Validation of realtime-pcr of Fusarium avenaceum. for detection in wheat
|
|
- Per Hansson
- för 5 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi Biomedicinska analytikerprogrammet Examensarbete 15hp, VT 2010 Validation of realtime-pcr of Fusarium avenaceum for detection in wheat Maria Tsakalou Handledare: Elisabeth Fredlund, Ann Gidlund Sveriges Livsmedelsverk, Uppsala Mikrobiologiska enheten
2 ABSTRACT Mould is a common contamination in cereals. The growth of mould can stimulate mycotoxins production and some of which at critical concentrations cause health problems in humans and animals. Fusarium is one of the fungus species that has been found in crops and can cause major problems for farmers such as reduced harvest and economic losses. A group of Fusarium species, Fusarium avenaceum, Fusarium poae and Fusarium tricinctum express a mycotoxin, enniatin. The limited information available today about enniatin-forming fungi is that they grow out on fields of wheat in colder climates. This project aims at developing methods for detection, quantification and identification of known and unknown fungi present in Swedish cereals during The project was carried out using two previously published methods, TMAV and MGB, which both use TaqMan probes with realtime-pcr detection. The methods were evaluated for robustness, efficiency, accuracy, inclusion and exclusion. The results showed that both methods, TMAV and MGB, could be used to detect Fusarium avenaceum. The results for the TMAV method were that it could be used with custom annealing temperature and chemical concentrations for the best detection. The MGB method can be used to detect Fusarium avenaceum with Fusarium tricinctum in the same analysis. Both methods can be included in future mapping projects when it is of interest to quantify enniatin producing moulds. KEYWORDS Mycotoxin, Fungus, Mould, Realtime-PCR, Enniatin
3 INTRODUKTION Detta arbetes fokus var att bidra till utveckling av metoder för upptäckt, identifiering och förekomst av kända och okända mögelsvampsangrepp på spannmålsprodukten vete i Sverige under perioden Mögel är mikroskopiska svampar som finns naturligt och oundvikligt i vår miljö och förekommer därför också i livsmedel. I huvudsak lever mögel på att bryta ned dött material men kan även växa i levande växter. Vissa mögelsvampar bildar gifter, så kallade mykotoxiner, vilka utgör en hälsorisk för människa och djur. Mykotoxiner är kemiska ämnen som vid höga intag eller lågt intag under längre tid, kan orsaka långsiktiga och allvarliga hälsoproblem då de verkar nedsättande på immunförsvaret (Nicolaisen M, et al. 2009). När det gäller livsmedel är de vanligaste och hälsofarligaste mögelsvampsarterna Aspergillus, Penicillium och Fusarium. Av dessa är Fusarium den som främst angriper spannmål. Svamp orsakar stora problem för jordbruket med minskad skörd och därmed ekonomiska förluster (Waalwijk C, et al. 2004; Nicolaisen M, et al. 2009). En av många studier utförd i Canada har visat stora utbrott av mögelsvampen Fusarium i spannmål på fälten i Canada under det senaste decenniet (Schaafsma A W, et al. 2007). Studien väckte frågeställningen om Fusarium även ökat i tillväxt i de Nordiska jordbruken, eftersom Canada har ett klimat med stora likheter med Norden. Skulle en tillväxt av Fusarium upptäckas vore det nödvändigt att utveckla effektivare metoder för att detektera mögelsvampar och framförallt fusariumarter. Fusariumsvampen kan beroende av klimatförhållandet stimuleras till mykotoxinbildning redan under odlingen ute på fälten, till skillnad från exempelvis aspergillussvampen som bildar sina toxiner under lagringstiden. Klimatet har en avgörande inverkan på tillväxten av mögelsvampar och halten av mykotoxiner i spannmål förändras från år till år (Schaafsma A W, et al. 2007). Sverige har idag ett klimat som kan ge varma och fuktiga höstar, vintern kan
4 vara kall men snölös eller med snö som ligger länge men att marken därunder dock inte är frusen. Tidigare undersökningar har visat att Fusarium avenaceum är den dominerande arten av mykotoxin i vete i länder med kallare klimat, så som i Finland och Norge (Uhlig S, et al. 2007). Inom det europeiska regelverket finns gränsvärden för vissa fusariumtoxiner till exempel deoxynivalenol, men ännu inte för andra till exempel mykotoxinet enniatin 1. Myndigheten för samhällsskydd och beredskap (MSB) finansierar under perioden ett projekt på Livsmedelsverket med syfte att öka kunskapen och beredskapen inför en ökning av mögel och mykotoxiner i spannmål till följd av ett förändrat klimat. Syftet med projektet är att utveckla metoder för detektion, kvantifiering och identifiering av kända och okända mögelsvampar samt att kartlägga förekomsten av toxinbildande mögelsvampar i svenskt spannmål under En kartläggningsstudie utfördes därför av Livsmedelsverket under 2009 där de använde en kemisk multimetod som möjliggjorde detektion och kvantifiering av mykotoxiner som vanligtvis inte analyseras, bland annat enniatiner vilkar produceras av bland annat Fusarium avenaceum, Fusarium tricinctum och Fusarium poae. I Europa har det ännu inte fastslagits några gränsvärden för enniatiner, då kunskapen är dålig om deras toxicitet och förekomst. Dessutom finns endast ett fåtal sedan tidigare publicerade studier över DNA från Fusarium avenaceum och Fusarium tricinctum. Sett till nutidens klimatförändringar med ökande temperaturer och ändrade klimat kan ett gränsvärde komma att vara relevant i framtiden. Detektion och identifiering av fusariumarter har tidigare gjorts morfologiskt och med traditionella odlingsmetoder på Livsmedelsverket (Fredlund E, et al. 2008). Idag finns det molekylära metoder såsom realtids-pcr vilka kan användas för kvantifiering av artspecifik DNA i till exempel veteprover. Realtids-PCR är en snabb, känslig, specifik och effektiv metod som resulterar i en stor mängd identiska DNA-fragment. 1 [EU-förordningen 1881/2006]
5 I denna studie användes en TaqMan-probe vilken binder mögelsvampens DNA-sekvens under PCR. TaqMan-proben har två specifika molekyler, en quencher och en reporter i respektive ände på probefragmentet. Reportens fluorescence förhindras av närheten till quenchermolekylen. TaqMan-proben och primrarna binder till DNA-målsekvensen vid uppnådd annealingstemperatur. När DNA amplifieras vandrar enzymet DNA-polymeras längs fragmentet, läser av och kopplar nukleotider till varandra så att en komplementär sekvens erhålls. När enzymet stöter på proben klyver DNA-polymeraset proben som även har en nukleasaktivitet, varvid quenchern och reportern separeras och ett fluorescerande ljus kan detekteras. Fluorescensstyrkan som uppmäts är proportionell med mängden DNA (Kubista M, et al. 2006). Resultaten för realtids-pcr redovisas som C T -värden (cykle threshold), vilket innebär det antal cykler som måste genomföras innan fluorescensen passerar tröskelvärdet för detektion. Som fortsättning på kartläggningen från 2009 arbetar Livsmedelsverket med planering av en ny kartläggningsstudie av mögel och mykotoxiner i spannmål under Det finns idag på Livsmedelsverket validerade metoder för detektion av Fusarium gramnegativ, Fusarium culmorum, Fusarium sporotrichioides, Fusarium poae och Fusarium langsethiae däremot finns ännu inte någon specifik referens- eller valideringsmetod för Fusarium avenaceum. Fusarium avenaceum är en av tre arter som bildar mykotoxinet enniatin som detekterats i en tidigare studie på Livsmedelsverket. Därför utför Livsmedelsverket nu en validering och utveckling av en kvantitativ metod för Fusarium avenaceum vilket är den del av projektet som jag deltagit i. En metodvalidering för realtids-pcr med TaqMan-metoder gjordes med samma kontrollsteg som i tidigare studier för andra fusariumarter (Fredlund E, et al. 2010). Valideringen utfördes med två TaqMan-metoder då tidigare studier har visat goda resultat för detektion av Fusarium avenaceum med realtids-pcr (Waalwijk C, et al. 2004; Halstensen A,
6 et al. 2006). TaqMan-metoderna TMAV och MGB är baserade på specifika primrar för Fusarium avenaceum och bör ge en specifik amplifiering. Primrarna är designade utifrån RAPD-fragment (random amplification polymorphic DNA), vilka är korta primrar som amplifierar slumpmässigt valda delar av genomet. Det som undersökts i denna studie är metodernas specificitet, det vill säga förmågan att inkludera sökt DNA och exkludera övriga arters DNA, samtidigt undersöks hur robusta metoderna är gällande deras förmåga att klara av eventuella förändringar i olika parametrar. Dessutom undersöktes metodernas effektivitet, hur effektivt fragmenten amplifieras vid varje cykel samt precision, vilket är detsamma som metodernas reproducerbarhet. För att eventuellt i framtiden kunna effektivisera analysarbetet med reducerat antal analyser gjordes också ett försök till att utföra en duplexanalys för Fusarium avenaceum och Fusarium poae. Det slutliga steget inom studien var att utvärdera om någon av dessa metoder kan användas för detektion av Fusarium avenaceum i naturligt kontaminerade prover från vete. Om metodvalideringsstegen som beskrivits ovan fungerar kommer metoderna att användas för detektion av Fusarium avenaceum i veteprover (Fredlund E, et al. 2010).
