artus EBV QS-RGQ Kit Prestandaegenskaper Maj 2012 Sample & Assay Technologies Analytisk sensitivitet plasma artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1,

Transkript

1 artus EBV QS-RGQ Kit Prestandaegenskaper artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1, Verificar a disponibilidade de novas revisões de rotulagem electrónica em antes da realização do teste. O estado de revisão actual é indicado pela data de emissão (formato: mês/ano). Analytisk sensitivitet plasma Den analytiska detektionsgränsen med hänsyn till reningen (sensitivitetsgräns) utvärderas för artus EBV QS-RGQ Kit med hjälp av EBV-positiva kliniska prover i kombination med extraktionen av QIAsymphony SP. Den analytiska sensitiviteten för plasma avseende rening av artus EBV QS-RGQ Kit fastställdes med hjälp av spädningsserier av EBV-virusmaterial från 3160 till nominellt 1 EBV-kopia/ml spetsade i kliniska plasmaprover. Dessa användes för att extrahera DNA med användning av QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit i kombination med Cellfree1000-protokollet (extraheringsvolym: 1 ml, elueringsvolym: 60 µl). Var och en av de 10 spädningarna analyserades med artus EBV QS-RGQ Kit under 4 olika dagar i 4 körningar med 8 replikat vardera. Resultaten fastställdes genom en probitanalys. En grafisk illustration av probitanalysen visas i figur 1. Den analytiska detektionsgränsen avseende rening av artus EBV QS-RGQ Kit i kombination med Rotor-Gene Q är 157 kopior/ml (p = 0,05). Detta innebär att det finns en 95-procentig sannolikhet att 157 kopior/ml kommer att upptäckas. Maj 2012 Sample & Assay Technologies

2 1.0 95% Proportioner Proportions ,20 ~ 157 kopior/ml (95 %) copies/ml (95%) ( kopior/ml) ( copies/ml) log log (dos) (dose) Figur 1. Probitanalys: plasma, EBV (Rotor-Gene Q). Analytisk sensitivitet med hänsyn till reningen (plasma, med användning av QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit) för artus EBV QS-RGQ Kit på Rotor-Gene Q. Specificitet plasma Specificiteten för artus EBV QS-RGQ Kit garanteras först och främst genom valet av primrar och prober, samt genom valet av strikta reaktionsvillkor. Primrarna och proberna kontrollerades beträffande eventuella homologier i alla sekvenser som publicerats i genbaser genom sekvensjämförande analys. Därmed säkerställs att alla relevanta genotyper kan detekteras. Dessutom utvärderades specificiteten med trettio olika negativa plasmaprover av EBV. Dessa alstrade inga signaler med de EBV-specifika primrar och prober som ingår i EBV RG Master. Potentiell korsreaktivititet i artus EBV QS-RGQ Kit testades med hjälp av den kontrollgrupp som anges i tabell 1 nedan. Ingen av de testade patogenerna har varit reaktiv. Inga korsreaktiviteter visade sig med blandade infektioner. Prestandaegenskaper: artus EBV QS-RGQ Kit sida 2 av 7

3 Tabell 1. Tester av kits specificitet med potentiellt korsreaktiva patogen Kontrollgrupp EBV (Cycling Green) Intern kontroll (Cycling Yellow) Humant herpesvirus 1 (herpes simplexvirus 1) + Humant herpesvirus 2 (herpes simplexvirus 2) + Humant herpesvirus 3 (varicella-zoster virus) + Humant herpesvirus 5 (cytomegalovirus) + Humant T-cell leukemivirus 1 + Humant T-cell leukemivirus 2 + Linjärt område plasma Det linjära området avsende rening av artus EBV QS-RGQ Kit fastställdes genom att analysera en spädningsserie med EBV-virusmaterial med intervallet 1,00 x 10 7 kopior/ml till 1,00 x 10 2 kopior/ml i plasma. Reningen utfördes i replikat (n = 4 för koncentrationer 1,00 x 10 6 kopior/ml; n = 8 för koncentrationer <1,00 x 10 6 kopior/ml) med användning av QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit i kombination med Cellfree1000 -protokollet (extraktionsvolym: 1 ml, elueringsvolym: 60 µl). Vart och ett av proven analyserades med hjälp av artus EBV QS-RGQ Kit. Det linjära området avseende rening av artus EBV QS-RGQ Kit fastställdes för koncentrationer från 3,16 x 10 2 kopior/ml till 1,00 x 10 7 kopior/ml för plasma (figur 2). Prestandaegenskaper: artus EBV QS-RGQ Kit sida 3 av 7

