KARAKTERISERING AV BLODGRUPPSGENEN RHD HOS PATIENTER MED SVAGT RhD- ANTIGENUTTRYCK
|
|
- Maja Ström
- för 6 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 KARAKTERISERING AV BLODGRUPPSGENEN RHD HOS PATIENTER MED SVAGT RhD- ANTIGENUTTRYCK LENA AXELSSON Examensarbete i biomedicinsk laboratorievetenskap, 15 hp Biomedicinska analytikerprogrammet Januari - mars 2016 Malmö högskola Hälsa och samhälle Malmö
2 KARAKTERISERING AV BLODGRUPPSGENEN RHD HOS PATIENTER MED SVAGT RhD- ANTIGENUTTRYCK LENA AXELSSON Axelsson, L. Karakterisering av blodgruppsgenen RHD hos patienter med svagt RhD-antigenuttryck. Examensarbete i biomedicinsk laboratorievetenskap, 15 högskolepoäng. Malmö högskola: Fakulteten för hälsa och samhälle, institutionen för biomedicinsk vetenskap, Rh-blodgruppssystemet är mycket komplext med 54 blodgruppsantigen som kodas av två nära varandra belägna gener på kromosom 1 RHD och RHCE. RHD-genen kodar för RhD-proteinet, ett membranbundet protein på erytrocyter vars antigen utgör de kliniskt viktigaste och mest immunogena efter ABOsystemets, och som kan ge upphov till transfusionskomplikationer och hemolytisk sjukdom hos foster och nyfödda. Vissa individer har varianter av RhD-protein som uttrycks svagare än normalt ( svaga D ), eller där vissa epitoper saknas ( partiella D ), och för vilka serologiska metoder inte kan ge enhetliga resultat. Detta orsakar problem vid blodtransfusion, graviditet och bloddonation, och leder ofta till användning av det redan knappa lagret av RhD-negativa blodenheter för att skydda patienten. I detta projekt har åtta prover med svaga RhD-antigenuttryck sekvenserats med avseende på RHD-genen i syfte att fastställa individernas RhDfenotyp. I sex av proverna hittades sex nukleotidpolymorfismer och två deletioner, som alla är sällsynta men dock är kända sedan tidigare. I två prover kunde inga mutationer i exon eller intilliggande intron påvisas som förklaring till de svaga uttrycken av RhD hos dessa individer. Nyckelord: blodgrupp, RHD, RhD-protein, sekvensering, svaga D 1
3 CHARACTERIZATION OF THE BLOOD GROUP GENE RHD IN PATIENTS WITH WEAK RhD ANTIGEN EXPRESSION LENA AXELSSON Axelsson, L. Characterization of the blood group gene RHD in patients with weak RhD antigen expression. Degree project in Biomedical Laboratory Science, 15 credit points. Malmö University: Faculty of Health and Society, Department of Biomedical Science, The Rh blood group system is very complex with 54 blood group antigens encoded by two adjacent genes on chromosome 1 RHD and RHCE. The RHD gene encodes the RhD protein, a membrane bound protein on erythrocytes whose antigens are the most clinically important and immunogenic after those of the ABO system, and which can result in transfusion complications and haemolytic disease of the fetus and newborn. Some individuals have variants of the RhD proteins that are expressed more weakly than normal ( weak D ), or have some of the epitopes missing ( partial D ), and for which serological methods cannot give a uniform result. This provides a problem in blood transfusion, pregnancy, and blood donation, and often results in the use of the already sparse supply of RhDnegative blood units for the safety of the patient. In this project, eight samples with weak RhD antigen expression have been sequenced with regard to the RHD gene in order to determine the RhD phenotype of the individuals. In six of the samples, six single nucleotide polymorphisms and two deletions were found, all of which are rare but are previously known. For two of the samples, no mutations in exons or adjacent introns could be detected to explain the weak expression of RhD in those individuals. Keywords: blood group, RHD, RhD protein, sequencing, weak D 2
4 INNEHÅLLSFÖRTECKNING BAKGRUND... 4 Blodgruppssystem... 4 Rh-blodgruppssystemet... 4 RHD-genen och RhD-proteinet... 5 Klinisk betydelse... 7 Syfte... 8 Etik... 8 METOD... 8 Sangersekvensering... 8 Primär PCR... 8 Gelelektrofores och eluering Sekvensreaktioner Sekvensering Analys Zygositetstest Realtids-PCR RESULTAT DISKUSSION SLUTSATS REFERENSER
5 BAKGRUND Blodgruppssystem Ett blodgruppsantigen är en molekyl eller en förändring på en molekyl på erytrocytens yta som kodas av en enda gen eller ett par mycket lika och nära varandra belägna gener, och som har visat sig ge upphov till antikroppsbildning hos minst en person [1]. När genen/generna för blodgruppsantigenet har identifierats kan det tillföras ett befintligt blodgruppssystem eller bilda ett nytt fanns det ca 340 verifierade blodgruppsantigen varav drygt 300 tillhörde något av 35 blodgruppssystem [1,2]. Vissa blodgruppsantigen förekommer inte bara på erytrocyter utan även på andra celltyper och dessa kallas oftast för histoblodgruppsantigen. Dessa kan ha stor betydelse vid transplantation av organ [1]. Gemensamt för i stort sett alla blodgruppssystem är att en individ som saknar ett visst blodgruppsantigen och som inte har transfunderats, transplanterats, eller varit gravid saknar naturliga antikroppar mot blodgruppsantigenet i fråga [1]. Olika blodgruppsantigen har varierande immunogenicitet, d.v.s. förmågan att orsaka antikroppsbildning är olika stark [1]. Funktionen hos många blodgruppsantigen är oklar, och det man vet har främst härletts från deras strukturer [1]. En del blodgruppsantigen fungerar som transportörer, t.ex. av urea och vatten över plasmamembranet (Kidd- respektive Colton-glykoproteinerna), andra fungerar som receptorer för t.ex. kemokiner (Duffy-glykoproteinet). Rh-blodgruppssystemets proteiner kan ha en funktion som koldioxidtransportörer [1]. Det är dock främst på grund av sina immunologiska egenskaper vid blodtransfusion, transplantation och graviditet som blodgruppsantigen är så viktiga inom sjukvården. Rh-blodgruppssystemet Rh-blodgruppssystemet beskrevs första gången 1939 av Levine och Stetson då en kvinna, som just fött ett dödfött barn, fick en kraftig hemolytisk reaktion efter att ha erhållit blod från sin make [1]. Antikroppar i hennes serum agglutinerade makens erytrocyter och 80% av ABO-kompatibla donatorers erytrocyter. Antigenet i fråga visade sig vara skiljt från de då kända blodgrupperna ABO, MN och P [1] immuniserade Landsteiner och Wiener kaniner med erytrocyter från rhesusapa [3]. Antikroppar från kaninserumet reagerade med rhesusapans erytrocyter och med erytrocyter från 85% av humana erytrocyter. Först trodde man att antikropparna, kallade anti-rh, reagerade med samma molekyl på erytrocyterna, Rh-faktorn, hos både människa och apa [3]. Efter 20 år och flera olika försök visade det sig vara två olika antigen på de humana erytrocyterna som antikropparna från människa respektive djur reagerade med [1]. Eftersom Rhfaktorn redan var förankrad inom forskningsvärlden som antigen som reagerade med humana antikroppar, fick det antigen som reagerade med antikroppar från djur byta namn till LW (efter Landsteiner och Wiener). Från 1963 utgör LW ett eget blodgruppssystem [1]. Rh-blodgruppssystemet är ett mycket komplext system bestående av 54 antigen som kodas av två nära varandra belägna gener på kromosom 1 [1,2] (figur 1). RHD-genen kodar för RhD-proteinet som uttrycker D-antigen, och RHCE-genen kodar för RhCE-proteinet som uttrycker antigenen C eller c tillsammans med E eller e [3]. Generna består av 10 exon vardera och ligger med 3`-ändarna mot varandra. De skiljs åt av genen transmembrane protein 50 A (TMEM50A, ca bp) och en Rhesusbox (Rh-box, ca 9000 bp) [4]. Det finns en Rh-box 4
6 belägen på vardera sidan om RHD-genen och de utgör två homologa DNAsegment. Hos D-negativa fenotyper där RHD-genen deleterats har en hybrid Rhbox bildats där 5 -änden utgörs av delar av Rh-boxen uppströms om RHD-genen och 3 - änden av delar av Rh-boxen nedströms om genen [4] D+ RHD Rhbox Rhbox TMEM50A RHCE D Figur 1. Generna RHD och RHCE med 10 exon vardera på kromosom 1 hos en typisk D- positiv (överst) och D-negativ (nederst) fenotyp. RHD, Rh-boxar och TMEM50A-genen har en 5-3 -riktning medan RHCE ligger i 3-5 -riktning. Vid en typisk D-negativ fenotyp är RHD och delar av vardera Rh-box deleterade och en hybrid Rh-box har bildats. Figur från Daniels [1]. RHD och RHCE med respektive protein är mycket lika varandra; de första 41 N- terminala aminosyrorna är identiska och det skiljer bara av totalt 417 aminosyror mellan proteinerna som helhet, beroende på RHCE-allel [3]. Båda proteinerna sitter i erytrocytens plasmamembran och passerar detta 12 gånger med både N- och C-terminala änden i cytoplasman [3], (figur 2 visar RhD). Rhproteinerna bildar tillsammans med Rh-associated glycoprotein (RhAG) en heterotrimer, troligen bestående av ett RhAG och två RhD eller RhCE, och närvaro av RhAG krävs för att de övriga två proteinerna ska uttryckas vid cellytan [1]. Flera ytterligare proteiner i erytrocyternas plasmamembran interagerar med RhD/RhCE och RhAG, och de bildar tillsammans det så kallade Rh-komplexet som kopplar ihop cellmembranet med cytoskelettet i erytrocyten [5]. RHD-genen och RhD-proteinet Individer som saknar RhD-proteinet klassificeras som D-negativa medan de med RhD-proteinet ses som D-positiva. Mer än 85% av befolkningen är D-positiva med variationer beroende på ursprung, till exempel är mer än 99% av individer med asiatiskt ursprung D-positiva [6]. Den vanligaste orsaken till avsaknad av RhD-proteinet är en deletion av hela RHD-genen homozygot [7]. Hos D-negativa individer med afrikanskt ursprung är det vanligt förekommande med en RHDpseudogen. Denna gen har en insertion av 37 baspar i exon 4 som antas ge ett för tidigt stoppkodon [6]. Utöver D-positiva och D-negativa fenotyper finns det också varianter med en befintlig RHD-gen men med ett svagt RhD-uttryck [8]. Det kan bero på kvantitativa förändringar, så kallade svaga D, eller kvalitativa förändringar i RhDproteinet, så kallade partiella D. För de flesta svaga D är den ena allelens RHD- 5
