cobas HIV-1 För in vitro-diagnostisk användning Kvantitativt nukleinsyratest för användning på cobas 4800-systemet 120 Tests P/N:

Kvantitativt nukleinsyratest för användning på cobas 4800-systemet För in vitro-diagnostisk användning cobas HIV-1 120 Tests P/N: 06979599190 cobas HBV/HCV/HIV-1 Control Kit 10 Sets P/N: 06979572190 cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2 cobas 4800 System Wash Buffer Kit 240 Tests 960 Tests 240 Tests 960 Tests P/N: 06979513190 P/N: 06979521190 P/N: 05235863190 P/N: 05235871190 cobas 4800 System Specimen Diluent 2 240 Tests P/N: 06979556190 cobas 4800 System Lysis Kit 2 240 Tests 960 Tests P/N 06979530190 P/N 06979548190

INNEHÅLLSFÖRTECKNING Avsedd användning Sammanfattning och förklaring av testet Bakgrund... 4 Princip för HIV-1-testning... 4 Förklaring av testet... 5 Användningsprinciper... 5 Material och reagens Reagens... 6 Förvaring och hantering av reagens... 11 Extramaterial som behövs... 11 Instrument och programvara som behövs men som inte medföljer... 12 Försiktighetsåtgärder och information om hantering Varningar och säkerhetsåtgärder... 12 God laboratoriesed... 13 Reagenshantering... 13 Kontamination... 13 Integritet... 14 Avfallshantering... 14 Spill och rengöring... 14 Provtagning, transport och förvaring av prover... 14 Bruksanvisning Resultat Provtagning... 14 Förvaring och stabilitet för prover under transport... 15 Körning av testet... 15 Provbearbetningsvolym... 15 Arbetsflöde... 15 Körningsstorlek... 16 Arbetsflöde... 16 Kvalitetskontroll och giltighet för resultaten... 18 Kontrollflaggor... 18 Tolkning av resultat... 19 Testets begränsningar... 20 Icke-klinisk egenskapsutvärdering Viktiga egenskaper... 21 Doc. Rev. 2.0 2

WHO:s internationella standard... 21 Linjärt intervall... 22 Precision inom laboratoriet... 23 Verifiering av grupp/subtyp... 24 Specificitet... 25 Metodkorrelation... 27 Felfrekvens inom hela systemet... 28 Korskontamination... 28 Ytterligare information Viktiga analysegenskaper... 29 Symboler... 30 Tillverkare och distributörer... 31 Varumärken och patent... 31 Copyright... 31 Referenser... 32 Revidering av dokumentet... 33 Doc. Rev. 2.0 3

Avsedd användning cobas HIV-1 är ett in vitro-test för nukleinsyraamplifiering för kvantifiering av humant immunbristvirus typ 1 (HIV-1) i EDTA-plasma från HIV-1-infekterade personer. Testet är avsett att användas i kombination med en klinisk bedömning och andra laboratoriemarkörer för sjukdomsförloppet för den kliniska hanteringen av HIV-1-infekterade patienter. Testet kan användas för att bekräfta HIV-1- infektion hos antikroppsreaktiva personer och för att bedöma patientprognosen genom att mäta baseline HIV-1-nivån eller för att övervaka effekterna av antiretroviral behandling genom att mäta förändringar i HIV-1 RNA-nivåer under den antiretrovirala behandlingen. Sammanfattning och förklaring av testet Bakgrund HIV är etiologisk agens för förvärvat immunbristsyndrom (AIDS). Efter serokonversion går infekterade personer oftast in i en kliniskt stabil, relativt asymtomatisk fas som kan vara i flera år. Den asymtomatiska perioden karakteriseras av en bestående plasmaviremi vid fastställda punkter som bestäms av värdgenetiken och en gradvis minskning av CD4 + T-lymfocyter. Även om virusnivåerna i det perifera blodet är relativt låga under den asymtomatiska fasen av infektionen, verkar virusreplikering och rening vara dynamiska processer där stora delar av virusproduktionen och infektion av CD4 + - celler balanseras av höga nivåer av virusrening, celldöd hos infekterade celler och förnyelse av CD4 + -celler, vilket resulterar i relativt stabila nivåer av både plasmaviremi och CD4 + -celler i ungefär 8 år hos en genomsnittlig person som lever med HIV. Kvantitativa mätningar av HIV-viremi i plasma har visat att högre virusnivåer korrelerar med snabbare klinisk progression av HIV-sjukdom. 1,2 Dessutom har närmare två decenniers klinisk forskning fastställt att minskning i plasmavirusnivåer med hjälp av antiretroviral behandling (ART) avsevärt minskar risken för klinisk progression, inklusive dödsfall, utveckling av AIDS, opportunistiska infektioner och HIV-associerad morbiditet. 3 HIV-virusmängden är även prediktiv för risken för överföring av HIV, och randomiserade kontrollerade kliniska försök har fastställt att tidig påbörjan av ART med hämmande av virusmängden minskar HIV-överföringen med 96 %. 4 Princip för HIV-1-testning Det finns för närvarande ett stort antal antiretrovirala läkemedel som är inriktade på virusproteaset, integraset, höljet och det omvända transkriptaset. Genotypiska analyser av virus av olika klader har uppvisat naturligt förekommande och läkemedelsinducerade nukleotidförändringar, polymorfismer och sekundära mutationer inom regionerna för omvänt transkriptas, integras och proteas för HIV-1-polgenen. Resistenstestning har blivit ett viktigt diagnostiskt verktyg vid hantering av HIV-1-infektioner och påbörjas när en patients virusmängd har ökat till en nivå som kan detekteras med sekvenseringsanalys. Viktigast av allt är att övervakning av virusmängd har visats minska risken för läkemedelsresistens, och det anses kliniskt vara en övervakande indikator för aktiv virusreplikering som förebådar virusutvecklingen hos patienter som behandlas. 5,6 Ett flertal nationella och internationella riktlinjer rekommenderar därför att HIV-1- virusmängden ska mätas. 3,7-9 Doc. Rev. 2.0 4

Under ett antal år indikerade riktlinjerna att ett viktigt mål med behandlingen var hämmande av HIV-1-virusmängden till en nivå under detektionsgränsen för ett test (t.ex. 50 kopior/ml). År 2011 började riktlinjerna för HIV-behandling i USA indikera att resultat för virusmängd på upp till 200 kopior/ml hos patienter under ART-behandling eventuellt inte indikerade en misslyckad behandling. 3 Riktlinjerna i Europa rekommenderade fortsatt användning av 50 kopior/ml som tröskelvärde för att fastställa misslyckad behandling. 7 Vilket som är det korrekta tröskelvärdet har ännu inte fastställts i en omfattande klinisk undersökning. Skillnader i det lägre intervallet mellan olika tester av virusmängd kan leda till viktiga skillnader i den kliniska tolkningen av resultaten för virusmängd vid övervakning av respons på behandling, 10,11 eftersom målet med behandlingen är hämmande av virus till en nivå där det är minst sannolikt att läkemedelsresistens uppstår. Förutom att övervaka respons på behandling rekommenderar riktlinjerna bedömning av virusmängden för att avgöra om en patient vars cellräkning för CD4+ är > 500 celler/mm 3 (virusmängd > 100 000 kopior/ml) ska påbörja ART, och för att säkerställa att sekvensering för läkemedelsresistens lyckas hos aktuella patienter (patienter med en virusmängd > 1 000 kopior/ml eller en suboptimal virusmängdsrespons på ART). Bedömning av virusmängden ska utföras prenatalt för att fastställa om förlossning med kejsarsnitt behövs för att förhindra att HIV-infektion överförs från modern till barnet (för gravida kvinnor med en virusmängd på > 1 000 kopior/ml). Förklaring av testet cobas HIV-1 är ett kvantitativt nukleinsyratest som utförs på cobas 4800-systemet. cobas HIV-1 möjliggör detektion och kvantifiering av HIV RNA i EDTA-plasma hos infekterade patienter. Två prober används till att detektera och kvantifiera men inte diskriminera grupp M-, N- och O-subtyperna. Virusmängden kvantifieras mot en icke-hiv armored RNA-kvantifieringsstandard (RNA QS) som tillsätts i varje prov under provbearbetningen. RNA QS fungerar som en intern kontroll för övervakning av hela provberednings- och PCR-amplifieringsprocessen. Dessutom används tre externa kontroller i testet: en positiv med hög titer, en positiv med låg titer och en negativ kontroll. Användningsprinciper cobas HIV-1 är baserat på helt automatisk provberedning (extraktion och rening av nukleinsyra) följt av PCRamplifiering och detektion. cobas 4800-systemet består av instrumentet cobas x 480 för provberedning och analysinstrumentet cobas z 480 för realtids-pcr. Automatisk datahantering utförs av cobas 4800-programmet som tilldelar testresultat för alla tester enligt följande: target not detected, < LLoQ (nedre kvantifieringsgräns), > ULoQ (övre kvantifieringsgräns) eller HIV RNA detekterat, ett värde i det linjära intervallet LLoQ x ULoQ. Resultaten kan visas direkt i systemfönstret, exporteras eller skrivas ut som en rapport. Nukleinsyror från patientprover, externa kontroller och RNA QS-molekyler extraheras samtidigt. Sammanfattningsvis frisätts virala nukleinsyror genom tillsats av proteinas och lyseringsreagens i provet. De frisatta nukleinsyrorna binder till kiselytan på de tillsatta magnetiska glaspartiklarna. Obundna substanser och föroreningar, till exempel denaturerade proteiner, cellrester och potentiella PCR-hämmare, tas bort med efterföljande tvättreagenssteg, och renade nukleinsyror elueras från de magnetiska glaspartiklarna med hjälp av elueringsbuffert vid förhöjd temperatur. Selektiv amplifiering av mål-nukleinsyror från provet uppnås genom användning av virussekvensspecifika forward- och reverse-primers som väljs från maximalt konserverade regioner i HIV-genomet. HIV-1 gag-genen och HIV-1 LTRregionen (dubbel target) amplifieras med cobas HIV-1. Selektiv amplifiering av RNA QS uppnås genom användning av sekvensspecifika forward- och reverse-primers som väljs för att inte ha någon homologi med HIV-genomet. Ett värmebeständigt DNA-polymerasenzym används för både reverse transcription och PCR-amplifiering. Mål- och RNA- QS-sekvenserna amplifieras samtidigt med hjälp av en universell PCR-amplifieringsprofil med fördefinierade temperatursteg och antal cykler. I master-mixen ingår deoxiuridintrifosfat (dutp) istället för deoxitymidintrifosfat (dttp), som inkorporerats i det nyligen syntetiserade DNA:t (amplikon). 12-14 Eventuellt kontaminerande amplikon från tidigare PCR-körningar elimineras med hjälp av AmpErase-enzymet (ingår i PCR-master-mixen) under det första termocyklingssteget. Nybildade amplikon elimineras dock inte eftersom AmpErase-enzymet inaktiveras när det utsätts för temperaturer över 55 C. Doc. Rev. 2.0 5