7 MATERIAL Primrar och Prober Primrar och prober användes enligt de av Halstensen A, et al samt Waalwijk C, et al. 2004, publicerade detektionsmetoderna TMAV och MGB (tabell 1). Primer- och probesekvenserna beställdes från Eurofins MWG Operon och Applied Biosystems. Inför duplexanalysen användes också primrar och prober (Tempo) för Fusarium poae som tidigare använts vid andra studier vid Livsmedelsverket, även de beställdes från Eurofins MWG Operon. Tabell 1. Sekvenser för primrar och prober för realtids-pcr av F. avenaceum med metodernatmav och MGB. TMAV-sekvenserna från Halstensen A, et al. 2006, MGB-sekvenserna från Waalwijk C, et al Primer/Probe Sekvens Art TMAVf 5 -aga tcg gac aat ggt gca tta taa-3 F. avenaceum TMAVr 5 -ggc cct act att tac tct tgc ttt tg-3 F. avenaceum TMAVp 5 -ctc ctg aga ggt ccc aga gat gaa cat aac ttc-3 F. avenaceum MGB-F 5 -cca tcg ccg tgg ctt tc-3 F. avenaceum MGB-R 5 -caa gcc cac aga cac gtt gt-3 F. avenaceum MGB-P 5 -acg caa ttg act att gc-3 F. avenaceum Referensstammar Inför metodvalidering av realtids-pcr gjordes ett urval av stammar från relevanta arter av Fusarium och inför utförandet av inklusions- och exklusionstest. De arter som valdes ut var F. avenaceum, F. acuminatum, F. culmorum, F. graminearum, F. sporotrichioides, F. poae, F. tricinctum, F. oxysporum, F. equiseti, F. Solani och F. langsethiae. Sammanlagt
8 analyserades 19 stammar från tio olika referensarter (tabell 3). Några stammar beställdes från CBS, (Centraalbureau voor Schimmelcultures, ) och några fanns att tillgå vid laboratoriets eget mögelsvampsförråd. Stammarna ympades på PDAplattor, det vill säga agrarplattor med substratet potato dextros, där DNA extraherades för att sedan amplifieras. Spannmål, vete Extraherat DNA från 31 veteprover från en tidigare kartläggningsstudie av andra fusariumarter vilka fanns bevarade i frys -20ºC. Veteproverna kom från den svenska skörden METOD Frystorkning av mycel till referensstam För att garantera att analyserna utförs med F. avenaceum användes renodlade isolat som referensstammar. Mycelet av referensstammen F. avenaceum J19, som odlats på PDA-plattor, ympades i ME-buljong och inkuberades ca 5 dagar under skakning 1000-g, 25±0,5ºC, för optimal tillväxt. Efter tillväxt tvättades mycelet i sterilt vatten, centrifugerades och frystorkades i -20ºC (Fredlund E, et al. 2008). DNA-extraktion av mögelsvamp, referensstam DNA-extraktion från mycelet F. avenaceum J 19 gjordes med en modifierad metod från Qiagen DNeasy Plant kit (Fredlund E, et al. 2008; Fredlund E, et al. 2010; Fredricks D, et al
9 2005). Extraktionen gjordes i fyra steg: lysering, bindning, tvättning och eluering. Lyseringen av F. avenaceum-dna gjordes i homogeniseringsrör Lysing Matrix A-rör (BIO101 Systems, Qbiogene). För att en lättare mekanisk sönderdelning ska ske innehåller rören homogeniseringskulor och korn av grafit. Lysatet applicerades i spinnkolonner. Två olika kolonner användes. I den första bands cellulärt avfall och i den efterföljande bands DNA. För att få DNA i en ren form tvättades den senare med AE-buffert varefter DNA eluerades. Extraktionen (Qiagen DNeasy Plant kit) utfördes enligt instruktioner från beställningsföretaget. Cirka 20 mg mycel vägdes upp i fyra FastPrep-rör (BIO101 Systems, Qbiogene). Till varje rör tillsattes 200 µl S3-lysbuffert, 200 µl AP1-buffert (Qiagen), 4 µl RNA och 5µl Protease K. Rören skakades i FastPrep (FP120) för homogenisering i 20 sekunder vid 5000-g och inkuberades sedan under en timme i 65ºC. Efter inkubering tillsattes 130 µl AP2-buffert (Qiagen) och proverna inkuberades i fem minuter på is. Proverna centrifugerades under fem minuter vid g och supernatanten överfördes till QIAshredder Mini-spinnkolonn med uppsamlingsrör och centrifugerades igen. Lysatet blandades med en volym fenol: kloroform: isoamyalkohol (25:24:1) och centrifugerades fem minuter vid maxhastigheten g. Den övre fasen pipetterades till ett nytt rör där 1 volym kloroform: isoamyalkohol (24:1) tillsattes. Momentet med kloroform: isoamyalkohol upprepades två gånger. Efter reningsstegen tillsattes 1,5 volym AP3/etanol-buffert (Qiagen) och lysatet pipetterades till DNeasy-spinnkolonn som centrifugerades en minut vid 8000-g. Spinnkolonnen placerades i ett nytt uppsamlingsrör, tvättades med 500 µl AW-buffert (Qiagen) och centrifugerades en minut vid 8000-g. Steget upprepades men nu centrifugerades kolonnen i en minut vid maxhastigheten g. Spinnkolonnen placerades i ett nytt eppendorfrör och för eluering av DNA tillsattes 100 µl AE-buffert (Qiagen) och inkuberades därefter under fem minuter i rumstemperatur och centrifugerades sedan en minut vid 8000-g. Provet kunde därefter koncentrationsbestämmas för att kontrollera renheten.
10 Koncentrationsbestämning av extraherat DNA Koncentrationen mättes med hjälp av NanoDrop ND-1000 Spectrophotometer. Renheten för DNA skall enligt Applied Biosystems rekommendationer vara ca 1,6 1,8 för absorbanskvoten 260/280 och 2,0 för kvoten 260/230. Om renheten var godkänd poolades proven ihop till ett rör och koncentrationen mättes igen. Mätningen upprepades fyra gånger. Provet aliquoterades med 15 µl till 15 eppendorfrör och förvarades i frys -20ºC. Realtids-PCR Realtids-PCR utfördes (tabell 1) utifrån två publicerade metoder, TMAV (Waalwijk C, et al. 2004) och MGB (Halstensen A, et al. 2006). I båda metoderna användes TaqMan-prober. Analyserna utfördes på ABI 7500-Applied Biosystems med 96-hålsplatta. Proverna med extraherat DNA tinades och värmdes i en minut till 90ºC för att minska bildningen av sekundärstrukturer. Koncentrationen på det ospädda provet mättes inför varje analys. Av DNA-koncentratet gjordes en spädningsserie i fem steg med 45 µl sterilt vatten och 5 µl DNA till varje standardkurva med referensarten för F. avenaceum J 19. En reaktionsmix innehållande TaqMan universal Master mix (Applied Biosystems; no: ), där primrar och prober blandades till varje metod för bindning av DNA. Mängden av varje reagens beräknades med hjälp av en mall (tabell 2). Från reaktionsmixen pipetterades 21 µl till amplifieringsplattans brunnar (MicroAmp Oprical 96-Well Reaktion Plate with Barcode). Amplifieringsplattans brunnar ska innehålla en total volym på 25 µl, varvid 4 µl från det spädda DNA-koncentratet pipetterades till varje brunn. Plattan analyserades enligt ett förutbestämt program för realtids-pcr (ABI 7500-Applied Biosystems).
11 Tabell 2. Reaktionsmix till realtids-pcr för F. avenaceum. TaqMan mastermix TaqMan mastermix TMAV-system (Halstensen A, et al. 2006) MGB-system (Waalwijk C, et al. 2004) Ingrediens 1 reaktion Ingrediens 1 reaktion Antal reaktioner 1 Antal reaktioner 1 Mastermix, AB x2 12,5 µl Mastermix, AB x2 12,5 µl TMAVf 10µM 0,9 µl MGB F 10µM 0,9 µl TMAVr 10µM 0,9 µl MGB R 10µM 0,9 µl TMAVp (HEX) 1µM 2,5 µl MGB P (VIC) 1µM 2,5 µl H 2 O 4,2 µl H 2 O 4,2 µl Summa 21 µl Summa 21 µl Templat 4 µl Templat 4 µl Totalvolym 25 µl Totalvolym 25 µl Specificitet För att säkerställa specificiteten för metoderna med realtids-pcr gjordes ett inklusions- och exklusionstest vilka krävs för att kontrollera att metoderna både kan inkludera Fusarium avenaceum och exkludera andra stammar av fusariumarter än målorganismen. Testet gjordes på tio olika referensarter: F. avenaceum, F. acuminatum, F. culmorum, F. graminearum, F. sporotrichioides, F. poae, F. tricinctum, F. oxysporum, F. equiseti, F. Solani och F. langsethiae. Sammanlagt analyserades 19 stammar från de tio olika referensarterna (tabell 3). DNA-extrakt från respektive stam späddes tio gånger och kördes som duplikat. Resultaten anges som positiva eller negativa därför användes en positiv internkontroll (IPC, Applied Biosystems) för att undvika falskt negativa resultat.