7 gen deleterad medan den andra allelens RHD-gen innehåller punktmutationer, ofta motsvarande de transmembrana eller intracellulära delarna av RhD-proteinet [9]. Figur 2. RhD-proteinets förväntade placering i erytrocytens cellmembran. Cirklarna representerar de 417 aminosyrorna. Svarta och grå cirklar motsvarar enstaka respektive återkommande aminosyraskiften i svaga D-typer presenterade av Wagner et al [9]. Figur från Wagner et al [9]. Det förekommer svaga D-fenotyper som har en allel med normal RHD-gen och en motsatt allel som saknar RHD-genen men uppvisar C i form av RHCE*Ce som har en nedtryckande effekt på den normala RHD-allelen [10]. Både punktmutationer och nedtryckande effekter kan leda till att det bildas ett RhD-protein med färre kopior eller med konformationsändring som stör dess kontakt med Rhkomplexet [8]. Detta ses serologiskt som svagt eller mycket svagt RhD-positivt med de flesta anti-d-reagenser, men eftersom proteinet har alla epitoper löper individen minimal risk att bilda antikroppar mot D-positiva erytrocyter vid transfusion [3]. DEL är en svag D-fenotyp med så svagt uttryck av D-antigen att det inte går att upptäcka med vanliga serologiska metoder utan måste analyseras med ett adsorptions- och elutionstest (därav namnet DEL, D-elution) [11]. Först inkuberas erytrocyterna tillsammans med monoklonala anti-d (adsorptionssteg). Sedan tvättas de antikroppar som inte fäst till erytrocyterna bort, och de som fastnat elueras av med en sur lösning. Dessa antikroppar analyseras sedan med D- positiva testceller och vid positiv reaktion kan man dra slutsatsen att D-antigenet finns på provets erytrocyter [11]. Partiella D orsakas oftast av hybridgener där delar av RHD-genen har bytts ut mot sekvenser från RHCE-genen på samma kromosom [9]. Vid partiella D påverkas en aminosyra som är lokaliserad på utsidan av erytrocytens membran [8]. Det resulterar i att enstaka eller flera epitoper saknas. Erytrocyterna ser serologiskt ut att vara RhD-positiva med de flesta anti-d-reagenser som används idag, d.v.s. de flesta antikroppar mot D-antigen binder till de kvarvarande epitoper som finns i RhD-proteinet. Vid transfusion kan dock individerna bilda antikroppar mot de RhD-epitoper som deras egna erytrocyter saknar men som förekommer på givar- 6
8 blodets erytrocyter [3]. Gränsen mellan svaga D och partiella D kan i vissa fall vara svår att definiera och undantag vad gäller antikroppsbildning förekommer hos båda [1]. Därför anser vissa att uppdelningen i svaga D och partiella D är överflödig och att de gemensamt ska kallas för D-varianter. Färre än 1% av den D-positiva befolkningen med europeiskt ursprung är D-svaga [9] fanns över 80 olika varianter av D-svaga fenotyper, och varje år upptäcks fler [12]. Med den nuvarande terminologin är de vanligast förekommande svaga D-fenotyperna namngivna enligt tabell 1. Antigendensiteten, mätt med flödescytometri, är generellt låg (<2000 antigen/erytrocyt) jämfört med antigen/erytrocyt hos de vanligaste D-fenotyperna [13]. När Nordiskt referenslaboratorium för blodgruppsgenomisk typning (NRLBGT) i Lund analyserar prover med frågeställning om RhD-fenotyp utförs analyser för att upptäcka D-svag typ 1-5 samt RHD-pseudogenen 1. Tabell 1. De fem vanligaste RhD-svaga fenotyperna [9]. Antigendensiteten var uppmätt med flödescytometri [10]. Namn Polymorfism Antigendensitet [10] % av (antigen per cell) D-svaga D-svag typ T>G ,29 D-svag typ G>C ,01 D-svag typ 3 8 C>G ,19 D-svag typ C>G, 667 T>G, 819 G>A ,3 D-svag typ C>A 311 0,84 Klinisk betydelse RhD-antigenet är näst efter ABO-antigenen det kliniskt viktigaste blodgruppsantigenet på grund av sin höga immunogenicitet, som orsakar immunreaktioner hos 30-80% av D-negativa individer som transfunderas med D-positivt blod [1]. Anti-D-bildning är den främsta orsaken till hemolytisk sjukdom hos foster och nyfödda (haemolytic disease of the fetus and newborn, HDFN), vilket är följden av att en D-negativ mor har burit ett D-positivt foster [1]. Fetal RHD-screen, där cell-fritt DNA från fostret analyseras i plasma från perifert taget blod från modern, används från vecka 11 i graviditeten för att upptäcka D-positiva foster hos D- negativa mödrar. Om fostret är D-positivt finns risk att modern immuniseras i slutskedet av graviditeten, och därför ges modern Rh-profylax i vecka [1]. Det är av stor betydelse att kunna hitta RhD-varianter med svagt uttryck, som riskerar att se negativa ut vid vanlig serologi men uttrycker RhD-protein, för att kunna ge råd inför blodtransfusioner och att göra rätt bedömning om RhDprofylax under graviditet samt efter förlossning bör ges. Än så länge så testas D- svaga individer för de fem vanligaste svaga D-typerna och för RHD-pseudogenen. De prover som analyserades i detta projekt passade inte in under någon av dessa grupperingar. En fråga som infann sig var om det utöver D-svag typ 1-5 kunde 1 Personlig kommunikation: Hellberg Å, leg biomedicinsk analytiker, NRLBGT, Lund (1) 7
9 finnas en D-svag fenotyp som är vanligt förekommande hos individer i södra Sverige, varifrån proverna kom. En karakterisering av den svaga D-fenotypen bland befolkningen i södra Sverige skulle ge bättre möjligheter för sjukvården här att optimera användandet av de befintliga blodresurserna och gynna patienterna. Syfte Att analysera prover med svagt RhD-uttryck avseende RHD-genen för att kunna fastställa deras D-fenotyp. Etik Prover som analyserades i detta examensprojekt kom från individer som lämnat blodprov för karakterisering av sin RhD-status. Detta projekt fortsatte med utredningen av individernas RhD-status och ingick på så sätt i den pågående kliniska utredning för vilka proverna remitterats. METOD DNA från blodprover tagna i EDTA-rör som remitterats från olika kliniker i södra Sverige till NRLBGT vid Skånes universitetssjukhus (SUS) i Lund för undersökning av deras RhD-status mellan användes. DNA hade preparerats av NRLBGT med en avsaltningsmetod anpassad för små provvolymer modifierad från Miller et al [14]. Koncentrationen hade mätts spektrofotometriskt med NanoDrop 2000c (Thermo Scientific, Waltham, MA). För vidare analys späddes DNA med sterilt vatten till 100 ng/µl och förvarades i 25 o C. Samtliga prover var avidentifierade vid urval och analys och kunde bara kopplas till patienten av handledarna. Från de remitterade proverna valdes individer med RhD-svagt uttryck, vars prover genomgått serologisk rutinanalys, d.v.s. analys av erytrocyternas reaktioner med anti-d-reagenser, och genomisk analys för de fem vanligaste svaga D-fenotyperna (D-svag typ 1-5) och RHD-pseudogenen utan att ha gett tydliga och enhetliga resultat. Urval efter dessa kriterier gav nio prover, varav tre innehöll alltför lite DNA-material för analys. Under arbetets gång tillkom två prover som skickats till NRLBGT för utredning av RhD-status. Sammantaget analyserades åtta prover. Proverna hade vid tidigare serologiska analyser uppvisat svaga och otydliga reaktioner avseende D-fenotypen, med undantag för prov 8 som serologiskt var D-negativ men som uppvisat maternellt RHD vid fetal RHD-screen. Sangersekvensering För sekvensering av RHD användes metoder som var väl beprövade av NRLBGT och som använts i varierande former i tidigare publikationer, t.ex. Gassner et al, [15], Garcia et al, [16], och Silvy et al [17]. Primär PCR RHD-genens 10 exoner amplifierades med primär PCR (GeneAmp 2700 och 2720 ThermalCycler, Applied Biosystems, Foster City, CA) enligt följande program: TaqPolymeras Gold aktiverades vid 95 o C i 15 minuter, därefter följde 38 cykler med 95 o C i 45 sekunder, 60 o C i 1 minut, 72 o C i 1,5 minuter, och programmet avslutades med 72 o C i 7 minuter. Tabell 2 visar innehållet i reaktionsmixen som användes i vardera reaktionen med en slutvolym på 21 µl. Efter ungefär vart fjärde prov med 10 exoner i varje sattes en negativ kontroll med sterilt vatten 8
