Rening av proteiner: hur och varför?
|
|
|
- Erik Åström
- för 8 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Rening av proteiner: hur och varför? (och lite biologiska grunder) Joakim Norbeck! Grunder! Plasmider! Protein-rening! Detektion!!!!! Mest relevanta sidor i "Cell" är & ! 1!
2 Prokaryoter! En cell = en individ! 4.6 miljoner bp =! ca 3000 gener! Otroligt stor skillnad på organismers komplexitet,! men grunderna är ändå dom samma!! Alla har DNA, RNA, Protein och! till stor del samma metabola vägar! Eukaryoter! miljarder celler = individ! ca 2 miljarder bp/cell =! gener! DNA molekyler har en riktning. Man läser ALLTID sekvens från 5 till 3 ände!! 3 ände (OH)! 5 ände (= fosfat)! 2!
3 Riktningar och begrepp...! 5 -GATCTCTGTGACGAAAGTACCTCCCCG-3! 3 -CTAGAGACACTGCTTTCATGGAGGGGC-5! kodon! Transkription! 5 -GAUCUCUGUGACGAAAGUACCUCCCCG-3! Translation! (ribosomer+trna+aminosyror)! N -AspLeuCysAspGluSerThrSerPro- C! tre-bokstavskod! N L C N E S T S P! en-bokstavskod! Promotor + kodande region + terminator = Gen!! Studiet av proteiner (20 OLIKA byggstenar) är svårare än studier av nukleinsyror (4 liknande byggstenar).! Dessutom kan många av aminosyrorna bli modifierade oerhört stort antal möjliga proteiner...! (2 aa > 400 olika, 3 aa > 8000 olika aa > olika, 100 aa > oändligt... (~10 80 atomer i universum)! 3!
4 Många möjligheter till variation på protein-strukturnivå!! Amino-terminal = N-terminal! Carboxyterminal = C-terminal! Primär-! Sekundär-! N- -C! Tertiär-! Kvartär-! Alla proteiner har en isoelektrisk punkt (pi) där nettoladdning är noll.! Net Charge + NH3 + COOH - NH3 + COO - modifieringar kan ofta förändra pi!! (och storlek...)! NH2 COO - ph - Net Charge = 0 (pi) pi = 4.5 MW = 30 kda 4!
5 Proteiner är mycket variabla i sina egenskaper!! Detta påverkar möjligheten att rena...! Glycosylation(s) Glykosylerat membranprotein.! Svårt att extrahera, svårt att studera.! Fosfolipid-membran! Phosphate Fosforylerat protein, potentiellt reglerat.! Antagligen lätt att extrahera, men beroende! av hur starkt associerat det är med sina! interaktioner.! Glycosylation (s) Phosphate Protein som binds till membran! av lipidsvansar, potentiellt en reglerad! process. Hjälpligt lätt att extrahera.! idealt protein,! lätt att extrahera och omodifierat!! Reningar av proteiner involverar ett antal steg:! val av källa till proteinet:! - naturliga celler eller vävnad!(ni ska använda köttfärs för rening av cytokrom C)! - genmanipulerade celler/organismer!(ni undersöker en plasmid i DNA-labben)! Provberedning! val av renings-metodik:! - olika typer av kromatografi eller fällningar! verifiering av renhet:! - aktivitet! - absorbans/reagens! - gel-elektrofores! - mass-spektrometri! skäl att rena proteiner är att vi vill:! förstå proteinets egenskaper eller använda det för att förstå andra system (forskningssyften),! Eller! rena fram industriella mängder av protein för användning i t ex tvättmedel eller som läkemedel...! 5!
6 Källa till proteinet:! 1. Naturliga källor! organism! organ! cell-odling! organell! Källa till proteinet:! 2. Genmodifierade organismer! Vi vill ofta uttrycka syntetiska gen-konstruktioner! t ex från plasmider innehållande PCR-produkter.! (viktigt att få med alla delar av en gen för att få uttryck!)! 6!
7 Plasmider är små cirkulära bitar av DNA som kan replikeras i cellen.! Krävs att de har ett Ori.! Ori! Hit binder DNA-polymeras och andra enzymer! när DNA ska replikeras.! Bakterier har cirkulära kromosomer med ett Ori,! Eukaryoter har linjära kromosomer med många Ori! För att vi ska kunna veta vilka celler som innehåller vår plasmid så sätter vi ofta in! en eller flera markörgener (t ex resistens mot antibiotika).! Ori! Markör! Den vanligaste markörgenen är penicillin (ampicillin)- resistens, AmpR.! Detta protein är ett beta-lactamase som kan inaktivera penicillin-strukturen! (bakterier med plasmid kan växa i närvaro av Amp).! AmpR endast i prokaryoter (bakterier), andra markörgener finns för användning i eukaryoter.! 7!
