Elucigene QST*R -produkter Bruksanvisning

Elucigene QST*R -produkter Bruksanvisning Produkt Antal Artikelnummer Elucigene QST*Rplusv2 50 analyser AN0PLB2 Elucigene QST*R 50 analyser AN003B2 Elucigene QST*R-XYv2 50 analyser AN0XYB2 Elucigene QST*R-13 10 analyser AN013BX Elucigene QST*R-18 10 analyser AN018BX Elucigene QST*R-21 10 analyser AN021BX För in vitro diagnostisk användning Tillverkas av: Elucigene Diagnostics Greenheys House Pencroft Way Manchester Science Park Manchester M15 6JJ För kundsupport: T: +44 (0) 161 669 8122 F: +44 (0) 161 669 8129 E: enquiries@elucigene.com E: techsupport@elucigene.com Elucigene Diagnostics is the trading name of Delta Diagnostics (UK) Limited, a company registered in England and Wales, registration number 8696299. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 1 av 36

Elucigene QST*R Elucigene QST*R-sortimentet med produkter är DNA-baserade multiplex-assayer för snabb prenatal bestämning av aneuploidistatuset för de tre vanligaste viabla autosomala trisomierna och könskromosomerna X och Y. Elucigene QST*R-satser är tillgängliga i formaten som anges nedan. Det finns mer information om satserna i QST*R-sortimentet på www.elucigene.com/products Avsedd användning QST*Rplusv2 För rutinmässig kvantitativ diagnos in vitro av de tre vanligaste viabla autosomala trisomierna: trisomi 13 (Pataus syndrom), trisomi 18 (Edwards syndrom) och trisomy 21 (Downs syndrom). I satsen ingår även markörer för X- och Y-kromosomer och TAF9Lmarkören för könsbestämning. Metoden som används i satsen Elucigene QST*Rplusv2 är tekniken QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction, kvantitativ fluorescent polymeraskedjereaktion). Produkterna är avsedda att användas på DNA som har extraherats ur prover från antingen amnionvätska eller korionvilli (CVS) som tagits under amniocentes. Den avsedda målgruppen är gravida kvinnor som bedöms löpa en hög risk för att bära på ett skadat foster, enligt diagnostiska biokemiska procedurer eller ultraljudsprocedurer, eller bedöms löpa en risk på grund av tidigare familjehistorik eller moderns ålder. Produkten är avsedd att användas tillsammans med andra diagnostiska procedurer för att ge stöd åt eller avskriva den förmodade kliniska diagnosen. Produkten är endast avsedd för yrkesmässig användning i en molekylär eller cytogenetisk laboratoriemiljö. QST*R För rutinmässig kvantitativ diagnos in vitro av de tre vanligaste viabla autosomala trisomierna: trisomi 13 (Pataus syndrom), trisomi 18 (Edwards syndrom) och trisomy 21 (Downs syndrom). Metoden som används i satsen Elucigene QST*R är tekniken QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction, kvantitativ fluorescent polymeraskedjereaktion). Produkterna är avsedda att användas på DNA som har extraherats ur prover från antingen amnionvätska eller korionvilli (CVS) som tagits under amniocentes. Den avsedda målgruppen är gravida kvinnor som bedöms löpa en hög risk för att bära på ett skadat foster, enligt diagnostiska biokemiska eller ultraljudsprocedurer, eller bedöms löpa en risk på grund av tidigare familjehistorik eller moderns ålder. Produkten är avsedd att användas tillsammans med andra diagnostiska procedurer för att ge stöd åt eller avskriva den förmodade kliniska diagnosen. Produkten är endast avsedd för yrkesmässig användning i en molekylär eller cytogenetisk laboratoriemiljö. QST*R-XYv2 För rutinmässig kvantitativ diagnos in vitro av könskromosomstatus inklusive de vanliga aneuploidierna. Metoden som används i satsen Elucigene QST*R-XYv2 är tekniken QF- PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction, kvantitativ fluorescent polymeraskedjereaktion). Produkterna är avsedda att användas på DNA som har extraherats ur prover från antingen amnionvätska eller korionvilli (CVS) som tagits under amniocentes. Den avsedda målgruppen är gravida kvinnor som bedöms löpa en hög risk för att bära på ett skadat foster, enligt diagnostiska biokemiska eller ultraljudsprocedurer, eller bedöms löpa en risk på grund av tidigare familjehistorik eller moderns ålder. Produkten är avsedd att användas tillsammans med andra diagnostiska procedurer för att ge stöd åt eller avskriva den förmodade kliniska diagnosen. Produkten är endast avsedd för yrkesmässig användning i en molekylär eller cytogenetisk laboratoriemiljö. QST*R-13, QST*R-18, QST*R-21 AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 2 av 36

