Medicinsk mikrobiologi 7,5hp på A-nivå Målet med denna kurs är att ni studenter ska ha inhämtat grundläggande kunskaper i medicinsk mikrobiologi samt hygien Vi vill att ni efter denna kurs ska kunna: 1.) beskriva uppbyggnad och utseende hos medicinskt viktiga bakterier, virus, svampar och parasiter 2.) beskriva patogenes, sjukdomssymptom och kliniska mönster för sjukdomar orsakade av medicinskt viktiga bakterier, virus, svampar och parasiter 3.) beskriva epidemiologi, förekomst och smittspridning för sjukdomar orsakade av medicinskt viktiga bakterier, virus, svampar och parasiter. 4.) ange vanligt förekommande bakterier i några typer av prov från patienter ex blodprov, svalgprov och urinprov 5.) beskriva och visa förståelse för normalflorans betydelse samt skillnaden mellan normalflora och patogenflora 6.) ange skillnaderna mellan allmänna, selektiva och diagnostiska odlingsmedier 7.) ange olika typer av behandling av sjukdomar orsakade av medicinskt viktiga bakterier, virus, svampar och parasiter 8.) beskriva verkningsmekanismerna för olika typer av mediciner för behandling av sjukdomar orsakade av medicinskt viktiga bakterier, virus, svampar och parasiter 9.) beskriva principen för bestämning av bakteriestammars känslighet för visst antibiotikum med hjälp av diskdiffusion 10.) beskriva ett antal vanliga vårdrelaterade infektioner samt ange viktiga riktlinjer för infektionskontroll
MÅL - examination: 1.)-3.), 5.) 7.)-8.) examineras genom en skriftlig tentamen 4.),6.), 9.) examineras genom muntliggenomgång i samband med laborationerna 10.) examineras genom muntliggenomgång i samband med seminarium Kursens innehåll samt genomgånget mål som respektive föreläsning, laboration och seminarium tar upp: Introduktion 7.) behandling Allmän bakteriologi 1.) uppbyggnad och utseende 5.) normalflora och patogenflora Speciell bakteriologi 2.) patogenes, sjukdomssymptom 3.) epidemiologi, förekomst och smittspridning Antibiotika 8.) verkningsmekanismerna för olika typer av mediciner Laborationer: odling av bakterier från omgivning och normalflora. Gramfärgning och antibiotikakänslighetstest (diskdiffusion) för mer info se laborationshandledning. 4.) prov 6.) odlingsmedier 9.) diskdiffusion Seminarium i Hygien 10.) vårdrelaterade infektioner och infektionskontroll 3.) smittspridning Allmän Virologi 1.) uppbyggnad och utseende Speciell virologi 2.) patogenes, sjukdomssymptom3.) epidemiologi, förekomst och smittspridning Allmän mykologi 1.) uppbyggnad och utseende Speciell mykologi 2.) patogenes, sjukdomssymptom3.) förekomst Allmän parasitologi 1.) uppbyggnad och utseende Speciell parasitologi 2.) patogenes, sjukdomssymptom3.) förekomst Klinisk mikrobiologi 2.) patogenes, sjukdomssymptom och kliniska mönster 3.) epidemiologi, förekomst och smittspridning 7.) behandling
Kursens innehåll, ansvarig föreläsare, lab eller seminariehandledare, schemalagd tid och ungefärligt antal poäng respektive % på tentan: Introduktion AEr, 1h (2p=2%) Allmän bakteriologi AEr, 6h (12p=12%) +2p (2%) Speciell bakteriologi AEr, 8h (16p=16%) Antibiotika PÅL 4h (8p= 8%) Laborationer: odling av bakterier från omgivning och normalflora. Gramfärgning och antibiotikakänslighetstest (diskdiffusion) för mer info se laborationshandledning. AEr 8h Seminarium i Hygien BSa 4h Allmän Virologi AEr 6h (12p= 12%) Speciell virologi AEr 8h (16p= 16%) +4p (4%) Allmän mykologi Speciell mykologi Allmän parasitologi Speciell parasitologi TKj 4h (10p=10%) Klinisk mikrobiologi TKj 12h (18p=18%) Ann Erlandsson (AER), Per-Åke Lundberg (PÅL),Torbjörn Kjerstadius (TKj), Birgitta Sahlström (BSa)
