COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, version 2.0

Transkript

1 COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, version 2.0 FÖR IN VITRO-DIAGNOSTISK ANVÄNDNING. COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV V Tests P/N: HBV Test, v2.0 COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan PG WR 5.1 Liters P/N: Wash Reagent AVSEDD ANVÄNDNING COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, version 2.0 (v2.0) är ett in vitro-test för nukleinsyraamplifiering för kvantifiering av hepatit B-virus (HBV) DNA i human plasma och serum, där instrumentet COBAS AmpliPrep används för automatisk provextraktion och analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 används för automatisk amplifiering och detektion. Detta test är avsett som hjälpmedel vid hantering av patienter med kronisk HBV-infektion som genomgår antivirusbehandling. Analysen kan användas för att mäta HBV DNA-nivåer vid baseline och under behandling som ett hjälpmedel vid bedömning av respons på behandling. Resultaten från COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 måste tolkas med hänsyn till alla relevanta kliniska fynd och laboratoriefynd. COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 är inte avsett att användas som screeningtest för förekomst av HBV i blod eller blodprodukter eller som ett diagnostiskt test för att bekräfta förekomst av HBV-infektion. SAMMANFATTNING OCH FÖRKLARING AV TESTET Hepatit B-virus (HBV) är ett av flera virus som är kända för att orsaka virushepatit. Över två miljarder människor världen över har smittats med HBV och över 350 miljoner av dem är kroniskt infekterade smittbärare 1,2. Kroniska smittbärare löper hög risk att få långvariga komplikationer av infektionen, inkluderat kronisk hepatit, cirrhos och hepatocellulärt carcinom 3,4,5. Serologiska markörer används vanligtvis som diagnostiska och/eller prognostiska indikatorer på akut eller kronisk HBV-infektion. Den vanligaste markören för HBV-infektion är närvaro av HBV-ytantigen (HBsAg). Även om bärare eliminerar HBsAg och utvecklar antikroppar mot HBsAg verkar det fortfarande finnas risk för allvarliga leverkomplikationer senare i livet 6,7. HBV e-antigen (HBeAg) används vanligtvis som en sekundär markör för att indikera aktiv HBV-replikering förbundet med progressiv leversjukdom. Misslyckande att eliminera HBeAg verkar öka risken för leversjukdom i slutstadiet 8,9. Olika stammar av HBV kan antingen producera HBeAg som inte kan detekteras i serum eller så kan stammen förlora förmågan att producera HBeAg även om en aktiv infektion förekommer 10. Därför är användbarheten av markören som övervakning av sjukdomsförlopp begränsad 11. Möjligheten att detektera HBV DNA i serum har visat sig ha prognostiskt värde för utgången av akuta och kroniska HBV-infektioner Med metoden kan HBV DNA detekteras efter att HBsAg elimineras 16 eller så kan HBV detekteras utan serologiska markörer 17. Något samband mellan serologiska markörer och HBV DNA-nivåer har dock ännu inte fastställts. Effektiviteten hos antiviral behandling av patienter med HBV kan också bedömas genom serologiska markörer eller genom mätning av leverenzymfunktion. Den mest tydliga och tillförlitliga mätningen av virusreplikering tros dock vara kvantifiering av HBV-viralt DNA i serum eller plasma 14, En snabb och ihållande sänkning i HBV DNAnivåer hos patienter som behandlas med alfa-interferon, lamivudin, ganciklovir eller adefovir dipivoxil har visat sig vara en prediktor för en lyckad behandling 11, Genom kontroll av HBV DNA-nivåer kan utvecklingen av resistens mot lamivudin förutsägas 26. Därför är ett kvantitativt test för mätning av HBV DNA ett värdefullt verktyg som kan användas tillsammans med andra serologiska markörer vid hantering av HBV-infektion. Avsnittet med information om revidering av dokumentet finns i slutet av det här dokumentet SV 1 Doc Rev. 4.0

2 HBV DNA i plasma och serum kan kvantifieras genom metoder som använder amplifiering med nukleinsyra som till exempel Polymerase Chain Reaction (PCR) I COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 används PCR-teknik för att uppnå största möjliga sensitivitet och dynamiskt intervall för kvantitativ detektion av HBV DNA i EDTA-antikoagulerad plasma och serum. ANVÄNDNINGSPRINCIPER COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 är ett nukleinsyraamplifieringstest för kvantifiering av hepatit B-virus (HBV) DNA i human plasma och serum. COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 baseras på två grundläggande principer: (1) extraktion för att isolera HBV DNA och (2) samtidig PCR-amplifiering 27 av target DNA och detektion av klyvd dubbelmärkt oligonukleotiddetektionsprob som är specifik för target. Med COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 kan automatisk extraktion utföras följt av automatisk PCR-amplifiering och detektion av HBV target DNA och HBV Quantitation Standard (QS) DNA. Master Mix-reagenset innehåller primerpar och prober som är specifika både för HBV DNA och HBV QS DNA. Master Mix har utvecklats för att säkerställa likvärdig kvantifiering för genotyperna A till H för HBV. Detektion av amplifierat DNA utförs med hjälp av en målspecifik och en QS-specifik dubbelmärkt oligonukleotidprob som tillåter oberoende identifiering av HBV amplicon och HBV QS amplicon. Kvantifieringen av HBV-viralt DNA utförs med hjälp av HBV QS. Den kompenserar för hämningseffekter och kontrollerar extraktionen och amplifieringen så att kvantifieringen av HBV DNA blir korrekt i varje prov. Det är en icke smittbärande DNA-konstruktion, som innehåller HBV-sekvenser med identiska primerbindningsställen som HBV target DNA och en unik probbindningsregion, som gör att HBV QSamplicon kan särskiljas från HBV-amplicon. HBV QS tillsätts i varje prov med känt antal kopior och genomgår alla steg i extraktionen, samtidig PCRamplifiering och detektion av klyvda dubbelmärkta oligonukleotidprober. Analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 beräknar HBV DNA-koncentrationen i testproverna genom att jämföra HBV-signalen med HBV QS-signalen för varje prov och kontroll. Val av target Valet av target DNA-sekvensen för HBV beror på identifieringen av regioner inom HBV-genomet som visar maximal sekvenskonservering bland de olika HBV-genotyperna. Generisk kiselbaserad extraktion används för infångning av HBV DNA och HBV QS DNA, och definierade oligonukleotider används som primers för amplifiering av HBV DNA och HBV QS DNA. En målspecifik och en QS-specifik dubbelmärkt oligonukleotidprob möjliggör oberoende identifiering av HBV-amplicon och HBV QS-amplicon. Följaktligen är rätt val av primers och den dubbelmärkta oligonukleotidproben mycket viktigt för testets möjlighet att amplifiera och detektera HBV-genotyper. Tre amplifieringsprimers används för PCR i COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0. En signal som genererar dubbelmärkt prob hybridiserar till anti sense-strängen och klyvs av Z05 DNA-polymeras under primer-extension. Amplicon av genotyperna A F samt H består av en sekvens med 145 nukleotider. Genotyp G amplicon består emellertid av en sekvens med 181 nukleotider. En 36 bas-insertion inom den enkelsträngade, i hög grad konserverade pre-core/core-regionen av HBV-genomet resulterar i en större amplicon för genotyp G 31. Extraktion COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 använder automatisk extraktion i instrumentet COBAS AmpliPrep med hjälp av en generisk kiselbaserad extraktionsteknik. Vid proceduren krävs 500 μl plasma eller serum. HBV-viruspartiklarna lyseras genom inkubering i förhöjd temperatur med en proteasoch kaotropisk lyserings-/bindningsbuffert som frigör nukleinsyran och skyddar det frigjorda HBV DNA mot DNaser i plasma och serum. Proteas och ett känt antal HBV QS DNA-molekyler tillsätts i varje prov tillsammans med lyseringsreagenset och magnetiska glaspartiklar. Därefter inkuberas blandningen och HBV DNA och HBV QS DNA binds till glaspartiklarnas yta. Obundna ämnen, t.ex. salter, proteiner och andra cellulära föroreningar tas bort när de magnetiska glaspartiklarna tvättas. När partiklarna har separerats och tvättningen är klar elueras de adsorberade nukleinsyrorna i förhöjd temperatur med en vattenbaserad lösning. Det extraherade provet, som både innehåller de magnetiska glaspartiklarna samt det frigjorda HBV DNA och HBV QS DNA, läggs till i amplifieringsblandningen och överförs till analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan SV 2 Doc Rev. 4.0

