Jämförelse av kommersiella och InHouse kontroller för realtids-pcr vid diagnostik av Herpes simplexvirus 1 och 2
|
|
- Christer Ivarsson
- för 4 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Jämförelse av kommersiella och kontroller för realtids-pcr vid diagnostik av Herpes simplexvirus 1 och 2 HUVUDOMRÅDE: Biomedicinsk laboratorievetenskap FÖRFATTARE: Nelly Palma Jansson, Samuel Karlsson HANDLEDARE: Olaf Dienus, Molekylärbiolog, Lisa Stark, Metodspecialist JÖNKÖPING 2018 juni
2 Sammanfattning Herpes simplexvirus 1 och 2 orsakar godartade sjukdomar, men kan även orsaka mortalitet. Diagnostik av herpes simplexvirus 1 och 2 utförs numera framför allt med realtids- Polymerase chain reaction (PCR). I metoden amplifieras specifika deoxiribonukleinsyra(dna)-sekvenser till miljontals kopior vilka sedan detekteras med fluorescein. I realtids-pcr sätts positiva och negativa kontroller. De positiva kontrollerna kan vara eller kommersiella. Tolkningen av resultatet inkluderar inspektion av kontrollerna. DNA utsätts för nedbrytningsprocesser av olika slag, och kan förvaras på olika sätt för att upprätthålla stabilitet. Syftet med studien var att jämföra laboratoriets -kontroller med två kommersiella kontroller, för att utvärdera vilken av dessa som var mest stabila över tid. Utvärderingen utfördes genom att analysera tre kontroller med realtids-pcr, efter att de hade förvarats i -20 C, i 5 C och i 20 C, och var spädda i TE-buffert eller i PCR-vatten. De kommersiella och -kontrollerna visade sig vara jämbördiga. Vidare studier som görs under längre tid, i större omfattning och där koncentrationerna är samma för varje kontroll, föreslås. Nyckelord: DNA, förvaring, stabilitet. 2
3 Summary Comparison of commercial and controls for real-time PCR in the diagnosis of herpes simplex viruses 1 and 2 Herpes simplex viruses 1 and 2 which usually cause benign diseases but can even cause mortality. The diagnostics of herpes simplex virus 1 and 2 are performed with real-time Polymerase chain reaction (PCR). In the real-time PCR method, specific deoxyribonucleic acid (DNA) sequences are amplified into millions of copies which are then detected with fluorescein. Positive and negative controls are used in real-time PCR. The positive controls can be or commercial. The interpretation of the results includes inspection of the controls. DNA is subject to degradation processes of different kinds and can be stored in different ways to maintain stability. The purpose of the study was to compare the laboratory's controls with two commercial controls, to evaluate which of these were more stable over time. The evaluation was performed by analyzing the three controls with real-time PCR after they were stored in temperatures at -20 C, at 5 C and at 20 C, and were diluted in TE-buffer or in water. The commercial and controls proved to be equitable. Further studies carried out for a longer period of time, to a greater extent and where concentrations are the same for each control are suggested. Keywords: DNA, storage, stability. 3
4 Innehållsförteckning Bakgrund... 1 Herpes simplexvirus... 1 DNA-extraktion... 1 Polymerase chain reaction... 2 Amplifiering... 2 Realtids-PCR... 3 Prober... 4 Smältpunktsanalys... 5 Kontroller... 6 DNA-stabilitet... 7 Problemställning... 7 Syfte... 8 Material och metod... 9 Extraktion... 9 Spädningar och förvaring... 9 Primer och hybridiseringsprober Mastermix och provsättning Analys med realtids-pcr Bedömningskriterier Datainsamling och statistisk analys Etiska överväganden Resultat HSV I PCR-vatten I TE-buffert HSV I PCR-vatten I TE-buffert
5 Diskussion Zeptometrix Förvaringsmedium Spädningar Jämförelse av kontrollers stabilitet Slutsatser Omnämnanden Referenser Bilagor Bilaga 1: Resultattabell.... Bilaga 2: Körningsscheman
6 Bakgrund Herpes simplexvirus Herpes simplexvirus-1 (HSV 1) och herpes simplexvirus-2 (HSV 2) tillhör släktet herpesvirus. Herpesvirus innehåller en kapsid med dubbelsträngat DNA. Kapsiden är omgärdad av ett lipidhölje som innehåller glykoproteiner. Virusen som är vanligt förekommande i hela världen orsakar godartade sjukdomar men kan även orsaka allvarlig sjukdom och dödlighet, speciellt hos immunsupprimerade (1). HSV 1 och HSV 2 smittar genom kroppsvätskor, och tar sig genom innerverande nerver till ganglion och etablerar en latent infektion efter primärinfektionen. Viruset kan återvända till den ursprungliga platsen för infektion och orsaka smittsamma sår, vanligen orala och genitala, men kan även drabba andra kroppsdelar. I vissa fall kan viruset skada ögonen, orsaka encefalit eller meningit. Infektionen kan smitta från mor till barn vid förlossningen, så kallad neonatal HSV, vilket kan få allvarliga följder, till exempel disseminerad infektion, kutan manifestation och encefalit (1, 2). Oral herpes orsakas vanligtvis av HSV 1 och är förknippad med encefalit medan genital herpes vanligtvis orsakas av HSV 2 och är förknippad med meningit (3). Provtagning för virusen görs vanligtvis med steril bomullspinne i blåsor eller hudlesioner och tas i ett sterilt rör med natriumkloridlösning. Vid infektion i centrala nervsystemet (CNS) tas ett likvorprov i ett sterilt rör utan tillsats (4, 5). I Sverige är diagnostisering av HSV 1 och HSV 2 med polymerase chain reaction (PCR) vanligast (2). DNA-extraktion Det finns flera metoder för att extrahera DNA ur analysmaterial såsom organisk isolering, till exempel fenol och kloroform, oorganisk isolering, till exempel natriumacetat och isopropanol, och fastfas-isolering, till exempel silikatbaserade produkter. Vid fastfas-isolering extraheras DNA ur det organiska materialet genom antingen en silikat-kolonn eller genom så kallade magnetiska kulor (6). Dessa består av ferromagnetiska järnoxider beklädda med syntetiska eller biologiska polymerer som binder till DNA (7). Cellerna lyseras i en buffert med hög salthalt och lågt ph för att fälla ut proteiner. Vid användning av magnetiska kulor (med bundet DNA) tvättas de med buffert i flera steg genom att de hålls fast av en yttre magnet. DNA:t kan sedan 1
7 elueras med en svag basisk buffert innehållande låg salthalt. Det finns automatiserade metoder för att kunna utföra fastfas-isolering av DNA (6). Polymerase chain reaction PCR är en metod där specifika nukleinsyra-sekvenser amplifieras, vanligen deoxiribonukleinsyra (DNA), där den specifika sekvensen kan kopieras upp till miljontals kopior för att möjliggöra analyser (6). Amplifiering Amplifiering innebär att DNA-kopior bildas från ett templat genom flera cykler. En cykel är vanligtvis indelad i två eller tre steg. I det första steget, denaturering, upphettas reaktionslösningen till en temperatur på 94 C till 98 C och det dubbelsträngade DNA:t delas upp i två enkelsträngar, även kallat templat. Templatet används som mall för kopiering eller syntetisering av en komplementerande sträng. I det andra mest kritiska steget, hybridisering, binder två sekvensspecifika primrar in till det enkelsträngade DNA:t. Primrarna anger vilken del av templatet, som kommer bli förökat. Detta sker i en temperatur mellan 50 C till 70 C. Det sista steget kallas elongering, där primrarna initierar polymeras att syntetisera en kopia av DNA-strängen. I detta steg adderas nukleotiderna (adenin, tymin, guanin och cytosin) till primrarna. Adenin binder till tymin, och guanin binder till cytosin, med vätebindningar, och vice versa. Detta sker i en temperatur (ca 72 C) där polymeraset är som mest effektivt. I slutet av detta steg har ett dubbelsträngat DNA blivit replikerat och två identiska kopior har skapats. Cykeln har avslutats och en ny kan påbörjas (Figur 1). För varje cykel ökar antalet kopior exponentiellt (6). PCR-produkten kallas för amplikon. Amplikonen detekteras genom att färga produkten med ett kemiskt färgämne (till exempel etidiumbromid). Ett annat sätt att detektera amplikonen är att märka PCR-primrar eller nukleotider med fluorescenserande färger före PCRamplifiering, till exempel vid realtids-pcr (8). 2
8 Figur 1. Principen för polymerase chain reaction. 1. Denaturering: Dubbelsträngat DNA blir enkelsträngat DNA. 2. Hybridisering: Primrar binder till DNA-templat. 3. Elongering: Polymeras syntetiserar DNA med utgångspunkt från primrarna. 4. En kopia av den ursprungliga dubbelsträngade DNA har bildats (9). Realtids-PCR En vidareutveckling av PCR-tekniken är realtids-pcr även kallat qpcr, där amplifieringen kan följas i realtid. Mängden templat kan detekteras med fluorescerande molekyler som antingen kan vara i fri form eller bundna till så kallade prober. Vid realtids-pcr erhålls en amplifieringskurva baserad på flourescensnivån, där x-axeln visar antalet cykler medan y-axeln visar mängden amplikon som är kopplad till flourescensnivån (10). Ett tröskelvärde motsvarar den fluorescensnivå som tillväxtkurvan ska passera för att tolka provet som positiv (Figur 2). När amplifieringskurvan skär tröskelvärdet kan x-axeln läsa av cykeltröskelvärdet (Ct-värdet). Ett prov med lågt Ct-värde innehåller fler templat från början (6). Genom en standardkurva med kända koncentrationer kan ett Ct-värde kopplas till DNA-templatets koncentration. Ct-värdet är omvänt proportionellt mot templatets koncentration (11). 3