Introduktion: Vilka stora generella likheter och skillnader finns mellan prokaryota celler (dvs bakterier), encelliga eukaryota celler (ex parasiter och svampar) och virus? (kap 1,3) Kan det finnas en koppling mellan verkningsmekanismer av olika behandlingar ( skumma själva kap 20, 49, 70 och 80 för mer detaljer) mot bakterier och de skillnader vi kan se mellan prokaryota celler (dvs bakterier), eukaryota celler, virus och den mänskliga kroppen? Kan det finnas en koppling mellan biverkningar av olika behandlingar mot bakterier och de likheter vi kan se mellan prokaryota celler (dvs bakterier), eukaryota celler, virus och den mänskliga kroppen? Bakterier (bakteriologi) Allmän bakteriologi: Vad ska jag kunna? -Bakteriecellens uppbyggnad (kap2); Arvsmassa (DNA, RNA, plasmid) Cytoplasma Cellmembranet Cellväggen Kapsel/slem Flagell Pili/fimbrie -Virulensfaktorer och exempel på deras koppling till patogenes, sjukdomssymptom och immunförsvar (kap 18) - kort förklara evolutions begreppet - hur bakterier kan öka sin genetiska variation (kap 3) - Normalflora och patogenflora - Opportunistiska infektioner intern/endogen smitta - Sporulering (kap2) - Mycket kort om bakteriell tillväxt och metabolism (kap 3) - Diagnostiska metoder; Odling inkl. gramfärgning, seroligi och PCR -bakterier i lika prov (anknytning till speciell bakteriologi) -odlingsmedier (lab kompendiet) -diskdiffusion (lab kompendiet)
Speciell bakteriologi: Vilka bakterier ska jag kunna? G+ kocker aeroba; -Saphylococcus aureus ( Staff aureus ) * Saphylococcus epidermidis ( Staff epi, normalflora hud, opportunist, endokardit sepsis) *Saphylococcus saprofyticus (normalflora tarm, opportunist UVI) -Streptococcus pyogenes, grupp A streptokock, GAS -Streptococcus agalactiae, grupp B streptokock, GBS -Streptococcus pneumoniae pneumokock * Streptococcus. grupp C och G streptokocker (hals infektion som GAS fast mildare, opportunistisk sepsis, meningit och pneumoni) * Enterokocker (tidigare grupp D, normalflora i tarm, vancomycin res. opportunist UVI, peritonit, endokardit, sår) G+ stavar aeroba; -Bacillus anthracis -Bacillus cereus -Listeria monocytogenes * Corynebacterium diphteriae (ingår i DTP vaccinet, difteritoxin se funktion kap 18 cellnekros) -Mycobacterium tuberculosis (obs! svagt G+) G+stav anaerob; -Clostridium botulinium -Clostridium tetani -Clostridium perfringens -Clostridium difficile G- kock-kockobacill aeroba; -Neisseria meningitidis Meningokock -Neisseria gonorrhoeae Gonokock G-stav aeroba; Stor familj Enterobacteriseae ; -Escherichia coli E.coli * Klebsiella pneumonie (opportunist UVI, pneumoni) * Proteus (opportunist UVI) * Enterobacter (opportunist UVI) -Salmonella typhi -Salmonella parathypi -Yersinia enterocoitica -Shigella dysenteriae G- böjd stav vibrio aeroba; -Vibrio kolera -Camphylobacter jejunii -Helicobacter pylori (mikroaerofil)