12 Tabell 3. Tabell över referensstammar för inklusion- och exklusionsanalys. Art Stamnummer F. acuminatum CBS F. avenaceum J 19 F. avenaceum CBS F. culmorum IBT 2303 F. culmorum SIK 157 F. graminearum IBT 1958 F. graminearum IBT 9609 F. graminearum VI F. sporotrichioides 1310 F. poae 1226 F. poae M 137 F. poae M 388 F. tricinctum IBT 2015 F. tricinctum CBS F. oxysporum M 368 F. oxysporum J 23 F. equiseti SIK 182 F. solani M 290 F. langsethiae 1272
13 Effektivitet För att kontrollera effektiviteten av realtids-pcr utfördes standardkurvor i triplikat av referensstammen F. avenaceum J 19 på båda TaqMan-metoderna TMAV och MGB (Halstensen A, et al. 2006; Waalwijk C, et al. 2004). Extraherat DNA späddes tio gånger i sex steg. Koncentrationen mättes alltid med NanoDrop Spectrophotometer innan spädning (Fredlund E, et al. 2010). Resultatet för kurvans R 2- värde (lutning) och intercept (skärningspunkt och C T -värde) noterades och effektiviteten beräknades. Robusthet Metodernas robusthet kontrolleras genom att undersöka deras förmåga att klara eventuella variationer av till exempel parametrarna annealingstemperatur och kemikaliekoncentration. Robustheten kontrollerades vid tre olika annealingstemperaturer; 58ºC, 60ºC samt 62ºC. Optimal koncentration av använda reagens, enzym och kemikaliekoncentration undersöktes vid ±20 % (Fredlund E, et al. 2010). För varje prov kördes åtta replikat. Annealingstemperaturen på 60ºC används i ursprungsmetoden (Fredlund E, et al. 2010; Waalwijk C, et al. 2004). För att bestämma optimal koncentration av DNA och minska riskerna för hämningar, utfördes robustheten på en spädd koncentration vilket motsvarade koncentrationen 0,02 ng/µl. 4 µl utspätt DNA tillsattes till amplifieringsbrunnarna innehållande 21 µl reaktionsmix med TaqMan (tabell 4). Resultaten angavs i C T -värde, det vill säga vid vilket cykeltal som fluorescensen passerar tröskelvärdet.
14 Tabell 4. Reaktionsmix för analys av robusthet för realtids-pcr. Ingrediens Optimal +10% 1 reaktion Ingrediens -20% 1 reaktion Ingrediens +20% 1 reaktion Mastermix, AB x2 12,5 µl Mastermix, AB x2 10 µl Mastermix, AB x2 15 µl Primer, R 10µM 0,9 µl Primer, R 10µM 0,72 µl Primer, R 10µM 1,08 µl Primer, F 10µM 0,9 µl Primer, F 10µM 0,72 µl Primer, F 10µM 1,08 µl Probe 1µM 2,5 µl Probe 1µM 2 µl Probe 1µM 3 µl H 2 O 4,2 µl H 2 0-IPC 7,56 µl H 2 0-IPC 0,84 µl Summa 21 µl Summa 21 µl Summa 21 µl DNA 4 µl DNA 4 µl DNA 4 µl Total volym 25 µl Total volym 25 µl Total volym 25 µl Precision Precision för analysmetoden realtids-pcr (ABI 7500-Applied Biosystems), kontrollerades genom att se överensstämmelsen mellan resultat från tre upprepade analystillfällen. Precisionen utfördes under tre dygn av samma person, i samma laboratorium och med samma, ursprungliga DNA-koncentrationer F. avenceum 1624 pg/µl. Analyserna för TMAV- och MGB-metoderna (Halstensen A, et al. 2006; Waalwijk C, et al. 2004), kördes i triplikat med extraherat DNA som späddes tio gånger i sex steg från den ursprungliga koncentrationen (Fredlund E, et al. 2010) vilken mättes med NanoDrop Spectrophotometer. DNA-kvantifiering av två sekvenser i samma analys För att kunna reducera antalet analyser testades en duplexanalys istället för en singelplexanalys. Duplexanalys innebär att man kvantifierar DNA från två eller flera sekvenser samtidigt. För att kunna detektera flera arters sekvenser behövs en specialgjord mastermix, anpassad för detektion av två eller flera sekvenser. Quanta Perfecta (Multiplex
15 qpcr SuperMix) är en mastermix som kan användas för detta ändamål och är en färdig beställningsvara. I denna metod utvärderades en duplexanalys för F. avenaceum och F. poae. Vid första steget analyserades båda arterna i singelplex med både TaqMan och Quanta Perfecta mastermix (tabell 4). Målet med första steget var att jämföra amplifieringen vid användning av dessa två olika mastermix. Proverna späddes tio gånger i fem steg från ursprungskoncentrationen (F. poae 4,49 ng/µl, F. avenaceum 1,56 ng/µl). Spädningskoncentrationerna mättes och analyserades i duplikat. I andra steget analyserades F. avenaceum och F. poae tillsammans i duplex (tabell 5). Målet i detta steg var att jämföra singelplex med duplex, det vill säga om närvaron av annan art påverkar amplifieringen. DNA från F. avenaceum och F. poae späddes tio gånger i fem steg, därefter tillsattes 5 µl (4,49 ng/µl) DNA av F. poae till samma spädningsrör som F. avenaceum. Samma sak gjordes då 5 µl (1,56 ng/µl) av F. avenaceum-dna tillsattes till F. poaes spädningsserie. Andra steget upprepades för båda F. avenaceum-metoderna. Vid duplexanalyserna användes endast Quanta Perfecta mastermix. Tabell 5. Tabellen beskriver detaljer för den duplexa analysen. Steg 1 - Singelplex Standardkurvor F. avenaceum TaqMan (TMAV/MGB) F. avenaceum Quanta (TMAV/MGB) F. poae TaqMan F. poae Quanta Steg 2 - Singelplex och duplex med Quanta Perfecta F. avenaceum Singelplex (TMAV/MGB) F. avenaceum Multiplex (TMAV/MGB) 5 µl (4,49 ng/µl) F. poae F. poae Singelplex F. poae 5 µl (1,56 ng/µl) F. avenaceum
16 Detektion av Fusarium avenaceum i veteprover Målet var att kunna komplettera Livsmedelsverkets kartläggningsstudie med förekomsten av F. avenaceum i veteprover. Analysen gjordes på 31 naturligt kontaminerade veteprover tagna från den svenska skörden Eftersom proverna redan analyserats tidigare för andra fusariumarter, fanns redan extraherat DNA från samtliga prov bevarade i frys -20ºC. Samtliga prover späddes tio gånger och analyserades i duplikat för de båda F. avenaceum-metoderna TMAV och MGB med realtids-pcr. Inför amplifieringen förbereddes en standardkurva med referensstammen F. avenaceum J 19 där ursprungskoncentrationen 1,3 ng/µl mättes och analyserades i duplikat och därefter späddes tio gånger i fem steg.
17 RESULTAT Specificitet Av de 19 olika referensstammarna från mögelsvampsarten Fusarium som analyserades användes stammen J 19 från F. avenaceum som referenskontroll vid metodvalideringen av realtids-pcr. Resultatet visade att båda metoderna TMAV och MGB, kunde inkludera två stammar av F. avenaceum J 19 och CBS TMAV-metoden kunde exkludera samtliga av de övriga fusariumarterna medan MGB-metoden även visade detektion av stammarna F. tricinctum IBT 2015 och CBS Effektivitet Effektiviteten för realtids-pcr var 94 % respektive 98 % (tabell 6). För en godkänd kvantifiering rekommenderas effektiviteten ligga mellan 80 och 110 %. Inom det intervallet fördubblas produkten av realtids-pcr i varje cykel. Resultaten för båda analysmetoderna låg inom detta referensintervall. Effektiviteten fås genom att först i programmet för realtids-pcr (Applied Biosystem 7500), skriva in standardprovernas spädningskoncentrationer som är 18,75 ng/µl för TMAV-metoden och 16,99 ng/µl för MGB-metoden. Standardproverna kan då få en standardkurva med hjälp av interceptvärdet och R 2 -värdet. Med hjälp av dessa värden kunde amplifieringseffektiviteten (E) beräknas. En god amplifiering med en fördubbling av produkten av realtids-pcr per cykel, har en lutning på standardkurvan mellan minus 2 och minus 3. R 2 värdet ska ligga nära 1, då fås en effektivitet som ligger mellan de godkända intervallerna 80 och 110 %.
18 Tabell 6. Effektiviteten för realtids-pcr vid analysering av F. avenaceum. Prov Primer/probe Lutning Intercept C T R2-värde Effektivitet % F. avenaceum standardkurva TMAV -3,47 42, F. avenaceum standardkurva MGB -3,38 44,16 0,99 98 Robusthet Resultaten visade en stor skillnad i robusthet och metoderna redovisas enskilt med diagram. Figur 1 illustrerar resultaten från TMAV-metoden. C T -värdet var högre ju lägre annealingstemperaturen var och det skilde nästan två enheter mellan 58ºC och 62ºC. Reagenskoncentrationerna påverkade också C T -värdet och generellt var C T -värdet lägre ju lägre reagenskoncentrationen var. MGB-metodens resultat illustreras i figur 2. MGB-metoden visade omvända resultat jämfört med TMAV-metoden. C T -värdet ökade vid högre annealingstemperatur. C T -värdet påverkades inte vid 58ºC av reagenskoncentrationen men vid högre annealingstemperatur blev C T -värdet högre vid lägre reagenskoncentration.