3 PCR-amplifiering PCR-amplifieringsreaktionen utförs med det värmebeständiga rekombinanta enzymet Thermus specie Z05 DNA-polymeras (Z05). Vid förekomst av mangan (Mn 2+ ) och under lämpliga buffertförhållanden, har Z05 DNA-polymerasaktivitet 32, 33. Detta gör att PCR-amplifiering kan ske tillsammans med realtidsdetektion av amplicon. Extraherade prover tillsätts i amplifieringsblandningen i amplifieringsrör (K-tubes) där PCR-amplifiering sker. Vid förekomst av Mn 2+ och överskott av deoxinukleotidtrifosfater (dntps), inklusive deoxiadenosin-, deoxiguanosin-, deoxicytidin- och deoxiuridintrifosfater förlänger Z05 DNA-polymeras bundna primers och bildar en DNA-sträng. UAmplifiering av target Med termocykeln i analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 värms reaktionsblandningen så att den dubbelsträngade DNA-kedjan denatureras och de specifika primer targetsekvenserna på det HBV-cirkulära DNA-genomet och HBV QS DNA exponeras. När blandningen svalnar binder primers till target DNA. Värmebeständigt Thermus specie Z05 DNA-polymeras (Z05) vid förekomst av Mn 2+ och överskott av deoxinukleosidtrifosfater (dntps), inklusive deoxiadenosin, deoxiguanosin, deoxicytidin och deoxiuridin (istället för tymidin) förlänger bundna primers längs målmallarna och skapar en dubbelsträngad DNA-molekyl som kallas amplicon. Analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 upprepar automatiskt proceduren ett bestämt antal cykler, varvid varje cykel effektivt fördubblar mängden amplicon-dna. Det erforderliga antalet cykler förprogrammeras i analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48. Amplifiering sker endast i regionen för HBV-genomet mellan primers. Hela HBV-genomet amplifieras inte. USelektiv amplifiering Selektiv amplifiering av target-nukleinsyra från provet kan göras med COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 genom användning av AmpErase-enzym (uracil-n-glykosylas) och deoxiuridintrifosfat (dutp). AmpErase-enzymet identifierar och katalyserar nedbrytning av DNA-strängar som innehåller deoxiuridin 34, men inte DNA som innehåller deoxitymidin. Deoxiuridin finns inte i naturligt förekommande DNA men finns däremot alltid i amplicon på grund av att deoxiuridintrifosfat används som en dntp i Master Mix-reagenset, varför endast amplicon innehåller deoxiuridin. Deoxiuridin gör kontaminerande amplicon känsligt för nedbrytning av AmpErase-enzymet före amplifiering av target-dna. Eventuella ickespecifika produkter som bildas efter den initiala aktiveringen av Master Mix genom mangan förstörs dessutom av AmpErase-enzymet. AmpErase-enzymet, som ingår i Master Mix-reagenset, katalyserar klyvning av DNA innehållande deoxiuridin vid deoxiuridinresterna genom att öppna deoxiriboskedjan vid C1-positionen. Vid uppvärmning i det första termocykelsteget bryts amplicon-dnakedjan vid deoxiuridinets position vilket ger icke amplifierbart DNA. AmpErase-enzymet är fortsatt inaktivt under en förlängd tidsperiod när det en gång har exponerats för temperaturer över 55 ºC, dvs. genom värmecykelstegen, och förstör därför inte target amplicon som bildas under amplifiering. Detektion av PCR-produkter i ett COBAS TaqMan -test I COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 används PCR-teknik i realtid 27,28. Användning av prober märkta med två olika fluorokromer möjliggör realtidsdetektion av PCR-produktansamling genom övervakning av emissionsintensitet av reporterfluorokromer som frigörs under amplifieringen. Proberna består av HBV- och HBV QS-specifika oligonukleotidprober med en reporterfluorokrom och en quencherfluorokrom. I COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 märks HBV och HBV QSproberna med olika reporterfluorokromer. Om proberna är intakta hämmas reporterfluorokromen av quencherfluorokromens närhet på grund av energiöverföringseffekter av Förster-typ. Medan PCR pågår hybridiseras proben till en målsekvens och klyvs med 5' 3' nukleasaktivitet hos värmebeständigt Z05 DNA-polymeras. När reporterfluorokromen och quencherfluorokromen har frigjorts och separerats avstannar quenching och den fluorescerande aktiviteten hos reporterfluorokromen ökar. Amplifiering av HBV DNA och HBV QS DNA mäts oberoende vid olika våglängder. Proceduren upprepas för ett bestämt antal cykler, varvid varje cykel effektivt ökar emissionsintensiteten hos de enskilda reporterfluorokromerna, vilket ger oberoende identifiering av HBV och HBV QS DNA. PCR-cykeln, där en tillväxtkurva startar exponentiell tillväxt, relateras till mängden startmaterial i början av PCR SV 3 Doc Rev. 4.0

4 Grundprinciper för COBAS TaqMan -testets kvantifiering COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 är kvantitativt i ett mycket dynamiskt intervall eftersom kontroll av amplicon sker under amplifieringens exponentiella fas. Ju högre provets HBV-titer är, desto tidigare når reporterfluorokromets flourescens i HBV-proben över flourescensnivåns baslinje (se bild 1). Eftersom mängden HBV QS DNA är konstant mellan alla prover bör reporterfluorokromens fluorescens i HBV QS-proben framträda under samma cykel för alla prover (se bild 2). I prover där QSfluorescensen påverkas justeras koncentrationen på motsvarande sätt. Framträdandet av de specifika fluorescenssignalerna rapporteras som ett kritiskt tröskelvärde (Ct). Ct definieras som det fraktionerade cykelnumret där reporterfluorokromens fluorescens överstiger en fastställd tröskel (angiven fluorescensnivå) och startar fasen med exponentiell tillväxt för signalen (se bild 3). Ett högre Ct-värde indikerar en låg titer hos det ursprungliga HBV-målmaterialet. En tvåfaldig ökning av titer korrelerar med en minskning med 1 Ct för target HBV DNA, medan en tiofaldig ökning av titer korrelerar med en minskning med 3,3 Ct. I bild 1 visas måltillväxtkurvan för en spädningsserie över ett 5-log 10 -intervall. När viruskoncentrationen ökar växlar tillväxtkurvorna till tidigare cykler. Därför motsvarar tillväxtkurvan längst till vänster den högsta virustiternivån medan tillväxtkurvan längst till höger motsvarar den lägsta virustiternivån. Bild 1 Måltillväxtkurvan för en spädningsserie virus som sträcker sig över ett 5-log 10 -intervall 9,00 8,00 7,00 Normaliserad fluorescens 6,00 5,00 4,00 3,00 2,00 1,00 0,00 Högsta titer Lägsta titer -1, Cykelnummer SV 4 Doc Rev. 4.0