G-stav aeroba; *pseudomonas aeruginosa (opportunist UVI, infektion i liggsår och brännskador) -Haemophilus influensae (fakulatativt anaerob, subgrupper a-f, b=farligast ingår i vaccin) -Bordetella pertussis (benämns ibland som liten (kockoid)stav) *Boretella parapertussis (mildare variant av Bordetella pertussis) -Francicella tularense (benämns ibland som liten (kockoid)stav alt liten kockobacill) -Legionella pneumophilia G- sprioket, mikroaerophila svårodlade; -Treponema palladium - Borrelia Annorlunda cellvägg G- kock (små) aeroba; -Mycoplasma pneumonie ( mycoplasma den minsta kocken) *Mycoplasma genitalium (troligen genitalinfektion, uretrit) -Chlamydia trachomatis (strikt intracellulär) *Chlamyddophila pneumonie (strikt intracellulär, twar, pneumoni) * Vad ska jag kunna om dessa * 12 bakterier? 1.) Utseende (form, gramfärgning, syrebehov) 2.) det som står inom parentesen efter angiven bakterie - Vad ska jag kunna om dessa - 30 bakterier? 1.) Utseende (form, gramfärgning, syrebehov och om angivet på föreläsningen även växtsätt (hop, kedjor, par) 2.) De viktigaste virulensfaktorerna 3.) Kort om epidemiologi, förekomst och smittväg detta återkommer i den kliniska mikrobiologin, se nedan 4.) Kort om symptom, detta återkommer i den kliniska mikrobiologin, se nedan
Antibiotika Du ska kunna svar på följande frågor! 1. Vilket antibiotikum kopplar man till Alexander Flemming? 2. När kom streptomycinet i bruk och mot vilken sjukdom användes det? 3. Beskriv fyra basala mekanismer för hur antibiotika påverkar en bakteriecell! 4. Ett antibiotikum kan ha ett smalt spektrum eller ett brett spektrum. Förklara! 5. Ett antibiotikum kan ha baktericid eller bakteriostatisk effekt. Förklara! 6. Ett sätt att bestämma hur stor mängd antibiotika som ska ges för att bakterien ska dö eller sluta växa är att utgå från MIC-värdet. Förklara! 7. Betalaktamantibiotika binder till penicillinbindande proteiner. Vilken funktion har dessa i syntesen av bakteriens cellvägg och hur påverkar betalaktamantibiotika dessa proteiner? 8. Beskriv fenoximetylpenicillinets indikationer, verkningsmekanism, biverkningar och interaktioner! Välj Kåvepenin! 9. Vilka antibiotika hör till gruppen betalaktamantibiotika? 10. Cefalosporiner delas in i generationer. Förklara! 11. Beskriv cefalosporinernas indikationer! 12. Beskriv erytromycinets indikationer, verkningsmekanism, biverkningar och interaktioner! Välj Ery-Max! 13. Beskriv norfloxacinets indikationer, verkningsmekanism, biverkningar och interaktioner! Välj Lexinor! 14. Beskriv aminoglykosiden gentamycins indikationer, verkningsmekanism, biverkningar och interaktioner! Välj Garamycin! 15. Beskriv isoniazidens indikation, verkningsmekanism, biverkningar och interaktioner! Välj Tibinide! 16. Beskriv vankomycinets indikationer! Välj Vancocin! 2 17. Resistens mot antibiotika är ett stort problem i dag. Bakterien kan försvara sig mot antibiotika på många sätt. Beskriv fyra (4) olika mekanismer som bakterier kan använda sig av! 18. Vilket antibiotikum togs fram för att användas mot enbart stafylokocker? 19. Vilket antibiotikum kan ge emaljskador hos foster och barn som inte fått alla sina vuxentänder! 20. Trimetoprim används mot urinvägsinfektioner! Det inhiberar bakteriens bildning av folsyra. Varför påverkas inte människokroppens folsyrabildning av detta antibiotikum? 21. De flesta antivirala läkemedlen är nukleosidanaloger som inhiberar virala polymeraser. Hur fungerar aciklovir? 22. Vid behandling av HIV används kombinationer av antivirala läkemedel. Förklara varför! 23. Mot vilka mikroorganismer använder man läkemedel som kallas antimykotika? 24. Vilket antibiotikum ges vid infektion med Heliobacter pylori? 25. Beskriv ett antibiotikum, verkningsmekanism, biverkningar och interaktioner som används mot nagelsvamp! Välj Lamisil (tablett)!