10 istället för DNA för att kontrollera att reagensen inte kontaminerats med okänt DNA. De framåt (forward; F)- respektive bakåtgående (reverse; R) primers som användes var specifika för respektive exon med intilliggande regioner (DNA Technology A/S, Aarhus, Danmark; Invitrogen, Life Technologies, Carlsbad, CA) och listas i tabell 3. Tabell 2. Reaktionsmix för exonspecifik PCR av RHD-genen. För varje reaktion sattes nedanstående volymer till ett PCR-rör till en slutvolym på 21 µl. Ungefär efter vart fjärde prov med vardera 10 exoner genomfördes en negativ kontroll med sterilt vatten istället för DNA. Reagens Volym (µl) Fabrikat Sterilt vatten 15 Fresenius Kabi, Uppsala, Sverige 10 x buffert (15 mm Mg 2+ ) 2 Applied Biosystems dntp (100 mm) 0,5 Thermo Scientific 25 mm Mg 2+ -lösning 0,25 Applied Biosystems TaqGold Polymerase (5U/ µl) 0,25 Applied Biosystems DNA / sterilt vatten 1 Fresenius Kabi, Uppsala, Sverige Primer F 1 Primer R 1 Från DNA Technology A/S och Invitrogen, Life Technologies. Tabell 3. Primers (DNA Technology A/S; Invitrogen, Life Technologies) spädda till 20 pmol/µl använda vid exonspecifik amplifiering av RHD-genen med PCR. Till varje exon användes en framåtgående (forward; F) och en bakåtgående (reverse; R) primer. Exon Primer-ID Primersekvens 5 ->3 Amplicon (bp) 1 101FMAPH GCCGCGAATTCACTAGTGCCATAGAGAGGCCAGCACAA RMAPH2 GGCCGCGGGAATTCGATTTGCCCCTGGAGAACCAC 2 RHDX2MAPHF GCCGCGAATTCACTAGTGCCAAATACTTGTAAACGATCTTGC 570 RHDX2MAPH2R GGCCGCGGGAATTCGATTGAATTTTAAACAATGAATAATCTTGTAGT 3 303FMAPH GCCGCGAATTCACTAGTGTCCTGGCTCTCCCTCTCT RMAPH2 GGCCGCGGGAATTCGATTGTTGTCTTTATTTTTCAAAACCCT 4 RHDX4MAPHF GCCGCGAATTCACTAGTGACTATCAGGGCTTGCCCCG 286 RHX4MAPH2R ǂ GGCCGCGGGAATTCGATTCTGAGCCATTCTGCTCAGC 5 RHX5MAPHF ǂ GCCGCGAATTCACTAGTGGGAGTGTGATTCTGGCCAAC 408 RHDX5MAPH2R GGCCGCGGGAATTCGATTGTGACCACCCAGCATTCTA 6 601FMAPH GCCGCGAATTCACTAGTGAGTAGTGAGCTGGCCCATCA RMAPH2 GGCCGCGGGAATTCGATTCTTCAGCCAAAGCAGAGGAG 7 702FMAPH GCCGCGAATTCACTAGTGCTGGGACCTTGTTAGAAATGCTG RMAPH2 GGCCGCGGGAATTCGATTCAAGGTAGGGGCTGGACAG 8 801FMAPH GCCGCGAATTCACTAGTGCTGGAGGCTCTGAGAGGTTGAG RMAPH2 GGCCGCGGGAATTCGATTGGCAATGGTGGAAGAAAGG 9 901FMAPH GCCGCGAATTCACTAGTGACTGTCGTTTTGACACACAAT RMAPH2 GGCCGCGGGAATTCGATTTGTCACCCGCATGTCAG 10 RHDX10MAPHF GCCGCGAATTCACTAGTGCAAGAGATCAAGCCAAAATCAGT 355 RHDX10MAPH2R GGCCGCGGGAATTCGATTGTGGTACATGGCTGTATTTTATTG ǂ ej specifik för RHD men gemensam för RHD och RHCE. Denna metod amplifierar RHD-genen specifikt genom att de polymorfismer som skiljer RHD-genens intron från RHCE-genens intron har använts vid design av primers. Början av varje F-respektive R-primer består av sekvenser från genen Microtubule-Associated Protein Homolog (MAPH) som förekommer i 9
11 Caenorhabditis elegans, en rundmask, och alltså är helt orelaterad till RHD-genen [18]. Efter PCR-reaktionen har alla amplicon gemensamma sekvenser i början, oavsett exon. Gelelektrofores och eluering Produkter från primär PCR och storleksmarkören ΦX174/HaeIII (Thermo Scientific) överfördes på en 3% agarosgel (SeaKem, FMC Bioproducts, Rockland, ME) beredd enligt företagets instruktioner och färgad med Sybr Safe DNA Gel Stain (Invitrogen) som binder in till DNA. Separation av DNA-fragmenten skedde vid 150 V under 30 min (Maxicell EC 340, Applied Biosystems). Därefter fotograferades gelen i ultraviolett belysning i Multilmage Light Cabinet (Alpha Innotech). DNA-banden skars ut ur gelen och DNA extraherades med QIAquick Gel Extraction Kit 250 (QIAGEN GmbH, Hilden, Tyskland) enligt företagets instruktioner. En slutvolym på 30 µl eluat erhölls för varje exon och prov. Sekvensreaktioner Ett sekvenseringskit (Big Dye Terminator v3.1 Cycle Seqencing Kit, Applied Biosystems) användes enligt företagets instruktioner för att märka in nukleotider med olikfärgade fluorokromer i sekvensreaktioner. Utöver sekvenseringslösningarna och eluerat DNA sattes 1 µl av antingen MAPH-primern eller MAPH2-primern (DNA Technology A/S) till varje reaktionskärl (tabell 4). Eftersom alla amplicon av exonerna hade MAPH-genen i F-eller R-form i början av sekvensen så kunde en primer användas till alla prover oavsett exon. Initialt analyserades varje prov med endast en primer, t.ex. F-primern. Vid dåliga eller ofullständiga sekvenser applicerades den andra primern, d.v.s. R i det angivna exemplet, till nya sekvensreaktioner. Sekvensreaktionerna utfördes i ett PCRsystem (GeneAmp 2700 och 2720 ThermalCycler, Applied Biosystems) med följande program: aktivering vid 96 o C i 30 sekunder, därefter 25 cykler med 96 o C i 10 sekunder, 50 o C i 5 sekunder, och 60 o C i 2 minuter. Tabell 4. Primers (DNA Technology A/S) baserade på genen Microtubule-Associated Protein Homolog (MAPH) vilka användes vid sekvensreaktionerna. Koncentration 1 pmol/µl. Primer-ID Riktning Primersekvens 5 ->3 MAPH Forward GCCGCGAATTCACTAGTG MAPH2 Reverse GGCCGCGGGAATTCGATT Sekvensering Produkterna från sekvensreaktionerna applicerades på en mikrotiterplatta. För sekvensering användes kapillär elektrofores (3500 Dx Genetic Analyzer, Applied Biosystems) med polymeren POP7 och åtta kapillärer [19]. Vid passage genom en laserstråle exciteras fluorokromerna som bundit till nukleotiderna under sekvensreaktionerna. Det emitterade ljuset detekteras och presenteras i dataprogrammet CodonCode Aligner (CodonCode Corporation, Centerville, MA) som sekvenser med bokstäver samt som ett kromatogram med relativa intensiteten på y-axeln (figur 3). De fyra nukleotiderna ger upphov till var sin färg A = grön, C = blå, G = svart, och T = röd. 10
12 Figur 3. Sekvens (överst) och kromatogram från DNA-sekvensering av RHD exon 4, från prov 1 (visar ej exakt samma plats i sekvensen). Den gröna raden överst återger referenssekvensen för RHD exon 4 enligt National Center for Biotechnology Information (NCBI), medan raden under visar provets sekvens. Färgerna i kromatogrammet motsvarar de fyra nukleotiderna. A = grön, C = blå, G = svart, T = röd. Höjden på kurvorna anger den relativa intensiteten av det emitterade ljuset. Analys De erhållna sekvenserna analyserades manuellt med CodonCode Aligner och jämfördes med referenssekvenser för RHD-genen (transcript-id ENST ) enligt National Center for Biotechnology Information (NCBI). Utöver kodande delar av exonet analyserades 50 baspar före och efter exonet. Initialt användes endast en primer vid sekvensreaktionen (F eller R), men vid dålig eller inkomplett sekvens upprepades reaktionen med den andra primern. Vid fynd som polymorfism eller deletioner i sekvensen verifierades dessa med ny PCR från ursprungs-dna följt av både F- och R-primers vid sekvensreaktionen. Zygositetstest Ett prov innehöll två alleler enligt sekvenseringsanalysen. För att bekräfta detta genomfördes zygositetstest (om provet är heterozygot eller homozygot för en gen) med realtids-pcr. Realtids-PCR Realtids-PCR utfördes med 7500 Real Time PCR System (Applied Biosystems) med följande program: 50 o C i 2 minuter, 95 o C i 10 minuter, följt av 45 cykler med 95 o C i 15 sekunder och 60 o C i 1 minut [20]. En standardkurva upprättades genom spädning i serie av homozygot RHD-positivt DNA med känd koncentration. Tre kontroller användes - en homozygot RHD-positiv, en heterozygot RHD-positiv, och en homozygot RHD-negativ. 20 µl av reaktionsmix enligt tabell 5 blandades till 5 µl av DNA från proverna. Alla prover sattes i tripletter. Tabell 5. Reaktionsmix för realtids-pcr med totalvolym 20 µl. För varje prov sattes nedanstående volymer och 5 µl DNA till ett PCR-rör. Reagens Volym (µl) Fabrikat Sterilt vatten 0,6 Fresenius Kabi TaqMan Universal Master Mix 12,5 Applied Biosystem RHDex7 mix 4,5 Albumin mix 1,5 RHDex7 probe 0,5 Albumin probe 0,4 Från DNA Technology A/S och Invitrogen, Life Technologies. 11
