Projektkatalog vt13 Examensarbete BML (15 hp)

Relevanta dokument
Fördelning av projekt vt13 Examensarbete BML (15 hp)

Projektkatalog vt12 Examensarbete BML

Projektkatalog vt12 Examensarbete BML

1.Förändras mängden kloratreduktas eller kloritdismutas under anaeroba jämfört med aeroba odlingsförhållanden i bakterien Ideonella dechloratans?

Kort beskrivning av analyterna i 42-plex

Metodutvärdering I. Metodutvärdering -validering. Metodutvärdering II. Metodutvärdering III

Vad är MHC? MHC och TCR struktur. Antigen processering och presentation. Kursbok: The immune system Peter Parham

Take-home. Vid anemi tag prover för att karaktärisera typen! Slösa inte med F-Hb!

Hematologi Vad kan påverka resultatet? Mats Bergström Klinisk kemi Eskilstuna

Vad är Klinisk forskning

Kancera AB 8 November 2011

Tentamen i Immunteknologi 23 maj 2007, 8-13

Tentamen i Immunteknologi 28 maj 2003, 8-13

POLYCYSTISKT OVARIALSYNDROM inflammatoriska markörer i fettväv

Inflammationsanemi. Torbjörn Karlsson. Uppsala Universitet HT 2015

Anemi och järnbrist i ett kliniskt perspektiv

Analys av D-dimer på patient med misstänkt HAMA

Immun- och inflammationsfarmakologi Tandläkarprogrammet HT Ernst Brodin, Institutionen för Fysiologi och Farmakologi, Karolinska Institutet

Immunteknologi, en introduktion. Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser.

Laboratorienytt. Innehåll:

UNIK IMMUNTERAPI MOT METASTASERANDE CANCER

Neuroendokrina tumörer. Eva Tiensuu Janson, professor i medicin Kliniken för onkologisk endokrinologi Akademiska sjukhuset och Uppsala Universitet

Förändringar i TakeCare:s beställningar av laboratorieanalyser

Mutationer. Typer av mutationer

Flödescytometri. Hematologi med mikroskop

IMMUNOLOGI. Anna Carlsson, Medical Manager

Kursbok: The immune system Peter Parham

Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi

Slutrapport: Immunprofylax hos gris (Projektnr. H ) Caroline Fossum. Bakgrund

Del 3 medicin. Totalt 5 sidor. Maxpoäng: 13,5p

Verifiering av mätmetoder

Meddelande 3/2013. Från Unilabs Laboratoriemedicin Sörmland. Klinisk mikrobiologi

Hur kan cancer utvecklas trots immunförsvaret? Helena Ishak Vad gör immunsystemet när en tumör utvecklas? Hur är immunsystemet uppbyggt?

Adiponektin inhiberar Angiotensin II inducerad Abdominal Aorta Aneurysm

Integrerad MEQ fråga 2 DX2. Totalt 17 poäng. Anvisning:

Lymfoida organ och immunsystemet. Innehåll. Leukocyter 11/14/2014. Människan: biologi och hälsa SJSE11. Ospecifika immunförsvaret

2. Skriv tydligt och läsvänligt. Oläslig handstil medför att poängbedömning inte sker.

Tentamen. Lycka till! Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kurskod: MC1004. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum Skrivtid 4h

BLODSTATUS??? varför. Yvonne Sköldin

Dokumenttyp Ansvarig verksamhet Version Antal sidor Riktlinje Klinisk kemi 2.0 6

S-IGF BP 3, Malmö Immulite2000XPi

Transfusionsmedicin Anna willman. En vuxen människa har mellan fyra till sex liter blod

Trombocytvariabler. Mats Bergström Unilabs Eskilstuna. Unilabs 1

Immunologi CORE Vad har immunsystemet för funktioner? Bra och dåliga? Immunsystemet - två funktionella grenar. Immunsystemets organ

Transfusionsmedicin. Anna Willman

Monitorering av immunmodulerande behandling med flödescytometri

EQUALIS kvalitetsmål

Blodgivares Järnbalans. Karin Schneider

Blodet. Innehåll. Vad är blod? 11/14/2014. Människan: biologi och hälsa SJSE11

Quantiferon-TB Gold Plus

Antikroppar; struktur och diversitet. Kursbok: The immune system Peter Parham

Antikroppar:Från gen till protein skapande av diversitet. Kursbok: The immune system Peter Parham

BAKTERIERNA, VÅRA VÄNNER

Anemier. Feb 2016 Kristina Wallman

Laboratorienytt. Innehåll: 2 Klinisk Patologi. - Telefontider - Öppettider. 3 Klinisk Kemi

Att få. är inte en. Vad sa de? Cancer? Vad händer nu?