8 För att plasmiden ska kunna användas praktiskt på lab så finns oftast! ett multiple cloning site (MCS)! MCS innehåller ett antal unika restriktionsenzym-igenkännings-sites.! Ori! MCS! Markör! Restriktions-enzymer! (egentligen Restriktions-endonukleaser)! kan användas för att klippa specifikt i DNA-sekvenser Ligas kan sammanfoga DNA-ändar med passform.!!(tillämpa på lab!).! 5 TGGCGTAGAGCCTGAATTCGCTGAAAATTGAAAA 3! 3 ACCGCATCTCGGACTTAAGCGACTTTTAACTTTT 5! Restriktions-enzym! (EcoRI)! 5 TGGCGTAGAGCCTG AATTCGCGATGGTAGTAAAAGCCG AATTCGCTGAAAATTGAAAA 3! 3 ACCGCATCTCGGACTTAA GCGCTACCATCATTTTCGGCTTAA GCGACTTTTAACTTTT 5! Ligas! T4-DNA-Ligase! +! ATP! 5 TGGCGTAGAGCCTGAATTCGCGATGGTAGTAAAAGCCGAATTCGCTGAAAATTGAAAA 3! 3 ACCGCATCTCGGACTTAAGCGCTACCATCATTTTCGGCTTAAGCGACTTTTAACTTTT 5! Vid ligering av plasmid används oftast 1 del plasmid! och tre delar insert -DNA (mol-ratio!!!)! 8!
9 Så här kan en liten typisk E.coli plasmid se ut.! MCS! puc19! Ori! Vi använder plasmiden genom att stoppa in en eller flera bitar DNA i MCS.! Då använder vi ofta(st) PCR-produkter! Primers! (20-25 bp homologi)! Templat (= mall ) dubbelsträngat DNA! 95 (smältning av DNA)! PCR! (Polymerase chain reaction)! ( annealing = ihopkoppling)! ~70 (kedjeförlängning)! Används för att förstärka specifika! DNA-sekvenser.! Produkten av PCR kan t ex! klippas med lämpliga! restriktionsenzymer och! m h a ligas infogas i plasmid.! Kör såna cykler. En fördubbling av mängden DNA i varje cykel.! Primers avgör vilken region av DNA som ska förstärkas!! Replikation utförs av värmestabilt DNA-polymeras.! 9!
10 Det är ofta svårt att manipulera den kromosomala arvsmassan! (men det går hyfsat i t ex jäst-svampar och bakterier)! Det är lätt att manipulera DNA som sitter i plasmider! Användningsområden för plasmider:! -överuttryck av proteiner! -reglerat uttryck av proteiner! -uttryck av muterade proteiner! -uttryck av proteiner med renings-/lokaliserings-domän! Exempel på tillämpningar som involverar plasmider:! Ersätt en del av din favoritgen! med en muterad region.! Ersätt original-promotor! med en reglerbar promotor! Infoga en reningsdomän (t ex 6xHis)! på genens/proteinets C-terminal.! Favorit-gen! Promotor! 10!
11 Metoder för rening av protein:! Provberedning (och Dialys)! Selektiva fällningar/precipitering! Kromatografi!!* jonbyteskromatografi (proteinets laddning)!!* gel-filtrering (proteinets storlek)!!* affinitets-kromatografi (proteinets specifika egenskaper)! 11!
12 Provberedning:! Oftast måste man på nåt sätt få ut proteinet ur sitt material!!- mekaniskt (t ex kvarnar, mortel, skaka med glaspärlor/metallkulor)!!- kemiskt (t ex Detergenter, enzymatisk behandling..)! Proteinet bör finnas i lösning för att kunna renas vidare.! Partiklar blir man ofta av med genom att centrifugera eller filtrera provet.! Ibland kan det finnas störande lösta ämnen. Dessa kan t ex dialyseras bort...!!(även små proteiner kan dialyseras bort genom att välja membran med rätt por-storlek)! Fällningar/Precipitering/Salt-fraktionering! Proteiner har olika hydrofobicitet på ytan, dessa hydrofoba ytor maskeras! vanligen av vatten.! Tillsats av salt (ofta ammoniumsulfat) binder först upp fritt vatten i lösning,! när detta vatten är slut så binds vattnet som funnits kring proteiner upp.! När proteinerna blir av med sitt omgivande vatten frigörs mer och mer hydrofoba ytor! vilka kommer att aggregera och falla ut som protein-komplex.! Olika proteiner har olika mängd hydrofoba aminosyror.! ph påverkar också proteiners löslighet (kom ihåg isoelektrisk punkt, laddning=0)! low! medium! high! very high! 12!
13 Jonbyteskromatografi! Proteiner binds in till jonbytarmaterialet beroende av sin laddning.!!anjon-bytare renar negativt laddade molekyler!!katjon-bytare renar positivt laddade molekyler! Principen är att succesivt konkurrera bort bundet material genom att antingen! öka salthalten i elueringslösning eller genom att ändra ph och på så sätt ändra! laddningen/inbindningen av det inbundna materialet.! Jonbyteskromatografi är en koncentrerande teknik.! 13!
14 Gelfiltrering! Separation av proteiner på basis av storlek.! Resulterar i relativt utspädda prover.! Buffertkärl! Kolonn! Fraktionssamlare! Styr-enhet! Pumpar! Principen för gel-filtrering! Stora proteiner elueras tidigt därför att de! inte fångas in av gel-porerna.! ( void-volym / bed-volume )! Små proteiner passar in i gel-porerna vilket! leder till senare eluering.! 14!
15 Affinitets-kromatografi!!exempel:!!Ni 2+ -kolonn (IMAC):!renar upp 6xHis-tag!!Antikroppar:!kan rena specifika proteiner!!(det finns många andra typer av affinitetsrening)! Protein! som ska! renas...! Kolonnmaterial! Divalenta metall-joner binder kolonn-material! en svans av 6-10 histidiner som adderats till favoritproteinet binder till! de divalenta metall-jonerna.! eluera med höga koncentrationer av Imidazole (eller lågt ph eller EDTA).! 15!
