cobas 4800 HPV Test 960 Tests P/N: Tests P/N: Tests P/N:

cobas 4800 HPV Test FÖR IN VITRO-DIAGNOSTISK ANVÄNDNING. ANVÄNDARE MED SYSTEMPROGRAM VERSION 1.1.2 MÅSTE FÖLJA INSTRUKTIONERNA I AVSNITT A. ANVÄNDARE MED SYSTEMPROGRAM VERSION 2.1 ELLER HÖGRE MÅSTE FÖLJA INSTRUKTIONERNA I AVSNITT B. ALLA ANDRA AVSNITT GÄLLER FÖR SAMTLIGA PROGRAMVERSIONER. cobas 4800 System Sample Preparation Kit c4800 SMPL PREP 960 Tests P/N: 05235804190 240 Tests P/N: 05235782190 cobas 4800 HPV Amplification/Detection Kit c4800 HPV AMP/DET 960 Tests P/N: 05235910190 240 Tests P/N: 05235901190 cobas 4800 HPV Controls Kit c4800 HPV CTLS 10 Sets P/N: 05235855190 cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit c4800 LIQ CYT 960 Tests P/N: 05235839190 240 Tests P/N: 05235812190 cobas 4800 System Wash Buffer Kit c4800 WB 960 Tests P/N: 05235871190 240 Tests P/N: 05235863190 MEDDELANDE: Köpet av denna produkt ger köparen rätten att använda den för amplifiering och detektion av nukleinsyrasekvenser via PCR (polymerase chain reaction) och relaterade processer för human in vitro-diagnostik. I det här dokumentet tilldelas inget allmänt patent eller annan licens förutom den särskilda användningsrätt som beviljas vid köpet. AVSEDD ANVÄNDNING Testet cobas 4800 Human Papillomavirus (HPV) är ett kvalitativt in vitro-test för detektion av humant papillomavirus i patientprover. I testet används amplifiering av målsekvens-dna genom PCR (Polymerase Chain Reaction) och nukleinsyrehybridisering för detektion av 14 högrisk-(hr)-hpv-typer i en enda analys. Testet definierar specifikt HPV 16 och HPV 18 medan det samtidigt detekterar övriga högrisktyper (31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 och 68) på kliniskt relevanta infektionsnivåer. Proverna är begränsade till cervixceller som tagits i cobas PCR Cell Collection Media (Roche Molecular Systems, Inc.), PreservCyt -lösning (Hologic Corp.) och SurePath TM -konserveringsvätska (BD Diagnostics-TriPath). Den avsedda användningen av cobas 4800 HPV-testet är följande: (a) cobas 4800 HPV-testet är avsett att användas vid screening av patienter med cervixcytologiresultat av svårvärderad skivepitelatypi (ASC-US; atypical squamous cells of undetermined significance) för bestämning av behovet av kolposkopi. (b) cobas 4800 HPV-testet är avsett att användas vid screening av patienter med ASC-US-cervixcytologiresultat för att bedöma förekomst eller avsaknad av högrisk-hpv-genotyperna 16 och 18. (c) cobas 4800 HPV-testet är avsett att användas tillsammans med cervixcytologi för att bedöma förekomst eller frånvaro av högrisk-hpv-typer. (d) cobas 4800 HPV-testet är avsett att användas tillsammans med cervixcytologi för att bedöma förekomst eller frånvaro av HPV-genotyperna 16 och 18. (e) cobas 4800 HPV-testet är avsett att användas som ett primärt screeningtest (första linjen) för att identifiera kvinnor med ökad risk för att utveckla cervixcancer eller med fullt utvecklad cancer. (f) cobas 4800 HPV-testet är avsett att användas som ett primärt screeningtest (första linjen) för att bedöma förekomst eller frånvaro av HPVgenotyperna 16 och 18. Resultaten från cobas HPV-testet, tillsammans med läkarens bedömning av cytologisk historik, övriga riskfaktorer och professionella riktlinjer, kan användas som vägledning i patientbehandlingen. Resultaten av cobas HPV-testet är inte avsedda att hindra kvinnor från att gå vidare till kolposkopi. SAMMANFATTNING OCH FÖRKLARING AV TESTET Ihållande infektion med humant papillomavirus (HPV) är orsaken till cervixcancer och dess förstadium CIN (cervical intraepitelial neoplasi) 1-3. HPV är involverat i mer än 99 % av cervixcancerfallen i världen 3. HPV är ett litet, dubbelsträngat DNA-virus utan hölje, med ett genom på cirka 8 000 nukleotider. Det finns fler än 118 olika genotyper av HPV 4,5 och cirka 40 olika HPV-virus som kan infektera människans anogenitala slemhinnor 6,7. Dock är det endast 13 till 18 av dessa typer som anses utgöra en hög risk för utveckling av cervixcancer och dess förstadium 3,8-13. I en analys av data från en multicenterstudie utförd av IARC (International Agency of Research on Cancer) var den poolade udda kvoten för cervixcancer i skivepitelceller med HPV-infektioner 158,2 när analysen begränsades till studier med väl validerade metoder för HPV-detektion 12. I den här studien varierade udda kvoter för cervixcancer från 109 till 276 i studier från olika delar av världen 12. Ihållande infektion med högrisk-(hr)-hpv är visserligen en nödvändig orsak till cervixcancer och dess förstadium, men det är en mycket liten procentandel av infektionerna som utvecklas vidare till dessa sjukdomsförhållanden. Sexuellt överförd HPV-infektion är mycket vanligt; upp till 75 % av alla kvinnor uppskattas ha exponerats för HPV vid något tillfälle 14. Emellertid bygger > 90 % av de infekterade kvinnorna upp en effektiv immunrespons där infektionen går över av sig själv inom 6 till 24 månader utan några hälsokonsekvenser på lång sikt 15-20. En infektion med en HPV-typ kan producera CIN (cervical intraepithelial neoplasia), vilket dock också vanligtvis försvinner när HPV-infektionen har gått över 21. I industriländer där det pågår screeningprogram mot cervixcancer har Pap smear sedan mitten av 1950-talet varit det huvudsakliga hjälpmedlet för att upptäcka tidiga förstadium till cervixcancer. Tack vare Pap smear har dödssiffrorna till följd av cervixcancer minskat dramatiskt i dessa länder. Metoden kräver dock att högutbildade cytopatologer tolkar resultaten som är relativt oprecisa med många falskt negativa resultat. Cytologiska abnormiteter som påvisas med Pap smear-metoden beror oftast på HPV-infektion; olika inflammatoriska variationer eller provtagningsvariationer kan emellertid resultera i falskt positiva Pap-resultat. För ett säkert resultat vid onormal Pap smear krävs upprepad testning, kolposkopi och biopsi. En histologiskt bekräftad höggradig lesion måste avlägsnas kirurgiskt för att förhindra utveckling av invasiv cervixcancer. Avsnittet med information om revidering av dokumentet finns i slutet av det här dokumentet. 05990254001-10SV 1 Doc Rev. 11.0