Kompletterande satser som innehåller ytterligare autosomala markörer, att användas tillsammans med QST*R eller QST*Rplusv2, för rutinmässig kvantitativ diagnos in vitro av de tre vanligaste viabla autosomala trisomierna: trisomi 13 (Pataus syndrom), trisomi 18 (Edwards syndrom) respektive trisomi 21 (Downs syndrom). Dessa satser är tillgängliga för utvidgad kromosomanalys där det är nödvändigt eller för att bekräfta positiva resultat. Metoden som används i dessa satser är tekniken QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction, kvantitativ fluorescent polymeraskedjereaktion). Produkterna är avsedda att användas på DNA som har extraherats ur prover från antingen amnionvätska eller korionvilli (CVS) som tagits under amniocentes. Den avsedda målgruppen är gravida kvinnor som bedöms löpa en hög risk för att bära på ett skadat foster, enligt diagnostiska biokemiska eller ultraljudsprocedurer, eller bedöms löpa en risk på grund av tidigare familjehistorik eller moderns ålder. Produkten är avsedd att användas tillsammans med andra diagnostiska procedurer för att ge stöd åt eller avskriva den förmodade kliniska diagnosen. Produkten är endast avsedd för yrkesmässig användning i en molekylär eller cytogenetisk laboratoriemiljö. Sammanfattning och förklaring Downs syndrom, Edwards syndrom och Pataus syndrom är de tre vanligaste, viabla autosomala trisomierna. Incidenserna för levande födda är cirka 1 på 700, 1: 3 000 respektive 1: 21 700. Turners syndrom hos flickor och Klinefelters syndrom hos pojkar är de vanligaste aneuploidierna i könskromosomerna. Den vanligaste orsaken till Turners syndrom är monosomin för X-kromosomen (45, X-karyotypen) och för Klinefelters syndrom är det en extra X-kromosom (47, XXY-karyotypen). Incidenserna för levande födda är mellan 1: 2 000 till 1:5 000 flickor för Turners syndrom och mellan 1: 500 och 1:650 pojkar för Klinefelters syndrom. Risken att föda ett barn med Downs syndrom ökar signifikant med moderns ålder, från cirka 1:1 600 vid åldern 20 24, till 1:200 vid 35 års ålder och 1:19 vid 45 års ålder och äldre. Gravida kvinnor erbjuds som rutin screening för Downs syndrom under graviditetens första trimester. En standardanalys är så kallad OSCAR, One Stop Clinical Assessment of Risk, (eller KUB, kombinerat ultraljud och biokemi) som utförs när det har gått mellan 10 och 13,5 veckor av graviditeten. I analysen kombineras två biokemiska markörer, fritt beta-hcg (humant koriongonadotropin) och PAPP-A (Pregnancy Associated Plasma Protein-A) med mätning av tjockleken på fostrets hals (nackuppklarning) (1). Kombinationen av resultaten av dessa tre analyser ger en total riskbild. Kvinnor som identifieras som utsatta för ökad risk för att föda ett barn med Downs syndrom erbjuds då en amniocentes för ett direkttest för avvikelsen. Amniocentes är ett invasivt test och innebär att en nål, vägledd med ultraljud, förs in i amnionsäcken som omger fostret. Ett litet prov, vanligtvis 10 20 ml, av amnionvätska som innehåller fosterceller sugs ut och analyseras. Downs syndrom uppkallades efter dr John Langdon Down år 1866 men det har beskrivits tidigare. Det orsakas av trisomi för hela eller delar av kromosom 21 (2). Förutom en kognitiv nedsättning av varierande grad brukar personer med Downs syndrom ha ett antal särdrag gemensamt, däribland hypotoni (dålig muskeltonus), en framstickande tunga, mandelformade ögon beroende på ett epikantusveck, uppåtvinklade palpebrala fissurer, ett enda veck i handflatan och onormalt korta extremiteter. De löper dessutom ökad risk för medfödda hjärtfel och att senare i livet utveckla en form av Alzheimers sjukdom. Edwards syndrom beskrevs först av dr John Edwards år 1960. Det orsakas av trisomi för hela eller delar av kromosom 18. Precis som för Downs syndrom ökar risken för att få ett barn med Edwards syndrom i relation till moderns ålder. Typiska kliniska särdrag innefattar låg födelsevikt, hjärtdefekter, missbildning i mag-tarmkanalen, urogenital AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 3 av 36

missbildning, neurologiska problem och kraniofaciala avvikelser. Mediantid för livslängd är cirka 4 dagar. Pataus syndrom är uppkallat efter dr Klaus Patau som beskrev sjukdomen tillsammans med det kromosomala sambandet. Det orsakas av trisomi för hela eller delar av kromosom 13. Spädbarn med Pataus syndrom är svårt skadade med flera avvikelser. Typiska särdrag innefattar låg tillväxt i livmodern, låg födelsevikt, medfödda hjärtdefekter, mikrocefali, holoprosencefali med kluven gom och mikroftalmi, central apné, polydaktyli och kongenital vertikal talus. Mediantid för livslängd är cirka 2,5 dagar. Turners syndrom hos flickor orsakas av monosomi för X-kromosomen. Cirka 98 % av alla foster med Turners syndrom aborteras spontant. Överlevande barn uppvisar ett flertal typiska särdrag, däribland kortväxthet, primär amenorré, hudveck vid nacke och hals (på grund av cystiskt hygrom, en vätskefylld hinna, i livmodern). De brukar även lida av medfödd hjärtsjukdom och kan ha hästskoformade njurar. Klinefelters syndrom hos pojkar orsakas av en extra X-kromosom. Personer med Klinefelters syndrom är infertila och kan ha en lindrig kognitiv funktionsnedsättning. De brukar vara längre än genomsnittet, kan utveckla gynekomasti som kräver kirurgisk reduktion och löper ökad risk för att utveckla osteoporos på grund av sänkta testosteronnivåer. QST*Rplusv2 innefattar markörer för alla tre autosomerna och både X och Y. Den är utformad för att detektera hela kromosomaneuploidier i dessa kromosomer men detekterar inte balanserade strukturella rearrangemang och skiljer inte mellan aneuploidi som orsakas av non-disjunction eller ett obalanserat rearrangemang. Metodprinciper Metoden som används i Elucigene QST*R-satser är tekniken QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction, kvantitativ fluorescent polymeraskedjereaktion) (3 7). Med användning av PCR-amplifiering riktas primrar som är märkta med fluorescent färg mot höggradigt polymorfa regioner i DNA-sekvensen som kallas STR (short tandem repeats) och som finns på kromosomerna som är av intresse. Varje mål-str-markör är specifik för den kromosom på vilken den finns, och därför kan antalet STR-markörer vara diagnostiskt för antalet kromosomer. Informativa STRmarkörer har valts ut som uppvisar en hög heterogenitet så att det är lätt att bestämma antalet uppsättningar. Ett normalt diploid-prov har det normala komplementet två av varje av de somatiska kromosomerna, alltså bestäms två alleler av en kromosomspecifik STR med QF-PCR-tekniken som två toppar i en kvot på 1:1. Observationen av en extra STRallel som antingen ett mönster med tre toppar i en kvot på 1:1:1 eller ett mönster med två toppar i en kvot på 2:1 eller 1:2 är diagnostiskt för förekomsten av en extra sekvens vilket i sin tur kan representera en extra kromosom, så som är fallet vid en trisomi. Amplifierade produkter av QF-PCR-tekniken analyseras kvantitativt på en Genetic Analyzer med kapillärelektrofores för bestämningen av antalet uppsättningar av de analyserade STR-markörerna. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 4 av 36

Varningar och försiktighetsåtgärder 1. Den normala DNA-kontrollen som medföljer i satserna har genomgått en oberoende analys och har konstaterats vara negativ för hepatit B-virus (HBV), hepatit C-virus (HCV) samt humant immunbristvirus (HIV) 1 och 2. 2. Försiktighet måste iakttas vid hantering av material av humant ursprung. Alla prover ska betraktas som potentiellt smittförande. Ingen analysmetod kan ge en fullständig garanti för att HBV, HCV, HIV eller andra smittförande agens inte förekommer. 3. Hantering av prover och analyskomponenter, deras användning, förvaring och kassering ska utföras i enlighet med de procedurer som beskrivs i den relevanta nationella säkerhetsriktlinjen eller -föreskriften för biologiskt riskmaterial. 4. I linje med aktuell god laboratoriesed, ska laboratorier behandla sina egna interna QC-prover av känd typ vid varje assay, så att procedurens validitet kan bedömas. 5. Om kartongen med satsen är skadad kan innehållet eventuellt vara skadat. Använd inte satsen. Kontakta kundtjänst. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 5 av 36