16 Y immunoprecipitering! (rening m h a specifika antikroppar)! Protein-extraktion! Tillsätt specifik antikropp (IgG)! Tillsätt protein A-kopplat till agaroskulor! Centrifugera ner protein A-agaros-kulorna, släng supernatant.! Tvätta (flera gånger)! Y ProteinA! Agaros! Y Extrahera protein m h a SDS-buffert.! Kör extrakt på gel! Y ProteinA! Agaros! Hur ska vi detektera våra proteiner efter rening?!!färg (om man har tur! t ex i er lab renar ni ett gult protein)!!!proteinbestämning (reagens eller absorbans vid 280 nm)!!aktivitet!!gel-elektrofores! 16!
17 Kromatografisk rening på aktivitet:! exemplet glycerol 3-fosfatas (följ närvaro av enzym-aktivitet)!!jästceller krossas m h a glaspärlor!!!!!!!centrifugera bort partiklar! Gel filtrering! (fraktioner med! aktivitet sparas)! aktiva fraktioner! körda på anjonbyteskromatografi! med ökande NaCl-koncentration! aktiva fraktioner! körda på anjonbyteskromatografi! med stigande ph och KCl gradient! Gel-elektrofores av proteiner! - SDS-PAGE!!!! - Isoelektrisk fokusering (IEF)! - 2D-PAGE (=SDS-PAGE+IEF)! Detektionsmetoder! 17!
18 Poly-akrylamid är det mest använda gelmaterialet för protein-separation! Acrylamid! Ammonium-persulfat! TEMED katalyserar! bis-! Polyacrylamid! SDS-polyacrylamid gel-elektrofores (SDS-PAGE)! Natrium dodecyl-sulfat (SDS)! SDS binder in till proteiner med ett bestämt antal molekyler/aminosyra.! Effekten blir att laddning/massa blir konstant.! Oavsett hur stort ett protein är så kommer det att vandra lika fort i en! lösning över vilken en spänning är lagd.! I SDS-PAGE orsakas storleks-separationen av hur tätt nätverket av! akrylamid är. Stora proteiner bromsas upp mer än små, och vandrar! därför långsammare.! 18!
19 SDS-polyacrylamid gel-elektrofores (SDS-PAGE)! Separationsgel med tris-glycin buffert ph 8.8! variabel procenthalt acrylamid avgör separation:! hög % separerar små proteiner, låg % separerar stora proteiner...! Detektion av proteiner på gel:! - färgningar!!- T ex Coomassie Blue! - western blotting!!(specifik detektion med god linjär respons)! 19!
20 Western blotting: antikropps-detektion av proteiner på membran! första detektion med specifik primär-antikropp. Denna antikropp detekteras sedan! med en enzym-kopplad sekundär-antikropp som känner igen primär-antikroppen.! (primär-antikropp)! (sekundär-antikropp! - ofta länkad till HRP)! 20!
DNA-labb / Plasmidlabb
Översikt DNA-labb Plasmidlabb Preparation och analys av -DNA från Escherichia coli Varför är vi här idag? Kort introduktion till biokemi och rekombinant DNA- teknologi Vad skall vi göra idag? Genomgång
Isolering och rening av proteinet tiopurinmetyltransferas
Isolering och rening av proteinet tiopurinmetyltransferas Inledning och syfte Proteinet tiopurinmetyltransferas (TPMT) är ett humant enzym vars naturliga funktion ännu är okänd. Proteinet katalyserar överföring
Kromatografi. Kromatografi
Kromatografi Tekniker för att Rena Ex. inför vidare studier, terapeutisk användning etc. Fraktionera Ex. inför vidare analys, Depletion av HAPs från plasma inför 2D-gel (max-kapacitet
Expression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis
UNIVERSITETET I LINKÖPING Proteinkemi Kemiavdelningen 2011-02-04 Expression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis Produktion av FABP i E. coli bakterier
Preparation av hemoglobin med hjälp av gelfiltrering
Preparation av hemoglobin med hjälp av gelfiltrering Teori Vid preparation av ett protein används en rad olika metoder för att specifikt rena fram det önskade proteinet. I vårt fall ska hemoglobin från
Jonbyteskromatografi
Jonbyteskromatografi Den mest frekvent använda proteinreningsmetoden Bygger på laddad interaktion mellan målproteinet i lösning och en fast matris. Beroende av:! Lösningens ph! Målproteinet och kontaminanternas
BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. PROTEINER OCH ENZYMER 174-190 (sid. 140-156)
BASÅRET KEMI B BIOKEMI PROTEINER OCH ENZYMER 174-190 (sid. 140-156) Hur lätt blir det fel i strukturen? ganska stora skillnader i sekvens - ganska lika strukturer proteinerna är bara identiska i 27 av
Introduktion till laboration Biokemi 1
Introduktion till laboration Biokemi 1 Annica Blissing IFM Biochemistry Upplägg Laborationen sträcker sig över flera tillfällen Isolering, gelfiltrering, absorbansmätning och påvisande av sulfat Provberedning,
Downstream Processing
Downstream Processing 4 huvudsteg i ett reningsförfarande 1. Förfraktionering Avlägsna fasta partiklar, ex celldebris. Sker via centrifugering, filtrering, sedimentering, flockulering Ställa in ph, jonstyrka.