13 RESULTAT I sex av de analyserade proverna hittades åtta olika mutationer i form av single nucleotide polymorphisms (SNPs) (n=6) och deletioner (n=2) varav alla fanns beskrivna i tidigare publikationer. Tabell 6 sammanfattar information om mutationerna samt förknippade RHCE-genotyper i tidigare fall (om angivet) och i denna kohort. Tabell 6. Molekylära förändringar funna i de analyserade proverna. Aminosyraskifte anges enligt formen ursprungsaminosyra kodon ny aminosyra. Prov Polymorfism Exon Aminsyra- Beteckning Alternativt RHCE-genotyp RHCE-genotyp skifte (enligt ISBT 0 ) namn (tidigare beskriven) (patient) T>G 10 Phe410Val D-svag typ 78 RHCE*Ce/*ce RHCE*Ce/*ce T>C 8 Leu382Pro D-svag typ 92 RHCE*Ce/*ce RHCE*Ce/*ce C>T 2 Arg70Trp RHCE*Ce/*ce 3 IVS5-38 del4 6 EA DEL RHCE*Ce/*ce RHCE*Ce/*ce T>A 9 Tyr401X RHD*01N.22 DEL, D-neg ǂ RHCE*cE/*ce RHCE*cE/*ce 6 IVS8-31 T>C 9 EA DEL RHCE*Ce RHCE*cE/*ce G>C 7 Gly336Arg RHD*01W.58 D-svag typ 58 RHCE*Ce/*ce RHCE*Ce/*ce 8 487del ACAG 4 FS RHD*01N delAGAC, RHCE*Ce/*Ce RHCE*Ce/*ce D-neg ǂ 0 International Society of Blood Transfusion (ISBT). IVS: intervening sequence. del: deletion. EA: ej applicerbart. FS: frame shift (läsramsskifte). Ingen beteckning enligt ISBT finns. ǂ DEL-fenotyp har inte uteslutits med elution/adsorptionsanalys. : finns ej angivet. Tre av proverna innehöll var sitt nukleotidbyte som gav upphov till ett aminosyraskifte. Prov 1 innehöll 1228 T > G som leder till aminosyraskiftet fenylalanin till valin. Detta aminosyraskifte påverkar början av exon 10 som är beläget i det sista, cytoplasmatiska segmentet av RhD-proteinet. Förändringen har tidigare beskrivits av Silvy et al [21] hos två individer i Frankrike vars erytrocyter reagerade svagt positivt (+ av max ++++) i ett indirekt antiglobulintest med två olika monoklonala anti-d, men var helt negativa i ett direkt agglutinationstest utfört med bromelinbehandlade erytrocyter (för ökad reaktivitet med antikroppar). Densiteten av D- antigen på erytrocyter med allelen RHD(Phe410Val) uppmättes med flödescytometri till att vara mycket låg, 42 antigen/erytrocyt jämfört med antigen/erytrocyt hos vanligt förekommande D-fenotyper [13,17]. Förändringen 1145 T > C som hittades i prov 2, där leucin bytts till prolin, beskrevs första gången 2012 av Wikman et al [22] i en prospektiv fetal RHDstudie på gravida, serologiskt RhD-negativa kvinnor i Stockholmsområdet. På 10 av de totalt 4118 insamlade proverna utfördes genomisk typning eftersom det inte gått att bestämma fetalt RHD p.g.a. misstänkt maternellt RHD, d.v.s. de serologiskt RhD-negativa mödrarna bar på RHD-genen. Denna typning utfördes av NRLBGT i Lund, men provet från studien 2012 var inte samma individ som hittades i detta examensprojekt. Både provet från 2012 och i detta projekt hade genotypen RHCE*Ce/*ce och tolkades serologiskt som D-svaga. Två år senare (publicerat 2015) hittades samma SNP i ett finskt prov, också med RHCE*Ce/*ce, 12
14 vars D-fenotyp inte gått att bestämma serologiskt [16]. Prov 7 innehöll 1006 G > C vilken gav upphov till aminosyrabytet glycin till arginin. Mutationen har tidigare hittats hos fem individer i Frankrike med oklara D-fenotyper och kopplas till RHCE*Ce/*ce [17,23], vilket är samma RHCE-genotyp som i prov 7. Erytrocyter med allelen RHD(Gly336Arg) har mycket låg antigendensitet med < 22 antigen/cell [17]. I prov 3 sågs en dubbeltopp på kromatogrammet i position 208, exon 2 (figur 4). Den ena toppen motsvarade koncensussekvensen ( C ) och den andra utgjorde en SNP C > T. Detta antydde att individen hade två RHD-gener, en normal och en muterad. Efter zygositetsanalys med realtids-pcr visade sig provet vara heterozygot för RHD-genen, d.v.s. endast en RHD-gen fanns. Mutationen 208 C > T med allelskiftet arginin till tryptofan finns beskriven hos en individ i Frankrike där serologisk analys med olika reagens inte kunde ge en enhetlig bild av D- fenotypen [24]. Figur 4. Kromatogram från prov 3, exon 2. En dubbeltopp i position 208 (siffror i figuren stämmer inte) med både C och T antyder att det finns två alleler i detta prov. Figur från CodonCode Aligner. I samma prov förekom även en deletion av fyra nukleotider (CTCT) i intron 5, RHD IVS5-38del4. Först beskriven som det enda fyndet i ett DEL-prov, med en antigendensitet på < 22 antigen/erytrocyt, och därför misstänkt som orsaken till denna DEL-variant [11], visade sig deletionen i senare publikationer förekomma i flera prover med varierande D-antigenuttryck, från DEL till D-fenotyper med normal antigenstyrka [25]. Prov 6 innehöll två förändringar - en SNP i slutet av exon 9 och en SNP i intronet uppströms om exon 9. Mutationen i den kodande delen av exon 9, 1203 T > A, ligger nära 3 -änden av genen och resulterade i ett byte från TAT (aminosyran tyrosin) till ett icke-kodande stoppkodon, TAA. Förändringen har hittats både hos en serologiskt D-negativ individ med ursprung i Ryssland (DEL har dock inte uteslutits med elution/adsorptionsanalys) som hade en till synes normal RHD-gen [15] och i ett DEL-prov från Tyskland [26]. Båda proverna hade genotypen RHCE*cE/*ce vilket också var fallet med provet i detta projekt. Den andra mutationen i samma prov, nukleotidbytet T > C i intron 8, har tidigare kopplats ihop med DEL-fenotypen [27]. 13
15 I prov 8 hittades en deletion av fyra nukleotider precis i övergången mellan intron 3 och exon 4. Deletionen ledde till ett läsramsskifte som efter tre förändrade aminsoyror gav upphov till ett stoppkodon (TGA). Samma deletion har hittats hos en D-negativ individ från Australien [28,29]. I samtliga prover hittades två SNPs i intronen som omgav exon 2; en beskriven som IVS1-29 G>C belägen före exon 2, och en SNP 139 nukleotider efter exon 2 (A > C). IVS1-29 G>C hittades i ett DEL-prov i Polen med RHCE*Ce/*ce [30]. Förändringen A > C lokaliserad 139 nukleotider in i intron 3 kunde inte hittas i litteraturen. Vid jämförelse med andra prover som tidigare analyserats på NRLBGT med avseende på RHD-genen, med varierande svaga D-fenotyper, kunde båda SNPs ses kring exon 2 1. I två prover hittades inga molekylära förändringar, mer än SNPs IVS1-29 G>C och A > C lokaliserad 139 nukleotider efter exon 2, som kunde förklara provernas svaga serologiska svar. Även vid andra undersökningar har liknande fynd gjorts [15] där skälet till D-svaga resultat förblivit oklar. DISKUSSION De flesta svaga D-fenotyper har visat sig ha mutationer i transmembrana eller intracellulära segment av RhD-proteinet [9,24] (se figur 2). Mutationerna 1006 G > C och 1145 T > C i prov 7 respektive 2 ligger båda i en transmembran del av proteinet, och förändringar här skulle kunna påverka den sekundära och tertiära strukturen på RhD-proteinet [8]. Det skulle i sin tur kunna störa stabiliteten i Rh-komplexet som RhD-proteinet är en del av, och eventuellt leda till att protein med antigen inte kan stanna kvar i membranet [8]. Det skulle förklara den låga antigendensiteten som uppmättes i prover med SNP 1006 G > C (<22 antigen/cell) [17] och det svaga serologiska svar som proverna uppvisat T > G i prov 1 är istället placerad i början av exon 10 som ligger på den cytoplasmatiska sidan av cellmembranet. Denna del av proteinet är viktig i kontakten mellan Rh-komplexet och erytrocytens cellskelett, och förändringar här har gett upphov till svaga uttryck av D-antigen [5]. Även här kan det misstänkas att stabiliteten i Rh-komplexet har minskat. Den muterade nukleotiden är troligen en del av intron 9s splice site och kan därmed också ha en påverkan på splitsningen av pre-mrna till moget mrna. Liknande förändringar i splice sites har gett felaktiga mrna som resulterat i mindre mängd normalt RhD-protein i erytrocyternas membran [31]. Den låga antigendensitet som uppmätts på erytrocyter med SNP 1228 T > G, 42 antigen/cell, stämmer väl överens med dessa fynd [17]. I två av proverna förekom två mutationer (487del ACAG och 1203 T > A) som båda ledde till för tidigt placerade stoppkodon, men förändringarna verkar kopplade till olika D-fenotyper. I prov 8 orsakade en deletion av fyra nukleotider i början av exon 4 ett läsramsskifte som ledde till ett stoppkodon. Detta hindrar translationen av mer än halva mrna, och ett så trunkerat RhD-protein kan troligen inte fungera i ett Rh-komplex i cellmembranet. Det kan stämma med 1 Personlig kommunikation: Hellberg Å, leg biomedicinsk analytiker, NRLBGT, Lund (1) 14
16 tidigare fynd där individen var serologiskt D-negativ (DEL uteslutet) med en enda, muterad RHD-allel [28], och med den serologiska bilden av prov 8 (Dnegativ). Individen bakom prov 6 var serologiskt D-svag, och tidigare fynd av mutationen 1203 T > A har kopplats till DEL-fenotypen vilken har ett väldigt lågt uttryck av D-antigen [26] T > A leder till ett stoppkodon i den avslutande, cytoplasmatiska svansen av RhD-proteinet. Avsaknaden av de sista 16 aminosyrorna i proteinet kan påverka Rh-komplexets interaktion med cellskelettet och minska RhD-proteinets uttryck i membranet, men troligen inte i samma omfattning som förändringen i prov 8 [5,15]. Prov 6 innehöll dessutom en annan mutation, IVS8-31C>T, som även den är kopplad till DEL-fenotypen [27]. Den sitter troligen i en splice site som kan påverka produktionen av ett korrekt, moget mrna [32]. I detta prov går det inte att avgöra om båda mutationerna tillsammans påverkat uttrycket eller om någon av dem har större inverkan. Prov 3 utgör ett mindre mysterium. För det första innehåller det en deletion i intron 5, RHD IVS5-38del4, som initialt misstänktes orsaka DEL-varianter [11] men som senare återfunnits i många prover med normalt uttryck av D-antigen [25]. Förändringen verkar vanligare i vissa RHD-alleler medan den förekommer väldigt sällan i andra. Överlag verkar mutationen vara vanligt förekommande den har hittats i flera prover från både Europa och Asien och den anses vara en normalvariation utan betydelse för D-antigenuttrycket [25]. För det