19 Ct-värde 33 32, , , , % Mindre Reagenskonc. Optimal Reagenskonc. 20% Mer Reagenskonc. 28, Annealingstemperatur (grader) Figur 1. Variation i annealingstemperaturer och reagenskoncentrationer för TMAV-metod ger olika C T -värden Ct-värde % Mindre Reagenskonc. Optimal Reagenskonc. 20% Mer Reagenskonc Annealingstemperatur (grader) Figur 2. Variation i olika annealingstemperaturer och reagenskoncentrationer för MGB-metoden ger olika C T -värden.
20 Precision Analyserna utfördes under tre dygn med tre olika spädningsserier. Figur 3 illustrerar resultaten för sammanlagt nio analyser för varje spädning. R 2 -värdet är nära 1 vilket innebär att båda metoderna var linjära fram till spädningskoncentrationerna 1,6 pg/µl. TMAVmetoden gav lägre C T -värden i jämförelse med MGB-metoden och var linjärt en tiopotens lägre, det vill säga 0,16 pg/µl. Den största spädningen, 10 6 för båda metoderna, valdes att tas bort i figuren då inget DNA kunde detekteras med realtids-pcr. Variationskoefficient (CV) är ett spridningsmått och gör standardavvikelsen för olika skalor jämförbara. En jämförelse mellan CV för varje datapunkt visade att TMAV-metoden varierade mellan 0,48 % och 1,56 % och MGB-metoden varierade mellan 1,2 % och 2,2 % (tabell 7). Precisionsvariationen var större vid lägre koncentration för båda metoderna. 40,00 38,00 36,00 y = 3,1079x + 23,785 R 2 = 0, ,00 Ct-värde 32,00 30,00 y = 3,3636x + 21,466 R 2 = 0,9988 TMAV-metod MGB-metod 28,00 26,00 24,00 22, ,6 0,16 Spädningskoncentration (pg/µl) Figur 3. Precisionen för realtids-pcr för TMAV- och MBG-metoderna med referensstammen F. avenaceum J 19.
21 Tabell 7. Resultat från precisionsanalysen. Variationsskillnad mellan metoderna vid CV. Koncentration(pg/µl) Medelvärde C T -värde Standardavvikelse CV % TMAV MGB TMAV MGB TMAV MGB ,86 26,65 0,12 0,59 0,48 2, ,12 29,99 0,2 0,36 0,7 1, ,46 33,23 0,33 0,47 1,06 1,42 1,6 35,23 36,98 0,36 0,58 1,01 1,56 0,16 38,12 38,69 0,59 0,48 1,56 1,24 0, Kvantifiering av två DNA-sekvenser samtidigt Avsikten med att köra en duplexanalys av F. avenaceum och F. poae tillsammans, var att undersöka om det går att effektivisera arbetet genom att reducera antalet analyser. Vid första steget kördes en singelplex analys för varje art med båda mastermixen TaqMan och Quanta. TMAV-metoden med TaqMan fick en effektivitet på 91 % och med Quanta 104 %. För MGB-metoden var effektiviteten motsatt, då TaqMan gav en effektivitet på 104 % och Quanta 92 %. F. poae skiljde sig endast med 92 % med TaqMan och 93 % för Quanta (tabell 8). Lutningen på kurvorna, interceptet samt effektiviteten låg alla inom det godkända intervallet. För F. avenaceum-analyserna TMAV och MGB, skilde sig effektiviteten mellan TaqMan och Quanta upp till 13 % och för F. poae-analysen endast 1 %. Interceptet visade sig vara lägre med Quanta än med TaqMan för MGB-metoden (tabell 8). I andra steget jämfördes duplexanalyserna med singelplexanalyserna. Ingen stor variation mellan dessa analyser kunde konstateras (tabell 8). För F. avenaceum-analyserna skilde sig effektiviteten endast med 6 % för TMAV-metoden respektive 4 % för MGB-metoden och för F. poae-analysen skilde sig effektiviteten endast med 2 %. Således påverkar inte amplifieringen F. poae eller F. avenaceum. Tmpoae-metoder utförs med specifika primrar
22 och prober för F. poae-sekvens. Ingen större skillnad vid jämförelse av interceptet kunde konstateras för TMAV- och Tmpoae-metoderna. För MGB-metoden skilde interceptet dock nästan 3 enheter. Tabell 8. Resultat för singelplex- och duplexanalysering. Jämförelse mellan TaqMan och Quanta Perfecta mastermix för F. avenaceum och F. poae samt mellan singelplex- och duplexanalys. Steg 1 Analys - Singelplex Lutning Intercept Effektivitet % TMAV - TaqMan -3,56 25,25 91 TMAV - Quanta -3,23 25, MGB - TaqMan -3,23 26, MGB - Quanta -3,54 24,39 92 Tmpoae - TaqMan -3,52 18,28 92 Tmpoae - Quanta -3,49 18,01 93 Steg 2 Analys Lutning Intercept Effektivitet % TMAV singelplex -3,5 29,63 93 TMAV singelplex + 5µl (44,9*10-1 ng/µl) F. poae -3,35 28,53 99 MGB singelplex -3,33 28, MGB singelplex + 5µl (44,9*10-1 ng/µl) F. poae -3,42 27,5 96 Tmpoae singelplex -3,42 21,18 96 Tmpoae singelplex + 5µl (15,6*10-1 ng/µl) F. avenaceum -3,37 21,63 98 Detektion av Fusarium avenaceum i veteprover 31 vete prover från svensk skörd 2009 analyserades för eventuell detektion av F. avenaceum. Resultatet visade att i samtliga 31 prover kunde F. avenaceum-dna detekteras med TMAVmetoden och MGB-metoden (tabell 9). Resultaten av mängden F. avenaceum i proverna redovisas i pg DNA/mg spannmål. Mängden detekterad F. avenaceum varierade mellan metoderna. Generellt detekterades mer DNA med MGB-metoden än med TMAV-metoden.
23 En korrelationskurva mellan alla datapunkter visade på dålig korrelation mellan metoderna, då sex datapunkter togs bort; prov 3, 6, 8, 11, 29 och 31, blev korrelationen bättre, R 2 = 0,91 (figur 4). Beslutet att ta bort datapunkterna togs eftersom också MGB-metoden tidigare visat sig detektera även F. tricinctum. Tabell 9. DNA-koncentrationer från 31 okända veteprover med detektionsmetoderna TMAV och MGB. Prover med DNA under 100 pg/mg kan bero på hög spädning. Veteprov Medelvärde TMAV (pg DNA/mg spannmål) Medelvärde MGB (pg DNA/mg spannmål) 1 327, , , , > , > ,5 10 > , >100 > > ,5 14 > > ,5 16 > ,5 17 > , , ,
24 MGB (pg/mg) y = 1,5568x + 375,06 R 2 = 0, TMAV (pg/mg) Figur 4. Korrelationskurva som illustrerar förhållandet mellan TMAV- och MGB-metoderna.
