MAX Extended Enteric Bacterial Panel Avsedd för in vitro-diagnostik För användning tillsammans med BD MAX-systemet Svenska

Transkript

1 MAX Extended Enteric Bacterial Panel Avsedd för in vitro-diagnostik P0221(01) För användning tillsammans med BD MAX-systemet Svenska 4 I AVSEDD ANVÄNDNING BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel (utökad enterisk bakteriell panel) som utförs på BD MAX-systemet är ett automatiserat in vitro-diagnostiskt test för direkt kvalitativ detektion och differentiering av enteriska bakteriella patogener. Det används tillsammans med BD MAX Enteric Bacterial Panel som en frivillig mastermixtillsats till de 4 sammansatta reagensremsorna av snap-in-typ. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel detekterar nukleinsyror från Plesiomonas shigelloides Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus, och V. cholerae) Enterotoxigena Escherichia coli (ETEC) värmekänsliga enterotoxin- (LT)/värmestabila enterotoxin- (ST) gener Yersina enterocolitica Testning utförs på icke-konserverade mjuka till diarréaktiga avföringsprover eller avföringsprover från symtomatiska patienter med misstänkt akut gastroenterit, enterit eller kolit. Testet utförs direkt på provet genom användning av polymeraskedjereaktion (PCR) för amplifiering av relevant genmåls-dna. Testet använder fluorogena genspecifika hybridiseringsprober för detektion av amplifierat DNA. Detta test är avsett att användas, i kombination med kliniska symptom, laboratorieresultat och epidemiologisk information, som ett stöd för differentialdiagnostik av infektioner från Plesiomonas shigelloides, Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus, och V. cholerae) enterotoxigena Escherichia coli (ETEC) LT/ST samt Yersinia enterocolitica. Resultaten av detta test bör inte användas som enda underlag för diagnos, behandling eller andra patienthanteringsbeslut. Positiva resultat utesluter inte blandinfektion med andra organismer som inte detekteras med detta test och utgör kanske inte den enda eller definitiva orsaken till patientens sjukdom. Negativa resultat vid fastställandet av klinisk sjukdom kompatibel med gastroenterit kan bero på infektion av patogener som inte detekteras med detta test eller icke-infektiösa orsaker, såsom t.ex. ulcerös kolit, irritabel tarmsyndrom (IBS) eller Crohns sjukdom. SAMMANFATTNING OCH FÖRKLARING AV FÖRFARANDET Organismer som kan orsaka enteriska sjukdomar utgör en signifikant orsak till morbiditet och mortalitet över hela världen. Enteriska patogener kommer in i kroppen via mag-tarmkanalen och sprids vanligtvis via livsmedel och vatten som kontaminerats eller via kontakt med uppkastningar eller avföring. The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) uppskattar att det finns 48 miljoner fall av livsmedelsburna sjukdomar i USA varje år, vilket resulterar i sjukhusvistelser och dödsfall. 1 I utvecklingsländerna orsakar dessa sjukdomar cirka 2 miljoner dödsfall årligen bland unga barn. 2 Var och en av de orsakande patogenerna kan resultera i en något annorlunda symptomologi, inklusive magkramper eller smärta, aptitlöshet, illamående eller kräkningar. Alla resulterar dock i diarré. 3 Upprepade anfall av diarré och ihållande diarrésjukdomar stör tarmfunktionen och absorptionen, vilket kan leda till undernäring och tillväxtstörningar hos barn. 4 Även om de vanligaste gramnegativa tarmbakteriella patogenerna är lättodlade på standardiserade selektiva och differentierande medium med toxindetektion med hjälp av antikroppsmedierat sidoflöde så är isoleringen och identifieringen tidskrävande. Fastställandet av diagnosen kan ta flera dagar, vilket leder till att patienterna löper risk för en obehandlad infektion och även risk för spridning av infektionen till andra. Alternativt kan empirisk antibakteriell terapi utsätta patienterna för risk för läkemedelsrelaterade biverkningar. Olämplig användning av antibiotika bidrar till uppkomst av antimikrobiell resistens och kräver onödigt utnyttjande av begränsade resurser. 1

2 BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel består av en enda mastermix som måste användas tillsammans med BD MAX Enteric Bacterial Panel. Användning av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel på BD MAX System kan ge resultat för 24 prover inom cirka 3 timmar, jämfört med traditionella odlingsmetoder som kan ta 48 till 96 timmar. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel detekterar samtidigt de patogener som ansvarar för gastroenterit på grund av Plesiomonas shigelloides, Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus, och V. cholerae), enterotoxigena E. coli (ETEC) LT/ST samt Yersinia enterocolitica. Analysen innehåller en Sample Processing Control (provbearbetningskontroll, SPC). BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel automatiserar testprocessen och minimerar antalet åtgärder från operatören från den tidpunkt då provet placeras på BD MAX-systemet tills resultaten är tillgängliga. Ett mjukt till diarréaktigt avföringsprov samlas in och transporteras till laboratoriet, homogeniseras och samlas in i ett BD MAX Enteric Bacterial Panel Sample Buffer Tube (provbuffertrör). Provbuffertröret placeras i BD MAX-systemet och följande automatiserade förfarande utförs: bakteriecellerna lyseras, DNA extraheras på magnetiska kulor och koncentreras. Sedan tillsätts en alikvot av det eluerade DNA:t till PCR-reagensen, som innehåller de genspecifika primrarna som används för att amplifiera de genetiska målen i BD MAX PCR Cartridge (BD MAX PCR-kassett), om tillämpligt. I analysen ingår också en Sample Processing Control (provbearbetningskontroll, SPC). Provbearbetningskontrollen finns i Extraction Tube (extraktionsröret) och genomgår extraktions-, koncentrations- och amplifieringsstegen för att övervaka förekomsten av eventuella inhiberande substanser samt instrument- eller reagensfel. Provbearbetningskontrollen finns i Extraction Tube (extraktionsröret) och genomgår extraktions-, koncentrations- och amplifieringsstegen för att övervaka förekomsten av eventuella inhiberande substanser samt instrumenteller reagensfel. Det behövs inga ytterligare åtgärder från operatören så snart det kliniska provet, BD MAX Unitized Reagent Strip (sammansatt reagensremsa) och BD MAX PCR Cartridge (PCR-kassetten) har laddats i