cobas HIV-1-master-mixen innehåller två detektionsprober som är specifika för HIV-1-målsekvenserna och en som är specifik för RNA QS. Proberna är märkta med målspecifika fluorescerande reporterfluorokromer som möjliggör samtidig detektion av HIV-1 och RNA QS i två olika detektionskanaler. 15,16 Fluorescenssignalerna för de intakta proberna hämmas av en quencherfluorokrom när de inte är bundna till målsekvensen. Under PCR-amplifieringssteget hybridiserar proberna specifikt till respektive mål på det enkelsträngade DNA:t, vilket resulterar i klyvning av proben genom 5'-till-3'- exonukleasaktiviteten i DNA-polymeraset, vilket i sin tur resulterar i separation av reporter- och quencherfluorokromen och gör att en fluorescenssignal genereras. För varje PCR-cykel genereras ökande mängder klyvda prober, och som en följd av detta ökar den sammanlagda signalen för reporterfluorokromen. Realtidsdetektion och urskiljning av PCRprodukter uppnås genom att mäta fluorescensen i de frisläppta reporterfluorokromerna för de virala målen respektive för RNA QS. Material och reagens Reagens Alla oöppnade reagens och kontroller ska förvaras enligt rekommendationerna i tabellen Förvaring och hantering av reagens. Kit Ingredienser i komponenter och reagens Kvantitet per kit Säkerhetssymbol och varning a MMX R1 N/A (cobas master mix-reagens 1) Manganacetat, kaliumhydroxid, < 0,1 % natriumazid 10 x 1,75 ml HIV-1 MMX R2 N/A (cobas HIV-1 master mix-reagens 2) cobas HIV-1 120 test (P/N: 06979599190) Tricinbuffert, kaliumacetat, 18 % dimetylsulfoxid, glycerol, < 0,1 % Tween 20, EDTA, < 0,12 % datp, dctp, dgtp, dutps, < 0,01 % HIV-primers, < 0,01 % forward- och reverse-primers för kvantifieringsstandard, < 0,01 % fluorescensmärkta oligonukleotidprober specifika för HIV och kvantifieringsstandarden, < 0,01 % oligonukleotid-aptamer, < 0,01 % Z05D DNA-polymeras (mikrobiellt), < 0,01 % AmpErase-enzym (uracil-nglykosylas) (mikrobiellt), < 0,1 % natriumazid 10 x 0,5 ml RNA QS (cobas RNA-kvantifieringsstandard) N/A Trisbuffert, < 0,05 % EDTA, < 0,001 % icke-hivrelaterad armored RNA-konstrukt som innehåller primer- och probspecifika sekvensregioner (ej infektiöst RNA i MS2-bakteriofag), < 0,1 % natriumazid 10 x 1,75 ml Doc. Rev. 2.0 6

Kit Ingredienser i komponenter och reagens Kvantitet per kit Säkerhetssymbol och varning a cobas HBV/HCV/HIV-1 Control Kit 10 set (P/N: 06979572190) HBV/HCV/HIV-1 L(+)C (cobas HBV/HCV/HIV-1 lågpositiv kontroll) < 0,001 % syntetiskt (armored) HIV-1 grupp M- RNA inkapslat i MS2-bakteriofagens skalprotein, < 0,001 % syntetiskt (plasmid) HBV DNA inkapslat i Lambda-bakteriofagens skalprotein, < 0,001 % syntetiskt (armored) HCV RNA inkapslat i MS2-bakteriofagens skalprotein, normal human plasma, icke-reaktiv enligt licensierade test för antikropp mot HIV 1/2, antikropp mot HCV, HBsAg, antikropp mot HBc; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA och HBV DNA icke detekterbart med PCR-metoder. 0,1 % ProClin 300 konserveringsmedel HBV/HCV/HIV-1 H(+)C (cobas HBV/HCV/HIV-1 högpositiv kontroll) < 0,001 % syntetiskt (armored) HIV-1 grupp M- RNA inkapslat i MS2-bakteriofagens skalprotein, < 0,001 % syntetiskt (plasmid) HBV DNA inkapslat i Lambda-bakteriofagens skalprotein, < 0,001 % syntetiskt (armored) HCV RNA inkapslat i MS2-bakteriofagens skalprotein, normal human plasma, icke-reaktiv enligt licensierade test för antikropp mot HIV 1/2, antikropp mot HCV, HBsAg, antikropp mot HBc; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA och HBV DNA icke detekterbart med PCR-metoder. 0,1 % ProClin 300 konserveringsmedel ( ) C (negativ kontroll 2 för cobas ) Normal human plasma, icke-reaktiv enligt licensierade test för antikropp mot HIV 1/2, antikropp mot HCV, HBsAg, antikropp mot HBc; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA och HBV DNA icke detekterbart med PCR-metoder. < 0,1 % ProClin 300 konserveringsmedel 10 x 0,75 ml 10 x 0,75 ml 10 x 0,75 ml Varning H317 Kan orsaka allergisk hudreaktion. P261 Undvik att inandas damm/rök/gaser/ dimma/ångor/sprej. P272 Nedstänkta arbetskläder får inte avlägsnas från arbetsplatsen. P280 Använd skyddshandskar. P333 + P313 Vid hudirritation eller utslag: Sök läkarhjälp. P362 + P364 Nedstänkta kläder tas av och tvättas innan de används igen. P501 Innehållet/behållaren lämnas till en godkänd avfallsanläggning. 55965-84-9 blandning av: 5-klor-2-metyl-4- isothiazolin-3-on [EC-nr 247-500-7] och 2- metyl-2h-isothiazol-3-on [EC-nr 220-239-6] (3:1) Doc. Rev. 2.0 7