Symboler som används på etiketter Symboler som används på alla etiketter och allt emballage följer den harmoniserade standarden ISO15223 Tillverkare Antal analyser Se bruksanvisningen X C Förvara under angiven temperatur Använd före angivet datum Artikelnummer Batch- eller partinummer Medicinsk utrustning för in vitrodiagnostisk användning AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 6 av 36

Tillhandahållen materiel Förvara alla komponenter under 20 C Varje sats innehåller: (TA): 2 x 250 µl (50 analyser) eller 1 x 100 µl (10 analyser) av QST*R Reaction Mix (reaktionsblandning), innehållande primrar för att amplifiera ett antal markörer för STR (short tandem repeat). Se bilaga 2 för mer information om markörerna i respektive sats. QST*R-reaktionsblandningen innehåller även DNA-polymeras och deoxynukleotidtrifosfater i buffert. Sats 0,2 ml PCR-ampuller Nummer på Elucigene QST*Rplusv2 Genomskinlig komponentdel 404454 Elucigene QST*R Orange 404442 Elucigene QST*R-XYv2 Rosa 404457 Elucigene QST*R-13 Grön 404445 Elucigene QST*R-18 Violett 404448 Elucigene QST*R-21 Gul 404451 (DC): 1 x 50 µl-ampull, DNA-kontroll, diploid för markörerna som detekteras med Elucigene QST*R: Sats Nummer på komponentdel Elucigene QST*Rplusv2 404485 Elucigene QST*R 404485 Elucigene QST*R-XYv2 404485 Elucigene QST*R-13 404485 Elucigene QST*R-18 404485 Elucigene QST*R-21 404485 50 (10) x 0,2 ml PCR-ampuller, färgkodade enligt ovan. Satsberedning och -förvaring När satsen öppnas bör reaktionsblandningen dispenseras i medföljande 0,2 ml PCRampuller (eller motsvarande) i volymer om 10 µl samt frysas vid 20 C. Se till att ampullinnehållet tinas och blandas noga före dispensering. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 7 av 36

Nödvändigt material som inte tillhandahålls Allmänt Förbrukningsvaror på laboratoriet handskar; pipettspetsar. Laboratorieutrustning precisionspipetter (2 uppsättningar: 1 för hantering före amplifiering och 1 för hantering efter amplifiering:- helst pipetter med positiv förskjutning); skyddskläder; vortexblandare; mikrofug; centrifug med 96-brunnars mikrotiterplatta. DNA-extraktion DNA-beredning InstaGene Matrix (Bio-Rad Laboratories, art.nr 732-6030), sterilt avjoniserat vatten. PCR-amplifiering Termisk cycler som rymmer 96-brunnars mikrotiterplattor eller 0,2 ml ampuller med en temperaturnoggrannhet på +/ 1 C mellan 33 C och 100 C och statisk temperaturenhetlighet på +/ 1 C. Kapillärelektrofores Kapillärelektrofores GeneScan 500 LIZ-storleksstandard (ABI art.nr 4322682), GeneScan 600 LIZ (ABI art.nr 4366589) eller GeneScan 600v2 LIZ (ABI art.nr 4408399), DS-33 (färguppsättning G5) matrixstandard (ABI art.nr 4345833), POP-7 Polymer (ABI art.nr 4352759), 10x Genetic Analyzer-Buffer (ABI art.nr 402824) och Hi-Di-formamid (ABI art.nr 4311320). Applied Biosystems ABI 3130 och 3500 Genetic Analyzers (med GeneMapperprogramvara), 36 cm kapilläruppställning (50 cm kapilläruppställning för 3500 Genetic Analyzer), 96-brunnars optiska plattor, 96-brunnars septa, 96-brunnars kassetter. Dataanalys Ett av följande programvarupaket för dataanalys krävs: GeneMapper 3.7 (Applied Biosystems Inc.) eller senare eller GeneMarker 1.65 (SoftGenetics LLC) eller senare. Extra Elucigene QST*R-dokumentation I denna Instructions for Use (bruksanvisning) ingår ett grundavsnitt om tolkning av de erhållna resultaten. En kompletterande Guide to Interpretation (Tolkningsvägledning) med exempel och ordlista och en Guide to Analysis (Analysvägledning) finns på webbplatsen för Elucigene Diagnostics: www.elucigene.com/products Provtagning och provförvaring Prover på korionvilli (CV) eller amnionvätska (AF) ska användas. Ibland har det rapporterats att produkter för provtagning har skadat integriteten för vissa analyter och att de kan störa vissa metodtekniker. Vi rekommenderar att varje användare ser till att den valda produkten används enligt tillverkarens anvisningar och att både produkterna för provtagning och metoderna för DNA-beredning är kompatibla med denna analys. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 8 av 36

DNA-extraktion Elucigene QST*R-satser är validerade på InstaGene-matrixmetoden för DNA-extraktion och kan utföras i ett enda rör, vilket eliminerar behovet av överföringar rör-till-rör. Andra extraktionsmetoder har visat sig ge likvärdigt pålitliga resultat, t.ex. Qiagen QIAamp - satser. InstaGene-metoden för DNA-extraktion beskrivs nedan. InstaGene-extraktionsmetoden Amnionvätska (AF) Cirka 1 2 ml amnionvätska ska användas. Korionvilli (CV) CV-prover ska rengöras noga så att all fastsittande decidua från modern avlägsnas. Det är viktigt att celler från mer än ett område av provet analyseras och att celler från mesenkymkärnan finns med. En liten alikvot av cellsuspensionen, som har beretts som vid konventionell cellodling, rekommenderas för QST*R-analys. Detta garanterar att QST*R-resultatet erhålls från samma cellpopulation som den som används för karyotypanalys. 1. Resuspendera InstaGene-matrix i magnetomröraren och ställ in på medelhastighet i minst 5 minuter. 2. Centrifugera provet (AF eller CV) vid 12 000 g i 1 minut för att pelletera cellerna. 3. Avlägsna proverna från centrifugen och kontrollera pelleten visuellt avseende blodfärgning. Anteckna procentandelen blodfärgning, om sådan finns. 4. Avlägsna och kassera försiktigt supernatanten från pelleten, och se till att pelleten inte rörs upp. Lämna kvar cirka 10 20 µl supernatant för att resuspendera pelleten. 5. Vortexblanda provet noga. 6. Om du observerar mer än 50 % blodfärgning fortsätter du till steg 7. Om du observerar mindre än 50 % blodfärgning fortsätter du till steg 8. 7. Tillsätt 200 µl sterilt avjoniserat vatten till cellpelleten. Vortexblanda noga. Centrifugera vid 12 000 g i 1 minut och avlägsna supernatanten, men lämna kvar 10 20 µl av supernatanten för att resuspendera pelleten. Anm. Detta extra tvättsteg hjälper till att lysera de röda blodcellerna och avlägsna hem som skulle kunna hämma PCR. 8. Tillsätt 200 µl InstaGene-matrix från steg 1 till proverna med en pipettspets med grov kaliber, t.ex. 1 000 µl. Anm. För att optimera extraktionsprotokollet kan den tillsatta volymen av InstaGenematrix (Chelex-100-resin) varieras med användning av 100 µl InstaGene-matrix för små AF-cellpelletar (knappt synliga), eller 300 µl för stora pelletar (som täcker rörets botten), CV- och vävnadsprover. Registrera mängden InstaGene-matrix som har tillsatts varje prov. 9. Vortexblanda proverna noga och inkubera vid 100 C i 8 minuter i ett värmeblock eller vattenbad. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 9 av 36