4 log 10 uppskattad koncentration (kopior/ml) log 10 estimated concentration (copies/ml) y y = 1,0528x x ,1729 R 2 = , log 10 nominell log 10 nominal koncentration concentration (kopior/ml) (copies/ml) Figur 2. Linjärt område för artus EBV QS-RGQ Kit (plasma). Beräkning av det linjära området. Den raka linjen fastställdes genom en linjär regression av log 10 -beräknade koncentrationer jämfört med log 10 -nominella koncentrationer. Ekvationen för regressionslinjen är inkluderad i figuren. Robusthet plasma Genom verifiering av robustheten går det att fastställa den totala felfrekvensen av artus EBV QS- RGQ Kit. För att verifiera robustheten spetsades 30 EBV-negativa prover av plasma med 500 kopior/ml av EBV (ungefär en tre gånger så stor koncentration av den analytiska sensitivitetsgränsen). Efter extrahering på QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit i kombination med Cellfree1000_DSP-protokollet (extraheringsvolym: 1 ml, elueringsvolym: 60 µl) analyserades proverna med artus EBV QS-RGQ Kit. Dessutssutom utvärderades robustheten i den interna kontrollen genom rening och analys av de 30 spetsade plasmaproverna. Inhibitioner observerades inte. Således är robustheten i artus EBV QS-RGQ Kit 99 %. Analytisk sensitivitet helblod För helblod fastställdes den analytiska sensitiviteten avseende rening av artus EBV QS-RGQ Kit med hjälp av spädningsserier av EBV-virusmaterial från 3160 till nominellt 3,16 EBV-kopior/ml spetsade i humana helblodsprover. Dessa användes för att extrahera DNA med användning av QIAsymphony DNA Mini Kit i kombination med VirusBlood200-protokollet (extraheringsvolym: 200 µl, elueringsvolym: 60 µl). Var och en av de 10 spädningarna analyserades med artus EBV QS-RGQ Kit under 3 olika dagar i 3 körningar med 11 replikat vardera. Resultaten fastställdes genom en probitanalys. En grafisk illustration av probitanalysen visas i figur 3. Den analytiska detektionsgränsen avseende rening av artus EBV QS-RGQ Kit i kombination med Rotor-Gene Q är Prestandaegenskaper: artus EBV QS-RGQ Kit sida 4 av 7

5 288,42 kopior/ml (p = 0,05). Detta innebär att det finns en 95-procentig sannolikhet att 288,42 kopior/ml kommer att upptäckas % 0.8 Proportioner Proportions ,46002 ~ 288,42 kopior/ml (95 %) copies/ml (95%) ( ,53 710,95 copies/ml) kopior/ml) log (dos) (dose) Figur 3. Probitanalys: helblod, EBV (Rotor-Gene Q). Analytisk sensitivitet med hänsyn till reningen (helblod, med användning av QIAsymphony DNA Mini Kit) för artus EBV QS-RGQ Kit på Rotor-Gene Q. Specificitet helblod Specificiteten för artus EBV QS-RGQ Kit garanteras först och främst genom valet av primrar och prober, samt genom valet av strikta reaktionsvillkor. Primrarna och proberna kontrollerades beträffande eventuella homologier i alla sekvenser som publicerats i genbaser genom sekvensjämförande analys. Därmed säkerställs att alla relevanta genotyper kan detekteras. Dessutom utvärderades specificiteten med 30 olika EBV-negativa helblodsprover. Dessa alstrade inga signaler med de EBV-specifika primrar och prober som ingår i EBV RG Master. Potentiell korsreaktivititet i artus EBV QS-RGQ Kit testades med hjälp av den kontrollgrupp som anges i tabell 1 (se sidan 3). Ingen av de testade patogenerna har varit reaktiv. Inga korsreaktiviteter visade sig med blandade infektioner. Linjärt område helblod Det linjära området avseende rening av artus EBV QS-RGQ Kit fastställdes genom att analysera en spädningsserie med CMV-virusmaterial med intervallet 5,00 x 10 7 kopior/ml till 1,00 x 10 2 kopior/ml i helblod. Reningen utfördes i replikat (n = 4 för koncentrationer 1,00 x 10 7 kopior/ml; n = 8 för koncentrationer <1,00 x 10 7 kopior/ml) med användning av Prestandaegenskaper: artus EBV QS-RGQ Kit sida 5 av 7