5 I bild 2 visas Quantitation Standard-tillväxtkurvorna för prover från en virusspädningsserie som täcker ett 5-log 10 -intervall. Mängden Quantitation Standard som tillsätts i varje prov är konstant för varje reaktion. Ct-värdet för Quantitation Standard är likadant oberoende av virustitern. Bild 2 Quantitation Standard-tillväxtkurvorna för en spädningsserie virus som sträcker sig över ett 5-log 10 -intervall 35,00 Normaliserad fluorescens 30,00 25,00 20,00 15,00 10,00 5,00 0,00 Lägsta titer Högsta titer -5, Cykelnummer I bild 3 visas ett exempel på hur fluorescensvärdena vid varje cykel normaliseras för varje tillväxtkurva. Det fraktionerade cykelnumret (Ct) beräknas där fluorescenssignalen korsar den angivna fluorescensnivån. Bild 3 Fluorescensvärdena vid varje cykel normaliseras för varje tillväxtkurva 1 0,9 Normaliserad fluorescens 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 Angiven fluorescensnivå Ct-värde = 27,1 0,1 0-0,1-0, Cykelnummer SV 5 Doc Rev. 4.0

6 HBV DNA-kvantifiering COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 kvantifierar HBV-viralt DNA genom att utnyttja en andra målsekvens (HBV Quantitation Standard) som tillsätts i varje prov i känd koncentration. HBV QS är en icke smittbärande DNA-konstruktion som innehåller fragment av HBV-sekvenser med primerbindningsregioner som är identiska med HBV-målsekvensen. HBV QS innehåller HBVprimerbindningsregioner och genererar en amplifieringsprodukt med samma längd- och baskomposition som HBV target DNA. Detektionsprobbindningsregionen för HBV QS har modifierats så att HBV QS amplicon kan särskiljas från HBV target amplicon. Under bindningsfasen för PCR i analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 belyses och exciteras proverna av filtrerat ljus och filtrerade emissionsfluorescensdata samlas in för varje prov. Avläsningarna från varje prov korrigeras sedan för instrumentella variationer. Fluorescensavläsningarna skickas automatiskt till programmet AMPLILINK och sparas i en databas. Förkontroller används för att bestämma om HBV DNA- och HBV QS DNA-data motsvarar giltiga uppsättningar. Flaggor genereras när data ligger utanför de angivna gränserna. När alla förkontroller har utförts och avslutats startar fluorescensavläsningarna som genererar Ct-värden för HBV DNA och HBV QS DNA. De lotspecifika kalibreringskonstanterna som medföljer COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 används för beräkning av provernas och kontrollernas titervärde baserat på Ct-värdena för HBV DNA och HBV QS DNA. COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 har standardiserats enligt WHO internationell standard för hepatit B-virus DNA för NAT-testning (Nucleic Acid Technology) (NIBSC 97/746) 29 och titerresultat rapporteras i internationella enheter (IU/ml). REAGENS COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 (P/N: ) HBV2 CS1 (Reagenskassett för HBV magnetiska glaspartiklar) Magnetiska glaspartiklar 93 % isopropanol Xi 93 % (viktprocent) isopropanol HBV V tester 1 x 72 tester 1 x 7,0 ml Irriterande F 93 % (viktprocent) isopropanol Mycket brandfarligt HBV2 CS2 (HBV-lyseringsreagenskassett) Natriumcitrat-dihydrat 42,5 % guanidintiocyanat < 5% polydokanol 0,9 % ditiotreitol Xn 42,5 % (viktprocent) guanidintiocyanat 1 x 72 tester 1 x 78 ml Hälsoskadlig N < 5 % (viktprocent) polydokanol Farlig för miljön SV 6 Doc Rev. 4.0

7 HBV2 CS3 HBV-multireagenskassett som innehåller: Pase (Proteinaslösning) Trisbuffert < 0,05 % EDTA Kaliumklorid Kalciumacetat 7,8 % proteinas Glycerol Xn 7,8 % (viktprocent) proteinas 1 x 72 tester 1 x 3,8 ml Hälsoskadlig EB, v2.0 (Elueringsbuffert, v2.0) Tris-bas-buffert 0,2 % metylparaben HBV2 CS4 HBV-testspecifik reagenskassett som innehåller: HBV QS, v2.0 (HBV kvantifieringsstandard, v2.0) Tris-HCl-buffert EDTA < 0,005 % poly ra RNA (syntetiskt) < 0,001 % icke smittbärande, linjäriserat dubbelsträngat plasmid-dna som innehåller en insertion med HBV-primerbindningssekvenser och en unik probbindningsregion 0,05 % natriumazid HBV MMX, v2.0 (HBV Master Mix, v2.0) Tricinbuffert Kaliumacetat Kaliumhydroxid 0,09 % natriumazid Glycerol < 0,04 % datp, dctp, dgtp, dutp < 0,003 % uppströms- och nedströms-hbv-primers < 0,003 % oligonukleotid-aptamer < 0,003 % fluorescensmärkta oligonukleotidprober specifika för HBV och HBV Quantitation Standard < 0,05 % Z05 DNA-polymeras (mikrobiellt) < 0,1 % AmpErase-enzym (uracil-n-glykosylas) (mikrobiellt) HBV Mn 2+ (HBV-manganlösning) < 0,5 % manganacetat Isättika 0,09 % natriumazid 1 x 8,1 ml 1 x 72 tester 1 x 3,6 ml 1 x 3,4 ml 1 x 19,8 ml SV 7 Doc Rev. 4.0

8 HBV H(+)C, v2.0 (HBV-högpositiv kontroll, v2.0) < 0,001 % linjäriserat, dubbelsträngat plasmid-dna som innehåller HBV-sekvenser Negativ human plasma, icke-reaktiv enligt test för antikropp mot HCV, antikropp mot HIV-1/2, HIV p24- antigen och HBsAg; HIV-1 RNA, HCV RNA och HBV DNA som inte PCR-metoder kan detektera 0,1 % ProClin 300 konserveringsmedel Xi (3:1) blandning av 5-klor-2-metyl-2H-isothiazol-3-on och 2-metyl-2H-isothiazol-3-on 6 x 1,0 ml Irriterande R36/38: Irriterar ögonen och huden. R43: Kan ge allergi vid hudkontakt. HBV L(+)C, v2.0 (HBV-lågpositiv kontroll, v2.0) < 0,001 % linjäriserat, dubbelsträngat plasmid-dna som innehåller HBV-sekvenser Negativ human plasma, icke-reaktiv enligt test för antikropp mot HCV, antikropp mot HIV-1/2, HIV p24-antigen och HBsAg; HIV-1 RNA, HCV RNA och HBV DNA som inte PCR-metoder kan detektera 0,1 % ProClin 300 konserveringsmedel Xi (3:1) blandning av 5-klor-2-metyl-2H-isothiazol-3-on och 2-metyl-2H-isothiazol-3-on Irriterande R36/38: Irriterar ögonen och huden. R43: Kan ge allergi vid hudkontakt. CTM ( ) C [COBAS TaqMan negativ kontroll (human plasma)] Negativ human plasma, icke-reaktiv enligt test för antikropp mot HCV, antikropp mot HIV-1/2, HIV p24- antigen och HBsAg; HIV-1 RNA, HCV RNA och HBV DNA som inte PCR-metoder kan detektera 0,1 % ProClin 300 konserveringsmedel Xi (3:1) blandning av 5-klor-2-metyl-2H-isothiazol-3-on och 2-metyl-2H-isothiazol-3-on 6 x 1,0 ml 6 x 1,0 ml Irriterande R36/38: Irriterar ögonen och huden. R43: Kan ge allergi vid hudkontakt. HBV H(+)C, v2.0 Clip (HBV-högpositiv kontroll, v2.0 streckkodsmärkt klämma) HBV L(+)C, v2.0 Clip (HBV-lågpositiv kontroll, v2.0 streckkodsmärkt klämma) HBV (-) C Clip (HBV-negativ kontroll, streckkodsmärkt klämma) 1 x 6 klämmor 1 x 6 klämmor 1 x 6 klämmor SV 8 Doc Rev. 4.0