Papillomavirus är mycket svårt att odla in vitro, och vissa av de patienter som är HPV-infekterade saknar ett påvisbart antikroppssvar. Nukleinsyratestning (DNA) med PCR-teknik är en icke-invasiv metod för att bestämma förekomst av cervix-hpv-infektion. Införandet av HPV DNAtestning har ökat effektiviteten för screeningprogram mot cervixcancer, eftersom högrisk-lesioner hos kvinnor som är 30 år och äldre med NILMcytologi upptäcks tidigare och eftersom behovet av icke nödvändig kolposkopi och annan behandling av patienter som är 21 år och äldre med ASC- US-cytologi minskar. Vidare är känsligheten hos HPV-testning väldokumenterat mycket bättre än hos Pap smear vid detektion av fullt utvecklad cancer i en screening-population 22,23. På grund av den dokumenterat bättre känsligheten har nu HPV DNA-testning både föreslagits och införts som primärt screeningtest i första linjen i vissa screeningprogram. ANVÄNDNINGSPRINCIPER cobas 4800 HPV-testet baseras på två grundläggande principer: (1) automatisk provpreparation för samtidig extraktion av HPV och cellulärt DNA; (2) PCR-amplifiering 24 av mål-dna-sekvenser med hjälp av både HPV- och β-globin-specifika komplementära primerpar, samt realtidsdetektion av klyvda HPV- och β-globin-specifika oligonukleotidprober märkta med fluorokromer. Genom samtidigt pågående extraktion, amplifiering och detektion av β-globin i cobas 4800 HPV-testet övervakas hela testprocessen. Master Mix-reagenset för cobas 4800 HPV-testet innehåller primerpar och prober som är specifika för de 14 högrisk-hpv-typerna och β-globin DNA. Detektion av amplifierat DNA (amplicon) utförs under termocykeln med hjälp av oligonukleotidprober märkta med fyra olika fluorkromer. Den amplifierade signalen från tolv högrisk-hpv-typer (31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 och 68) detekteras med samma fluorkrom, medan signalerna från HPV16, HPV18 och β-globin detekteras var för sig med sin egen speciellt tilldelade fluorkrom. Provpreparation Provpreparation för cobas 4800 HPV-testet automatiseras med användningen av instrumentet cobas x 480. Cervixprover som har tagits i cobas PCR Cell Collection Media, PreservCyt -lösning eller SurePath TM -konserveringsvätska bryts ned under denatureringsförhållanden med förhöjd temperatur och lyseras sedan i närvaro av kaotropiskt reagens. Frigjorda HPV-nukleinsyror, tillsammans med β-globin DNA som fungerar som processkontroll, renas genom absorption till magnetiska glaspartiklar, tvättas och separeras slutligen från dessa partiklar, vilket bereder dem för PCRamplifiering och detektion. PCR-amplifiering Val av målsekvens I cobas 4800 HPV-testet används primers för att definiera en sekvens av cirka 200 nukleotider inom den polymorfa L1-regionen av HPV-genomet. En pool av HPV-primers som är närvarande i Master Mix är utformade för att amplifiera HPV DNA från 14 högrisktyper (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 och 68) 3,8-13,25. Fluorescensmärkta oligonukleotidprober binder till polymorfa regioner inom sekvensen som definieras av dessa primers. Ytterligare ett primerpar och en prob har den humana β-globin-genen som mål (330 bp-amplicon) så att processen kontrolleras. Målsekvensamplifiering EagleZ05 DNA-polymeras 26, en kemiskt modifierad version av Thermus species Z05 DNA-polymeras 27, används för "hot start"-amplifiering av HPVmålsekvenser och β-globin-kontroll. PCR-reaktionsblandningen upphettas först så att EagleZ05 DNA-polymeras aktiveras. Virus-DNA och genomiskt DNA denatureras och primer-målsekvenserna exponeras. När blandningen svalnar binder uppströms- och nedströmsprimers till mål-dna-sekvenserna. EagleZ05 DNA-polymeras förlänger primern, i närvaro av divalent metalljon och överskotts-dntps, och en andra DNA-sträng syntetiseras. Detta slutför den första PCR-cykeln och ger en dubbelsträngad DNA-kopia av målregionen för HPV-genomet och β-globin-genen. DNA-polymeras förlänger bundna primers längs målsekvensen för att producera en cirka 200 baspars dubbelsträngad HPV-målsekvens DNA-molekyl eller en 330 baspars β-globin DNA-molekyl som kallas ett amplicon. Proceduren upprepas för ett antal cykler, där varje cykel effektivt fördubblar mängden amplicon-dna. Amplifiering förekommer endast i regionen för HPV-genomet och/eller β-globin-genen mellan motsvarande primerpar. Hela genomet amplifieras inte. Automatisk realtidsdetektion I cobas 4800 HPV-testet används PCR-teknik i realtid 29,30. Varje oligonukleotidprob i reaktionen är märkt med en fluorkrom som fungerar som reporterfluorkrom, och med en quencher som släcker den fluorescerande emissionen från fluorkromen i en intakt prob. Medan amplifieringen fortskrider binder prober, som är komplementära till amplicon, till specifika enkelsträngade DNA-sekvenser och klyvs med 5' till 3' nukleasaktivitet hos EagleZ05 DNA-polymeras. När reporterfluorokromen har separerats från quenchern genom denna nukleasaktivitet, sänder den ut fluorescens med en specifik våglängd när den exciteras av rätt ljusspektrum. Den specifika våglängden för varje fluorkrom gör att HPV16-amplicon, HPV18-amplicon, andra HR-amplicon (31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 och 68) och β-globin-kontrollen kan mätas oberoende, eftersom proberna som är specifika för dessa sekvenser är märkta med olika fluorkromer. Selektiv amplifiering Selektiv amplifiering av målsekvens-nukleinsyra från det kliniska provet kan göras med cobas 4800 HPV-testet genom användning av AmpErase (uracil-n-glykosylas) och deoxiuridintrifosfat (dutp). AmpErase-enzymet påvisar och katalyserar nedbrytning av DNA-strängar som innehåller deoxiuridin 28, men inte DNA som innehåller deoxitymidin. Deoxiuridin finns inte i naturligt förekommande DNA, men finns alltid i amplicon på grund av användningen av deoxiuridintrifosfat i stället för tymidintrifosfater som en av deoxinukleosidtrifosfaterna i Master mix-reagenset. Följaktligen innehåller endast amplicon deoxiuridin. Deoxiuridin gör kontaminerande amplicon känsligt för nedbrytning av AmpErase-enzym före amplifiering av målsekvens- DNA. AmpErase-enzym, som ingår i Master mix-reagenset, katalyserar klyvning av DNA innehållande deoxiuridin vid deoxiuridinresterna genom att öppna deoxiriboskedjan vid C1-positionen. Vid uppvärmning i det första termocykelsteget bryts amplicon-dna-kedjan vid deoxiuridinets position vilket ger icke amplifierbart DNA. AmpErase-enzym är inaktivt vid temperaturer över 55 C, dvs. genom värmecykelstegen, och förstör därför inte målsekvens-amplicon. AmpErase-enzym i cobas 4800 HPV-testet har visat sig inaktivera minst 10 3 kopior av HPV-amplicon innehållande deoxiuridin per PCR. 05990254001-10SV 2 Doc Rev. 11.0

REAGENS cobas 4800 System Sample Preparation Kit Provpreparationskit för cobas 4800-systemet (P/N: 05235782190) MGP (Magnetiska glaspartiklar för cobas 4800-systemet) Magnetiska glaspartiklar 93 % isopropanol Xi 93 % (viktprocent) isopropanol c4800 SMPL PREP 240 test 10 x 4,5 ml F Irriterande 93 % (viktprocent) isopropanol Mycket brandfarligt R: 11-36-67, S: 7-16-24/25-26 EB (Elueringsbuffert för cobas 4800-systemet) Tris-HC1-buffert 0,09 % natriumazid cobas 4800 System Sample Preparation Kit Provpreparationskit för cobas 4800-systemet (P/N: 05235804190) MGP (Magnetiska glaspartiklar för cobas 4800-systemet) Magnetiska glaspartiklar 93 % isopropanol Xi 93 % (viktprocent) isopropanol c4800 SMPL PREP 10 x 18 ml 960 test 10 x 13,5 ml F Irriterande 93 % (viktprocent) isopropanol Mycket brandfarligt R: 11-36-67, S: 7-16-24/25-26 EB (Elueringsbuffert för cobas 4800-systemet) Tris-HC1-buffert 0,09 % natriumazid cobas 4800 System Wash Buffer Kit Tvättbuffertkit för cobas 4800-systemet (P/N: 05235863190) WB (Tvättbuffert för cobas 4800-systemet) Natriumcitrat-dihydrat 0,05 % N-metylisotiazolon-HCl cobas 4800 System Wash Buffer Kit Tvättbuffertkit för cobas 4800-systemet (P/N: 05235871190) WB (Tvättbuffert för cobas 4800-systemet) Natriumcitrat-dihydrat 0,05 % N-metylisotiazolon-HCl c4800 WB c4800 WB 10 x 18 ml 240 test 10 x 55 ml 960 test 10 x 200 ml 05990254001-10SV 3 Doc Rev. 11.0

cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit Preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas 4800-systemet (P/N: 05235812190) PK (cobas 4800 proteinas K) Tris-HCl-buffert < 0,05 % EDTA Glycerol Kalciumklorid Kalciumacetat < 2 % proteinas K Xn < 2% (viktprocent) proteinas K c4800 LIQ CYT 240 test 10 x 0,9 ml Hälsoskadlig SDS (SDS-reagens för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert 0,2 % SDS 0,09 % natriumazid LYS (Lyseringsbuffert för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert 37 % guanidin-hcl < 5 % polydokanol Xn 37 % (viktprocent) guanidin-hcl 10 x 3 ml 10 x 10 ml Hälsoskadlig R: 22-36/38, S: 13-26-36-46 N < 5 % (viktprocent) polydokanol Farlig för miljön R: 22-41-50, S: 26-39-61 cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit Preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas 4800-systemet (P/N: 05235839190) PK (cobas 4800 proteinas K) Tris-HCl-buffert < 0,05 % EDTA Glycerol Kalciumklorid Kalciumacetat < 2 % proteinas K Xn < 2% (viktprocent) proteinas K c4800 LIQ CYT 960 test 20 x 1,2 ml Hälsoskadlig SDS (SDS-reagens för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert 0,2 % SDS 0,09 % natriumazid 10 x 9 ml 05990254001-10SV 4 Doc Rev. 11.0

LYS (Lyseringsbuffert för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert 37 % guanidin-hcl < 5 % polydokanol Xn 37 % (viktprocent) guanidin-hcl 10 x 36 ml Hälsoskadlig R: 22-36/38, S: 13-26-36-46 N < 5 % (viktprocent) polydokanol Farlig för miljön R: 22-41-50, S: 26-39-61 cobas 4800 HPV Amplification/Detection Kit Amplifierings-/detektionskit för HPV för cobas 4800 (P/N: 05235901190) HPV MMX (Master Mix för HPV för cobas 4800) Tricinbuffert Kaliumacetat Kaliumhydroxid Glycerol < 0,13 % datp, dctp, dgtp, dutp < 0,01 % uppströms- och nedströms-hpv-primers < 0,01 % uppströms- och nedströms-β-globin-primers < 0,01 % HPV-prober märkta med fluorkromer < 0,01 % β-globin-prober märkta med fluorkromer < 0,10 % EagleZ05 DNA-polymeras (mikrobiell) < 0,10 % AmpErase-enzym (uracil-n-glykosylas) (mikrobiellt) 0,09 % natriumazid HPV Mg/Mn (Mg/Mn-lösning för HPV för cobas 4800) Magnesiumacetat Manganacetat < 0,02 % isättika 0,09 % natriumazid cobas 4800 HPV Amplification/Detection Kit Amplifierings-/detektionskit för HPV för cobas 4800 (P/N: 05235910190) HPV MMX (Master Mix för HPV för cobas 4800) Tricinbuffert Kaliumacetat Kaliumhydroxid Glycerol < 0,13 % datp, dctp, dgtp, dutp < 0,01 % uppströms- och nedströms-hpv-primers < 0,01 % uppströms- och nedströms-β-globin-primers < 0,01 % HPV-prober märkta med fluorkromer < 0,01 % β-globin-prober märkta med fluorkromer < 0,10 % EagleZ05 DNA-polymeras (mikrobiell) < 0,10 % AmpErase-enzym (uracil-n-glykosylas) (mikrobiellt) 0,09 % natriumazid HPV Mg/Mn (Mg/Mn-lösning för HPV för cobas 4800) Magnesiumacetat Manganacetat < 0,02 % isättika 0,09 % natriumazid c4800 HPV AMP/DET c4800 HPV AMP/DET 240 test 10 x 0,5 ml 10 x 1,0 ml 960 test 20 x 1,0 ml 10 x 1,0 ml 05990254001-10SV 5 Doc Rev. 11.0

cobas 4800 HPV Controls Kit c4800 HPV CTLS 10 set Kontrollkit för HPV för cobas 4800 (P/N: 05235855190) HPV (+) C 10 x 0,5 ml (Positiv kontroll för cobas 4800 HPV) Tris-HCl-buffert EDTA 0,05 % natriumazid < 0,00001 % poly ra RNA (syntetisk) < 0,00001 % icke smittsamt plasmid-dna (mikrobiellt) innehållande HPV 16, 18, 39-sekvenser < 0,00001 % icke smittsamt plasmid-dna (mikrobiellt) innehållande humana β-globin-sekvenser ( ) C 10 x 0,5 ml (Negativ kontroll för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert EDTA 0,05 % natriumazid < 0,00001 % poly ra RNA (syntetisk) OBS! Produktsäkerhetsmärkningen följer huvudsakligen EU:s GHS-system. OBS! Använd rätt version av användarhandboken vid behov. Användare av programversion 1.1.2 ska läsa användarhandboken till cobas 4800-systemet. Användare av programversion 2.1 eller högre ska läsa systemhandboken till cobas 4800- systemet och användarhandboken till testet cobas HPV. VARNINGAR OCH FÖRSIKTIGHETSÅTGÄRDER A. FÖR IN VITRO-DIAGNOSTISK ANVÄNDNING. B. Det här testet är avsett att användas med cervixprover som tagits i cobas PCR Cell Collection Media, PreservCyt -lösning och SurePath TM - konserveringsvätska. C. Pipettera inte med munnen. D. Ät, drick eller rök inte i laboratorium. Använd engångshandskar, laboratorierock och ögonskydd när du hanterar prover och kitets reagens. Tvätta händerna noga efter hantering av prover och testreagens. E. Undvik mikrobiell kontamination och DNA-kontamination av reagens. F. Kassera oanvända reagens och avfall enligt gällande nationella, regionala och lokala föreskrifter. G. Använd inte reagens efter utgångsdatum. H. Blanda inte reagens. I. Kontakta närmaste Roche-kontor om du vill erhålla säkerhetsdatablad (MSDS). J. Handskar ska användas och ska bytas mellan hantering av prover och cobas 4800-reagens för att undvika kontamination. K. Prover ska behandlas som smittbärande i enlighet med säkra laboratorierutiner som exempelvis de rutiner som beskrivs i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 31 och i CLSI-dokument M29-A3 32. L. LYS innehåller guanidinhydroklorid. Guanidinhydroklorid får inte komma i direkt kontakt med natriumhypoklorit (blekmedel) eller några andra högreaktiva reagens som syror eller baser. Dessa blandningar kan bilda en skadlig gas. Utspilld vätska som innehåller guanidinhydroklorid torkas upp med lämplig laboratoriedetergent och vatten. Om spill med potentiellt smittbärande agenser förekommer ska det aktuella området FÖRST rengöras med laboratoriedetergent och vatten, och därefter med 0,5 % natriumhypoklorit. M. MGP innehåller isopropanol och är mycket brandfarligt. Håll borta från öppna lågor och miljöer som kan bilda gnistor. N. EB, SDS, HPV MMX, HPV Mg/Mn, ( ) C och HPV (+) C innehåller natriumazid. Natriumazid kan reagera med bly- eller kopparrör och bilda mycket explosiva metallazider. Förhindra aziduppbyggnad genom att spola med mycket kallt vatten om lösningar som innehåller natriumazid hälls ut i avloppet. O. Använd engångshandskar, laboratorierock och ögonskydd när du hanterar reagens. Undvik att dessa material kommer i kontakt med hud, ögon och slemhinnor. Tvätta omedelbart med stora mängder vatten vid eventuell kontakt. Brännskador kan annars uppstå. Om spill förekommer, späd med vatten innan spillet torkas upp. P. Alla engångsartiklar är avsedda att användas en gång. Återanvänd dem inte. Q. Använd inte natriumhypokloritlösning (blekmedel) vid rengöring av instrumentet cobas x 480 eller analysinstrumentet cobas z 480. Rengör instrumentet cobas x 480 eller analysinstrumentet cobas z 480 enligt anvisningarna i motsvarande användarhandbok till cobas 4800. R. Ytterligare varningar, försiktighetsåtgärder och procedurer för att minska kontaminationsrisken för instrumentet cobas x 480 eller analysinstrumentet cobas z 480 finns i motsvarande användarhandbok till cobas 4800. FÖRVARING OCH HANTERING A. Frys inte reagens. B. Förvara MGP, EB, PK, SDS, LYS, HPV MMX, HPV Mg/Mn, HPV (+) C och ( ) C i 2 8 C. Dessa reagens är hållbara till angivet utgångsdatum. C. Förvara WB i 15 25 C. Reagenset är hållbart till angivet utgångsdatum. 05990254001-10SV 6 Doc Rev. 11.0