BD MAX-systemet. BD MAXsystemet automatiserar lyseringen av provet, extraktionen och koncentrationen av DNA, reagensrehydreringen, amplifieringen av nukleinsyrorna och detektionen av mål-nukleinsyrasekvensen med användning av polymeraskedjereaktion (PCR) i realtid. Amplifierade mål detekteras med hydrolysprober märkta med dämpade fluoroforer. Amplifieringen, detektionen och tolkningen av signalerna görs automatiskt av BD MAX-systemet. PRINCIPER FÖR METODEN Avföringsprover samlas in från patienter och transporteras till laboratoriet icke-konserverade i en ren behållare eller konserverade i Cary-Blair-transportmedia. En 10 µl ögla förs in till öglans djup i provet, och exprimeras med en snurrande rörelse till ett BD MAXprovbuffertrör som ingår i satsen med BD MAX Enteric Bacterial Panel. Provbuffertröret försluts med ett septumlock, vortexblandas och överförs till BD MAX-systemet. När arbetslistan har genererats och provet laddats på BD MAX-instrument tillsammans med en BD MAX Enteric Bacterial Panel sammansatt reagensremsa och PCR-kassett så startas körningen och inga ytterligare åtgärder behövs. BD MAX-systemet automatiserar provberedningen, inklusive lysering av målorganism, DNA-extraktion och -koncentration, reagensrehydrering, målnukleinsyrasekvensamplifiering och detektion med PCR i realtid. Tolkningen av signalen utförs automatiskt av BD MAX-systemet. Analysen inkluderar också en provbearbetningskontroll (SPC, Sample Processing Control) som ingår i extraktionsröret och som genomgår extraktions-, koncentrations- och amplifieringssteg. Provbearbetningskontrollen övervakar eventuell förekomst av potentiella inhiberande substanser samt system- eller reagensfel. Efter enzymatisk bakterielysering vid förhöjd temperatur fångas de frigjorda nukleinsyrorna med magnetiska affinitetskulor. Kulorna, tillsammans med de bundna nukleinsyrorna, tvättas och nukleinsyrorna elueras. Eluerat DNA neutraliseras och överförs till mastermixrören för att rehydrera PCR-reagenserna. Efter rehydrering dispenserar BD MAX-systemet en bestämd volym PCR-färdig lösning i BD MAX PCRkassetten. Mikroventiler i BD MAX PCR-kassetten försluts av systemet innan PCR initieras för att bibehålla amplifieringsblandningen och därmed förebygga avdunstning och amplikonkontamination. De amplifierade DNA-målen detekteras med hydrolysprober (TaqMan), märkta i ena änden med ett fluorescerande färgämne (fluorofor) och i den andra med ett inhiberande fragment. Prober märkta med olika fluoroforer används för att detektera amplikoner för de bakteriella målen (Plesiomonas shigelloides, Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae), enterotoxigena Escherichia coli (ETEC) LT/ST samt Yersinia enterocolitica) och provbearbetningskontrollamplikoner i fem olika optiska kanaler på BD MAX-systemet. När proberna är i sitt ursprungliga tillstånd inhiberas fluorescensen i fluoroforen på grund av dess närhet till inhiberaren. I närvaro av mål-dna hybridiseras dock sonderna till sina komplementära sekvenser och hydrolyseras av DNApolymerasens 5 3 -exonukleasaktivitet när den syntetiserar den begynnande strängen längs cdna-mallen. Till följd av detta separeras fluoroforerna från inhiberarmolekylerna och fluorescens avges. BD MAX-systemet övervakar dessa signaler vid varje cykel och tolkar data i slutet av programmet för att rapportera det slutliga resultatet. REAGENSER Innehåll BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel Master Mix (D8) Ugnstorkad PCR Master Mix som innehåller DNA-polymeras, nukleotider och primrar och prober som är specifika för mål- och provbearbetningskontrollen. Kvantitet 24 tester (2 x 12 rör) UTRUSTNING OCH MATERIAL SOM KRÄVS MEN EJ MEDFÖLJER BD MAX Enteric Bacterial Panel (BD Diagnostic Systems katalognr ) BD MAX PCR Cartridges (BD Diagnostic Systems katalognr ) VWR Multi-Tube Vortex Mixer eller motsvarande (VWR, kat. nr ) Vortex Genie 2 eller motsvarande (VWR, kat. Nr ) Nalgene Cryogenic Vial Holder (kryogen flaskhållare) (VWR, Kat. nr ) Ställ kompatibelt med en vortexblandare för flera rör (t.ex. Cryogenic Vial Holder eller motsvarande) 10 µl inokuleringsöglor för engångsbruk (BD Diagnostic Systems katalognr ) 2

3 Labbrock och handskar för engångsbruk, talkfria Stoppur eller timer För avföringsprov av icke-konserverad typ: Torra, rena behållare för insamling av prover av flytande eller lös avföring. För avföringsprov av konserverad typ: Cary-Blair-transportmedia (15 ml). Föreslaget medium för odling av kontrollisolat (se avsnittet Kvalitetskontroll): BD Trypticase Soy Agar with 5% Sheep Blood (tryptikassojaagar med 5 % fårblod) (för Plesiomonas, Vibrio, ETEC and Yersinia) (t.ex. BD BBL Trypticase Soy Agar with 5% Sheep Blood (tryptikassojaagar med 5 % fårblod) med 5 % fårblod [TSA II], BD Diagnostic Systems katalognr ) VARNINGAR OCH FÖRSIKTIGHETSBEAKTANDEN BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel är endast avsedd för in vitro-diagnostik. Statliga och lokala folkhälsomyndigheter har publicerat riktlinjer för anmälan av rapporterbara sjukdomar inom deras jurisdiktion, inklusive men ej begränsat till Plesiomonas shigelloides, Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae), enterotoxigena Escherichia coli (ETEC) LT/ST samt Yersinia enterocolitica för att fastställa nödvändiga åtgärder för kontroll av resultaten för att identifiera och spåra utbrott. Laboratorier ansvarar för att följa sina statliga eller lokala föreskrifter för inlämnande av kliniskt material eller isolat för positiva prover till sina statliga folkhälsolaboratorier. Denna produkt får endast användas med BD MAX-systemet tillsammans med BD MAX Enteric Bacterial Panel. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel får användas med valfria partier av BD MAX Enteric Bacterial Panel. Använd inte utgångna reagenser och/eller material. Använd inte satsen om etiketten som förseglar ytterkartongen är bruten vid mottagandet. Använd inte reagenserna om skyddspåsarna är öppna eller trasiga vid mottagandet. Använd inte reagenserna om torkmedel saknas eller är trasigt inuti reagenspåsarna. Ta inte bort torkmedlet ur reagenspåsarna. Förslut reagensskyddspåsar med blixtlåset omedelbart efter varje användning. Tryck ut överflödig luft ur påsarna innan de försluts. Skydda reagenserna mot värme och fuktighet. Långvarig exponering för fukt kan påverka produktens prestanda. Använd inte reagenser om folien har öppnats eller skadats. Blanda inte reagenser från olika påsar och/eller kit eller loter. Alternera inte och återanvänd inte lock eftersom kontamination som kan påverka testresultaten kan uppstå. Kontrollera att de sammansatta reagensremsorna är korrekt fyllda (se till att vätskorna finns på rörens botten) [se figur 1]). Undersök de sammansatta reagensremsorna för att säkerställa att alla pipettspetsar finns på plats (se figur 1). Hantera kemiska lösningar försiktigt eftersom de kan göra streckkoden på mastermix- och extraktionsrören oläslig. God laboratorieteknik är avgörande för att den här analysen ska fungera korrekt. På grund av den höga analytiska känsligheten hos detta test bör extrem försiktighet iakttas för att bevara renheten hos alla material och reagenser. Ifall andra PCR-test genomförs i samma område i laboratoriet måste det säkerställas att BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel, eventuella ytterligare reagenser som krävs för testningen och BD MAX-systemet inte är förorenade. Undvik alltid mikrobiell kontamination och kontamination med deoxyribonukleas (DNas) av reagenserna. Byt handskar innan reagenser och kassetten hanteras. Förebygg kontamination av miljön med några målamplikoner genom att inte bryta isär BD MAX PCR-kassetten efter användning. Förseglingarna på BD MAX PCR-kassetterna är utformade för att förebygga kontamination. Laboratoriet ska rutinmässigt bedriva miljöövervakning för att minimera risken för korskontamination. Användning av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel utanför de tids- och temperaturområden som rekommenderas för transport och lagring av prov kan ge ogiltiga resultat. Analyser som inte utförts inom de angivna tids- och temperaturområdena bör upprepas. Ytterligare kontroller kan testas i enlighet med riktlinjer eller krav i lokala, kommunala, statliga och/eller nationella bestämmelser eller från ackrediteringsorganisationer. Hantera alltid prover som om de vore smittförande och i enlighet med säkra laboratorieförfaranden, till exempel de som beskrivs i CLSI Document M29 5 och i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories. 6 Använd skyddskläder och engångshandskar vid hantering av alla reagenser. Tvätta händerna noggrant efter testets utförande. Pipettera inte med munnen. Rök, drick eller ät inte i områden där prover eller satsreagenser har hanteras. Kassera oanvända reagenser och avfall enligt nationella, statliga och lokala bestämmelser. Se BD MAX-systemets användarhandbok 7 för ytterligare varningar, försiktighetsbeaktanden och förfaranden. 3

4 FÖRVARING OCH STABILITET Insamlade prover, antingen icke-konserverad avföring eller avföring som lagras i 15 ml Cary-Blair-transportmedium, bör förvaras mellan 2 C och 25 C under transport. Skydda mot exponering för överdriven hetta. Prover kan förvaras i upp till 120 timmar (5 dagar) vid 2 8 C eller i upp till 24 timmar vid 2 25 C före testning. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel Master Mix är stabil vid 2 25 C fram till angivet utgångsdatum. Använd inte utgångna komponenter. BD MAX Extended Enteric Bacterial mastermixrör levereras i förseglade påsar. Skydda produkten från fukt genom att omedelbart återförsluta påsarna efter att de öppnats. Mastermixrören är stabila i upp till 14 dagar vid 2 25 C efter initial öppning och återförslutning av påsen. Orekonstituerade mastermixrör är stabila i upp till 24 timmar vid 2 25 C efter att de tagits ur sina skyddspåsar. BRUKSANVISNING Provtagning/transport Proceduren för provtagning måste följas noga för att få ett korrekt prov. Flytande eller mjuka avföringsprover samlas in med hjälp av en torr och ren behållare enligt följande procedur: 1. prover: Överför det flytande eller mjuka avföringsprovet till en torr och ren behållare. Undvik kontamination med vatten eller urin och undvik att få med toalettpapper eller tvål i provet. Märk behållaren och transportera den till laboratoriet i enlighet med institutionens standardförfaranden (se avsnittet Förvaring och stabilitet). 2. prover: Överför det flytande eller mjuka avföringsprovet till en transportanordning om 15 ml i enlighet med tillverkarens instruktioner. Undvik kontamination med vatten eller urin och undvik att få med toalettpapper eller tvål i provet. Märk behållaren och transportera den till laboratoriet i enlighet med institutionens standardförfaranden (se avsnittet Förvaring och stabilitet). Beredning av provmaterial OBS! Ett (1) provbuffertrör, ett (1) septumlock, två (2) mastermixrör [ett från BD MAX Enteric Bacterial Panel (B5) och det andra från BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel (D8)], ett (1) extraktionsrör (B2) och en (1) sammansatt reagensremsa krävs för varje prov och varje extern kontroll som ska testas. Ta ut det antal komponenter som krävs ur respektive skyddspåsar eller kartonger. Avlägsna överskottsluft och försegla med hjälp av zip-förseglingen för att lagra öppnade påsar med mastermix eller extraktionsrör. 1. Märk ett streckkodat BD MAX-provbuffertrör (genomskinligt lock) med lämplig providentifiering. Täck inte, skriv inte eller sätt någon etikett över 2D-streckkoden. 2. Vortexa icke-konserverade eller prover vid hög hastighet under 15 sekunder. 3. Ta bort det genomskinliga locket från provbuffertröret och ympa på följande sätt: a. För in en inympningsögla på 10 μl för engångsbruk tills hela slingan är nedsänkt i provet. För inte in längre än öglans längd eftersom ytterligare avföring som finns på skaftet kan överbelasta PCR-reaktionen. b. För in den laddade öglan i provbuffertröret och exprimera provet med en snurrande rörelse. OBS! Hela provet behöver inte avlägsnas från öglan. Den resulterande lösningen i provbuffertröret bör vara te-färgad. 4. Försegla det ympade provbuffertröret med ett membranlock. 5. Placera provbuffertröret i ett ställ som är kompatibelt med en vortexblandare för flera rör, om sådan finns tillgänglig (t.ex. Cryogenic Vial Holder eller motsvarande). 6. Förbered eventuella ytterligare prover för testning genom att upprepa steg 1 till 5 och säkerställ att dina handskar är rena innan du hanterar ytterligare prover. 7. Vortexa alla förberedda prover samtidigt vid maximal hastighet under en (1) minut med en vortexblandare för flera rör. 8. Fortsätt till avsnittet Användning av BD MAX-systemet för att utföra testning av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel på BD MAX-systemet. 4