9 Figur 2. Amplifieringskurva för realtids-pcr. x-axeln anger antalet genomgångna cykler och y-axeln anger fluorescensnivån. Tröskelvärdet motsvarar fluorescensnivå som tillväxkurvan ska passera för att tolka provet som positivt. Ct-värde visar det antalet cykler där kurvan skär tröskelvärdet. Prober Det finns flera typer av prober. En typ är hydrolyseringsprobe, till exempel Taqman, vilket hybridiserar till en målsekvens på templatet och har två fluoroforer. Den ena fluoroforens energi i form av ljus absorberas av den andra fluoroforen, en så kallad quencher. När polymeras passerar målsekvensen och bryter ner proben frigörs den ena fluoroforen från quenchen och en signal kan skickas ut. En annan typ av probe är Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET). Proben består av nukleotider med var sin fluorofor med olika excitations- och emissionsspektra. Dessa binder in till amplifieringsprodukten med några nukleotiders mellanrum och emitterar ljus vid en specifik våglängd, vilket inte sker i fri lösning. FRETprober liksom SYBR green kan användas vid smältpunktsanalys. SYBR green binder till den dubbelsträngade produkten och ger sen en fluorescenssignal (10). 4
10 Figur 3. Detektion av målsekvenser med FRET-prober med var sin fluorofor (A) som vid bindning till amplifieringsprodukten (B) emitterar ljus i en specifik våglängd (12). Smältpunktsanalys Smältpunktsanalys av DNA är den temperatur där hälften av ett dubbelsträngat DNA blir enkelsträngat. Den temperaturen är specifik för sekvensen av den särskilda DNA-produkten. Smältpunktsanalys används för att upptäcka genetiska variationer och mutationer, till exempel för att skilja HSV 1 från HSV 2 (10, 13). Den amplifierade produkten värms upp gradvis. Temperaturen ökas några tiondels grader per sekund samtidigt som fluorescensen mäts. Smältpunkten beror på sekvensens sammansättning och längd (14). De dubbelsträngade DNA-sektionerna med flera baspar cytosin-guanin kräver högre temperaturer än de sektioner som har fler baspar med adenin-tymin, eftersom cytosinguanin binds till varandra med tre vätebindningar, medan adenin-tymin binder till varandra med två vätebindningar (13). 5
11 Kontroller Sedan PCR-tekniken introducerades i laboratorievärlden har kontamination varit ett problem som lett till falska positiva analysresultat. Kontamination är ett problem som finns inbyggt i tekniken eftersom det amplifieras upp mångfaldiga målmolekyler som sedan fungerar som templat för ny amplifiering. Ett annat problem som förekommer vid användning av PCRtekniken är inhibition (15) vilket innebär att amplifiering försämras eller helt förhindras och kan bero på en rad olika faktorer (16). Inhibition varierar mellan olika provtyper och påverkas av vilken typ av extraktionsmetod som används. Dessa problem har lett till att olika kontroller används vid PCR-baserade metoder för diagnostik (15). Kontroller är prover av känd typ och i vissa fall känd koncentration (6). Syftet med dessa kontroller är att förvissa sig om att alla steg i metoden blir som förväntat och säkerställer god kvalité. Vilka kontroller som används i en given metod beror delvis på vilket kontrollmaterial som finns tillgängligt för just den målsekvensen. Och det kan vara och kommersiella kontroller. Vid val av kontroller vägs också kvalitetsnivån in mot analyskostnaden. En standardiserad nomenklatur för kontroller i Sverige finns inte, men följande definitioner av kontroller är enligt referensmetodiken för molekylärbiologisk diagnostik: Extern amplifieringskontroll (positiv kontroll) kontrollerar reagenserna. Den består av en målsekvens av bestämd koncentration, är positiv och amplifieras separat från provet. För att kontrollera kontamination av reagenser och ospecifik amplifiering används negativ amplifieringskontroll (negativ kontroll). Den innehåller inget positivt material. Positiv extraktionskontroll extraheras tillsammans med provet. Denna kontroll består av ett bestämt antal målorganismer. Slutligen finns negativ extraktionskontroll som extraheras tillsammans med prover och med positiv extraktionskontroll. Den innehåller ingen målsekvens och kontrollerar kontamination vid extraktionen. Tolkning av resultat inkluderar alltid först en inspektion av kontrollerna för att verifiera ett pålitligt analysutförande (6). Med introduktion av realtids-pcr har risken för kontamination minskat, eftersom amplifieringen och detektionen äger rum i ett slutet system (15). Material som är avsett att användas som kontroller delas vanligtvis upp i mindre volym, alikvotering och förvaras. Insamlat material kan då användas under en längre tid (17) och upprepad infrysning och upptining (som har en negativ påverkan av materialet) undvikas (18). 6
12 DNA-stabilitet De kemiska processer som påverkar just DNA-stabilitet in vivo är hydrolys av vatten, oxidering av syre och icke-enzymatisk metylering som är orsakad av ett flertal små reaktiva molekyler (19). ning är den mest vanliga metoden för att förvara DNA-extrakt. DNA kan förvaras i längre perioder i torkad form, i flytande kväve eller i etanol i -80 C. Etanol och kväve som förvaringsmedium kräver att DNA isoleras och förflyttas till en vattenbuffert för analyser. Dessa manipulationer är inte önskvärda när kontroller behövs regelbundet (20). Kylda kontroller kan hålla i veckor medan frysta kontroller kan hålla i månader (21). Vatten är därför det mest lämpliga mediet. DNA utsätts dock i högre grad för nedbrytningsprocesser i vatten såsom depurinering, depyrimidination, deaminering och hydrolytisk klyvning. Jonstyrkan hos lösningen påverkar depurineringsgraden, så en förvaring i saltlösning, i motsats till låg jonstyrka, är att föredra. Vid frånvaro av nukleaser och förvaring av DNA i saltlösning med ph 8,4 så kommer de vanligaste skadorna orsakas av oxidation. Vid närvaro av övergångsmetaller, som järnjoner, så ökar nivåerna av oxidation. De-metallering kan signifikant reducera degradering under förvaringen. Kelater, som EDTA, i lösningen begränsar de metallkatalyserade reaktionerna, till exempel kan väteperoxid och järnjoner bilda DNA-nedbrytande fria radikaler (20). TE-buffert innehåller TRIS, ph 8 och en låg koncentration av EDTA och är kompatibel för sekvensering och enzymatiska applikationer (22). Problemställning Vid diagnostisering av herpesvirus på Länssjukhuset Ryhov har det visat sig att kontrollerna blir instabila över tid. Det kan finnas en rad olika faktorer som ligger till grund till detta, som typ av kontroller, kontrollens förvaringsmedium och temperaturer. I vår studie ska dessa faktorer studeras under sex veckor, för att kunna se vad som är avgörande för stabila kontroller. 7
13 Syfte Syftet med studien var att jämföra laboratoriets -PCR-kontroller för diagnostik av HSV 1 och HSV 2 med två kommersiella kontroller, för att utvärdera vilka av dessa som är mest stabil efter sex veckor. I utvärderingen jämfördes även hur förvaringsmedium och förvaringstemperaturer påverkar. 8
14 Material och metod I studien användes tre olika typer av externa amplifieringskontroller: -kontroller och två kommersiella kontroller. -kontrollerna bestod av blandade patientprover som var positiva för HSV 1 och 2 från den molekylärbiologiska avdelningen på Laboratoriemedicin, Länssjukhuset Ryhov Jönköping. De kommersiella kontrollerna var Quantitative Genomic (American Type Culture Collection (), Manassas, USA) som var rent extraherat DNA och NATrolTM-molecular control (Zeptometrix, New York, USA) vilket var hela inaktiverade viruspartiklar. Samtliga kontroller var för HSV 1, och HSV 2. Den negativa kontrollen bestod av molekylärbiologisk rent vatten (PCR-vatten). Extraktion DNA från - och Zeptometrix-kontrollerna extraherades med Biorobot EZ1 advanced XL (Qiagen, Hilden, Tyskland) med EZ1 DNA tissue kit (Qiagen) enligt tillverkarens instruktioner. Den ursprungliga koncentrationen för Zeptometrix-kontrollerna var enligt tillverkaren 50 kopior (c)/ µl, för -kontrollerna var koncentrationen okänd. Av 200 µl kontroll, extraherades och eluerades 100 µl. Den teoretiskt erhållna koncentrationen för Zeptometrix-kontrollerna var då 100 c/ µl. Spädningar och förvaring För -kontrollen, vars ursprungliga DNA-koncentration var c/ µl, utfördes två spädningsserier, en med PCR-vatten och en med tio gånger utspädd TE-buffert (Tris-EDTA, 1x solution, ph 8.0, Molecular Biology, Fisher BioReagents) till följande koncentrationer: , 1 000, 500, 250, 100, 50, 25, och 10c/ 5µL. På samma sätt utfördes två spädningsserier med samma spädningssteg för -kontrollerna. Samtliga spädningsserier analyserades med realtids-pcr i triplikat. Tre av de åtta spädningarna valdes ut för HSV 1 och HSV 2 i respektive lösningsmedium (Tabell 1). För att veta koncentrationerna av dessa upprättades en standardkurva baserad på de kända koncentrationerna för -kontrollerna. En spädning med låg koncentration (10c/ 5 µl), en spädning med mellankoncentration (ex 50c/ 5 µl) och en spädning med hög koncentration (ex 500c/ 5 µl) valdes ut. 9
15 Tabell 1. Antal kopior per PCR-reaktion för -, - och Zeptometrix-kontrollerna för HSV 1 och 2. Zeptometrix Koncentration HSV 1 HSV 2 HSV 1 HSV 2 HSV 1 HSV 2 (c/5 µl) (c/5 µl) (c/5 µl) (c/5 µl) (c/5 µl) (c/5 µl) Hög (500) 40 (500) (100) 2 (100) Låg (50) 1 (50) Teoretiska koncentrationer Av detta urval alikvoterades 25 µl spädningarna i mikrocentrifugrör och förvarades i tre olika temperaturer, rumstemperatur (RT) 20 o C, i kyl 5 o C och i frys 20 C. Spädningar från extraherad Zeptometrix-kontroll gjordes i följande koncentrationer: 500, 100 och 50c/5 µl. Samtliga tre koncentrationer alikvoterades och frystes in i -20 C. En alikvot per koncentration och temperatur analyserades varje vecka under 6 veckors tid. Primer och hybridiseringsprober De primrar och hybridiseringsprober (TIB Molbiol, Berlin, Tyskland) som användes tillsammans med LightCycler FastStart DNA Master-HybridizationProbes kit (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Tyskland) anges i tabell 2. De virala DNA-sekvenserna amplifierades med specifika primrar, och detekterades med hybridiseringsprober märkta med Fluorescein och LightCycler Red 640. Signalen från mottagarproben detekterades vid 640 nanometer. De reagenser som användes förvarades enligt tillverkarens rekommendationer. 10