Tentamen i Allmän farmakologi, 2 hp

IGFBP-3 på IDS isys (NPU28268)

Tema Försvar. Ordinarie tentamen termin 2 VT 2013

Ackrediteringens omfattning, Klinisk Immunologi & Transfusionsmedicin

Laboration: cellskada/celldöd

Laboratorienytt. Nr 3, Maj Innehåll: Klinisk Mikrobiologi. - Ändrad analysmetod för streptokockserologi

Tentamen i Immunteknologi 29 maj 2006, 8-13

Tentamen i Biomedicinsk laboratoriemetodik 2, 7 hp (kod 0800)

Cyklosporin A metodbyte från RIA till LC-MS/MS

Ackrediteringens omfattning

Vad är lungcancer? Vikten av att ta reda på vilken sorts lungcancer det gäller

Homing. Contents. Pooyan Masarrat Vt- 13

Clostridium difficile diagnostik. Lucía Ortega Klinisk Mikrobiologi Växjö

Klinisk laboratoriemetodik

Regional Analysförteckning och en Labdatabas för AsynjaVisph

Arbetsdokument Nationella riktlinjer för lungcancervård

Laboratorienytt. Nr 3, Maj 2017, version 2 med tillägg från klinisk kemi, NUS. Innehåll: Klinisk Mikrobiologi

Flödescytometri. Umeå universitet. Biomedicinska analytikerprogrammet. Laborationsrapport i Hematologi och immunologi med laboratoriemetodik, termin 3

Stamceller i diabetesbehandling Irina Samokhina Vad är diabetes? Stamceller

TILL DIG MED HUDMELANOM

Genterapi. Varför genomförs genterapi? Förutsättning för genterapi är att den genetiska skadan är känd!

Till dig som ska behandlas med TECENTRIQ

Ackrediteringens omfattning

Landstinget Dalarna 1(10) Laboratoriemedicin Nyhetsblad nr 5 SEPTEMBER 2013

Järnbestämning med MRT. 21 J Järnbestämning med MRT Röntgenveckan Karlstad Magnus Tengvar Karolinska Solna Centrala Röntgen

Optimering av medicinsk behandling vid kemiskt inducerad lungskada

Hematologi blodbildning, anemier

Klinisk mikrobiologi och vårdhygien, kundundersökning Utskick: 1. Var arbetar du?

Laboratorienytt. Innehåll: 2 Klinisk Genetik - Ny metod för trisomier 13/18/21

Hög nivå IgG4 vid pankreatit vad betyder det?

Immunologi en introduktion. Vad har immunsystemet för funktioner? Bra och dåliga? Immunsystemet

Tentamen i Immunteknologi 29 maj 2002, 8-13

Immunsystemet. Kursmål. Innehåll 4/25/2016. Människan: biologi och hälsa SJSF11


Delexamen 4 Infektion Nr Facit. MEQ-fråga Sida 1 (av 6) (max 19p)

Stor M-komponent och interferens med vissa Siemens kemianalyser

Tentamen. Lycka till! Medicin A, Medicinsk temakurs 2, Tema Försvar HT-11. Kurskod: MC5200. Temaansvariga: Elisabeth Hultgren Hörnquist, Jan Källman

Aktivering av signalen via TCR involverar många steg som måste stämma:

Landstinget Dalarna 1(8) Laboratoriemedicin Nyhetsblad nr 5 OKTOBER 2012

Fakta om spridd bröstcancer

Tentamen i Immunteknologi 28 maj 2005, 8-13

TENTAMEN ATTACK OCH FÖRSVAR (AoF) 20 hp VT17 21 april 2017 kl

U-Proteinprofil ger bl.a. en uppfattning om nivå av albumin och protein HC i urinen samt huruvida tecken på Bence-Jones proteinuri föreligger.