Laborationer: dling av bakterier från omgivning och normalflora. Gramfärgning och antibiotikakänslighetstest (diskdiffusion) för mer info se laborationshandledning. Hygien seminarium: Vilka frågor ska jag bersvara? 1) Hur definieras termen vårdrelaterad infektion? 2) Vilka personer riskerar att drabbas av vårdrelaterade infektioner? 3) Förekomsten av vårdrelaterade infektioner brukar uttryckas som prevalens och incidens. Vad menas med prevalens och incidens i detta sammanhang? 4) Vårdrelaterade infektioner brukar delas in i endogena och exogena infektioner. Varifrån kommer mikroorganismerna som är orsak till dessa infektioner? 5) Vilka personer accepteras inte som blodgivare? 6) Färgmarkering förekommer i sjukvårdshygieniskt arbete. Vad betyder färgerna grönt, blått, rött och gult? 7) Vad är syftet med handhygien respektive handdesinfektion? 8) Vad är kohortvård? 9) Vad menas med begreppet kolonisering? 10) Vilket är smittskyddets mål enligt smittskyddslagen? 11) Vad menas med begreppet smittsamma sjukdomar? 12) Vad menas med begreppet allmänfarliga sjukdomar? 13) Vad menas med begreppet samhällsfarliga sjukdomar? 14) Vilka sjukdomar skall anmälas och vilka ska smittspåras? 3 15) Vilken skyldighet har den enskilde för att förebygga smittspridning? 16) Vad har socialstyrelsen för ansvar vad gäller smittskyddet? 17) Vilka är smittskyddsläkarens uppgifter? 18) Inom WHO bildades 2000 Global Alert and Response Network (GOARN). Varför bildades detta och hur genomför de sina uppgifter? 19) Vad är STRAMA och vilken avdelning sysslar med frågor som rör antibiotika? 20) Individuellt utformade förhållningsregler i syfte att hindra smittspridning för den som bär på eller misstänks bära på allmänfarlig sjukdom ska utformas. Vad får dessa förhållningsregler omfatta och hur presenteras de? 21) Den som bär på smitta eller misstänks bära på en allmänfarlig sjukdom får isoleras! Vad gäller? 22) Vilka åtgärder anges som nödvändiga vid placering av barn med hepatit och med HIV inom barnomsorg eller på skola? 23) Vilken myndighet får besluta om tvångsundersökning av en person och när är det aktuellt att göra det? 24) Vilka regler gäller vid provtagning för infektion av HIV angående sekretess? 25) Hur är smittskyddet organiserat i landstinget i Värmland? Beskriv personal, yrkestillhörighet, arbetsuppgifter och var de är lokaliserade. 26) Vad har Smittskyddsinstitutet för uppgifter? 27) Vad menar man med begreppet indexfall? 28) Vad menas med begreppet sentinelsystem? Ge exempel på ett sådant system i Sverige! 29) Vad menas med begreppet desinfektion? 30) Vad är det som desinficerar vid fysikalisk desinfektion?
31) Räkna upp minst fem (5) desinfektionsmedel som används på sjukhusen i Värmland och beskriv användningsområde. 32) Beskriv vilka åtgärder man ska vidta vid stickskada i vårdarbetet? 4 33) Vilka smittämnen är aktuella vid stickskada? 34) Beskriv några riskfaktorer för vårdrelaterad urinvägsinfektion! 35) Medicintekniska produkter som används inom hälso- och sjukvården indelas på grundval av risken för infektion som produkten kan orsaka vid det avsedda ingreppet/behandlingen - krav på mikrobiell renhet. a. Vilka huvudgrupper avseende mikrobiell renhet finns? b. När används dessa produkter? (ingrepp/behandling) 36) Hur kontrollerar man att en autoklav steriliserar gods men placerat i den? 37) Vid manuell hantering av föremål finns en korrekt arbetsordning. Placera följande i rätt ordning! a. Använda b. Sterilisera c. Rengöra d. Desinfektera e. Använda 38) Hur klassificeras farligt avfall? 39) Vad räknas som skärande/stickande avfall? 40) Vilken myndighet utövar tillsyn av vårt kommunala dricksvatten? 41) Vad innebär aseptisk teknik i vårdarbetet? 42) Vad innebär begreppet antiseptik? 43) Vad införde Semmelweiss före undersökning av patienter? 44) Varför kallas Joseph Lister för antiseptikens fader? 45) Grundläggande hygienrutiner för personal inom hälso- och sjukvården omfattar nedanstående områden. Beskriv kortfattat vad som gäller för varje område. a. Handhygien b. Handskar c. Arbetskläder d. Skyddsrock/förkläden e. Smycken, naglar och hår 5 46) Vad menas med begreppet barriärvård? 47) Vilka bakterier innefattas i MRB-handlingsprogrammet för Värmland? 48) Vilken målsättning har LIV utarbetat för att förhindra smittspridning med MRB? 49) Det finns ett nationellt handlingsprogram utarbetat för att tidigt upptäcka och förhindra spridning av MRB i svensk hälso-och sjukvård. Vilka organisationer har utarbetat detta? 50) Vilka rutiner gäller för personal som har magsjukdom med diarré? Kan de arbeta? Om inte, vad gäller då? 51) Vad är vaccination? 52) Vilka vaccinationer rekommenderar Socialstyrelsen i vaccinationsprogrammet för barn? 53) Vilka personer rekommenderas i första hand vaccinera sig mot influensa?