16 Tabell 2. Primrar och prober som användes för analys av Herpes simplexvirus typ 1 och 2 med realtids-pcr. Koncentration Sekvens Primers pol A 10µM 5 -TGC GGT TGA TAA AGC GCA GT pol F 20µM 5 -GCT CGA GTG CGA AAA AAC GTT C Prober Koncentration Sekvens FLU 18µM 5 -GCG CAC CAG ATC CAC GCC CTT GAT GAG C-FL LCR 18µM 5 -LC Red640-CTT GCC CCG CAG ATG ACG CC * Beteckningarna anger namn på primrar och prober. Värdena i parentes anger koncentrationerna i PCR. Primar pol A och pol F står för delar av polymerasgenen. FLU står för Fluorescein och LCR står för LightCycler Red 640. Mastermix och provsättning Mastermix för HSV bereddes enligt Tabell 3. Alla reagenser centrifugerades kort, mastermixen blandades, placerades i ett kylblock och användes direkt efter beredning. Tabell 3. Reagenser som ingår i mastermixen för en PCR-reaktion. HSV Volym (µl) PCR-vatten 10,45 MgCl 2 0,8 HSV pol A 0,5 HSV pol F 0,5 HSV FLU 0,5 HSV LCR 0,5 Polymerasmix 2,0 I en 96-hålsplatta, (LightCycler 480 Multiwell Plate 96, white; Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Tyskland) pipetterades 15 µl mastermix till respektive brunn. PCR-vatten tillsattes som negativ kontroll till avsedda brunnar och 5 µl av respektive kontroll tillsattes enligt följande: varje virus analyserades i två 96-hålsplattor enligt samma pipetteringsschema. Den ena plattan innehöll kontroller som förvarats i TE-buffert och den andra innehöll kontroller som förvarats i PCR-vatten. I dessa plattor sattes HSV 1 eller HSV 2 i form av -, - 11
17 och Zeptometrix-kontroller. På varje platta sattes de tre olika kontrollerna i de tre olika förvaringstemperaturerna (med undantag för Zeptometrix-kontrollen som enbart förvarades i frys), och i de tre olika spädningarna. Alla kontroller (i de tre koncentrationerna) sattes i triplikat (Bilaga 2) Efter att ha förslutit plattan centrifugerades den i Universal 320 Hettich Zentrifugen (Andreas Hettich GmbH & Co. KG, Tuttlingen, Tyskland) vid 1800 x g i 2 minuter. Analys med realtids-pcr Analyserna gjordes i realtids-pcr-instrumentet LightCycler 480 II (Roche). Trestegamplifiering med följande termoprofil gjordes enligt instruktioner (Tabell 4). Tabell 4. Termoprofil med trestegsamplifiering för Herpes simplexvirus typ 1 och 2. Aktivering Amplifiering Smältning Kylning Segment Cykler (antal) Måltemperatur ( C) Tid (s) Temp ökning ( C/s) ,2 20 Mätningstyp Enkel Kont Signalen från proberna detekterades i red 640 kanalen. Kontrollernas Ct-värden och kurvornas intensitet bedömdes (Figur 4), samt de negativa kontrollerna. HSV 1 påvisas när en produkt har en smältpunkt på ~58,0 o C och när en produkt i samma kanal har en smältpunkt på ~70 C är HSV 2 påvisad (Figur 5). 12
18 Figur 4. Amplifieringskurva för HSV 1 (brun) och HSV 2 (röd). Figur 5. Smältkurvor för HSV 1 (blå) och HSV 2 (brun). Bedömningskriterier De kriterier som användes för att klassificera kontrollernas stabilitet var om dessa uppvisade en ökning av Ct-värdet på mer än 2,5 cykler efter sex veckors tid. Även kontroller som under de sex veckorna uppvisat två negativa mätningar klassificerades som instabila. Avvikande värde i triplikatet kategoriserades som bortfall och exkluderades. 13
19 Datainsamling och statistisk analys Analysdatamaterialet samlades in från instrumentet och sorterades efter de olika kriterierna: förvaringstemperatur, koncentration, förvaringsmedium och kontroll baserat på art och typ av kontroll. Den insamlade datan för varje kategori var inte tillräcklig för att göra statistisk analys, därför gjordes enbart en deskriptiv analys. Etiska överväganden Studien var ett utvecklingsarbete för diagnostik och innefattar inte något spårbart patientmaterial; enbart avidentifierade positiva prover för tillgång till virusmaterial som insamlats av rutinverksamheten användes. Inga etiska överväganden eller godkännanden behövdes därför. Utvärdering och jämförelser av kontroller är väl berättigade för att bevara en hög säkerhet och kvalitet för diagnostiken inom laboratoriemedicin. 14
20 Resultat Kontrollerna analyserades under sex veckor för att observera stabilitet när de förvarats under olika förhållanden. Av de stabila kontrollerna så ökade Ct-värdena i 64% av fallen. Inga negativa kontroller blev positiva. För att jämföra och få en översikt över kontrollernas teoretiska koncentrationer, bestämda koncentrationer och Ct-värden, upprättades en tabell (Tabell 5). 15
21 Tabell och Zeptometrix-kontrollernas teoretiska och bestämda (med standardkurvan) koncentrationerna i kopior per 5µL, samt Ct-värde för dem låg, medel och hög koncentrationerna. Detta för HSV 1 och 2 förvarat i PCR-vatten och TE-buffert. HSV 1 Zeptometrix Vatten TE-buffert Vatten TE-buffert Teoretisk koncentration (c/5µl) Bestämd koncentration (c/5µl) Ct-värde (cykler) Ct-värde (cykler) Teoretiskkoncentration (c/5µl) Ct-värde (cykler) Ct-värde (cykler) Teoretisk koncentration (c/5µl) Bestämd koncentration (c/5µl) Ct-värde (cykler) Låg ,07 39, ,33 37, ,51 38, ,64 35, Hög ,13 34, ,22 32, ,95 HSV 2 Zeptometrix Vatten TE-buffert Vatten TE-buffert Teoretisk koncentration (c/5µl) Bestämd koncentration (c/5µl) Ct-värde (cykler) Ct-värde (cykler) Teoretiskkoncentration (c/5µl) Ct-värde (cykler) Ct-värde (cykler) Teoretisk koncentration (c/5µl) Bestämd koncentration (c/5µl) Ct-värde (cykler) Låg ,77 41, ,63 35, ,57 35, ,90 33, Hög ,38 34, ,64 28, ,59 16
22 HSV 1 I PCR-vatten För HSV 1 som förvarats i PCR-vatten uppvisade -kontrollerna vid låg koncentration instabilitet. och höga koncentrationer för de kontroller som förvarats i kyl eller frys var stabila, medan de kontroller som förvarats i rumstemperatur var instabila vid alla koncentrationer (Tabell 6). Ct-värdena hade i det fallet ökat med 9 % (3,3 cykler) i genomsnitt jämfört med kontroller förvarade i övriga temperaturer som ökat med 4 % (1,3 cykler). kontrollerna i PCR-vatten visade sig alla vara stabila vid alla temperaturer och koncentrationer. Alla Zeptometrix-kontrollerna i PCR-vatten var stabila förutom de med låg koncentration där två mätningar blivit negativa vid två tillfällen. I TE-buffert För de HSV 1-kontroller som förvarats i TE-buffert uppvisade -kontrollerna instabilitet vid låga koncentrationer. och höga koncentrationer var stabila med undantag för de frysta kontrollerna i medelkoncentration. Alla frysta - och Zeptometrix-kontroller var instabila i TE-buffert. Alla övriga -kontroller i TE-buffert var stabila (Tabell 6). 17
23 Tabell 6. Variation i stabiliteten från vecka 1 till vecka 6. HSV 1 Zeptometrix RT Låg Hög Låg Hög Låg Hög Vatten * 0 0 0* TE * 0* 0* Kyl Vatten * TE ** * Vatten *** * 0 0 TE * ** 0* ** * * * Pil ner anger en förändring i Ct-värde som är större än 2,5 cykler eller där två av resultatet varit negativa. 0 anger en förändring i Ct-värde som är mindre än 2,5 cykler. Låg, medel och hög anger koncentrationer. RT, kyl och frys anger förvaringstemperaturer. Vatten och TE står för lösningsmedier som kontrollerna förvarats i. 500c/ 5µL för Zeptometrix i TE-buffert fanns inte att analysera. * Ett negativt värde vid ett analystillfälle förekom. ** Två negativa värden vid ett analystillfälle förekom. *** Tre negativa värden vid ett analystillfälle förekom. 18
24 HSV 2 I PCR-vatten HSV 2-kontroller i PCR-vatten visade sig vara stabila i alla koncentrationer och temperaturer med undantag för de låga -kontrollerna, vilka var instabila (Tabell 7). I TE-buffert -kontrollerna klassificerades som instabila vid låga koncentrationer. Övriga kontroller var stabila med undantag för medelkoncentrationen för kontroller förvarade i frys. (Tabell 7). 19
25 Tabell 7. Variation i stabiliteten från vecka 1 till vecka 6. HSV 2 Zeptometrix RT Låg Hög Låg Hög Låg Hög Vatten * TE 0 0* 0 0* Kyl Vatten * TE Vatten *** 0 0* TE ** 0* * 0* Pil ner anger en förändring i Ct-värde som är större än 2,5 cykler eller där två av resultatet varit negativa. 0 anger en förändring i Ct-värde som är mindre än 2,5 cykler. Låg, medel och hög anger koncentrationer. RT, kyl och frys anger förvaringstemperaturer. Vatten och TE står för lösningsmedier som kontrollerna förvarats i. 500c/ 5µL för Zeptometrix i TE-buffert fanns inte att analysera. * Ett negativt värde vid ett analystillfälle förekom. ** Två negativa värden vid ett analystillfälle förekom. *** Tre negativa värden vid ett analystillfälle förekom. 20