10. Vortexblanda noga igen vid hög hastighet i 10 sekunder. 11. Centrifugera proverna vid 12 000 g i 3 minuter. Supernatanten innehåller det extraherade DNA:t. 12. Fortsätt till PCR-förberedelserna eller förvara det extraherade DNA:t vid 20 C tills det ska användas. DNA-koncentration Vi rekommenderar att alternativa metoder för DNA-extraktion och alternativa provtyper utvärderas noga med Elucigene QST*R-analysen innan resultaten används för diagnostik. Under optimala PCR-förhållanden och med användning av de rekommenderade inställningarna* för provinjektion som anges i kapillärkolonnkörningsmodulen (sid. 13), erhålls godtagbara resultat konsekvent med inmatade DNA-mängder på 1,25 ng till 10 ng. *Anm. Inställningar för provinjektion kan ändras så att de passar mängden amplikon som produceras under PCR-reaktionen, vilken kan variera beroende på mängden inmatat genom-dna som tillsatts. Mindre amplikon kan appliceras till kolonnen för analys genom att man reducerar injektionstiden. Omvänt kan mer amplikon appliceras till kolonnen för analys genom att man ökar antingen tiden eller spänningen för injektionen. Tidigare amplifierade prover kan återinjiceras flera gånger för ny analys. Analysprotokoll Amplifieringsprocedur Där prover har extraherats med användning av Instagene-metoden rekommenderar vi att outspädd supernatant används direkt i PCR-reaktionen. Anm. För att minimera risken för kontamination måste steg 3 5 utföras i ett område som är fritt från DNA. Dessutom ska steg vidtas för att undvika kontamination med PCRprodukt. 1. Programmera den termiska cyclern för en enstegscykel för att aktivera DNApolymeraset vid 95 C i 15 minuter kopplat till ett program för amplifieringscykling på 30 sekunder vid 95 C (denaturering), 1 minut och 30 sekunder vid 59 C (primerbindning) och 1 minut och 30 sekunder vid 72 C (förlängning) under 26 cykler. Detta ska kopplas till en 30-minuters tidsfördröjningsfil vid 72 C (förlängning) i den sista cykeln. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 10 av 36

Enzymaktivering Cykling Slutlig förlängning 95 C 95 C 15 min 30 sek. 72 C 72 C 1 min 30 sek. 30 min 59 C Omgivande temperatur 1 min 30 sek. 26 cykler 2. En negativ (vatten) kontroll måste ingå i varje PCR-körning. Det kan även anses lämpligt att inkludera andra kontroller, t.ex. positiv normal (medföljande DNA-kontroll) och positiv trisomikontroll (DNA medföljer ej). 3. Tina ett tillräckligt antal ampuller med QST*R-reaktionsblandning, som i förväg har delats upp i alikvoter, för antalet prover och kontroller som ska köras (se anteckning under Tillhandahållet material) och centrifugera ampullerna vid 12 000 g i 10 sekunder. 4. Använd separata pipettspetsar och tillsätt 2,5 µl med analys-dna till en provampull som innehåller 10 µl QST*R-reaktionsblandning och blanda genom att pipettera upp och ned. Gör detta för alla prover som ska analyseras. Tillsätt inte DNA till PCR-ampullen för den negativa kontrollen. Tillsätt istället 2,5 µl sterilt destillerat vatten. Anm. Var noga med att inte kontaminera PCR-reaktionen med något InstaGene-resin. 5. Centrifugera ampullerna kortvarigt tills all vätska finns på botten av varje ampull. 6. Placera alla ampullerna stadigt i blocket på den termiska cyclern. Starta aktiveringsprogrammet på 95 C följt av amplifieringsprogrammet (se steg 1). 7. När amplifieringsprogrammet är klart kan proverna förvaras vid rumstemperatur över natten eller vid 2 8 C i upp till 7 dagar innan de analyseras med kapillärelektrofores. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 11 av 36

Kapillärelektrofores Vi rekommenderar att alla användare ser till att den utvalda utrustningen används i enlighet med tillverkarens anvisningar och är kompatibel med denna analys. I denna kontext är de viktigaste parametrarna polymeren och kapilläruppställningen. Optimala resultat kan erhållas med användning av följande förhållanden för kapillärelektrofores på en ABI3130 eller ABI3500 Genetic Analyzer. 1. Kombinera 6,85 µl av storleksstandarden med 250 µl Hi-Di Formamide och blanda noga (blandningen räcker till 16 brunnar). Dispensera 15 µl av blandningen i det erforderliga antalet brunnar på en optisk platta med 96 brunnar. 2. Tillsätt 3 µl av analysprovet med PCR-produkt till blandningen med storleksstandard (från steg 1) som redan är dispenserad i plattan och blanda med pipetten. Förslut plattan. 3. Denaturera PCR-produkten som är dispenserad i den optiska plattan på en termisk cycler med användning av följande parametrar: 94 C i 3 minuter kopplat till 4 C i 30 sekunder. 4. Centrifugera plattan vid 1 000 g i 10 sekunder för att avlägsna bubblor i brunnarna och ladda på Genetic Analyzer. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 12 av 36