9 COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan Wash Reagent COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan tvättreagens (P/N: ) PG WR (COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan tvättreagens) Natriumcitrat-dihydrat < 0,1 % N-metylisotiazolon-HCl PG WR 1 x 5,1 l VARNINGAR OCH FÖRSIKTIGHETSÅTGÄRDER A. FÖR IN VITRO-DIAGNOSTISK ANVÄNDNING. B. Detta test är avsett att användas med humant serum eller plasma som samlats i EDTAantikoagulantia. C. Pipettera inte med munnen. D. Ät, drick eller rök inte i laboratorium. Använd engångshandskar, laboratorierock och ögonskydd när du hanterar prover och kitets reagens. Tvätta händerna noga efter hantering av prover och testreagens. E. Undvik mikrobiell och ribonukleassmitta av reagenserna när portioner tas från kontrollflaskor. F. Användning av sterila engångspipetter och DNase-fria pipettspetsar rekommenderas. G. Sammanför inte kontroller från olika loter eller från olika flaskor i samma lot. H. Blanda inte reagenskassetter eller kontroller från olika kit. I. Öppna inte kassetter från COBAS AmpliPrep eller byt ut, blanda, ta bort eller lägg till flaskor. J. Kassera oanvända reagens, avfall och prover enligt gällande nationella, regionala och lokala föreskrifter. K. Använd inte kit efter utgångsdatum. L. Kontakta närmaste Roche-kontor om du vill erhålla säkerhetsdatablad (MSDS). M. Prover och kontroller ska behandlas som smittbärande material i enlighet med exempelvis de laboratorierutiner som beskrivs i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 35 och i CLSI-dokument M29-A3 36. Rengör och desinficera noga alla arbetsytor med nyberedd lösning bestående av 0,5 % natriumhypoklorit i avjoniserat eller destillerat vatten. Obs! Vanliga hushållsblekmedel innehåller normalt 5,25 % natriumhypoklorit. En utspädning 1:10 med hushållsblekmedel ger en lösning med 0,5 % natriumhypoklorit. N. VARNING: CTM ( ) C, HBV L(+)C, v2.0 och HBV H(+)C, v2.0 innehåller human plasma som härstammar från humant blod. Källmaterialet har testats och befunnits icke-reaktivt för hepatit B-ytantigen (HBsAg), antikropp mot HIV-1/2 och HCV samt HIV p24-antigen. Testning av negativ human plasma med PCR-metoder visade inte något detekterbart HIV-1 RNA, HCV RNA eller HBV DNA. Det finns inga testmetoder som ger fullständig säkerhet för att produkter från humant blod inte kan överföra smitta. Allt material av humant ursprung ska därför anses som potentiellt smittsamt. CTM ( ) C, HBV L(+)C, v2.0 och HBV H(+)C, v2.0 ska behandlas som smittbärande material i enlighet med exempelvis de laboratorierutiner som beskrivs i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 35 och i CLSI-dokument M29-A3 36. Rengör och desinficera noga alla arbetsytor med nyberedd lösning bestående av 0,5 % natriumhypoklorit i avjoniserat eller destillerat vatten SV 9 Doc Rev. 4.0

10 O. HBV QS, v2.0, HBV Mn 2+ och HBV MMX, v2.0 innehåller natriumazid. Natriumazid kan reagera med bly- eller kopparrör och bilda mycket explosiva metallazider. Förhindra aziduppbyggnad genom att spola med mycket vatten om lösningar som innehåller natriumazid hälls ut i avloppet. P. Använd engångshandskar, laboratorierock och ögonskydd när du hanterar reagens. Undvik att dessa material kommer i kontakt med hud, ögon och slemhinnor. Tvätta omedelbart med stora mängder vatten vid eventuell kontakt. Brännskador kan annars uppstå. Vid spill av dessa reagens ska du späda med vatten innan spillet torkas upp. Q. Se till att inte HBV2 CS2 och vätskeavfall från instrumentet COBAS AmpliPrep som innehåller guanidintiocyanat kommer i kontakt med natriumhypokloritlösning (blekmedel). Dessa blandningar kan bilda en mycket giftig gas. R. Undvik all kontakt med natriumhypokloritlösning (blekmedel) när använda COBAS AmpliPrep- SPU (Sample Processing Units) kasseras. Dessa blandningar kan bilda en mycket giftig gas. FÖRVARING OCH HANTERING A. Reagens och kontroller får inte frysas. B. Förvara HBV2 CS1, HBV2 CS2, HBV2 CS3 och HBV2 CS4 i 2 8 ºC. Oanvända är dessa reagenser hållbara till angivet utgångsdatum. Efter användning är reagenserna hållbara i 63 dagar i 2 8 C, dock längst till angivet utgångsdatum. HBV2 CS1, HBV2 CS2, HBV2 CS3 och HBV2 CS4 kan användas upp till 64 timmar sammanlagt i instrumentet COBAS AmpliPrep. Reagenser ska förvaras i 2 8 C mellan instrumentcykler. C. Förvara HBV H(+)C, v2.0; HBV L(+)C, v2.0 och CTM ( ) C i 2 8 ºC. Dessa kontroller är hållbara till angivet utgångsdatum. När förpackningen öppnats ska eventuella oanvända delar av innehållet kasseras. D. Förvara streckkodsmärkta klämmor [HBV H(+)C, v2.0 Clip, HBV L(+)C, v2.0 Clip och HBV ( ) C Clip] i 2 30 C. E. Förvara PG WR i 2 30 C. PG WR är hållbart till angivet utgångsdatum. Efter att förpackningen öppnats är reagenset hållbart i 28 dagar i 2 30 C, dock längst till angivet utgångsdatum. MATERIAL SOM MEDFÖLJER A. COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 (P/N: ) HBV V2.0 HBV2 CS1 (Reagenskassett för HBV magnetiska glaspartiklar) HBV2 CS2 (HBV lyseringsreagenskassett) HBV2 CS3 (HBV multireagenskassett) HBV2 CS4 (HBV-testspecifik reagenskassett) HBV H(+)C, v2.0 (HBV-högpositiv kontroll, v2.0) HBV L(+)C, v2.0 (HBV-lågpositiv kontroll, v2.0) CTM ( ) C [COBAS TaqMan negativ kontroll (human plasma)] SV 10 Doc Rev. 4.0