26 Diskussion Syftet med studien var att jämföra laboratoriets -PCR-kontroller för diagnostik av HSV 1 och HSV 2 med två kommersiella kontroller. Under sex veckor gjordes analyser för att studera vilken av dessa kontroller som var mest stabil över tid. I utvärderingen jämfördes förvaringsmedium och temperatur. Lämpliga koncentrationer valdes efter Ct-värden från PCRanalys. Totalt utfördes 222 mätningar per virus. Det resultat som erhölls ledde till att förvaringsmedium och temperaturer för respektive kontroll kunde jämföras med varandra. Liknande studier har tidigare gjorts där stabiliteten av DNA undersökts över tid, men i dessa fall har undersökningarna gjorts under längre tid än sex veckor. Dessa studier har likt vår jämfört DNA-stabilitet i frys, i kyl och i rumstemperatur, men även andra temperaturer har undersökts, till exempel 37 C och 50 C. Jämförelser har även gjorts mellan olika förvaringsbuffertar. Nämnda undersökningar har gjorts i större omfattningar där statistiskt signifikanta skillnader kunnat fastställas till skillnad från denna studie (23, 24). Att inga negativa kontroller blev positiva tyder på att ingen kontamination förekommit och att utförandet kan bedömas vara acceptabelt. Det är alltid en risk att jobba med mycket positivt material särskilt över tid. Eftersom alla koncentrationer av kontroller sattes i triplikat kunde det resultat som avvek från de två övriga identifieras och exkluderas. De kriterier som användes för att bedöma kontrollernas stabilitet baserades på om det förekommit negativa resultat mer än två gånger (för samma kontroll, koncentration, förvaringstemperatur och förvaringsmedium) eller om det skett en ökning av Ct-värdet som var större än 2,5 cykler. En negativ mätning på grund av slumpen kan tolereras, men om det förekommer upprepade gånger är det tillräckliga skäl för att bedöma kontroller som instabila och därmed olämplig att använda som kontroll. En förändring med 3,3 cykler motsvarar en tiofaldig förändring i koncentrationen (25) och skulle därför kunna användas för att identifiera stora avvikelser, men få mätningar uppvisade så stora avvikelser. Därför valdes ett snävare intervall på 2,5 cykler för att inkludera de resultat som tydligt visade på ökade Ct-värden. Att Ct-värdena i många fall tenderade att öka något även vid stabila fall beror troligtvis på att DNA bröts ner (20). För -kontrollerna som laboratoriet nu använder visade de låga koncentrationerna på en tydlig instabilitet, vilket är förväntat. Dessa var främst instabila på grund av mätningar i triplikaten, som var negativa. Enligt resultatet från standardkurvorna innehåller dessa endast ett 21
27 fåtal kopior per reaktion. Ingen skillnad mellan HSV 1 och HSV 2 kunde observeras förutom att HSV 1 var mer känsliga vid förvaring i rumstemperatur. DNA degraderas i rumstemperatur och utan speciella förvaringsmedier är det inte en lämplig förvaringsform (23, 24). Med tanke på detta är det anmärkningsvärt att så många kontroller trots allt visade sig vara stabila i rumstemperatur under studien. -kontrollerna för båda virustyperna var stabila i medelkoncentration och i frysning, vilket är den rekommenderade förvaringstemperaturen. Kontrollerna var även stabila i medelkoncentration när de förvarades i kyla vilket ger orsak att fundera över om det är nödvändigt att göra en nedfrysning och en upptining inom några få veckors intervall. De kommersiella kontrollerna från visade på en tydlig stabilitet vid förvaring i PCRvatten. I enbart ett fall hade en mätning av tre blivit negativ. Detta var en kontroll med hög koncentration som förvarats i rumstemperatur. Detta var ett oväntat resultat med tanke på antalet kopior vid mätningen (500c/ 5µL). Troliga anledningar till att resultatet blivit negativ kan vara för lite eller inget kontrollmaterial eller mastermix i brunnen, eller något fel vid alikvoteringen. Eftersom det bara skett vid ett enstaka tillfälle och i en ej rekommenderad förvaringstemperatur så bör inte någon större vikt läggas vid detta. Zeptometrix Det fanns bara frysta kontroller för Zeptometrix under studien. Kontrollen visade på god stabilitet vid förvaring i PCR-vatten (förutom HSV 1 i låg koncentration). Den teoretiska koncentrationen efter extraktion för Zeptometrix låg på 500 c/ 5 µl, medan den koncentrationen som bestämdes genom standardkurvan låg på 30 c/ 5 µl för HSV 1 och 40 c/ 5 µl för HSV 2. Det ger anledning att fråga hur pass nära den verkliga koncentrationen ligger tillverkaren och hur pass bra utbytet är vid DNA-extraktionen. Har rätt spädning utförts vid upprättandet av standardkurvan? Var till exempel koncentrationerna för -kontrollerna rätt? Det kan också vara en kombination av fel koncentrationer och dåligt utbyte eftersom skillnaden är så stor. Förvaringsmedium I studien användes både PCR-vatten och TE-buffert som förvaringsmedium. I många fall visade det sig att kontrollerna spädda i TE-buffert som förvarats i frys var instabila. Många av dessa hade minst en mätning i triplikat som blev negativt under studien. Detta kunde observeras genomgående men var mer tydligt för HSV 1. Dessutom hade en negativ mätning i triplikatet 22
28 observeras i en något högre frekvens för TE-buffert jämfört med PCR-vatten för alla temperaturer och koncentrationer. Kombinationen TE-buffert och frys fungerade sämre under studien jämfört med PCR-vatten. Någon förklaring till detta har inte hittats i litteraturen. EDTA, en komponent i TE-buffert kan verka kelaterande på magnesium, som i sin tur kan inhibera PCR-reaktionen. En för hög koncentration av bufferten kan ha varit en faktor. (26) Enligt resultatet som fåtts i denna studie så rekommenderas inte TE-buffert som förvaringsmedium med tanke på att kontrollerna i verksamheten förvaras i frys. Men frågan är om kontrollerna håller bättre i TE-buffert än i PCR-vatten i längden? Förvaring i kyl och rumstemperatur visade sig vara bättre i TE-buffert i studien och förvaring i kyl ska hålla i upp till tre år (27). Spädningar Koncentrationen för respektive spädning i spädningsserierna som gjordes för kontrollerna var okända, men späddes i lika stora spädningssteg som gjordes för, som i detta fall hade känd koncentration. Spädningsserierna analyserades med realtids-pcr. De lägsta spädningarna var avsedda att vara de lägst detekterbara koncentrationerna i triplikat. Detta för att från början kunna ha en stabil låg koncentration med positivt resultat. Denna kontroll kommer med stor sannolikhet bli negativt efter en tid. En lämplig kontroll ska vara i så låg koncentration som möjligt men vara stabilt detekterbar över tid. Det förekom dock inte så pass låga spädningar att det fanns några negativa resultat i spädningsserien som utfördes, således valdes de spädningar med lägst koncentration att analyseras. Ct-värdena för kontrollerna låg på minst 37 cykler. Så höga Ct-värden tyder på att det fanns få DNA-kopior. Kontrollerna låg ändå innanför gränsen för var som var detekterbart. -kontrollerna låg på minst 33 cykler och därmed fanns det fler kopior än i -kontrollerna och de kunde förmodligen spätts i ytterligare några steg. Optimalt hade varit att göra ytterligare spädningssteg för att hitta den lägst detekterbara spädningen, men studiens tidsram var begränsad. Därför prioriterades inte detta. De höga koncentrationerna valdes utifrån Ct-värden som motsvarar en så hög koncentration av kopior att kontrollen förmodligen skulle hålla sig stabil under alla sex veckor. koncentrationerna valdes mellan den höga och den låga koncentrationen, för att den förmodligen ligger nära en lämplig koncentration för en kontroll, med åtanke att den låga kontrollen antagligen skulle bli negativt med tiden. Koncentrationerna för Zeptometrixkontrollen valdes utifrån tillverkarens angivelse av koncentration och uppmätt Ct-värde till att approximativt ligga nära de övriga kontrollernas koncentrationer, vilket det i efterhand visade 23
29 sig göra. Även här kunde en spädningsserie upprättats likt de övriga kontrollerna under optimala förutsättningar. Genom att alikvotera kontrollerna med utvalda spädningarna kunde det material som behövdes för varje analystillfälle tas fram smidigt. En stor mängd alikvoter behövde göras på så kort tid som möjligt för att kunna förvara dem i vald temperatur på ett likvärdigt sätt. Vidare studier skulle med en annan metod kunna fastställa kontrollernas verkliga koncentration. Sedan kunde koncentrationerna justerats så att antalet kopior per reaktion blir lika för alla tre spädningskategorier som då blir mer jämförbara. Jämförelse av kontrollers stabilitet -kontrollen som används på länssjukhuset Ryhov visade sig i den här studien hålla en bra stabilitet jämfört med de kommersiella kontrollerna. Enbart i de fall där koncentrationerna var låga eller varit förvarat i TE-buffert uppvisade instabilitet. hade visserligen mer stabila kontroller vid låga koncentrationer, men dessa hade också något högre koncentrationer, baserad på Ct-värde, jämfört med de övriga kontrollerna För kontroller som förvarade i TEbuffert visade -kontrollerna sig vara mer stabila både i kyl och i frys. En aspekt är priset där -kontroller har fördelen av att inte kosta någonting i inköp. I maj 2018 kostade kopior av HSV 1/HSV 2 från 3940 SEK medan samma antal kopior för samma virus kostade 5920 SEK från Zeptometrix. (Stark, Lisa. Muntlig referens. Medicindiagnostik Länssjukhuset Ryhov Jönköping ) Dessutom så förloras kopior vid extraktionen. Så är billigare än Zeptometrix. Studien var kort, bara sex veckor, men utifrån den data som insamlats finns det ingen större anledning att sluta använda -kontrollen. Vilken koncentration som är lämplig är inte helt lätt att svara på. Både HSV 1 och HSV 2 blir instabila vid runt ett tiotal kopior per 5 µl. Enligt den egna metodvalideringen ligger detektionsgränsen vid 50 c/ 5 µl för HSV 1 och under 5 c/ 5µL för HSV 2 (28). En kontroll bör ligga något över dessa värden. Något som talar för är att den kan användas som enbart extern amplifieringskontroll. Dessutom står tillverkaren för kvalitén av kontrollen och om något inte fungerar är det upp till företaget att lösa problemet. Men vid användning av -kontroller, om kvalitén av olika anledningar sviktar måste problemet lösas på plats. Någon skillnad mellan - och Zeptometrix-kontrollerna i PCR-vatten kunde inte ses. Både kontrollerna för HSV 1 och 2 tenderade att klara sig bättre i TE-buffert jämfört med 24