ABI3130 GENETIC ANALYZER Skapa ett provblad med användning av 3130-programvaran för datainsamling med följande inställningar: Sample Name (Provnamn): detta måste vara samma provspecifika namn eller nummer. Run owner (Körningsägare): välj laboratoriets standardägare. Run Protocol (Körningsprotokoll): QSTR (innehåller QST*R 3130-körningsmodulen se nedan)*. *Anm. Det är nödvändigt att skapa en körningsmodul som beskriver instrumentinställningarna och sedan tilldela denna till ett körningsprotokoll i vilket Dye set G5 (Färguppsättning G5) har valts. Det finns mer information om hur man skapar körningsmoduler i användarmanualen till instrumentet. 3130 RUN MODULE (KÖRNINGSMODUL) FÖR POP7-POLYMER 36 cm kapillärmodul: QSTR # Parameter Name Value Range 1 Oven Temperature 60 int 18 65 Deg.C 2 Poly_fill_Vol. 6500 6500 38000 steps 3 Current Stability 5.0 int 0 2000 uamps 4 PreRun_Voltage 15.0 0 15 kvolts 5 Pre_Run_Time 180 1 1000 sec. 6 Injection_Voltage 3.0 1 15 kvolts 7 Injection_Time 15 1 600 sec. 8 Voltage_Number_of_Steps 20 1 100 nk 9 Voltage_Step_Interval 15 1 60 sec. 10 Data_Delay_Time 60 1 3600 sec. 11 Run_Voltage 15.0 0 15 kvolts 12 Run_Time 1200 300 14000 sec. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 13 av 36

ABI3130 GENETIC ANALYZER Ett QSTR-instrumentprotokoll måste skapas vilket sedan kan användas för varje QSTRkörning. Skapa QSTR-instrumentprotokollet via 3500-biblioteket för instrumentprotokoll. Se till att följande är valda: Run Module (Körningsmodul): FragmentAnalysis50_POP7 Ange inställningarna som finns på bilden nedan: För att köra proverna skapar du en provplatta genom att klicka på Create Plate from Template (Skapa platta från mall) i Dashboard (Instrumentbord), och ser till att rätt Instrument Protocol (Instrumentprotokoll) för QSTR har tilldelats (se ovan). AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 14 av 36

Analys och tolkning av resultat Vi rekommenderar att varje laboratorium utvecklar egna procedurer och kriterier för tolkning och rapportering. Riktlinjer för bästa praxis för QF-PCR har dokumenterats av Storbritanniens Association for Clinical Genetic Science och är tillgängliga som referens på: www.acgs.uk.com PCR-produkter observeras som ett märksystem med 5 färger med filteruppsättning G5. Filteruppsättning G5 detekterar fragment som är märkta med 6-FAM (blå), VIC (gröna), NED (gula) och PET (röda) plus markören Size Standard (Storleksstandard) som är märkt med LIZ (orange) på ett elektroferogram och i GeneMapper- eller GeneMarkerprogrammet. Software analysis guides (Vägledningar för programvaruanalys) för GeneMarker och GeneMapper är tillgängliga på webbplatsen för Elucigene Diagnostics: www.elucigene.com/products Vägledningen för GeneMapper-analys ger information om programvaruinställningar och anvisningar för import av analyserade data till en Excel-rapportmall. GeneMarker har en applikation för trisomianalys som är kompatibel med Elucigene QST*R. Viktig anmärkning: Olika kombinationer av instrument, polymer och storleksstandard kan göra att storleksanrop varierar något. Under validering av satsen ska användare kontrollera att standardinställningarna för bin ( fack ) leder till korrekt toppmärkning och justera vid behov. Kontakta teknisk support för att få råd om det uppstår problem. Allmänna analysriktlinjer för alla QST*R-satser 1. Den negativa kontrollen ska inte uppvisa några vassa toppar inom avläsningsintervallet på 100 till 510 bp. 2. Den positiva kontrollen måste uppvisa de förväntade resultaten och alla toppar måste uppfylla kriterierna nedan. 3. För analys av DNA-prover ska minst 1 topp observeras för varje analyserad markör. Det godtagbara intervallet för markörtoppar som analyseras på 3130 Genetic Analyzer ligger mellan 50 och 6 000 relativa fluorescerande enheter (rfu) och för 3500 Genetic Analyzers mellan 175 och 32 000 rfu. Topphöjder som hamnar utanför detta intervall ska inte analyseras. 4. Elektroferogram av dålig kvalitet på grund av kraftig genomblödning mellan färger (även kallat pull-up ) eller elektroforesspikar (vassa toppar som finns i mer än en färg) ska inte tolkas. PCR-produkterna ska återinjiceras och återanalyseras. 5. Analys utförs genom bedömning av toppkvoter (A1/A2), där A1 är topparean för det kortare fragmentet och A2 är topparean för det längre fragmentet. Kvoten som blir resultatet är diagnostisk för antalet lokusuppsättningar. För disomiska kromosomer ska heterozygota markörer visa två toppar med liknande höjd. En fullständig analys av antalet kromosomuppsättningar utförs genom jämförelse av kvoter för toppareor. 6. Heterozygota dialleliska (dvs. två alleler) markörer ska hamna inom ett kvotfönster på 0,8 till 1,4. För två alleler som separeras med mer än 24 bp i storlek är dock en kvot på upp till 1,5 godtagbar. Alla värden som hamnar inom denna region benämns som om de AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 15 av 36

hade en kvot på 1:1. Om kvotbalansen hamnar utanför detta fönster kan det bero på flera faktorer, t.ex.: Trisomi för hel kromosom Trisomi för partiell kromosom (inklusive submikroskopiska dupliceringar) Mosaicism Kontaminerande sekundär genotyp (t.ex. från modern, från en tvilling, extern) Skuggor ( stutters ) som orsakar förvrängning Preferentiell amplifiering av en allel vilket orsakar förvrängning Polymorfismer på primerställe Somatiska mikrosatellitmutationer I Guide to Interpretation (Tolkningsvägledning) finns exempel på typiska profiler för många av dessa. Homozygota markörer är icke-informativa eftersom en kvot inte kan bestämmas. 7. För att ett resultat ska tolkas som avvikande (dvs. med trisomi), krävs minst två informativa markörer som är förenliga med en triallelisk genotyp med alla andra markörer som är icke-informativa. Ett resultat bör inte tolkas som avvikande baserat på information från endast en markör. Vid behov kan uppföljande analys med satserna för enkel kromosom (dvs. Elucigene QST*R-13, Elucigene QST*R-18, Elucigene QST*R-21) ge tillräckligt med information för tolkning. Trisomi bestäms antingen med: 7.1. Två toppar med olika höjd beroende på att en av topparna representerar två alleler som är gemensamma för en eller båda föräldrarna. I detta fall klassas kvoten mellan de två topparna som 2:1 eller 1:2 så att A1/A2 ger ett resultat i området 1,8 till 2,4 när toppen som representerar den kortare allelen har en större area än toppen som representerar den längre allelen, eller där A1/A2 ger ett resultat i området 0,45 till 0,65 när toppen som representerar den kortare allelen har en mindre area än toppen som representerar den längre allelen. 7.2. Det finns tre toppar med jämförbar höjd. Kvoten för topparna klassas som 1:1:1 och deras värden hamnar inom det normala intervallet på 0,8 1,4 (men för alleler som är separerade med mer än 24 bp är en allelkvot på upp till 1,5 godtagbar). Om detta inte sker kan det bero på en av faktorerna som nämndes i steg 6. 8. För att ett resultat ska tolkas som normalt, krävs minst två informativa markörer som är förenliga med en diallelisk genotyp med alla andra markörer som är icke-informativa. Ett normalt resultat indikerar det normala komplementet på två för de testade kromosomerna. 9. Toppareakvoter som hamnar mellan intervallen för normala och avvikande klassas som osäkra. Osäkra resultat kan fastställas med hjälp av satserna för enkel kromosom. 10. Om både normala och avvikande allelmönster erhålls för en enkel kromosom rekommenderas att uppföljande studier utförs för att identifiera orsaken till de avvikande resultaten innan några slutsatser dras. 11. I sällsynta fall kan allelstorleksintervallen för markörer överlappa. Vid misstanke om detta kan en analys med satserna för enkel kromosom lösa problemet. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 16 av 36