LAB 12. Preparation och analys av plasmid-dna från E.coli
Institutionen för biokemi och biofysik LAB 12 Preparation och analys av plasmid-dna från E.coli Basåret 2012 (finns på basårshemsida: www.kemi.su.se, välj Basår) INTRODUKTION I denna laboration ska vi
Polymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction The Polymerase Chain Reaction Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt Från kursplan: Studenten skall kunna: förklara grundläggande principer
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2012-10-23 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-9: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 10-11: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30 poäng =
Cellen och biomolekyler
Cellen och biomolekyler Alla levande organismer är uppbyggda av celler!! En prokaryot cell, typ bakterie: Saknar cellkärna Saknar organeller En eukaryot djurcell: Har en välavgränsad kärna (DNA) Har flera
DNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores. Niklas Dahrén
DNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores Niklas Dahrén Användningsområden för DNA-analys Ta reda på vems DNA som har hittats på en brottsplats. Faderskapsanalys. Identifiera
Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2011/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2012-01-12 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-8: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 9-12: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30 poäng =
DEN MINSTA BYGGSTENEN CELLEN
DEN MINSTA BYGGSTENEN CELLEN MÅL MED DETTA AVSNITT När vi klara med denna lektion skall du kunna: Förklara funktion och utseende för följande delar i cellen: cellkärna, cellmembran, cellvägg, cellvätska
Tentamen i Molekylär Cellbiologi
Tentamen i Molekylär Cellbiologi 1 juni 2007 MCB 13p Biomedicinarprogrammet Märk alla papper med din tentamenskod. Extrablad ska dessutom märkas med MCB och frågans nummer. Frågorna skall besvaras på frågebladet.
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2011-10-22 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-8: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 9-12: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30 poäng =
Kromatografimetod. Separation genom olika distribution av molekyler mellan en mobil fas och en stationär fas
Kromatografi Separation genom olika distribution av molekyler mellan en mobil fas och en stationär fas LC-Vätskekromatografi (oftast vattenbaserade system) Kolonner vanligast men andra system finns Separationsprincip
Lärarhandledning gällande sidorna 6-27 Inledning: (länk) Läromedlet har sju kapitel: 5. Celler och bioteknik
Senast uppdaterad 2012-12-09 55 Naturkunskap 1b Lärarhandledning gällande sidorna 6-27 Inledning: (länk) Celler och bioteknik C apensis Förlag AB Läromedlet har sju kapitel: 1. Ett hållbart samhälle 2.
Övningstentafrågor i Biokemi, Basåret VT 2012
Övningstentafrågor i Biokemi, Basåret VT 2012 1. Förklara kortfattat följande ord/begrepp. (4p) - gen - genom - proteom - mutation - kofaktor - prostetisk grupp - ATP - replikation Celler: 2. Rita en eukaryot
Linköpings Universitet. Laboration i genteknik
IFM/Kemi Linköpings Universitet Maj 2008/LGM Laboration i genteknik Restriktionskarta av pcantab Restriktionsklyvning samt separation av DNA-fragment mha agarosgelelektrofores Material: pcantab (minst
Sluttentamen Bke2/KE0003, 29:e Oktober 2003, 09 00-15 00 Max poäng = 94 p. Preliminär gräns för godkänd = 50 p (53 %).
Sluttentamen Bke2/KE0003, 29:e Oktober 2003, 09 00-15 00 Max poäng = 94 p. Preliminär gräns för godkänd = 50 p (53 %). Besvara varje fråga på separat papper! Ange tydligt längst upp på varje papper både
Analys av nukleinsyra. Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls
Analys av nukleinsyra Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Studietips Detta kompendium är INTE en lärobok. Det är inte meningen att man skall kunna läsa kompendiet och förstå innehållet. Ni
JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND
MPCR Multiplex Polymerase Chain Reaktion JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND Vad är multiplex PCR Variant av PCR Möjliggör samtidigt att amplifiera (masskopiera) många målsekvenser i en enda reaktion.