30 Zeptometrix. Fördelen med Zeptometrix jämfört med är att den kan användas både som extraktionskontroll och extern amplifieringskontroll, men här kan inte koncentrationen fastställas med lika stor säkerhet som med. 25
31 Slutsatser Analysresultaten som erhölls för de kommersiella kontrollerna och Zeptometrix, visar att stabiliteten hos dessa kontroller är likvärdiga med -kontrollerna, som för närvarande används på laboratoriet på molekylärbiologiska avdelningen på Laboratoriemedicin, Länssjukhuset Ryhov. När det gäller förvaringstemperaturerna, är kontrollerna något känsligare för rumstemperatur än vad de är för kyl och frys. PCR-vatten som förvaringsmedium verkar vara stabilare än TE-buffert, särskilt när TE-buffert kombinerades med frystemperatur. Vidare studier som görs under längre tid, i större omfattning och där koncentrationerna är samma för varje kontroll, behövs göras. Detta för att kunna dra mer generella slutsatser. 26
32 Omnämnanden Ett stort tack till våra handledare, Lisa Stark, metodspecialist, Olaf Dienus, molekylärbiolog, och Ann-Christin Nordqvist, metodansvarig biomedicinsk analytiker för vägledning och stöd under hela studiens gång. Även tack till Molekylärbiologiska avdelningen, Laboratoriemedicin, Medicindiagnostik Länssjukhuset Ryhov Jönköping för gott bemötande. 27
33 Referenser 1. Murray P, Rosenthal K, Pfaller M. Medical microbiology. 8th ed. Philadelphia: P.A. Elsevier; p Referensmetodik. Herpes simplexvirus typ 1 och 2 (CNS). NS), [ ] PCR assay for herpex simplex virus and varicella zoster virus. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical. 2013;46(5): Referensmetodik. Genital herpessimplex-provtagning. 3. Rodrigues D, de-paris F, Minuto Paiva R. Minimum detection limit of an nested [ ] 5. Referensmetodik. Nukleinsyrabaserad metod för påvisning av Herpes simplexvirusbilaga8. r_p%c3%a5visning_av_herpes_simplexvirus-bilaga8, [ ] 6. Buckingham L. Molecular diagnostics: Fundamentals, methods and clinical applications. 2nd ed. Philadelphia: F.A. Davis, p 70-75, , 137, 140, , , Berensmeier S. Magnetic particles for the separation and purification of nucleic acids. Applied Microbiology and technology. 2006;73(3): Garibyan L, Avashia N. Polymerase Chain Reaction. Journal of Investigative Dermatology. 2013;133: Manske M, CC BY-SA 3.0, [ ] 28
34 10. Referensmetodik. Realtids-PCR [ ] 11. Doucette L. Mathematics for the clinical laboratory. 3rd ed. Philadelphia: P.A. Elsevier; p Koch WH. Technology platforms for pharmacogenomic diagnostic assays. Nature Reviews Drug Discovery. 2004;3: Figure 2, Genotype analysis approaches: hybridization probes. Redigerad av Samuel Karlsson och Nelly Palma Jansson 13. Tille P. Bailey & Scott's Diagnostic microbiology. 13th ed. St. Louis: Mosby Elsevier, p 118, Referensmetodik. Molekylärbiologisk diagnostik. ologisk_diagnostik, [ ] 15. Referensmetodik. Kvalitetssäkring och validering av PCR-baserade molekylärbiologiska metoder. ng_av_pcrbaserade_molekyl%c3%a4rbiologiska_metoder#kontrollernas_anv.c3.a4ndning, [ ] 16. Wilson IG. Inhibition and Facilitation of Nucleic Acid Amplification. Applied and enviromental Microbiology. 1997;63(10): Woods S & Botha A. The new ISO Guide 80: Guidance for the preparation of quality control materials (QCMs). Accredation and Quality Assurance. 2014;19(6):
35 18. Brunstein J. Freeze-thaw cycles and nucleic acid stability: What's safe for your samples? Medical Laboratory Observer. 2015;47(9): Lindahl T. Instability and decay of the primary structure of DNA. Nature. 1993;362: Oxford Gene Technology. DNA storage and Quality [ ] 21. Rifai N. Tietz Textbook of Clinical Chemistry and Molecular Diagnostics, 6th Ed. Philadelphia: P.A. Elsevier; p Thermo Fisher Scientific [ ] 23. Smith S, Morin P. Optimal storage conditions for highly dilute DNA samples: A role for trehalose as a preserving agent. Journal of Forensic Sciences. 2005;50(5): Howlett S, Castillo H, Gioeni L Robertson J, Donfack J. Evaluation of DNAstable for DNA storage at ambient temperature. Forensic Science International: Genetics. 2014;8(1): Svec D, Tichopad A, Novosadova V, Pfaffl M, Kubista M. How good is a PCR efficiency estimate: Recommendations for precise and robust qpcr efficiency assessments. Biomolecular Detection and Quantification. 2015;3: Khosravinia H, Ramesha K. Influence of EDTA and magnesium on DNA extraction from blood samples and specificity of polymerase chain reaction. African Journal of Biotechnology 2007:6(3);
36 27. Droog S, Lakenberg N, Meulenbelt I, De Maat M, Huisman L, Jie A, et al. Isolation and storage of DNA for population studies. Fibrinolysis and Proteolysis 1996;10: Juris J. Verifiering av instrumentbyte för påvisning Herpes och Varicella med Cobas z 480. Medicindiagnostik Region Jönköping;
37 Zeptometrix Bilagor Bilaga 1: Resultattabell HSV1, Vatten Ct-värden Skillnad i Ctvärde vecka 6 och vecka 1 Skillnad i procent vecka 6 och vecka 1 Vecka 1 Vecka 2 Vecka 3 Vecka 4 Vecka 5 Vecka 6 37,07 38,44* 39,57 38,46 *** 39,30* 2,23 6,0% Kyl Låg 37,07 39,43 39,76 40,21 39,64* 38,50 1,43 3,9% RT 37,07 38,88 39,63 40,09 40,59 39,90* 2,83 7,6% 35,51 37,38 37,23 37,43 36,80 37,10 1,59 4,5% Kyl 35,51 36,76 36,74 37,49 37,98 36,50 0,99 2,8% RT 35,51 36,91 37,08 38,47 40,24 39,20 3,69 10,4% 32,13 33,30 33,29 33,68 33,29 33,30 1,17 3,6% Kyl Hög 32,13 32,80 33,36 33,32 33,28 32,80 0,67 2,1% RT 32,13 32,41 33,63 34,65 34,83 35,40 3,27 10,2% 35,33 35,42 34,87 35,55 35,37 35,00-0,33-0,9% Kyl Låg 35,33 35,17 35,02 35,30 34,84 34,80-0,53-1,5% RT 35,33 34,23 34,78 35,10 34,98 35,00-0,33-0,9% 32,64 32,67 32,85 33,59 32,68 32,90 0,26 0,8% Kyl 32,64 32,75 33,02 32,96 32,91 32,70 0,06 0,2% RT 32,64 32,29 32,56 33,35 32,96 33,00 0,36 1,1% 28,22 32,08 28,95 29,18 28,94 29,00 0,78 2,8% Kyl Hög 28,22 28,66 28,88 28,81 28,69 28,50 0,28 1,0% RT 28,22 28,62 29,25 29,70 29,68* 30,00 1,78 6,3% låg 37,74 41,42 39,97* 42,89* 39,70 1,96 i 5,2% i 36,28 37,85 38,58 37,55 38,20 1,92 i 5,3% i Hög 33,95 33,66 33,53 34,17 33,82 33,90-0,05-0,1% i Skillnad vecka 6 och vecka 2 * Ett negativt värde vid ett analystillfälle förekom. ** Två negativa värden vid ett analystillfälle förekom. *** Tre negativa värden vid ett analystillfälle förekom.
38 Zeptometrix HSV 1, TE-buffert Ct-värden Skillnad i Ctvärde vecka 6 och vecka 1 Skillnad i procent vecka 6 och vecka 1 Vecka 1 Vecka 2 Vecka 3 Vecka 4 Vecka 5 Vecka 6 39,43 38,51* 40,31* 41,40 40,57 39,32-0,11-0,3% Kyl Låg 39,43 38,22 41,44** 41,66* 41,64 40,02* 0,59 1,5% RT 39,43 38,20 41,67 40,58* 40,87* 40,69 1,26 3,2% 38,00 35,67 37,89** 38,87 37,72 36,86-1,14-3,0% Kyl 38,00 35,74 38,00 38,02 38,25 35,99-2,01-5,3% RT 38,00 35,47 39,19 38,59 37,81* 36,31-1,69-4,4% 34,71 32,71 35,14 35,30 35,63* 32,96-1,75-5,0% Kyl Hög 34,71 32,32 34,75 34,66 35,15 32,93-1,78-5,1% RT 34,71 33,06 36,35 35,43 35,15* 34,16-0,55-1,6% 37,88 36,46 38,52 39,25** 37,88 36,97-0,91-2,4% Kyl Låg 37,88 36,55 38,45 38,94 38,81 37,14-0,74-2,0% RT 37,88 36,30 38,82 39,19 38,66 37,12-0,76-2,0% 35,93 34,29 37,13* 36,65 36,47* 35,90-0,03-0,1% Kyl 35,93 34,71 37,17* 37,64 37,17 36,08 0,15 0,4% RT 35,93 35,08 38,05 39,26 38,88 38,71 2,78 7,7% 32,18 31,08 32,62* 33,21 33,89* 32,05-0,13-0,4% Kyl Hög 32,18 30,74 32,56 32,92 33,83 32,71 0,53 1,7% RT 32,18 31,75 34,79 34,35 35,14 35,31 3,13 9,7% Låg 37,41 40,55 40,10 40,05* 38,70 2,64 i 3,4% i 36,08 38,30 40,10 38,95 37,24 2,87 i 3,2% i i Skillnad vecka 6 och vecka 2 * Ett negativt värde vid ett analystillfälle förekom. ** Två negativa värden vid ett analystillfälle förekom. *** Tre negativa värden vid ett analystillfälle förekom.
39 Zeptometrix HSV2, Vatten Ct-värden Skillnad i Ctvärde vecka 6 och vecka 1 Vecka 1 Vecka 2 Vecka 3 Vecka 4 Vecka 5 Vecka 6 37,77 38,58 *** 39,23* 38,91 39,13 1,36 3,6% Kyl Låg 37,77 39,25 38,58* 38,35 38,73 38,89* 1,12 3,0% RT 37,77 38,36* 39,36 39,90 39,70* 38,78* 1,01 2,7% Skillnad i procent vecka 6 och vecka 1 34,57 34,63 34,89 34,87 34,80 35,17 0,60 1,7% Kyl 34,57 34,27 34,56 34,16 34,33 34,00-0,57-1,6% RT 34,57 34,51 34,80 34,66 34,66 34,04-0,53-1,5% 32,38 32,98* 32,99 32,98 33,45 32,69 0,31 1,0% Kyl Hög 32,38 32,12 32,28 32,38 32,26 32,02-0,36-1,1% RT 32,38 32,15 32,21 32,06 32,14 31,64-0,74-2,3% 33,63 33,96 34,00 33,95 33,97 33,19-0,44-1,3% Kyl Låg 33,63 33,66 33,65 33,63 33,65 33,31-0,32-1,0% RT 33,63 33,26 33,57 33,81 33,55 33,49-0,14-0,4% 31,90 31,64 31,59 31,70 31,64 31,08-0,82-2,6% Kyl 31,90 31,40 31,41 31,24 31,35 30,82-1,08-3,4% RT 31,90 30,85 30,22 31,26 30,78 31,08-0,82-2,6% 26,64 27,42 27,31 27,57 27,43 27,28 0,64 2,4% Kyl Hög 26,64 27,17 27,44 27,36 27,32 27,05 0,41 1,5% RT 26,64 27,45 28,13 28,49 28,02 28,59 1,95 7,3% Låg 38,18 37,66 37,31 37,72 36,38-1,80 i -4,7% i 36,69 34,93 35,14 35,59 34,42-2,27 i -6,2% i Hög 31,59 31,52 31,68 31,71 31,60 31,35-0,24-0,8% i Skillnad vecka 6 och vecka 2 * Ett negativt värde vid ett analystillfälle förekom. ** Två negativa värden vid ett analystillfälle förekom. *** Tre negativa värden vid ett analystillfälle förekom.
