1 (10) Slutrapportering av insatser Rapport 002-0552 Avseende ansökan 001-1101 Projektnamn Detektion och övervakning av antibiotikaresistens, särskilt ESBL, hos tarmbakterier tillhörande Enterobacteriaceae i länderna runt Östersjön Sökt belopp Tilläggsansökan 340 400 Kontaktuppgifter snamn Smittskyddsinstitutet - Antibiotikaresistens snummer 202100-4532 Adress Analys och prevention/antibiotika (AP-A) SMI Nobels väg 18 styp Statlig Myndighet Barbro Olsson Liljequist barbro.liljequist@smi.se Telefon Mobil +4684572468 +46706842468 Postnr 17182 Solna Projektets genonförande Bedömning av projektets genomförande Det övergripande målet med projektet, att i länderna runt Östersjön med kommersiellt tillgängliga och godkända metoder kunna påvisa och övervaka ESBL-producerande tarmbakterier tillhörande gruppen Enterobacteriaceae, har uppnåtts på ett utmärkt sätt. Förutom de rent tekniska färdigheterna som uppnåtts vid de deltagande mikrobiologiska laboratorierna i regionen, är själva samarbetet och interaktionen mellan deltagarna ytterligare en framgångsfaktor minst lika viktig som den tekniska. Det goda samarbetet som uppnåtts gör det möjligt att fortsätta inom liknande projekt, vilket också har framhållits som önskvärt av deltagarna. Del 1, planeringsfas enligt ansökan: Projektet startade som en idé från de estniska mikrobiologiska laboratorierna när den första BARN-workshopen hölls i Riga i februari 2011. Mikrobiologer från de övriga baltiska länderna och från St Petersburg var intresserade, och efter en intresseanmälan till den blivande estniska projektledaren Marina Ivanova visade det sig att fyra laboratorier i Estland, 3 i Lettland, 3 i Litauen, och 8 i St Petersburg ville ingå i projektet (se Medverkande parter, för vilka aktivt arbete har ingått och inte bara, som var det enda valbara alternativet). Vid BARN-workshop nummer 2 som hölls i Vilnius i december 2011 enades deltagarna om ett gemensamt protokoll för studien. Det innebar i korthet att laboratorierna skulle följa sina ordinarie rutiner för odling och resistensbestämning av kliniska prover och på de framodlade bakterierna Escherichia coli och Klebsiella pneumoniae (de två vanligaste bakteriearterna tillhörande familjen Enterobacteriaceae) använda den föreslagna kommersiella testen från Rosco (Danmark) för påvisning av resistensmekanismen ESBL. Eftersom denna test inte fanns tillgänglig på marknaden i respektive land vid projektstarten, men senare har blivit det i Estland, Lettland och Litauen, köptes de diagnostiska kiten in från SMittskyddsinstitutet och levererades till respektive land och laboratorium. Leveranserna till laboratorierna i St Petersburg fick dock ske via projektledarna i Estland.
2 (10) Del 2, test och utvärdering enligt ansökan: Det ursprungliga föreslaget var att samla och testa prover under 12 månader. Efter en pilotstudie i Estland kom man fram till att tre månader skulle vara tillräckligt för att få ett bra underlag. Den slutliga insamlingsperioden av bakterieisolat blev januari till mars 2012, då insamling och testning av kliniska prov vid de 18 laboratorierna ägde rum. Ur fler än 10000 kliniska prov sållades totalt ca 1000 misstänkt ESBL-positiva bakterieisolat ut med hjälp av den använda testen. Isolaten transporterades från de lokala laboratorierna på det mest ekonomiska sättet (oftast av de personer som ingick i projektet som tog med dem i samband med lokala möten) till universitetslaboratoriet i Tartu, Estland. Där skedde verifiering av isolaten med både mikrobiologiska och molekylärbiologiska metoder. För denna del av studien hade universitetet i Tartu sökt egna forskningspengar eftersom bidraget från Sverige inte var avsett för detta. Förutom bakterieisolat samlades också olika så kallade nämnardata in, t.ex.. uppgifter om antal patienter och antal vårddagar vid vårdinrättningarna/sjukhusen. Nämnardata är nödvändiga för att man ska kunna göra jämförelser mellan länderna då det gäller sjukdomsbörda och förekomst av antibiotikaresistenta bakterier. Vid det tredje BARN-mötet som hölls i Visby i oktober 2012 presenterades de preliminära resultaten av allt insamlat material av Paul Naaber, Estland, en av projektledarna. Del 3, molekylära metoder och epidemiologi enligt ansökan: Tre studenter från Estland besökte Smittskyddsinstitutet i