5 Användning av BD MAX-systemet OBS! Se BD MAX-systemets användarhandbok 7 för detaljerade användningsinstruktioner (avsnittet Användning ). OBS! Testning av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel måste utföras omedelbart efter att vortex-steget har slutförts (se Beredning av provmaterial, steg 7). Om omtestning krävs måste provet/proverna vortexblandas på nytt. 1. Starta BD MAX-systemet (om det inte redan är på) och logga in genom att ange <användarnamn> och <lösenord>. 2. Byt handskar innan reagenser och kassetter hanteras. 3. Avlägsna önskat antal reagensremsor från BD MAX Enteric Bacterial Panel-satsen. Knacka försiktigt varje sammansatt reagensremsa mot en hård yta för att säkerställa att alla vätskor finns på rörens botten. 4. Ur deras skyddspåsar eller kartonger, ta ut önskat antal: a. extraktionsrör och mastermixrör från satsen med BD MAX Enteric Bacterial Panel. b. mastermixrör från satsen med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. 5. Tryck ut överflödig luft och förslut påsarna med blixtlåset. 6. För varje prov som ska testas ska en (1) sammansatt reagensremsa placeras på BD MAX-systemets ställ med början i position 1 i ställ A. 7. Kläm fast ett (1) extraktionsrör (B2) (vit folie) i varje sammansatt reagensremsa i position 1 enligt figur Kläm fast ett (1) mastermixrör från BD MAX Bacterial Panel (B5) (grön folie) i varje sammansatt reagensremsa i position 2 enligt figur Kläm fast ett (1) mastermixrör från BD MAX Extended Bacterial Panel (D8) (blå folie) i varje sammansatt reagensremsa i position 4 enligt figur 1. Figur 1: Kläm fast BD MAX Enteric Bacterial Panel extraktionsrör och BD MAX Enteric Bacterial Panel och BD MAX Extended Bacterial Panel mastermixrör i de sammansatta reagensremsorna 10. Klicka på fliken Run (Kör) och sedan på underfliken Inventory (Förteckning) och skriv in partinumret för BD MAX Enteric Bacterial Panel-satsen och partinumret för BD MAX Extended Bacterial Panel mastermix (för spårbarhet av partiet) genom att antingen skanna streckkoden med skannern eller genom manuell inmatning. OBS! Upprepa steg 10 varje gång en ny satslot används. OBS! Användning av 2000 Sample Mode (läget med 2000 prover) är obligatoriskt för denna analys. Se till att satsens och mastermixens partinummer kontrolleras på fliken Configuration/System (Konfiguration/System). 11. Gå till Worklist (Arbetslistan). Använd rullgardinsmenyn och välj <BD MAX EX ENT BAC 26>. 12. Välj lämpligt partinummer för satsen (finns på ytterkartongen till BD MAX Enteric Bacterial Panel) samt mastermixen för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel i rullgardinsmenyn 13. Ange ID för BD MAX Enteric Bacterial Panel provbuffertrör, patient-id och åtkomstnummer (i förekommande fall) i Worklist (Arbetslistan), antingen genom att skanna streckkoden med skannern eller genom manuell inmatning. 14. Upprepa steg 13 för alla återstående provbuffertrör. 15. Sätt provbuffertrören i BD MAX-systemets ställ som motsvarar de sammansatta reagensremsorna som sattes samman i steg 6 till 9. OBS! Sätt provbuffertrören i provstället med 1D-streckkodsetiketterna vända utåt (det underlättar skanning av provrören vid inloggning av proverna). 16. Sätt tillämpligt antal BD MAX PCR-kassetter i BD MAX-systemet (se figur 2). Vid samtidig användning av BD MAX Enteric Bacterial Panel och BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel: Varje BD MAX PCR-kassett kan användas till 1 körning med upp till 12 prover, alltså sammanlagt 12 prover. BD MAX-systemet kommer automatiskt att välja plats och rad på BD MAX PCR-kassetten inför varje körning. BD MAX PCR-kassetter används baserat på körning OCH ställ (1 körning per kassett och 1 kassett per ställ). För att maximera användningen av BD MAX PCR-kassetter vid användning av 2000 Sample Mode (2 000 provläge), välj Run Wizard (Körningsguiden) under fliken Worklist (Arbetslista) för tilldelning av banor. Se BD MAX-systemets användarhandbok 7 för mer information. 5

6 17. Ladda ställ i BD MAX-systemet (se figur 3). Figur 2: Ladda BD MAX PCR-kassetter Sida A Sida B Figur 3: Ladda ställ i BD MAX-systemet. 18. Stäng BD MAX-systemets lock och klicka på <Start> (Starta) för att påbörja bearbetningen. 19. Kontrollera resultaten omedelbart efter körningen eller förvara provbuffertrören vid 2 8 C i upp till 5 dagar (120 timmar) ELLER vid 25 ± 2 C i högst 48 timmar tills resultaten har kontrollerats. OBS! Om ett membranlock skadas under körningen ska det bytas ut mot ett nytt innan provet förvaras. OBS! Beredda BD MAX Enteric Bacterial Panel-provbuffertrör kan förvaras vid 2 8 C i högst 120 timmar (5 dagar) ELLER vid 25 ± 2 C i högst 48 timmar. Om resultatet är Indeterminate (IND (OBEST.)), Unresolved (UNR (OLÖST)) eller Incomplete (INC (OFULLST.)), eller om ett externt kontrollfel inträffar måste ett test från det beredda provbuffertröret upprepas inom denna tidsram (se avsnittet Upprepa testförfarande). KVALITETSKONTROLL Procedurer för kvalitetskontroll övervakar analysens prestanda. Laboratorier måste fastställa antal, typ av och intervall för tester av kontrollmaterial i enlighet med riktlinjer eller krav utfärdade av lokala, landstings-, statliga och/eller kommunala bestämmelser eller från ackrediteringsorganisationer. För allmänna riktlinjer om kvalitetskontroll kan användaren konsultera dokumenten MM3, 8 och EP12 9 från Clinical Laboratory Standards Institute. 1. Material till externa kontroller tillhandahålls inte av BD. Externa positiva och negativa kontroller används inte av BD MAXsystemets programvara för tolkning av testresultat. Externa kontroller behandlas som om de vore patientprover. (Se tabell 2 för tolkning av den externa kontrollens analysresultat.) 2. En (1) extern positiv kontroll och en (1) extern negativ kontroll bör köras minst dagligen tills adekvat processvalidering uppnås på BD MAX-systemet i varje laboratoriemiljö. Minskad frekvens av kontrolltestning ska göras i enlighet med tillämpliga föreskrifter. 3. Den externa positiva kontrollen används för att övervaka förekomsten av större reagensfel. Den externa negativa kontrollen är avsedd för att detektera reagens- eller miljökontamination (eller överföring) av målnukleinsyror. 4. Olika typer av externa kontroller rekommenderas så att användaren kan välja den som passar kvalitetskontrollprogrammet i deras laboratorium bäst. a. Extern negativ kontroll: Kommersiellt tillgängligt kontrollmaterial eller ett sedan tidigare karakteriserat prov som fastställts vara negativt. BD rekommenderar att den externa negativa kontrollen bereds före den externa positiva kontrollen i syfte att minska risken för kontamination på grund av kontrollberedningen. b. Extern positiv kontroll: Kommersiellt tillgängliga kontrollmaterial, t.ex. ATCC-stammarna som anges nedan (se tabell 1), eller sedan tidigare karakteriserade prov som fastställts vara positiva. 6