40 Zeptometrix HSV 2, TE-buffert Ct-värden Skillnad i Ctvärde vecka 6 och vecka 1 Skillnad i procent vecka 6 och vecka 1 Vecka 1 Vecka 2 Vecka 3 Vecka 4 Vecka 5 Vecka 6 41,57 40,21** 40,71** 43,42* 41,45* 41,86* 0,29 0,7% Kyl Låg 41,57 41,71* 40,99* 40,99* 41,23** 41,07** -0,50-1,2% RT 41,57 40,65** 42,07** *** 41,36** 41,72 0,15 0,3% 35,45 36,60 36,87 36,88 36,78 36,85** 1,40 3,9% Kyl 35,45 36,65 37,51 38,00 37,39 37,63 2,18 6,2% RT 35,45 37,26 38,05 38,00 37,77 37,94 2,49 7,0% 34,06 34,30 35,35 35,50 35,05 35,30* 1,24 3,6% Kyl Hög 34,06 34,36 35,80 36,36 35,51 35,89 1,83 5,4% RT 34,06 35,92 36,33 36,06 36,10* 36,17 2,10 6,2% 35,17 35,93 36,27 36,31 36,17 36,25 1,08 3,1% Kyl Låg 35,17 35,31 35,93 35,92 35,72 35,86 0,69 2,0% RT 35,17 35,67 36,86 37,11 36,55 36,84 1,67 4,8% 33,14 33,14 33,47 33,60 33,40 33,49 0,35 1,1% Kyl 33,14 32,87 33,25 33,40 33,17 33,27 0,14 0,4% RT 33,14 33,03 33,53 33,85 33,47* 33,62 0,48 1,5% 28,50 29,38 30,04 30,24 29,89 30,06 1,56 5,5% Kyl Hög 28,50 29,31 29,73 30,12 29,72 29,86 1,36 4,8% RT 28,50 29,62 29,81 30,15 29,86 29,94 1,44 5,0% Låg 36,91 37,38 36,77 37,02* 37,06 0,15 i 0,4% i 34,93 35,60 34,98* 35,17 35,25 0,32 i 0,9% i i Skillnad vecka 6 och vecka 2 * Ett negativt värde vid ett analystillfälle förekom. ** Två negativa värden vid ett analystillfälle förekom. *** Tre negativa värden vid ett analystillfälle förekom.
41 Bilaga 2: Körningsscheman
42 PCR system: PCR på LightCycler Körningsschema:_HSV 1/HSV A Låg Hög Kyl Låg Kyl Kyl Hög RT Låg RT RT Hög Zeptometrix Låg Zepto Zepto Hög B Låg Hög Kyl Låg Kyl Kyl Hög RT Låg RT RT Hög Zepto Låg Zepto Zepto C Låg Hög Kyl Låg Kyl Kyl Hög RT Låg RT RT Hög Zepto Låg Zepto Zepto D Negativ Kontroll C F Låg Hög kyl Låg Kyl Kyl Hög RT Låg RT RT Hög Negativ Kontroll G Låg Hög kyl Låg Kyl Kyl Hög RT Låg RT RT Hög H Låg Hög kyl Låg Kyl Kyl Hög RT Låg RT RT Hög
DNA FRÅN BLOD & KINDCELLER
EQUALIS Användarmöte, Molekylärdiagnostik 2012 Quality Hotel, Ekoxen, Linköping 7 8 november, 2012 DNA FRÅN BLOD & KINDCELLER Majid Osman, kemist, PhD Klinisk kemi, Linköping DNA stabilitet Provtagning
Läs merMolekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter Vad, När, Var och Hur? Jessica Ögren Länssjukhuset Ryhov Juni 2012 Molekylärbiologiska metoder De senaste två decennierna har molekylärbiologiska tekniker
Läs merLaboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR
Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia
Läs merValidering av en multiplex realtids-pcr för direkt detektion av Herpes simplex virus och Varicella zoster virus
Örebro universitet Institutionen för hälsovetenskap och medicin Enheten klinisk medicin Program: Biomedicinsk analytikerprogrammet Kurs: Biomedicinsk laboratorievetenskap, Examensarbete Datum: 2015-05-23
Läs merRealtids-PCR. icycler BioRad, mikrotiterplattor. LightCycler Roche, kapillärer. ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor
Realtids-PCR icycler BioRad, mikrotiterplattor LightCycler Roche, kapillärer ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor Molekylärbiologisk metodik T3 ht 2011 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt
Läs merPolymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction The Polymerase Chain Reaction Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt Från kursplan: Studenten skall kunna: förklara grundläggande principer
Läs merJANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND
MPCR Multiplex Polymerase Chain Reaktion JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND Vad är multiplex PCR Variant av PCR Möjliggör samtidigt att amplifiera (masskopiera) många målsekvenser i en enda reaktion.
Läs merTillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2011/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering
Läs merDNA-ordlista. Amplifiera: Att kopiera och på så sätt mångfaldiga en DNA-sekvens med hjälp av PCR.
DNA-ordlista Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra. Detta gör att man kan urskilja var och hur mycket de skiljer sig från varandra, vilket är ett av de mest grundläggande sätten att analysera
Läs merValidering av realtids-pcr-metod för Herpes simplex- och Varicella-zoster virus
Seminarieversion/arbetsmaterial Validering av realtids-pcr-metod för Herpes simplex- och Varicella-zoster virus Rachel Savill Examensarbete, 15 hp, kandidatuppsats Huvudområde: Biomedicinsk Laboratoriemetodik
Läs merGenotypning av laktostolerans (LCT-13910C>T) direkt på blod med realtids-pcr
Genotypning av laktostolerans (LCT-13910C>T) direkt på blod med realtids-pcr Utvärdering av Kapa Probe Force HUVUDOMRÅDE: Biomedicinsk laboratorievetenskap FÖRFATTARE: Carl Folkesson, Ola Christensson
Läs merDNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores. Niklas Dahrén
DNA-analyser: Introduktion till DNA-analys med PCR och gelelektrofores Niklas Dahrén Användningsområden för DNA-analys Ta reda på vems DNA som har hittats på en brottsplats. Faderskapsanalys. Identifiera
Läs merLaboratoriemetod för att manuellt rena DNA från ett prov på 0,5 ml
Laboratoriemetod för att manuellt rena DNA från ett prov på 0,5 ml För att rena genomiskt DNA från insamlingssatser tillhörande Oragene och ORAcollect -familjerna. Besök vår hemsida, www.dnagenotek.com,
Läs merLaboration DNA. Datum:16/11 20/ Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson
Laboration DNA Datum:16/11 20/11 2015 Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson Material och metod Materiallista hänvisas till labhandledning s.3 (BIMA15 ht 2015, Lab III: DNA.) Uppsamling
Läs mer/LGM. Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores
2008-01-18/LGM Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores Syfte: Med två olika DNA extraktionsmetoder försöka få fram tillräckligt mycket celler
Läs merDNA-labb / Plasmidlabb
Översikt DNA-labb Plasmidlabb Preparation och analys av -DNA från Escherichia coli Varför är vi här idag? Kort introduktion till biokemi och rekombinant DNA- teknologi Vad skall vi göra idag? Genomgång
Läs merSammanställning över alternativ till etidiumbromid
1 (6) Sammanställning över alternativ till etidiumbromid I nedanstående tabeller har leverantörerna VWR, Invitrogen och Sigma-Aldrich lämnat uppgifter om produkter/n de saluför som alternativ till etidiumbromid.
Läs merOptimering av realtids-pcr för identifiering och kvantifiering av Humant T-lymfotropt virus
Örebro Universitet Institutionen för hälsovetenskap och medicin Enheten för klinisk medicin Program: Biomedicinsk analytiker Kurs: BMLV C, Biomedicinsk laboratorievetenskap, Examensarbete, HT12 Datum:
Läs merTillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2004/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering
Läs merMolekylärgenetiskt verktyg för diagnos av T- resp. B-cellslymfom i vävnad/paraffin Diagnostik av Lymfom. Olika ingångar för B-, resp. T-cellslymfom Metodiker: - Morfologi (Mikroskopi) - Immunohistokemi
Läs merartus EBV QS-RGQ Kit Prestandaegenskaper Maj 2012 Sample & Assay Technologies Analytisk sensitivitet plasma artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1,
artus EBV QS-RGQ Kit Prestandaegenskaper artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1, 4501363 Verificar a disponibilidade de novas revisões de rotulagem electrónica em www.qiagen.com/products/artuscmvpcrkitce.aspx
Läs merAnvändning av PCR i växtodlingen. Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara
Användning av PCR i växtodlingen Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara Innehåll Introduktion qpcr och andra DNA-metoder Biologisk markkartering av jordburna patogener DNA-baserade diagnos av bladfläckar på vete
Läs merDisposition. snabb bedömning med ny metod. Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta
Risken för f klumprotsjuka säker och snabb bedömning med ny metod Disposition Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta Ann-Charlotte Wallenhammar HS Konsult AB Örebro Kravet
Läs merFramtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne
Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne α-talassemi 4 genotyper Wild type αα / αα - - α + -talassemi α
Läs merCMV/EBV Molekylär diagnostik. Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus
CMV/EBV Molekylär diagnostik Annika Allard Klinisk Mikrobiologi/Virologi Norrlands Universitetssjukhus De flesta CMV infektioner hos immunkompetenta individer är asymtomatiska eller ger bara en mkt mild
Läs merKlipp-och-klistra DNA: fixa mutationen med gen editering DNA, RNA och Protein
Huntingtons sjukdom forsknings nyheter. I klartext Skriven av forskare För de globala HS medlemmarna. Klipp-och-klistra DNA: fixa mutationen med gen editering Forskare gör exakta ändringar av DNA i ett
Läs merTidiga erfarenheter av arvets mysterier
Cellens genetik Cellen Växtcellen Växtcellen Tidiga erfarenheter av arvets mysterier Artförädling genom riktad avel Religiösa förbud mot syskongiftemål Redan de gamla grekerna.. Aristoteles ~350 år före
Läs merChlamydophila pneumoniaeantikroppar
Luftvägar och urin Chlamydophila pneumoniaeantikroppar Resultaten är bättre än vid 2015 års utskick. Det föreligger en fortsatt variation framför allt vad gäller IgM, men även för IgG, mellan de olika
Läs merBakgrund. Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning. Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år
Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning Rapsarealen i Sverige 2008 Ann-Charlotte Wallenhammar, 2 Charlotta Almquist, Anna Redner och 3 Anki Sjöberg HS Konsult AB, Örebro
Läs merKap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes. Bilder från McMurry
Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes Bilder från McMurry Namn Efternamn 26 februari 2011 2 Varje DNA molekyl är uppbyggd av många gener induviduella DNA segmant som innehåller instruktioner för syntes
Läs meredna i en droppe vatten
edna i en droppe vatten Patrik Bohman SLU Institutionen för akvatiska resurser Sötvattenslaboratoriet Källa: https://www.slu.se/institutioner/akvatiska-resurser/sok-publikation/aqua_reports/ edna projekt
Läs merEqualis kvalitetssäkringsprogram 2018
Equalis kvalitetssäkringsprogram 2018 HIV/HTLV-diagnostik, HIV-antigen, Blodsmitta Margareta Nordin Equalis användarmöte 12 mars 2019 HIV/HTLV-diagnostik (screening och konfirmation) (58) 2018 Förväntat