25 DISKUSSION Realtids-PCR används för bland annat detektion av mykotoxinbildande mögelsvampars DNA med goda resultat sedan 2004 där analysmetoden använts inom liknande projekt (Waalwijk C, et al. 2004; Halstensen A, et al. 2006; Yli-Mattila T, et al. 2006; Fredlund E, et al. 2008). Primrarna för TMAV- och MGB-metoderna utvärderades i studien då de i tidigare projekt i andra Nordeuropeiska länder påvisat Fusarium avenaceum. För att garantera att TMAV- och MGB-metodernas primrar är riktade specifikt för målsekvensen för F. avenaceum utfördes ett inklusions- och exklusionstest. Analys gjordes av 19 olika referensstammar av mögelsvampsarten Fusarium med realtids-pcr, där inkluderades även F. avenaceumstammar som skulle användas för metodvalidering. Som referensstam valdes J 19 då den visade positiv detektion för båda metoderna (tabell 5). Analysen visade att båda metoderna TMAV och MGB kunde inkludera arten F. avenaceum och exkludera övriga arter, med undantag från MGB-metoden som även kunde detektera arten F. tricinctum. Detta innebär att MGB-metoden inte ger en specifik detektion av arten F. avenaceum och därför endast kommer att användas vid analyser där detektion av både F. avenaceum och F. tricinctum är önskvärd (tabell 5). Då F. tricinctum är mer vanligt förekommande än F. avenaceum och liksom F. avenaceum bildar mykotoxinet enniatin, genomfördes validering även för denna metod samtidigt inom den generella kartläggningsstudien. Metodvalideringen visade en effektivitet för Fusarium avenaceum-metoderna TMAV och MGB på 94 % respektive 98 %. Effektiviteten för metoderna med realtids-pcr är då godkända eftersom de ligger mellan intervallen 80 och 110 %. Att effektiviteten är inom intervallen innebär att DNA-sekvenserna amplifieras effektivt och kan användas för
26 kvantifiering. Ett effektivitetsvärde närmare 100 % betyder att vid varje cykel sker en fördubbling av antalet PCR-produkter per cykel, vilket resultaten för båda metoderna visade. Robusthetsanalys av metoderna visade en skillnad mellan TMAV- och MGB-metoden. Metoden TMAV var mer robust vid hög annealingstemperatur, 62ºC, med låg reagenskoncentration. Det innebär att en realtids-pcr med TMAV-primrar i framtiden skulle kunna modifieras och användas i studier för specifik detektion av F. avenaceum när så önskas. För MGB-metoden visade resultaten att metoden var mest robust vid en låg annealingstemperatur, 58ºC. En högre reagenskoncentration resulterade också i mer rubusthet. Eftersom MGB-metoden även visade att den kunde detektera F. tricinctum-sekvenser kan metoden rekommenderas vid duplexanalysering, då detektion av F. tricinctum och F. avenaceum tillsammans önskas. Vid jämförelse av tidigare studier av andra fusariumarter har det visats att ingen stor variation av temperatur eller koncentration har påverkat resultaten enligt artikel av Fredlund E, et al I artikeln redovisas att generellt ger högre temperatur ett högre C T -värde och lägre temperatur ett lägre C T -värde. Denna slutsats överensstämmer med de resultat som erhölls med MGB-metoden men inte med TMAV-metoden. Resultaten för precision visade att TMAV-metoden var linjär till koncentrationen 0,16 pg/µl och MGB-metoden till 1,6 pg/µl. Precisionen blev sämre vid lägre koncentrationer, vilket överensstämmer med tidigare studier som gjorts (Fredlund E, et al. 2010). Det innebär att metoden får en sämre och större precisionsvariation vid högre spädningskoncentrationer till skillnad från MGB-metoden som hade ett högre CV-värde redan vid låga spädningskoncentrationer. Slutsatsen som kan dras är att TMAV-metoden uppvisade bättre precision än MGB-metoden. Sammanfattningsvis visade metodvalideringsresultaten för inklusion och exklusion, robusthet, effektivitet och precision för TMAV-metoden att den inkluderar F. avenaceum och
27 exkluderar andra arter. Metoden var mest robust vid högre annealingstemperatur, 62ºC, och med lägre reagenskoncentration, amplifieringseffektiviteten för realtids-pcr var inom godkänt intervall och gav minst precisionsvariation vid spädning 10-1 till MGB-metoden detekterade inte endast F. avenaceum utan även F. tricinctum. Metoden var som mest robust vid lägre annealingstemperaturer och högre reagenskoncentration men hade liksom TMAVmetoden en god amplifieringseffektivitet. MGB-metoden visade ett högre CV vid lägre koncentrationer, vilket innebär en stor precisionsvariation. Det som kan konstateras är att F. avenaceum bör analyseras med TMAV-metoden och anpassas till robustheten. MGB-metoden rekommenderas vid duplex analys då detektion av F. avenaceum och F. tricinctum önskas. För att i framtiden kunna effektivisera arbetet testades en duplexanalys där respektive detektionsmetod för F. avenaceum användes i kombination med en detektionsmetod för F. poae. Den specialgjorda mastermixen som kunde detektera två målsekvenser Quanta Perfecta, visade ett bättre och tidigare amplifieringsvärde för både F. avenaceum och F. poae i jämförelse med singelplex analysering med tillhörande originalmastermix TaqMan. En duplexanalys skulle kunna visa sig relevant att köra i framtiden. Vid detektion av okända veteprover användes båda detektionsmetoderna för F. avenaceum. TMAV-metoden kunde detektera målsekvensen i samtliga 31 prover, dock i en mycket låg mängd i vissa fall (tabell 7). MGB-metoden kunde likaså detektera en viss mängd av F. avenaceum i alla 31 prover. Skillnaden mellan metoderna var dock att MGB-metoden detekterade en högre mängd F. avenaceum-dna än vad TMAV-metoden kunde göra på samma prover. Eftersom MGB-metoden vid specificitetsanalysen visade att även F. tricinctum kunde detekteras, kan det vara en orsak till den stora spridningen på korrelationskurvan mellan de två metoderna och ett R 2 -värde på 0,22 (figur 4). När punkter med höga detekterade DNA-mängder togs bort från korrelationskurvan blev det ett bättre
28 R 2 - värde, 0,91 (figur 4). MGB-metodens höga DNA-resultat kan alltså ha orsakats av att spår från F. tricinctum amplifierats. Av metodvalideringen kan slutsatsen dras att båda metoderna kan användas för detektion av F. avenaceum i naturligt kontaminerade prover från vete. MGB-metoden kan även kombineras vid en önskad detektion av F. tricinctum och F. avenaceum i samma analys. TMAV-metoden ger en specifik detektion av F. avenaceum men kan optimeras ytterligare vad gäller annealingstemperatur och reagenskoncentration. Båda metoderna kan användas i duplex analysering med F. poae. I framtiden kommer metoderna att kunna inkluderas i kartläggningsprojekt där ett intresse finns att kvantifiera enniatinproducerande mögelsvampar. Från tidigare publicerade arbeten om enniatinproducerande svampar i andra länder har man lyckats detektera F. avenaceum med TMAV-primrar och prober i vete (Yli-Mattila T, et al. 2006; Halstensen A, et al. 2006). Det kan nu konstateras att tillväxt av enniatinproducerande svampar som Fusarium avenaceum finns i Sverige.
29 REFERENSER Fredlund E, Gidlund A, et al. Method evaluation of Fusarium DNA extraction from mycelia and wheat for down-stream real-time PCR quantification and correlation to mycotoxin levels. Journal of Microbiological Methods (1), s Fredlund E, Gidlund A, et al. Real time-pcr detection of Fusarium species in Sweden oats and correlation to T-2 and HT-2 toxin content. World Mycotoxin Journal (3), s Fredricks D, Smith C, et al. Comparison of six DNA extraction methods for recovery of fungal DNA as assessed by quantitative PCR. Journal of Clinical Microbiology (43:10), s Halstensen A, Nordby K, et al. Real time-pcr-detection of toxigenic Fusarium in airborde and settled grain dust and associations with trichotecene mycotoxins. Journal of Environmental Monitoring (8), s Kubista M, Andrade J. M, et al. The real-time polymerase chain reaction. Molecular Aspects of Medicine (27), s Nicolaisen M, Suproniene S, et al. Realtime-PCR for quantification of eleven individual Fusarium species in cereals. Journal of Microbiological Methods (76:3), s Schaafsma A.W, Hooker D.C, et al. Climatic models to predict occurrence of Fusarium toxins in wheat and maize. International Journal of Food Microbiology (119), s
30 Uhlig S, Jeestoi M, et al. Fusarium avenaceum The North European situation. International Journal if food Microbiology (119), s Waalwijk C, van der Heide R, et al. Quantitative detection of Fusarium species in wheat using TaqMan. European Journal of Plant Pathology (110), s Yli-Mattila T, Paavanen-Huhtala S, et al. Genetic variation, real-time PCR, metabolites and mycotoxins of Fusarium avenaceum and related species. Mycotoxin Research (22:2), s
Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR
Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia
Läs merPolymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction The Polymerase Chain Reaction Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt Från kursplan: Studenten skall kunna: förklara grundläggande principer
Läs merMolekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter Vad, När, Var och Hur? Jessica Ögren Länssjukhuset Ryhov Juni 2012 Molekylärbiologiska metoder De senaste två decennierna har molekylärbiologiska tekniker
Läs merBakgrund. Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning. Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år
Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning Rapsarealen i Sverige 2008 Ann-Charlotte Wallenhammar, 2 Charlotta Almquist, Anna Redner och 3 Anki Sjöberg HS Konsult AB, Örebro
Läs merDNA FRÅN BLOD & KINDCELLER
EQUALIS Användarmöte, Molekylärdiagnostik 2012 Quality Hotel, Ekoxen, Linköping 7 8 november, 2012 DNA FRÅN BLOD & KINDCELLER Majid Osman, kemist, PhD Klinisk kemi, Linköping DNA stabilitet Provtagning
Läs merLägesrapport från Fusarium - projekt i höstvete och havre
Lägesrapport från Fusarium - projekt i höstvete och havre Brunnby 17 januari 07 Cecilia Lerenius SJV Fusarium-projekt i höstvete och havre Inventering av axfusarioser och fusariumtoxiner i höstvete (05
Läs merMetodutveckling för detektion av jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärt och oljeväxter
Metodutveckling för detektion av jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärt och oljeväxter Ann-Charlotte Wallenhammar 1, Charlotta Almquist 2,3 and Anders Jonsson 2,3
Läs merRealtids-PCR. icycler BioRad, mikrotiterplattor. LightCycler Roche, kapillärer. ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor
Realtids-PCR icycler BioRad, mikrotiterplattor LightCycler Roche, kapillärer ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor Molekylärbiologisk metodik T3 ht 2011 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt
Läs merTillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2011/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering
Läs merDisposition. snabb bedömning med ny metod. Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta
Risken för f klumprotsjuka säker och snabb bedömning med ny metod Disposition Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta Ann-Charlotte Wallenhammar HS Konsult AB Örebro Kravet
Läs merFusarium erfarenheter från Västsverige
Fusarium erfarenheter från Västsverige Lars Johansson Jordbruksverkets växtskyddscentral i Skara ÖSF-konferens Linköping 28 november 2012 Källa: Land 18 november 2011 Vanliga frågor i väst Vad är DON?
Läs merDNA-labb / Plasmidlabb
Översikt DNA-labb Plasmidlabb Preparation och analys av -DNA från Escherichia coli Varför är vi här idag? Kort introduktion till biokemi och rekombinant DNA- teknologi Vad skall vi göra idag? Genomgång
Läs merJANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND
MPCR Multiplex Polymerase Chain Reaktion JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND Vad är multiplex PCR Variant av PCR Möjliggör samtidigt att amplifiera (masskopiera) många målsekvenser i en enda reaktion.