11 HBV H(+)C, v2.0 Clip (HBV-högpositiv kontroll, v2.0 streckkodsmärkt klämma) HBV L(+)C, v2.0 Clip (HBV-lågpositiv kontroll, v2.0 streckkodsmärkt klämma) HBV ( ) C Clip (HBV-negativ kontroll, streckkodsmärkt klämma) B. COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan Wash Reagent COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan tvättreagens (P/N: ) PG WR (COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan tvättreagens) PG WR MATERIAL SOM BEHÖVS MEN INTE MEDFÖLJER Instrument och programvara Instrumentet COBAS AmpliPrep Analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 Tillval: Docking Station Tillval: Instrumentet cobas p 630 Programmet AMPLILINK, version 3.2-serien eller 3.3-serien Datastation för programmet AMPLILINK, med skrivare Handböcker till programmet AMPLILINK v3.2- eller v3.3-serien: Instrumenthandbok till instrumentet COBAS AmpliPrep avsedd att användas med analysinstrumentet COBAS TaqMan, analysinstrumentet COBAS TaqMan 48, analysinstrumentet COBAS AMPLICOR eller instrumentet cobas p 630 och programmet AMPLILINK, version 3.2- och 3.3-serien Instrumenthandbok till analysinstrumentet COBAS TaqMan (plus tillvalet Docking Station) avsedd att användas med applikationshandboken till programmet AMPLILINK, version 3.2- och 3.3-serien Instrumenthandbok till analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 avsedd att användas med applikationshandboken till programmet AMPLILINK, version 3.2-serien Applikationshandbok till programmet AMPLILINK version 3.2-serien avsedd att användas med instrumentet COBAS AmpliPrep, analysinstrumentet COBAS TaqMan, COBAS TaqMan 48 och COBAS AMPLICOR eller Applikationshandbok till programmet AMPLILINK version 3.3-serien avsedd att användas med instrumentet COBAS AmpliPrep, analysinstrumentet COBAS TaqMan, analysinstrumentet COBAS TaqMan 48, analysinstrumentet COBAS AMPLICOR och instrumentet cobas p Tillval: användarhandbok till instrumentet cobas p 630, programversion 2.0 Engångsartiklar Sample Processing Units: SPU S-tubes (Sample input tubes) med streckkodsklämmor Rack för K-tips K-tube, förpackning 12 x SV 11 Doc Rev. 4.0

12 ÖVRIGT MATERIAL SOM BEHÖVS MEN INTE MEDFÖLJER Provrack (SK 24 rack) Reagensrack SPU-rack K-carrier K-carrier-transportör K-carrier-rack Pipetter med DNase-fria spetsar med aerosolbarriär eller positiv förskjutning (kapacitet μl)* Engångshandskar, puderfria Vortexmixer * Pipetterna ska ha en noggrannhet inom 3 % av angiven volym. DNase-fria spetsar med aerosolbarriär eller positiv förskjutning ska användas när så anges, för att hindra överföring av smitta mellan prov och amplicon. PROVTAGNING, TRANSPORT OCH FÖRVARING AV PROVER Obs! Hantera alla prover och kontroller som potentiellt smittbärande. Obs! Detta test har endast validerats för användning med humant serum eller plasma som samlats i EDTA-antikoagulantia. Testning av andra provtyper kan resultera i felaktiga resultat. A. Provtagning COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 är avsett att användas med plasma- eller serumprover. Blod ska uppsamlas i sterila rör med EDTA (lila kork) som antikoagulant eller i serumseparationsrören SST. Förvara helblod i 2 25 C i högst 24 timmar. Separera plasma eller serum från helblod inom 24 timmar efter provtagning genom centrifugering vid x g i 20 minuter i rumstemperatur (15 30 C). Överför plasma eller serum till ett sterilt polypropylenrör. I bild 4 och 5 visas provstabilitetsdata från provstabilitetsstudier som utförts med COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0. Bild 4 HBV-stabilitet i helblod (som samlats i EDTA-plasmarör) Titer log 10 (IU/ml) Prov 2 8 C < 1h C, 24h 2 8 C, 24h SV 12 Doc Rev. 4.0

13 Bild 5 HBV-stabilitet i helblod (som samlats i serumseparationsrör) Titer log 10 (IU/ml) Prov 2 8 C < 1h C, 24h 2 8 C, 24h B. Transport av prover Vid transport av helblod, plasma eller serum ska gällande bestämmelser för transport av etiologiska agens följas 37. Helblod ska transporteras i 2 25 C och centrifugeras inom 24 timmar efter provtagning. Plasma och serum kan transporteras i 2 8 C eller fruset i 20 C till 80 C. C. Förvaring av prover Plasma- eller serumprover kan förvaras i C i upp till 3 dagar, i 2 8 C i upp till 7 dagar, eller frysta i 20 C till 80 C i högst sex veckor. Vi rekommenderar att prover förvaras i portioner om μl i sterila 2,0 ml-polypropylenrör med skruvkork (t.ex. Sarstedt ). I bild 6 och 7 visas provstabilitetsdata från provförvaringsstudier som utförts med COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0. Bild 6 HBV-stabilitet i EDTA-plasma Titer log 10 (IU/ml) Prov 2-8 C < 2h C, 3d 2 8 C, 7d -20 C, 6v -70 C, 6v SV 13 Doc Rev. 4.0

14 Bild 7 HBV-stabilitet i serum Titer log 10 (IU/ml) Prov 2-8 C < 2h C, 3d 2 8 C, 7d -20 C, 6v -70 C, 6v Plasma- och serumprover kan frysas och tinas upp till fem gånger utan förlust av HBV DNA. I bild 8 och 9 visas data från en frys-/tiningsstudie som utförts med COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 Bild 8 HBV-resultat efter upp till fem frys-/tiningscykler (F T) (EDTA-plasma) Titer log 10 (IU/ml) Prov 0x frysning/tining 3x frysning/tining 5x frysning/tining SV 14 Doc Rev. 4.0

15 Bild 9 HBV-resultat efter upp till fem frys-/tiningscykler (F T) (serum) Titer log 10 (IU/ml) 0x frysning/tining Prov 3x frysning/tining 5x frysning/tining BRUKSANVISNING Obs! Detaljerad information om användning, vilka konfigurationer som kan väljas, utskrift av resultat samt tolkning av flaggor, kommentarer och felmeddelanden finns i (1) instrumenthandboken till instrumentet COBAS AmpliPrep avsedd att användas med analysinstrumentet COBAS TaqMan, analysinstrumentet COBAS TaqMan 48, analysinstrumentet COBAS AMPLICOR eller instrumentet cobas p 630 och programmet AMPLILINK, version 3.2- och 3.3-serien; (2) instrumenthandboken till analysinstrumentet COBAS TaqMan (plus tillvalet Docking Station) avsedd att användas med applikationshandboken till programmet AMPLILINK, version 3.2- och 3.3-serien; (3) instrumenthandboken till analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 avsedd att användas med applikationshandboken till programmet AMPLILINK, version 3.2- och 3.3-serien; (4) applikationshandboken till programmet AMPLILINK, version 3.2-serien avsedd att användas med instrumentet COBAS AmpliPrep, analysinstrumentet COBAS TaqMan, analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 och analysinstrumentet COBAS AMPLICOR eller applikationshandboken till programmet AMPLILINK, version 3.3-serien avsedd att användas med instrumentet COBAS AmpliPrep, analysinstrumentet COBAS TaqMan, analysinstrumentet COBAS TaqMan 48, analysinstrumentet COBAS AMPLICOR och instrumentet cobas p 630; (5) tillval: användarhandboken till instrumentet cobas p 630, programversion 2.0. Gruppstorlek Varje kit innehåller reagenser som räcker till 72 test som kan utföras i grupper om 12 till 24 test. Minst ett replikat vardera av CTM ( ) C, HBV L(+)C, v2.0 och HBV H(+)C, v2.0 måste ingå i varje grupp (se avsnittet "Kvalitetskontroll"). Arbetsgång Körningen med analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 måste startas inom 120 minuter efter att prov- och kontrollextraktionen har slutförts. Obs! De extraherade proverna och kontrollerna får inte frysas eller förvaras i 2 8 C SV 15 Doc Rev. 4.0