Laboration DNA. Datum:16/11 20/ Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson
Laboration DNA Datum:16/11 20/11 2015 Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson Material och metod Materiallista hänvisas till labhandledning s.3 (BIMA15 ht 2015, Lab III: DNA.) Uppsamling
Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen
Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 5 samt kapitel 29 31. Kapitel 2 5 samt 29 31 berörs även i kommande föreläsningar. Transkription och translation Informationsflödet
Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen
Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 5 samt kapitel 29 31. Kapitel 2 5 samt 29 31 berörs även i kommande föreläsningar. ph, kapitel 1, gås igenom i separata
Introduktion till labkursen på Biokemi 1
Introduktion till labkursen på Biokemi 1 Annica Theresia Blissing IFM Molekylär bioteknik Upplägg Laborationen sträcker sig över flera tillfällen: Isolering, gelfiltrering, absorbansmätning och påvisande
Transkription och translation. DNA RNA Protein. Introduktion till biomedicin 2010-09-13. Jan-Olov Höög 1
Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 (delvis), kapitel 2 (ingående) samt kapitel 3 (delvis, kommer att behandlas mer) Transkription och translation Informationsflödet
Proteiner. Biomolekyler kap 7
Proteiner Biomolekyler kap 7 Generna (arvsanlagen) (och miljön) bestämmer hur en organism skall se ut och fungera. Hur? En gen är en ritning för hur ett protein skall se ut. Proteiner får saker att hända
Tentamen. Kurskod: MC1004. Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 130814 Skrivtid 4h
Tentamen Medicin A, Molekylär cellbiologi Kurskod: MC1004 Kursansvarig: Christina Karlsson Datum 130814 Skrivtid 4h Totalpoäng: 86p Poängfördelning Johanna Sundin (fråga 1 8): 18p Ignacio Rangel (fråga
Transkription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens
Transkription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens OBS! Grova drag för prokaryota system! Mycket mer komplicerat i eukaryota system! RNA: Tre huvudtyper: trna transfer RNA
Instuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB
Instuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB Molekylärgenetikdelen 1. Vad är DNA? 2. Vad heter byggstenarna i DNA? 3. Vad är RNA? 4. Vad är en bas, nukleosid, nukleotid
Utveckling av reningsmetod för cytokrom c-id1 från Ideonella dechloratans
Fakulteten för teknik och naturvetenskap Johan Celander Utveckling av reningsmetod för cytokrom c-id1 från Ideonella dechloratans Optimization of a Purification Method for Cytochrome c-id1 from Ideonella
TFKE32/TFKI09/9KEA21. Laboration i Genteknik
TFKE32/TFKI09/9KEA21 Laboration i Genteknik Denna laboration består av tre delar: A. Restriktionsklyvning av plasmiden pcantab samt konstruering av restriktionskarta. B. Preparation av plasmiden pcantab
Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen. från pacyc184 till puc19
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184 till puc19 Årskull: Laborationsrapport i Molekylärbiologisk laboratoriemetodik, termin 3
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2013-01-15 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-8: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 9-12: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30-38.5 poäng
1. a) Markera polära och icke-polära delar i nedanstående molekyl. Vilken typ av ämne är det, och vad heter molekylen? (2p)
Tentamen med svarsmallar Biokemi BI0968, 8:e jan 2009, 09 15-14 00. Max poäng = 100 p. Slutliga gränser: 3 = 50%; 4 = 70%; 5 = 82%. 1. a) Markera polära och icke-polära delar i nedanstående molekyl. Vilken
Delprov l, fredag 11/11,
Delprov l, fredag 11/11, 14.00-17.00 Fråga 1 (5 p). Ringa in ett av alternativen (endast ett): A. Vilket påstående är falskt? l. Aminosyror är byggstenar till proteiner 2. Membraner består av peptidoglykan
Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR
Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia
Så började det Liv, cellens byggstenar. Biologi 1 kap 2
Så började det Liv, cellens byggstenar Biologi 1 kap 2 Liv kännetecknas av följande: Ordning- allt liv består av en eller flera celler Ämnesomsättning Reaktion på stimuli (retningar) Tillväxt och utveckling
En bioinformatisk genjakt
En bioinformatisk genjakt Efter en ide från: CUSMOBIO, Milano, Italien. Hur man kan söka i databaser efter information om en gen som kan ge ökad risk för bröstcacer. Bakgrund Människor utan symptom men
Molekylärbiologins centrala dogma
Molekylärbiologins centrala dogma m Replikation:Bassekvensen i DNA står för den genetiska informationen. När en cell ska delas måste DNA:tdupliceras man måste få nytt DNA med exakt samma bassekvens som
DNA-ordlista. Amplifiera: Att kopiera och på så sätt mångfaldiga en DNA-sekvens med hjälp av PCR.
DNA-ordlista Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra. Detta gör att man kan urskilja var och hur mycket de skiljer sig från varandra, vilket är ett av de mest grundläggande sätten att analysera
STOCKHOLMS UNIVERSITET INSTITUTIONEN FÖR BIOLOGISK GRUNDUTBILDNING
STOCKHOLMS UNIVERSITET INSTITUTIONEN FÖR BIOLOGISK GRUNDUTBILDNING TENTAMEN Kurs: Prokaryot cell- och molekylärbiologi (PCMB) Datum: 2007-06-19 kl. 10-13 Visat betald terminsräkning och legitimation _
Molekylärbiologi: Betygskriterier
Molekylärbiologi: Betygskriterier De obligatoriska momenten laboration och presentationsövningar examineras separat (endast G). Se separat utdelade anvisningar. Betygskriterier för teoridelen (se nedan).