Läs merLaboration DNA. Datum:16/11 20/ Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson
Laboration DNA Datum:16/11 20/11 2015 Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson Material och metod Materiallista hänvisas till labhandledning s.3 (BIMA15 ht 2015, Lab III: DNA.) Uppsamling
Läs mer2012-01-24. Fusarium - ett rådgivarperspektiv Brunnby den 18 januari 2012 Lars Johansson Jordbruksverkets växtskyddscentral Skara
Fusarium - ett rådgivarperspektiv Brunnby den 18 januari 2012 Lars Johansson Jordbruksverkets växtskyddscentral Skara Mer än 100 olika arter Även variation inom arter Konidierna, hjälp vid identifiering
Läs merSlutrapport - Förstudie om Alternariaförekomst i potatis och behandlingseffekter 2013 i Mellansverige.
1 Slutrapport - Förstudie om Alternariaförekomst i potatis och behandlingseffekter 2013 i Mellansverige. Lisa Andrae, Rådhuset Nordfalan Eva Edin, Institutionen för Skoglig mykologi och växtpatologi, SLU
Läs merAnvändning av PCR i växtodlingen. Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara
Användning av PCR i växtodlingen Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara Innehåll Introduktion qpcr och andra DNA-metoder Biologisk markkartering av jordburna patogener DNA-baserade diagnos av bladfläckar på vete
Läs merFusariumsvampar och dess toxiner i svenskodlad vete och havre
Rapport 2-2014 Fusariumsvampar och dess toxiner i svenskodlad vete och havre - rapport från kartläggningstudie 2009-2011 av Elisabeth Fredlund och Mats Lindblad LIVSMEDELS VERKET NATIONAL FOOD AGENCY,
Läs merLaboratoriemetod för att manuellt rena DNA från ett prov på 0,5 ml
Laboratoriemetod för att manuellt rena DNA från ett prov på 0,5 ml För att rena genomiskt DNA från insamlingssatser tillhörande Oragene och ORAcollect -familjerna. Besök vår hemsida, www.dnagenotek.com,
Läs merCentrum för genetisk identifiering Fisk, kräftor och musslor som edna metod och fältprover
RAPPORT Datum Dnr 1(11) 2016-12-31 4.1-33-2015, 4.1-728-2015 (NRM). SLU.aqua.2015.5.1-188 (SLU) Centrum för genetisk identifiering Fisk, kräftor och musslor som edna metod och fältprover Postadress: Besöksadress:
Läs merNorovirus i vatten - vad vet vi och hur kan kunskapen användas?
Norovirus i vatten - vad vet vi och hur kan kunskapen användas? Avstamp från genomförda projekt Elisabeth Hallin Innehåll Bakgrund Projektet Resultat Slutsatser Foto: Scandinav Sid 3. Dricksvattenburna
Läs merCirkulerande cellfritt DNA
Cirkulerande cellfritt DNA - en introduktion Anne Ricksten Equalismöte 2016-11-14 Vad är cirkulerande fritt DNA (cfdna)? Extracellulärt DNA som finns i cirkulationen Fragmenterat DNA, medelstorlek på ca
Läs meredna i en droppe vatten
edna i en droppe vatten Patrik Bohman SLU Institutionen för akvatiska resurser Sötvattenslaboratoriet Källa: https://www.slu.se/institutioner/akvatiska-resurser/sok-publikation/aqua_reports/ edna projekt
Läs merKring blomning var väderleken relativt torr och försöket bevattnades därför vid tre tillfällen med 20 mm vid varje tillfälle.
Skörderestens etydelse för fusarium i höstvete, SJV001 Rapport mars 2011 Michaela Baumgardt, HIR Malmöhus AB Cecilia Lerenius, Jordruksverkets växtskyddscentral, Skara Lars Persson, Brandserga gård Inledning
Läs merSARQA nätverksträff Rengöring och gränsvärden, nya riktlinjer. Ruth-Aimée Kornfeldt QAssure Consulting AB
SARQA nätverksträff 2015-04-15 Rengöring och gränsvärden, nya riktlinjer Ruth-Aimée Kornfeldt QAssure Consulting AB EU-GMP Part 1 Förhindra korskontaminering Idealet är dedicerade enheter Riskbedömning
Läs merODLING, HANTERING OCH LAGRING AV FODER I ETT FÖRÄNDRAT KLIMAT - ETT KLIMATANPASSNINGSVERKTYG
ODLING, HANTERING OCH LAGRING AV FODER I ETT FÖRÄNDRAT KLIMAT - ETT KLIMATANPASSNINGSVERKTYG Josefine Elving & Erik Nordkvist Avdelningen fö kemi, miljö och foderäkerhet SVA ATT FÖREBYGGA BILDNING AV MYKOTOXINER
Läs merInstruktion för analys av fraktionen Aromater >C16-C35
RAPPORT 1(5) Lorena Olivares, Patrick Lindén, lorena.oilivares@sis.se, patrick.linden@sis.se Instruktion för analys av fraktionen Aromater >C16-C35 T:\TK 535\02 SIS TK N-dokument\SIS TK 535 N 012 SIS-instruktion
Läs merValidering av en multiplex realtids-pcr för direkt detektion av Herpes simplex virus och Varicella zoster virus
Örebro universitet Institutionen för hälsovetenskap och medicin Enheten klinisk medicin Program: Biomedicinsk analytikerprogrammet Kurs: Biomedicinsk laboratorievetenskap, Examensarbete Datum: 2015-05-23
Läs merMetodutvärdering I. Metodutvärdering -validering. Metodutvärdering II. Metodutvärdering III
Metodutvärdering I Metodutvärdering -validering Nya metoder utvecklas för att Förbättra noggrannhet och precision Tillåta automation Minska kostnader Arbetsmiljö Bestämning av ny analyt Metoden måste verifieras
Läs merEvaluation and optimization of four real-time PCRs, using TaqMan-probes, for detection of and discrimination between barley, oat, rye and wheat
Examensarbete 15hp Vt 2008 Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi Biomedicinska analytikerprogrammet Evaluation and optimization of four real-time PCRs, using TaqMan-probes, for detection
Läs merDroplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV
Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV Sara Thulin Hedberg, Molekylärbiolog, PhD Lorraine Eriksson, Kerstin Malm, Maria A Demontis*, Paula Mölling, Martin Sundqvist, Graham
Läs merValidering av realtids-pcr-metod för Herpes simplex- och Varicella-zoster virus
Seminarieversion/arbetsmaterial Validering av realtids-pcr-metod för Herpes simplex- och Varicella-zoster virus Rachel Savill Examensarbete, 15 hp, kandidatuppsats Huvudområde: Biomedicinsk Laboratoriemetodik
Läs merTaqMan Sample-to-SNP Kit - evaluation of kit for low-cost and fast preparing of DNA-samples before genotype analysis
Institutionen för Biokemi och Mikrobiologi Biomedicinska analytikerprogrammet Examensarbete 15 hp, vt 2009 TaqMan Sample-to-SNP Kit - evaluation of kit for low-cost and fast preparing of DNA-samples before
Läs merCelest Trio. Paras lähtö hyvälle kasvulle Den bästa starten för en god tillväxt
Paras lähtö hyvälle kasvulle NYHET för betning av spannmålsutsäde För betning av utsäde av stråsäd. Bekämpar utsädesburna och jordburna sjukdomar som angriper växten i grodd- och broddstadiet Flytande
Läs merGenkloning och PCR av tetracyklinresistensgen. från pacyc184 till puc19
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184 till puc19 Årskull: Laborationsrapport i Molekylärbiologisk laboratoriemetodik, termin 3
Läs merInstitutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3
Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3 Laborationsdatum: 17 22 november 2010 Grupp: 2 Projekt: Rening och
Läs merDevelopment of a DNA-extraction method from cereal samples for PCR-detection and identification of potentially thricotheceneproducing
Development of a DNA-extraction method from cereal samples for PCR-detection and identification of potentially thricotheceneproducing Fusarium species. Frank E. Hammar. Institutionen för medicinsk biokemi
Läs merSWESIAQ Swedish Chapter of International Society of Indoor Air Quality and Climate
Swedish Chapter of International Society of Indoor Air Quality and Climate Aneta Wierzbicka Swedish Chapter of International Society of Indoor Air Quality and Climate Independent and non-profit Swedish
Läs merUtvärdering av BD MAX enteric parasite panel på ett kliniskt laboratorie
Utvärdering av BD MAX enteric parasite panel på ett kliniskt laboratorie Georgina Isak a, Leigh Davidsson a, Stina Boräng b, Silvia Botero-Kleiven b a Enhet för parasitologi och vattenburen smitta, Folkhälsomyndigheten
Läs merUtveckling av multiplex realtids PCR metod för detektion av kalvdiarrévirus hos nöt
Utveckling av multiplex realtids PCR metod för detektion av kalvdiarrévirus hos nöt Bakgrund Diarré hos nötkreatur är ett av de viktigaste sjukdomskomplexen i industrialiserade länder, inklusive Sverige.