andra ses en dubbeltopp i position 208 i prov 3 som antyder att det finns två alleler i individen, en med normal och en med muterad RHD-gen. Mutationen 208 C > T har tidigare beskrivits hos en individ där D-fenotypen inte gått att bestämma [24]. Två alleler i samma prov är dock inte förväntat eftersom de flesta svaga D-fenotyper endast har en muterad RHD-allel medan den andra allelen saknas [9]. Resultatet från sekvenseringen skulle kunna bero på att sekvenser från både RHD- och RHCE-genen har amplifierats om primers bundit in fel. De båda generna är homologa med endast enstaka nukleotider som skiljer dem åt. Primers var dock konstruerade för att vara RHD-specifika, och 208 utgör inte en av de positioner där nukleotiderna skiljer generna åt. Inte heller är övriga positioner med RHCEspecifika nukleotider förändrade i prov 3. De dubbla allelerna skulle kunna innebära att den muterade varianten är dominant över den icke-muterade allelen, eller att det förekommer en mutation i den normala allelens sekvens, utanför det område som analyserats, som försvagar dess uttryck till förmån för 208 C > T- mutationen. Det som ytterligare förvirrar tolkningen av resultatet är att zygositetsanalysen med realtids-pcr ger vid handen att det bara finns en allel i provet! Analys med ytterligare en metod bekräftade att provet var heterozygot för RHDgenen. Ytterligare analyser krävs för att klargöra detta. Tidigt i projektet hittades en mutation i exon 9, 1136 C > T, som verkade återkomma i alla prover. Vid jämförelse av den referenssekvens för RHD-genen som användes i CodonCode Aligner (inhämtad från NCBI innan detta projekt påbörjades) och den sekvens som idag anges som koncensus av NCBI upptäcktes en skillnad vid just position Koncensusnukleotiden var T, inte C, och således förekom inte någon mutation i position 1136 i proverna. Efter detta uppdaterades referenssekvensen i CodonCode Aligner. Med detta i bakhuvudet är det ofrånkomligt att notera de mutationer som hittades i samtliga prover omkring exon 2. Enligt den aktuella referenssekvensen från NCBI är mutationerna verkliga. Av dessa två finns endast den ena, IVS1-29 G>C, beskriven sedan tidigare i en DEL-fenotyp [30]. Mutationen finns både i prover med RHCE*cE/*ce (prov 6) och med RHCE*Ce/*ce (prov 1-5, 7-8, Orziñska et al [30]). En tanke är att denna mutation, eller den belägen 139 nukleotider efter exon 15
17 9, skulle kunna vara placerad i en splice site, liksom IVS8-31C>T, och därmed påverka syntesen av mrna. Det har dock inte funnits information som stöder detta. Det verkar osannolikt att just de åtta prover som analyserats under detta projekt, och som i sex av fallen har andra mutationer dessutom, och de prover som tidigare analyserats på NRLBGT skulle ha likadana, dubbla mutationer. Mer troligt är att den koncensussekvens som anges av NCBI är baserad på individer med annan sekvens än den som är vanligast i Norden. Med detta sagt är det också sannolikt att de två mutationerna kring exon 2 inte påverkat uttrycket i de två prover som i övrigt saknade mutationer. Även vid andra, liknande undersökningar har det förekommit prov där skälet till D-svaga resultat förblivit oklart [15]. SLUTSATS Syftet med detta projekt var att analysera RHD-genen i prover med svagt RhDuttryck, där D-fenotypen inte gått att fastställa och screening för de fem vanligaste svagt uttryckande RHD-allelerna utfallit negativt. En förhoppning var att kunna finna en mutation som förekom hos flera av de analyserade proverna. Om så var fallet kunde en metod arbetas fram för analys av denna förändring som sedan kunde läggas till de fem D-svaga typerna som redan analyseras rutinmässigt på NRLBGT. Redan tidigt insågs det osannolika i detta, då endast åtta prover visade sig passa in i urvalskriterierna. I slutändan var det tillfredsställande nog att hitta kända mutationer som förklarade det svaga uttrycket av D-antigen hos sex av individerna. Den oerhörda komplexitet som omger Rh-blodgruppssystemet framstår med all önskvärd tydlighet; två prover saknade molekylär förklaring till det svaga RhD-uttrycket och samtidigt hittas hela tiden nya svaga D-alleler. 16
18 REFERENSER 1. Daniels G, (2013) Human Blood Groups. Third edition. Wiley-Blackwell. 2. ISBT, (2014) Table of blood group antigens v4.0. > 2015/red%20cells/links%20tables%20in%20introduction%20text/Table%20blood %20group%20antigens%20within%20systems%20v4.0% pdf< ( ) 3. Avent N D, Reid M E, (2000) The Rh blood group system: a review. Blood, 95 (2), Wagner F F, Flegel W A, (2000) RHD gene deletion occured in the Rhesus box. Blood, 95, Nicolas V, Mouro-Chanteloup I, Lopez C, Gane P, Gimm A, Mohandas N, Cartron J P, Le Van Kim C, Colin Y, (2006) Functional interaction between Rh proteins and the spectrin-based skeleton in erythroid and epithelial cells. Transfusion clinique et biologique, 13, Singleton B K, Green C A, Martin P G, Smart E, Daka A, Narter-Olaga E G, Hawthorne L M, Daniels G, (2000) The presence of an RHD pseudogene containing a 37 base pair duplication and a nonsense mutation in Africans with the Rh D-negative blood group phenotype. Blood, 95(1), Wagner F F, Frohmajer A, Flegel W A, (2001) RHD positive haplotypes i D negative Europeans. > ( ) 8. Flegel W A, (2007) The genetics of the Rhesus blood group system. Blood Transfusion, 5, Wagner F F, Gassner C, Müller T H, Schönitzer D, Schunter F, Flegel W A, (1999) Molecular basis of weak D phenotypes. Blood, 93(1), Wagner F F, Frohmajer A, Ladewig B, Eicher N I, Lonicer C B, Müller T H, Siegel M H, Flegel W A, (2000) Weak D alleles express distinct phenotypes. Blood, 95(8), Wagner T, Körmöczi G F, Buchta C, Vadon M, Lanzer G, Mayr W R, Legler T J, (2005) Anti-D immunization by DEL red blood cells. Transfusion, 45, Ye L, He Y, Gao H, Guo Z, Zhu Z, (2013) Weak D phenotypes caused by intronic mutations in the RHD gene: four novel weak D alleles identified in the Chinese population. Transfusion, 53, Reid M E, Lomas-Francis C, Olsson M L, (2012) The blood group antigen facts book. Third edition. Elsevier Ltd 17
19 14. Miller S A, Dykes D D, Polesky H F, (1988) A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Research, 16, Gassner C, Doescher A, Dovc Drnovsek T, Rozman P, Eicher N I, Legler T J, Lukin S, Garritsen H, Kleinrath T, Egger B, Ehling R, Körmöczi G F, Kilga- Nogler S, Schoenitzer D, Petershofen E K, (2005) Presence of RHD in serologically D- C/E+ individuals: a European multicenter study. Transfusion, 45, Garcia F, Rodriguez M-A, Goldman M, Azcarate M-N, Rodriguez M-I, Muniz-Diaz E, Puente F, Alshatti H, Haimila K, Molano A, Garaizar A, Ochoa- Garay G, (2015) New RHD variant alleles. Transfusion, 55, Silvy M, Chapel-Fernandes S, Callebaut I, Beley S, Durousseau C, Simon S, Lauroua P, Dubosc-Marchenay N, Babault C, Mouchet C, Ferrera V, Chiaroni J, Bailly P, (2012) Characterization of novel RHD alleles: relationship between phenotype, genotype, and trimeric architecture. Transfusion, 52, NCBI, (2016) Maph-1.1 Microtubule-Associated Protein Homolog [ Caenorhabditis elegans] > ( ) 19. Applied Biosystems, (2009) Applied Biosystems 3500Dx/3500 xl Dx Genetic Analyzer User Guide. Life Technologies Corporation. 20. Grootkerk-Tax M G, Masskant-van Wijk P A, van Drunen J, van der Schoot C E, (2005) The highly variable RH locus in nonwhite persons hampers RHD zygosity determination but yields more insight into RH-related evolutionary events. Transfusion, 45 (3), Silvy M, Simon S, Gouvitsos J, Di Cristofaro J, Ferrera V, Chiaroni J, Bailly P, (2011) Weak D and DEL alleles detected by routine SNaPshot genotyping: identification of four novel RHD alleles. Transfusion, 51, Wikman A T, Tiblad E, Karlsson A, Olsson M L, Westgren M, Reilly M, (2012) Noninvasive single-exon fetal RHD determination in a routine screening program in early pregnancy. Obstetrics & Gynecology, 120 (2, del 1), Le Maréchal C, Guerry C, Bénech C, Burlot L, Cavelier B, Porra V, Delamaire M, Férec C, Chen J-M, (2007) Identification of 12 novel RHD alleles in western France by denaturing high-performance liquid chromatography analysis. Transfusion, 47, Fichou Y, Le Maréchal C, Bryckaert L, Guerry C, Bénech C, Dupont I, Jamet D, Férec C, Chen J-M, (2012) Variant screening of the RHD gene in a large cohort of subjects with D phenotype ambiguity: report of 17 novel rare alleles. Transfusion, 52, von Zabern, I, Flegel W A, (2007) IVS5-38del4 deletion in the RHD gene does not cause a DEL phenotype: relevance for RHD alleles including DFR-3. Transfusion, 47,
