Gastro och lite annat

Transkript

1 Gastro och lite annat

2 Adenovirus i feces Metod Antal utförda paneler Antal (andel) korrekta analyssvar Förväntat negativt. Antal (andel) falskt positiva eller ej bedömbara provsvar Förväntat positivt. Antal (andel) falskt negativa eller ej bedömbara svar PCR 8 71/72 (99%) 1/48 (2%)* 0/16 (0%) Immunokromatografi /128 (98%) 0/96 (0%) 3/32 (9%) CLIA (chemilumines -cence immunoassay) 1 8/8 (100%) 0/6 (0%) 0/2 (0%) *Ej bedömbart. Om man räknar med de falskt positiva svar där PCR-metoder använts som inte kan skilja på enteriska adenovirus (Ad 40, 41 och 52) och icke-enteriska typer så blir siffran högre; 12/48 (25%). 2

3 Rotavirus (olika genotyper) i feces De immunokromatografiska metoderna bättre resultat denna gång. Metod Antal utförda paneler Antal (andel) korrekta analyssvar Förväntat negativt. Antal (andel) falskt positiva eller ej bedömbara provsvar Förväntat positivt. Antal (andel) falskt negativa eller ej bedömbara svar PCR 9 72/72 (100%) 0/27 (0%) 0/45 (0%) Immunokromatografi /128 (89%) 0/48 (0%) 14/80 (18%) CLIA (chemiluminescence immunoassay) 1 7/8 (88%) 0/8 (0%) 1/8 (12%) 3

4 Calicivirus i feces, norovirus Prov nr Genotyp Ctvärde Antal positiva prov/ antal analyserade prov 2016:01/2 GII / :01/4 GII / :01/5 GII.2, recombinant 22 27/ :01/7 GI / :01/8 GII.4, Sydney 2012 variant 26 28/ kommersiella kit och 14 in-house. Falskt negativa (3 st) resultat med in-house. Två falskt positiva resultat med in-house.

5 Calicivirus i feces, sapovirus Prov nr Genotyp Ct-värde Antal positiva prov/antal analyserade prov 2016:01/1 GI / :01/3 GII /17 1 kommersiellt kit, 16 in-house metoder. 4 falskt negativa (ett var svagt prov). 5

6 Tänk på med variabla virus och PCR Håll koll på primer/probe regioner Undvik falskt positivt med strikta rutiner vid hantering/extraktion 6

7 UK Neqas Blod Feb 2016 Jan 2017 Utskick Förväntat resultat Antal lab med förväntat resultat 1 feb P. malariae 19/21 17 feb Loa loa 17/20 9 maj P. knowlesi 0(5)/20 Inga poäng delades ut 6 jun P. vivax 18/23 1 aug Inga parasiter 21/22 29 aug Leishmania sp. 17/17 26 sep P. falciparum 1,9-4,7% 17/22 21 nov P. ovale 18/22 30 jan Trypanosoma brucei sp. 15/20 Inga poäng delades ut 7

8 Loa loa Wuchereria bancrofti Foto: CDC 8

9 UK Neqas Feces Feb 2016 Jan 2017 Utskick Förväntat resultat 1 feb Schistosoma haematobium Schistosoma mansoni 29 feb Cryptosporidium sp. Cryptosporidium sp. Inga parasiter 9 maj Enterobius vermicularis Taenia sp. 6 jun Toxocara canis Cyclospora cayetanensis Antal lab med förväntat resultat 18/19 14/19 16/17 17/17 17/17 18/20 19/20 18/19 11/19 9

10 Cyclospora cayetanensis 7,5-10 µm Foto: CDC, Parasitegal, atlas-protozoa.com 10

11 UK Neqas Feces Feb 2016 Jan 2017 Utskick Förväntat resultat 1 aug Ascaris lumbricoides, Trichuris trichiura Echinococcus granulosus 29 aug Giardia intestinalis Diphyllobothrium latum 26 sep Inga parasiter Ascaris lumbricoides, Taenia sp. 21 nov Echinococcus granulosus Giardia intestinalis 30 jan Dientamoeba fragilis, Blastocystis hominis Giardia intestinalis Antal lab med förväntat resultat 14/17 16/17 19/19 18/19 20/20 19/20 19/19 19/19 1/13 (inga poäng) 15/15 11

12 Meticillin resistenta Staphylococcus aureus MRSA 2016:01A-E Molekylärbiologisk metodik 14 laboratorier (2 fler än 2015) Detektion av nuc gen/sa442 S. aureus meca gen - för meticillin-resistens orfx+ SCCmec samtidig detektion S.aureus resp meticillin-resistens Odlingsdiagnostik 7 laboratorier (= antal 2015) Fenotypisk detektion samt resistensmetodik kompletterat med molekylärbiologi i vissa fall 12

13 5 prov, ampuller, med varierande innehåll MRSA, MSSA, KNS Dag 0 Dag 1 37 C 16 tim + 2ml buljong 100 mikrol Dag 0 Kontroll av sensitivitet PCR Kontroll av anrikningsbuljong 13