MATERIAL SOM MEDFÖLJER A. cobas 4800 System Sample Preparation Kit c4800 SMPL PREP 240 test Provpreparationskit för cobas 4800-systemet (P/N: 05235782190) MGP (Magnetiska glaspartiklar för cobas 4800-systemet) EB (Elueringsbuffert för cobas 4800-systemet) B. cobas 4800 System Sample Preparation Kit c4800 SMPL PREP 960 test Provpreparationskit för cobas 4800-systemet (P/N: 05235804190) MGP (Magnetiska glaspartiklar för cobas 4800-systemet) EB (Elueringsbuffert för cobas 4800-systemet) C. cobas 4800 System Wash Buffer Kit c4800 WB 240 test Tvättbuffertkit för cobas 4800-systemet (P/N: 05235863190) WB (Tvättbuffert för cobas 4800-systemet) D. cobas 4800 System Wash Buffer Kit c4800 WB 960 test Tvättbuffertkit för cobas 4800-systemet (P/N: 05235871190) WB (Tvättbuffert för cobas 4800-systemet) E. cobas 4800 HPV Amplification/Detection Kit c4800 HPV AMP/DET 240 test Amplifierings-/detektionskit för HPV för cobas 4800 (P/N: 05235901190) HPV MMX (Master Mix för HPV för cobas 4800) HPV Mg/Mn (Mg/Mn-lösning för HPV för cobas 4800) F. cobas 4800 HPV Amplification/Detection Kit 960 test Amplifierings-/detektionskit för HPV för cobas c4800 HPV AMP/DET 4800 (P/N: 05235910190) HPV MMX (Master Mix för HPV för cobas 4800) HPV Mg/Mn (Mg/Mn-lösning för HPV för cobas 4800) G. cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit c4800 LIQ CYT 240 test Preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas 4800-systemet (P/N: 05235812190) PK (cobas 4800 proteinas K) SDS (SDS-reagens för cobas 4800-systemet) LYS (Lyseringsbuffert för cobas 4800-systemet) H. cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit c4800 LIQ CYT 960 test Preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas 4800-systemet (P/N: 05235839190) PK (cobas 4800 proteinas K) SDS (SDS-reagens för cobas 4800-systemet) LYS (Lyseringsbuffert för cobas 4800-systemet) 05990254001-10SV 7 Doc Rev. 11.0

I. cobas 4800 HPV Controls Kit c4800 HPV CTLS 10 set Kontrollkit för HPV för cobas 4800 (P/N: 05235855190) HPV (+) C (Positiv kontroll för cobas 4800 HPV) ( ) C (Negativ kontroll för cobas 4800-systemet) AVSNITT A: FÅR ENDAST ANVÄNDAS MED COBAS 4800-SYSTEMET PROGRAMVERSION 1.1.2 MATERIAL SOM BEHÖVS MEN INTE MEDFÖLJER Prov- och reagenshantering cobas PCR Cell Collection Media (Roche P/N 05619637190, tillval) CO-RE Tips, 1 000 µl, rack om 96 (Roche P/N 04639642001 eller Hamilton P/N 235905) 50 ml-reagensbehållare (Roche P/N 05232732001) 200 ml-reagensbehållare (Roche P/N 05232759001) Extraktionsplatta (djupbrunn) till cobas 4800-systemet (Roche P/N 05232716001) AD-platta (mikrotiter) 0,3 ml och skyddsfilm till cobas 4800-systemet (Roche P/N 05232724001) Påse för fast avfall [Roche P/N 05530873001 (liten) eller 04691989001 (stor)] Hamilton STAR avfallsnedkast i plast (Roche P/N 04639669001) 13 ml-rör med rund botten, (Sarstedt P/N 60.541.122) för användning som sekundära provrör Korkar, neutral färg (Sarstedt P/N 65.176.026; för återförslutning av prover efter körning i 13 ml-rör med rund botten från Sarstedt) Engångshandskar, puderfria Instrument och programvara Instrumentet cobas x 480 Analysinstrumentet cobas z 480 Kontrollenhet till cobas 4800-systemet med systemprogramversion 1.1.2 cobas 4800 Work Order Editor version 1.1.0.1016 Ytterligare utrustning och material cobas provpreparationsbuffert (Roche P/N 06526985190; Tris-HCl-buffert, 0,4 % SDS, 0,09 % natriumazid) Pipetter: som kan överföra 1 000 µl DNase-fria spetsar med aerosolbarriär: som kan överföra 1 000 µl Centrifug försedd med en swing bucket-rotor med RCF på minst 1 500 Fristående magnetplatta (Roche P/N 05440777001) Vortexmixer (ett rör) Vortexmixer för flera rör [t.ex. VWR P/N 58816-116] Värmeresistenta streckkodsetiketter (RACO Industries; katalognr RAC-225075-9501) Termometer 20/150 C (VWR katalognr 89095-600) eller motsvarande Digitalt värmeblock 120 V (VWR katalognr 12621-096) eller motsvarande 12-håls värmeblocksmodul 16 mm (VWR katalognr 13259-162) eller motsvarande PROVTAGNING, TRANSPORT OCH FÖRVARING AV PROV Obs! Hantera alla prover som potentiellt smittbärande. A. Provtagning Cervixprover som tagits i cobas PCR Cell Collection Media, PreservCyt -lösning och SurePath TM -konserveringsvätska har validerats för användning med cobas 4800 HPV-testet. Följ tillverkarens anvisningar vid tagning av cervixprover. B. Transportera prover Cervixprover som tagits i cobas PCR Cell Collection Media, PreservCyt -lösning och SurePath TM -konserveringsvätska kan transporteras i 2 30 C. Vid transport av HPV-prover ska gällande bestämmelser för transport av etiologiska agens följas 33. C. Förvara prover Cervixprover tagna i cobas PCR Cell Collection Media och PreservCyt -lösning kan förvaras i 2 30 C i högst 6 månader efter provtagningsdatum. Cervixprover tagna i SurePath TM -konserveringsvätska kan förvaras i 2 8 C i högst 6 månader eller i 15 30 C i högst 14 dagar efter provtagningsdatum. Cervixprover tagna i SurePath TM -konserveringsvätska kan förvaras i 15 30 C i upp till 6 veckor efter provtagningsdatum förutsatt att matrix-inducerade tvärbindningar reverseras i prover i SurePath TM -konserveringsvätska genom bearbetning med cobas provpreparationsbuffert innan HPV-testning (se avsnittet Prover och stabiliteten för prover). 05990254001-10SV 8 Doc Rev. 11.0

BRUKSANVISNING Obs! Alla reagens utom HPV MMX och HPV Mg/Mn ska ha rumstemperatur innan de laddas i instrumentet cobas x 480. HPV MMX och HPV Mg/Mn kan tas direkt från förvaring i 2 8 C eftersom de hinner ekvilibreras till rumstemperatur i instrumentet cobas x 480 innan de används i processen. Obs! Prover i cobas PCR Cell Collection Media, PreservCyt -lösning och SurePath TM -konserveringsvätska ska ha rumstemperatur innan de laddas i instrumentet cobas x 480. Obs! Utförliga driftsanvisningar finns i användarhandboken till cobas 4800-systemet. Körningsstorlek: cobas 4800-systemet är avsett att användas tillsammans med testet cobas 4800 HPV med körningsstorlekar från 1 till 22 prover plus kontroller (upp till 24 analyser per körning) och från 1 till 94 prover plus kontroller (upp till 96 analyser per körning). Varje provpreparationskit för cobas 4800-systemet, preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas 4800-systemet, tvättbuffertkit för cobas 4800-systemet och amplifierings-/detektionskit för HPV för cobas 4800 innehåller reagens som räcker till 10 körningar av antingen 24 test (240 test per kit) eller 96 test (960 test per kit). Kontrollkit för HPV för cobas 4800 innehåller reagens som räcker till totalt 10 körningar av antingen 24 eller 96 test (10 set per kit). Den minsta omgångsstorleken i cobas 4800-systemet är 1 prov plus kontroller. Ett