7 Stam för extern positiv kontroll Yersinia enterocolitica (ATCC 9610) Vibrio cholerae (ATCC 14033) Vibrio parahaemolyticus (ATCC 17802) ETEC (ATCC 35401) Plesiomonas shigelloides (ATCC 14029) Tabell 1: Kommersiellt tillgängliga stammar för extern positiv kontroll Odlingsbetingelse Tryptikassojaagar med 5 % fårblod, timmar vid 35 C Slutlig utspädning från 0.5 McFarland (1 x 10 8 CFU/mL) 1,1 x 10 5 CFU/mL 1,3 x 10 5 CFU/mL 6,2 x 10 4 CFU/mL 6,9 x 10 4 CFU/mL 1,3 x 10 5 CFU/mL För framställning av externa kontrollsuspensioner rekommenderas att isolaten återsuspenderas i en saltlösning till en grumlighet av 0.5 McFarland (~1 x 10 8 CFU/mL). Utför seriella spädningar med koksaltlösning för att erhålla en suspension med den koncentration som anges i tabell 1. Inokulera 10 μl av bakteriesuspensionen i motsvarande provbuffertrör. Bearbeta och testa som ett prov (se avsnitten Beredning av prover och Användning av BD MAX-systemet). 5. Alla externa kontroller bör ge förväntade resultat (positiva för en extern positiv kontroll eller negativa för en extern negativ kontroll) och inga misslyckade externa kontroller (olösta eller ofullständiga resultat). 6. En extern negativ kontroll som ger ett positivt testresultat är indikativt för en incident med provhantering och/eller kontamination. Gå igenom provhanteringstekniken för att undvika förväxling och/eller kontamination. En extern positiv kontroll som ger ett negativt resultat är indikativt för felaktig provhantering/beredning. Granska provhanterings-/beredningstekniken. 7. En extern kontroll som ger ett olöst, obestämt eller ofullständigt resultat är indikativt för ett reagens- eller BD MAX-systemfel. Kontrollera om några felmeddelanden visas på BD MAX-systemets bildskärm. Se avsnittet Översikt över systemfel i BD MAXsystemets användarhandbok7 7 för tolkningar av varnings- och felkoder. Om problemet kvarstår, använd reagenser från en oöppnad påse eller använd en ny BD MAX Enteric Bacterial Panel- och BD MAX Extended Bacterial Panel-sats. 8. Varje BD MAX Enteric Bacterial Panel extraktionsrör innehåller en provbearbetningskontroll som är en plasmid med en syntetisk mål-dna-sekvens. Provbearbetningskontrollen extraheras, elueras och amplifieras tillsammans med eventuellt DNA i det bearbetade provet, vilket säkerställer analysens förutsägbarhet. Provbearbetningskontrollen övervakar effektiviteten i insamling, tvättning och eluering av DNA under provbearbetningen, samt effektiviteten i amplifiering och detektion av mål-dna under PCR-analysen. Om resultatet av provbearbetningskontrollen inte uppfyller kriterierna för godkännande rapporteras resultatet av provet som olöst, medan positiva (POS) analysresultat rapporteras och inga mål kommer att anges som negativa (NEG). Detta rapporteras per mastermix. Ett olöst resultat är indikativt för en provrelaterad inhibering eller ett reagensfel. Upprepa eventuellt prov som rapporteras som olöst enligt avsnittet Procedur för upprepning av test nedan. RESULTATTOLKNING Resultat finns på fliken <Results> (Resultat) i fönstret <Results> (Resultat) på BD MAX-systemets bildskärm. Testresultaten tolkas automatiskt av BD MAX-systemets programvara. Resultaten rapporteras för var och en av analyterna och för provbearbetningskontrollen. Ett testresultat kan kallas NEG (negativt), POS (positivt) eller UNR (olöst) baserat på målets amplifieringsstatus och provbearbetningskontrollen. IND (obestämt) eller INC (ofullständigt) resultat beror på ett BD MAX-systemfel. I händelse av ett partiellt UNR-resultat där ett eller flera mål har ett POS-resultat och alla andra mål har ett UNR-resultat kommer inga mål att anges som NEG. Detta rapporteras per mastermix. Tabell 2: Tolkning av resultat för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel RAPPORTERADE ANALYSRESULTAT TOLKNING AV RESULTAT Plesio POS Plesiomonas shigelloides-dna detekterat Vibrio POS Vibrio (V. vulinificus, V. parahaemolyticus och/eller V. cholerae) -DNA detekterat ETEC POS Enterotoxigent E. coli- (ETEC) värmekänsligt och/eller värmestabilt (LT/ST) DNA detekterat Yersi POS Yersinia enterocolitica -DNA detekterat Plesio NEG Inget Plesiomonas shigelloides-dna detekterat och provbearbetningskontroll detekterad Vibrio NEG Inget Vibrio (V. vulinificus, V. parahaemolyticus- och V. cholerae) -DNA detekterat och provbearbetningskontroll detekterad ETEC NEG Inget enterotoxigent E. coli- (ETEC) värmekänsligt och/eller värmestabilt (LT/ST) DNA detekterat och provbearbetningskontroll detekterad Yersi NEG Inget Yersinia enterocolitica-dna detekterat och provbearbetningskontroll detekterad Plesio UNR Inget Plesiomonas shigelloides-dna detekterat och ingen provbearbetningskontroll detekterad (tyder på inhiberande prov eller reagensfel) Vibrio UNR Inget Vibrio (V. vulinificus, V. parahaemolyticus- och V. cholerae)-dna detekterat och ingen provbearbetningskontroll detekterad (tyder på inhiberande prov eller reagensfel) ETEC UNR Inget enterotoxigent E. coli- (ETEC) värmekänsligt och/eller värmestabilt (LT/ST) DNA detekterat och ingen provbearbetningskontroll detekterad (tyder på inhiberande prov eller reagensfel) Yersi UNR Inget Yersinia enterocolitica-dna detekterat och ingen provbearbetningskontroll detekterad (tyder på inhiberande prov eller reagensfel) Ej bestämbart (IND) Ej bestämbart p.g.a. BD MAX-systemfel (med varnings- eller felkoder a ) Ofullständigt (INC) Ofullständig körning (med varnings- eller felkoder a ) a Se avsnittet Felsökning i BD MAX-systemets användarhandbok 7 för tolkningar av varnings- och felkoder. 7