Kit Ingredienser i komponenter och reagens Kvantitet per kit Säkerhetssymbol och varning a cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2 240 test (P/N: 06979513190) MGP 2 (cobas 4800 MGP-reagens 2) Magnetiska glaspartiklar, Trisbuffert, 0,1 % metyl-4 hydroxybensoat, < 0,1 % natriumazid EB 2 (cobas 4800 elueringsbuffert 2) Trisbuffert, 0,2 % metyl-4 hydroxybensoat 10 x 8 ml 10 x 17 ml N/A MGP 2 cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2 960 test (P/N: 06979521190) (cobas 4800 MGP-reagens 2) Magnetiska glaspartiklar, Trisbuffert, 0,1 % metyl-4 hydroxybensoat, < 0,1 % natriumazid EB 2 (cobas 4800 elueringsbuffert 2) Trisbuffert, 0,2 % metyl-4 hydroxybensoat 10 x 16 ml 10 x 17 ml cobas 4800 System Wash Buffer Kit 240 test (P/N: 05235863190) WB (Tvättbuffert för cobas 4800-systemet) Natriumcitrat-dihydrat, 0,05 % N-metylisotiazolon-HCl 10 x 55 ml N/A cobas 4800 System Wash Buffer Kit 960 test (P/N: 05235871190) WB (Tvättbuffert för cobas 4800-systemet) Natriumcitrat-dihydrat, 0,05 % N-metylisotiazolon-HCl 10 x 200 ml N/A cobas 4800 System Specimen Diluent 2 240 test (P/N: 06979556190) SD 2 Trisbuffert, 0,1 % metyl-4 hydroxybensoat, < 0,1 % natriumazid 10 x 8 ml N/A Doc. Rev. 2.0 8

Kit Ingredienser i komponenter och reagens Kvantitet per kit Säkerhetssymbol och varning a Fara P 2 (proteas 2 för cobas 4800) Trisbuffert, < 0,05 % EDTA, kalciumklorid, kalciumacetat, 8 % (vikt/volym) proteinas 10 x 1,0 ml H302+H332 Skadligt vid förtäring eller inandning. H315 Irriterar huden. H318 Orsakar allvarliga ögonskador. H334 Kan orsaka allergi- eller astmasymtom eller andningssvårigheter vid inandning. H412 Skadliga långtidseffekter för vattenlevande organismer. cobas 4800 System Lysis Kit 2 240 test (P/N: 06979530190) EUH032 Utvecklar mycket giftig gas vid kontakt med syra. P261 Undvik att inandas damm/rök/ gaser/dimma/ångor/sprej. P280 Använd skyddshandskar/ögonskydd/ ansiktsskydd. LYS 2 (lyseringsbuffert 2 för cobas 4800) 43 % (vikt/vikt) guanidintiocyanat, 5 % (vikt/volym) polydokanol, 2 % (vikt/volym) ditiotreitol, natriumdivätecitrat 10 x 27 ml P284: Använd andningsskydd. P305 + P351 + P338 + P310 VID KONTAKT MED ÖGONEN: Skölj försiktigt med vatten i flera minuter. Ta ur eventuella kontaktlinser om det går lätt. Fortsätt att skölja. Kontakta genast GIFTINFORMATIONSCENTRAL eller läkare. P342 + P311 Vid besvär i luftvägarna: Kontakta GIFTINFORMATIONS- CENTRALEN/läkare. P362 + P364 Nedstänkta kläder tas av och tvättas innan de används igen. Doc. Rev. 2.0 9

Kit Ingredienser i komponenter och reagens Kvantitet per kit Säkerhetssymbol och varning a cobas 4800 System Lysis Kit 2 960 test (P/N: 06979548190) P 2 (proteas 2 för cobas 4800) Trisbuffert, < 0,05 % EDTA, kalciumklorid, kalciumacetat, 8 % (vikt/volym) proteinas LYS 2 (lyseringsbuffert 2 för cobas 4800) 43 % (vikt/vikt) guanidintiocyanat, 5 % (vikt/volym) polydokanol, 2 % (vikt/volym) ditiotreitol, natriumdivätecitrat a Produktsäkerhetsmärkningen följer huvudsakligen EU:s GHS-system 10 x 1,0 ml 10 x 84 ml Fara H302+H332 Skadligt vid förtäring eller inandning. H315 Irriterar huden. H318 Orsakar allvarliga ögonskador. H334 Kan orsaka allergi- eller astmasymtom eller andningssvårigheter vid inandning. H412 Skadliga långtidseffekter för vattenlevande organismer. EUH032 Utvecklar mycket giftig gas vid kontakt med syra. P261 Undvik att inandas damm/rök/ gaser/dimma/ångor/sprej. P280 Använd skyddshandskar/ögonskydd/ ansiktsskydd. P284: Använd andningsskydd. P305 + P351 + P338 + P310 VID KONTAKT MED ÖGONEN: Skölj försiktigt med vatten i flera minuter. Ta ur eventuella kontaktlinser om det går lätt. Fortsätt att skölja. Kontakta genast GIFTINFORMATIONSCENTRAL eller läkare. P342 + P311 Vid besvär i luftvägarna: Kontakta GIFTINFORMATIONS- CENTRALEN/läkare. P362 + P364 Nedstänkta kläder tas av och tvättas innan de används igen. Doc. Rev. 2.0 10

Förvaring och hantering av reagens Reagens Förvaringstemperatur Förvaringstid cobas HIV-1 2 8 C Hållbart till det angivna utgångsdatumet. cobas HBV/HCV/HIV-1 Control Kit 2 8 C Hållbart till det angivna utgångsdatumet. cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2 2 8 C Hållbart till det angivna utgångsdatumet. cobas 4800 System Wash Buffer Kit 15-25 C Hållbart till det angivna utgångsdatumet. cobas 4800 System Specimen Diluent 2 2 8 C Hållbart till det angivna utgångsdatumet. cobas 4800 System Lysis Kit 2 2 8 C Hållbart till det angivna utgångsdatumet. Frys inte reagens. Extramaterial som behövs Material P/N Extraktionsplatta (djupbrunn) 2,0 ml till cobas 4800-systemet 06884008001 AD-platta (mikrotiter) 0,3 ml till cobas 4800-systemet 05232724001 Skyddsfilmapplikator 04900383001 CORE-spetsar, 1000 µl, rack med 96 04639642001 200 ml-reagensbehållare 05232759001 50 ml-reagensbehållare 05232732001 Rack med 24 positioner 04639502001 Rack med 32 positioner 04639529001 Påse för fast avfall 05530873001 (liten) eller 04691989001 (stor) Hamilton STAR avfallsnedkast 04639669001 Engångshandskar, puderfria Alla puderfria engångshandskar är godkända. Vortexmixer (ett rör) Alla typer av vortexmixer är godkända. Centrifug försedd med en swing bucket-rotor med RCF på minst 1 500 Alla lämpliga centrifuger är godkända. Kontakta din Roche-representant om du vill ha mer information om material som säljs separat. Doc. Rev. 2.0 11

Instrument och programvara som behövs men som inte medföljer Instrument och programvara som behövs men som inte medföljer cobas 4800-systemet Instrumentet cobas x 480 Analysinstrumentet cobas z 480 Kontrollenhet Applikationsprogrammet (Core) version 2.1.0 eller högre till cobas 4800-systemet cobas HIV-1 AP v1.0.0 eller högre till cobas 4800-systemet I användarhandboken till cobas 4800-systemet, programversion 2.1 eller högre för cobas HIV-1 för användning på cobas 4800-systemet (kallas fortsättningsvis för användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1) finns mer information om primär- och sekundärrör som kan användas på instrumenten. Obs! Kontakta Roche kundsupport om du vill ha en detaljerad beställningslista över provrack, spetsrack, reagensrack och plattrack som kan användas på instrumenten. Försiktighetsåtgärder och information om hantering Varningar och säkerhetsåtgärder Liksom för alla testmetoder är det mycket viktigt att använda god laboratoriesed för att denna analys ska fungera korrekt. Med hänsyn till testets höga analytiska känslighet är noggrannhet nödvändig så att reagens-, prov- och amplifieringsblandningarna hålls rena. Endast för in vitro-diagnostisk användning. cobas HIV-1 har inte utvärderats för användning som ett screeningtest för förekomst av HIV-1 i blod eller blodprodukter. Alla patientprover ska hanteras som smittbärande material i enlighet med säkra laboratorierutiner som beskrivs i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories och i CLSI-dokumentet M29-A4. 17,18 Endast personal som har erfarenhet av att hantera smittbärande material och att använda cobas HIV-1 och cobas 4800-systemet får utföra denna procedur. Allt material av humant ursprung ska betraktas som potentiellt smittbärande och hanteras enligt allmänna säkerhetsföreskrifter. cobas HBV/HCV/HIV-1 Control Kit innehåller plasma som härstammar från humant blod. Källmaterialet har testats med ett licensierat antikroppstest och befunnits icke-reaktivt för förekomst av antikropp mot HCV, antikropp mot HIV-1/2, antikropp mot HBsAg och antikropp mot HBc. Testning med PCR-metoder visade inte något detekterbart HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA och HBV DNA. Det finns inga testmetoder som garanterar att produkter från humant blod inte kan överföra smitta. Se till att MGP inte exponeras för magnetiska fält. Frys inte helblod eller prover som sparas i primärrör. Använd endast de förbrukningsartiklar som medföljer eller efterfrågas för att säkerställa optimal testprestanda. Säkerhetsdatablad (SDS) erhålls på begäran från er Roche-representant. Följ noga de rutiner och riktlinjer som medföljer för att säkerställa att testet utförs korrekt. Avvikelse från rutinerna och riktlinjerna kan göra att testets prestanda inte blir optimal. Falskt positiva resultat kan förekomma om kontrollen av carryover mellan prover är otillräcklig vid provhantering och -bearbetning. Doc. Rev. 2.0 12