replikat av negativ kontroll för cobas 4800-systemet [( ) C] och ett replikat av positiv kontroll för cobas 4800 HPV [HPV (+) C] behövs för att utföra varje testkörning (se avsnittet "Kvalitetskontroll"). Arbetsflöde: OBS! Ett kit för 960 test kan användas för en omgång med 24 prover, även om reagensen inte används optimalt. Testet cobas 4800 HPV kan köras med ett av två arbetsflöden, vilka benämns "Full Workflow" respektive "PCR Only Workflow" i cobas 4800-programmet. HPV Full Workflow: "HPV Full Workflow" består av provpreparation i instrumentet cobas x 480 följt av amplifiering/detektion i analysinstrumentet cobas z 480. Körningsstorleken kan vara ett 24-testformat (från 1 till 22 prover plus 2 kontroller) eller ett 96-testformat (från 1 till 94 prover plus 2 kontroller). Mer information finns i avsnittet "Utföra ett fullständigt arbetsflöde" nedan och i användarhandboken till cobas 4800-systemet. HPV PCR Only Workflow: "HPV PCR Only Workflow" består av amplifiering/detektion i analysinstrumentet cobas z 480. Körningsstorleken kan vara från 1 till 94 prover plus 2 kontroller. Mer information finns i avsnittet "Utföra ett PCR Only-arbetsflöde" nedan och i användarhandboken till cobas 4800-systemet. Prover: Det finns tre cervixprovtyper som kan analyseras med hjälp av testet cobas 4800 HPV: a) cervixprover i PreservCyt -lösning, b) cervixprover i cobas PCR Cell Collection Media och c) cervixprover i SurePath TM -konserveringsvätska. Prover i PreservCyt -lösning och cobas PCR Cell Collection Media kan bearbetas direkt från sin primära 20 ml-behållare med korrekt streckkod eller från ett korrekt streckkodsmärkt 13 ml-sarstedtrör med rund botten i instrumentet cobas x 480. Prover i SurePath TM -konserveringsvätska måste överföras till ett korrekt streckkodsmärkt 13 ml-sarstedtrör med rund botten för bearbetning i instrumentet cobas x 480. Läs om korrekta förfaranden för streckkodsmärkning i användarhandboken till cobas 4800-systemet, där det även finns en lista över godkända streckkoder för cobas 4800-systemet. OBS! Ingen ytterligare bearbetning av SurePath-prover krävs om proverna testas inom 14 dagar och förvaras i 15 30 C. Efter 14 dagar i 15 30 C måste proverna bearbetas för att reversera matrix-inducerade tvärbindningar innan HPV-testning i cobas 4800-systemet. Bearbetning av SurePath-prover med cobas provpreparationsbuffert för att reversera matrix-inducerade tvärbindningar OBS! Värmeresistenta streckkoder krävs för rör som används för att reversera matrix-inducerade tvärbindningar (se avsnittet Ytterligare utrustning och material). A. Preparera ett 13 ml-sarstedtrör med rund botten med 0,5 ml cobas provpreparationsbuffert för varje SurePath-prov som ska testas. B. Vortexa SurePath-proverna i ett dragskåp i 10 sekunder innan de överförs. Överför 0,5 ml av varje SurePath-prov till ett 13 ml-sarstedtrör med rund botten som förberetts i steg A. Återförslut varje rör innan du fortsätter med nästa. Byt alltid pipettspets för varje prov. C. Vortexa varje rör i 1 sekund. D. Överför rören till värmeenheten (se avsnittet Ytterligare utrustning och material). Upp till 48 rör kan bearbetas per omgång. E. Värm upp till 120 C i 20 minuter. F. När uppvärmningen är klar flyttar du rören till ett förvaringsrack och kyler dem i rumstemperatur i 10 minuter. G. Vortexa varje rör i 5 sekunder. H. Överför rören till cobas 4800-provrack med 24 positioner, kassera korkarna och bearbeta i cobas 4800-systemet för HPV-testning. SurePath-prover som har bearbetats med cobas provpreparationsbuffert kan förvaras för HPV-testning senare om till exempel cytologibedömning måste göras först. Följ då den här proceduren: A. Följ bearbetningsproceduren ovan till steg G. B. Förvara rör med SurePath-prover som har bearbetats med cobas provpreparationsbuffert i 2 30 C i upp till 4 veckor innan HPV-testning med cobas 4800-systemet. OBS! Den minsta volym som krävs i primära behållare med cobas PCR Cell Collection Media och PreservCyt -lösning är 3,0 ml. Om sekundära 13 ml-rör med rund botten används ska de fyllas med minst 1,0 ml och högst 10 ml. OBS! Använd endast cobas PCR Cell Collection Media, PreservCyt -lösning och SurePath TM -konserveringsvätska vid tagning av cervixprover för testet cobas 4800 HPV. Testet cobas 4800 HPV har inte validerats med andra provtagningsenheter eller medietyper. Användning av testet cobas 4800 HPV med andra provtagningsenheter och/eller medietyper kan leda till falskt negativa, falskt positiva och/eller ogiltiga resultat. 05990254001-10SV 9 Doc Rev. 11.0

OBS! Det kan bli nödvändigt att fördela prover till streckkodsmärkta 13 ml-sarstedtrör med rund botten för bearbetning i instrumentet cobas x 480. Använd pipetter med spets med aerosolbarriär eller positiv förskjutning vid provhantering. För att undvika korskontamination av bearbetade prover ska extra korkar i en annan färg (neutral; se avsnittet Material som behövs men inte medföljer) användas till rören för att försluta dessa prover efter bearbetning. OBS! Var försiktig när prover överförs från primära behållare till sekundära 13 ml-rör med rund botten. Vortexa primära prover innan de överförs. Byt pipettspets efter varje prov. OBS! Bearbeta inte prover som verkar blodiga eller har en mörkbrun färg. En och samma körning kan ha en kombination av prover (cobas PCR Cell Collection Media, PreservCyt -lösning och/eller SurePath TM - konserveringsvätska) och varje prov kan testas med antingen det underordnade testet HPV High Risk eller det underordnade testet HPV High Risk Plus Genotyping. Arbetsflöden Utföra ett fullständigt arbetsflöde: A. Testet cobas 4800 HPV kan användas för körningar av 1 till 22 prover plus en negativ kontroll för cobas 4800-systemet och en positiv kontroll för HPV för cobas 4800 (24-testformat) och från 1 till 94 prover plus en negativ kontroll för cobas 4800-systemet och en positiv kontroll för HPV för cobas 4800 (96-testformat). B. Utför systemstart och underhåll genom att följa anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet. C. Skapa en arbetsbeställningsfil för en fullständig körning genom att följa anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet. En arbetsbeställningsfil är inte nödvändig om LIS används. D. Välj medietyp för varje prov. Välj "PreservCyt" om du vill beställa prover i PreservCyt -lösning eller cobas PCR Cell Collection Media i arbetsbeställningsfilen. Välj "SurePath" om du vill beställa prover i SurePath TM -konserveringsvätska i arbetsbeställningsfilen. E. Välj testsubtyp "HPV High Risk Panel" för att rapportera testresultat för någon av, eller en kombination av, högrisk-hpv-typerna: 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68. F. Välj testsubtyp "HPV High Risk Panel Plus Genotyping" för att rapportera testresultat för någon av, eller en kombination av, högrisk-hpv-typerna: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68 och för att rapportera testresultaten för högrisk-hpv-typen 16 och högrisk-hpv-typen 18 separat. G. Starta en ny körning