Bakgrund. Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning. Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år

Storlek: px

Starta visningen från sidan:

Download "Bakgrund. Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning. Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år"

Sven-Erik Åberg
för 8 år sedan
Visningar:

1 Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning Rapsarealen i Sverige 2008 Ann-Charlotte Wallenhammar, 2 Charlotta Almquist, Anna Redner och 3 Anki Sjöberg HS Konsult AB, Örebro 2 EuroFins Food/ Agro Sweden AB, Lidköping 3 Lovang Lantbrukskonsult, Vikingstad Winter Oilseed Rape Winter Oilseed Turnip Rape Spring Oilseed Rape Spring Oilseed Turnip Rape Bakgrund Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år orsakar stora skador i oljeväxter och i en rad andra tvåhjärtbladiga växter (ärt, böna, melon, squash, sallad mfl. Svampen kan överleva i jorden > 0 år som sklerotier. Askosporer produceras under fuktiga förhållanden från apothecier som gror från sklerotier i jorden.

Oilseed Rape Spring Oilseed Turnip Rape Bakgrund Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år orsakar stora skador i oljeväxter och i en rad andra tvåhjärtbladiga växter (ärt, böna,

2 Skadebild Infektion sker när askosporinfekterade kronblad fastnar i bladvecken Bakgrund Riskvärdering i våroljeväxter: regional riskvärdering baserad på lokalt klimat och fältdata. Kunskap om sjukdomsförekomst i föregående oljeväxtodling på samma fält är viktig. (Twengström, 999) Identifiering av sporer på kronblad i vårraps har undersökts i ett tidigare projekt 998 och 999. Serologiska kits vs. Agartest av kronblad. (Wallenhammar and Sjöberg, 2000) ) Syfte Syftet med projektet är att öka precisionen i riskbedömningen och identifiera fält där en bekämpning är motiverad. Att utveckla en DNA-baserad metod för att detektera förekomsten av ascosporer på kronbladen snabbt och exakt; real-tids PCR Agartestet gav ett kvantitativt mått på risk för angrepp. 2

(Twengström, 999) Identifiering av sporer på kronblad i vårraps har undersökts i ett tidigare projekt 998 och 999. Serologiska kits vs. Agartest av kronblad.

3 Provtagna fält Fältprovtagning Örebro län 20 vårrapsfält årligen Östergötland 20 höstrapsfält (2006) 20 vårrapsfält (2007) 20 toppskott klipptes i varje fält Sjukdomsangrepp bestämdes innan skörd 80 kronblad undersöktes från varje fält Agarplattorna inkuberades i rums temperatur 5-6 dagar 3

klipptes i varje fält Sjukdomsangrepp bestämdes innan skörd 80 kronblad

4 Realtids- PCR Polymerase chain reaction (PCR)- amplifiering av specifika nukleinsyra sekvenser Kopieringen kan följas i realtid vid varje cykel Fluorescerande färg Fluorescerande prob Gör det möjligt att kvantifiera Mindre arbetskrävande, snabbare och känsligare Realtids- PCR analys Primers SSFWD and SSREV (Freeman et al. 2002) TaqMan-MGB probe Flera kronblad eller ett kronblad? Strategi : realtids-pcr på DNA extrakt från flera kronblad d(8-6 kronblad) Ingen korrelation mellan mängd DNA och procent infekterade kronblad i agartestet 4

Realtids- PCR analys Primers SSFWD and SSREV (Freeman et al. 2002) TaqMan-MGB probe Flera kronblad eller ett kronblad?

5 Flera kronblad eller ett kronblad? Strategi 2 bestämma frekvensen infekterade kronblad (%) genom att analysera enskilda kronblad För DNA extraktion användes en kommersiell lysis buffer Real-time PCR vs Agar test Real-tim me PCR (infected petals) 00% 80% y = 0,6422x - 0,0643 R 2 = 0, % 40% 20% 0% 0% 20% 40% 60% 80% 00% Agar test (infected petals) s ssment % infected plants Fieldasses Infekterade kronblad i Agartest jämfört med fältangrepp Agar test %infected petals Nederbörd, temperatur och medelvärde för fältangrepp Antal regndagar Nederbörd mm Örebro 2006 två veckor före blomning 6 37 Medelvärde fältangrepp procent 2006 under blomning 3 2, två veckor före blomning under blomning Östergötland 2006 två veckor före blomning under blomning 6 Inga angrepp 2007 två veckor före blomning under blomning ,5 5

(infected petals) 00% 80% y = 0,6422x - 0,0643 R 2 = 0,7526 60% 40% 20% 0% 0% 20% 40% 60% 80% 00% Agar test (infected petals) s ssment % infected plants Fieldasses 35 30 25 20 5 0 5 Infekterade

6 År Utvärdering av riskbedömning i vårraps Örebro län 2006 och 2007 Riskbedömning nivå Angrepp i fält % infekterade plantor Procent infekterade kronblad agartest 2006 Låg 0 0 Låg 0 3 Låg 0 0 Låg 0 5 Låg 0 8 Låg 9 Måttlig 5 32 Måttlig 9 9 Måttlig Låg 0 34 Låg 0 9 Låg 0 6 Måttlig 2 4 Måttlig 7 3 Måttlig 8 69 Måttlig 2 34 Hög 30 3 Hög År Utvärdering av riskbedömning i vårraps Östergötland 2007 Riskbedömning nivå Angrepp i fält % infekterade plantor Procent infekterade kronblad agartest 2007 Låg 0 0 Måttlig 0 30 Måttlig 0 6 Måttlig 0 2 Stor 0 6 Stor 0 4 Slutsatser Realtids- PCR analysen är snabb och exakt Vi har visat ett linjärt samband mellan procent infekterade kronblad enligt agartest och procent positiva PCR analyser (R 2 = 0,75) Förhållandena som orsakar angrepp är komplexa. -Vi konstaterar att Ascosporer finns allmänt i luftrummet Kronbladstest ger bra vägledning Väderleken under blomning avgör om infektionen lyckas 6

Östergötland 2007 Riskbedömning nivå Angrepp i fält % infekterade plantor Procent infekterade kronblad agartest 2007 Låg 0 0 Måttlig 0 30 Måttlig 0 6 Måttlig 0 2 Stor 0 6 Stor 0 4 Slutsatser

7 En viktig parameter för sjukdomsutveckling är angreppsnivån i senaste oljeväxtgrödan Nya undersökningar Infektionsförhållanden under blomning undersöks genom täta provtagningar av olika bladnivåer och kronblad som undersöks med realtids-pcr Burkard spore trap Aerobiology Tack Projektet har finansierats av Stiftelsen Lantbruksforskning (SLF) 7

av olika bladnivåer och kronblad som undersöks med realtids-pcr- 2008-09 Burkard spore

Relevanta dokument

Disposition. snabb bedömning med ny metod. Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta

Disposition. snabb bedömning med ny metod. Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta Risken för f klumprotsjuka säker och snabb bedömning med ny metod Disposition Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta Ann-Charlotte Wallenhammar HS Konsult AB Örebro Kravet