Stockholm under en vecka i september 2012 för att förkovra sig i de molekylära metoder som är internationellt acepterade för ESBL-producerande bakterier. Kostnaderna för detta belastade inte den aktuella budgeten, och för Smittskyddsinstitutets del kan den hänföras till den del som utgjorde arbetstid för svensk deltagare (annan finansiär). Redan på detta stadium av projektet hade en viktig upptäckt gjorts, nämligen att man i St Petersburg hade en tidigare odiagnosticerad förekomst av särskilt resistenta bakterier, sådana som bär resistensmekanismen ESBL-CARBA. Dessa och andra resultat från projektet presenterades i flera posters vid den internationellt betydelsefulla infektions- och mikrobiologi-kongressen ECCMID (European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases),som hölls i 28-30/4 2013 i Berlin. En av de estninska studenterna fick sitt deltagande bekostat av projektet. Ett avlutande möte för projektet hade planerats av de estniska organisatörerna och hölls i Tallinn 12-14/5 2013. Deltagare som varit aktiva i projektet närvarade, och dessutom tre personer från Sverige och en representant för ECDC, den europeiska smittskyddsmyndigheten som finns i Stockholm. Totalt 40 personer deltog. Mötet innehöll ett tiotal presentationer som sammanfattade olika aspekter av projektet, och tre av dem bifogas i form av powerpoint-presentationer (Marina Ivanova, Paul Naaber, Barbro Olsson-Liljequist). En viktig punkt var att två mikrobiologer från Ukraina hade inbjudits för att bli inspirerade att medverka i en fortsättning och utvidgning av detta mikrobiologiska nätverk som redan visat sig livskraftigt. I det övergripande BARN-nätverket, som fått finansiering och koordineras av Smittskyddsinstitutet, är just avsikten att utvidga intressesfären till Ukraina, Vitryssland, Moldavien och Georgien. Medverkande parter West Tallinn Central Hospital Microbiology laboratory Kaisa Kirs Paldiski Road 68 10617 Tallinn kaisa.kirs@ltkh.ee ESTLAND 3 3
3 (10) East Tallinn Central Hospital Microbiology laboratory Marina Ivanova Pärnu mnt 104 11312 Tallinn marina.ivanova@itk.ee ESTLAND 3 3 North Estonia Medical Centre Svetlana Rudenko Sutiste 19 13419 Tallinn svetlana.rudenko@regionaalhaigla.ee ESTLAND 3 3 United Laboratories of Tartu University Clinics Krista Loivukene Puusepa 1A 50406 Tartu krista.loivukene@kliinikum.ee ESTLAND 4 1 3 Vilnius University Hospital, Microbiology Laboratory Jolanta Miciuleviciene Santariskiu str. 2 LT-08661 LITAUEN - - Välj - - Vilnius jolamici@yahoo.com 2 2
4 (10) VUH Santariskiu Clinics, Microbiology Laboratory Ruta Ambrazaitiene Santariskiu str. 2 LT-08661 LITAUEN Vilnius ruta.ambrazaitiene@santa.lt Siauliai Hospital, Microbiology laboratory Gintaras Makstutis Kudirkos str. 99 LT-76231 LITAUEN Siauliai sl.laboratorija@su.lt Riga East Clinical University Hospital, Microbiology laboratory Dace Rudzite Hipocrata str. 2 LV-1038 LETTLAND Riga dacerudzite2008@inbox.lv 2 2 Pauls Stradins University, Microbiology dept, Central laboratory Arta Balode Pilsonu str. 13 LV-1002 LETTLAND Riga arta.balode@stradini.lv
5 (10) Liepaja Hospital, Microbiology laboratory Tatjana Djundika Slimnicas str. 25 LV-3414 LETTLAND Liepaja tatjana_djundik@inbox.lv St Petersburg Pasteur Institute, lab Enteric infections Lidia Kaftyreva Mira str. 14 197101 St-Petersburg pasteur@lk14290.spb.edu 3 3 St Petersburg Hospital no 4 Nataliya Vedernikova North str. 1 194354 St-Petersburg St Petersburg Hospital No 40 Lidia Lipskaya Boresova str. 9 Sestrorechk 197701 St-Petersburg lidochkalipa@yandex.ru
6 (10) St Petersburg Hospital No 17 Tanyana Kurchikova Glinka str. 4 190066 St-Petersburg pasteur@mail.ru St Petersburg Children s Hospital No 5 Maria Paysetchkaya Bucharestdkaya, 134 192289 St-Petersburg mariamber62@mail.ru St Petersburg Hospital No 16 Marina Smirnova Liteyniy prospect, 56 191104 St-Petersburg smirnova.aniram@yandex.ru St Petersburg Hospital No 31 Irina Konovalenko Dinamo str. 3 197110 St-Petersburg ib.konovalenko@mail.ru