genom att följa programguiden. Välj "HPV workflow" som testtyp. H. Följ programguiden för att ladda prover och arbetsbeställningsfilen. OBS! Prover kan laddas i streckkodsmärkta primära eller sekundära rör i vilken ordning som helst så länge streckkoderna stämmer överens med arbetsbeställningen. OBS! Om primära behållare används för bearbetning av prover i cobas PCR Cell Collection Media eller PreservCyt -lösning ska de vortexas innan de laddas. I. Följ programguiden och ladda alla förbrukningsartiklar. J. Följ programguiden och ladda alla reagens. OBS! Kontrollerna [HPV (+) C och ( ) C] laddas inte tillsammans med prover. De laddas i reagens-carriern under reagensladdningen. Två positioner (A1 och B1) på varje extraktionsplatta och mikrotiterplatta är reserverade för kontrollerna HPV (+) respektive ( ). OBS! cobas 4800-systemet har en intern klocka som övervakar den tid som reagensen finns i instrumentet. Efter att WB har skannats har man 1 timme på sig att utföra laddningen och klicka på "Start"-knappen. Ett tidur visas som räknar ned tiden på fliken "Workplace". OBS! Säkerställ noggrann överföring av MGP genom att vortexa eller kraftigt skaka MGP-flaskan före dispensering i reagensbehållaren. K. Ladda provpreparationsreagensen (WB, MGP, EB, SDS och LYS) i de streckkodsmärkta reagensbehållarna med "scan-scan-pour-place"- metoden: Skanna reagensflaskans streckkod. Skanna reagensbehållarens streckkod. Häll reagenset i behållaren. Placera den fyllda reagensbehållaren på avsedd plats i reagensracket. L. Reagensbehållarna finns i två storlekar: 200 ml och 50 ml. Följ programguiden och välj rätt storlek på reagensbehållarna. Reagensbehållarnas streckkoder måste vara vända åt höger i carriern. OBS! Amplifierings-/detektionsreagens (HPV MMX och HPV Mg/Mn), kontroller [HPV (+) C och ( ) C] och PK laddas direkt i reagens-carriern och skannas automatiskt av instrumentet cobas x 480. OBS! Alla reagens och reagensbehållare har streckkod och är avsedda för engångsbruk. Programmet cobas 4800 registrerar användningen av reagens och reagensbehållare och matar ut tidigare använda reagens eller reagensbehållare. Programmet kontrollerar även att reagens från kit med rätt storlek laddas i instrumentet, dvs. hindrar att reagens från ett kit med 240 test används i en körning med fler än 22 patientprover. OBS! Programmet cobas 4800 håller reda på utgångsdatumet för alla reagens. Reagens som har passerat utgångsdatum godkänns inte för användning med cobas 4800-systemet. M. Starta provpreparationen genom att klicka på "Start Run". N. Klicka på **"Unload" när provpreparationen är klar så matas platt-carriern ut. ** Provpreparationens status kan visas här, innan du klickar på "Unload". Se användarhandboken till cobas 4800-systemet. 05990254001-10SV 10 Doc Rev. 11.0

O. Följ anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet för att försluta mikrotiterplattan, transportera plattan till analysinstrumentet cobas z 480 och starta amplifierings- och detektionskörningen. OBS! cobas 4800-systemet har en intern klocka som övervakar tiden efter tillsats av de preparerade proverna till working master mix. Amplifiering och detektion ska startas så snart som möjligt men senast 90 minuter efter att körningen i instrumentet cobas x 480 avslutats. Ett tidur visas som räknar ned tiden på fliken "Workplace". P. När amplifierings- och detektionskörningen är klar ska mikrotiterplattan matas ut från analysinstrumentet cobas z 480. Q. Följ anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet för att granska och godkänna resultaten. Utföra ett PCR Only-arbetsflöde OBS! Arbetsflödet PCR Only finns som ett återställningsalternativ om det fullständiga arbetsflödet inte kan slutföras på grund av omständigheter som ligger utanför användarens kontroll (t.ex. strömavbrott under amplifierings-/detektionskörning). OBS! Endast prover som bearbetats klart i instrumentet cobas x 480 kan amplifieras/detekteras med hjälp av körningen PCR Only. Systemets övervakning av reagens och förbrukningsartiklar är begränsad under PCR Only-körningen. Provpositionsspårning tillhandahålls inte när arbetsflödet PCR Only används slutanvändaren måste säkerställa att provets faktiska position på mikrotiterplattan motsvarar den position som tilldelats i arbetsbeställningsfilen. Största försiktighet måste iakttas när mikrotiterplattan prepareras så att korrekt PCR-inställning säkerställs och kontamination undviks. OBS! Prover som bearbetas i instrumentet cobas x 480 har begränsad hållbarhet. De måste amplifieras/detekteras med PCR Only-arbetsflödet inom 24 timmar om de förvaras vid 15 C till 30 C och inom 7 dagar om de förvaras vid 2 C till 8 C. OBS! Följ anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet för att byta namn på streckkoder till positiv och negativ kontroll. A. Skapa en arbetsbeställningsfil för en PCR Only-körning genom att följa anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet. 1. Information om provens streckkoder, medietyper, typ av underordnat test och positioner på cobas 4800-extraktionsplattan för en körning som kräver upprepad amplifiering/detektion finns i resultatutskriften eller resultatexportfilen. 2. För den positiva och negativa kontrollen redigeras de sista 4 siffrorna om kontrollstreckkoderna ska återanvändas för ett arbetsflöde med enbart amplifiering och detektion enligt anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet. B. Bered cobas 4800 HPV working master mix så här: 1. För en körning av upp till 24 test tillsätts 240 µl HPV Mg/Mn till en flaska HPV MMX (0,5 ml-flaska från kit för 240 test). 2. För en körning av upp till 96 test tillsätts 450 µl HPV Mg/Mn till var och en av de två flaskorna med HPV MMX (1,0 ml-flaskor från kit för 960 test). OBS! PCR Only-körningen måste startas inom 90 minuter efter tillsats av HPV Mg/Mn till HPV MMX. Systemet övervakar inte tiden efter tillsats av de preparerade proverna till working master mix i PCR only-arbetsflödet. Slutanvändaren måste säkerställa att amplifiering och detektion startar inom den fastställda tiden. C. Blanda working master mix noga genom att vända flaskan/flaskorna försiktigt. Vortexa inte working master mix. D. Överför 25 µl working master mix till de brunnar som behövs på mikrotiterplattan. E. Placera extraktionsplattan från den körning som ska upprepas på den fristående magnetplattan. F. Överför manuellt 25 µl eluat från extraktionsplattans brunnar till motsvarande brunnar på mikrotiterplattan. Kontrollera att brunnspositionerna behålls (t.ex. eluat i A1-brunnen på extraktionsplattan överförs till A1 på mikrotiterplattan). Kontrollera att MGP inte överförs till mikrotiterplattan. G. Följ anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet för att försluta mikrotiterplattan. H. Centrifugera mikrotiterplattan med en swing bucket-rotor i minst 5 sekunder vid 1 500 RCF. I. Transportera plattan till analysinstrumentet cobas z 480 och starta amplifierings- och detektionskörningen. J. När amplifierings- och detektionskörningen är klar ska mikrotiterplattan matas ut från analysinstrumentet cobas z 480. K. Följ anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet för att granska och godkänna resultaten. 05990254001-10SV 11 Doc Rev. 11.0