14 Avsikt Molekylärbiologisk metod Testa hela analyskedjan inklusive anrikningsbuljong, sensitivitet och specificitet för molekylärbiologisk metod kunna ge snabbare ffa negativa svar till vården Med PCR dag 0 (utan anrikning) testas ffa sensitivitet PCR metodik Odling på platta dag 0 (om växt så snabbare isolera koloni) Med PCR/odling dag 1 testas anrikningsbuljongen Närvaro av MSSA: vid för låg antibiotika konc i buljongen svårt skilja MRSA från MSSA vid isolering av koloni Närvaro av KNS: finns meca positivitet växer dessa också i buljongen och kan störa vid verifiering av MRSA koloni 14

15 Molekylärbiologisk metod för MRSA screening (14 lab) Prov 2016:01A-E A CFU/ml B CFU/ml C CFU/ml D CFU/ml E CFU/ml Konc S.aureus Nuc-gen pos Konc MRSA Nuc-gen pos påvisar dag 0 påvisar dag 1 1x10 5 1x10 4 3x10 2 3x10 3 3x10 3 3x10 2 2x10 4 5/14 13/14 13/14 13/14 13/14 13/14 I alla prov finns dessutom S. simulans + S. lugdunesis 4 x10 7 CFU/ml Konc S.aureus dag 0 var 0,5x10 4 vid spädning av ampull enligt leverantörens instr. 15

16 Summering Metod Molekylär: Dag 0: S. aureus positivitet kunde gärna detekteras av fler lab i prov C Dag 1: Prov A- E :13/14 laboratorier hittar MRSA efter anrikning. Ett lab har rapporterat märkligt utseende på Ct kurvorna efter anrikning Metod odling: Alla 7 laboratorierna detekterar alla MRSA Ett lab har rapporterat ovanligt koloniutseende på Chromagarplatta. Maldi kördes pga rutinen avvikande växt och MRSA påvisades då 16

17 STI och blod

18 Mycoplasma genitalium (Mg) utskick 2016 Tillhör sexuellt överförbara infektioner Påvisa Mg med molekylärbiologisk metod Totalt 29 lab har svarat Prov nr Spädningar Förväntat resultat Lab resultat 2015:01/A 1x10-3 Positiv 24/29*POS* 2015:01/B neg Negativ 28/29 NEG 2015:01/C 1x10-4 Svag positiv / gränsvärde 17/29 NEG 12/29 POS* 2015:01/D neg Negativ 29/29 NEG 2015:01/E 1x10-2 Positiv 27/29 POS 2015:01/F 1x10-1 Starkt positiv 29/29 POS Varav * 2 lab deteketerar Mg i gränsvärde Varav * 3 lab detekterar Mg gränsvärde Prov A, E och F bör detekteras som positiva

19 Summering De 29 laboratorierna har i allmänhet lyckats väl men totala resultatet något sämre än i fjol Bara den starkaste koncentrationerna identifieras av alla lab något sämre resultat än i fjol då alla lab identifierade de två starkaste konc Prov A konc 1x10-3 som bör detekteras, identifieras som pos av 24/29 lab (ungefär samma resultat som föregående år) Endast ett prov har felaktigt angivits positivt vilket är ett bättre resultat än i fjol då tre svar sågs som falskpositiva

20 Blodsmitta (screening) (31) Nytt! Prov HIV 1/2 HTLV 1/2 HBs-ag HBc-ak HCV-ak Syfilisak /1 P N N N N N /2 N P N N N N /3 N P N P N N /4 N N N N N N /5 P N N N P N /6 N N N N N P /7 N N P P P N 36 deltagande laboratorier Tre felrapporteringar Prov 3, ett lab missat att påvisa HBc-ak, utredning pågår 20

21 HIV och HTLV-diagnostik (68) (screening och konfirmation) Förväntat resultat Prov HIV 1 HIV 2 HTLV /1 N P N /2 P P P /3 N N N /4 P N N /5 N N P /6 P N N Antal positiva En trippelinfektion, övriga singelinfektioner Två negativa prov 12 deltagande laboratorier

22 HIV-1/2 antikropp/antigen, screening Resultat 22

23 HIV konfirmation Två tester INNO-LIA HIV I/II Score, Innogenetics Geenius HIV 1-2 confirmatory system 10 lab 2 lab Prov 1 (HIV 2) alla rätt Prov 2 (trippelinfektionen) HIV 2 HIV 1 och 2 påvisade HIV Ej typbar 1 lab 6 lab 5 lab Prov 4 (HIV 1) Prov 6 (HIV 1) alla rätt alla rätt 23

24 HTLV-I/II, screening Resultat Provförväxling 24

25 HTLV konfirmation Test INNO-LIA HTLV I/II Score, Innogenetics 3 lab Prov 2 (P) (trippelinfektionen) HTLV-1 påvisat 2 lab Indeterminant 1 lab Prov 3 (N) HTLV-1 påvisat HTLV negativ Prov 5 (P) HTLV, ej typbar 1 lab 2 lab 3 lab - gp46, gp21 - HTLV PCR neg - lågt reaktiv screeningtest, likaså i uppföljningsprov 25

26 HIV-antigen (115) Prov Material 2016:01/11 2 IU/mL p24 från WHO standard NIBSC 90/ :01/12 4 IU/mL p24 från WHO standard NIBSC 90/ deltagande laboratorier 26

27 HIV-antigen, screening Resultat Endast p24-antigen, övriga kombotester 27