20 26. Flegel W A, von Zabern I, Wagner F F, (2009) Six years experience performing RHD genotyping to confirm D- red blood cell units in Germany for preventing anti-d immunizations. Transfusion, 49, Wagner F F, Mardt I, Bittner R, Döscher A, (2012) RHD PCR of blood donors in Northern Germany: use of adsorption/elution to determine D antigen status. Vox Sanguinis, 103(suppl 1): 15 (abstract 3C-S8-04) 28. Andrews K T, Wolter L C, Saul A, Hyland C A, (1998) The RhD - trait in a white patient with the RhCCee phenotype attributed to a four-nucleotide deletion in the RHD gene. Blood, 92, Hyland CA, Wolter L C, Saul A, (1994) Three unrelated Rh D gene polymorphisms identified among blood donors with Rhesus CCee (r r ) phenotypes. Blood, 84 (1), Orziñska A, Guz K, Polin H, Pelc-Kłopotowska M, Bednarz J, Gieleżyńska A, Śliwa B, Kowalewska M, Pawłowska E, Włodarczyk B, Malaga M, Źmudzin A, Krzemienowska M, Srivastava K, Michalewska B, Gabriel C, Flegel W A, Brojer E, (2013) RHD variants in Polish blood donors routinely typed as D-. Transfusion, 53, Fichou Y, Gehannin P, Corre M, Le Guern A, Le Maréchal C, Le Gac G, Férec C, (2015) Extensive functional analyses of RHD splice site variants: insights into the potential role of splicing in the physiology of Rh. Transfusion, 55, Wagner F F, (2013) RHD PCR of D-negative blood donors. Transfusion medicine and hemotherapy, 40,
Screening av fetalt RHD i maternell plasma. Åsa Hellberg BMA, PhD Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Labmedicin Skåne
Screening av fetalt RHD i maternell plasma Åsa Hellberg BMA, PhD Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Labmedicin Skåne När används blodgruppsgenomisk typning? oberoende analys vid oklara serologiska
Länge har serologi med hemagglutination
Nordiskt referenslaboratorium för genomisk blodgruppstypning finns i Lund AV ÅSA HELLBERG, ANNIKA HULT, MARTIN L OLSSON, OCH ELISABETH SJÖBERG WESTER, BLODCENTRALEN SKÅNE, UNIVERSITETSSJUKHUSET, LUND Länge
Positiv direkt antiglobulintest (DAT)
Positiv direkt antiglobulintest (DAT) Docent Jan Säfwenberg Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Uppsala Direkt antiglobulintest, DAT Förr ofta kallad Coombs prov eller Coombs direkta test Robin
Delprov 3 Vetenskaplig artikel
Delprov 3 Vetenskaplig artikel # of Questions: 15 Question #: 1 I denna uppgift ska du läsa en vetenskaplig artikel (CHCHD2 mutations in autosomal dominant late-onset Parkinson s disease: a genome-wide
Regelverk. Blodgruppsserologi TRANSFUSIONSMEDICIN
TRANSFUSIONSMEDICIN För medicine studerande T3 dec 2009 Agneta Seger Mollén Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Laboratoriemedicinskt centrum i Östergötland Agneta.seger.mollen@lio.se Regelverk
Screening för erytrocy.mmunisering referensgruppens rekommenda.oner. Gunilla Ajne, MD Överläkare Karolinska Universitetssjukhuset
Screening för erytrocy.mmunisering referensgruppens rekommenda.oner Gunilla Ajne, MD Överläkare Karolinska Universitetssjukhuset ARG-rapport december 2015 SFOG PerinatalARG BLF Neonatalsek.onen SFTM Svensk
Polymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction The Polymerase Chain Reaction Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt Från kursplan: Studenten skall kunna: förklara grundläggande principer
RhD immunisering efter transfusion erfarenheter från Uppsala. Barbro Persson Akademiska sjukhuset, Uppsala
RhD immunisering efter transfusion erfarenheter från Uppsala Barbro Persson Akademiska sjukhuset, Uppsala RhD pos till RhD neg RhD positiv kan, vid litet blodlager, behöva ges till ej D immuniserad RhD
Blodgruppsantikroppar och deras praktiska betydelse vid blodtransfusioner
Blodgruppsantikroppar och deras praktiska betydelse vid blodtransfusioner Jakobstad 13.5.2013 Susanne Ekblom-Kullberg FRK Blodtjänst 1 www.veripalvelu.fi 1 1 1 Blodtjänst på 17 orter 18 blodtjänstbyråer
DNA-analyser: Diagnosticera cystisk fibros och sicklecellanemi med DNA-analys. Niklas Dahrén
DNA-analyser: Diagnosticera cystisk fibros och sicklecellanemi med DNA-analys Niklas Dahrén Diagnosticera cystisk fibros med DNA-analys Cystisk fibros Vad innebär sjukdomen?: Sjukdomen innebär att de epitelceller
Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys
Familjär hyperkolesterolemi med NGS-analys Equalis användarmöte Molekylär diagnostik Birgitta Kjellström Sektionen för Genanalys, Klinisk kemi 2017-11-16 Familjär hyperkolesterolemi Familjär hyperkolesterolemi
Fetal RHD typning och antenatal Rh-profylax Erfarenhet från Sverige
Fetal RHD typning och antenatal Rh-profylax Erfarenhet från Sverige Agneta Wikman överläkare, docent Klinisk immunologi och Transfusionsmedicin Karolinska Universitets Sjukhuset Stockholm Att diskutera
Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne
Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne α-talassemi 4 genotyper Wild type αα / αα - - α + -talassemi α
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar. Kerstin Lindblad-Toh
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar Kerstin Lindblad-Toh Målsättning med min forskning Att hitta människors sjukdomsgener via: - djurmodeller - en bättre förståelse av arvsmassan - storskalig
DNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct
1(6) DNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct Bakgrund, indikation och tolkning Proteinet alfa-1-antitrypsin (A1AT, AAT) är en av kroppens viktigaste proteashämmare och tillhör proteinsuperfamiljen
Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR
Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia
Tidiga erfarenheter av arvets mysterier
Cellens genetik Cellen Växtcellen Växtcellen Tidiga erfarenheter av arvets mysterier Artförädling genom riktad avel Religiösa förbud mot syskongiftemål Redan de gamla grekerna.. Aristoteles ~350 år före
Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2011/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering
RNA-syntes och Proteinsyntes
RNA-syntes och Proteinsyntes Jenny Flygare (jenny.flygare@ki.se) Genexpression - översikt 5 (p) A T G T C A G A G G A A T G A 3 (OH) T A C A G T C T C C T T A C T 3 (OH) 5 (p) VAD TRANSLATERAS DEN HÄR
DNA-ordlista. Amplifiera: Att kopiera och på så sätt mångfaldiga en DNA-sekvens med hjälp av PCR.
DNA-ordlista Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra. Detta gör att man kan urskilja var och hur mycket de skiljer sig från varandra, vilket är ett av de mest grundläggande sätten att analysera
Diagnosticera cystisk fibros med DNA-analys. Niklas Dahrén
Diagnosticera cystisk fibros med DNA-analys Niklas Dahrén Cystisk fibros Vad innebär sjukdomen?: Sjukdomen innebär att de epitelceller som bekläder kroppens ytor (inkl. luftvägarna och matsmältningssystemet)
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar. Kerstin Lindblad-Toh
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar Kerstin Lindblad-Toh Målsättning med min forskning Att hitta människors sjukdomsgener via: - djurmodeller - en bättre förståelse av arvsmassan - storskalig
Cirkulerande cellfritt DNA
Cirkulerande cellfritt DNA - en introduktion Anne Ricksten Equalismöte 2016-11-14 Vad är cirkulerande fritt DNA (cfdna)? Extracellulärt DNA som finns i cirkulationen Fragmenterat DNA, medelstorlek på ca
DNA-LCT -13910 C>T, Taqman alleldiskriminering, Malmö
1(5) DNA-LCT -13910 C>T, Taqman alleldiskriminering, Malmö Bakgrund, indikation och tolkning Enzymet laktas finns i tunntarmens enterocyter och möjliggör digestionen av diasackariden laktos/mjölksocker
JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND
MPCR Multiplex Polymerase Chain Reaktion JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND Vad är multiplex PCR Variant av PCR Möjliggör samtidigt att amplifiera (masskopiera) många målsekvenser i en enda reaktion.
Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Gör vi rätt?
Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Gör vi rätt? Camilla Valtonen-André Tisdagen den 10 nov 2015 Nomenklatur för vanliga SNP-analyser Nomenklatur vad är det? Vad är rätt nomenklatur? Guidelines Varför
Regionala riktlinjer för fetal RHD-screening och profylax
Regionala riktlinjer för fetal RHD-screening och profylax Riktlinjer för utförare av hälso- och sjukvård i, framtagna i nära samverkan med berörda sakkunniggrupper. Fastställd av hälso- och sjukvårdsdirektören.
SMIM1 som Vel blodgruppsprotein - upptäckt och betydelse för transfusionmedicin
SMIM1 som Vel blodgruppsprotein - upptäckt och betydelse för transfusionmedicin Jill R. Storry, Ph.D. KIT, Medicinsk Service användarmöte oktober Lund Aktuell blodgruppsklassificering 339 antigener 297
Realtids-PCR. icycler BioRad, mikrotiterplattor. LightCycler Roche, kapillärer. ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor
Realtids-PCR icycler BioRad, mikrotiterplattor LightCycler Roche, kapillärer ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor Molekylärbiologisk metodik T3 ht 2011 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt
DNA-ordlista. 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur.
DNA-ordlista 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur. Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra.