16 Prov- och kontrollextraktion Obs! Om frysta prover används ska proverna placeras i rumstemperatur (15 30 C) tills de är helt tinade och vortexas i 3 5 sekunder innan de används. Kontrollerna ska tas bort från förvaringen i 2 8 C och värmas till rumstemperatur innan de används. Installera instrumentet COBAS AmpliPrep Del A. Underhåll och rengöring A1. Instrumentet COBAS AmpliPrep är färdigt att användas i standbyläge. A2. Slå PÅ datastationen med programmet AMPLILINK. Förbered datastationen så här: a. Logga in på operativsystemet Windows XP. b. Dubbelklicka på programikonen AMPLILINK. c. Logga in på AMPLILINK-programmet genom att ange ditt användar-id och lösenord. A3. Kontrollera förrådet av PG WR med hjälp av fönstret Status och byt om det behövs. A4. Utför det underhåll som anges på fliken Due. Instrumentet COBAS AmpliPrep utför automatiskt prime på systemet. Del B. Ladda reagenskassetter Obs! Alla reagenskassetter ska tas bort från förvaringen i 2 8 C, omedelbart sättas in i instrumentet COBAS AmpliPrep och ekvilibreras till rumstemperatur i instrumentet i minst 30 minuter innan det första provet bearbetas. Ställ inte reagenskassetterna utanför instrumentet när de ska uppnå rumstemperatur eftersom kondens kan bildas på streckkodsetiketterna. Torka inte av kondensen om sådan uppstår på streckkodsetiketterna. B1. Placera HBV2 CS1 i ett reagensrack. Placera HBV2 CS2, HBV2 CS3 och HBV2 CS4 på ett separat reagensrack. B2. Ladda det reagensrack som innehåller HBV2 CS1 i rackposition A i instrumentet COBAS AmpliPrep. B3. Ladda det reagensrack som innehåller HBV2 CS2, HBV2 CS3 och HBV2 CS4 i rackposition B, C, D eller E i instrumentet COBAS AmpliPrep. (Ytterligare information finns i tabell 1.) Del C. Ladda engångsartiklar Obs! Fastställ hur många COBAS AmpliPrep reagenskassetter, SPU (Sample Processing Units), Input Sample tubes (S-tubes), K-tips och K-tubes som behövs. En SPU, ett Input S-tube, en K-tip och ett K-tube behövs för varje prov eller kontroll. Det finns flera olika arbetsgångar för användning av instrumentet COBAS AmpliPrep med analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48. Se tabell 1 nedan. Sätt in det antal reagenskassettrack, provrack med Input S-tubes, SPU-rack, K-tip-rack, K-tube-rack och K-carriers i K-carrier-rack som krävs för den arbetsgång som valts, i respektive rackposition i instrumentet COBAS AmpliPrep (ytterligare information finns i tabell 1). C1. Placera SPU i SPU-racken och ladda racken i rackposition J, K eller L i instrumentet COBAS AmpliPrep SV 16 Doc Rev. 4.0

17 C2. Ladda fyllda K-tube-rack i rackposition M, N, O eller P enligt vald arbetsgång i instrumentet COBAS AmpliPrep. C3. Ladda fyllda K-tip-rack i rackposition M, N, O eller P i instrumentet COBAS AmpliPrep. C4. Vid arbetsgång 3, när analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 används, ska K-carriers laddas i K-carrier-rack i rackposition M, N, O eller P i instrumentet COBAS AmpliPrep. Tabell 1 Möjliga arbetsgångar när instrumentet COBAS AmpliPrep används med analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan Arbetsgång Instrumentet COBAS AmpliPrep plus Docking Station plus analysinstrumentet COBAS TaqMan Instrumentet COBAS AmpliPrep plus analysinstrumentet COBAS TaqMan Instrumentet COBAS AmpliPrep plus analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 Överföringsläge till analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 Automatisk överföring av K-carrier Manuell överföring av K-tubes via provrack till analysinstrumentet COBAS TaqMan Manuell överföring av K-carrier via K-carrier-rack till analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 Rack, carriers och engångsartiklar K-tubes i fulla K-tube-rack K-tips i fulla K-tip-rack Input S-tubes som innehåller patientprover och kontroller i provrack SPU i SPU-rack CS1 i kassettrack CS2, CS3, CS4 i kassettrack K-tubes i fulla K-tube-rack K-tips i fulla K-tip-rack Input S-tubes som innehåller patientprover och kontroller i provrack SPU i SPU-rack CS1 i kassettrack CS2, CS3, CS4 i kassettrack När provextraktionen har slutförts: K-tubes i provrack (färdiga för manuell överföring) K-tubes i provrack K-tips i fulla K-tip-rack Input S-tubes som innehåller patientprover och kontroller i provrack SPU i SPU-rack CS1 i kassettrack CS2, CS3, CS4 i kassettrack Tom K-carrier med streckkod i K-carrier-rack När provextraktionen har slutförts: K-tubes i K-carrier i K-carrier-rack Position i instrumentet COBAS AmpliPrep M P M P F H J L A B E M P M P F H J L A B E Samma som ovan (F H) F H M P F H J L A B E M P Samma som ovan (M P) SV 17 Doc Rev. 4.0