Obs! cobas HIV-1 Ytterligare varningar, försiktighetsåtgärder och procedurer för att minska kontaminationsrisken för instrumentet cobas x 480 eller analysinstrumentet cobas z 480 finns i användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1. Om du misstänker att kontamination förekommer ska du utföra rengöring och åtgärder för veckovis underhåll enligt beskrivningen i användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1 och i systemhandboken till cobas 4800-systemet. Utförliga instruktioner finns i Provtagning, transport och förvaring av prover. God laboratoriesed Pipettera inte med munnen. Ät, drick eller rök inte i laboratoriet. Tvätta händerna noga efter hantering av prover och kitets reagens, och efter att du har tagit av dig handskarna. Använd engångshandskar, laboratorierock och skyddsglasögon vid hantering av reagens. Undvik att reagensen kommer i kontakt med hud, ögon och slemhinnor. Tvätta omedelbart med stora mängder vatten vid eventuell kontakt. Brännskador kan annars uppstå. Om spill förekommer, späd med vatten innan spillet torkas upp. Rengör och desinficera noga alla arbetsytor i laboratoriet med en nyberedd lösning bestående av 0,5 % natriumhypoklorit i destillerat eller avjoniserat vatten (hushållsblekmedel utspätt 1:10). Torka därefter av ytan med 70-procentig etanol. Reagenshantering Hantera alla reagens, kontroller och prover enligt god laboratoriesed för att förhindra carryover mellan prover eller kontroller. Kontrollera varje reagensflaska och -behållare före användning och försäkra dig om att det inte finns tecken på läckage. Använd inte material om det finns tecken på läckage. cobas 4800-lyseringsbuffert 2 innehåller guanidintiocyanat, en potentiellt farlig kemikalie. Undvik att reagens kommer i kontakt med hud, ögon och slemhinnor. Tvätta omedelbart med rikliga mängder vatten vid eventuell kontakt. Brännskador kan annars uppstå. cobas HIV-1, cobas 4800 Sample Preparation Kit 2 och Specimen Diluent 2 för cobas 4800-systemet innehåller natriumazid som konserveringsmedel. Undvik att reagens kommer i kontakt med hud, ögon och slemhinnor. Tvätta omedelbart med rikliga mängder vatten vid eventuell kontakt. Brännskador kan annars uppstå. Vid spill av dessa reagens, späd med vatten innan spillet torkas upp. Låt inte cobas 4800-lyseringsbuffert 2, som innehåller guanidintiocyanat, komma i kontakt med natriumhypokloritlösning (blekmedel). Denna blandning kan bilda en mycket giftig gas. Kontamination Handskar ska användas och måste bytas mellan hantering av prover och cobas HIV-1-reagens för att undvika kontamination. Undvik att förorena handskarna när du hanterar prover och kontroller. Använd laboratoriehandskar, laboratorierock och ögonskydd när du hanterar prover och kitets reagens. Undvik mikrobiell kontamination och ribonukleaskontamination av reagens. Falskt positiva resultat kan förekomma om carryover mellan prover inte förhindras vid provhantering. Doc. Rev. 2.0 13

Integritet Använd inte kit efter utgångsdatum. Blanda inte reagens. Använd inte engångsartiklar efter utgångsdatum. Alla engångsartiklar är avsedda att användas en gång. Återanvänd dem inte. All utrustning ska hanteras enligt tillverkarens instruktioner. Avfallshantering cobas HIV-1, cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2 och System Specimen Diluent 2 för cobas 4800- systemet innehåller natriumazid (se Varningar och försiktighetsåtgärder ). Natriumazid kan reagera med blyeller kopparrör och bilda mycket explosiva metallazider. Förhindra aziduppbyggnad genom att spola med mycket kallt vatten om lösningar som innehåller natriumazid hälls ut i avloppet. Obs! Kassera oanvända reagens och avfall enligt gällande nationella, regionala och lokala föreskrifter. Information om hantering av vätskeavfall finns i motsvarande systemhandbok till cobas 4800-systemet. Spill och rengöring cobas 4800-lyseringsbuffert 2 innehåller guanidintiocyanat. Utspilld vätska som innehåller guanidintiocyanat torkas upp med lämplig laboratoriedetergent och vatten. Om den utspillda vätskan innehåller potentiellt smittbärande agenser ska det aktuella området FÖRST rengöras med laboratoriedetergent och vatten, och därefter med 0,5 % natriumhypoklorit. Om spill förekommer på instrumentet cobas x 480 ska anvisningarna i motsvarande systemhandbok till cobas 4800-systemet följas vid rengöringen. Använd inte natriumhypokloritlösning (blekmedel) vid rengöring av instrumentet cobas x 480 eller analysinstrumentet cobas z 480. Rengör instrumentet cobas x 480 eller analysinstrumentet cobas z 480 enligt anvisningarna i motsvarande systemhandbok till cobas 4800-systemet. Provtagning, transport och förvaring av prover Obs! Hantera alla prover som potentiellt smittbärande. Förvara alla prover vid de angivna temperaturerna. Provernas hållbarhet påverkas vid förhöjda temperaturer. Om du använder frusna prover i sekundärrör placerar du proverna i rumstemperatur (15 30 C) tills de är helt tinade, och sedan blandar du dem en kort stund (t.ex. genom att vortexa 3 5 sekunder) och centrifugerar dem för att samla hela provvolymen i botten av röret. Provtagning Blod ska samlas upp i BD Vacutainer PPT -plasmapreparationsrör för molekylärdiagnostiska testmetoder eller i sterila rör med EDTA som antikoagulant. Obs! Användaren måste följa provrörstillverkarens instruktioner vid serum-/plasmapreparation. Doc. Rev. 2.0 14

Förvaring och stabilitet för prover under transport Helblod som samlats in i BD Vacutainer PPT -plasmapreparationsrör för molekylärdiagnostiska testmetoder eller i sterila rör med EDTA som antikoagulant kan förvaras och/eller transporteras i upp till 24 timmar i 2 C till 25 C innan plasmapreparation och efterföljande testning. Plasmaprover kan förvaras i sekundärrör i upp till 24 timmar i 2 C till 30 C, upp till 72 timmar i 2 C till 8 C eller upp till 6 veckor i 18 C. Separerade plasmaprover i sekundärrör är hållbara i upp till tre frys/tiningscykler om de fryses i 18 C. Om prover ska transporteras ska de förpackas och etiketteras i enlighet med nationella och/eller internationella föreskrifter för transport av prover och etiologiska agens. Bruksanvisning Körning av testet Provbearbetningsvolym Standard-provbearbetningsvolymen för cobas HIV-1 är 400 µl. För prover med låg volym kan en provbearbetningsvolym på 200 µl väljas. Det är endast i detta fall som Specimen Diluent 2 för cobas 4800-systemet måste tillsättas som ett ytterligare reagens i systemet. Användaren uppmanas att göra detta av programguiden om provtypen Diluted Plasma valdes när arbetsbeställningen skapades. Arbetsflöde Bild 1: Arbetsflöde för cobas HIV-1 1 Starta systemet 2 Utför underhåll av instrumentet 3 Ta ut prover och reagens från förvaringen 4 Starta körningen 5 Läs in parameterkorten 6 Ladda prover 7 Med LIS: bekräfta arbetsbeställning Utan LIS: skapa arbetsbeställning 8 Ladda förbrukningsartiklarna (djupbrunnsplatta, mikrotiterplatta, spetsrack) 9 Ladda reagens 10 Starta provpreparationen 11 Mata ut och förslut mikrotiterplattan 12 Ladda mikrotiterplattan i analysinstrumentet Obs! 13 Ta bort prover, använda reagens och djupbrunnsplattan 14 Granska resultat 15 Med LIS: skicka resultaten till LIS 16 Utför utmatning från analysinstrumentet Detaljerad information om användning finns i användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1. Doc. Rev. 2.0 15