Läs merGenexpressions analys - RNA-uttryck
Genexpressions analys - RNA-uttryck Alla gener som är aktiva transkriberas: det bildas ett RNA (transkript). Proteinkodande gener transkriberas till mrna, ribosomalrna gener till rrna osv. Man pratar ofta
Läs merCentrum för genetisk identifiering Fisk, kräftor och musslor som edna metod och fältprover
RAPPORT Datum Dnr 1(11) 2016-12-31 4.1-33-2015, 4.1-728-2015 (NRM). SLU.aqua.2015.5.1-188 (SLU) Centrum för genetisk identifiering Fisk, kräftor och musslor som edna metod och fältprover Postadress: Besöksadress:
Läs merVISK. Hur går vi tillväga för att analysera virus från. Oslo Slutkonferens VISK 19 mars 2013. vattenprover? Fredrik Nyström
VISK Hur går vi tillväga för att analysera virus från vattenprover? Oslo Slutkonferens VISK 19 mars 2013 Fredrik Nyström Agenda Problematiken kring virusanalyser i råvatten Analysmetodik för virus i: Råvatten
Läs merDNA-LCT -13910 C>T, Taqman alleldiskriminering, Malmö
1(5) DNA-LCT -13910 C>T, Taqman alleldiskriminering, Malmö Bakgrund, indikation och tolkning Enzymet laktas finns i tunntarmens enterocyter och möjliggör digestionen av diasackariden laktos/mjölksocker
Läs merRapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo
KDB 541/11: Rapport 1 Rapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo Jämförelse av två inlämningsmetoder 212-1-26 Innehållsförteckning 1. Bakgrund 3 2. Metod 3 3. Resultat 3 4. Slutsats
Läs merErik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi
Diagnostik VTEC/EHEC Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi SVA Tänker prata om VTEC / EHEC Sjukdomsframkallande faktorer PCR Magnetiska kulor (Immunomagnetisk separation) Diagnostik de vanligaste
Läs merDroplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV
Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV Sara Thulin Hedberg, Molekylärbiolog, PhD Lorraine Eriksson, Kerstin Malm, Maria A Demontis*, Paula Mölling, Martin Sundqvist, Graham
Läs merPersonnummer. DUGGA Molekylärbiologi T3 / HT p (G = 24 p)
KORTSVARSFRÅGOR 1. Restriktionsenzymet HindIII klyver sekvensen 5 -AAGCTT-3 och lämnar ett fyra basers 5 -överhäng. Rita ut hur DNA-ändarna ser ut på ett fragment som klyvts med HindIII. (2p) SV: 5 -A
Läs merBRÅDSKANDE: SÄKERHETSMEDDELANDE ÅTERKALLANDE Simplexa Flu A/B & RSV Direct assay MOL2650
2014-02-04 BRÅDSKANDE: SÄKERHETSMEDDELANDE ÅTERKALLANDE Simplexa Flu A/B & RSV Direct assay MOL2650 , Syftet med detta
Läs merCirkulerande cellfritt DNA
Cirkulerande cellfritt DNA - en introduktion Anne Ricksten Equalismöte 2016-11-14 Vad är cirkulerande fritt DNA (cfdna)? Extracellulärt DNA som finns i cirkulationen Fragmenterat DNA, medelstorlek på ca
Läs merUtvärdering av BD MAX enteric parasite panel på ett kliniskt laboratorie
Utvärdering av BD MAX enteric parasite panel på ett kliniskt laboratorie Georgina Isak a, Leigh Davidsson a, Stina Boräng b, Silvia Botero-Kleiven b a Enhet för parasitologi och vattenburen smitta, Folkhälsomyndigheten
Läs merPreparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin
Datum på laborationen: 2010-11-16 Handledare: Alexander Engström Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin Namn/Laborant: Jacob Blomkvist Medlaborant: Emmi Lindgren Antonia Alfredsson
Läs mer/2012. Från Unilabs Laboratoriemedicin, Västra Götaland - gällande fr.o.m. 2012-11-28 (om inget annat datum anges)
Datum 2012-11-06 Meddelande 6/20 /2012 Från Unilabs Laboratoriemedicin, Västra Götaland - gällande fr.o.m. 2012-11-28 (om inget annat datum anges) Kundtjänst informerar Ny medicinsk artikel - Alkoholmarkören
Läs merNUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra
NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra Monomererna som bygger upp nukleinsyrorna kallas NUKLEOTIDER. En nukleotid består av tre delar: en kvävebas
Läs merFörordning nr 765/2002, benfria styckningsdelar av nötkött, exportbidrag [2241]
Förordning nr 765/2002, benfria styckningsdelar av nötkött, exportbidrag [2241] Kommissionens förordning (EG) nr 765/2002 av den 3 maj 2002 om provtagning och antagande av vissa föreskrifter för fysisk
Läs merImmunteknologi, en introduktion. Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser.
Immunteknologi, en introduktion Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser. Antikroppar genereras av b-lymphocyter, som är en del av de vita blodkropparna Varje ursprunglig
Läs merQuantiferon-TB Gold Plus
Quantiferon-TB Gold Plus Verifiering av metoden, svarsrutiner, problem och fallgropar Torbjörn Kjerstadius 2017-03-14 Vad är Quantiferon-TB Gold Plus? Quantiferon TB-Gold Plus (QFT) är en Interferon Gamma
Läs merBruksanvisning för SURVEYOR Scan NRAS Kit Exons 2, 3 & 4 CE IVD
1 Tillverkare Bruksanvisning för SURVEYOR Scan NRAS Kit Exons 2, 3 & 4 CE IVD för DHPLC-system Läs dessa anvisningar noga innan du använder produkten. Spara denna bruksanvisning för framtida bruk. Denna
Läs merCSI - Katte DNA-fingerprinting Välkänt från polisarbete. Metoden föddes 1985 i England. Från början krävdes stora mängder DNA, men nu funkar även mycket små mängder. DNA-sekvens Användning Metoden
Läs merOptimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier
Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier Paula Mölling, Molekylärbiolog, Docent Bianca Törös, Daniel Golparian, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling Laboratoriemedicinska länskliniken, Molekylärdiagnostik
Läs mer18-19 december 2006 Christina Fjæraa Doktorand, avd för kemi och biomedicinsk vetenskap Karlstads Universitet
18-19 december 2006 Christina Fjæraa Doktorand, avd för kemi och biomedicinsk vetenskap Karlstads Universitet Christina.fjaeraa@kau.se 054-7001687 Immunologi Laboration; Epstein Barr Virus (EBV) serologi.
Läs merHPV detekteringsmetoder
HPV detekteringsmetoder Sydöstra IH-guppens möte m 2007 okt 4-54 5 JönkJ nköping Epidemiologi Cervixcancer Incidens/100000/år Sverige 10 USA (ACS) ca 10 Canada 10 Mortalitet/100000/år Ca 3 Ca 3,7 Ca 3
Läs merMikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience
Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience Mikrobiologins tekniksprång Den högteknologiska mikrobiologin erbjuder idag nya verktyg för att förebygga smittspridning och öka produktsäkerhet.
Läs merKvalitetssäkring och Validering Molekylära Metoder. Susanna Falklind Jerkérus Sektionen för Molekylär Diagnostik Karolinska Universitetslaboratoriet
Kvalitetssäkring och Validering Molekylära Metoder Susanna Falklind Jerkérus Sektionen för Molekylär Diagnostik Karolinska Universitetslaboratoriet Vem/Vad styr oss? 98/79/EG - IVD direktivet Lagen (1993:584)
Läs merTaqMan Sample-to-SNP Kit - evaluation of kit for low-cost and fast preparing of DNA-samples before genotype analysis
Institutionen för Biokemi och Mikrobiologi Biomedicinska analytikerprogrammet Examensarbete 15 hp, vt 2009 TaqMan Sample-to-SNP Kit - evaluation of kit for low-cost and fast preparing of DNA-samples before
Läs merBASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. GENETISK INFORMATION 191-210 (sid. 157-177)
BASÅRET KEMI B BIOKEMI GENETISK INFORMATION 191-210 (sid. 157-177) DNA/RNA, Transkription, Translation VAR I CELLEN SKER DETTA? Replikation - kopiering av DNA, sker i cellkärnan Transkription - avläsa
Läs merBestämning av fluoridhalt i tandkräm
Bestämning av fluoridhalt i tandkräm Laborationsrapport Ida Henriksson, Simon Pedersen, Carl-Johan Pålsson 2012-10-15 Analytisk Kemi, KAM010, HT 2012 Handledare Carina Olsson Institutionen för Kemi och
Läs merAnalys av nukleinsyra. Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls
Analys av nukleinsyra Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Studietips Detta kompendium är INTE en lärobok. Det är inte meningen att man skall kunna läsa kompendiet och förstå innehållet. Ni
Läs merDetektion av Trichomonas vaginalis samt Mycoplasma genitalium med multiplex realtids-pcr
Detektion av Trichomonas vaginalis samt Mycoplasma genitalium med multiplex realtids-pcr En prevalensstudie i Jönköpings län Lovisa Gabrielsson och Kristoffer Nilsson Examensarbete, 15 hp, kandidatuppsats
Läs merGenital Herpes HSV 1 & 2. Anders Strand M.D. Ph.D. Department of Medical Sciences University Hospital Uppsala - Sweden
Genital Herpes HSV 1 & 2 Anders Strand M.D. Ph.D. Department of Medical Sciences University Hospital Uppsala - Sweden Herpes prevalens och incidens Genital herpes är den vanligaste STI» Data från USA
Läs merHandbok för therascreen KRAS RGQ PCR Kit
Augusti 2012 Handbok för therascreen KRAS RGQ PCR Kit 24 Version 2 För in vitro-diagnostisk användning För användning med instrumentet Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM eller instrumentet Rotor-Gene Q 5plex HRM
Läs merCoatest SP Factor VIII 82 4086 63 Swedish revision 12/2004
AVSETT ÄNDAMÅL Kitet är avsett för fotometrisk bestämning av faktor VIII-aktivitet i plasma, antikoagulerad med citrat vid diagnostisering av FVIII-brist eller för monotorering av patienter i substitutionsterapi
Läs merETT EXEMPEL PÅ PROTEINKRISTALLISERING
KRISTLLISERING V LYSOZYM ETT EXEMPEL PÅ PROTEINKRISTLLISERING Laboration i kursen Experimentell Kemi Gävle 15:e augusti 2013 Handledare: nna Frick, Göteborgs Universitet (anna.frick@chem.gu.se) KRISTLLISERING
Läs merFilmArray - helautomatiserad multiplex likvordiagnostik
FilmArray - helautomatiserad multiplex likvordiagnostik Sara Thulin Hedberg, Molekylärbiolog, PhD David Nestor, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling & Martin Sundqvist Laboratoriemedicinska Länskliniken,
Läs merImmunologi. Laboration; Epstein Barr Virus (EBV) serologi. Oxblodshemolysat test (OCH) Epstein Barr Virus ELISA (EBNA)
Immunologi Laboration; Epstein Barr Virus (EBV) serologi. Oxblodshemolysat test (OCH) Epstein Barr Virus ELISA (EBNA) 1 OCH Referenser. Jawas et al: Medical Microbiology. Delves, Martin, Burton and Roitt:
Läs merDetektion av Borrelia burgdorferi IgG. med hjälp av ELISA
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Detektion av Borrelia burgdorferi IgG med hjälp av ELISA Årskull: Laborationsrapport i immunologi termin 3 Laborationsdatum: Inlämnad: Godkänd: Handledare:
Läs merSlutrapport - Förstudie om Alternariaförekomst i potatis och behandlingseffekter 2013 i Mellansverige.