8 PROCEDUR FÖR UPPREPNING AV TEST OBS! Det finns endast tillräckligt med provvolym i provbuffertröret för en upprepad körning. Provbuffertrör som förvarats i 25 ± 2 C måste testas om inom 48 timmar efter den inledande inokulationen av provbuffertröret med provet. Alternativt kan, för provbuffertrör som förvarats i 2 8 C, förnyad testning ske inom 120 timmar (5 dagar) efter den inledande inokulationen av provbuffertröret med provet. Återstående avföringsprov kan också användas för upprepat test inom 120 timmar (5 dagar) efter tagningen om det förvaras vid 2 8 C eller inom 24 timmar om det förvaras vid 25 ± 2 C. OBS! Nya prover kan testas i samma körning som de upprepade proverna. Olöst resultat Olösta resultat kan uppstå om en provrelaterad inhibering eller ett reagensfel förhindrar att målet eller provbearbetningskontrollen amplifierar korrekt. Om provbearbetningskontrollen inte amplifierar rapporteras provet som UNR, medan positiva (POS) analysresultat rapporteras och inga mål kommer att anges som negativa (NEG). BD MAX-systemet rapporterar resultat för varje mål för sig och ett UNR-resultat kan erhållas för ett eller flera BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-mål. Vid ett fullständigt UNR-resultat där alla mål har ett UNR-resultat måste testet upprepas. I händelse av ett partiellt UNR-resultat där ett eller flera mål har ett POS-resultat och alla andra mål har ett UNR-resultat bör testet upprepas enligt beskrivningen ovan. I sällsynta fall kan avvikande resultat observeras när ett upprepat test körs för de mål som inledningsvis rapporterades som POS. I så fall bibehålls eventuellt positivt resultat. Prover kan upprepas från sina motsvarande provbuffertrör inom de tidsramar som anges ovan. Vortexblanda proverna under en (1) minut och börja på nytt från avsnittet Användning av BD MAX-systemet. Återstående avföringsprov kan också användas för upprepade test med ett nytt provbuffertrör inom de tidsramar som anges ovan. Starta om från avsnittet Provberedning. Obestämt resultat Obestämda resultat kan uppstå i händelse av systemfel. Prover kan upprepas från sina motsvarande provbuffertrör inom de tidsramar som anges ovan. Vortexblanda proverna i en (1) minut och börja om enligt avsnittet Användning av BD MAXsystemet. Återstående avföringsprov kan också användas för upprepade test med ett nytt provbuffertrör inom den tidsram som anges ovan. Starta om från avsnittet Provberedning. Tolkningar av varnings- och felkodmeddelanden finns i BD MAX-systemets användarhandbok 7 (avsnittet Felsökning ). Ofullständigt resultat Ofullständiga resultat kan erhållas om beredningen av provmaterialet eller PCR:en misslyckades. Prover kan upprepas från sina motsvarande provbuffertrör inom de tidsramar som anges ovan. Vortexblanda proverna i en (1) minut och börja om enligt avsnittet Användning av BD MAX-systemet. Återstående avföringsprov kan också användas för upprepade test med ett nytt provbuffertrör inom den tidsram som anges ovan. Starta om från avsnittet Provberedning. Tolkningar av varnings- och felkodmeddelanden finns i BD MAX-systemets användarhandbok 7 (avsnittet Felsökning ). Externt kontrollfel Externa kontroller ska ge förväntade resultat vid testning. Om prover måste upprepas p.g.a. ett felaktigt resultat från extern kontroll ska de upprepas från sina provbuffertrör tillsammans med nyberedda externa kontroller inom de tidsramar som anges ovan. Vortexblanda proverna i en (1) minut och börja om enligt avsnittet Användning av BD MAX-systemet. ODLING AV PROVMATERIAL Odling och identifiering av organismer från positiva prover bör utföras i enlighet med laboratorieprocedurerna. PROCEDURENS BEGRÄNSNINGAR Denna produkt ska endast användas med BD MAX-systemet och tillsammans med BD MAX Enteric Bacterial Panel. Denna produkt är endast avsedd för användning med icke-konserverade och humana avföringsprover. Avföringsprover från rektala bomullstoppar eller fast avföring har inte validerats med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. Felaktiga testresultat kan uppstå till följd av felaktig provtagning, hantering, förvaring, tekniskt fel, sammanblandning av prover eller p.g.a. att antalet organismer i provet är lägre än testets analytiska känslighet. Om BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel resulterar i IND, INC eller UNR (för ett eller flera mål) bör testet upprepas. Ett positivt BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-resultat behöver inte nödvändigtvis indikera förekomsten av livskraftiga organismer. Ett positivt resultat är emellertid indikativt för förekomst av mål-dna. Mutationer eller polymorfismer i primer- eller probbindande regioner kan påverka detektionen av nya eller okända målvarianter, vilket kan ge ett falskt negativt resultat med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel detekterar samtidigt Vibrio vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholereae och skiljer inte mellan arter. Som med alla PCR-baserade test kan extremt låga nivåer av målet under analysens detektionsgräns detekteras utan att resultaten är reproducerbara. Falska negativa resultat kan förekomma på grund av förlust av nukleinsyra till följd av otillräcklig beredning, transport eller förvaring av prover, eller på grund av otillräcklig lysering av bakterier. Provbearbetningskontrollen har lagts till för att bidra till identifiering av prover som innehåller inhiberare av PCR-amplifiering och som en kontroll för reagensens egenskaper och analyssystemet i helhet. Provbearbetningskontrollen indikerar inte om nukleinsyran har förlorats p.g.a. inadekvat provtagning, transport eller förvaring av proverna, eller om bakterieceller har lyserats adekvat. Resultat från BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel bör användas som ett komplement till kliniska observationer och annan information som finns tillgänglig för läkaren. Som med alla in vitro-diagnostiska test beror positiva och negativa prediktiva värden i hög grad på prevalens. BD MAX Extended Enteric Bacterial Panels prestanda kan variera beroende på den prevalens och population som testas. 8