7 (10) St Petersburg Children s Hospital No 1 Olga Morozova Blanmenilskaya str. 1-54 198516 St-Petersburg otmorozova@rambler.ru SMI - Smittskyddsinstitutet Barbro Olsson-Liljequist Nobels väg 18 0706842468 171 82 Solna barbro.liljequist@smi.se SVERIGE 3 3 ECDC Ulla-Karin Nurm SVERIGE Solna Frågeställningens/problemlösningens fokusering Infektioner som orsakas av antibiotikaresistenta bakterier har ökat under de senaste årtiondena för att numera utgöra ett alarmerande globalt problem. Även i Sverige och i de övriga länderna runt Östersjön växer problemet, inte minst på grund av den ökade rörligheten i dagens samhälle. Utmaningen för de kliniskt mikrobiologiska laboratorierna i alla länder är använda korrekta och aktuella diagnostiska metoder som motsvarar läkarnas behov av att få korrekta besked om vilka behandlingsalternativ som står till buds, och som också ger myndigheterna kunskap om den aktuella lokala situationen när det gäller antibiotikaresistenta bakterier. Sverige är i många avseenden ett föregångsland inom detta område med många intresserade och kompetenta personer med internationellt gott rykte. Vi undersöker och värderar metoder för att kostnadseffektivt kunna diagnosticera resistenta bakterier och i den europeiska gemenskapen ge riktlinjer för detta arbete (t. ex. genom EUCAST, European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing). Det är därför också vår skyldighet att bistå våra grannländer och sprida den kunskap vi förvärvat. För Sveriges del är det också viktigt att ha kunskap om vilka resistenta bakterier som finns i vårt närområde, och det just genomförda projektet visar detta med all önskvärd tydlighet. Ett av de viktigaste resultaten i studien var upptäckten och omfattningen av den särskilt resistenta bakterien Klebsiella pneumoniae med ESBL-CARBA i St Petersburg-området. ESBL-CARBA är en resistensmekanism som vi i Sverige nyligen har utökat beredskapen mot genom ett tillägg till Smittskyddslagen som trädde i kraft 2012-03-15. Det här beskrivna ESBL-projektet har förutom de faktiska mikrobiologiska resultaten också visat på
vikten av de goda personliga kontakterna inom ett verksamhetsfält, så att kunskaper och erfarenheter kan delas. Samtliga deltagare vid det avslutande mötet i Tallinn var överens om att verksamheten måste fortsätta och att det finns många aktuella problem inom infektions- och antibiotikaområdet som kan behöva belysas. Men varje lokalt laboratorium har inte alltid personella eller ekonomiska resurser att ligga i frontlinjen för utvecklingen utan kan behöva draghjälp av kolleger i sitt närområde. Avsikten från Sveriges / Smittskyddsinstitutets sida är i första hand att prova möjligheten till fortsatt stöd från Svenska Institutet genom så kallad sådd-finansiering. Genom att utvidga det befintliga nätverket av laboratorier till de länder som anges som aktuella för stöd (Ukraina, Vitryssland, Moldavien och Georgien) hoppas vi kunna fortsätta det goda samarbetet. 8 (10) Resultat och mål Det konkreta resultatet av det här redovisade projektet är att 18 laboratorier i de baltiska staterna och i St Petersburg gemensamt har enats om och sedan följt ett protokoll för att undersöka förekomsten av ESBL-producerande tarmbakterier bland de kliniska prov som dagligen analyseras vid deras respektive laboratorier. Det totala antalet kliniska prover som odlats och undersökts under den fastlagda studieperioden vid de mikrobiologiska laboratorierna var mer än 10000, och nämnardata för samma period har också samlats in på ett sätt som inte gjorts tidigare. Från proven har cirka 1000 så kallat ESBL-screening-positiva bakterieisolat av de två bakteriarterna Escherichia coli och Klebsiella pneumoniae identifierats. De har samlats vid ett laboratorium för fortsatta mikrobiologiska och molekylär-biologiska karakteriseringar, men också för att man där ska ta ansvar för den viktiga stamkollektionen. De fortsatta studierna på molekylärbiologisk nivå (med annan finansiär) har gett viktig information om situationen i Baltikum och St Petersburg om ESBL-producerande bakterier, och resultaten har redan kunnat presenteras vid en internationellt erkänd vetenskaplig kongress (ECCMID 2013 i Berlin). Resultaten från de deltagande laboratorierna i St Petersburg har separat verifierats av referenslaboratorium i Moskva enligt de regler som gäller i Ryssland, och de har också inneburit att viktig kunskap om dessa problembakterier blivit kända i Ryssland. För EUs del har den nyvunna kunskapen spridits till ECDC och blir därmed också känd även på politisk nivå och ett viktigt bidrag för det fortsatta folkhälsoarbetet.