Specifik för QST*R-XYv2 och könskromosommarkörerna i QST*Rplusv2 1. AMEL-markören amplifierar icke-polymorfa sekvenser på kromosomerna X (104 bp) och Y (110 bp) och kan användas för att bestämma närvaron eller frånvaron av en Y- kromosom och representerar den relativa mängden av X- till Y-sekvens. Observera att i sällsynta fall har amplifieringsfel på grund av mutation av AMEL-Y-sekvensen rapporterats. 2. TAF9L är en invariant paralog markör med sekvenser på kromosomerna 3 och X. Den specifika toppen för kromosom 3 (116 bp, vilket representerar 2 uppsättningar av kromosom 3) kan därför användas som en referenstopp för att underlätta bestämningen av antalet X-kromosomer som finns (121 bp-topp). Vid analys i kombination med Amelogenin och de andra könskromosommarkörerna, är det särskilt användbart vid diagnosen av könskromosomaneuploidi. Hos en normal flicka ska markörerna hamna inom ett kvotfönster på 0,8 till 1,4. Hos en normal pojke eller monosomi X ger markörerna en kvot på 1,8. Det finns mer information om tolkningen av TAF9L-markören i Guide to Interpretation (Tolkningsvägledning). 3. De polymorfa STR-markörerna DXYS267 och DXYS218 finns på både X- och Y- kromosomerna och representerar det totala antalet könskromosomer. För informativa manliga resultat är det inte möjligt att bestämma vilken allel som representerar X- eller Y- kromosomen. 4. De informativa X-specifika markörerna DXS981, DXS1187, XHPRT, DXS6807, DXS7423, DXS6803 och DXS6809 representerar antalet X-kromosomer. 5. Den Y-specifika markören, SRY, ger en enstaka topp hos normala pojkar och amplifieras inte hos normala flickor. 6. Den Y-specifika markören, DYS448, ger i de flesta fall en enstaka topp hos normala pojkar och amplifieras inte hos normala flickor. Det har observerats att denna markör i sällsynta fall kan uppvisa ett ärftligt dialleliskt mönster (submikroskopisk duplicering följt av replikationsglidning) eller inte uppvisa någon amplifiering (noll-allel). 7. Ett resultat som inte uppvisar någon amplifiering för Y-specifika markörer och homozygot för alla andra markörer behöver inte nödvändigtvis vara diagnostiskt för Turners syndrom. Baserat på publicerade data är cirka 1 på 170 000 flickor homozygota för alla 7 x specifika polymorfa markörer. Detta ger en Bayesiansk sannolikhet av cirka 1 på 1 400 att en profil som är homozygot för alla X-specifika markörer representerar en äkta monosomi X-genotyp snarare än en normal homozygot flicka. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 17 av 36

Prestandaegenskaper INTERN VALIDERING QST*Rplusv2 98 prover analyserades blint med Elucigene QST*Rplusv2. Av dessa var 22 normala/xy, 17 var normala/xx, 12 var trisomi 21/XY, 7 var trisomi 21/XX, 9 var trisomi 18/XY, 8 var trisomi 18/XX, 2 var trisomi 13/XY, 4 var trisomi 13/XX, 8 var normala/x0, 1 var normalt/xyy och 1 var triploid för alla kromosomer som analyserades. Ett prov gav ett icke-informativt resultat. Sex prover kunde inte tillhandahålla analyserbara resultat på grund av dålig provkvalitet. Alla analyserbara resultat visade 100 % specificitet och sensitivitet med resultat som erhållits tidigare med en annan etablerad metod. QST*R 312 prover analyserades blint med Elucigene QST*R. Av dessa var 286 normala, 2 uppvisade trisomi 13, 7 uppvisade trisomi 18, 13 uppvisade trisomi 21 och 2 var triploida för alla de 3 analyserade kromosomerna. Ett prov var kontaminerat med celler från modern vilket förhindrade analys och ett prov kunde inte ge något tolkningsbart resultat trots upprepad amplifiering. Totalt sett gav 310 prover analyserbara resultat. Alla analyserbara prover uppvisade 100 % specificitet och sensitivitet med resultat som erhållits tidigare med karyotypning. QST*R-XYv2 321 prover analyserades blint med Elucigene QST*R. Av dessa var 160 normala pojkar, 147 var normala flickor, 3 uppvisade monosomi X, 2 uppvisade XXY, 2 visade XYY och 1 visade XXX. Sex prover kunde inte tillhandahålla något tolkningsbart resultat trots upprepad amplifiering. Totalt sett gav 315 prover analyserbara resultat. Alla analyserbara prover uppvisade 100 % specificitet och sensitivitet med resultat som erhållits tidigare med karyotypning. QST*R-13 152 prover analyserades blint med Elucigene QST*R-13. Av dessa var 144 normala och 2 uppvisade trisomi 13. Sex prover kunde inte tillhandahålla något tolkningsbart resultat trots upprepad amplifiering. Alla analyserbara prover uppvisade 100 % specificitet och sensitivitet med resultat som erhållits tidigare med karyotypning. QST*R-18 152 prover analyserades blint med Elucigene QST*R-18. Av dessa var 143 normala och 4 uppvisade trisomi 18. Fem prover kunde inte tillhandahålla något tolkningsbart resultat trots upprepad amplifiering. Alla analyserbara prover uppvisade 100 % specificitet och sensitivitet med resultat som erhållits tidigare med karyotypning. QST*R-21 152 prover analyserades blint med Elucigene QST*R-21. Av dessa var 148 normala och 2 uppvisade trisomi 21. Två prover kunde inte tillhandahålla något tolkningsbart resultat trots upprepad amplifiering. Alla analyserbara prover uppvisade 100 % specificitet och sensitivitet med resultat som erhållits tidigare med karyotypning. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 18 av 36