För patienter med reumatoid artrit. Information till dig som behandlas med RoACTEMRA

Transkript:

Projektkatalog vt13 Examensarbete BML (15 hp) Ni gör ett första-, andra och tredje- handsval utifrån projekten nedan. Jag kommer att försöka tillmötesgå allas önskemål men går inte detta så gör jag fördelningen av projekt. Vad gäller projekt 21 och 22 hos Tomas Seidal i Halmstad så innebär detta 2-3 resor ner dit och 2-3 dagar varje gång. Vi ersätter er för resor dit ner och loge betalar vi också. Har ni frågor angående projekten kan ni kontakta mig eller handledaren för resp projekt. Val av examensarbete BML VT13 Namn Förstahandsval projekt nr Andrahandsval projekt nr Tredjehandsval projekt nr Skickas in senast den 22/2 jonny.wijkander@kau.se eller lämna i mitt postfack. Projekt 1 och 2 Projekt inom ramen för Konditionerade medier från olika typer av makrofager som odlats i serumfritt medium jämfört med seruminnehållande medium Bakgrund: Tumörvävnader är infiltrerade av stromaceller där en celltyp är makrofager. Vi har resultat som visar att konditionerade medier från M1 fenotypen av makrofager, men inte M2 fenotypen, inhiberar tillväxten av cancer cellinjer. Projekten omfattar isolering av monocyter, odling och differentiering av dessa till M1 och M2 makrofager samt generering av konditionerade medier från dessa celler. Odlingen kommer att ske både i seruminnehållande och serumfritt medium. Projekt 1. Effekter av konditionerade medier (serumfria och seruminnehållande) från makrofager på proliferationen av colon cancer cellinjen HT29 Projekt 2. ELISA analys av cytokinfrisättning från olika typer av makrofager som odlats i serumfritt-medium vs serum-medium Handledare: Jonny Wijkander, Alexander Engström

Projekt 3 Bakgrund: Det finns indikationer på att nikotin hämmar lipopolysackarid inducerad frisättning av cytokiner (bl. a TNF alfa och IL12) och prostaglandiner från monocyter. Vi har resultat som visar att konditionerade medier från M1 makrofager ( utdifferentieras från monocyter genom behandling med lipopolysackarider) hämmar proliferationen av cancer cellinjer. Frågeställningen är om, och i så fall hur, nikotin påverkar cytokinfrisättningen från makrofager samt om de konditionerade medier som genereras från nikotinförbehandlade makrofager förlorar sin proliferationshämmande effekt på colon cancer cellinjen HT29. Projektet omfattar isolering av monocyter, odling och utdifferentiering av dessa till makrofager (med och utan nikotinförbehandling), analys av dessa medier avseende cytokinfrisättning samt studier på proliferationen av HT29 celler. (projektet kan tänkas delas mellan 2 studenter). Handledare: Jonny Wijkander, Ann Erlandsson

Projekt 4 Hållbarhet & analys i efterhand, vilka gränser skall användas? Studentarbete vid Kliniskt kemiska laboratoriet CSK Bakgrund Vi får ofta beställningar i efterhand, dvs ett rör har tagits för att analysera vissa analyter och ett patologiskt / icke patologiskt resultat föranleder frågan om andra analyter. Tidigare har undersökningar gjorts på hållbarheten av olika analyter i formen av C-uppsatser. Dessa undersökningar behöver nu kompletteras av olika anledningar. Dessa beställningar kan vara av stor betydelse för handläggningen, speciellt av inneliggande svårt sjuka patienter. Projekt Att göra en genomgång av tidigare gjorda arbete, bestämma hur dessa nivåer stämmer med vårt ackrediterings CV, och hur förhållande är enl Tonks formel. (Spridning i förhållande till referensvärdes gränser). I projektet ingår också att med hjälp av tillgängliga data, välja ut vilka analyter som är lämpligast att studera. Detta kräver motivering dels utifrån medicinska och analytiska grunder. Betydelse Detta ämne har stor betydelse för att kunna ge maximal service utan att tumma på säkerheten i analyssvaren för analyterna. Arbetet kan generera märkbara konsekvenser för vården och laboratoriet. Handledare Per-Olof Forsberg, Monika Vikner, BMA, Metodansvarig Immunkemi Maria Löfgren, Ingenjör Allmän kemi Mer info kan fås av Per-Olof Forsberg Tfn 070-6556900 E-post: per-olof.forsberg@liv.se

