Jämförelse av BDMax, Simplexa, direktodling och in-house PCR screening för MRSA detektion

Transkript

1 Jämförelse av BDMax, Simplexa, direktodling och in-house PCR screening för MRSA detektion Paula Mölling, Molekylärbiolog, Doc Paula Mölling, Marita Neander, Bo Söderquist, Martin Sundqvist Laboratoriemedicinska länskliniken, Molekylärdiagnostik & FOU/ Klinisk Mikrobiologi, Universitetssjukhuset Örebro

2 MRSA, Multiresistenta Staphylococcus aureus SYFTE SUPERBUG Att undersöka om direktdetektion av MRSA är tillräckligt känsligt för att hitta MRSA direkt från ursprungsprovet (ESWAB) utan anrikning

3 MATERIAL Patienter som kom på återbesök till Infektionskliniken på USÖ, (tidigare MRSA positiva eller som screenas pga att de har varit i nära kontakt med MRSA positiva personer) inkluderades under ca 4 mån Del 1: Pooler = 47 (+ enstaka svalgprover, n=53) Del 2: Enstaka prov = 278 Totalt antal patienter i studien = 125

4 Del 1: Poolning med ESWAB Collection rör (Copan) Näsa, svalg, ljumske 3x100 µl 3x50 µl (50 µl) 3x100 µl 100 µl (ej poolade) In-house screening Simplexa MRSA Direct BD MAX MRSA XT Direkt odling I tillägg analyserades svalgprovet separat i BDMAX och Simplexa

5 Del 2: ESWAB Collection rör (Copan) Näsa, svalg eller ljumske Näsa, svalg, ljumske 3x100 µl 50 µl 100 µl 100 µl In-house screening Simplexa MRSA Direct BD MAX MRSA XT Direkt odling

6 RUTIN METOD: In-house screening Dag 0 Anrikning i buljong (Cefoxitin 4 mg/l) av varje prov med skak över natt Dag 1 Automatisk poolning och DNA prep (Diasorin Bullet) Screenings PCR (SCCmec-orfX) Alla negativa svaras ut!! Dag 2 Avläsning av utodlade positiva buljonger Dag 2/3 PCR verifiering av misstänka isolat Positiva kan svaras ut!!

7 JÄMFÖRANDE METODER Simplexa MRSA Direct (Focus Diagnostics/Electrabox) spa gene meca/c Algoritm där Ct-värden ej får skilja mer än visst antal cykler - MRSA BD MAX MRSA XT (Becton Dickenson, BD) MREJ (SCCmec right-extremity junction) meca/c Direkt odling med chromid MRSA SMART (biomérieux) rosa kolonier verifierades med nuc/meca PCR

8 RESULTAT DEL 1: POOLER (n=47) In-house BDMax Simplexa Direkt odling POS NEG TOT POS 14 1** 15 NEG TOT In-house POS NEG TOT POS 12 2** 14 NEG 6* TOT In-house POS NEG TOT POS NEG TOT *Flera av dessa hade Ct-värden >37 dvs för svaga eller för stor skillnad mellan target (blandad flora?). **Dessa kunde ej verifieras med någon annan test, falskt positiv? OBS! Ej pooler

9 RESULTAT DEL 2: SEPARATA PROVER (n=278) Antal pos med respektive metod (pos enbart i den metoden) Simplexa BDMax Direkt odling In-house Näsa (n=76) 16 (5) 11 (2) 14 (2) 12 (0) Ljumske (n=75) 6 (1) 13 (0) 12 (0) 8 (0) Svalg (n=127*) 20 (1) 31 (0) 40 (4) 34 (3) Total positiva 42** (7***) 55 (2) 66 (6) 54 (3) *inkl. prover från 1 delen av studien med poolning, n=53 ** Flera av dessa hade Ct-värden >37 dvs för svaga eller för stor skillnad mellan target (blandad flora?). ***endast en av dessa är verifierad med annan metod (direkt odl) MEN i annan lokal.

10 RESULTAT PATIENTER Enstaka prover Del 2 (n=76) samt Totalt antal patienter från Del 1 + Del 2 (n=125) MRSA positiva patienter från Del 2 / Del 1+2 Patienter diagnostiserade med MRSA Direkt odling positiva prover Enstaka/Alla (n=29) / (n=48) Sensitivitet Direkt odling som referens Del 2 / Del 1+2 BDMax 26 / 41 34% / 33% 25 / 38 86% / 79% Simplexa 28 / 40 37% / 32% 27 / 38 93% / 79% In-house 23 / 41 30% / 33% 22 /39 76% / 81% Direkt odling 29 / 48 38% / 38% % (11/48) av patienterna var endast positiva i svalgprovet!!!

11 Dag 0 Odla ut 100µL ESWAB buljong på selektiva chromid MRSA SMART Utodlingsrobot Dag 1 Avläsning av utodlade plattor (18 h) Verifiering av rosa kolonier: nuc/meca PCR alt Simplexa MRSA Direct Positiva kan svaras ut samt sannolikt även negativa!! (Ev Dag 2 Avläsning av utodlade plattor (36 h) Negativa kan svaras ut!!)

12 SIMPLEXA SAMMANFATTNING + Enkel att jobba med och svar samma dag + Kort analystid (ca 1 h) + Tar även ovanliga MRSA (spa genen + meca/c), bra på framodlade isolat - Problem med algoritmen vid blandad flora som tex näsa (KNS, SA) och speciellt därför ej lämpad för poolade prover - Liten prov volym (50 µl) samt endast 8 tester per disk BDMAX + Ganska enkel att jobba med och svar samma dag + 24 tester per körning + Stor prov volym (upp till 500 µl) - Lång analystid (ca 2 h) - Tar ej alla MRSA (SCCmec MREJ meca/c), kan endast identifiera 93,1 % av alla MRSA (BD info)

13 DIREKT ODLING SAMMANFATTNING + Känslig! + Tar MRSA oavsett typ + Ger ett MRSA isolat dagen efter - snabbt kunna typa vidare (resistens, NGS...) - Måste verifieras med annan test - Svar dagen efter IN-HOUSE PCR + Kan hantera stor prov volym som vid utbrott + Favoriserar anrikning av MRSA - Negativt svar dagen efter samt ytterligare en dag för positivt svar - Lång analystid med mycket hands-on - Tar ej alla MRSA (SCCmec + orfx)

14 KONKLUSION Direkttesterna, Simplexa och BDMax, ej lämpade för poolning vilket gör dessa dyra att köra på enstaka prover. Ger svar samma dag, men med lägre känslighet. Viktigt att testa flera provlokaler från samma patient för att öka känsligheten oavsett test, speciellt då svalg ofta är enda positiva provlokalen!! Direkt odling av 100 µl ESWAB på platta gav bäst känslighet, är enkelt och billigt samt är det snabbaste sättet att få fram ett isolat för vidare typning tex NGS vid utbrottsfrågeställningar.

15 TACK!