BILAGA 1: EXEMPEL Elucigene QST*Rplusv2 Markörerna är märkta på följande sätt: 6-FAM VIC NED PET DXS6803 DXS1187 AMEL D21S1409 D21S1435 D21S1446 TAF9L D13S252 D21S11 XHPRT D18S978 D21S1442 D21S1437 D18S386 SRY D18S819 D13S634 D13S305 D13S800 D18S535 D18S390 D13S628 Se bilaga 2 för mer information om STR-markörerna inklusive storleksintervall. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 19 av 36

Elucigene QST*Rplusv2 GENEMAPPER Ett exempel på en normal manlig QST*Rplusv2-profil som uppvisar det relativa läget för de detekterade markörerna. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 20 av 36

Elucigene QST*R Markörerna är märkta på följande sätt: 6-FAM VIC NED PET D21S1435 D18S391 D18S978 D21S1409 D21S11 D18S325 D21S1411 D13S252 D21S1437 D18S386 D18S390 D18S819 D13S634 D13S305 D13S628 D18S535 Se bilaga 2 för mer information om STR-markörerna inklusive storleksintervall. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 21 av 36

Elucigene QST*R GENEMAPPER Ett exempel på en normal QST*R-profil som uppvisar det relativa läget för de detekterade markörerna. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 22 av 36

Elucigene QST*R-XYv2 Markörerna är märkta på följande sätt: 6-FAM VIC NED PET DXS6803 DXS1187 AMEL DXYS267 DXS981 XHPRT SRY DYS448 DXS6807 DXS7423 DXS6809 DXYS218 Se bilaga 2 för mer information om STR-markörerna inklusive storleksintervall. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 23 av 36

Elucigene QST*R-XYv2 GENEMAPPER Ett exempel på en normal manlig QST*R-XYv2-profil som uppvisar det relativa läget för de detekterade markörerna. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 24 av 36

Elucigene QST*R-21 Markörerna är märkta på följande sätt: 6-FAM VIC NED PET D21S1435 D21S1446 D21S1411 D21S1409 D21S11 D21S1442 D21S1437 Se bilaga 2 för mer information om STR-markörerna inklusive storleksintervall. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 25 av 36

Elucigene QST*R-21 GENEMAPPER Ett exempel på en normal QST*R-21-profil som uppvisar det relativa läget för de detekterade markörerna. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 26 av 36

Elucigene QST*R-18 Markörerna är märkta på följande sätt: 6-FAM VIC NED PET D18S847 D18S391 D18S978 D18S977 D18S1002 D18S386 D18S390 D18S819 D18S535 Se bilaga 2 för mer information om STR-markörerna inklusive storleksintervall. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 27 av 36

Elucigene QST*R-18 GENEMAPPER Ett exempel på en normal QST*R-18-profil som uppvisar det relativa läget för de detekterade markörerna. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 28 av 36

Elucigene QST*R-13 Markörerna är märkta på följande sätt: 6-FAM VIC NED PET D13S797 D13S325 D13S800 D13S252 D13S762 D13S305 D13S628 D13S634 Se bilaga 2 för mer information om STR-markörerna inklusive storleksintervall. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 29 av 36

Elucigene QST*R-13 GENEMAPPER Ett exempel på en normal QST*R-13-profil som uppvisar det relativa läget för de detekterade markörerna. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 30 av 36

BILAGA 2: TABELL MED ANVÄNDA MARKÖRER Anm. NED-färgen som används i satserna identifieras spektralt som en gul färg. Den visas konventionellt i svart för tydlighets skull. Observerade heterozygositeter är baserade på antalet alleler som observeras med Elucigene Diagnostics-valideringspanelen. Dessa siffror kan därför skilja sig från publicerade data och kan även variera i enlighet med den analyserade populationen. Tabell 1. Markörer i Elucigene QST*Rplusv2 Markör Plats Observerad heterozygositet* Storleksintervall för allel (bp) Markörfärgens kulör D13S252 13q12.2 0,74 274-311 röd D13S305 13q13.3 0,79 424-466 grön D13S634 13q21.33 0,84 380-428 blå D13S800 13q22.1 0,72 284-320 gul D13S628 13q31.1 0,75 426-465 gul D18S819 18q11.2 0,73 400-425 röd D18S535 18q12.3 0,77 466-498 blå D18S978 18q12.3 0,71 207-223 gul D18S386 18q22.1 0,92 332-405 grön D18S390 18q22.3 0,69 356-394 gul D21S11 21q21.1 0,82 228-279 blå D21S1437 21q21.1 0,76 307-347 blå D21S1409 21q21.2 0,74 191-239 röd D21S1442 21q21.3 0,85 332-389 röd D21S1435 21q21.3 0,74 167-204 blå D21S1446 21q22.3 0,76 205-235 grön AMEL Xp22.22/Yp11.2 n/a 104/110 gul TAF9L 3p24.2/Xq21.1 n/a 116/121 gul DXS6803 Xq21.31 0,86 131-153 blå XHPRT Xq26.2 0,72 266-298 grön DXS1187 Xq26.2 0,73 123-165 grön SRY Yp11.31 n/a 248 gul AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 31 av 36

Tabell 2. Markörer i Elucigene QST*R Markör Plats Observerad heterozygositet* Storleksintervall för allel (bp) Markörfärgens kulör D13S252 13q12.2 0,74 274-311 röd D13S305 13q13.3 0,79 424-466 grön D13S325 13q14.11 0,80 272-309 grön D13S634 13q21.33 0,84 380-428 blå D13S628 13q31.1 0,75 426-465 gul D18S391 18p11.31 0,70 205-225 grön D18S819 18q11.2 0,73 400-425 röd D18S535 18q12.3 0,77 466-498 blå D18S978 18q12.3 0,71 207-223 gul D18S386 18q22.1 0,92 332-405 grön D18S390 18q22.3 0,69 356-394 gul D21S11 21q21.1 0,82 228-279 blå D21S1437 21q21.1 0,76 307-347 blå D21S1409 21q21.2 0,74 191-239 röd D21S1435 21q21.3 0,74 167-204 blå D21S1411 21q22.3 0,83 283-344 gul AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 32 av 36