18 Del D. Beställa och ladda prover D1. Bered provrack på följande sätt: Fäst en streckkodsklämma i de provrackspositioner där ett prov (S-tube) ska placeras. Anslut en av de specifika streckkodsklämmorna för kontroller [CTM ( ) C, HBV L(+)C, v2.0 och HBV H(+)C, v2.0] till de provrackspositioner där kontrollerna (S-tube) ska placeras. Streckkodsklämmorna för kontroller ska ha samma kontrollotsnummer som lotnumret på kontrollflaskorna i kitet. Var noga med att tilldela varje kontroll positionen med motsvarande kontrollstreckkodsklämma. Placera ett Input S-tube i varje position som är märkt med en streckkodsklämma. D2. Skapa provbeställningar för varje prov och kontroll på fliken Sample i fönstret Orders i programmet AMPLILINK. Välj lämplig testfil och avsluta genom att spara. D3. Tilldela prov- och kontrollbeställningarna rackpositioner på fliken Sample Rack i fönstret Orders. Provracksnumret måste gälla det rack som bereddes i steg D1. D4. Skriv ut rapporten för Sample Rack Order som ett arbetsblad. D5. Bered prov- och kontrollrack i det område som är avsett för överföring av prover och kontroller på följande sätt: Vortexa varje prov och kontroll [CTM ( ) C, HBV L(+)C, v2.0 och HBV H(+)C, v2.0] i 3 till 5 sekunder. Undvik att förorena handskarna när du hanterar prover och kontroller. D6. Överför 650 μl av varje prov och kontroll [CTM ( ) C, HBV L(+)C, v2.0 och HBV H(+)C, v2.0] i rätt streckkodsmärkta Input S-tube med hjälp av en mikropipett med DNase-fri spets med aerosolbarriär eller positiv förskjutning. Undvik att överföra partiklar och/eller fibrinkoagel från ursprungsproverna till Input S-tube. Prover och kontroller ska överföras till de rörpositioner som tilldelats och antecknats på arbetsbladet i steg D4. Streckkodsklämmorna för kontroller ska ha samma kontrollotsnummer som lotnumret på kontrollflaskorna i kitet. Tilldela varje kontroll positionen med motsvarande kontrollstreckkodsklämma. Undvik att kontaminera den övre delen av S-tube med prover eller kontroller. D7. Läs användarhandboken till instrumentet cobas p 630 om du använder cobas p 630 för extraktion. D8. Om arbetsgång 1 eller 2 används ska provracken som är fyllda med Input S-tubes placeras i rackpositionen F, G eller H i instrumentet COBAS AmpliPrep. D9. Om arbetsgång 3 används med analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 ska provracken laddas med Input S-tubes och K-tubes (ett för varje Input S-tube, i rätt position intill Input S-tubes) i rackposition F, G eller H i instrumentet COBAS AmpliPrep. Del E. Starta körning med instrumentet COBAS AmpliPrep E1. Starta instrumentet COBAS AmpliPrep med hjälp av programmet AMPLILINK. Del F. Avsluta körning med instrumentet COBAS AmpliPrep och överföring till analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 (endast för arbetsgångarna 2 och 3) F1. Kontrollera om det finns flaggor eller felmeddelanden. F2. Ta bort extraherade prover och kontroller från instrumentet COBAS AmpliPrep, antingen i provrack (för analysinstrumentet COBAS TaqMan utan Docking Station) eller i K-carrier-rack (för analysinstrumentet COBAS TaqMan 48) enligt aktuell arbetsgång (mer information finns i del G). F3. Avlägsna avfall från instrumentet COBAS AmpliPrep. Obs! Extraherade prover och kontroller ska skyddas mot ljus efter att prov- och kontrollextraktionen har slutförts SV 18 Doc Rev. 4.0

19 Amplifiering och detektion Installera analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 Körningen med analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 måste startas inom 120 minuter efter att prov- och kontrollextraktionen har slutförts. Obs! De extraherade proverna och kontrollerna får inte frysas eller förvaras i 2 8 C. Del G. Ladda bearbetade prover G1. Överför K-tubes till analysinstrumentet COBAS TaqMan eller analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 genom att utföra de steg som krävs för den arbetsgång som används: Arbetsgång 1: Arbetsgång 2: Arbetsgång 3: Automatisk överföring av K-carrier via Docking Station till analysinstrumentet COBAS TaqMan. Det krävs inga manuella insatser. Manuell överföring av K-tubes i provrack till analysinstrumentet COBAS TaqMan. Manuell överföring av K-carrier i K-carrier-rack till analysinstrumentet COBAS TaqMan 48. Manuell överföring av K-carriers till analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 med hjälp av K-Carriertransportören. Del H. Starta körning med analysinstrumentet COBAS TaqMan eller analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 H1. Starta analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48 med ett av alternativen nedan beroende på vilken arbetsgång som används: Arbetsgång 1: Inga insatser krävs. Arbetsgång 2: Automatisk start av analysinstrumentet COBAS TaqMan efter insättning av provrack. Arbetsgång 3: Fyll K-carriern med tomma K-tubes om det finns färre än 6 K-tubes på K-carriern. Du får information om hur det ska göras av programmet AMPLILINK. Öppna termocykelskyddet, sätt in K-carriern i termocykeln och stäng locket. Starta körningen med analysinstrumentet COBAS TaqMan 48. Del I. Avsluta körning med analysinstrumentet COBAS TaqMan eller analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 I1. När körningen i analysinstrumentet COBAS TaqMan eller analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 har slutförts ska resultatrapporten skrivas ut. Kontrollera om det finns flaggor eller felmeddelanden i resultatrapporten. Hur prover med flaggor och kommentarer ska tolkas beskrivs i avsnittet Resultat. Efter att data har godkänts ska de sparas. I2. Ta bort använda K-tubes från analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan SV 19 Doc Rev. 4.0

20 RESULTAT HBV DNA-koncentrationen för proverna och kontrollerna fastställs automatiskt i analysinstrumentet COBAS TaqMan eller COBAS TaqMan 48. HBV DNA-koncentrationen uttrycks i internationella enheter (IU) /ml. Omvandlingsfaktorn mellan HBV kopior/ml och HBV IU/ml är 5,82 kopior/iu med WHO internationell standard för hepatit B-virus DNA för NAT-testning (Nucleic Acid Technology) (NIBSC 97/746) 29. Vid behov kan resultaten omvandlas manuellt till kopior/ml genom följande omvandlingsberäkning: HBV DNA-koncentration i IU/ml x 5,82 kopior/iu = HBV DNA i kopior/ml Exempel: 1,23E+04 IU/ml x 5,82 kopior/iu = 7,16E+04 kopior/ml Obs! Det analytiska mätintervallet av analytvärden som kan mätas direkt på ett prov utan någon spädning med COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 är 20 till 1,7E+08 IU/ml. Obs! Det kliniska rapporterbara intervallet av analytvärden som kan mätas direkt på ett prov med en spädning på maximalt ett till tio med COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 är 20 till 1,7E+09 IU/ml. Programmet AMPLILINK: Bestämmer cykeltröskelvärdet (Ct) för HBV DNA och HBV QS DNA. Fastställer HBV DNA-koncentrationen baserat på Ct-värdena för HBV DNA och HBV QS DNA samt de lotspecifika kalibreringskoefficienter som anges på kassettens streckkod. Fastställer att beräknade titer i IU/ml för HBV L(+)C, v2.0 och HBV H(+)C, v2.0 ligger inom fastställda intervall. Gruppvalidering AMPLILINK version 3.2-serien Försäkra dig om att gruppen är giltig genom att kontrollera om det förekommer flaggor eller kommentarer i utskriften eller i resultatfönstret i programmet AMPLILINK. För kontrollbeställningar utförs en kontroll för att bestämma om kontrollens IU/ml-värde ligger inom dess angivna intervall. Om kontrollens IU/ml-värde ligger utanför intervallet genereras en flagga som visar att kontrollen har misslyckats. Gruppen är giltig om inga flaggor visas för någon av kontrollerna [HBV L(+)C, v2.0; HBV H(+)C, v2.0 och CTM ( ) C]. Gruppen är UinteU giltig om någon av följande flaggor visas för HBV-kontrollerna: Negativ kontroll Flagga Resultat Betydelse _N_NC_INVALID Invalid Ett ogiltigt resultat eller ett "giltigt" resultat som inte var negativt för HBV target SV 20 Doc Rev. 4.0