Körningsstorlek Krav för körning av cobas HIV-1 är de minimiprovvolymer som anges i användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1. cobas 4800-systemet är utformat för att stödja fleranalyskörningar. De generiska provpreparationsreagensen (cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2, cobas 4800 System Lysis Kit 2 och cobas 4800 System Wash Buffer Kit) finns i två kitstorlekar, som var och en räcker till 10 körningar med upp till antingen 24 eller 96 prover (inklusive kontrollerna och proverna som ska köras). cobas HIV-1 finns i en kitstorlek som räcker för att testa upp till 120 (10 12) prover, inklusive kontroller och prover. En lågpositiv kontroll för HBV/HCV/HIV-1, en högpositiv kontroll för HBV/HCV/HIV-1 och en negativ kontroll måste användas för varje testomgång. Maximalt 93 prover och 3 kontroller är tillåtna i en och samma testkörning. En detaljerad beskrivning av testproceduren finns i användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1. Proceduren sammanfattas i Bild 1. Obs! Arbetsflöde För optimal användning av reagens kan de generiska provpreparationsreagensen användas för en körning som innehåller 1 21 prover (storlek på testkit 10 24) eller 1 93 prover (storlek på testkit 10 96). Olika kitstorlekar på cobas 4800 System Wash Buffer Kit, cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2 och cobas 4800 System Lysis Kit 2 kan dock inte kombineras. Om till exempel en reagensflaska med tvättbuffert för 96 test skannas när körningen startar måste reagens med storlek för 96 tester från de andra provpreparationskiten också användas. cobas HIV-1 utförs med det fullständiga arbetsflödet i cobas 4800-programmet. Det består av provpreparation i instrumentet cobas x 480 följt av amplifiering/detektion i analysinstrumentet cobas z 480. Körningen kan vara enbart HIV-1, eller i ett fleranalysformat med tester som har samma process för automatisk provextraktion och samma PCRprofil för amplifiering och detektion. Programmet visar tester som är kompatibla för fleranalyskörningar med cobas HIV-1 vid steget för val av test. Mer information finns i användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1. Obs! 1. Utför systemstart och underhåll genom att följa anvisningarna i avsnittet Utföra underhåll av instrumentet i systemhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1. 2. Ta fram alla reagens och förbrukningsartiklar som behövs. Alla reagens utom HIV-1 MMX R2 och MMX R1 ska ha rumstemperatur innan de laddas i instrumentet cobas x 480. Reagensen HIV-1 MMX R2 och MMX R1 kan tas direkt från förvaring i 2 8 C eftersom de hinner ekvilibreras till rumstemperatur i instrumentet cobas x 480 innan de används i processen. Alla reagens och reagensbehållare har streckkod och är avsedda för engångsbruk. cobas 4800-programmet registrerar användningen av reagens och reagensbehållare och matar ut tidigare använda reagens eller reagensbehållare. 3. Starta en ny körning och välj arbetsflödestypen HIV-1. En arbetsbeställning kan skapas på tre sätt: Genom att använda provredigeraren innan provracket laddas i instrumentet cobas x 480 (knappen Editor till höger i huvudmenyn). Arbetsbeställningar kan sparas, redigeras och matas in igen om det behövs. Genom att följa programguiden för den nya körningen och ladda proverna på instrumentet cobas x 480 vid uppmaning. Provernas streckkoder skannas automatiskt och de begärda resultaten för varje prov måste definieras. Genom att använda LIS-systemet på din arbetsplats. Mer information finns i användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1. Markera HIV-1 när du väljer de begärda resultaten. 4. Ladda proverna och definiera/välj arbetsbeställning eller använd LIS. Minsta provvolym beror på rörtyp och -storlek. Mer information finns i användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1. Doc. Rev. 2.0 16

Obs! Obs! Obs! cobas HIV-1 5. Följ programguiden och ladda förbrukningsartiklarna. Ladda inte och ta inte heller bort enskilda spetsar i ett delvis använt spetsrack, eftersom programmet registrerar antalet kvarvarande spetsar. Om det inte finns tillräckligt många spetsar för att körningen ska kunna genomföras kommer programmet att varna användaren om detta. 6. Ladda provpreparationsreagensen i de streckkodsmärkta reagensbehållarna. Reagensbehållarna finns i två storlekar: 200 ml och 50 ml. Följ programguiden och välj rätt storlek på reagensbehållarna. Reagensbehållarnas streckkoder måste vara vända åt höger i reagensracket. Använd scan-scan-pour-place -metoden för att ladda provpreparationsreagensen: Skanna reagensflaskans streckkod. Skanna reagensbehållarens streckkod. Häll reagenset i behållaren. Placera den fyllda reagensbehållaren på avsedd plats i reagensracket. cobas 4800-systemet har en intern klocka som övervakar den tid som reagensen finns i instrumentet. Efter att LYS 2 eller WB har skannats har man 1 timme på sig att utföra laddningen och klicka på Start -knappen. Ett tidur visas som räknar ned tiden på fliken Workplace. Systemet tillåter inte att körningen startar om tiden som reagensen finns i instrumentet har gått ut. Säkerställ noggrann överföring av MGP genom att vortexa eller kraftigt skaka MGP-flaskan omedelbart före dispensering i reagensbehållaren. 7. Ladda flaskor med amplifierings-/detektionsreagens (HIV-1 MMX R2, MMX R1 och RNA QS), kontrollflaskor [HBV/HCV/HIV-1 L(+)C, HBV/HCV/HIV-1 H(+)C och ( ) C] och flaskor med generiskt reagens (P2 och SD2 efter behov) direkt i reagensracket. För att förhindra onödiga avbrott i körningen samt kontamination måste du försiktigt knacka reagensröret mot bordet för att undvika vätskedroppar/vätskefilm på kanten, och du måste även byta handskar efter hantering av positiva kontroller. 8. Efter att provpreparationskörningen slutförts blir knapparna Sample Preparation results och Unload tillgängliga. Välj knappen Sample Preparation results om du vill granska resultaten och välj sedan Unload för att mata ut plattracken. Alternativt kan du välja Unload för att mata ut plattracket utan att granska resultaten. Se användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1. 9. Följ anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1 för att försluta mikrotiterplattan, transportera plattan till analysinstrumentet cobas z 480 och starta amplifierings- och detektionskörningen. cobas 4800-systemet har en intern klocka som övervakar tiden efter tillsats av de preparerade proverna till aktiverad master mix. Amplifiering och detektion ska startas så snart som möjligt men senast 40 minuter efter att körningen i instrumentet cobas x 480 avslutats. Ett tidur visas som räknar ned tiden på fliken Workplace. Systemet avbryter körningen om tiden har gått ut. 10. När amplifierings- och detektionskörningen är klar ska mikrotiterplattan matas ut från analysinstrumentet cobas z 480. 11. Följ anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1 för att granska och godkänna resultaten. Doc. Rev. 2.0 17

Resultat cobas 4800-systemet fastställer automatiskt HIV-1 RNA-koncentrationen för proverna och kontrollerna. HIV-1 RNAkoncentrationen uttrycks i kopior per milliliter (cp/ml) eller i internationella enheter per milliliter (IU/ml). Omvandlingsfaktorn för testet cobas HIV-1 är 0,6 cp/iu. Kvalitetskontroll och giltighet för resultaten En negativ kontroll ( ) C och två positiva kontroller, en lågpositiv kontroll HBV/HCV/HIV-1 L(+)C och en högpositiv kontroll HBV/HCV/HIV-1 H(+)C bearbetas i varje provomgång. Kontrollera giltigheten för provomgången i cobas 4800-programmet och/eller i rapporten. Ogiltigförklarande av resultat utförs automatiskt av cobas 4800-programmet baserat på misslyckade negativa och positiva kontroller. Kontrollflaggor Tabell 1: Kontrollflaggor för negativa och positiva kontroller Negativ kontroll Flagg-id Resultat Betydelse ( ) C R4803, R4804 (Misslyckad kontrollbatch) Invalid Positiv kontroll Flagg-id Resultat Betydelse HBV/HCV/HIV-1 L(+)C HBV/HCV/HIV-1 H(+)C R4803, R4804 (Misslyckad kontrollbatch) R4803, R4804 (Misslyckad kontrollbatch) Invalid Invalid Ett ogiltigt resultat eller det beräknade titerresultatet för den negativa kontrollen är inte negativt. Om omgången är ogiltig måste du upprepa testningen av hela omgången inklusive prover och kontroller. Ett ogiltigt resultat eller det beräknade titerresultatet för den lågpositiva kontrollen ligger inte inom det tilldelade intervallet. Ett ogiltigt resultat eller det beräknade titerresultatet för den högpositiva kontrollen ligger inte inom det tilldelade intervallet. Doc. Rev. 2.0 18