Nya blodgruppssystem från patientfall till röda blodkroppsmolekyler
Nya blodgruppssystem från patientfall till röda blodkroppsmolekyler Jill Storry, PhD Processansvarig blodgruppsimmunologi Klinisk Immunologi & Transfusionsmedicin Medicinsk service Region Skåne Lund Linköpingsdagarna
Patientsäkerhet Provtagning skall ske i enlighet med SOSFS 2007:21 Provtagning för blodgruppering och BAS-test (förenlighetsprövning) skall ske vid
Patientsäkerhet Provtagning skall ske i enlighet med SOSFS 2007:21 Provtagning för blodgruppering och BAS-test (förenlighetsprövning) skall ske vid skilda tillfällen. Etikett på provtagningsrör Märk provtagningsrören
Genomisk typning inom transfusionsmedicin igår, idag och imorgon
Genomisk typning inom transfusionsmedicin igår, idag och imorgon Åsa Hellberg, PhD, BMA Processledare Blodgruppsgenomisk typning Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Labmedicin Skåne Nordic Reference
Tentamen i Immunteknologi 28 maj 2003, 8-13
Tentamen i Immunteknologi 28 maj 2003, 8-13 1 Varje fråga ger maximalt 5 p. 2 SKRIV NAMN OCH PERSONNUMMER PÅ ALLA SIDOR! 3 Glöm inte att lämna in KURSUTVÄRDERINGEN! Observera att i kursutvärderingen för
Utfärdande enhet: Dokumentnamn: Sid nr: Kvinnokliniken, Universitetssjukhuset i Linköping
1(5) Första besöket på MVC; Endast vid tidigare känd immunisering görs blodgruppering med antikroppsundersökning. Graviditetsvecka 25; Antikroppsundersökning på alla. Graviditetsvecka 35; Antikroppsundersökning
DNA-sekvenserings utskick Carola Andersson KMP-lab Sahlgrenska Universitetssjukhuset
DNA-sekvenserings utskick 2012 Carola Andersson KMP-lab Sahlgrenska Universitetssjukhuset Meningen med utskicket Kvalitets kontroll av: Längd läsbar sekvens Detektion av mutationer/variationer Namngivning
En bioinformatisk genjakt
En bioinformatisk genjakt Efter en ide från: CUSMOBIO, Milano, Italien. Hur man kan söka i databaser efter information om en gen som kan ge ökad risk för bröstcacer. Bakgrund Människor utan symptom men
användarmöte 7/ Johanna Strindberg Bitr. överläkare Transfusionsmedicin Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge
Intressanta fall, Equalis användarmöte 7/10 2010 Johanna Strindberg Bitr. överläkare Transfusionsmedicin Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge Fall 1, gravid kvinna 4 tidigare graviditeter och transfusion
Genetik II. Jessica Abbott
Genetik II Jessica Abbott Nukleosid Sockergrupp + kvävebas Kvävebaser: Puriner (adenin, guanin) Pyrimidiner (cytosin, thymin i DNA, uracil i RNA) Basparning A=T G C Packning av DNA i eukaryot cellkärna
New strategies to prevent fetal and neonatal complications in Rhesus D immunization Eleonor Tiblad
New strategies to prevent fetal and neonatal complications in Rhesus D immunization Eleonor Tiblad Centrum för Fostermedicin, Kvinnokliniken Karolinska universitetssjukhuset Institutionen för klinisk vetenskap,
KOMPENDIUM I TRANSFUSIONS- MEDICIN 2011
KOMPENDIUM I TRANSFUSIONS- MEDICIN 2011 Klinisk immunologi och transfusionsmedicin INNEHÅLLSFÖRTECKNING sida 2 Sida: Historik 3 Regelverk 4 Blodgrupper & blodgruppsantikroppar 5 ABO-systemet 6 Rh-systemet
Mutationer. Typer av mutationer
Mutationer Mutationer är förändringar i den genetiska sekvensen. De är en huvudorsak till mångfalden bland organismer och de är väsentliga för evolutionen. De här förändringarna sker på många olika nivåer
Nytt nationellt screening- och vårdprogram för erytrocytimmunisering
Nytt nationellt screening- och vårdprogram för erytrocytimmunisering Eleonor Tiblad, Centrum för Fostermedicin, Kvinnokliniken Agneta Wikman, Klinisk immunologi och transfusionsmedicin Karolinska universitetssjukhuset
Immunteknologi, en introduktion. Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser.
Immunteknologi, en introduktion Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser. Antikroppar genereras av b-lymphocyter, som är en del av de vita blodkropparna Varje ursprunglig
Molekylärgenetiskt verktyg för diagnos av T- resp. B-cellslymfom i vävnad/paraffin Diagnostik av Lymfom. Olika ingångar för B-, resp. T-cellslymfom Metodiker: - Morfologi (Mikroskopi) - Immunohistokemi
Diagnosticera sicklecellsanemi med DNA-analys. Niklas Dahrén
Diagnosticera sicklecellsanemi med DNA-analys Niklas Dahrén Sicklecellsanemi Erytrocyterna ser ut som skäror : Sjukdomen innebär a0 de röda blodkropparna (erytrocyterna) ser ut som skäror (eng. sickle)
Tentamen i Immunteknologi 29 maj 2002, 8-13
Tentamen i Immunteknologi 29 maj 2002, 8-13 1 Varje fråga ger maximalt 5 p. 2 SKRIV NAMN OCH PERSONNUMMER PÅ ALLA SIDOR! 3 Glöm inte att lämna in KURSUTVÄRDERINGEN! Observera att i kursutvärderingen för
Laboration DNA. Datum:16/11 20/ Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson
Laboration DNA Datum:16/11 20/11 2015 Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson Material och metod Materiallista hänvisas till labhandledning s.3 (BIMA15 ht 2015, Lab III: DNA.) Uppsamling
Cellcykel/Celldöd. Laborationsrapport 20/2-14. Basgrupp 1
Cellcykel/Celldöd Laborationsrapport 20/2-14 Basgrupp 1 Louise Andersson Alexander Barhebreus Pontus Boberg Amanda Dahl Simon Ingves Christina Larsson Kajsa Lethin Thea Wennman Syfte Se skillnad på hur
Kompletterande åtgärder vid positiv BAS-test. Jan Säfwenberg och Åsa Englund Akademiska sjukhuset, Uppsala
Kompletterande åtgärder vid positiv BAS-test Jan Säfwenberg och Åsa Englund Akademiska sjukhuset, Uppsala Kompetens Ingår transfusionsmedicin i arbetsuppgifterna måste man ha kunskap och rutin för detta!
Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes. Bilder från McMurry
Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes Bilder från McMurry Namn Efternamn 26 februari 2011 2 Varje DNA molekyl är uppbyggd av många gener induviduella DNA segmant som innehåller instruktioner för syntes
Tentamen. Lycka till! Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kurskod: MC1004. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 120512 Skrivtid 4h
Tentamen Medicin A, Molekylär cellbiologi Kurskod: MC1004 Kursansvarig: Christina Karlsson Datum 120512 Skrivtid 4h Totalpoäng: 88p Poängfördelning Johanna Sundin: fråga 1-10: 18p Ignacio Rangel: fråga
MHC Centrum av Hästens Immunsystem
Slutrapport (juni 2016) MHC Centrum av Hästens Immunsystem (Projektnummer H1147283) Tomas Bergström Sofia Mikko Göran Andersson BAKGRUND Major histocompatibilty complex (MHC) är en region i hästens genom
Blodgruppsimmuniseringar. under graviditet
Blodgruppsimmuniseringar Utredning, Klinisk hantering Och behandling under graviditet Leif Matthiesen 17 oktober 2008 Leif Matthiesen 1 Case: Anna f. 1977 1996, PN 2000 och 2001, IUFD grav v 21, hydrops
Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi
Diagnostik VTEC/EHEC Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi SVA Tänker prata om VTEC / EHEC Sjukdomsframkallande faktorer PCR Magnetiska kulor (Immunomagnetisk separation) Diagnostik de vanligaste
DNA-labb / Plasmidlabb
Översikt DNA-labb Plasmidlabb Preparation och analys av -DNA från Escherichia coli Varför är vi här idag? Kort introduktion till biokemi och rekombinant DNA- teknologi Vad skall vi göra idag? Genomgång
ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.
Bruksanvisning revision 6 (December 2008) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning
Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3
Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3 Laborationsdatum: 17 22 november 2010 Grupp: 2 Projekt: Rening och
CMV/EBV Molekylär diagnostik. Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus
CMV/EBV Molekylär diagnostik Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus De flesta CMV infektioner hos immunkompetenta individer är asymtomatiska eller ger bara en mkt mild
DNA sekvensning Primär Immunbrist Genetik till varje pris?
DNA sekvensning Primär Immunbrist Genetik till varje pris? Ola Winqvist Professor, Överläkare Kandidatgensekvensning 100 baspar/körning 1 Lite historia 1962: Nobel priset till Watson och Crick för DNA
Medicinsk genetik del 1: Introduktion till genetik och medicinsk genetik. Niklas Dahrén
Medicinsk genetik del 1: Introduktion till genetik och medicinsk genetik Niklas Dahrén Vad menas med genetik och medicinsk genetik? Genetik: Genetik är det samma som ärftlighetslära och handlar om hur
KAPITEL 7 BLODGRUPPERING
KAPITEL 7 BLODGRUPPERING Grundversion 3.0 utgiven 2010-03-01 Revision av Kap. 7, version 3.1 Version Datum Avsnitt Ändringar Ansvarig 3.1 2014-01-21 Nytt avsnitt 10 Tillägg av nytt avsnitt: 10 GENOMISK
Blodgruppsserologi. Antigen. att påvisa förekomst av olika blodgruppsantigen. att påvisa förekomst av antikroppar mot blodgruppsantigen
Transfusionsmedicin Immunhematologi emoterapi lodgruppsserologi Transplantationsimmunologi Framställning av blodkomponenter Transfusion av blodkomponenter 1 lodgruppsserologi att påvisa förekomst av olika
ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.
Bruksanvisning revision 7 (Februari 2009) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning
Ärftliga sjukdomar och egenskaper hos hund
Engelsk bulldog Tibetansk terrier Västgötaspets Dvärgpinscher Chow chow Foto: Pleple2000 Foto: Flickr user skaty222 Foto: Sören T Eriksson Foto: Entheta Foto:Jurriaan Schulman Alla bilder Wikimedia commons
Faktaägare Agmell Britt-Marie, Teleman Pia
Rubrik Immunisering, erytrocyt immunisering, under graviditet Dokumenttyp Riktlinje Faktaägare Agmell Britt-Marie, Teleman Pia Gäller from 2016-03-29 Giltigt t o m 2018-03-29 Sida: 1 (5) Författare Thurn
Fenotyper och Genotyper i Sverige och världen
Fenotyper och Genotyper i Sverige och världen Jill Storry, PhD, FIBMS Docent Processledare, blodgruppsimmunologi, KIT, Lund Ordförande, ISBT Working Party for Red Cell Immunogenetics and Blood Group Terminology
Maria Fransson. Handledare: Daniel Jönsson, Odont. Dr
Klassificering av allvarlig kronisk parodontit: En jämförelse av fem olika klassificeringar utifrån prevalensen av allvarlig kronisk parodontit i en population från Kalmar län Maria Fransson Handledare:
Bestämning av antalet aktiva CYP2D6 genkopior (CNV) med Pyrosequencing. Anna-Lena Zackrisson PhD. anna-lena.zackrisson@rmv.se
Bestämning av antalet aktiva CYP2D6 genkopior (CNV) med Pyrosequencing Anna-Lena Zackrisson PhD INTRODUKTION LINKÖPINGSENHETEN RÄTTSMEDICIN RÄTTSKEMI RÄTTSGENETIK INTRODUKTION Sammanställa genetisk information
Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p.
Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p. Namn: Adress: Resultat: Betyg: Hjälpmedel: Miniräknare. Formelblad med tabell. Skrivtid: 9.00-13.00. Beräkningar och svar ska vara motiverade.
Syfilis (lues) orsakas av syfilisspiroketen (Treponema pallidum). Vid syfilis bildas olika antikroppar mot den infekterande
Syfilis - serologi Bakgrundsinformation Syfilis (lues) orsakas av syfilisspiroketen (Treponema pallidum). Vid syfilis bildas olika antikroppar mot den infekterande mikroorganismen. Dessa antikroppar kan
Vad är MHC? MHC och TCR struktur. Antigen processering och presentation. Kursbok: The immune system Peter Parham
Vad är MHC? MHC och TCR struktur. Antigen processering och presentation. Kursbok: The immune system Peter Parham Kapitel 3; hela Lite Historia: 1953: George Snell upptäcker en grupp av gener som bestämmer
Kodnummer: 1) Beskriv processerna som sker i replikationsgaffel (eng. replication fork)? (3)
Bi 75hp / Lärarprogrammet Tentamen i BL2018 CMB; Molekylär cellbiologi & genetik, 10,5 hp 2018-01-13 1) Beskriv processerna som sker i replikationsgaffel (eng. replication fork)? (3) Bi 60hp Tentamen i
Information och samtyckesformulär inför genomisk utredning av ovanliga sjukdomar och syndrom med metoderna genomisk array och exomanalys
Information och samtyckesformulär inför genomisk utredning av ovanliga sjukdomar och syndrom med metoderna genomisk array och exomanalys Detta informationsblad och samtyckesformulär är riktat till dig
GENETIK - Läran om arvet
GENETIK - Läran om arvet Kroppens minsta levande enheter är cellerna I cellkärnorna finns vår arvsmassa - DNA (DNA - Deoxiribonukleinsyra) Proteiner Transportproteiner Strukturproteiner Enzymer Reglerande
DNA FRÅN BLOD & KINDCELLER
EQUALIS Användarmöte, Molekylärdiagnostik 2012 Quality Hotel, Ekoxen, Linköping 7 8 november, 2012 DNA FRÅN BLOD & KINDCELLER Majid Osman, kemist, PhD Klinisk kemi, Linköping DNA stabilitet Provtagning
Hemoglobinutredningar på Karolinska. Christin Sisowath Sjukhuskemist Karolinska Universitetslaboratoriet, Klinisk kemi
Hemoglobinutredningar på Karolinska Christin Sisowath Sjukhuskemist Karolinska Universitetslaboratoriet, Klinisk kemi Analyser på Karolinska för hemoglobinutredningar Hemoglobinfraktioner HPLC (HbA 2 och
Validering av metod för IgG eller IgM bestämning hos anti-m immuniserade gravida kvinnor
Örebro Universitet Institutionen för hälsovetenskaper Enheten klinisk medicin Program: Biomedicinska analytikerprogrammet inriktning laboratoriemedicin Kurs: BMLV C, Biomedicinska laboratorievetenskap,
Tentamen. Kurskod: MC1004. Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 130814 Skrivtid 4h
Tentamen Medicin A, Molekylär cellbiologi Kurskod: MC1004 Kursansvarig: Christina Karlsson Datum 130814 Skrivtid 4h Totalpoäng: 86p Poängfördelning Johanna Sundin (fråga 1 8): 18p Ignacio Rangel (fråga
/LGM. Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores
2008-01-18/LGM Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores Syfte: Med två olika DNA extraktionsmetoder försöka få fram tillräckligt mycket celler
KAPITEL 9 FÖRENLIGHETSPRÖVNING
KAPITEL 9 FÖRENLIGHETSPRÖVNING Grundversion 2.0, utgiven 2006-01-30 Revisionshistorik Version datum Avsnitt Ändringar. tillägg Ansvarig 2.1 2009-12-15 2.1, 4.6.1, 11.3 Anpassning till nya bestämmelser
Medicinsk service Hemoglobinopatiutredning Hemoglobinopatiutredning Bakgrund, indikation och tolkning
1(9) Innehållsförteckning Bakgrund, indikation och tolkning... Metodkarakteristika... Utredningsflöde... Mätområde... Screeningundersökning med B-Hb, B-MCH, Spårbarhet... B-HbA2 och B-HbF.... Ackreditering...
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter Vad, När, Var och Hur? Jessica Ögren Länssjukhuset Ryhov Juni 2012 Molekylärbiologiska metoder De senaste två decennierna har molekylärbiologiska tekniker
Bestämning av fluoridhalt i tandkräm
Bestämning av fluoridhalt i tandkräm Laborationsrapport Ida Henriksson, Simon Pedersen, Carl-Johan Pålsson 2012-10-15 Analytisk Kemi, KAM010, HT 2012 Handledare Carina Olsson Institutionen för Kemi och
Genetik. - cellens genetik - individens genetik. Kap 6
Genetik - cellens genetik - individens genetik Kap 6 Vad bestämmer hur en organism (cell) ser ut och fungerar? Generna (arvsanlagen) och miljön Hur går det till? En gen är en ritning för hur ett protein
Klipp-och-klistra DNA: fixa mutationen med gen editering DNA, RNA och Protein
Huntingtons sjukdom forsknings nyheter. I klartext Skriven av forskare För de globala HS medlemmarna. Klipp-och-klistra DNA: fixa mutationen med gen editering Forskare gör exakta ändringar av DNA i ett
Genetik vid polyneuropatier. Christina Jern
Genetik vid polyneuropatier Christina Jern Information lagras i DNA 2 m DNA i varje cell Bara 3 cm kodar för protein Det humana genomet februari 2001 The International Human Genome Mapping Consortium
Handbokens Kapitel 8 vad har ändrats och vad ska vi tänka på?
Handbokens Kapitel 8 vad har ändrats och vad ska vi tänka på? Jill R. Storry, Ph.D. Processansvarig, Blodgruppsimmunologi Delprocess blodgruppsserologi Inst. för Laboratorimedicin Avd. för hematologi och
Sammanställning över alternativ till etidiumbromid
1 (6) Sammanställning över alternativ till etidiumbromid I nedanstående tabeller har leverantörerna VWR, Invitrogen och Sigma-Aldrich lämnat uppgifter om produkter/n de saluför som alternativ till etidiumbromid.
Instuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB
Instuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB Molekylärgenetikdelen 1. Vad är DNA? 2. Vad heter byggstenarna i DNA? 3. Vad är RNA? 4. Vad är en bas, nukleosid, nukleotid
Ökat personligt engagemang En studie om coachande förhållningssätt
Lärarutbildningen Fakulteten för lärande och samhälle Individ och samhälle Uppsats 7,5 högskolepoäng Ökat personligt engagemang En studie om coachande förhållningssätt Increased personal involvement A
Syfte? Naturliga populationer i Trollsvattnen. Otoliter för åldersbestämning. Vävnadsprover för genetisk analys
Syfte? Inblick i vanlig genotypbestämningsmetod Allozymer har ofta använts som genetisk markör vid populationsgenetiska studier Studera genetisk variation inom och mellan populationer används inom bevarandebiologin
Användarmöte Stockholm November 2012. Gertrud Naess Quality Assurance Manager Produktansvarig ID-Systemets produkter
Användarmöte Stockholm November 2012 Gertrud Naess Quality Assurance Manager Produktansvarig ID-Systemets produkter Spädningslösningar till ID-systemet ID-Diluent-1 Enzymlösning, Bromelin ID-Diluent-2
Analys av foster-dna i kvinnans blod: icke-invasiv fosterdiagnostik för blodgrupps- eller könsbestämning
sbu alert utvärdering av nya metoder inom hälso- och sjukvården Analys av foster-dna i kvinnans blod: icke-invasiv fosterdiagnostik för blodgrupps- eller könsbestämning sbu alert-rapport nr 2011-07 2011-11-16
TaqMan Sample-to-SNP Kit - evaluation of kit for low-cost and fast preparing of DNA-samples before genotype analysis
Institutionen för Biokemi och Mikrobiologi Biomedicinska analytikerprogrammet Examensarbete 15 hp, vt 2009 TaqMan Sample-to-SNP Kit - evaluation of kit for low-cost and fast preparing of DNA-samples before
) / (c l) -A R ) = (A L. -ε R. Δε = (ε L. Tentamen i Biomätteknik (TFKE37), 9 januari Uppgift 1 (10p)
Tentamen i Biomätteknik (TFKE37), 9 januari 2014. Uppgift 1 (10p) För akronymerna FT- IR, AUC, AFM, UV och MALDI: a) Skriv ut förkortningen! b) Föreslå för varje metod två egenskaper hos biomolekyler som
Klassificering av brister från internaudit
Klassificering av brister från internaudit Del-21G seminarium 2015 Jukka Salo Slou Klassificering av brister från internaudit Vid VK har det visat sig att Procedurer för klassificering av brister finns,
Hur många enheter erytrocyter ges i Sverige per år? Hur många måste donera per enhet som ges? /år /år 3.
1 I. Vad gör vi inom transfusionsmedicin? II. Blodgruppsserologi (ABO, RhD, mm) Transfusionsmedicin Norbert Lubenow Akademiska Sjukhuset Uppsala Klinisk Immunologi och Transfusionsmedicin 2015-05-28 III.
DNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores. Niklas Dahrén
DNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores Niklas Dahrén Användningsområden för DNA-analys Ta reda på vems DNA som har hittats på en brottsplats. Faderskapsanalys. Identifiera
Mapping sequence reads & Calling variants
Universitair Medisch Centrum Utrecht Mapping sequence reads & Calling variants Laurent Francioli 2014-10-28 l.francioli@umcutrecht.nl Next Generation Sequencing Data processing pipeline Mapping to reference