoriediagnostik vid kliniskt mikrobiologiska laboratorier Redaktion: Berndt Claesson Hans Hallander Anders Nyberg Magnus Thore Ralfh Wollin 1
2
Innehållsförteckning Förord... 9 Gula böcker ett konsensusprojekt... 11 Arbetsgrupp... 11 Författare... 11 Gula böckernas status som Referensmetodik... 12 ALLMÄN DEL... 13 Värd - mikroorganism... 15 Inledning... 15 Värdfaktorer... 15 Skadepanorama... 16 Mikroorganismer... 17 Virulens... 18 KLINISK DEL... 21 Definitioner... 23 Infektioner i hud och mjukdelar... 24 Anatomi... 24 Hudens ordinära flora... 24 Ytliga infektioner i huden... 25 Erythrasma (L 08.1)... 25 Follikulit (L73.9)... 25 Furunklar och karbunklar (L02.-)... 25 Infekterad pilonidalcysta (L05.0)... 26 Hidroadenitis suppurativa (L73.2)... 26 Impetigo (L01.0X)... 26 Bullös impetigo (L01.0 alt. L00)... 27 Ritters sjukdom eller SSSS (Staphylococcal Scalded Skin Syndrome) (L00.9)... 27 Ektyma (L08.0A)... 27 Erysipelas (A46.9)... 27 Cellulit (L03.-)... 28 Erysipeloid (A26.-)... 28 Nekrotiserande fasciit (M72.5)... 29 Nekrotiserande fasciit Typ II... 29 3
Nekrotiserande fasciit Typ I (nekrotiserande mjukdelsinfektion)....30 Myosit...30 Gasbrand (Clostridium-myosit) (A48.0)...31 Andra myositer (M60.0)...31 Infektioner i handen...32 Paronyki (L03.0B, L03.0C)...32 Panaritium (L03.0X)...33 Ändfalangsosteit (M86.0D)...33 Interfalangealledsartrit ((M00.9D)....33 Tenosynovit (=tendovaginit, =senskideinflammation) (M65.0)...33 Djupa interdigitala abscesser (L03.0X)...33 Djupa volara abscesser (L03.0X)...33 Djurbett och rivsår (T 79.3 W 53-56, 58-59)...34 Människobett (T79.3 W 50)...35 Bensår (I83.2)...36 Diabetiska fotsår (E10.5 eller E11.5)...36 Trycksår (decubitus) (L89.9)...37 Mastit...38 Puerperal mastit (O91.1A)...38 Icke-puerperal mastit (N61.9)...38 Infektioner i huvud-, halsregionen...39 Anatomi...39 Peritonsillitabscess (J36.9)...39 Parafaryngeal abscess (J39.0)...39 Retrofaryngeal abscess (J39.0)...40 Munbotteninfektion (K12.2)...40 Paramandibulära infektioner (K12.2)...41 Övriga infektioner i huvud/halsområdet...41 Cellulit (L03.2)...41 Dakryocystit (H04.3)...41 Cervikal adenit (L04.0)...42 Bakteriell parotit (K11.2 och K11.3)...42 Cervikofacial aktinomykos (A42.2)...42 Embryonalrestinfektion (L02.1)...43 Infektioner i thorax...43 Endokardit (I33.0)...43 Purulent perikardit (I30.1A, I30.1B)...45 Mediastinit (J85.3)...45 Lungabscess (J85.1)...46 Pleuraempyem (J86.9)...47 4
Intraabdominella infektioner... 48 Anatomi... 48 Endogen flora i magtarmkanalen... 48 Peritonit (K65.0)... 50 Primär peritonit (K67.-*)... 50 Sekundär peritonit (K65.0)... 51 Tertiär peritonit... 51 Abscess (K65.0. ICD 10 kod beroende av primärlesionens lokalisation)... 51 CAPD-infektion eller PD-infektion (K 65.0)... 54 Infektioner i gallvägar och lever... 56 Anatomi... 56 Akut kolecystit (K80.- och K81.-)... 56 Kolangit (K80.3-K80.4-K83.0)... 57 Leverabscess (K75.0)... 57 Infektioner i Pankreas (K85.9)... 58 Mjältabscess (D73.3)... 59 Gynekologiska infektioner... 60 Endogen vaginalflora... 60 Vulvovaginit (N76.0)... 61 Bakteriell vaginos (N76.8)... 61 Toxic shock syndrome (TSS) (A48.3)... 61 Bartholinit (N75.8)... 62 Infektioner i inre genitalia (N70, N71, N73)... 62 Obstetriska infektioner... 63 Intrauterina infektioner (O41.1)... 63 Postpartuminfektioner (O85, O86.-)... 63 Endometrit efter abort (O08.0)... 64 Infektion efter klipp (O86.0)... 64 Infektioner efter gynekologisk kirurgi (O86.0, N73.-)... 65 Infektioner i manliga genitalia... 65 Infektioner i penis (N48.2)... 65 Prostatit... 65 Akut bakteriell prostatit (N41.0)... 66 Kronisk bakteriell prostatit (N41.1)... 66 Icke-bakteriell prostatit (N41.9)... 66 Prostataabscess (N41.2)... 66 Epididymit (N45.-)... 67 Bakteriell orkit (N45.-)... 67 Infektioner i normalt sterila områden... 67 Septisk bursit (M71.0, M71.1)... 67 5