Tabell 3. Markörer i Elucigene QST*R-XYv2 Markör Plats Observerad heterozygositet* Storleksintervall för allel (bp) Markörfärgens kulör DXYS218 Xp22.32/Yp11.3 0,74 376-392 blå AMEL Xp22.22/Yp11.2 n/a 104-110 gul DXYS267 Xq21.31/Yp11.31 0,75 240-280 röd DXS6807 Xp22.3 0,66 326-351 blå DXS981 Xq13.1 0,73 226-260 blå DXS6803 Xq21.31 0,86 131-153 blå DXS6809 Xq21.33 0,78 392-436 gul DXS1187 Xq26.2 0,73 123-165 grön XHPRT Xq26.2 0,72 266-298 grön DXS7423 Xq28 0,67 360-388 grön SRY Yp11.31 n/a 248 gul DYS448 Yq11.223 n/a 349-372 röd Tabell 4. Markörer i Elucigene QST*R-21 Markör Plats Observerad heterozygositet* Storleksintervall för allel (bp) Markörfärgens kulör D21S11 21q21.1 0,82 228-279 blå D21S1437 21q21.1 0,76 307-347 blå D21S1409 21q21.2 0,74 191-239 röd D21S1442 21q21.3 0,85 290-349 grön D21S1435 21q21.3 0,74 167-204 blå D21S1411 21q22.3 0,83 283-344 gul D21S1446 21q22.3 0,76 205-235 grön AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 33 av 36

Tabell 5. Markörer i Elucigene QST*R-18 Markör Plats Observerad heterozygositet* Storleksintervall för allel (bp) Markörfärgens kulör D18S391 18p11.31 0,70 205-225 grön D18S1002 18q11.2 0,76 337-365 blå D18S819 18q11.2 0,73 400-425 röd D18S847 18q12.1 0,71 204-232 blå D18S535 18q12.3 0,77 466-498 blå D18S978 18q12.3 0,71 207-223 gul D18S977 18q21.31 0,70 248-285 röd D18S386 18q22.1 0,92 332-405 grön D18S390 18q22.3 0,69 356-394 gul Tabell 6. Markörer i Elucigene QST*R-13 Markör Plats Observerad heterozygositet* Storleksintervall för allel (bp) Markörfärgens kulör D13S252 13q12.2 0,74 274-311 röd D13S305 13q13.3 0,79 424-466 grön D13S325 13q14.11 0,80 272-309 grön D13S634 13q21.33 0,84 380-428 blå D13S800 13q22.1 0,72 284-320 gul D13S628 13q31.1 0,75 426-465 gul D13S762 13q31.3 0,75 302-331 blå D13S797 13q33.2 0,77 178-250 blå AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 34 av 36

Begränsningar av proceduren Denna analys är utformad för att detektera specifika kromosomala trisomier och könskromosom-aneuploidier så som beskrivs i Instructions for Use (Bruksanvisningen). Med analysen detekteras eventuellt inte strukturella rearrangemang som berör de analyserade kromosomerna och den detekterar inte avvikelser i andra kromosomer. Mosaicism för de analyserade kromosomerna detekteras eventuellt inte. Ett QST*Rresultat kan bara tillämpas direkt på den analyserade vävnaden och behöver inte representera fosterkaryotypen. Kontamination av celler från modern (maternal cell contamination, MCC) och begränsad mosacisim i moderkakan (confined placental mosaicism, CPM) kan leda till diskrepanser mellan QST*R- och karyotypresultaten. Anm. Heterozygositeter för de använda markörerna härleddes ur en slumpmässig uppsättning prover som lämnats in för rutinanalys från en företrädesvis nordeuropeisk kaukasisk population. Alla beräkningar med användning av dessa heterozygositeter gäller strikt endast för den population som proverna tagits från. En liten studie med användning av lokalt härledda prover kan utföras som en del av en valideringsstudie för att fastställa heterozygositeter i populationen som ska analyseras. Populationsvariationen förväntas inte avsevärt förändra assayens totala informativitet. Friskrivning Resultat från denna och andra diagnostiska assayer ska tolkas tillsammans med andra laboratorie- och klinikdata som klinikern har tillgång till. Dessa Elucigene-reagenser tillhandahålls för diagnostiska analyser in vitro. Det finns mer information om Elucigene QST*R-produkter på: www.elucigene.com/products AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 35 av 36

Referenser 1. CG Antenatal Care: full guidelines (Corrected June 2008) UK National Institute for Health and Clinical Excellence 2. O Connor, C. (2008) Trisomy 21 Causes Down syndrome. Nature Education 1(1). 3. Mansfield E S. Diagnosis of Down syndrome and other aneuploidies using quantitative polymerase chain reaction and small tandem repeat polymorphisms. Human Molecular Genetics 1993 2(1): 43-50 4. Mann K, Fox SP, Abbs SJ, Yau SC, Scriven PN, Docherty Z, Mackie Ogilvie C. Development and implementation of a new rapid aneuploidy diagnostic service within the UK National Health Service and implications for the future of prenatal diagnosis. The Lancet 2001 358 (9287): 1057-1061 5. Mann K, Donaghue C, Fox SP, Docherty Z, Mackie Ogilvie C. Strategies for the rapid prenatal diagnosis of chromosome aneuploidy. European Journal of Human Genetics 2004 12: 907-915 6. Mackie Ogilvie C, Donaghue C, Fox SP, Docherty Z, Mann K. Rapid prenatal diagnosis of an aneuploidy using Quantitative Fluorescence-PCR (QF-PCR). Journal of Histochemistry and Cytochemistry 2005 53(3): 285-288 7. Deutsch S, Choudhury U, Merla G, Howald C, Sylvan A, Antonarakis SE. Detection of aneuploidies by paralogous sequence quantification. Journal of Medical Genetics 2004 41: 908-915 ELUCIGENE och QST*R är varumärken som tillhör Delta Diagnostics (UK) Ltd. GENEMAPPER, GENESCAN, VIC, PET, NED, LIZ, POP-7 och HI-DI är varumärken som tillhör Life Technologies Corporation. QIAAMP är ett varumärke som tillhör Qiagen Gmbh. GENEMARKER är ett varumärke som tillhör SoftGenetics Corporation. INSTAGENE är ett varumärke som tillhör Bio-Rad Laboratories Inc. Kommentar till köparen: Begränsad licens Polynukleotider som är märkta med VIC, NED och PET -färger och/eller deras användning kan vara skyddade av ett eller flera patent som ägs av Applied Biosystems, LLC. Inköpspriset för denna produkt innefattar begränsade, icke överförbara rättigheter enligt vissa anspråk i särskilda patent som ägs av Applied Biosystems, LLC: Köparen får endast använda denna mängd av produkten, och endast i syfte att detektera mål inom fältet för human diagnostik. Inga andra rättigheter överlåts. Mer information om inköp av licenser i samband med färgerna som nämns ovan kan erhållas genom att man kontaktar outlicensing@lifetech.com. Copyright 2014 Delta Diagnostics (UK) Ltd. AN000BYSV 001 Sep-2014 Sida 36 av 36