Fecesdiagnostik i multiplexeran Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska Universitetssjukhuset

Transkript

1 Fecesdiagnostik i multiplexeran Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska Universitetssjukhuset

2 En kort resumé Odling standard sedan labbet bygdes på 60-talet Två lab med något olika rutiner Tropiklab på Östra sjukhuset med närheten till infektionsmottagningen Bakteriologiska laboratoriet i anslutning till Sahlgrenska sjukhuset Sammanslagning av båda avdelningarna ca 10 år sedan på Sahlgrenska

3 Utöver SSYC gjordes bedömningar av tarmflorans sammansättning - kraftigt reducerad aerob Gram-negativ tarmflora - riklig växt av Proteus mirabilis/klebsiella/enterobacter (ca?) EHEC-PCR -barn <10 år -blodig diarré -utlandsvistelse -diarré > 1 vecka -på begäran Snudd på alla redan här

4 2015 dags att införa panel Sex månader och ca 1200 prov senare: PCR + Odling PCR enbart Odling enbart Campylobacter Salmonella Shigella/EIEC 30 15* 0 Yersinia enterocolitica April 2016 dags för start 966 prov negativa i både odling och PCR

5 Entamoeba histolytica Cryptosporidium Yersinia EHEC Giardia intestinalis Campylobacter Salmonella typhi Salmonella spp Shigella ETEC

6 Tre separata beställningar Virus, bakterier och parasiter Bakterier/parasiter Virus

7 Provtagningsmaterial: För bakteriell gastroenterit: E-swab För parasitdagnostik: Faeces i burk utan tillsats Provet delas vid behov och SAF-behandlas för mikroskopi

8 Prov till lab DAG 1 Provmaterial till lysbuffert samt Rapaportrör och peptonbuljong för Salmonella- och EHEC anrikning DAG 2 Material från Rappaportbuljong till lysbuffert Prov till extraktionsrobot och PCR Avläsning av kurvor DAG 2 DAG 2-3 Negativa prov svaras ut Positiva prov svaras ut och lämnas till utodling Prov där PCR:en inte blivit godkänd lämnas till odling, och besvaras på odlingsfynd

9 Anmälningspliktiga bakterier/infektioner Salmonella Campylobacter (jejuni/coli) Yersinia enterocolitica EHEC Shigella/EIEC -> Odlingsförsök görs för samtliga fynd -> Salmonella typas till grupp (A-E), resistensbestämning görs på alla men svaras bara på begäran -> Campylobacter görs resistensbestämning på begäran. -> Yersinia agglutination 3 och 9 samt API -> EHEC aggl. för O157, övriga görs på FoHM

10 Parasit-PCR Infördes maj 2017 Utförs på faeces utan tillsats av SAF-lösning Ingående agens: Giardia intestinalis Cryptosporidium spp Entamoeba histolytica Mikroskopi utförs fortfarande på begäran, vid andra frågeställningar samt som komplement på immunsupprimerade patienter

11 Icke anmälningspliktiga agens ETEC (Lt och St). Aeromonas hydrophila/sobriae -> Svaras direkt på PCR-fynd. Inga odlingsförsök görs.

12 Hur ska vi göra med uppföljning? Odlingsnegativitet traditionellt använt för friskrivning Misstro mot PCR som diagnostik av tarmpatogener Jämförande metodstudier fokuserar mest på så hög känslighet som möjligt vid första provtagningen Dåligt med dokumentation hur länge man kan detektera döda bakterier, men är det så länge som man tror, eller är det ett asymtomatiskt bärarskap vi fångar?

13 Hur väl stämmer PCR och odling överens?

14 Jämförelse PCR och odling Antal prov Negativa Fynd PCR-positiva (antal patienter) Odlingspositiva/ Bekräftade Salmonella 351 (288) 346 Campylobacter 1344 (1187) 1200 EHEC 189 (126) 73 VT1 49 VT2 41 VT1+VT2 36 Y. enterocolitica BT1A 6 typ 3 21 typ 9 3 EIEC(??) Shigella/EIEC 163 (128) Aeromonas 132 ETEC 349

15 Odlingspositivitet i upprepade odlingar Provtagningstillfälle Salmonella Campylobacter 1 195/ / /23 103/ av 10 14/ av 5 4 av av av 2 # 7 1 av av av av av av 1 # en av dessa odlingsnegativ prov 5

16 Salmonella och Campylobacter god överensstämmelse odling och O-typning av Salmonella fortsatt snabbt och enkelt sätt att tidigt upptäcka samband mellan fallen EHEC problem vid uppföljning av asymtomatiskt bärarskap. Kan ge långvarig avstängning Viktigt med rätt provtagningsindikation hur når vi ut till behandlande läkare? Kan man titta ännu mer på riskfaktorer för spridning är man redan gör? Sprider ett barn med förstoppning verkligen EHEC?

17 Shigella/EIEC är ett större problem -hur blir det med anmälan -vad händer med antibiotikaförskrivningen -hur gör man med uppföljning odling eller PCR? -vad säger smittskyddslagen? Shigella bör nästan alltid antibiotikabehandlas eftersom smittsamheten är hög Personer inom riskyrken ska lämna minst ett negativt fecesprov innan återgång till arbete förutsatt att patienten fullföljt en antibiotikabehandling med preparat som bakterien efter resistensbestämning visat känslighet för. Utan adekvat antibiotikabehandling krävs tre negativa fecesprover i följd och högst ett prov per dag.

18 Tack för uppmärksamheten