Tolkning av resultat Obs! Obs! All analys- och omgångsvalidering bestäms av cobas 4800-programmet. En giltig omgång kan innehålla båda giltiga och ogiltiga provresultat. Om omgången är giltig tolkas provresultaten enligt Tabell 2. Tabell 2: Tolkning av resultat för enskilda mål cobas HIV-1 Target Not Detected < Titer Min Titer HIV RNA inte detekterat. Resultatrapport och tolkning Rapportera resultat som HIV not detected. Beräknad titer ligger under analysens nedre kvantifieringsgräns (LLoQ). Rapportera resultat som HIV detected, less than (Titer Min). Titer min = 2,00E+01 cp/ml och 3,33E+01 IU/ml (400 µl) Titer min = 6,00E+01 cp/ml och 1,00E+02 IU/ml (200 µl) Beräknad titer ligger inom analysens linjära intervall större än eller lika stor som Titer Min och mindre än eller lika stor som Titer Max. Rapportera resultat som (Titer) of HIV-1 detected. Beräknad titer ligger över analysens övre kvantifieringsgräns (ULoQ). Rapportera > Titer Max a resultat som HIV detected, greater than (Titer Max). Titer max = 1,00E+07 cp/ml och 1,67E+07 IU/ml (400 µl och 200 µl) a Provresultat > Titer Max hänvisar till HIV-1-positiva prover som detekterats med titrar över analysens övre kvantifieringsgräns (ULoQ). Om ett kvantitativt resultat önskas ska det ursprungliga provet spädas med HIV-1-negativ EDTA-plasma och testet upprepas. Multiplicera det rapporterade resultatet med spädningsfaktorn. Doc. Rev. 2.0 19

Testets begränsningar 1. cobas HIV-1 har endast validerats för användning tillsammans med cobas HBV/HCV/HIV-1 Control Kit, cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2, cobas 4800 System Lysis Kit 2, cobas 4800 System Wash Buffer Kit och cobas 4800 System Specimen Diluent 2. 2. Resultatens tillförlitlighet förutsätter rätt provtagning, transport, förvaring och behandling av prover. Följ instruktionerna i bruksanvisningen (kallas även bipacksedel) och i motsvarande användarhandbok till cobas 4800- systemet för cobas HIV-1. 3. Detta test har endast validerats för användning med EDTA-plasma. Testning av andra provtyper kan resultera i felaktiga resultat. 4. Kvantifiering av HIV-1 RNA är beroende av antalet viruspartiklar i provet och kan påverkas av provtagningsmetoder, patientfaktorer (dvs. ålder, förekomst av symptom) och/eller infektionsstadium. 5. I sällsynta fall kan mutationer inom de maximalt konserverade regionerna på ett virusgenom som täcks in av cobas HIV-1 påverka primer- och/eller probbindning, vilket resulterar i för låg kvantifiering av virus eller misslyckad detektering av förekomst av virus. 6. Det prediktiva värdet för en analys beror på sjukdomens prevalens i en viss population. 7. Tillsats av AmpErase-enzym i cobas HIV-1-master mix möjliggör selektiv amplifiering av mål-nukleinsyra. Kontamination av reagens och av amplifieringsblandningarna kan dock endast undvikas om god laboratoriesed tillämpas och om de procedurer som beskrivs i den här bruksanvisningen följs noga. 8. Produkten får endast användas av personal med utbildning i PCR-teknik och användning av cobas 4800-systemet. 9. Endast instrumentet cobas x 480 och analysinstrumentet cobas z 480 har validerats för att användas tillsammans med denna produkt. Inga andra provpreparationsinstrument eller PCR-system kan användas med denna produkt. 10. På grund av inneboende skillnader mellan metoder rekommenderas användaren, innan en metod byts ut mot en annan, att genomföra metodkorrelationsanalyser i laboratoriet för att bestämma skillnaderna mellan metoderna. Användarna ska följa sina egna specifika regler och procedurer. 11. Korskontamination kan orsaka falskt positiva resultat. Procenttalet för korskontamination mellan prover för cobas HIV-1 har fastställts till 0,0 % i en icke-klinisk studie. Korskontamination mellan körningar har inte observerats. 12. cobas HIV-1 är inte avsett för användning som ett screeningtest för förekomst av HIV-1 i blod eller blodprodukter. Doc. Rev. 2.0 20

Icke-klinisk egenskapsutvärdering Viktiga egenskaper Detektionsgräns (LoD) WHO:s internationella standard Detektionsgränsen för cobas HIV-1 fastställdes genom analys av seriella spädningar av WHO:s andra internationella standard för HIV-1 RNA grupp M subtyp B för NAT-testning (Nucleic Acid Amplification Technology) erhållet från NIBSC, i HIV-negativ EDTA-plasma med provbearbetningsvolymer på 400 µl och 200 µl. Paneler med sex koncentrationsnivåer plus ett negativt prov testades med tre loter av cobas HIV-1-reagens under flera körningar och dagar och med olika användare och instrument. Resultaten för EDTA-plasma från båda provbearbetningsvolymerna visas i Tabell 3 och Tabell 4. Studien visar att cobas HIV-1 detekterade HIV-1 RNA med en träffsannolikhet på 95 %, fastställt med PROBIT-analys, vid en koncentration på 14,2 cp/ml (23,7 IU/ml) för provbearbetningsvolymen 400 µl och vid en koncentration på 43,9 cp/ml (73,4 IU/ml) för provbearbetningsvolymen 200 µl. Tabell 3: Detektionsgräns i EDTA-plasma (400 µl) Input-koncentration för titer (HIV-1 RNA cp/ml) Input-koncentration för titer (HIV-1 RNA IU/ml) Antal giltiga replikat Antal positiva Träffsannolikhet 60,0 100,0 252 252 100,0 % 30,0 50,0 251 251 100,0 % 20,0 33,3 252 247 98,0 % 10,0 16,7 252 227 90,1 % 5,0 8,3 252 160 63,5 % 2,0 3,3 252 86 34,1 % 0,0 0,0 71 0 0,0 % Detektionsgräns genom PROBIT vid 95 % träffsannolikhet 14,2 cp/ml; 95-procentigt konfidensintervall: 12,5-16,6 cp/ml 23,7 IU/ml; 95-procentigt konfidensintervall: 20,8-27,7 IU/ml Tabell 4: Detektionsgräns i EDTA-plasma (200 µl) Input-koncentration för titer (HIV-1 RNA cp/ml) Input-koncentration för titer (HIV-1 RNA IU/ml) Antal giltiga replikat Antal positiva Träffsannolikhet 100,0 166,7 251 251 100,0 % 60,0 100,0 251 249 99,2 % 30,0 50,0 251 227 90,4 % 15,0 25,0 250 172 68,8 % 7,0 11,7 250 110 44,0 % 3,5 5,8 250 83 33,2 % 0,0 0,0 68 0 0,0 % Detektionsgräns genom PROBIT vid 95 % träffsannolikhet 43,9 cp/ml; 95-procentigt konfidensintervall: 37,7-52,7 cp/ml 73,4 IU/ml; 95-procentigt konfidensintervall: 62,9-88,1 IU/ml Doc. Rev. 2.0 21

Linjärt intervall Linjäriteten för cobas HIV-1 fastställdes genom analys av en spädningsserie bestående av 12 panelprover (400 µl provbearbetningsvolym) och 11 panelprover (200 µl provbearbetningsvolym) med den dominerande HIV-1 grupp M subtyp B som täckte in analysens linjära intervall. Panelproverna preparerades från ett HIV-1 RNA-positivt cellodlingssupernatantprov med hög titer. Med provbearbetningsvolymen 400 µl var cobas HIV-1 linjärt från 20,0 cp/ml till 1,00E+07 cp/ml (33,3 IU/ml till 1,67E+07 IU/ml) och visade en maximal avvikelse från den bättre passande icke-linjära regressionen på mindre än ± 0,07 log 10 (se Bild 2). Över hela det linjära intervallet var noggrannheten för testet inom ± 0,18 log 10. Med provbearbetningsvolymen 200 µl var cobas HIV-1 linjärt från 60,0 cp/ml till 1,00E+07 cp/ml (100,0 IU/ml till 1,67E+07 IU/ml) och visade en maximal avvikelse från den bättre passande icke-linjära regressionen på mindre än ± 0,08 log 10 (se Bild 3). Över hela det linjära intervallet var noggrannheten för testet inom ± 0,19 log 10. Bild 2: Bestämning av linjärt intervall i EDTA-plasma (400 µl) Observerad log-titer [koncentrationsenheter] Observationer I det specificerade intervallet Regressionslinje Övre avvikelsegräns Nedre avvikelsegräns Tilldelad log-titer [koncentrationsenheter] Doc. Rev. 2.0 22