För godkänt resultat krävs 20 p och för väl godkänt krävs 30 p. Max poäng är 40 p
Tentamen i kemi för Basåret, OKEOOl :2 den 20 april 2012 Skrivtid: 8.00-1300 Plats. 8132 Hjälpmedel: Räknare och tabell För godkänt resultat krävs 20 p och för väl godkänt krävs 30 p. Max poäng är 40 p
RNA-syntes och Proteinsyntes
RNA-syntes och Proteinsyntes Jenny Flygare (jenny.flygare@ki.se) Genexpression - översikt 5 (p) A T G T C A G A G G A A T G A 3 (OH) T A C A G T C T C C T T A C T 3 (OH) 5 (p) VAD TRANSLATERAS DEN HÄR
NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra
NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra Monomererna som bygger upp nukleinsyrorna kallas NUKLEOTIDER. En nukleotid består av tre delar: en kvävebas
BIOLOGISK SYNTES AV PROTEIN
UMEÅ UNIVERSITET LABORATIONSHANDLEDNING Biokemi Farmaceutisk kemi 1 Lars Backman 2011-09-09 BIOLOGISK SYNTES AV PROTEIN Utblick Våra gener innehåller all information som behövs för att tillverka en ny
Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin
Datum på laborationen: 2010-11-16 Handledare: Alexander Engström Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin Namn/Laborant: Jacob Blomkvist Medlaborant: Emmi Lindgren Antonia Alfredsson
Genetik I. Jessica Abbott
Genetik I Jessica Abbott Att kunna/förstå efter föreläsningarna i genetik: DNA och RNA Packning av DNA Replikation Transkription och translation Cellcykeln Mitos och meios Översikt över genetiska verktyg
KARLSTADS UNIVERSITET KEMI
KARLSTADS UNIVERSITET KEMI TENTAMEN I BIOKEMI KEGAB0, KEGAH0, KEGABB, KEGAAK DATUM: 2016 08 22 TID: 8.15 13.15 Examinator: Maria Rova, tel. 054 700 1732 Hjälpmedel: Inga Kontrollera att Du fått rätt skrivning
Kunskapsmål ht (reviderade )
Kunskapsmål ht 2015 (reviderade 150930) På de följande sidorna kommer du att se hur kursens mål tas upp i de olika blocken. Detta är en hjälp för att du ska veta vad du behöver läsa och lära i kursboken,
Linköpings Universitet. Lägesspecifik Mutagenes av proteiner
IFM/Kemi Linköpings Universitet Augusti 2007/LGM Lägesspecifik Mutagenes av proteiner Lägesspecifik mutagenes Introduktion In vitro lägesspecifik mutagenes är en ovärderlig teknik för att t.ex. studera
Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes. Bilder från McMurry
Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes Bilder från McMurry Namn Efternamn 26 februari 2011 2 Varje DNA molekyl är uppbyggd av många gener induviduella DNA segmant som innehåller instruktioner för syntes
BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. GENETISK INFORMATION 191-210 (sid. 157-177)
BASÅRET KEMI B BIOKEMI GENETISK INFORMATION 191-210 (sid. 157-177) DNA/RNA, Transkription, Translation VAR I CELLEN SKER DETTA? Replikation - kopiering av DNA, sker i cellkärnan Transkription - avläsa
Medicinsk grundkurs. Cellen och genetik. Datum
Medicinsk grundkurs Cellen och genetik Datum Lektion 2 Cellens byggnad Cellens genetik Storleksskalan Kolatom Vattenmolekyl Klorofyllmolekyl Ribosom Virus Minsta bakterien Mitokondrie De flesta bakterierna
Diagnosticera sicklecellsanemi med DNA-analys. Niklas Dahrén
Diagnosticera sicklecellsanemi med DNA-analys Niklas Dahrén Sicklecellsanemi Erytrocyterna ser ut som skäror : Sjukdomen innebär a0 de röda blodkropparna (erytrocyterna) ser ut som skäror (eng. sickle)
få se en naturvetenskaplig forskningsmiljö och träffa människorna i den miljön.
Martin Andersson 780920-1978 Kurs 3, Professionen Lärarutbildningen Malmö högskola NO-relaterat studiebesök Jag tänkte att mina gymnasieelever skulle få göra ett studiebesök på en universitetsavdelning
Sluttentamen Biokemi BI1032, 14:e januari 2010, Max = 100 p. Preliminära gränser: 3 = 55p; 4 = 70p; 5 = 85p.
Sluttentamen Biokemi BI1032, 14:e januari 2010, 09 15-15 00 Max = 100 p. Preliminära gränser: 3 = 55p; 4 = 70p; 5 = 85p. 1. a) Vilka är de 6 vanligaste grundämnena (atomslagen) i levande organismer? (1.5p)
Uttryck av kloratreduktas och kloritdismutas i Ideonella dechloratans odlade i aerob miljö med tillsatt klorat
Karlstads Universitet Fakulteten för teknik- och naturvetenskap Avdelningen för kemi Uttryck av kloratreduktas och kloritdismutas i Ideonella dechloratans odlade i aerob miljö med tillsatt klorat Laboranter
DNA-molekylen. 1869 upptäcktes DNA - varken protein, kolhydrat eller lipid.
Genetik Ärftlighetslära - hur går det till när egenskaper går i arv? Molekylär genetik - information i DNA och RNA Klassisk genetik - hur olika egenskaper ärvs Bioteknik - Hur DNA flyttas mellan olika
/LGM. Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores
2008-01-18/LGM Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores Syfte: Med två olika DNA extraktionsmetoder försöka få fram tillräckligt mycket celler
Sluttentamen Bke2/KE0003, 28:e Oktober 2004, Max poäng = 89 p. Preliminär gräns för godkänd = 48 p (54 %).
Sluttentamen Bke2/KE0003, 28:e Oktober 2004, 09 00-15 00 Max poäng = 89 p. Preliminär gräns för godkänd = 48 p (54 %). Ingen får lämna skrivsalen före 9:30. För toalettbesök måste du meddela skrivningsvakt
RNA och den genetiska koden
RNA och den genetiska koden Table of Contents Struktur... 1 DNA och RNA... 2 Puriner och Pyrimidiner... 2 Watson-Crick baspar... 2 RNA som molekyl... 2 Primär struktur... 2 Sekundära strukturer... 2 Typer
TENTAMEN I INTRODUKTION TILL BIOMEDICIN FREDAGEN DEN 9 OKTOBER 2009 kl Efternamn: Mappnr: Förnamn: Personnr:
Karolinska Institutet Biomedicinprogrammet TENTAMEN I INTRODUKTION TILL BIOMEDICIN FREDAGEN DEN 9 OKTOBER 2009 kl. 13.15-16.45 Efternamn: Mappnr: Förnamn: Personnr: Poäng del 1: Poäng del 2: Totalpoäng:
Extraktion och isolering av naturprodukter
Extraktion och isolering av naturprodukter Anders Herrmann 1) Teori och metoder för olika isoleringsarbeten 2) Praktisk isoleringsarbete Vad är en naturprodukt? Alla biologiska molekyler är egentligen
Kloning och rening av GFP
Kloning och rening av GFP Ida Harila Projektarbete 100p Luleå 2012 Handledare: Marcus Wallgren Sammanfattning Upptäckten och användningsområden för det grönt fluorescerande proteinet, GFP har visat ha
Proteiner 2012-10-22. Äggvitan består av proteinet ovalbumin. Farmaceutisk biokemi. Insulin är ett proteinhormon. Gly. Arg. Met. Cys. His. Gly.