Projekt 5 Validering av metoder för fria lätta kappa- och lambdakedjor i serum På Specialkemi analyseras sedan många år fria lätta kappa- och lambdakedjor i serum med reagens från Binding Site på ett instrument som heter BN ProSpec (nefelometer). Siemens, som tillverkar instrumentet, har under förra året lanserat egna reagens för dessa två metoder. Föreslaget examensarbete syftar till att validera de nya reagensen (mot det nuvarande) för dessa två metoder; från plan för validering till utförande av validering, sammanställning av resultat och slutsatser av valideringen. Det är intressant att utvärdera dessa reagens ur flera perspektiv och vi är bl. a nyfikna på: Om de nya reagensen har ett enklare handhavande än de nuvarande; dvs hur kan analysprocessen optimeras? Hur är övrig metodprestanda jämfört med befintliga metoder; precision, mätområde, hur hanteras eventuell antigenexcess med det nya reagenset? Blir det någon skillnad i enskilda resultat vid ett eventuellt byte? m.m. Handledare Ann.Sofie Jansson sjukhuskemist 054-19 15 44 ann-sofie.jonsson@liv.se Landstinget i Värmland Klinisk Kemi Centralsjukhuset i Karlstad 651 85 Karlstad www.liv.se www.1177.se/varmland Projekt 6 Bakgrund: Trombocyter är olika många och olika stora. Vi tar oftast TPK dvs antal, men bryr oss väldigt lite om de övriga variablerna. Vi tittar inte regelmässigt på MPV & PDV. Arbete: I arbetet skulle vi ta prov från förslagsvis 100 givare och förutom TPK

även göra MPV, PDV, Ferritin, CRP, S-fe LPK HB, MCV, EPK. Detta för att se vilka direkta eller indirekta samband som kan ses. Handledare Per-Olof Forsberg Projekt 7 Bakgrund: Vid tappning av röda blodkroppar så tar vi en första skvätt i en provtagningspåse. Detta för att vi lätt skall kunna ta prov men även för att det finns en tro att bakterier och annat löst hamnar i denna påse. De arbeten som har gjorts om detta har inriktat sig på att se hur rena påsarna är men jag vet ingen som regelmässigt tittat på innehållet i själva provtagningspåsen. Arbete: I arbetet skulle därför prov på odling från innehållet också tas. Detta arbete är ett sammarbete med mikrobiologen Handledare Per-Olof Forsberg Projekt 8 Bakgrund: I vårt blodlager så finns 0 & A trombocyter. Hur skall man välja trombocyter om man inte har givarens blodgrupp? Den förhärskande regeln i Sverige är att man bör följa samma regler som vid transfusion av erytrocyter. Detta kommer sig av att det finns lite A & B substans på trombocyterna. Nyare rön från ffa USA har ifrågasatt detta och de har istället givit trombocyter enligt plasmaförlikning och inte sett sämre ökning av trombocyter vid transfusion. Arbete: Här skall vi ta CCI, värde en timma efter transfusion. Förhoppningsvis så kan vi böra samla värden innan studenten dyker upp. Vid denna analys skall vi även titta på MPV & PDW. Detta projekt är ett samarbete med hematologen. Handledare Per-Olof Forsberg Projekt 10-15 Den tumörspecifika antikroppen TS1. Handledare: Birgitta Sundström & Patrik Holm Bakgrund TS1 är en IgG-antikropp riktad mot keratin 8 vilket finns extracellulärt i de centrala delarna av carcinom. Keratiner finns normalt inte extracellulärt i normal vävnad vilket gör att TS1 skulle kunna användas som en specifik bärare av något cytotoxiskt för en specifik behandling av tumören. Från genomet hos hybridomcellerna som producerar TS1 har det konstruerats en scfv kallad TS1-218. Enstaka aminosyror har sedan bytts ut i TS1-218 för att studera effekterna av aminosyrabytet. Bland annat har bytet från Glutamin till

Glutaminsyra i tunga kedjans första aminosyra resulterat i att affiniteten ökat avsevärt. Denna muterade TS1-218 kallas HE1Q. Odlingsoptimering Projekt 10 och 11 Två st exjobb. Generna för de olika scfv-varianterna av TS1 finns insatta i E.coli som kan uttrycka proteinerna. Detta uttryck ska optimeras m.h.a kemometri. Kemometri innebär att modeller skapas inom vissa ramar och ett uttrycksoptimum kan sedan beräknas m.h.a datorprogrammet MODDE. En av de huvudsakliga skillnaderna jämfört med den traditionella optimeringen då en parameter i taget ändras är att här ändras allt på en och samma gång. Handledare Partik Holm och Birgitta Sundström Dubbelmutation Projekt 12 och 13 Två st exjobb. Det finns ett antal varianter av TS1-218 som endast skiljer sig åt i en aminosyra. Dessutom finns det varianter av antigenet Keratin 8 och anti-idiotypen anti-ts1. De olika varianterna av TS1 ska kopplas till kulor som sedan får inkuberas tillsammans med fluorokrommärkta varianter av antingen Keratin 8 eller anti-ts1. Dessa kommer då i olika utsträckning att binda till de olika TS1-varianterna vilket kan analyseras m.h.a flödescytometri. Handledare Birgitta Sundström och Patrik Holm Cellpenetrerande peptider Projekt 14 och 15 Två st exjobb. Till den muterade varianten av TS1-218, HE1Q, ska det tillfogas någon cellpenetrerande peptid. Dessa peptider fungerar som adresslapp som tar in antikroppen intracellulärt i olika celler. HE1Q med en sådan peptid ska märkas med en fluorokrom och inkuberas med någon uppodlad cell. Processen och effekten ska följas med flödescytometri. Handledare Patrik Holm och Birgitta Sundström