Läs merVärt att veta om mögel
Värt att veta om mögel Anna-Sara Claeson Institutionen för psykologi Umeå universitet Seminarium om inomhusmiljö och hälsa, Umeå 28 februari 2013 Allmänt om mikroorganismer Vad? Mögel, jäst, rötsvamp,
Läs merBestämning av fluoridhalt i tandkräm
Bestämning av fluoridhalt i tandkräm Laborationsrapport Ida Henriksson, Simon Pedersen, Carl-Johan Pålsson 2012-10-15 Analytisk Kemi, KAM010, HT 2012 Handledare Carina Olsson Institutionen för Kemi och
Läs merQuantiferon-TB Gold Plus
Quantiferon-TB Gold Plus Verifiering av metoden, svarsrutiner, problem och fallgropar Torbjörn Kjerstadius 2017-03-14 Vad är Quantiferon-TB Gold Plus? Quantiferon TB-Gold Plus (QFT) är en Interferon Gamma
Läs merDetektion av Streptococcus agalactiae (GBS) från selektiv odlingsbuljong med MALDI-TOF och illumigene
Detektion av Streptococcus agalactiae (GBS) från selektiv odlingsbuljong med MALDI-TOF och illumigene Emma Sjöberg Handledare: Martin Sundqvist, M.D., Ph.D. Avdelningen för Klinisk mikrobiologi Karlskrona,
Läs merOptimering av realtids-pcr för identifiering och kvantifiering av Humant T-lymfotropt virus
Örebro Universitet Institutionen för hälsovetenskap och medicin Enheten för klinisk medicin Program: Biomedicinsk analytiker Kurs: BMLV C, Biomedicinsk laboratorievetenskap, Examensarbete, HT12 Datum:
Läs merProvsvar: Analys av DNA från mikroorganismer i rumsdamm
Provsvar: Analys av DNA från mikroorganismer i rumsdamm Prov från Ånässkolan uttaget av Olle Wedenmark Ergo-Tek Provplatsen var 401 och provet var märkt 401. Provnummer 08-260-016. Provet togs ut 2008-02-18
Läs merLAB 12. Preparation och analys av plasmid-dna från E.coli
Institutionen för biokemi och biofysik LAB 12 Preparation och analys av plasmid-dna från E.coli Basåret 2012 (finns på basårshemsida: www.kemi.su.se, välj Basår) INTRODUKTION I denna laboration ska vi
Läs merMikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience
Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience Mikrobiologins tekniksprång Den högteknologiska mikrobiologin erbjuder idag nya verktyg för att förebygga smittspridning och öka produktsäkerhet.
Läs merChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.
Bruksanvisning revision 6 (December 2008) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning
Läs merSäkrare trindsädsädesodling till mogen skörd i ekologisk odling. Rapport januari 2009
Säkrare trindsädsädesodling till mogen skörd i ekologisk odling Ann-Charlotte Wallenhammer 1, Åsa Käck 2, Lars Olrog 2, Charlotta Almqvist 3 och Eva Stoltz 1 1 HS Konsult AB, Örebro. 2 HS Väst, 3 Eurofins
Läs merCoatest SP Factor VIII 82 4086 63 Swedish revision 12/2004
AVSETT ÄNDAMÅL Kitet är avsett för fotometrisk bestämning av faktor VIII-aktivitet i plasma, antikoagulerad med citrat vid diagnostisering av FVIII-brist eller för monotorering av patienter i substitutionsterapi
Läs merKoncentrationsbestämning med hjälp av spädningsteknik och spektrofotometri
Umeå universitet Biomedicinska Analytikerprogrammet Koncentrationsbestämning med hjälp av spädningsteknik och spektrofotometri Årskull: Laborationsrapport i Grundläggande laboratorievetenskap, termin 1
Läs mer/LGM. Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores
2008-01-18/LGM Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores Syfte: Med två olika DNA extraktionsmetoder försöka få fram tillräckligt mycket celler
Läs merDNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores. Niklas Dahrén
DNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores Niklas Dahrén Användningsområden för DNA-analys Ta reda på vems DNA som har hittats på en brottsplats. Faderskapsanalys. Identifiera
Läs merDetektion av Borrelia burgdorferi IgG. med hjälp av ELISA
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Detektion av Borrelia burgdorferi IgG med hjälp av ELISA Årskull: Laborationsrapport i immunologi termin 3 Laborationsdatum: Inlämnad: Godkänd: Handledare:
Läs merPreparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin
Datum på laborationen: 2010-11-16 Handledare: Alexander Engström Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin Namn/Laborant: Jacob Blomkvist Medlaborant: Emmi Lindgren Antonia Alfredsson
Läs merDNA-ordlista. Amplifiera: Att kopiera och på så sätt mångfaldiga en DNA-sekvens med hjälp av PCR.
DNA-ordlista Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra. Detta gör att man kan urskilja var och hur mycket de skiljer sig från varandra, vilket är ett av de mest grundläggande sätten att analysera
Läs merValidering av kontroller. Equalis användarmöte Håkan Janson Klinisk mikrobiologi, Region Kronoberg
Validering av kontroller Equalis användarmöte 2017-03-14 Håkan Janson Klinisk mikrobiologi, Region Kronoberg Tillgång till stabila kontroller krävs för: Jämförelse av metoder Byte av reagenser och substrat
Läs merartus EBV QS-RGQ Kit Prestandaegenskaper Maj 2012 Sample & Assay Technologies Analytisk sensitivitet plasma artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1,
artus EBV QS-RGQ Kit Prestandaegenskaper artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1, 4501363 Verificar a disponibilidade de novas revisões de rotulagem electrónica em www.qiagen.com/products/artuscmvpcrkitce.aspx
Läs merSLF-projekt: Inventering av axfusarioser och fusariumtoxiner i höstvete
SLF-projekt: Inventering av axfusarioser och fusariumtoxiner i höstvete Thomas Börjesson, Lantmännen Hans Pettersson, SLU Lars Persson, Findus/Brandsberga Gård Cecilia Lerenius, SJV Väst Gunilla Berg,
Läs merTillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2004/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering
Läs merDNA-LCT -13910 C>T, Taqman alleldiskriminering, Malmö
1(5) DNA-LCT -13910 C>T, Taqman alleldiskriminering, Malmö Bakgrund, indikation och tolkning Enzymet laktas finns i tunntarmens enterocyter och möjliggör digestionen av diasackariden laktos/mjölksocker
Läs merMögel och mykotoxiner i livsmedel
Rapport 4-2009 Riskprofil Mögel och mykotoxiner i livsmedel av Elisabeth Fredlund, Lilianne Abramsson Zetterberg, Anna-Maria Thim och Monica Olsen Foto: Flemming Lund, Mögelinfekterade bönor LIVSMEDELS
Läs merImmunteknologi, en introduktion. Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser.
Immunteknologi, en introduktion Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser. Antikroppar genereras av b-lymphocyter, som är en del av de vita blodkropparna Varje ursprunglig
Läs merBestämning och identifiering av bakterien Clostridium perfringens. Koloniräkningsteknik.
Ansvarig Marjaana Hakkinen, Sida/sidor 1 / 6 Bestämning och identifiering av bakterien Clostridium perfringens. Koloniräkningsteknik. 1 Metodreferenser och avvikelser ISO 7937:2004 (SC 37 C/20 h ingjutning,
Läs merCentrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2015
RAPPORT Datum Dnr 1(7) 2017-11-07 4.1-628-2015 Centrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2015 Postadress: Besöksadress: Telefon: 08-519 540 00 Box 50007 Frescativägen
Läs merProgram: Biomedicinska analytikerprogrammet, inriktning laboratoriemedicin. Kurs: BMLV C, Biomedicinsk laboratorievetenskap, Examensarbete, BL1701
Örebro Universitet Institutionen för hälsovetenskap och medicin Enheten för klinisk medicin Program: Biomedicinska analytikerprogrammet, inriktning laboratoriemedicin Kurs: BMLV C, Biomedicinsk laboratorievetenskap,
Läs merOptimization and validation of the method lactose intolerance genotyping with real-time PCR
Institutionen för Medicinsk Biokemi och Mikrobiologi Biomedicinska analytikerprogrammet Examensarbete 15 hp, ht 2010 Optimization and validation of the method lactose intolerance genotyping with real-time
Läs merUtvärdering av extraktionsrobot 2009
Projektrapport Utvärdering av extraktionsrobot 2009 Sara Frosth, Statens veterinärmedicinska anstalt Stina Bäckman, Totalförsvarets Forskningsinstitut Linn Farhadi, Smittskyddsinstitutet Annelie Lundin
Läs merVISK. Hur går vi tillväga för att analysera virus från. Oslo Slutkonferens VISK 19 mars 2013. vattenprover? Fredrik Nyström
VISK Hur går vi tillväga för att analysera virus från vattenprover? Oslo Slutkonferens VISK 19 mars 2013 Fredrik Nyström Agenda Problematiken kring virusanalyser i råvatten Analysmetodik för virus i: Råvatten
Läs merSören Andersson. Professor, prefekt, överläkare. Institutionen för medicinska vetenskaper Örebro universitet & Laboratoriemedicin, Region Örebro län