Proteiner Farmaceutisk biokemi Gly Arg His Ala Lys His Met Gly Asn Pro Cys Phe Lys Maria Norlin Kjell Wikvall Insulin är ett proteinhormon Äggvitan består av proteinet ovalbumin Image: Simon Howden / FreeDigitalPhotos.net
Biologi 2. Cellbiologi
Biologi 2 Cellbiologi Frågor man kan besvara efter att ha läst cellbiologi Varför blir huden skrynklig om man ligger länge i badkaret? Varför dör man av syrebrist? Hur fäster celler till varandra i kroppen?
DNA-analyser: Diagnosticera cystisk fibros och sicklecellanemi med DNA-analys. Niklas Dahrén
DNA-analyser: Diagnosticera cystisk fibros och sicklecellanemi med DNA-analys Niklas Dahrén Diagnosticera cystisk fibros med DNA-analys Cystisk fibros Vad innebär sjukdomen?: Sjukdomen innebär att de epitelceller
Molekylär bioteknik. Vad är en gen? Molekylärbiologiska verktygslådan. Eukaryot transkription/translation. Prokaryot transkription/translation
Molekylär bioteknik Föreläsning 1 Molekylär Bioteknik 2008 Molekylärbiologi Mikrobiologi Biokemi enetik Kemiteknik ellbiologi ransgena djur -växter -djur Diagnostik -genetisk predisposition -detektion
Transkriptionen. Niklas Dahrén
Transkriptionen Niklas Dahrén Innehållet i denna undervisningsfilm: Översikt över proteinsyntesen Transkrip1onen Modifiering (bearbetning) av mrna Fler filmer på samma tema: Från gen 1ll protein Den gene1ska
Resultat:... (Cellbiologi:... Immunologi...) Betyg...
Tentamen i Cellbiologi med Immunologi KTH 28 Maj 2003 kl 9-13 Skriv svaren direkt i tentan. Vid behov använd extra blad Namn:... Årskurs... Personnummer... Glöm inte skriva namn och personnummer på immunologidelen
Tentamen med svarsmallar Biokemi BI1032, 13:e jan 2011, 09 15-15 00. Max poäng = 100 p. Slutliga betygsgränser: 3 = 52%; 4 = 70%; 5 = 85%.
Tentamen med svarsmallar Biokemi BI1032, 13:e jan 2011, 09 15-15 00. Max poäng = 100 p. Slutliga betygsgränser: 3 = 52%; 4 = 70%; 5 = 85%. 1. a) Vad krävs för att en (kemisk) reaktion ska kunna ske spontant?
KOMMENTARER TILL KAPITEL 7 OCH 8. Den centrala dogmen är gemensam för eukaryoter och prokaryoter.
1 KOMMENTARER TILL KAPITEL 7 OCH 8 Den centrala dogmen är gemensam för eukaryoter och prokaryoter. DNA transkriberas till RNA som i sin tur translateras till proteiner. Genetiska skillnader mellan prokaryoter
Intracellulära organeller, proteinmodifiering och transport, endo/exocytos Kap10 + delar av kap 13
Intracellulära organeller, proteinmodifiering och transport, endo/exocytos Kap10 + delar av kap 13 Intracellulära organeller Sortering av proteiner, modifiering Transport Sekretion Endocytos Cellen Cellstrukturernas
Tentamen i Cellbiologi med Biokemi
Del 1, Del 2, Totalt Tentamen i Cellbiologi med Biokemi 4 juni 2010 CMB 22,5 hsp Biomedicinarprogrammet U / G / VG Märk alla papper med din tentamenskod. Extrablad ska dessutom märkas med datum, CMB och
Resultat:... (Cellbiologi:... Immunologi...) Betyg...