Tolkning av resultat OBS! All analys- och körningsvalidering utförs av programmet cobas 4800. OBS! En giltig körning kan innehålla båda giltiga och ogiltiga provresultat. Om körningen är giltig tolkas provresultaten enligt tabell 1A och 2A: Tabell 1A Tolkning av resultat för testet cobas 4800 HPV för närvaro av HPV DNA Testet cobas 4800 HPV Resultatrapport och tolkning Underordnat test "HPV High Risk Panel": Högrisk-HPV positivt HR HPV POS Provet är positivt för DNA från någon av, eller en kombination av, följande högrisk-hpv-typer: 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68. Högrisk-HPV negativt* HR HPV NEG DNA från HPV-typerna 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 och 68 var icke detekterbart eller låg under det förinställda tröskelvärdet. Högrisk-HPV ogiltigt Invalid Resultaten är ogiltiga. Det ursprungliga provet ska testas om så att ett giltigt resultat erhålls. Inget resultat för provet Failed Läs användarhandboken till cobas 4800-systemet för anvisningar om granskning av körningsflaggor och rekommenderade åtgärder. Det ursprungliga provet ska testas om så att ett giltigt resultat erhålls. Underordnat test "HPV High Risk Panel Plus Genotyping": Other HR HPV POS, HPV16 POS, HPV18 POS Other HR HPV POS, HPV16 POS, HPV18 NEG Other HR HPV POS, HPV16 NEG, HPV18 POS Other HR HPV POS, HPV16 NEG, HPV18 NEG Other HR HPV NEG, HPV16 POS, HPV18 POS Other HR HPV NEG, HPV16 NEG, HPV18 POS Other HR HPV NEG, HPV16 POS, HPV18 NEG Other HR HPV NEG, HPV16 NEG, HPV18 NEG Invalid Failed Övriga högrisk-hpv positivt, HPV16 positivt, HPV18 positivt. Provet är positivt för DNA från HPV-typerna 16 och 18, och för DNA från någon av, eller en kombination av, följande högrisk-hpv-typer: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68. Övriga högrisk-hpv positivt, HPV16 positivt, HPV18 negativt*. Provet är positivt för DNA från HPV-typen 16 och för DNA från någon av, eller en kombination av, följande högrisk- HPV-typer: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68. DNA från HPV-typ 18 var icke detekterbart eller låg under det förinställda tröskelvärdet. Övriga högrisk-hpv positivt, HPV16 negativt*, HPV18 positivt. Provet är positivt för DNA från HPV-typen 18 och för DNA från någon av, eller en kombination av, följande högrisk- HPV-typer: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68. DNA från HPV-typ 16 var icke detekterbart eller låg under det förinställda tröskelvärdet. Övriga högrisk-hpv positivt, HPV16 negativt*, HPV18 negativt*. Provet är positivt för DNA från någon av, eller en kombination av, följande högrisk-hpv-typer: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68. DNA från HPV-typerna 16 och 18 var icke detekterbart eller låg under det förinställda tröskelvärdet. Övriga högrisk-hpv negativt*, HPV16 positivt, HPV18 positivt. DNA från HPV-typerna 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 och 68 var icke detekterbart eller låg under det förinställda tröskelvärdet. Provet är positivt för DNA från HPV-typerna 16 och 18. Övriga högrisk-hpv negativt*, HPV16 negativt*, HPV18 positivt. DNA från HPV-typerna 16, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 och 68 var icke detekterbart eller låg under det förinställda tröskelvärdet. Provet är positivt för DNA från HPV-typ 18. Övriga högrisk-hpv negativt*, HPV16 positivt, HPV18 negativt*. DNA från HPV-typerna 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 och 68 var icke detekterbart eller låg under det förinställda tröskelvärdet. Provet är positivt för DNA från HPV-typ 16. Övriga högrisk-hpv negativt*, HPV16 negativt*, HPV18 negativt*. DNA från HPV-typerna 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 och 68 var icke detekterbart eller låg under det förinställda tröskelvärdet. Ogiltigt. Resultaten är ogiltiga. Det ursprungliga provet ska testas om så att giltiga resultat erhålls. Inget resultat för provet Läs användarhandboken till cobas 4800-systemet för anvisningar om granskning av körningsflaggor och rekommenderade åtgärder. Det ursprungliga provet ska testas om så att giltiga resultat erhålls. *Ett negativt resultat utesluter inte förekomst av HPV-infektion eftersom resultaten är beroende av rätt provtagning, avsaknad av hämmare och tillräckligt med DNA. 05990254001-10SV 12 Doc Rev. 11.0

OBS! OBS! OBS! OBS! OBS! Tabell 2A Tolkning av resultat för testet cobas 4800 HPV för patienter med avvikande cytologi Resultat Other HR HPV* NEG, HPV16 NEG, HPV18 NEG Other HR HPV* POS, HPV16 NEG, HPV18 NEG Betydelse Mycket låg sannolikhet för bakomliggande CIN2. Förhöjd sannolikhet att bakomliggande CIN2 kommer att detekteras vid kolposkopi. HPV16 POS och/eller HPV18 POS Stor sannolikhet att bakomliggande CIN2 kommer att detekteras vid kolposkopi 34,35. *Other HR HPV DNA omfattar följande typer: 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68. HPV-negativa resultat är inte avsedda att hindra kvinnor från att gå vidare till kolposkopi. Förutom resultaten i tabellerna ovan är det också möjligt med ogiltiga resultat för en eller flera kombinationer. Om ett sådant resultat erhålls, t.ex.: Other HR HPV NEG, HPV16 POS, HPV18 Invalid De positiva och negativa resultaten ska tolkas enligt tabell 1A. I det här exemplet är HPV 18-resultat ogiltiga. Det ursprungliga provet ska testas om så att giltiga resultat erhålls. Negativa resultat indikerar att HPV DNA-koncentrationer är icke detekterbara eller ligger under det förinställda tröskelvärdet. Positiva testresultat indikerar förekomst av en eller flera av högrisktyperna, men eftersom patienterna ofta är coinfekterade med lågrisktyper utesluter det inte förekomst av lågrisktyper hos patienter med kombinerade infektioner. Resultaten från det här testet ska endast tolkas tillsammans med tillgänglig information från en klinisk utvärdering av patienten samt patientens historik. KVALITETSKONTROLL Ett set positiva och negativa kontroller för testet cobas 4800 HPV ingår i varje körning. För varje körning måste giltiga resultat erhållas både för den positiva och negativa kontrollen för att programmet cobas 4800 ska visa de rapporterbara resultaten från testet cobas 4800 HPV från körningen. Positiv kontroll HPV (+)-kontrollresultatet måste vara "Valid". Kontakta Roche kundsupport och begär teknisk hjälp om HPV (+)-kontrollresultaten genomgående är ogiltiga. Negativ kontroll Resultatet för kontrollen ( ) måste vara "Valid". Kontakta din Roche-representant och begär teknisk hjälp om resultaten för kontrollen ( ) är genomgående ogiltiga. Slut på avsnitt A AVSNITT B: FÅR ENDAST ANVÄNDAS MED COBAS 4800-SYSTEMET PROGRAMVERSION 2.1 ELLER HÖGRE MATERIAL SOM BEHÖVS MEN INTE MEDFÖLJER Prov- och reagenshantering cobas PCR Cell Collection Media (Roche P/N 05619637190, tillval) CO-RE Tips, 1 000 µl, rack