9 BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-resultat kan eventuellt påverkas av samtidig medicinsk behandling, vilket kan minska mängden närvarande mål. Provbuffertröret har inte utformats för att stödja organismers livsduglighet. Om odling krävs måste denna göras från det ursprungliga provet. Prestandan för detta test har inte fastställts för övervakande av behandling av infektioner med Yersinia enterocolitica, Plesiomonas shigelloides, ETEC LT/ST eller Vibrio cholerae, V. parahaemolyticus eller V. vulnificus. Detta test är ett kvalitativt test och det tillhandahåller inte kvantitativa värden och anger inte mängden närvarande organismer. Utförandet av detta test har inte utvärderats för personer med nedsatt immunförsvar eller för patienter utan symtom på mag-tarminfektion. Effekten av interferens orsakad av andra substanser har endast utvärderats för de substanser som anges i denna information. Potentiell interferens har inte utvärderats för andra substanser än de som beskrivs i avsnittet om interferens nedan. Interferens av andra substanser än de som beskrivs i avsnittet om interferens nedan kan leda till felaktiga resultat. V. mimicus och en okategoriserad Vibrio-art förknippad med infektioner hos människa, nämligen Vibrio HENC, visade sig ha potential att korsreagera med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel-analys. Korsreaktivitet med andra organismer än de som anges i avsnittet Analytisk specificitet nedan har inte utvärderats. FÖRVÄNTADE VÄRDEN I den kliniska studien av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel erhölls rapporterbara resultat från sex (6) geografiskt skilda kliniska anläggningar. Studien utfördes med två typer av avföringsprover, och okonserverade. Antalet och andelen positiva fall per mål som fastställdes vid prövningen av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel presenteras i tabell 3. Tabell 3. Positivitetsfrekvens per anläggning för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel Provmaterialtyp Anläggning Vibrio P. shigelloides Y. enterocolitica ETEC 1 0,3 % (1/302) 0,0 % (0/302) 0,3 % (1/302) 1,0 % (3/302) 2 0,5 % (3/635) 0,2 % (1/635) 0,2 % (1/635) 0,3 % (2/635) 3 6,7 % (1/15) 6,7 % (1/15) 6,7 % (1/15) 0,0 % (0/15) 4 0,5 % (2/413) 0,2 % (1/413) 0,0 % (0/413) 1,9 % (8/413) 1 0,0 % (0/58) 0,0 % (0/58) 0,0 % (0/58) 0,0 % (0/58) 3 0,3 % (1/295) 0,0 % (0/295) 0,0 % (0/295) 1,0 % (3/295) 4 0,0 % (0/1) 0,0 % (0/1) 0,0 % (0/1) 0,0 % (0/1) 5 0,3 % (1/301) 0,3 % (1/301) 0,0 % (0/301) 3,0 % (9/302) 6 0,0 % (0/217) 0,0 % (0/217) 0,0 % (0/217) 2,3 % (5/217) PRESTANDAEGENSKAPER De kliniska prestandaegenskaperna för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel fastställdes i en undersökande studie på flera anläggningar. I studien ingick totalt sex (6) geografiskt skilda kliniska centra där avföringsprover samlades in som en del av den rutinmässiga vården, skrevs in i prövningen och testades med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. Prover erhölls från barn eller vuxna patienter med misstänkt akut bakteriell gastroenterit, enterit eller kolit, för vilka avföringsodling hade beställts av vårdgivare. Referensmetoden för både prospektiva färska och prospektiva frysta prover var en kombination av bakterieodling följt av alternativ PCR-analys och dubbelriktad sekvensering av presumtiva positiva isolat för Yersinia enterocolitica, Vibrio samt Plesiomonas shielloides. För ETEC var referensmetoden två alternativa PCR-analyser och dubbelriktade sekvenseringssteg som utfördes på avföringsproverna. För retrospektiva prover noterades de historiska resultaten på insamlingsstället. De historiska resultaten bekräftades med hjälp av en alternativ PCR-analys och dubbelriktad sekvensering som en del av den sammansatta referensmetoden för att bekräfta förekomsten av mål-dna. Totalt prospektiva prover (882 icke-konserverade och ) samt 146 retrospektiva prover (87 icke-konserverade och 59 ) lämnades in till den kliniska utvärderingen, sammanlagt registrerade prover. I tabell 4 beskrivs antalet godkända prover som ingick utifrån patientens ålder och provmaterialtyp, med sammanlagt godkända prover. Tabellerna 5 till 13 beskriver de prestandaegenskaper för BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel som observerades under den kliniska prövningen. 9

10 Tabell 4. Sammanfattning av godkända inlämningar till klinisk prövning efter åldersgrupp och provmaterialtyp Åldersgrupp Kombinerade 0 1 månad månad till 2 år Över Okända Totalt Prestandaresultat för Vibrio För den provmaterialtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 100 % respektive 99,6 % av de positiva och negativa prospektiva proverna för Vibrio respektive 100 % av de positiva och negativa retrospektiva proverna. För den icke-konserverade provmaterialtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 99,8 % av de negativa Vibrio-proverna. Inga icke-konserverade prospektiva positiva prover hittades för Vibrio, och därför kan prestandan inte uppskattas. 100 % respektive 97,8 % av de positiva och negativa retrospektiva proverna identifierades (se tabell 5). Eftersom prevalensen för Vibrio är låg utfördes en utvärdering av konstruerade prover för att komplettera data som samlats in i studien. Dessa preparerades genom att tillsätta 4 olika stammar av varje Vibrio-art som detekteras av BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel till en negativ avföringsmatris. Stammarna spetsade med olika kliniskt relevanta koncentrationer och fördelades slumpvis bland tre (3) kliniska anläggningar för testning med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. En positiv överensstämmelse på 100 % erhölls med de testade koncentrationerna. Resultaten visas i tabell 6. Table 5. Vibrio övergripande prestanda Provmaterialtyp Provets ursprung BD MAX Prospektivt (Färska+frysta) PPA : 100 % (34,2 %, 100 %) NPA : 99,6 % (99,1 %, 99,8 %) Retrospektivt (Frysta) PPA : 100 % (34,2 %, 100 %) NPA : 100 % (80,6 %, 100 %) Prospektivt (Färska+frysta) Inga data för PPA-beräkning NPA : 99,8 % (99,2 %, 99,9 %) Retrospektivt (Frysta) PPA : 100 % (34,2 %, 100 %) NPA : 97,8 % (88,7 %, 99,6 %) P Referensmetod N Totalt P N Totalt P N Totalt P N Totalt P N Totalt Även om BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel är utformad för att upptäcka V. paraheamoliticus, V. cholerae and V. vulnificus rapporterar panelen inte resultat på artnivå. Identifieringen av arten Vibrio erhölls genom sekvensering eller alternativt PCR som utfördes på förmodat positiva isolat på det sätt som användes i referensmetoden. Under studien erhålls lika antal av V. cholerae and V. parahaemoliticus och inga V. vulnificus erhölls. Tre (3) V. parahaemoliticus och (3) V. cholerae erhölls. 10