Virus(virologi) Allmän Virologi: Vad ska jag kunna? -definition av virus -klassificering av virus -Generell virus uppbyggnad -Nukleokapsidens olika former -Arvsmassa (DNA, RNA, enkel, dubbel, +, -) -DNA virus egenskaper -RNA virus egenskaper -Höljeförsedda virus egenskaper -Nakna virus egenskaper -Virusets tillväxt/replikationscykel, några exempel -Behandlingsprinciper - Några exempel på virus VAP (viral attachment proteion) - Några exempel på målcellers receptorer dit virus binder vid infektion -Olika exempel på hur virus kan utbyta genetiskt information och skapa virus med nya egenskaper Speciell virologi: Vilka virus ska jag kunna? Humana Papillomavirus Humana herpesvirus: HSV, VZV, EBV, CMV Coxsackievirus A och B Echovirus Norovirus Respiratoriskt syncytialvirus RSV Influensa A virus Parainfluensavirus Rabiesvirus Rotavirus Humant immunbristvirus HIV Hepatitvirus B HBV Hepatitvirus C HCV Vad ska jag kunna om dessa virus? 1.) Virusets struktur form 2.) Virusets nukleinsyra 3.) Virusets målvävnad/er 4.) Epidemilogi smittväg, riskgrupper/åldersgrupper och geografi samt säsong 5.) Kliniska syndrom - namn på infektionen/er (sjukdomen /sjukdomar) - åldersgrupp - inkubationstid - smittspridning - tecken och symptom vid virus infektion Prodromalfas Invasiv fas Akme Nedgångsfas konvalecensfas 6.) Behandling och kontroll 7.) Läkemedel? Vaccin? Prevention? Immunitet?
Svampar (mykologi) Allmän mykologi Vad ska jag kunna? -Generell uppbyggnad och utseende hos svampar -Förståelse av varför allvarliga/djupa svampinfektioner ökat -Klassificering -Tillväxt och miljökrav -Diagnostik och generell identifiering av Mögelsvamp, Jästsvamp och Dimorfa svampar -Generell beskrivning av ytliga, kutanösa, subkutanösa och systemiska mykoser -Generell beskrivning av behandlig Speciell mykologi Vilka svampar ska jag kunna? Candida albicans ( candida ) Aspergillus *Sporotrix schenkii *Phialophora verrucosa, Fonsecaea pedrosoi, Rhinocladiella aquaspersa, Cladosporium carrione *Coccidioides immitis *Histoplasma capsulatum Blastomyces dermatidis Paracoccoides brasiliensis Pneumocystis jiroveci (carini) Cryptococcus neoformans Vad ska jag kunna om dessa svampar? 1.)Symptom 2.)Diagnostik 3.) ev. övrigt som tas upp på föreläsningen
Parasiter(parasitologi) Allmän parasitologi Vad ska jag kunna? -Generell uppbyggnad och utseende hos parasiter (protozoer, platyhelminthes, nemathelminthes) -Klassificering Speciell parasitologi Vilka parasiter ska jag kunna? Giardia lambia/intestinalis Trichomonas vaginalis *Dientamoeba fragilis (intestinal flagellat) *Chilomastix mesnii (intestinal flagellat, liknar Trichomonas) Leshmania Trypanosoma brucei Trypanosoma cruzei Entamoeba histolytica *Naegleria fowleri, Acanthamoeba castellani, Hartmanella spp. (infektion oftast efter bad i jordförorenade varma pooler/dammar) Acanthamoeba (infektion hos linsbärare) Plasmodium (malaria 4 olika arter; P falcifarum, P vivax, P malariae, P ovale) Toxoplasma gondii *Cryptosporium parvum *Isospora belli *Taenia saginata *Taena