Cellbiologi del tentamen augusti 2005 1 Tentamen i Cellbiologi med Immunologi KTH 23 aug 2005 kl 9-13 Skriv svaren direkt i tentan. Vid behov använd extra blad Namn:... Årskurs/årgång... (typ I02, bio99,
Gener, genom och kromosomer , 6.6 och sid
Gener, genom och kromosomer 6.1-6.3, 6.6 och sid 263-265 En gen är en DNA-sekvens som kan.. En kromosom är en DNA-molekyl. I cellen finns det lika mycket protein som DNA i kromosomerna, se fig6-1. Ett
Fig 1-29 Alla celler har utvecklats från samma urcell för ca 3,5 miljarder år sedan Fem kungadömen och Tre domäner
Kapitel 1-4 Kapitel 1 Introduction to Cells Fig 1-1 Komplexa levande organismer Några få grundämnen C + O + H Kolhydrater och fetter + N + S Proteiner + P Nukleinsyror (DNA och RNA) + spårämnen, metaller,
PROVGENOMGÅNG AVSNITT 1 BIOLOGI 2
PROVGENOMGÅNG AVSNITT 1 BIOLOGI 2 RESULTAT 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 E C A 26 % valde att inte göra provet ATT GÖRA
INSTITUTIONEN FÖR BIOMEDICIN
INSTITUTIONEN FÖR BIOMEDICIN CEB210 Cellen och dess arvsmassa, 10,5 högskolepoäng The cell and its genetic material, 10.5 higher Fastställande Kursplanen är fastställd av Institutionen för biomedicin 2015-08-18
Proteiner. Biomolekyler kap 7
Proteiner Biomolekyler kap 7 Generna (arvsanlagen) (och miljön) bestämmer hur en organism skall se ut och fungera. Hur? En gen är en ritning för hur ett protein skall se ut. Proteiner får saker att hända
Biologiska membran Kap 10 fig10-1, 15, 18, 19 & med tillhörande beskrivningar. Övrigt är repetition.
Biologiska membran Kap 10 fig10-1, 15, 18, 19 & 24-27 med tillhörande beskrivningar. Övrigt är repetition. Membranproteiner kan bindas till lipidlagret genom hydrofoba interaktioner. Polypeptidkedjankan
Linköpings Universitet. Lägesspecifik mutagenes av proteiner
IFM/Kemi Augusti2011/LGM Linköpings Universitet Lägesspecifik mutagenes av proteiner Figur1. Flödesschema över lägesspecifik mutagenes laboration. Lägesspecifik mutagenes Introduktion In vitro lägesspecifik
Sluttentamen Biokemi KE7001p3, 15:e mars 2007, 09 15-15 00 Max poäng = 76 p. Slutlig gräns för godkänd = 36 p (47 %).
Sluttentamen Biokemi KE7001p3, 15:e mars 2007, 09 15-15 00 Max poäng = 76 p. Slutlig gräns för godkänd = 36 p (47 %). Öppna inte kuvertet förrän klartecken ges och allt lagts undan, utom tillåtna hjälpmedel
Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3
Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3 Laborationsdatum: 17 22 november 2010 Grupp: 2 Projekt: Rening och
Mutationer. Typer av mutationer
Mutationer Mutationer är förändringar i den genetiska sekvensen. De är en huvudorsak till mångfalden bland organismer och de är väsentliga för evolutionen. De här förändringarna sker på många olika nivåer
Cellcykel/Celldöd. Laborationsrapport 20/2-14. Basgrupp 1
Cellcykel/Celldöd Laborationsrapport 20/2-14 Basgrupp 1 Louise Andersson Alexander Barhebreus Pontus Boberg Amanda Dahl Simon Ingves Christina Larsson Kajsa Lethin Thea Wennman Syfte Se skillnad på hur
Biomolekyler & Levande organismer består av celler. Kapitel 3 & 4
Biomolekyler & Levande organismer består av celler Kapitel 3 & 4 Samma typer av biomolekyler i alla celler Proteiner och byggstenarna aminosyror Kolhydrater Lipider Nukleotider och nukleinsyror Dessa ämnesgrupper
Tentamen i Molekylär Cellbiologi 9 p Namn: Personnummer: Plats nr: Inlämnad kl: ID kollad: Poäng: Betyg:
STOCKHOLMS UNIVERSITET Institutionen för biologisk grundutbildning Tentamen i Molekylär Cellbiologi 9 p. 2003-11-12 Namn: Personnummer: Plats nr: Inlämnad kl: ID kollad: Poäng: Betyg: Skrivtiden är fem
Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi
Diagnostik VTEC/EHEC Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi SVA Tänker prata om VTEC / EHEC Sjukdomsframkallande faktorer PCR Magnetiska kulor (Immunomagnetisk separation) Diagnostik de vanligaste
Ke2. Proteiner. Pär Leijonhufvud. Förstå proteinernas och aminosyrornas kemi och betydelse i levande organismer (och samhället) (alanin)
Ke2 Proteiner Pär Leijonhufvud CC $\ BY: 26 februari 2014 C Kurs: Ke2, Åre gymnasium VT 2014 Ämne/område: Proteiner Mål: Förstå proteinernas och aminosyrornas kemi och betydelse i levande organismer (och
Genetik. - cellens genetik - individens genetik. Kap 6
Genetik - cellens genetik - individens genetik Kap 6 Vad bestämmer hur en organism (cell) ser ut och fungerar? Generna (arvsanlagen) och miljön Hur går det till? En gen är en ritning för hur ett protein
Kvalitativ analys. Kvantitativ analys. Biokemisk analys och separationsteknik. GLP = Good Laboratory Practice. GMP = Good Manufacturing Practice
Biokemisk analys och separationsteknik FDA (Food and Drug Administration), Läkemedelsverket GLP = Good Laboratory Practice GMP = Good Manufacturing Practice SOP = Standard Operating Procedures Kvalitativ
BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012
BASÅRET KEMI B BIOKEMI IngMarie Nilsson Biokemi och biofysik Plan 4 Rum 425 Tel. nr: 08-162728 E-post: ingmarie@dbb.su.se LABBAR Lab 11. Amylas lab Rum: K232/242 Huvudansvarig: Gabriela Danielsson Grupp