11 Tabell 6. Vibrio Konstruerade provresultat per provmaterialtyp Provmaterialtyp BD MAX P Förväntade resultat N Totalt P N Totalt PPA: 100 % (92,6 %, 100 %) NPA: 100 % (97,4 %, 100 %) P N Totalt PPA: 100 % (92,6 %, 100 %) NPA: 100 % (97,4 %, 100 %) Prestandaresultat för Plesiomonas shigelloides För den provmaterialtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 99,9 % av de negativa prospektiva proverna för Plesiomonas shigelloides och 100 % av de positiva och negativa retrospektiva proverna. Inga Cary-Blairkonserverade prospektiva positiva prover identifierades för P. shigelloides, och därför kan prestandan inte uppskattas. För den icke-konserverade provmaterialtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 99,9 % av de negativa P. shigelloidesproverna. Inga prospektiva positiva prover identifierades för P. shigelloides, och därför kan prestandan inte uppskattas. 100 % respektive 97,9 % av de positiva och negativa retrospektiva proverna identifierades (se tabell 7). Eftersom prevalensen för P. shigelloides är låg utfördes en utvärdering av konstruerade prover för att komplettera data som samlats in i studien. Dessa förbereddes genom att spetsa 12 olika stammar av P. shigelloides i negativ avföringsmatris. Stammarna spetsade med olika kliniskt relevanta koncentrationer och fördelades slumpvis bland tre (3) kliniska anläggningar för testning med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. En positiv överensstämmelse på 100 % erhölls med de testade koncentrationerna. Resultaten visas i tabell 8. Tabell 7. Plesiomonas shigelloides Övergripande prestanda Provmaterialtyp Provets ursprung BD MAX Prospektivt (Färska+frysta) Retrospektivt (Frysta) Prospektivt (Färska+frysta) Retrospektivt (Frysta) Inga data för PPA-beräkning NPA: 99,9 % (99,5 %, 100 %) PPA: 100 % (51 %, 100 %) NPA: 100 % (90,8 %, 100 %) Inga data för PPA-beräkning NPA: 99,9 % (99,3 %, 100 %) PPA: 100 % (43,9 %, 100 %) NPA: 97,9 % (88,9 %, 99,6 %) P Referensmetod N Totalt P N P N P N P N

12 Tabell 8. Plesiomonas shigelloides Konstruerade provresultat per provmaterialtyp Provmaterialtyp BD MAX Positiva Förväntade resultat Negativa Totalt Positiva Negativa Totalt PPA: 100 % (92,6 %, 100 %) NPA: 100 % (97,4 %, 100 %) Positiva 48 1 a 49 Negativa Totalt PPA: 100 % (92,6 %, 100 %) NPA: 99,3 % (96,2 %, 99,9 %) a Prov XW0007C befanns initialt vara positivt för Plesiomonas shigelloides, men visade sig vara negativt för detta mål när det testats om från SBT (avvikande analys). Yersinia enterocolitica Prestandaresultat För den provmaterialtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 99,9 % av de negativa prospektiva proverna för Yersinia enterocolitica och 100 % av de negativa retrospektiva proverna. Inga prospektiva och retrospektiva positiva prover identifierades för Y. enterocolitica, och därför kan prestandan inte uppskattas. För den icke-konserverade provmaterialtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 100 % av de negativa prospektiva Y. enterocolitica-proverna. Inga prospektiva positiva prover identifierades för Y. enterocolitica, och därför kan prestandan inte uppskattas. 100 % retrospektiva positiva och negativa proverna identifierades (se tabell 9). Eftersom prevalensen för Y. enterocolitica är låg utfördes en utvärdering av konstruerade prover för att komplettera data som samlats in i studien. Dessa förbereddes genom att spetsa 12 olika stammar av Y. enterocolitica i negativ avföringsmatris. Stammarna spetsade med olika kliniskt relevanta koncentrationer och fördelades slumpvis bland tre (3) kliniska anläggningar för testning med BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel. En positiv överensstämmelse på 100 % erhölls för alla de testade koncentrationerna, utom en Cary-Blair-konserverad provmaterialtyp vid klinisk koncentration, för vilken erhållen överensstämmelse är 97,9 % (resultaten visas i tabell 10). Tabell 9 Yersinia enterocolitica övergripande prestanda Provmaterialtyp Provets ursprung BD MAX Prospektivt (Färska+frysta) Retrospektivt (Frysta) Prospektivt (Färska+frysta) Retrospektivt (Frysta) Inga data för PPA-beräkning NPA: 99,9 % (99,6 %, 100 %) Inga data för PPA-beräkning NPA: 100 % (89,3 %, 100 %) Inga data för PPA-beräkning NPA: 100 % (99,6 %, 100 %) PPA: 100 % (70,1 %, 100 %) NPA: 100 % (92,4 %, 100 %) P Referensmetod N Totalt P N P N P N P N

13 Provmaterialtyp Tabell 10. Y. enterocolitica Konstruerade provresultat per provmaterialtyp BD MAX Positiva Förväntade resultat Negativa Totalt Positiva Negativa 1 a Totalt PPA: 97,9 % (89,1 %, 99,6 %) NPA: 100 % (97,4 %, 100 %) Positiva Negativa Totalt PPA: 100 % (92,6 %, 100 %) NPA: 100 % (97,4 %, 100 %) a Prov XW0351C befanns initialt vara negativt för Yersinia enterocolitica, men visade sig vara positivt för detta mål när det testats om från SBT (avvikande analys). Enterotoxigen E. coli (ETEC LT/ST) prestandaresultat För den provmaterialtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 100 % respektive 99,8 % av de positiva och negativa prospektiva ETEC-proverna, och 100 % av de positiva och negativa retrospektiva proverna. För den icke-konserverade provmaterialtypen identifierade BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel 100 % respektive 99,9 % av de positiva och negativa prospektiva ETEC-proverna och 90 % respektive 96,3 % av de positiva och negativa retrospektiva proverna identifierades (se tabell 11). Tabell 11. Enterotoxigen E. coli (ETEC LT/ST) övergripande prestanda Provmaterialtyp Provets ursprung BD MAX Prospektivt (Färska+frysta) PPA: 100 % (72,2 %, 100 %) NPA: 99,8 % (99,3 %, 99,9 %) Retrospektivt (Frysta) Prospektivt (Färska+frysta) Retrospektivt (Frysta) PPA: 100 % (56,6 %, 100 %) NPA: 100 % (87,9 %, 100 %) PPA: 100 % (80,6 %, 100 %) NPA: 99,9 % (99,3 %, 100 %) PPA: 90 % (59,6 %, 98,2 %) NPA: 96,3 % (81,7 %, 99,3 %) P Referensmetod N Totalt P N P N P N P N Identifiering av toxinet ETEC gjordes genom sekvensering av den alternativa PCR som utförts på avföringsproverna (se tabell 12). Även om BD MAX Extended Enteric Bacterial Panel är utformad för att upptäcka de toxintyper som beskrivs nedan, rapporterar panelen inte resultat på art- eller toxinnivå. 13