solium *Diphyllobotnrium latum ( fiskbandmask ) *Hymenolepis nana ( dvärgbandmask ) Ecchinococcos ( hund och rävbandmask )*E granulosum (hund/får), E multilocularis (räv/gnagare) Schistosoma * orientaliska leverflundror * lungflundra Ascaris lumbricoides *Dracunculus mediensis Springmask (Enterobius vermicularis) rundmask (filaria) Hakmask *Onchocerca volvulus (flodblindhet) *Strongyloides stercoralis Toxocara piskmask (Trichinella trichuris) trichinos (Trichinella spiralis) Vad ska jag kunna om dessa parasiter? 1.)Symptom 2.)Diagnostik 3.)Behandling 4.)övrigt som tas upp på föreläsningen
Klinisk mikrobiologi Vilken klinik ska jag kunna? Akut gastroenterit Calicivirus (norovirus) Adenovirus Rotavirus Toxiner från S aureus/b cereus/c perfringens Infektiös diarré E.coli (ETEC, EPEC, EHEC, EIEC) Salmonella Shigella Campylobakter Yersinia Vibrio cholera Aeromonas Giardia intestinalis Entamöba histolytica Toxin från Clostridium difficile Luftvägsinfektioner (övre och nedre) Influensa parainfluens Rhinovirus Corona virus RS virus Adenovirus (morbilli, varicellae, CMV, HSV) Mycoplasma Clamydia pneumoniae Pneumokocker H influenzae M catarrhalis Beta hemol streptokocker Anaerober S aureus P aeruginosa Legionella Pneumocystis Aspergillus Candida albicans munhåla (stomatit); herpes simplex virus typ 1, Coxackie A, Candida albicans) Sexuellt överförbara infektioner Treponema palladium Neisseria gonorrhoeae Clamydia trachomatis Herpes simplexvirus typ 2 och 1
HIV Hepatiter, EBV, CMV Hepatit A Hepatit B Hepatit C Hepatit D Hepatit E EBV CMV Infektioner i skelett och leder S aureus Beta hemol streptokocker (ABCG) S milleri Alfa streptokock N gonorrhoeae Brucella Borrelia Kingella kingae H influensae typ B Enterobacteriaceae Gram neg stav Pseudomona aeruginosa Hud och mjukdels infektioner S aureus Beta hemol streptokocker grupp A Pasteurella multocida Enterobacteriaceae (Etc) Exantemsjukdomar Beta hemol streptokocker grupp A Varicella zostervirus Herpes zoster (bältros) Morbilli virus Rubella virus Herpesvirus 6 (femdagars feber) Parvovirus B19 (erytema infectiosu- femte sjukan) Farliga infektioner Epiglottit H influensae Pneumokocker S aureus Sepsis - Meningit Encefalit - Endokardit GBS Pneumokocker Meningokocker E.coli H.influensae
S aureus Listeria GAS KNS Enterokocker Andra Enterobacteriaceae, G- stav Etc Urogenitala infektioner Uretrit; Gonorré Chlamydia Cystit, pyleonefrit, urosepsis, prostatit, epididymit; E.coli Andra G- stavar S. saprofyticus Enterokocker mfl. Postoperativ epididymit; S aureus Vaginit, endometrit, salpngit; Chlamydia, Gonokocker, anaerober, candida albicans, trichomonas, GAS mfl Övriga infektioner Tuberkulos (luftväg etc) Borrelia (sepsis..) Vad inom detta ska jag kunna? 1.)Det som infekterar och ge respektive klinisk bild/symptom infektiöst agens (tex bakterie, virus, svampar, parasiter) 2.) Symptom 3.) övrigt som tas upp på föreläsningen så som patogenes, kliniska mönster, epidemiologi, förekomst och smittspridning 4.) kort diagnostik 5.) kort behandling