Projekt 16 Analysera ett antal cytokiner (exempelvis IL-6, IL-8, IL-10, IL-12, VEGFA och TNFa) i medium från makrofager av M0, M1 och M2 typ som strålbehandlats, metod ELISA. Frågeställning, uttrycker olika makrofager olika cytokiner vid strålbehandling och varierar olika uttryck vid olika doser av strålning? Handledare Ann Erlandsson (Jonny Wijkander) Projekt 17 Behandla småcellig lungcancer (SCLC) med medium från humana makrofager och analysera deras somatostatin receptor typ 2 (SSTR2) mrna uttryck med real-tids PCR samt protein uttryck av SSTR2 med immunocytokemi Frågeställning SSTR2 receptorn används vid målsökande terapi av neuroendokrina tumörer, ändras uttrycket av denna receptors mrna vid närvaro av makrofagmedium av olika typ? Handledare Ann Erlandsson Projekt18. Behandla cancer celllinjer med ursprung i lunga med medium från humana makrofager och analysera deras uttryck av metalloproteinas 9 (MMP-9) mrna med real-tids PCR. Frågeställning, MMP-9 tros kunna påverka tumörers möjlighet att bland annat metastasera, ändras uttrycket av MMP-9 vid närvaro av makrofagmedium av olika typ? Handledare Ann Erlandsson Projket 19. Co-cultivera olika typer av makrofager med tre olika celltyper med ursprung i lunga (H69, A549 och BEAS-2B) Analysera ett antal cytokiner med ELISA (exempelvis IL-6, IL-8, IL-10, VEGFA och TNF ) i medium från dessa co-culturer. Frågeställning, påverkas uttrycket av dessa cytokiner då cellerna får växa tillsammans? Handledare Ann Erlandsson (jonny Wijkander)

Projekt 20. Analysera uttrycket av makrofagmarkörerna CD68 och CD163 i avkodade bröstbiopsier före och efter terapi med hjälp av immunohistokemi. Frågeställning, påverkar mängden CD68 och CD163 effekten av behandlingen? Projekt i samarbete med Patologen CSK Handledare Ann Erlandsson Projekt 21. Analys av CD68 och CD163 i bronchial carcinom Analyseras med IHC Handledare Tomas Seidal Patologen i Halmstad Projekt 22. Analys av matrix metalloproteinas 9 (MMP-9 ) och receptorn för Urokinas plasminogen aktivator (UPAR) i bronchial carcinom. Analys med IHC Handledare Tomas Seidal Patologen Halmstad Projekt 23. Aspirinutlöst astma. Betydelse av cell-cellinteraktion Arbetet är laborativt och innebär framrening av humana blodkroppar och inkubering med receptormedierade stimuli och acetylsalicylsyra. Handledare Susanne Thornhamre Projekt 24. Effekt av kråkbär (empertrum nigrum) Djävulsklo (Harpagophytum procumbens) samt extrakt från te och kakao på tillväxten av colon cancer cell linjen HT29 Handledare Ingrid Persson, Jonny Wijkander och Ann Erlandsson Projekt 25 Effekt av kråkbär (empertrum nigrum) Djävulsklo (Harpagophytum procumbens) samt extrakt från te och kakao på prostaglandin E2 bildning i humana moncyter och makrofager. Handledare Ingrid Persson, Jonny Wijkander och Ann Erlandsson 26-27 Två projekt Metodjämförelse mellan Calmarks LD-test (hilda) och referensmetod på Klin. Kemi på CSK. Det är en bra och begränsad studie som laborativt kommer att pågå under 3veckor. Det finns bra handledning och ett färdigt studieprotokoll som bygger på CLSI riktlinjer. Studenterna får köra testerna och därefter (under handledning) räkna ut resultaten (regression, bland-altman plot etc) på materialet. Handledning: Calmark och Klin kemi (CSK) personal. Birgitta Sundström