Bild 3: Bestämning av linjärt intervall i EDTA-plasma (200 µl) Observerad log-titer [koncentrationsenheter] Observationer I det specificerade intervallet Regressionslinje Kvadratisk modell Övre avvikelsegräns Nedre avvikelsegräns Tilldelad log-titer [koncentrationsenheter] Precision inom laboratoriet Precisionen för cobas HIV-1 bestämdes genom analys av seriella spädningar av ett HIV-1 högpositivt prov (grupp M subtyp B; odlat virus) i HIV-negativ EDTA-plasma. Sju spädningsnivåer (400 µl provbearbetningsvolym) och fem spädningsnivåer (200 µl provbearbetningsvolym) testades i 16 replikat för varje nivå och provbearbetningsvolym med tre loter av cobas HIV-1-reagens med tre instrument och fyra användare under 12 dagar. Resultaten visas i Tabell 5 och Tabell 6. cobas HIV-1 visade utmärkt precision för tre reagensloter som testades i ett koncentrationsintervall från 60,0 cp/ml till 2,00E+07 cp/ml med 400 µl provbearbetningsvolym och 1,00E+04 cp/ml till 2,00E+07 cp/ml med 200 µl provbearbetningsvolym. Tabell 5: Precision inom laboratoriet för cobas HIV-1 (EDTA-plasmaprover provbearbetningsvolym 400 µl)* Nominell koncentration (cp/ml) Tilldelad koncentration (cp/ml) Källmaterial EDTA-plasma Lot 1 Lot 2 Lot 3 Alla loter SD SD SD Poolad SD 2,0E+07 1,54E+07 Cellodling 0,05 0,05 0,04 0,05 1,0E+06 7,70E+05 Cellodling 0,05 0,05 0,05 0,05 1,0E+05 7,70E+04 Cellodling 0,05 0,05 0,05 0,05 1,0E+04 7,70E+03 Cellodling 0,04 0,06 0,07 0,06 1,0E+03 7,70E+02 Cellodling 0,09 0,10 0,07 0,09 4,0E+02 3,08E+02 Cellodling 0,08 0,10 0,09 0,09 6,0E+01 7,70E+01 Cellodling 0,18 0,24 0,15 0,19 * Titerdata anses ha fördelats log-normalt och analyseras efter omvandling enligt log 10. I kolumnerna för standardavvikelse (SD) visas totalvärdet för den log-omvandlade titern för var och en av de tre reagensloterna. Doc. Rev. 2.0 23

Tabell 6: Precision inom laboratoriet för cobas HIV-1 (EDTA-plasmaprover provbearbetningsvolym 200 µl)* Nominell koncentration (cp/ml) Tilldelad koncentration (cp/ml) Källmaterial EDTA-plasma Lot 1 Lot 2 Lot 3 Alla loter SD SD SD Poolad SD 2,0E+07 1,54E+07 Odlat virus 0,04 0,04 0,04 0,04 1,0E+07 7,70E+06 Odlat virus 0,04 0,04 0,04 0,04 1,0E+06 7,70E+05 Odlat virus 0,03 0,04 0,05 0,04 1,0E+05 7,70E+04 Odlat virus 0,04 0,05 0,03 0,04 1,0E+04 7,70E+03 Odlat virus 0,05 0,04 0,04 0,04 * Titerdata anses ha fördelats log-normalt och analyseras efter omvandling enligt log 10. I kolumnerna för standardavvikelse (SD) visas totalvärdet för den log-omvandlade titern för var och en av de tre reagensloterna. Verifiering av grupp/subtyp Prestandan för cobas HIV-1 på HIV-1 grupp M-subtyper, grupp O och grupp N utvärderades genom: Verifiering av detektionsgränsen för grupp M-subtyper, grupp O och grupp N Verifiering av linjäriteten för grupp M-subtyper, grupp O och grupp N Titertilldelning utfördes med hjälp av cobas HIV-1. Verifiering av detektionsgräns för grupp M-subtyper, grupp O och grupp N Odlade HIV-1-prover för HIV-1 M (A, C, D, F, G, H, CRF01_AE, CRF02_AG), HIV-1O och HIV-1N späddes i EDTAplasma till LoD-koncentrationen för den dominanta gruppen/subtypen (HIV-1 M subtyp B) baserat på LoD-analys med 95 % träffsannolikhet (20,0 cp/ml). Analys av träffsannolikheten utfördes med 42 replikat för varje grupp/subtyp. De här resultaten bekräftar att cobas HIV-1 detekterade HIV för HIV-1M (A, C, D, F, G, H, CRF01_AE, CRF02_AG), HIV-1 O och HIV-1N vid koncentrationen 20 cp/ml med ett övre ensidigt 95-procentigt konfidensintervall som var större än den förväntade träffsannolikheten på 95 %. Doc. Rev. 2.0 24

Tabell 7: LoD-verifiering av HIV-1 grupp M-subtyper, grupp O och grupp N i 400 µl EDTA-plasma Grupp Subtyp Antal positiva replikat Testad koncentration: 20,0 cp/ml Antal giltiga replikat Träffsannolikhet i % (övre ensidigt 95 % CI) M A 39 42 92,86 % (98,02 %) C 42 42 100 % (100 %) D 41 42 97,62 % (99,88 %) F 39 42 92,86 % (98,02 %) G 38 42 90,48 % (96,68 %) H 41 42 97,62 % (99,88 %) CRF01_AE 40 42 95,24 % (99,15 %) CRF02_AG 41 42 97,62 % (99,88 %) O 39 42 92,86 % (98,02 %) N 41 42 97,62 % (99,88 %) Verifiering av det linjära intervallet för grupp M-subtyper, grupp O och grupp N Spädningsserierna som användes i studien för verifiering av linjäritet för subtyper i cobas HIV-1 består av sju panelprover som täckte in det linjära intervallet. Panelproverna preparerades från HIV-1 RNA-positiva cellodlingssupernatantprover med hög titer för respektive grupp/subtyp. Det testade linjära intervallet för cobas HIV-1 sträckte sig från LLoQ (20,0 cp/ml för en provbearbetningsvolym om 400 µl) till ULoQ (1,0E+07 cp/ml) och inkluderade minst två medicinska beslutspunkter. Tolv replikat per nivå testades i EDTA-plasma. Det linjära intervallet för cobas HIV-1 verifierades för grupp M-subtyper, grupp O och grupp N. Den maximala avvikelsen mellan den linjära regressionen och den bättre passande icke-linjära regressionen var mindre än 0,12 log 10. Specificitet Specificiteten för cobas HIV-1 bestämdes genom analys av HIV-negativa EDTA-plasmaprover från individuella blodgivare. Här testades 614 enskilda EDTA-plasmaprover med tre loter av cobas HIV-1-reagensen. Alla prover testades negativt för HIV-1 RNA. I testpanelen var specificiteten för cobas HIV-1 100,0 % [den nedre gränsen för det ensidiga 95-procentiga konfidensintervallet (Clopper Pearson) var 99,5 %]. Analytisk specificitet Den analytiska specificiteten för cobas HIV-1 utvärderades genom att späda en panel med patogener med HIV RNA-positiv och HIV RNA-negativ EDTA-plasma (Tabell 8). Patogenerna tillsattes i negativ EDTA-plasma och testades med och utan HIV RNA. Inga av icke-hiv-patogenerna interfererade med testets prestanda. Negativa resultat erhölls med cobas HIV-1 för alla patogena prover utan HIV-1-mål och positiva resultat erhölls för alla patogena prover med HIV-1-mål. Dessutom var den genomsnittliga log 10-titern för vart och ett av de positiva HIV-1-proverna som innehöll potentiellt korsreagerande organismer inom ± 0,32 log 10 för den genomsnittliga log 10-titern för den respektive positiva spikade kontrollen. Doc. Rev. 2.0 25