6 QIAsymphony DNA Mini Kit i kombination med VirusBlod200-protokollet (extraktionsvolym: 200 µl, elueringsvolym: 60 µl). Vart och ett av proven analyserades med hjälp av artus EBV QS-RGQ Kit. Det linjära området avseende rening av artus EBV QS-RGQ Kit fastställdes för koncentrationer från 1,00 x 10 3 kopior/ml till 5,00 x 10 7 kopior/ml för helblod (figur 4). 10 log 10 uppskattad koncentration log 10 estimated (kopior/ml) concentration (copies/ml) 8 6 y y = 1,0261x x ,0477 R 2 = , log 10 nominell log 10 nominal koncentration concentration (kopior/ml) (copies/ml) Figur 4. Linjärt område för artus EBV QS-RGQ Kit (helblod). Beräkning av det linjära området. Den raka linjen fastställdes genom en linjär regression av log 10 -beräknade koncentrationer jämfört med log 10 -nominella koncentrationer. Ekvationen för regressionslinjen är inkluderad i figuren. Robusthet helblod Genom verifiering av robustheten går det att fastställa den totala felfrekvensen av artus EBV QS- RGQ Kit. För att verifiera robustheten spetsades 30 EBV-negativa helblodsprover med 750 kopior/ml av EBV (ungefär en tre gånger så stor koncentration av den analytiska sensitivitetsgränsen). Efter extrahering md användning av QIAsymphony DNA Mini Kit i kombination med VirusBlood200-protokollet (extraheringsvolym: 200 µl, elueringsvolym: 60 µl) analyserades proverna med artus EBV QS-RGQ Kit. Dessutom utvärderades robustheten på den interna kontrollen genom rening och analys av de 30 spetsade helblodsproverna. Inhibitioner observerades inte. Således är robustheten i artus EBV QS-RGQ Kit 99 %. Prestandaegenskaper: artus EBV QS-RGQ Kit sida 6 av 7

7 Reproducerbarhet Med hjälp av reproducerbarhetsdata är det möjligt att regelbundet utvärdera artus EBV QS-RGQ Kit och att göra en effektivitetsjämförelse med andra produkter. Dessa data erhålls vid deltagande i etablerade kunskapsprogram. Korskontamination Frånvaro av korskontamination mellan prover i hela arbetsflödet bevisades genom korrekt detektion av alla kända positiva och negativa prover i växlande positioner (schackrutigt mönster) för valda artus QS-RGQ-system. Uppdaterad licensinformation och produktspecifika friskrivningsklausuler: se respektive QIAGENsatshandbok eller användarhandbok. QIAGEN-satshandböcker och användarhandböcker finns att tillgå på eller kan beställas från QIAGEN teknisk support eller från lokal återförsäljare. Varumärken: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene (QIAGEN Group); ATCC (American Type Culture Collection); Acrometrix (Life Technologies). Maj QIAGEN, med ensamrätt. France The Netherlands Australia Austria 0800/ Belgium Canada China Denmark Finland Germany Hong Kong Ireland Italy Japan Korea (South) Luxembourg Norway Singapore Spain Sweden Switzerland UK USA Sample & Assay Technologies