Konfirmation av HIV och HTLV Sören Andersson Professor, prefekt, överläkare Institutionen för medicinska vetenskaper Örebro universitet & Laboratoriemedicin, Region Örebro län Diagnostiska principer HIV
Läs merMolekylärgenetiskt verktyg för diagnos av T- resp. B-cellslymfom i vävnad/paraffin Diagnostik av Lymfom. Olika ingångar för B-, resp. T-cellslymfom Metodiker: - Morfologi (Mikroskopi) - Immunohistokemi
Läs merMögel i inplastat grovfoder med hög torrsubstanshalt
Mögel i inplastat grovfoder med Jessica Schenk, Inst. för husdjurens uodring och vård och Inst. för skoglig mykologi och växtpatologi, SLU, jessica.chenck@slu.se Jessica Schenk är husdjursagronom med e
Läs merKontrollhandbok Provtagning. Del 4 Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov
Kontrollhandbok Provtagning Del 4 Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov Innehåll Mikrobiologisk bedömning av livsmedelsprov... 3 Vem ska bedöma livsmedelsprov?... 3 Bedömningsterminologi... 4 Hur
Läs merMykotoxiner fysiologiska effekter Alnarp Ursula Nord Bjerselius, leg vet Avdelning för foder ,
Mykotoxiner fysiologiska effekter Alnarp 2006-03-29 Ursula Nord Bjerselius, leg vet Avdelning för foder 018-674225, ursula.bjerselius@sva.se Foderrelaterade djurhälsostörningar Mykotoxikos Mykotoxiner
Läs merPEC: European Science Teacher: Scientific Knowledge, Linguistic Skills and Digital Media
PEC: Fredagen den 22/9 2006, Forum För Ämnesdidaktik The aim of the meeting A presentation of the project PEC for the members of a research group Forum För Ämnesdidaktik at the University of Gävle. The
Läs merS-IGF1, isys, IDS Malmö
1(7) S-IGF1, isys, IDS Malmö Bakgrund, indikation och tolkning IGF-1 är en proinsulinliknande molekyl som består av en peptidkedja om 70 aminosyror med 3 disulfidbryggor. Molekylvikten är 7 649 Da. IGF-1
Läs merRapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo
KDB 541/11: Rapport 1 Rapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo Jämförelse av två inlämningsmetoder 212-1-26 Innehållsförteckning 1. Bakgrund 3 2. Metod 3 3. Resultat 3 4. Slutsats
Läs merJämförelse av kommersiella och InHouse kontroller för realtids-pcr vid diagnostik av Herpes simplexvirus 1 och 2
Jämförelse av kommersiella och kontroller för realtids-pcr vid diagnostik av Herpes simplexvirus 1 och 2 HUVUDOMRÅDE: Biomedicinsk laboratorievetenskap FÖRFATTARE: Nelly Palma Jansson, Samuel Karlsson
Läs merProjekt. Provtagning av köttfärs i butik. Miljö och hälsoskydd Falkenbergs Kommun
Miljö och hälsoskydd Projekt Provtagning av köttfärs i butik 2008 Miljö och hälsoskydd Falkenbergs Kommun 1(5) Sammanfattning För att kontrollera den hygieniska kvaliteten på butiksmald köttfärs har provtagning
Läs merKvalitetssäkring och Validering Molekylära Metoder. Susanna Falklind Jerkérus Sektionen för Molekylär Diagnostik Karolinska Universitetslaboratoriet
Kvalitetssäkring och Validering Molekylära Metoder Susanna Falklind Jerkérus Sektionen för Molekylär Diagnostik Karolinska Universitetslaboratoriet Vem/Vad styr oss? 98/79/EG - IVD direktivet Lagen (1993:584)
Läs merAnalys av råvatten och dricksvatten vid oväntad mikrobiologisk förorening
Analys av råvatten och dricksvatten vid oväntad mikrobiologisk förorening Anette Hansen, Folkhälsomyndigheten 171130 Svenskt Vatten Forskning och innovation för säkert dricksvatten Anette.Hansen@folkhalsomyndigheten.se
Läs merOptimering och validering av PCR-metod för diagnostik av svampinfektioner i nagel
Optimering och validering av PCR-metod för diagnostik av svampinfektioner i nagel Ann-Marie Bergdahl Biomedicinska analytikerprogrammet, 180 högskolepoäng Naturvetenskapliga institutionen, Högskolan i
Läs mer- Sänkt pris för B-PEth den bästa alkoholmarkören. - Ändrade referensintervall för barn och vuxna: P-Kreatinin P-Ferritin P-Järn P-Transferrin
Version 1.0 LABORATORIEMEDICIN Laboratorienytt Nr 2, april 2012 Innehåll: 2-4 Klinisk kemi - Sänkt pris för B-PEth den bästa alkoholmarkören - Ny och bättre metod för analys av 25-hydroxi Vitamin D i serum
Läs merHandbok för therascreen KRAS RGQ PCR Kit
Augusti 2012 Handbok för therascreen KRAS RGQ PCR Kit 24 Version 2 För in vitro-diagnostisk användning För användning med instrumentet Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM eller instrumentet Rotor-Gene Q 5plex HRM
Läs merMILJÖARKEOLOGISKA LABORATORIET
MILJÖARKEOLOGISKA LABORATORIET RAPPORT nr. 2015-035 Markkemisk och fysikalisk analys av jordprover från Gørløsegård, MNS50090, Hillerød Kommune, Danmark. Samuel Eriksson & Anna Lundberg INSTITUTIONEN FÖR
Läs merStrain or plasmid Genotype Reference or source 2 Salmonella enterica 1 TR6583; formerly SA2929 mete205 ara-9 K. Sanderson via J.
SUPPLEMENTAL INFORMATION Structure and Mutational Analysis of the Archaeal GTP:AdoCbi-P Guanylyltransferase (CobY) from Methanocaldococcus jannaschii: Insights into GTP Binding and Dimerization. Sean A.
Läs merMykotoxinbildande mögelsvampar Stödjande instruktion för livsmedelskontrollen
Mykotoxinbildande mögelsvampar Stödjande instruktion för livsmedelskontrollen Här beskrivs de viktigaste typerna av mykotoxinbildande mögelsvampar och dess egenskaper. Här beskrivs också mögelsvamparnas
Läs merVinterkräksjuka. Säsongen 2010. Fredrik Idving Hygiensjuksköterska
Vinterkräksjuka Säsongen 2010 Fredrik Idving Hygiensjuksköterska Allmänt om vinterkräksjuka Årets säsong Historik Hur vi hanterar ett utbrott Virus som orsakar magsjuka Calicivirus Norovirus, vinterkräksjuka
Läs merWSP Jerbol Sjögatan 29 383 30 Mönsterås Tel: +46 499 125 60 www.wspgroup.se/jerbol
SPORNERFALLSANALYS Analysrapport nr 14328, Ormstaskolan Vallentuna Uppdragsgivare MCA Analys AB Vallstanäsvägen 82 195 70 Rosersberg Laboratorium WSP Jerbol Sjögatan 29 383 30 Mönsterås Tel: +46 499 125
Läs merInternationella erfarenheter: Publicerade resultat kring cut off- värden för jordnöt
Internationella erfarenheter: Publicerade resultat kring cut off- värden för jordnöt Jenny van Odijk Leg. Dietist, Med dr. Sahlgrenska Universitetssjukhuset Referenser Codreanu F et al. A novel immunoassay
Läs merDetektion av Fusobacterium necrophorum med realtids-pcr och odling
Institutionen för naturvetenskap Examensarbete Detektion av Fusobacterium necrophorum med realtids-pcr och odling Olle Johansson Huvudområde: Biomedicinsk laboratorievetenskap Nivå: Grundnivå 2010:BL11
Läs merDelprov 3 Vetenskaplig artikel. Namn: Personnummer:
Delprov 3 Vetenskaplig artikel Namn: Personnummer: Länk till artikeln: https://jamanetwork.com/journals/jamaneurology/fullarticle/2588684 Question #: 1 I denna uppgift ska du läsa en vetenskaplig artikel
Läs merSalmonella control in pig production in Sweden. Helene Wahlström, Zoonosiscenter, SVA
Salmonella control in pig production in Sweden Helene Wahlström, Zoonosiscenter, SVA s ZoonosCenter Historik salmonella Imp. Alvesta 9000 90 1:st 1:st salmonellaregulation SWEDISH SALMONELLA CONTROL PROGRAMMES
Läs merKritiska fukttillstånd kopplat till mögelmodeller Lars Wadsö, Byggnadsmaterial LTH
Kritiska fukttillstånd kopplat till mögelmodeller Lars Wadsö, Byggnadsmaterial LTH Fuktcentrum Lund 30 Nov 2017 Mögel Mold is a serious problem in the construction sector and the mold is in most cases
Läs merPROVSVAR: ANALYS AV DNA FRÅN MIKROORGANISMER I RUMSDAMM
PROVSVAR: ANALYS AV DNA FRÅN MIKROORGANISMER I RUMSDAMM Objekt Provtagare Provplats Märkning Provnummer Provtagningsdatum Analysdatum Norra Sorgenfrids Gymnasium Tomas Abrahamson, Avonova Hälsa Syd L129,
Läs merCHANGE WITH THE BRAIN IN MIND. Frukostseminarium 11 oktober 2018
CHANGE WITH THE BRAIN IN MIND Frukostseminarium 11 oktober 2018 EGNA FÖRÄNDRINGAR ü Fundera på ett par förändringar du drivit eller varit del av ü De som gått bra och det som gått dåligt. Vi pratar om
Läs merNamn: student x & student y Kurs: FAGBH0 Utförd: 090526
Laboration: Isolering av kinin Namn: student x & student y Kurs: FAGBH0 Utförd: 090526 Handledare: Patrik Holm 1 Innehållsförteckning Innehållsförteckning... 2 Sammanfattning... 3 Inledning... 3 Utförande...
Läs merStiftelsen Allmänna Barnhuset KARLSTADS UNIVERSITET
Stiftelsen Allmänna Barnhuset KARLSTADS UNIVERSITET National Swedish parental studies using the same methodology have been performed in 1980, 2000, 2006 and 2011 (current study). In 1980 and 2000 the studies
Läs merChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.
Bruksanvisning revision 7 (Februari 2009) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning
Läs mer