Tabell 8: Patogener som testades för korsreaktivitet Virus Bakterier Svamp Adenovirus typ 5 Herpes simplex-virus typ 1 och 2 Propionibacterium acnes Candida albicans Cytomegalovirus Humant papillomavirus Staphylococcus aureus Dengue-virus typ 1, 2, 3 och 4 Influenza-virus A Epstein-Barr-virus Murray Valley-encefalitvirus FSME-virus (stam HYPR) St. Louis-encefalitvirus Hepatit A-virus Varicella-zoster-virus Hepatit B-virus Västra Nilen-virus Hepatit C-virus Gula febern-virus Humant T-cellymfotropvirus typ 1 och 2 Zika-virus Humant herpesvirus typ 6 Analytisk specificitet interfererande substanser Förhöjda nivåer av triglycerider (27,9 29,0 g/l), konjugerat bilirubin (0,18 0,22 g/l), okonjugerat bilirubin (0,19 0,2 g/l), albumin (57,8 60,6 g/l), hemoglobin (1,8 2,3 g/l) och humant DNA (2 mg/l) i proverna testades vid förekomst och avsaknad av HIV RNA. De testade substanserna visades inte interferera med testprestandan för cobas HIV-1. Dessutom testades förekomst av markörer för de autoimmuna sjukdomarna systemisk lupus erythematosus (SLE), reumatoid artrit (RA) och antinukleära antikroppar (ANA). Läkemedelsföreningarna som listas i Tabell 9 testades även vid tre gånger Cmax vid förekomst och avsaknad av HIV RNA. Alla potentiellt interfererande substanser har visats inte interferera med testets prestanda. Negativa resultat erhölls med cobas HIV-1 för alla prover utan HIV-mål och positiva resultat erhölls för alla prover med HIV-1-mål. Dessutom var den genomsnittliga log 10-titern för vart och ett av de positiva HIV-1-proverna som innehöll potentiellt interfererande substanser inom ± 0,20 log 10 för den genomsnittliga log 10-titern för den respektive positiva spikade kontrollen. Doc. Rev. 2.0 26

Tabell 9: Läkemedelsföreningar testade för interferens med kvantifiering av HIV RNA med cobas HIV-1 Läkemedelsgrupp Generiskt läkemedelsnamn Immunmodulatorer Peginterferon -2a Ribavirin HIV-inträdeshämmare Peginterferon -2b Maraviroc HIV-integrashämmare Elvitegravir/kobicistat Raltegravir Icke-nukleosid HIV reverse transkriptas-hämmare Efavirenz Etravirin Nevirapin Rilpivirin HIV-proteashämmare Atazanavir Nelfinavir Darunavir Fosamprenavir Lopinavir Ritonavir Sakvinavir Tipranavir HCV-proteashämmare Boceprevir Telaprevir Omvänt transkriptas- eller DNA polymeras-hämmare Simeprevir Abacavir Aciclovir Ganciklovir Lamivudin Föreningar för behandling av opportunistiska infektioner Adefovir dipivoxil Cidofovir Emtricitabin Entecavir Foskarnet Azitromycin Klaritromycin Etambutol Flukonazol Isoniazid Sofosbuvir Telbivudin Tenofovir Valganciclovir Zidovudin Pyrazinamid Rifabutin Rifampicin Sulfametoxazol Trimetoprim Metodkorrelation Egenskapsutvärdering av cobas HIV-1 jämfört med testet COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1, v2.0 Prestandan för cobas HIV-1 och testet COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 v2.0 (testet TaqMan HIV-1, v2.0) jämfördes genom analys av 243 EDTA-plasmaprover från patienter smittade med HIV-1. Proverna bestod av HIV-1 M (A D, F H, F/B, CRF01_AE, CRF02_AG) och HIV-1 O och testades i duplikat på en extern plats. Demings regressionsanalys utfördes med hänsyn tagen till log-omvandlade titrar. Resultaten för Demings regressionsanalys visas i Bild 4. Symbolen * i bilderna visar den separata bestämningen. Färgen representerar subtypen. Doc. Rev. 2.0 27

Bild 4: Regressionsanalys för cobas HIV-1 jämfört med testet TaqMan HIV-1 v2.0, EDTA-plasmaprover Subtyp Genomsnittlig log10-titer för cobas HIV-1 y = 1,06x + 0,05 R 2 = 0,98 Genomsnittlig log10-titer för testet COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 v2.0 Felfrekvens inom hela systemet Felfrekvensen inom hela systemet för cobas HIV-1 bestämdes genom att testa 100 replikat av EDTA-plasma spikat med HIV-1 grupp M subtyp B. De här proverna testades vid en målkoncentration på ungefär 3 x LoD. Resultaten i den här studien fastställde att samtliga replikat var giltiga och positiva för HIV-1-målet, vilket gav en felfrekvens inom hela systemet på 0,0 %. Det tvåsidiga 95-procentiga exakta konfidensintervallet var 0,0 % för den nedre gränsen och 3,6 % för den övre gränsen [0 %: 3,6 %]. Korskontamination Nivån för korskontamination för cobas HIV-1 bestämdes genom testning av 230 replikat av HIV-negativa EDTAplasmaprover och 235 replikat av ett HIV-1-prov med hög titer vid 1,9E+07 cp/ml. Sammanlagt fem körningar utfördes med positiva och negativa prover i en checkerboard-konfiguration. Samtliga 230 replikat av det negativa provet var negativa, vilket gav en korskontaminationsnivå på 0,0 % med ett ensidigt övre 95-procentigt konfidensintervall på 1,3 %. Doc. Rev. 2.0 28

Ytterligare information Viktiga analysegenskaper Provtyp EDTA-plasma Minsta mängd prov som krävs Se användarhandboken till cobas 4800-systemet för cobas HIV-1. Provbearbetningsvolym 400 µl eller 200 µl Analytisk sensitivitet Linjärt intervall 14,2 cp/ml (400 µl) 43,9 cp/ml (200 µl) 400 µl: 20,0 cp/ml 1,0E+07 cp/ml 200 µl: 60,0 cp/ml 1,0E+07 cp/ml Specificitet 100 % (ensidigt 95-procentigt konfidensintervall: 99,5 %) Detekterade genotyper HIV-1M (A D, F H, CRF01_AE, CRF02_AG), HIV-1O, HIV-1N Doc. Rev. 2.0 29

Symboler Följande symboler används vid märkning av Roche PCR diagnostiska produkter. Tabell 10: Symboler som används vid märkning av Roche PCR diagnostiska produkter Stödprogramvara Medicinteknisk produkt för in vitro-diagnostik Auktoriserad representant i Europeiska gemenskapen Lägre gräns för tilldelat intervall Streckkodsdatablad Tillverkare Lotnummer Förvaras mörkt Biologisk risk Innehåller tillräckligt med reagens för <n> analyser Katalognummer Temperaturgräns Se bruksanvisningen Testdefinitionsfil Utrustningen innehåller Övre gräns för tilldelat intervall Distribueras av Utgångsdatum Endast för IVD-egenskapsutvärdering GTIN-nummer Denna produkt uppfyller kraven enligt det Europeiska direktivet 98/79/EG om medicintekniska produkter för in vitro-diagnostik. Teknisk support för kunder i USA 1-800-526-1247 Doc. Rev. 2.0 30

Tillverkare och distributörer Tabell 11: Tillverkare och distributörer Tillverkad i USA Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Strasse 116 68305 Mannheim, Germany www.roche.com Roche Diagnostics (Schweiz) AG Roche Diagnostics Industriestrasse 7 201, Boulevard Armand-Frappier 6343 Rotkreuz, Switzerland H7V 4A2 Laval, Québec, Canada (For Technical Assistance call: Roche Diagnostics GmbH Pour toute assistance technique, Sandhofer Strasse 116 appeler le: 1-877-273-3433) 68305 Mannheim, Germany Roche Diagnostics Roche Diagnostics, SL 2, Avenue du Vercors Avda. Generalitat, 171-173 38240 Meylan, France E-08174 Sant Cugat del Vallès Barcelona, Spain Distributore in Italia: Roche Diagnostics S.p.A. Roche Diagnostica Brasil Ltda. Viale G. B. Stucchi 110 Av. Engenheiro Billings, 1729 20052 Monza, Milano, Italy Jaguaré, Building 10 05321-010 São Paulo, SP Brazil Distribuidor em Portugal: Roche Sistemas de Diagnósticos Lda. Estrada Nacional, 249-1 2720-413 Amadora, Portugal Varumärken och patent Se http://www.roche-diagnostics.us/patents Copyright 2016 Roche Molecular Systems, Inc. Doc. Rev. 2.0 31