Septisk artrit (M00.-)...67 Övriga infektiösa artriter (M01*)...69 Osteomyelit (M86.-)...69 Infektioner efter proteser/implantat (T84.5, 84.6, 84.7)...70 Figur 2-6...73-77 Sammanfattande kliniskt tabellarium...79 Systematik Nomenklatur...89 Kort beskrivning av kliniskt intressanta bakterier...92 SPECIELL DEL...117 Provtagning-allmänt...119 Märkning av prov och remiss...119 Analysbeställning/remiss...120 Provtagning-klinisk del...122 Provtagning-praktiskt utförande...127 I Allmän odling...127 II Speciell odling...130 III Mikroskopi...131 Transport...132 Ankomstkontroll på laboratoriet...133 Provsättning...134 Provmaterialrelaterad beskrivning...139 Identifiering av bakterier i rutindiagnostik...142 Identifieringsbegrepp...144 Grampositiva kocker...146 Grampositiva stavar...150 Gramnegativa kocker...151 Gramnegativa stavar...151 Nonfermentativa gramnegativa stavar...153 Långsamväxande gramnegativa stavar...154 Anaeroba bakterier...155 Bedömning av prov...158 Resistensbestämning...160 Svarsrutiner...161 Övervakningsodlingar...163 Agens associerade med specifika sjukdomstillstånd...165 Actinomyces...167 Bartonella...170 Borrelia återfallsfeber...175 6
Clostridium tetani... 180 Corynebacterium diphtheriae huddifteri... 182 Leptospira... 186 Listeria monocytogenes... 191 Nocardia... 195 Streptobacillus moniliformis... 198 KLASS 3 organismer... 200 Bacillus anthracis... 200 Brucella... 205 Burkholderia mallei och pseudomallei... 209 Francisella tularensis... 212 Rickettsia... 215 Yersinia pestis... 219 Anmälningspliktiga sjukdomar... 223 BILAGOR... 225 BILAGA 1... 227 Substratrecept 1. Blodagar... 230 2. Hematinagar (Chokladiserad blodagar)... 231 3. Andra beredningsformer av blod- och hematinagar... 233 4. CLED-agar... 234 5. Anaerob blodagar (FAA)... 235 Kana- vankoagar... 236 Neomycinagar... 236 6. Andra beredningsformer av anaerob blodagar... 237 7. Anaerob anrikningsbuljong (FAB)... 238 8. Aerob anrikningsbuljong (TSB)... 240 9. Fenolmannitagar (FM-agar)... 241 10. Selektiv fenolmannitagar (MS-agar)... 242 11. GBS-buljong... 243 12. Selektiv anrikningsbuljong för VRE... 244 13. Transportsubstrat... 245 BILAGA 2... 247 Substratkontroll 7
BILAGA 3...253 Tabell 14. Rekommenderade referensstammar och växtkarakteristika för vissa substrat BILAGA 4...261 Extern kvalitetssäkring 8
Förord Syftet med denna referensbok I 11 har varit att komplettera tidigare referensböcker med en beskrivning av idag accepterade metoder för provtagning och diagnostik av bakteriella infektioner i hud och mjukdelar, ortopediska infektioner, urogenitala infektioner som ej berörts inom STI- eller UVI-böckerna, purulenta infektioner i bukhålan, huvud/ halsområdet samt sådana infektioner inom thorax som ej berörts inom området "nedre luftvägsinfektioner". I den första Allmänna och Kliniska delen beskrivs översiktligt de ovannämnda infektionstyperna samt systematik och nomenklatur med korta beskrivningar av kliniskt intressanta bakterier. Den Speciella delen beskriver provtagning och minimikriterier för diagnostiken. Där finns också beskrivning av ett antal agens associerade med specifika sjukdomstillstånd. Infektioner orsakade av typiska och atypiska mykobakterier har utelämnats liksom djupa mjukdelsinfektioner orsakade av svamp, vilka beskrivs i I 3 respektive I 10. Skriften berör inte heller parasit- och virusinfektioner. I november 1997 gjorde arbetsgruppen ett utskick med olika blandfloror som är vanliga i kliniska sårprov (EQUALIS 9742/115-119; se bilaga 4). Mot varje prov ställdes fyra återkommande anamneser. Som framgår av kommentarerna till utskicket förekom en betydande variation i benämningar av bakterier, urval av antibiotika för resistensbestämning, val av inkubationsförhållanden och identifiering av bakterier. En hög grad av subjektiv bedömning genomsyrar svarsutfallet. De rekommendationer som ges i föreliggande gula bok (I 11) är ett försök att något närma sig en internationell standard vad gäller provtagning, val av medier i primärodling, inkubationsförhållanden, identifiering och bedömning. Vid merparten av patientkontakter i öppen och sluten vård klassificeras åkomman/symtomen