1 Slutrapport - Förstudie om Alternariaförekomst i potatis och behandlingseffekter 2013 i Mellansverige. Lisa Andrae, Rådhuset Nordfalan Eva Edin, Institutionen för Skoglig mykologi och växtpatologi, SLU
Läs merUTVECKLING AV PCR-ANALYS FÖR VERIFIERING AV TREPONEMA PALLIDUM
UTVECKLING AV PCR-ANALYS FÖR VERIFIERING AV TREPONEMA PALLIDUM AMANDA NORRBELIUS UTVECKLING AV PCR-ANALYS FÖR VERIFIERING AV TREPONEMA PALLIDUM AMANDA NORRBELIUS Norrbelius, A. Utveckling av PCR-analys
Läs merKoncentrationsbestämning med hjälp av spädningsteknik och spektrofotometri
Umeå universitet Biomedicinska Analytikerprogrammet Koncentrationsbestämning med hjälp av spädningsteknik och spektrofotometri Årskull: Laborationsrapport i Grundläggande laboratorievetenskap, termin 1
Läs merC V C. Bruksanvisning till Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01. Revision 3. Juli 2014
Dot159v1 Instructions for Use for Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01 Sidan 1 av 8 Bruksanvisning till Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01 Revision 3 Juli 2014 Dot159v1 Instructions for Use
Läs merMetodutveckling för detektion av jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärt och oljeväxter
Metodutveckling för detektion av jordbundna sjukdomar för optimering av platsspecifik produktion av vete, ärt och oljeväxter Ann-Charlotte Wallenhammar 1, Charlotta Almquist 2,3 and Anders Jonsson 2,3
Läs merJohan Nordgren, Andreas Matussek, Ann Mattsson, Lennart Svensson, Per-Eric Lindgren Division of Medical Microbiology/Molecular Virology Department of
Johan Nordgren, Andreas Matussek, Ann Mattsson, Lennart Svensson, Per-Eric Lindgren Division of Medical Microbiology/Molecular Virology Department of Clinical and Experimental Medicine Vinterkräksjukan
Läs merMSB PROJEKT: MOBIL RESURS VID MISSTÄNKT FARLIG SMITTA. Tobias Lilja
MSB PROJEKT: MOBIL RESURS VID MISSTÄNKT FARLIG SMITTA Tobias Lilja ÖVERBLICK AV PROJEKTET Projektet löper under två år. 2017-2018 Motsvarande 1 1/10 heltidstjänst delat på tre personer på SVA Mikhayil
Läs merAtt mäta och förbättra dialysvården över tid
Att mäta och förbättra dialysvården över tid Exempel från dialysenheten på Länssjukhuset Ryhov, Jönköping Dan Enell, Mark Splaine, Johan Thor 13 maj, 2013 Syften 1. Att visa hur man kan använda mätningar
Läs merLinköpings Universitet. Laboration i genteknik
IFM/Kemi Linköpings Universitet Maj 2008/LGM Laboration i genteknik Restriktionskarta av pcantab Restriktionsklyvning samt separation av DNA-fragment mha agarosgelelektrofores Material: pcantab (minst
Läs merMetodutvärdering I. Metodutvärdering -validering. Metodutvärdering II. Metodutvärdering III
Metodutvärdering I Metodutvärdering -validering Nya metoder utvecklas för att Förbättra noggrannhet och precision Tillåta automation Minska kostnader Arbetsmiljö Bestämning av ny analyt Metoden måste verifieras
Läs merSammanfattning Arv och Evolution
Sammanfattning Arv och Evolution Genetik Ärftlighetslära Gen Information om ärftliga egenskaper. Från föräldrar till av komma. Tillverkar proteiner. DNA (deoxiribonukleinsyra) - DNA kan liknas ett recept
Läs merChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.
Bruksanvisning revision 6 (December 2008) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning
Läs merGenerell detektion av patogen med metagenomik
Generell detektion av patogen med metagenomik Maria Lind Karlberg Björn Hallström Avdelningen för mikrobiologi Enheten för laboratorieutveckling Hur identifieras en patogen hos en patient med infektion?
Läs merMångfaldigande av mänskligt mitokondrie-dna
John Schollar och Andy Harrison NCBE, The University of Reading Mångfaldigande av mänskligt mitokondrie-dna Syfte Med denna procedur kan du mångfaldiga ett 460 baspar långt stycke DNA, som finns i kontrollregion
Läs merDelprov 3 Vetenskaplig artikel. Namn: Personnummer:
Delprov 3 Vetenskaplig artikel Namn: Personnummer: Länk till artikeln: https://jamanetwork.com/journals/jamaneurology/fullarticle/2588684 Question #: 1 I denna uppgift ska du läsa en vetenskaplig artikel
Läs merDNA-ordlista. 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur.
DNA-ordlista 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur. Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra.
Läs merDen stora tekniken för vävnadsanalys och in-vivo analys är ljusmikroskopi.
Fluorescens Teori Kvantutbyte Våglängdsshift Ligandinteraktioner Membraninteraktioner Att utnyttja quenchningseffekter Fluorescensanisotropi rörelse och molekylvikt Fluorescens in-vivo Lokalisering Avståndsmätning
Läs merOptimering och validering av PCR-metod för diagnostik av svampinfektioner i nagel
Optimering och validering av PCR-metod för diagnostik av svampinfektioner i nagel Ann-Marie Bergdahl Biomedicinska analytikerprogrammet, 180 högskolepoäng Naturvetenskapliga institutionen, Högskolan i
Läs merQIAsymphony DSP DNA Kits
QIAsymphony DSP DNA Kits QIAsymphony DSP DNA Kits är avsedda att endast användas i kombination med QIAsymphony SP. QIAsymphony DSP DNA Mini Kits tillhandahåller reagenser för automatiserad rening av totalt
Läs merInstitutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3
Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3 Laborationsdatum: 17 22 november 2010 Grupp: 2 Projekt: Rening och
Läs merCentrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2015
RAPPORT Datum Dnr 1(7) 2017-11-07 4.1-628-2015 Centrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2015 Postadress: Besöksadress: Telefon: 08-519 540 00 Box 50007 Frescativägen
Läs merFilmArray i praktiken
FilmArray i praktiken NMMD 2016 Anna Ryberg Klinisk mikrobiologi Kronoberg och Blekinge Uppsättning Nu två instrument på varje laboratorium 3 paneler Luftvägspanel Gastroenteritpanel Meningit-/encefalitpanel
Läs merFörfattare: Ina Grönqvist. Vårterminen Examensarbete: Grundnivå (G2E), 15 högskolepoäng. Huvudområde: Biomedicinsk laboratorievetenskap
Validering av ett automatiserat system för multiplex detektion av luftvägspatogener som orsakar samhällsförvärvad pneumoni Validation of an automated system for multiplex detection of respiratory pathogens
Läs merGenetik. - cellens genetik - individens genetik. Kap 6
Genetik - cellens genetik - individens genetik Kap 6 Vad bestämmer hur en organism (cell) ser ut och fungerar? Generna (arvsanlagen) och miljön Hur går det till? En gen är en ritning för hur ett protein
Läs merKOMMENTARER TILL KAPITEL 9 OCH KAPITEL 16
1 KOMMENTARER TILL KAPITEL 9 OCH KAPITEL 16 Vad är virus? Förpackat genetiskt material Obligata intracellulära parasiter Virus kan bara förökas i levande celler. Som värdceller fungerar människor, djur,
Läs merTentamen i Systemteknik/Processreglering
Institutionen för REGLERTEKNIK Tentamen i Systemteknik/Processreglering 22 augusti 2011 kl 14 19 Poängberäkning och betygssättning Lösningar och svar till alla uppgifter skall vara klart motiverade. Tentamen
Läs merLaboration om cellskada och manipulering av cellers känslighet för stress
Laboration om cellskada och manipulering av cellers känslighet för stress Laborationen kommer att utföras av en basgrupp och pågå under fyra dagar. Två personer ur basgruppen närvarar vid varje tillfälle
Läs merNamn: student x & student y Kurs: FAGBH0 Utförd: 090526
Laboration: Isolering av kinin Namn: student x & student y Kurs: FAGBH0 Utförd: 090526 Handledare: Patrik Holm 1 Innehållsförteckning Innehållsförteckning... 2 Sammanfattning... 3 Inledning... 3 Utförande...
Läs merSören Andersson. Professor, prefekt, överläkare. Institutionen för medicinska vetenskaper Örebro universitet & Laboratoriemedicin, Region Örebro län
Konfirmation av HIV och HTLV Sören Andersson Professor, prefekt, överläkare Institutionen för medicinska vetenskaper Örebro universitet & Laboratoriemedicin, Region Örebro län Diagnostiska principer HIV
Läs merDNA-analyser: Diagnosticera cystisk fibros och sicklecellanemi med DNA-analys. Niklas Dahrén
DNA-analyser: Diagnosticera cystisk fibros och sicklecellanemi med DNA-analys Niklas Dahrén Diagnosticera cystisk fibros med DNA-analys Cystisk fibros Vad innebär sjukdomen?: Sjukdomen innebär att de epitelceller
Läs merBindelinjer gäller för bestämd temp. Hävstångsregeln gäller.
5.7 Temperatur sammansättningsdiagram. Fixera p i stället för T. Diagram som fig. 5.36. Om p A * > p B * blir T A * < T B *. (g) är övre enfasområdet, (l) undre. Bindelinjer gäller för bestämd temp. Hävstångsregeln
Läs merIllustrerad noggrannhet
Illustrerad noggrannhet riktighet och precision med mål och mening Equalis Allmän klinisk kemi 15-16 november 2012 Mikaela Norman, Sjukhuskemist, Klinisk kemi, Falu Lasarett mikaela.norman@ltdalarna.se
Läs mer