Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning Rapsarealen i Sverige 2008 Ann-Charlotte Wallenhammar, 2 Charlotta Almquist, Anna Redner och 3 Anki Sjöberg HS Konsult AB, Örebro 2 EuroFins Food/ Agro Sweden AB, Lidköping 3 Lovang Lantbrukskonsult, Vikingstad 24586 922 2346 Winter Oilseed Rape 64470 Winter Oilseed Turnip Rape Spring Oilseed Rape Spring Oilseed Turnip Rape Bakgrund Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år orsakar stora skador i oljeväxter och i en rad andra tvåhjärtbladiga växter (ärt, böna, melon, squash, sallad mfl. Svampen kan överleva i jorden > 0 år som sklerotier. Askosporer produceras under fuktiga förhållanden från apothecier som gror från sklerotier i jorden.
Skadebild Infektion sker när askosporinfekterade kronblad fastnar i bladvecken Bakgrund Riskvärdering i våroljeväxter: regional riskvärdering baserad på lokalt klimat och fältdata. Kunskap om sjukdomsförekomst i föregående oljeväxtodling på samma fält är viktig. (Twengström, 999) Identifiering av sporer på kronblad i vårraps har undersökts i ett tidigare projekt 998 och 999. Serologiska kits vs. Agartest av kronblad. (Wallenhammar and Sjöberg, 2000) ) Syfte Syftet med projektet är att öka precisionen i riskbedömningen och identifiera fält där en bekämpning är motiverad. Att utveckla en DNA-baserad metod för att detektera förekomsten av ascosporer på kronbladen snabbt och exakt; real-tids PCR Agartestet gav ett kvantitativt mått på risk för angrepp. 2
Provtagna fält 2006-2007 Fältprovtagning Örebro län 20 vårrapsfält årligen Östergötland 20 höstrapsfält (2006) 20 vårrapsfält (2007) 20 toppskott klipptes i varje fält Sjukdomsangrepp bestämdes innan skörd 80 kronblad undersöktes från varje fält Agarplattorna inkuberades i rums temperatur 5-6 dagar 3
Realtids- PCR Polymerase chain reaction (PCR)- amplifiering av specifika nukleinsyra sekvenser Kopieringen kan följas i realtid vid varje cykel Fluorescerande färg Fluorescerande prob Gör det möjligt att kvantifiera Mindre arbetskrävande, snabbare och känsligare Realtids- PCR analys Primers SSFWD and SSREV (Freeman et al. 2002) TaqMan-MGB probe Flera kronblad eller ett kronblad? Strategi : realtids-pcr på DNA extrakt från flera kronblad d(8-6 kronblad) Ingen korrelation mellan mängd DNA och procent infekterade kronblad i agartestet 4
Flera kronblad eller ett kronblad? Strategi 2 bestämma frekvensen infekterade kronblad (%) genom att analysera enskilda kronblad För DNA extraktion användes en kommersiell lysis buffer Real-time PCR vs Agar test Real-tim me PCR (infected petals) 00% 80% y = 0,6422x - 0,0643 R 2 = 0,7526 60% 40% 20% 0% 0% 20% 40% 60% 80% 00% Agar test (infected petals) s ssment % infected plants Fieldasses 35 30 25 20 5 0 5 Infekterade kronblad i Agartest jämfört med fältangrepp 0 0 20 40 60 80 00 Agar test %infected petals Nederbörd, temperatur och medelvärde för fältangrepp Antal regndagar Nederbörd mm Örebro 2006 två veckor före blomning 6 37 Medelvärde fältangrepp procent 2006 under blomning 3 2,4 2007 två veckor före blomning 4 26 2007 under blomning 0 67 7 Östergötland 2006 två veckor före blomning 0 0 2006 under blomning 6 Inga angrepp 2007 två veckor före blomning 2 4 2007 under blomning 8 00 0,5 5
År Utvärdering av riskbedömning i vårraps Örebro län 2006 och 2007 Riskbedömning nivå Angrepp i fält % infekterade plantor Procent infekterade kronblad agartest 2006 Låg 0 0 Låg 0 3 Låg 0 0 Låg 0 5 Låg 0 8 Låg 9 Måttlig 5 32 Måttlig 9 9 Måttlig 3 30 2007 Låg 0 34 Låg 0 9 Låg 0 6 Måttlig 2 4 Måttlig 7 3 Måttlig 8 69 Måttlig 2 34 Hög 30 3 Hög 32 36 År Utvärdering av riskbedömning i vårraps Östergötland 2007 Riskbedömning nivå Angrepp i fält % infekterade plantor Procent infekterade kronblad agartest 2007 Låg 0 0 Måttlig 0 30 Måttlig 0 6 Måttlig 0 2 Stor 0 6 Stor 0 4 Slutsatser Realtids- PCR analysen är snabb och exakt Vi har visat ett linjärt samband mellan procent infekterade kronblad enligt agartest och procent positiva PCR analyser (R 2 = 0,75) Förhållandena som orsakar angrepp är komplexa. -Vi konstaterar att Ascosporer finns allmänt i luftrummet Kronbladstest ger bra vägledning Väderleken under blomning avgör om infektionen lyckas 6
En viktig parameter för sjukdomsutveckling är angreppsnivån i senaste oljeväxtgrödan Nya undersökningar Infektionsförhållanden under blomning undersöks genom täta provtagningar av olika bladnivåer och kronblad som undersöks med realtids-pcr- 2008-09 Burkard spore trap Aerobiology- 2009 Tack Projektet har finansierats av Stiftelsen Lantbruksforskning (SLF) 7