9 (10) Ekonomisk redovisning Rubrik Sökt belopp Beviljat/ använt Egen insats Annan finansiär Totalt Resor för svenska experter till deltagande länder Nationell förankring och förberedelser Diagnostiska tester (Rosco) till alla laboratorier Första möte i Vilnius i samband med BARN, 18 resor Frysrör för 500 bakterieisolat i stamkollektion Distribution av kontrollstammar från SMI Transport till och test av isolat i Tartu (x18) Slutmöte i Estland för ca 50 pers Telefonmöten, övrig administration av org, Presentation (1 pers) vid int. kongress Arbetstid resor/möten svensk deltagare Arbetstid resor/möten alla deltagare ca (36 pers) Se bilaga 1 för detaljerad redovisning 62 400 62 400 0 0 62 400 9 200 0 0 9 200 18 000 18 000 0 0 18 000 69 000 0 0 69 000 75 000 75 000 0 0 75 000 65 000 0 0 65 000 18 000 18 000 0 0 18 000 26 000 0 0 26 000 5 000 5 000 0 0 5 000 10 000 0 0 10 000 10 000 10 000 0 0 10 000 8 900 0 0 8 900 9 000 9 000 0 15 000 24 000 9 000 0 0 9 000 130 000 130 000 0 0 130 000 62 300 0 0 62 300 5 000 5 000 0 0 5 000 13 000 0 0 13 000 8 000 8 000 0 0 8 000 8 000 0 0 8 000 0 0 50 000 0 50 000 0 50 000 0 50 000 0 0 200 000 200 000 0 200 000 0 200 000 0 0 1 0 1 0 0 0 0 Summa budget kostnader 340 400 340 400 250 005 000 605 401 Summa utfall kostnader 280 400 250 000 0 530 400 Intäkter Budget Budget netto netto 340400 0 0 605 401 530 400 Kommentar till ekonomisk redovisning Punkt 1. För den budget som ingick i ansökan gjordes vissa antaganden om resor för svensk(a) expert(er) till de deltagande länderna/laboratorierna. Vid projektets igångsättande visade sig dessa ofta kunna ersättas av telefon- och mejlkontakt, samt av de möten som årligen hålls mellan de europeiska ländernas huvudansvariga personer inom antibiotikaresistensövervakning och som normalt sponsras av ECDC. Punkt 2. Däremot var det av stor vikt inom varje baltiskt land att planerings- och startmöten kunde äga rum, och därför blev den utgiftsposten mycket större än i budgeten (69000 SEK). Punkt 3. Kostnader för de diagnostiska kit som Sverige åtagit sig att upphandla och distribuera till deltagande laboratorierna blev något lägre (65000 SEK)än beräknat, bl a tack vare den rabatt som Smittskyddsinstitutet kunde utnyttja. Punkt 4. Reskostnader till BARN-nätverksmötet i Vilnius 2011 blev något dyrare för de ryska
deltagarna bl. a. beroende på visumkostnader. Punkt 5. Beräkningen av 500 bakterieisolat visade sig för låg. Trots att den preliminärt beräknade insamlingsperioden på ett år minskade till 3 månader så kunde ca 1000 isolat samlas in för fortsatta analyser, därav dubblerad kostnad för transportrör. Punkt 8. Det avslutande mötet för projektet hölls i Tallinn 13 maj 2013 och vid mötet närvarade 40 personer. Deltagare från Tallinn, Estland behövde inte hotell och hade inga reskostnader, varför den preliminära kostnaden för mötet visade sig vara för hög. Dessutom kunde SMI med andra medel täcka det lilla underskott som uppstod, inte minst för att stödja deltagandet av två personer från Ukraina, ett av de länder som ingår i den avsedda utvidgningen av nätverket BARN. Punkt 9. I de deltagande länderna har lokala administrativa kostnader blivit något högre än beräknat. 10 (10) Som projektansvarig från Sverige har jag accepterat de avvikelser från den preliminära budgeten som uppstått, och gjort bedömningen att projektet inte hade gått att genomföra och framför allt inte hade nått så utmärkta resultat utan dessa avvikelser. Bilagor (Följande bilagor är insända)