i journalsystemet. Ambitionen har därför varit att länka klinisk information i form av Socialstyrelsens klassifikation av sjukdomar mot lämplig algoritm för omhändertagande av prov och utodling på laboratoriet. Den s.k. ICD 10 koden finns därför angiven i rubriken för varje klinisk entitet i den allmänna delen. Detta försök till standardisering kan ses som en hjälpbrygga för att överföra information elektroniskt från journalsystem i vården till den lokala IT-applikationen på laboratoriet. Den ersätter naturligtvis inte den kliniska informationen eller frågeställningen på remissen. I de kliniska textavsnitten förekommer en del svåra ord, som dock är medicinskt 9
etablerade uttryck och kan förekomma i remisstexter. Vi har i stort valt att avstå från att använda de förkortningar av medicinarslang som snabbt ändras över tiden och har många lokala dialekter. Solna september 2003 Berndt Claesson Hans Hallander Anders Nyberg Magnus Thore Ralfh Wollin 10
Gula böcker ett konsensusprojekt Underlaget för de gula böckerna tas traditionsenligt fram av informellt sammansatta expertgrupper. Materialet remissbehandlas dels genom ett utskick till de mikrobiologiska laboratoriernas verksamhetschefer dels via ett diskussionsforum på nätet. Inkomna skriftliga synpunkter tillvaratas och inarbetas av arbetsgruppen. Då en ny upplaga föreligger inbjuder SMI till en öppen konsensuskonferens. Denna avslutas med en protokollförd konsensusdiskussion under ledning av neutral ordförande. En slutversion underställs ordföranden i Föreningen för Medicinsk Mikrobiologi och Generaldirektören vid SMI. Dessa avgör om konsensusdiskussionens slutsatser uppfylls och upprättar därefter ett gemensamt konsensusprokotoll vilket samtidigt är ett klartecken för tryckning. Arbetsgrupp Berndt Claesson Hans Hallander Anders Nyberg Magnus Thore Ralfh Wollin Författare Allmän och klinisk del: Berndt Claesson Systematik-Nomenklatur: Urban Forsum, Gunnar Kahlmeter, Peter Larsson Speciell del: Sven Bergström, Berndt Claesson, Hans Hallander, Anders Nyberg, Magnus Thore, Ralfh Wollin 11
Gula böckernas status som Referensmetodik - Ett referenssystem omfattar referensmetod, referensmaterial och referenslaboratorium - En referensmetod är en spårbar del av referenssystemet och kan bestå av två komponenter: en kvalitativ del (nominalskala) och en kvantitativ del (ordinalskala). Kommentar: Begreppet referensmetodik har etablerats inom mikrobiologin för metoder som anger givna resultat som observationer (nominalskala) eller som kvantiteter (ordinalskala) och är spårbara till de gula böckerna. - Referensmetod är en sådan metod mot vilken nya metoder, lokala varianter och alternativ diagnostik kan valideras- en referens eller fast valideringsgrund - Metoden ska vara så väl dokumenterad att den är kvalitativt och kvantitativt reproducerbar - En referensmetod kan finnas på olika definierade nivåer, t.ex. referensmetodik för identifiering av isolat i rutindiagnostiken och referensmetod för slutlig verifiering till speciesnivå - En referensmetod är inte stationär utan kan ändras med den tekniska utvecklingen - En referensmetod fastställs genom ett konsensusförfarande. Detta gör den dock inte till en konsensusmetod rekommenderad för bruk vid det enskilda laboratoriet, även om den kan vara högst användbar. Analogt kunde referenslaboratorium användas för ett laboratorium som utför undersökningar med angiven referensmetodik. Officiella standarder inom området saknas och begreppet referensmetodik har ingen annan officiell konkurrerande innebörd. Däremot finns standarder för Reference measurement procedure/ Reference measurement laboratory för mätningar som anger givna resultat på en ratioskala, vilket är ovanligt i klinisk bakteriologi. Reference measurement laboratory: laboratory that performs a reference measurement procedure and provides results with stated uncertainty (pren/iso/dis 15195 Laboratory medicine-requirements for reference measurements laboratories). 12