om 96 (Roche P/N 04639642001 eller Hamilton P/N 235905) 50 ml-reagensbehållare (Roche P/N 05232732001) 200 ml-reagensbehållare (Roche P/N 05232759001) Extraktionsplatta (djupbrunn) till cobas 4800-systemet (Roche P/N 05232716001) AD-platta (mikrotiter) 0,3 ml och skyddsfilm till cobas 4800-systemet (Roche P/N 05232724001) Påse för fast avfall [Roche P/N 05530873001 (liten) eller 04691989001 (stor)] Hamilton STAR avfallsnedkast i plast (Roche P/N 04639669001) 13 ml-rör med rund botten, (Sarstedt P/N 60.541.122) för användning som sekundära provrör Korkar, neutral färg (Sarstedt P/N 65.176.026) för återförslutning av prover efter körning i 13 ml-rör med rund botten från Sarstedt Engångshandskar, puderfria Instrument och programvara Instrumentet cobas x 480 Analysinstrumentet cobas z 480 Kontrollenhet till cobas 4800-systemet med systemprogramversion 2.1 eller högre Programmet cobas HPV AP version 2.0. eller högre för cobas 4800-systemet Ytterligare utrustning och material cobas provpreparationsbuffert (Roche P/N 06526985190; Tris-HCl-buffert, 0,4 % SDS, 0,09 % natriumazid) Pipetter: kapacitet 1 000 µl DNase-fria spetsar med aerosolbarriär: kapacitet 1 000 µl Centrifug försedd med en swing bucket-rotor med RCF på minst 1 500 Fristående magnetplatta (Roche P/N 05440777001) 05990254001-10SV 13 Doc Rev. 11.0

Vortexmixer (ett rör) Vortexmixer för flera rör [t.ex. VWR P/N 58816-116] Värmeresistenta streckkodsetiketter (RACO Industries; katalognr RAC-225075-9501) Termometer 20/150 C (VWR katalognr 89095-600) eller motsvarande Digitalt värmeblock 120 V (VWR katalognr 12621-096) eller motsvarande 12-håls värmeblocksmodul 16 mm (VWR katalognr 13259-162) eller motsvarande PROVTAGNING, TRANSPORT OCH FÖRVARING AV PROVER OBS! Hantera alla prover som potentiellt smittbärande. A. Provtagning Cervixprover som tagits i cobas PCR Cell Collection Media, PreservCyt -lösning och SurePath TM -konserveringsvätska har validerats för användning med testet cobas 4800 HPV. Följ tillverkarens instruktioner för cervixcellprovtagning. B. Transportera prover Cervixprover som tagits i cobas PCR Cell Collection Media, PreservCyt -lösning och SurePath TM -konserveringsvätska kan transporteras i 2 30 C. Vid transport av HPV-prover ska gällande bestämmelser för transport av etiologiska agens följas 33. C. Förvaring av prover Cervixprover tagna i cobas PCR Cell Collection Media och PreservCyt -lösning kan förvaras i 2 30 C i högst 6 månader efter provtagningsdatum. Cervixprover tagna i SurePath TM -konserveringsvätska kan förvaras i 2 8 C i högst 6 månader eller i 15 30 C i högst 14 dagar efter provtagningsdatum. Cervixprover tagna i SurePath TM -konserveringsvätska kan förvaras i 15 30 C i upp till 6 veckor efter provtagningsdatum förutsatt att matrix-inducerade tvärbindningar reverseras i SurePath TM -prover genom bearbetning med cobas provpreparationsbuffert innan HPV-testning (se avsnittet Prover och stabiliteten för prover). BRUKSANVISNING OBS! Alla reagens utom HPV MMX och HPV Mg/Mn ska ha rumstemperatur innan de laddas i instrumentet cobas x 480. HPV MMX och HPV Mg/Mn kan tas direkt från förvaring i 2 8 C eftersom de hinner ekvilibreras till rumstemperatur i instrumentet cobas x 480 innan de används i processen. OBS! Prover i cobas PCR Cell Collection Media, PreservCyt -lösning och SurePath TM -konserveringsvätska ska ha rumstemperatur innan de laddas i instrumentet cobas x 480. OBS! Utförliga driftsanvisningar finns i motsvarande användarhandbok till cobas 4800. Omgångsstorlek: cobas 4800-systemet är avsett att användas tillsammans med testet cobas 4800 HPV med omgångsstorlekar från 1 till 94 prover plus kontroller (upp till 96 analyser per körning). Varje provpreparationskit för cobas 4800-systemet, preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas 4800-systemet och tvättbuffertkit för cobas 4800-systemet innehåller reagens som räcker till 10 körningar av antingen 24 test (240 test per kit) eller 96 test (960 test per kit). Varje amplifierings-/detektionskit för HPV för cobas 4800 innehåller reagens som räcker till 10 körningar av antingen 24 test (240 test per kit) eller 96 test (960 test per kit); flera kit för 240 test kan användas för att optimera användning av reagens för 48 eller 72 test. Kontrollkit för HPV för cobas 4800 innehåller reagens som räcker till totalt 10 körningar (10 set per kit). Den minsta omgångsstorleken i cobas 4800-systemet är 1 prov plus kontroller. Ett replikat av negativ kontroll för cobas 4800-systemet [( ) C] och ett replikat av positiv kontroll för cobas 4800 HPV [HPV (+) C] behövs för att utföra varje testkörning (se avsnittet Kvalitetskontroll ). Arbetsflöde: OBS! Ett provpreparationskit för 960 test kan användas för en körning med 24 prover och ett amplifierings-/detektionskit för HPV för 960 test kan användas för en körning med 24, 48 eller 72 prover, även om reagensen inte används optimalt. Testet cobas 4800 HPV kan köras med ett av två arbetsflöden, vilka benämns Full Workflow respektive Recovery Workflow i cobas 4800- programmet. HPV Full Workflow: "HPV Full Workflow" består av provpreparation i instrumentet cobas x 480 följt av amplifiering/detektion i analysinstrumentet cobas z 480. Körningsstorleken kan vara ett 24-testformat (från 1 till 22 prover plus 2 kontroller) eller ett 96-testformat (från 1 till 94 prover plus 2 kontroller). Mer information finns i avsnittet "Utföra ett fullständigt arbetsflöde" nedan och i motsvarande användarhandbok till cobas 4800. HPV Recovery Workflow: "HPV Recovery Workflow" består av manuell preparation av PCR-plattan med eluat från den bearbetade djupbrunnsplattan följt av amplifiering/detektion på analysinstrumentet cobas z 480. Mer information finns i avsnittet "Utföra ett Recovery-arbetsflöde" nedan och i motsvarande användarhandbok till cobas 4800. Prover: Det finns tre cervixprovtyper som kan analyseras med hjälp av testet cobas 4800 HPV: a) cervixprover i PreservCyt -lösning, b) cervixprover i cobas PCR Cell Collection Media och c) cervixprover i SurePath TM -konserveringsvätska. Prover i PreservCyt -lösning, cobas PCR Cell Collection Media och SurePath i behållare utan plastinsatser kan bearbetas direkt från sin primära behållare med korrekt streckkod eller från ett korrekt streckkodsmärkt 13 ml-sarstedtrör med rund botten i instrumentet cobas x 480. Prover i SurePath TM -konserveringsvätska i primära behållare med plastinsatser kan inte bearbetas direkt från sin primära behållare. De här SurePath-proverna måste överföras till ett korrekt streckkodsmärkt 13 ml-sarstedtrör med rund botten för bearbetning i instrumentet cobas x 480. Läs om korrekta förfaranden för streckkodsmärkning i motsvarande användarhandbok till cobas 4800-systemet, där det även finns en lista över godkända streckkoder för cobas 4800-systemet. OBS! Efter 14 dagar i 15 30 C måste primära SurePath-prover bearbetas för att reversera matrix-inducerade tvärbindningar innan HPV-testning i cobas 4800-systemet. 05990254001-10SV 14 Doc Rev. 11.0