21 HBV-lågpositiv kontroll, v2.0 Flagga Resultat Betydelse _L_LPCINVALID < 2.00E+01 IU/mL Kontrollen under intervallet _L_LPCINVALID Target Not Detected Kontrollen under intervallet _L_LPCINVALID En numerisk titer X.XXE+XX IU/mL Kontrollen utanför intervallet _L_LPCINVALID > 1.70E+08 IU/mL Kontrollen över intervallet _L_LPCINVALID Invalid Ett ogiltigt resultat HBV-högpositiv kontroll, v2.0 Flagga Resultat Betydelse _H_HPCINVALID <2.00E+01 cp/ml Kontrollen under intervallet _H_HPCINVALID Target Not Detected Kontrollen under intervallet _H_HPCINVALID En numerisk titer X.XXE+XX IU/mL Kontrollen utanför intervallet _H_HPCINVALID > 1.70E+08 IU/mL Kontrollen över intervallet _H_HPCINVALID Invalid Ett ogiltigt resultat Om gruppen är ogiltig måste du upprepa hela körningen inklusive prov- och kontrollextraktion, amplifiering och detektion. Gruppvalidering AMPLILINK version 3.3-serien Försäkra dig om att gruppen är giltig genom att kontrollera om det förekommer flaggor eller kommentarer i utskriften eller i resultatfönstret i programmet AMPLILINK. För kontrollbeställningar utförs en kontroll för att bestämma om kontrollens IU/ml-värde ligger inom dess angivna intervall. Om kontrollens IU/ml-värde ligger utanför intervallet genereras en flagga som visar att kontrollen har misslyckats. Gruppen är giltig om inga flaggor visas för någon av kontrollerna [HBV L(+)C, v2.0; HBV H(+)C, v2.0 och CTM ( ) C]. Gruppen är inte giltig om någon av följande flaggor visas för HBV-kontrollerna: Negativ kontroll: Flagga Resultat Betydelse NC_INVALID Invalid Ett ogiltigt resultat eller ett "giltigt" resultat som inte var negativt för HBV target SV 21 Doc Rev. 4.0

22 HBV-lågpositiv kontroll, v2.0: Flagga Resultat Betydelse LPCINVALID Invalid Ett ogiltigt resultat eller en kontroll som ligger utanför intervallet HBV-högpositiv kontroll, v2.0: Flagga Resultat Betydelse HPCINVALID Invalid Ett ogiltigt resultat eller en kontroll som ligger utanför intervallet Om gruppen är ogiltig måste du upprepa hela körningen inklusive prov- och kontrollextraktion, amplifiering och detektion. Tolkning av resultat För att hela gruppen ska anses vara giltig ska varje enskilt prov kontrolleras avseende flaggor eller kommentarer på resultatutskriften. Tolka resultaten så här: En UgiltigU grupp kan innehålla båda giltiga och ogiltiga provresultat, beroende på om flaggor och/eller kommentarer erhålls för de enskilda proverna. Provresultaten tolkas på följande sätt: Titerresultat Target Not Detected Betydelse Ct-värde för HBV ovanför gränsen för analysen eller inget Ct-värde har erhållits för HBV. Rapportera resultat som "HBV DNA not detected". < 2.00E+01 cp/ml Beräknat IU/ml ligger under analysens detektionsgräns. Rapportera resultat som "HBV DNA detected, less than 20 HBV DNA IU/mL". 2.00E+01 IU/mL och 1.70E+08 IU/mL Beräknade resultat som är större än eller lika med 20 IU/ml och mindre än eller lika med 1.70E+08 IU/ml ligger inom analysens linjära intervall. > 1.70E+08 IU/mL Beräknat IU/ml ligger över analysens intervall. Rapportera resultat som "greater than 1.70E+08 HBV DNA IU/mL". Om kvantitativa resultat önskas ska det ursprungliga provet spädas med HBV-negativt humant serum eller EDTA-plasma beroende på det ursprungliga provets matris och testet upprepas. Multiplicera det rapporterade resultatet med spädningsfaktorn. Obs! Prover som ligger ovanför analysens intervall och som genererar ett ogiltigt resultat med flaggan "QS_INVALID" ska inte rapporteras som > 1.70E +08 IU/mL. Det ursprungliga provet ska spädas med HBV-negativ human EDTA-plasma och testet upprepas. Multiplicera det rapporterade resultatet med spädningsfaktorn. Obs! Titerresultat "Failed". Betydelse: Provet bearbetades inte på rätt sätt vid extraktionen i instrumentet COBAS AmpliPrep. Obs! Titerresultat "Invalid". Betydelse: Ett ogiltigt resultat SV 22 Doc Rev. 4.0

23 KVALITETSKONTROLL Ett replikat vardera av COBAS TaqMan negativ kontroll, HBV lågpositiv kontroll, v2.0 och HBV högpositiv kontroll, v2.0 måste ingå i varje testgrupp. Gruppen är giltig om inga flaggor visas för någon av kontrollerna [HBV L(+)C, v2.0; HBV H(+)C, v2.0 och CTM ( ) C]. Det finns inga krav avseende kontrollernas position i provracket. Kontrollera om det finns flaggor och kommentarer i utskriften så att du säkerställer att gruppen är giltig. Negativ kontroll CTM ( ) C måste ge ett "Target Not Detected"-resultat. Om CTM ( ) C flaggas som ogiltig, är hela gruppen ogiltig. Upprepa hela förfarandet (prov- och kontrollextraktion, amplifiering och detektion). Om CTM ( ) C är konsekvent ogiltig i flera grupper ska du kontakta din Roche-representant och begära teknisk hjälp. Positiva kontroller De fastställda titer-intervallen för HBV L(+)C, v2.0 och HBV H(+)C, v2.0 anges i reagenskassettens streckkod i COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0. HBV DNA IU/ml för HBV L(+)C, v2.0 och HBV H(+)C, v2.0 ska ligga inom fastställda titer-intervall. Om den ena eller båda av de positiva kontrollerna flaggas som ogiltig är hela gruppen ogiltig. Upprepa hela förfarandet (prov- och kontrollextraktion, amplifiering och detektion). Kontakta din Roche-representant och begär teknisk hjälp om HBV DNA-titern för en eller båda positiva kontrollerna konsekvent ligger utanför intervallet i flera grupper. FÖRSIKTIGHETSÅTGÄRDER Liksom för alla testmetoder är det mycket viktigt att använda god laboratorieteknik för att denna analys ska fungera korrekt. TESTETS BEGRÄNSNINGAR 1. Detta test har validerats för användning med humant serum eller plasma som samlats i EDTAantikoagulantia. Testning av andra provtyper kan resultera i felaktiga resultat. 2. Resultatens tillförlitlighet förutsätter rätt provtagning, transport, förvaring och behandling av prover. 3. Förekomsten av AmpErase-enzym i COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Master Mix v2.0 minskar risken för amplicon-kontaminering. Smitta från HBV-positiva kontroller och kliniska prover kan dock endast undvikas om god laboratoriesed iakttas och de förfaranden som beskrivs i denna bipacksedel noga följs. 4. Endast personal med erfarenhet av PCR-teknik bör använda produkten. 5. Denna produkt kan endast användas tillsammans med instrumentet COBAS AmpliPrep och analysinstrumentet COBAS TaqMan eller analysinstrumentet COBAS TaqMan Mutationer inom den maximalt konserverade regionen på det virusgenom som täcks av primers och/eller prob för COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV Test, v2.0 är visserligen sällsynta, men kan göra att ett lägre kvantifieringsresultat erhålls eller att viruset inte kan detekteras. 7. Detektion av HBV DNA är beroende av antalet viruspartiklar i provet och kan påverkas av provtagningsmetoder och patientfaktorer (t.ex. ålder, förekomst av symptom och/eller infektionsstadium) SV 23 Doc Rev. 4.0