Året som gått inom Bakteriologi

Transkript

1 Året som gått inom Bakteriologi Martin Sundqvist Överläkare, MD Laboratoriemedicinska länskliniken Mikrobiologi Universitetssjukhuset Örebro Vårmötet, Östersund, 2015

2 Disclosures Föreläsningar för Abbott Diagnostics (Sweden) Astra Zeneca (Sweden) Forskningsprojekt tillsammans med BD, Qlinea, Luminex, Biofire/BioMerieux, Bruker Daltonics

3 GENOMIK

4 Helgenom Metagenomik Karakterisering av bakterieflorans fördelning med massiv parallellsekvensering av 16srRNA-DNA Helgenomsekvensering Sekvensering av en hel organisms DNA Med eller utan mobila genetiska element NGS (Next generation sequencing) Enkelt sagt metoden bakom som gör det möjligt att utföra de två ovanstående

5 Metagenomik Utveckling av bioinformatiken Nya mjukvaror för analys av sekvenser (Albanese Scientific Reports 2015, Park Genome Research 2015, Uchiyama PLoS One 2015, Silva Peer J 2014) Beskrivning av teknisk variation (Schirmer Nucleic Acid Research 2015) Metoden för val av bibliotekspreparationen och val av primrar orsakar störst variation Man kan via lämpliga mjukvaror överbrygga dessa skillnader till mycket stor del

6 Metagenomik Studier för att beskriva utveckling av bakterieflora över tid (Bäckhed Cell Host Microbe 2015, Voigt Genome Biology 2015) Bäckhed Cell Host Microbe 2015

7 Metagenomik Studier för att beskriva utveckling av bakterieflora över tid (Bäckhed Cell Host Microbe 2015, Voigt Genome Biology 2015) Under antibiotika behandling Nitrofurantoin, mycket liten effekt på tarmflora (Vervoort JAC 2015) Minskar diversiteten (Holler Biol Bone Marrow Transpl 2014) I relation till sjukdom Låg diversitet associerad med GVH (Holler Biol Bone Marrow Transpl 2014)

8 Helgenomsekvensering (WGS) Standardisering Överbrygga skillnaderna mellan olika tekniska plattformar (Kaas PLoS One 2014) Överföra gammal typning till WGS Spa-typning, S.aureus (Damkjaer Bartels JCM 2014) MLVA, C.difficile (Eyre JCM 2013) Serotypning (O:H) E.coli (Joensen JCM 2015) Utbrottsdiagnostik och övervakning K.pneumoniae (Chung EMBO Mol Med 2015) EHEC, Tyskland (Dallman CID 2015)

9 (Dallman CID 2015)

10 Matrix Assisted Laser Desorption Ionization- Time of Flight MALDI-TOF

11 MALDI och typning Artbestämning Bättre diskriminering av E.coli och Shigella spp. med en separat databas (94.4% korrekt) (Paauw Int J Med Microb 2015) Typning C.difficile (HMW-typning) (Rizzardi PloS One 2015) HiB vs NTHI (Månsson JCM 2015)

12 MALDI och resistens Carbapenemasdetektion Tillägg av Bikarbonat ökar chansen till detektion av OXA-48 (Studentova Folia Microbiol 2015) Känslighetsbestämning Med inkorporering av tunga aminosyror (Jung EJCMID 2014) Kvantitativ MALDI-TOF (Lange JCM 2014)

13 (Lange JCM 2014)

14 ANTIBIOTIKARESISTENS

15 Karbapenemaser, karbapenemaser, karbapenemaser. Epidemiologi Nya utbrott, fler fall, nya mekanismer, Förekomst av flera olika Karbapenemas-gener samtidigt. Detektion Förbättrad detektion med MALDI Carba NP-test: Problem med OXA 48 och några till Diskdiffusion (med rätt algoritm känsligt Kombinationsbehandling som inkluderar en karbapenem blir allt mer etablerat Associerat med högre överlevnad om KPC och MIC 8 (Tumbarello JAC 2015)

16 Kontroverser inom fenotypisk resistensbestämning Amoxi/clav och Piperacillin/tazobactam vid ESBLproduktion (Maurer JCM 2014) Hur ska man testa effekten av clavulansyra? (Diez-Aguilar JAC 2015) Fixed concentration (EUCAST) Karbapenemer (inocolum effect) (Adler AAC 2015)

17 MOLEKYLÄRBIOLOGISK DIAGNOSTIK

18 Paneler, paneler, paneler Gastroenterit Är paneler viktiga? 20.2% av negativa var positiva med bredare panel varav 60% skulle fått vårdhygienisk konsekvens. 20.2% av de med negativt resultat hade man kunnat släppa isoleringen på (Rand Diagn. Microbiol. Infect. Dis 2015) Är de kostnadsbesparande? 8 månader (800 sjukhusvårdade patienter). Trots kostnad på ca kostnadsbesparing på ca (Goldenberg J.Infect 2005)

19 Paneler, paneler, paneler Respiratoriska agens Inhouse-panel för nedre luftvägsprover med god kvantiterbarhet och likvärdig känslighet med odling. Vinst snabbhet. (Gadsby CMI 2015) Meningit Multiplex panel känsligare än odling vid neonatal meningit (Wang BMC Pediatr 2014)

20 Paneler, paneler, paneler Viktigt med fler studier avseende betydelsen av Multipla fynd Ovanliga fynd Hur kommer olika targets att amplifieras vid förekomst av olika patogener Vilken detektionsnivå är kliniskt relevant Mina egna kommentarer

21 Prediktivitet S.pneumoniae hos CF-patienter , Canada 15 av 318 vuxna hittades ha transient positivitet någon gång Många serotyper Ingen effekt på kliniken! (Thornton BMC Pulm Med 2015)

22 Automation/visualisering Tredimensionell struktur av mikrokolonier mängd i kolonin hur tidigt kan man plocka den till MALDI? (Drazek JMM 2015) Anaeroba bakterier kan växa aerobt med hjälp av antioxidanter och även resistensbestämmas (Dione Int J Antimicrob Agents 2015) Elektronisk näsa enose kunde urskilja negativa urinprover med 95% sens och 97% spec. (Roine PLoS ONE 2014)

23 Om 10 (5) år? Metabolomiska undersökningar rutin för diagnostik (Nacaache Genome research 2015) och prediktion av sjukdom Helgenomsekvensering standard för all genotypning med väl anpassade pipeline för olika bakterier Full automation av delar av odlingsdiagnostiken Nya snabba Resistensbestämningsmetoder

24 Tack!